前明太祖，朱姓，諱元璋，字國器（一作國瑞），濠州人（今江南鳳陽府）。於元至正七年，自和陽起兵，渡江延攬英傑，驅除群豪。至戊申歲，即位於金陵，改稱南京（今江南省）。一十六載，始廓清宇宙；方命江夏侯周德興設立衛所，安插有功將士。
德興從山東登、萊、青、曹，由浙江寧、紹、臺、溫等處，會同有司，酌議踏勘，設置分封。迨入閩，至泉州建永寧衛。過石井安平地方，見龍勢飛騰，山環而相顧，水潮而有信，旗鼓顯耀。印劍生成，徘徊瞻玩。憶奉命時，曾受密旨：『斷沿邊孽穴』。今觀此地，應為斬斷，遂傳南安知縣楊廷志，取討人夫，備鍬鍤。是夜，德興忽夢二人跪告曰：『公奉旨勘踏地脈，斬除孽穴。適觀此處飛騰踊躍，疑惑於懷；欲為開斷，以銷國患。但此地不然，發脈於臨汀，起伏於紫帽，蟠騰隱現，實歸安江；其左輔右弼，氣象萬千。上帝業命餘保護此土，以俟後來之有德者葬其中，應出五代諸侯，為國朝嘆氣。幸勿輕為開斷，以違帝命。謹記！謹記』（東旭曰：從古盛衰皆有數，聖明空算滿枰棋。雖然識破機關處，三尺冥冥自主持）。德興驚覺，漏方三鼓。細思此夢甚異，明是此處山神，奉上帝命在此守護，求我勿得擅開，後來當出此五代諸侯，為國朝嘆氣。輾轉思維，當再為審詳酌奪。次早，德興按夫役，親登嶺上。遙望波濤洶湧，山勢嵯峨，發跡環繞。不但尖圓秀麗，氣概雄壯；及山窮水盡，愈玩愈有意味。再步山巔，見大石鐫「海上視師」四大字，旁「宋朱熹書」。訝曰：『先賢業有明鑑！此乃天數，豈可違逆』？徘徊而下，散其夫役。至同安縣，設高浦所。濬一井於來龍之白鶴山上，深十餘丈。熔化生鐵數千斤，傾入井內。其所前有大石二十八塊，每石令匠分劈兩片（諺云：「白鶴山，珠嶼案，誰人葬得著，天下得一半」。故德興有是舉）。渡江置金門所（即浯州）、中左所（即廈門）。又建鎮海衛，以及陸鵝、懸鐘、銅山諸所。畢，會同軍門請旨，分給有功將士。然後從潮、惠、粵東建衛所回京復命（按：此地，宋朱文公諱熹，初除同安主簿，經過此處，觀鴻漸山木星挺秀，喜其地。迨至山上，見海潮洶湧，五馬脫氣，遂令匠勒「海上視師」四大字於石。及江夏侯周德興建銅山所，城設四門，而塞其北，從未有發科甲者。至巡海兵備道蔡潮點軍至銅，見北門不開，哂江夏侯之未全識也，理當開以收逆水。令人挖之，內豎一石，書「遇潮則開」四大字。潮嘆服曰：『夏侯真神人也』！從此，銅山文物濟濟）。
後此地被鄭達德遇異人廖明師為之指葬，名為「五馬奔江」（達德，芝龍二世祖）。傳至曾孫紹祖（芝龍父），充泉州庫吏。是年萬歷甲辰，三月初十日，春暖融和，天氣晴明。廈門忽爾雲霧四合，雷電閃爍，霹靂一聲，海渚劈開一石，中悉隸篆鳥跡，識者文之曰：『草雞夜鳴，長耳大尾，銜鼠干頭，拍水而起。殺人如麻，血成海水。揚眉於東，傾陷馬耳。生女滅雞，十倍相倚。志在四方，一人也爾。庚小熙皞，太平伊始』。人咸不解其語。十八日辰時，芝龍生。其母黃氏夢三婦人引紅霞一片堆於懷，徐而採抹地下。取名一官。越戊申，一官五歲，紹祖送啟蒙，取名國桂，頗聰明。庚戌，一官七歲。讀書放午歸於途，戲石過牆，誤中太守蔡善繼紗帽。繼失驚，遣人擒入。紹祖為免巾請罪。善繼見一官眉目清秀，氣宇軒昂，贊之曰：『此寧馨兒也』！賞而釋之。
天啟元年辛酉，一官年十八，性情蕩逸，不喜讀書；有膂力，好拳棒。潛往粵東香山澳尋母舅黃程。程見雖喜，但責其『當此年富，正宜潛心。無故遠遊，擅離父母』。一官詭答以『思慕甚殷，特候起居，非敢浪遊』。程留之。
至天啟三年癸亥夏五月，程有白糖、奇楠、麝香、鹿皮欲附李旭船往日本，遣一官押去。然前日本與今不同：今之日本，凡船隻到港，人都入在班中拘束，不許四處散歇。交易只許六十萬兩，各船勻攤，數足將餘貨發還，給水米蔬菜駕回。昔之日本，最敬唐人（凡各洋悉唐朝與通，故稱中國人曰唐人），船一到岸，只有值日庫街搬頓公司貨物（公司乃船主的貨物洋船通稱）；其餘搭客暨船中頭目、夥記、貨物悉散接居住，轉為交易。婦人雖跣足蓬頭而姿色羞花，宛如仙女。且頭髮日日梳洗，熏以奇楠，不似中國抹以香油也。客至其家，最敬者或茶或酒，杯盞必擦以頭髮，然後斟而送客，余詠有『奇楠氣味生餘瀝，薌澤嘗粘齒頰芬』之句。所以抵日本者，即沾泥柳絮亦欲逐春風而往，況一官正在方剛之年乎？亦是天數該然，赤繩系足。本街有倭婦翁氏（倭日本別號），年十七，夭嬌絕俗，美麗非常。見一官魁梧奇偉，彼此神契；第不得即為雙棲並一耳。一官遂聘之。合巹後隔冬住下（凡洋船乘南風而去，東北風而回，而未回者即曰隔冬）。
天啟四年甲子六月，有福建漳州府海澄縣人，姓顏名思齊，字振泉，年三十六，身體雄健，武藝精熟。因宦家欺凌，揮拳斃其僕。逃日本，裁縫為生。居有年，積蓄頗裕，疏財仗義，遠邇知名。是歲唐船販日本者甚多。思齊與大赤般財副（赤般船名，財副管理一船貨物）楊天生、陳德（字衷紀，海澄人，猛悍邁眾）、張弘（一作宏）交稱最好。天生字人英，年三十，泉州晉江人也，算法精敏，最熟大刀；且言語便捷，桀黠多智。朝夕盤桓，遂成水乳。一日偶共飲微酣，思齊嘆曰：『人生如朝露耳，若不能揚眉吐氣，虛度歲月，羞作骯髒丈夫』！天生曰：『舜何人也，予何人也，有志者亦若是。長兄有此雄略，何愁久困。以余度之，此地可圖』。思齊嘆曰：『吾亦有心久矣，其奈力微何』？天生曰：『先以得人為要。弟當憑三寸不爛舌，鼓動各船之傑者尊拜我兄為盟主，然後徐徐說之，則事可成矣』。思齊曰：『此非吾弟不可。事成富貴與共。聞李德船中有一姓洪名升，為人慷慨豪邁，甚好藤牌』？天生曰：『與弟最厚』。（升）字杲卿，年方二十六，系興化府莆田縣人。其祖至同安，因而在同住家。藤牌正跳七尺，倒跳一丈。思齊思此人當招之。天生曰：『他亦極慕長兄名譽』。二人談得投機，直至酩酊方別。
次早，天生邀陳勳同到張弘船中。弘字子大，泉之惠安縣人，剛直勇敢，能舉五百筋青石，遍行教場一回，面不改容，故號為「鐵骨張弘」。適陳德、林福亦在船中。福字振祖，手足便利，渾號「深山猴」，善使標槍火砲，泉之同安人。天生敘談之際，就提起拜顏振泉為盟主之事，眾咸喜焉。林福舉李英、莊桂、楊經三人年少義俠，陳衷紀舉林翼、黃碧、張煇、王平、黃昭五人。福即同天生往招李俊臣（臣名明，漳之南靖人，風流灑脫，甚精鈀頭），俊臣許諾。
天生等回，於途遇鄭一官與何錦，天生招之。一官舉高貫武藝超群，並余祖、方勝、許媽、黃瑞郎、唐公、張寅、傅春、劉宗趙、鄭玉等共二十八人，於六月十五日，大結燈彩，香花牲犧，列齒序行，以鄭一官為尾弟。禱告天地：『雖生不同日，死必同時』之語。畢，燒化紙錢。眾拜振泉為盟主，大開筵席，暢飲而散。
自此之後，親契友愛，勝於同胞。惟天生每用言挑撥諸人，說日本地方廣闊，上通遼陽、北直，下達閩、粵、交趾，真魚米之鄉。若得佔踞，足以自霸。陳衷紀、陳勳、張弘、洪陞、高貫五人咸動心，向振泉謀曰：『天生所言誠是。大哥不可失此機會』！振泉曰：『公等如兒戲，然奪人之國，豈爾我數人而可』？洪陞曰：『非此之謂。未知大哥如何？大哥意若決，則吾會中諸人立呼可就，毋煩周折。其餘當徐徐誘之，則大事成矣』。振泉曰：『事當密秘，觀人而言。倘一造次，性命攸關』。諸人領諾而去。洪陞、張弘、楊天生既得思齊實意，欲往李明船中，途從砲臺經過，見守臺倭番整肅羅列，火砲齊備。天生猛省一驚，顧升與弘曰：『砲臺如此嚴謹，如此整備，恐難下手』。陞笑曰：『砲臺嚴謹，不過見我們船欲起身，加意提防耳。此何必介意』？天生曰：『君既胸有成算，試略陳其概』。陞曰：『兩臺倭兵，不過百有餘人，所恃者惟數門大砲。以弟愚見：每臺只用膽勇者五六十人，或清晨、或黃昏，乘其交換無備時衝入，將守砲者砍倒，砲車扭轉，連放數門。彼知所恃者已為人奪，安有戰志。另擇一位驍勇者統之，從中趕殺。再分百人兩邊放火喊殺，則可得矣』。天生點首曰：『所見略同』。遂到明船，與高貫（一作冠）、李英、傅春等商議。英曰：『不乘此時齊集舉事，更待何時』？弘曰：『言之誠當！不勝於終年波浪馳逐乎』？天生曰：『還須與大哥決定』。眾曰：『然』。同到思齊寓中。天生述眾意，勸速舉事。齊曰：『凡事當料己料人，方保萬全，豈可苟且？倘畫虎不成，反類狗耳』。天生曰：『兄所慮者恐人心未一乎』？齊曰：『然』。天生曰：『俟十二日弟設數席請諸位，令其各書名押號，並密約策應備敵之計』。齊曰：『此最要著，賢弟宜亟行之』！十二日，天生治席請二十七人咸至，依次而坐。酒至數巡，天生向陳衷紀曰：『今歲我們船隻不知交易幾多？貨物配搭不知幾多？篦金計搭幾多（日本出金，樣如篦，故曰篦金，色八成）？板銀計搭幾多？何船得利？何船虧本』？衷紀曰：『別船不知，就弟船中計算，虛頭多，大約獲利無幾』。天生曰：『冒波濤而涉風險，不能得利，亦就難了』。杲卿曰：『生理都好，奈此中抑勒，不與我們親自交關，憑他當事掣肘，京客尚有三年不得貨者』（日本系埠頭，其國亦稱日京，離日本三個月路）。子大突曰：『我們出於千波萬浪之中，反為倭奴束縛，將幾間板屋放一把火，大家焚了罷，怕他錢糧不是我們的』（日本之屋悉系木板所為）。天生只管搖頭。衷紀曰：『長兄不用搖頭。子大之言，大都不錯。弟亦有心久矣，恨無首領提調耳。今日大哥在此，眾人協力。衝鋒破敵之事，弟獨任之』。天生曰：『二位酒言！我等至此，頂履別人天地，休作兒戲』。思齊曰：『幸座中都是我們，若有外人，豈不惹出事來』。衷紀曰：『小弟之言，實出肺腑，並非醉語』。杲卿曰：『人生貴適志耳，碌碌何為？凡我在座，聽弟一言』！眾曰：『謹聽鈞諭』。杲卿曰：『今日此會，實乃天緣，生於中國，而獲聚一島。況大哥德望，素為人欽仰，共扶為主，乘時踞此，同享富貴何如』？眾大喜曰：『是』。天生、杲卿即斟酒一杯禱告天地曰：『座中諸人苟有異心者，天其殛之』！禱畢，又斟酒一杯，共扶思齊上座，環跪曰：『今日之事，大哥主之。富貴與共，生死勿替。若有違約束者，鳴鼓共誅』。思齊曰：『諸位莫非醉語否，何鹵莽若是』？天生曰：『大哥勿太執。我們所言，實從心出。今日化家為國在此舉、取禍殺身亦在此舉，幸為主決，莫作婦人之仁』。齊曰：『賢弟今日醉言，恐明朝酒醒，悉都忘卻，豈不誤事』？天生曰：『應立個規矩方可』。杲卿曰：『有單在此，眾人各書名僉號，以便調度』。眾欣然曰：『言甚有理』。遂各按名下書押。畢，遞與思齊曰：『願聽約束』。思齊曰：『齊實不才，因一日之長，既蒙推之，凡事當聽吾言，共成富貴』。眾咸曰：『毋再反悔，即赴湯火，亦不敢辭』。飲至三鼓方散。
甫出門，見天昏地黑，雨箭風刀，飛沙走石，鼓浪興波，令人震怖。天明，哄說海濤中有物，長數十丈，大數十圍，兩眼光爍似燈，噴水如雨，出沒翻騰鼓舞，揚威莫當。通國集觀，咸稱異焉。閱三晝夜方息。空中恍有金鼓聲，香氣達通衢。一官妻翁氏正在肚疼昏迷間，夢同眾人岸上觀大魚跳躍，對懷直沖，驚倒。醒來即分娩一男。一官聞之，不勝喜躍，方扶在「氈踏綿」上坐，忽聞四處吶叫『救火』！一官忙啟戶視之，見眾人齊來門首，作躊躇狀。問曰：『列位！火在那裏起』？眾曰：『都見是你家失火，故群來救。至此又無，豈不怪異』？一官曰：『我家那有火起？或是拙荊臨盆，燈火射出』。眾人方知翁氏生子，俱向一官作賀曰：『令郎後日必大貴！我們眼見光亮達天，非恍惚也』。一官謝不敢，眾散去。翁氏忙問一官曰：『外面何故這般喧嘩』？一官將眾人之言說了一遍。翁氏曰：『此亦奇異，我方才疼絞之時，略定睡去，如日在岸上，看那大魚一般搖擺騰翻，沖我懷中，驚倒醒來遂產』。一官曰：『想此兒必有好處，當秘之，善為撫養』。正秋七月十四（一作十五日）夜子時也。
一官自生子見火光耀室與夢中之奇，心暗喜焉。思齊率眾拜賀。過三朝十二日，思齊遣人請一官至寓叮曰：『此番舉事，惟汝年輕，汝須慎言語，切勿輕漏於婦人之耳』。一官曰：『大哥不須過慮。丈夫作事，自有定見，豈肯向兒女嗷嗷』。齊曰：『如此足見賢弟少年練達』。忽天生、杲卿至，問一官曰：『數日忙甚？姪兒想都乖巧』。一官曰：『月裏孩子，聊且過日』。天生曰：『這就是好。但弟婦面前此事不可與知』。齊曰：今日正為此特請他來叮囑，恐其少年失於檢點；倒亦老練矜持』。杲卿曰：『如此才是丈夫所為』。一官曰：『事貴神速，恐耽延日久，人多誤事』。齊曰：『總在八月間矣』。天生曰：『業已通知各位：一應索路帆席，收拾齊備，乘秋潮將船悉放浮水。所有柴米蔬菜，加倍配足，使倭人不疑。船中軍器砲火，全賴杲卿與子大二位調度。其中路統眾並上將軍衙者，衷紀。西路奪砲臺、領人釘砲者，子大。搶入東砲臺、督人扭轉砲身放砲者，俊臣。由東南率眾喊殺者，莊桂。其陳勳從西北角抄入，放火喊殺。大哥與一官領一隊沿海接應，小弟與李英統人分路接應。其調度各船杉板預備者，楊經。派定在單，大哥可著人傳諭，期在八月十五早』。思齊接單閱完，將單交一官，令他前去密傳。一官隨到各位通知調度。
八月初四日，各船悉放落港心，整頓收拾，靜候十五日舉事。
十三日，楊經壽誕，眾備禮作賀，經留眾飲。獨李英酒多，乘醉而歸，倭婦王氏接入殷勤伏伺。於情濃之際，英將十五日欲並國王事悉吐露焉。王氏曰：『砲臺兵許多，砲又大，如何做得』？英大笑曰：『你真癡婦。我們這些唐船就許多人，又舊唐人多少（來往者唐人，在地居住者稱舊唐人），合做幾路，放火的放火，占砲臺的佔砲臺。幾筒倭兵，何足介意？但你勿驚慌』。王氏曰：『有爾作主，我豈驚慌』。遂與英捶擦，昏昏睡去。至天明，英忘卻醉後語，梳洗畢出門，調理諸事。王氏即請伊兄六平到家，將英夜間所言，一一通知。囑其收拾貨物，免臨時慌張。王六平者，倭之開巨行，有心人也。聞此言，而自忖度曰：『此輩做起，其害匪淺，出首為是』。就詭應曰：『我就去收拾』。忙轉身到值日街，尋值日何必登。六平曰：『爾可知這些唐人做的勾當麼』？登曰：『不知。汝何這樣慌忙』？六平曰：『唐人結黨，約在明朝就欲焚殺並奪』。登曰：『汝有何據而知其詳』？六平將李英昨夜醉後對伊妹之言細陳。登曰：『果有是事，速同爾去見當事，以便啟王』。必登帶六平到當事楊復門首，問守門者曰：『裏面誰在』？守者曰：『翁翊皇在焉』。登曰：『可有唐人麼』？答曰：『無』。登囑六平：『汝且暫站。我先去報明，才來叫爾』。六平點首。登入，楊復望見問曰：『爾今日值日，來此怎麼』？登曰：『有要話欲回』。復曰：『甚麼話這樣要緊』？登曰：『可有唐人在此否』？復曰：『只翊皇爾我三人』。登曰：『此就說也無妨』。將六平所言伊妹始末，一一陳說。復曰：『王六平呢』？登曰：『現在門首』。復曰：『叫他進來』。登出叫六平入見。復曰：『唐人是如何做事，爾焉知其詳？當確實有據，不可妄生枝節』！六平曰：『我原不知其情。因李英是我妹夫，昨夜乘醉歸家與我妹說其始末，囑勿驚慌，故此舍妹早間叫我過去商量。我知而不言，罪同叛逆，特來出首』。復曰：『然，有之。我此數日見唐人備辦物件，收拾器械，與往歲不同。今汝妹之言大約不虛，此乃土地之靈、王上之福。翊皇爾且回去，別日來清賬，爾亦外面打聽。我領他去啟王』。
翊皇就辭出來，忙奔到家。見一官抱孩子同女兒在「氈踏綿」上頑耍（翊皇，翁氏之父，一官之丈人）。忙曰：『一官！不好了！爾們唐人做的勾當被李英妻舅王六平出首，才去啟王，就有兵出來擒拿。汝可速下船逃生』！一官聽見，魂不附體，飛跑出門。恰轉西澗，撲面遇天生、杲卿、子大三人，一官忙■〈揑，忄代扌〉於旁曰：『不好了！事已洩漏，王兵即出，可快傳下船逃走！我去報大哥』。三人聞說，分頭轉傳各人。一官奔思齊寓中，正遇陳衷紀、莊桂、高貫、余祖、何錦、傅春在許計議，忙曰：『我丈人來說王六平出首，事已敗露，王兵即來擒拿，快些下船』！齊曰：『你們快去傳說，各人速速下船』！只陳衷紀、傅春二人同一官、思齊合執大刀奔至海邊，見唐人紛紛亂竄。正十四日未刻，秋潮已漲，各船杉板、本處花葉（日本小船名）悉灣泊岸邊。思齊忙喚眾人下船，都各各爭先，急搖到大舡，起碇的起碇、起帆的起帆。當其慌忙之際，遙見倭兵亦四出擒拿。乃是必登隨楊復啟王，王傳鎮國將軍到，正在疑惑間，欲差人來喚李英說實；而四處值日見唐人鼎沸，飛報造反，王隨傳兵馬齊出，撥將前去，謹守砲臺，放打唐船。岸上有走不及者，或至海埏無船者，有群爭上船而船覆者，有得上船而急搖者。思齊招吶：『快來』！抽起杉板，開駛出口。
思齊一船正要開頭，砲臺上大砲連發，倭人亦慌忙。兼之潮落，風又微順，各船亦悉轉頭，坐潮緩緩而行。雖砲聲不絕，卻無壞船。一個時辰，船咸出口。思齊站在尾樓上，見將到洲仔尾，令人放砲，打招旗傳令，今晚暫泊此處議事。但思既幸脫虎口，船不急去，而就泊港外，豈不虞倭人出追乎？日本因前犯浙、閩、粵東三省邊界（明季之防倭者是也），擄掠陷城。總制胡宗憲令大將戚繼光追捕，剿殺殆盡，所剩回者可數。國王從此將大小船隻去舵，以絕不肖倭人出洋作反。思齊籌之熟矣，料他船隻缺舵，難以追趕。正傳灣泊，諸船聞號砲，悉一條鞭停住落碇，各搖杉板到齊船中。齊接眾人上船，互相安慰畢，乃曰：『幸脫此險，不知諸兄弟可有失落否？』天生曰：『都下來了，並無失落』。齊著團坐。遂曰：『只差一日，就得成事，莫非天意！若不是一官通知，幾乎遭難，此亦列位福氣，但不知何由得知』？一官答曰：『是我丈人往楊復班中算賬，何必登領王六平出首，說是李英兄被酒漏言，英兄嫂對伊兄六平說，囑其收拾貨物，因此六平得知，正往出首。楊復著我丈人且回，就去啟王。我丈人飛跑來家，叫我快走。出門就遇升兄他們三位，方說與知，分頭通報，因此得脫』。齊問李英曰：『汝昨晚如何與弟婦說』？英曰：『醉了亦都不知有說甚麼話』。杲卿曰：『醉後失言，往往有之。今悔莫及，且速商量退步』。齊曰：『出來共多少船隻』？天生起來點數，共一十三只。『當各分配支更，聽吾號砲，一齊放洋暫到舟山，再作商量』。衷紀曰：『舟山何用？若到舟山，人都散了。人散則孤立，難以濟事。依小弟管見：將此十三只船，乘此秋風，直駛臺灣安頓』。天生曰：『此言有理』。齊曰：『就煩衷紀、子大二位為頭程，日昇號帶，夜放火箭，以便觀望跟蹤』。天生曰：『如此卻好，暫且過船料理』。眾各告別。十五日天明，思齊船中號砲三響，各魚貫隨行。計八晝夜，方到臺灣。即安設寮寨，撫恤土番。然後整船出掠，悉得勝焉，故閩、浙沿海，咸知思齊等踞臺橫行。一官父紹祖已死，季弟蟒二（後名芝虎）同其四弟芝豹、從兄芝莞附搭魚船往尋，是以聲勢愈大。
天啟五年乙丑秋九月，顏思齊因往豬朥穛山（一作豬羅山，即諸羅縣）打圍回來，歡飲過度，隨感風寒，自知不起。與天生諸人訣曰：『共事二載，本欲與諸君取富貴。豈期今日染此重病，中途分別』！天生等慰之曰：『疾病人所難免，時加調養自好，何必過戚』？齊曰：『雖然；奈大數已盡，難與諸君揚帆波濤中耳』！言訖，嗚咽而死。天生等隨即殯殮設位，眾軍掛孝。完百日，方祭奠除靈。
十二月初二日，天生集諸位商議，再推一人統眾方可。杲卿曰：『弟有一言奉告，不知列位尊意如何』？眾曰：『所言合當，豈有不遵之理』？杲卿曰：『我們這番所為，雖未得日本，而禍不臨身，兄弟們又完全，此乃皇天庇蔭。今欲再舉一人統領諸軍，弟恐新舊愛惡不一，倘苟且從事，自相矛盾，反為不妙。然統軍亦非易事，當設立香案，禱告蒼天，將兩碗擲下，連得聖筊而碗不破者，即推之為首。管見如此，不知有合眾意否』？眾曰：『此論最當，庶無後言』。隨排香案，眾各拈香跪告畢，依序向前拜祝，兩碗擲下粉碎，無一完者，咸躊躇焉。惟一官尚未擲，又忽其年輕。一官跪禱，將兩碗擲下，恰好一個聖筊，碗不破。眾皆駭然，一官取起擲下，復如前。衷紀曰：『我不信』。取原碗當天禱告：『我等大哥已死，欲推一人領諸軍。天若相一官，再賜兩筊，眾願相扶』。又連擲兩聖筊，碗不破。間有不信者，禱告擲下復如前。如是者屢，屈指計之，共成聖筊三十。眾齊哄曰：『此乃天將興之，誰能違之？吾等願傾心矣』！天生曰：『當選吉日』。楊經曰：『初八日大吉，我們尊拜一官為首』（按：獵歷明季諸記事多說：『拜劍躍起，遂扶芝龍為首』。又一說：『芝龍與陳衷紀、陳勳等十八人各乘一舟亡臺灣為盜，風引桅帶，攪而為一。各駭誓曰：「議以三通鼓而開者，立為主帥」。芝龍忽開』。
此皆互疑兩可，難為信史。余先君諱美鰲，生同時，從永勝伯鄭彩翊弘光督師江上。繼而福州共事，署龍驤將軍印。至丁巳，改職歸誠，往奧東連平州。始末靡不周知，口傳耳授，不敢一字影捏，故表而出之。噫！使當時即亡臺為盜，既名芝龍，則成功從何而生？於後作何附會「鄭芝龍平鄭一官功題請」？致崇禎問林釬：『芝龍、一官，是一人耶？或是二人』？釬愕然不能對。奏曰：『臣待罪京師，梓里之事不能詳知。容查實回奏』。出，遂服藥死。據云：十船相連，尚隔有十餘丈、二十丈之間。不知海船難比河船，駕駛相近，則兩船必有一船礙傷。灣澳落碇，若相近，則兩船亦難獨全。兩船且難相近，何況十只船之桅帶，可攪而為一乎？附辨於末，以待採風者擇焉。附紀：芝龍從顏思齊為盜，時名一官。至齊死，結十八芝，渠為首，名芝龍。於招安之日，重賂當道縉紳。獨林釬不見其使、不受其禮，反其牘背署之曰：『人有向善之心，而不與人為善者，非也；與人為善，而又因以為利者，亦非也』。遂以義士鄭芝龍收鄭一官功，題報授職。後釬拜相，一日侍講，崇禎偶問及。釬以有人密奏其事，不敢對，附會其說。出，即服藥死）。眾欲以初八日扶一官為首。一官曰：『弟年譜在諸兄末，豈敢越分』？天生曰：『此乃卜之於天，豈可逆也』？一官曰：『既卜之於天，亦當決之於人。前大哥在日，諸公在上，弟不敢置啄。今日蒙舉為首，應有一番振頓，上下分明，賞罰雖親疏無異。倘如從前無上下之別、無賞罰之令，弟決不敢承此座』。天生曰：『不意吾弟年紀雖輕，議論大有經濟』。杲卿曰：『經濟豈在年紀。周瑜十三歲尚為都督。迨至赤壁專師，程普不服；及觀其調度，甘拜下風。今日吾弟所言，眾願折節相事，拱聽約束』。一官曰：『既承諸兄以天意相推見許，但初八期亦太逼，恐備辦不及；況是戌日，與弟命不合（一官是甲辰年，故戌日與他本命相沖）。我看十八申日，申子辰會合；且備辦物件，亦得從容』。天生曰：『如此最妙，今要備辦何物』？一官曰：『旗幟者，乃軍中威儀，不可不新，當一苲更換；並中軍帥旗一面，俾眾人咸知所尊。糧餉者，乃眾軍命脈，不可不積，專主要得其人。船隻器械，乃眾軍衛身以禦敵，不可不堅利，而時為修葺。決策取勝，須得籌畫佐謀之士；爭先破敵，全賴奮勇膽略之夫。鼓勵則賞罰當明，榮辱則升降必慎，故令出俾眾知所尊。然後進可取，退可守，不但踞此蕞爾之土，即橫行天下誰敢與敵？我今擇於十八日承接統領諸軍，除佐謀、督造、主餉、監守外，另選十八位作先鋒』。眾曰：『謹受教』。十一日，一官曰：『我今為首，取名芝龍，季弟蟒二為芝虎、四弟為芝豹、從弟莞為芝鶴（後改名為芝莞）、族弟香為芝鵬，餘者芝燕、芝鳳、芝彪、芝麒、芝豸、芝獬、芝鵠、芝熊、芝蛟、芝蟒、芝鸞、芝麟、芝鶚等，各寫就放盒內，告天拈著者，即名之，以應十八日之數』。天生向眾曰：『據所言，井然有條』。隨分遣備各色旗號，並收拾器械物件候用。
十八日，金鼓齊鳴，三聲砲響，中軍船上豎起帥旗。一官即以天生為參謀，衷紀、子大為總監軍，陳勳、林翌為督造、監守，楊經、李英管理一應糧餉，杲卿為左右謀士。自名芝龍，其胞弟芝虎、芝豹、大功弟芝莞、族弟芝燕；餘十三芝當天拈就名數。各拜天地，祭獻海岳以及舊主思齊畢，三讓然後登座曰：『芝龍菲材，既承諸位推舉，惟天在上，可表厥心：外則君臣之分，不敢借私恩以害公；內則兄弟之情，亦不敢假公威以背義。倘有不及，仰賴諸公指示。若在行間，全仗諸公協力。山河帶礪，富貴與共』。衷紀曰：『公帥以正，孰敢不正』？天生曰：『眾人碌碌，全賴主公提調』。芝龍曰：『凡事豫則立，故天時、地利、人和，得一即可以有為』。眾曰：『然』。遂設晏慶賀，盡歡而散。芝龍既為眾所推，統領諸軍，即料理船隻，整頓器械，件件完備。
天啟六年丙寅二月，龍集眾會議曰：『今諸務頗已就緒，豈可坐老其師？我欲領戰船十只、快哨三只，配坐前往金、廈，一以觀邊境，二可取糧餉。不知諸君意下如何』？衷紀曰：『主君此舉甚是。夫人惰則力倦、勤則思奮，劉先主之所以泣髀肉生也』。芝龍即令杲卿、衷紀調撥船隻，並選精壯勻配。杲卿二人前去派定，開單送閱：第一號先鋒，芝虎、芝燕；第二號先鋒，芝鶚、芝豸；第三號援剿，芝彪、張泓；第四號援剿，芝獬、李明；第五號衝鋒，芝蛟、芝鵠；第六號中軍主帥參謀，天生、杲卿；左右親軍，芝豹、芝熊；第七號護衛，芝莞、陳衷紀；第八號遊哨，芝麟、陳勳；第九號監督，芝麒、吳化龍。每船各配六十人。第十號哨探艄仔二只，芝鳳、芝鸞；各配二十五人。悉給發口糧一月。擇三月初三日出師。其餘林翌、楊經、李英、高貫、方勝、傅春等，領諸軍看守寨柵。芝龍看畢，曰：『調撥得宜，但不知先往何處』？衷紀曰：『今南風已發，呂宋船以及暹羅、咬■〈口留〉吧之各港皆回。可從澎湖下，緩緩坐風，半逆半順，挨至甘吉等候』（甘吉海石名，在銅山對面）。芝龍依其議，至初三日連■〈舟宗〉出港。行二晝夜，初五早，龍又令人上桅觀望。望者回報曰：『看前面的山，不是南太武，敢是北太武』（南太武系漳鎮海衛，在廈門之下，北太武系泉州同安地，在廈門之上）？芝龍曰：『夜來南風，駛上為是』。遂傳令各船火砲軍器勿得參差。
初十日，犯金門。十八日，犯廈門。四月杪下犯粵東之靖海、甲子地方。
時太平日久，人不知兵。衛所雖有指揮、千百戶、水澎金門遊擊、欽依把總諸官，悉承蔭襲，寬衣大袖，坐享君祿。其所轄軍士，亦應操點卯而已。故芝龍得肆志，遇船一鼓而擒；登岸搶掠殆盡。其略有紀律者，不許擄婦女、屠人民、縱火焚燒、榨艾稻穀。比乘風橫行，羽檄飛報，沿海戒嚴，當事者咄咄一籌莫展。惟查鄭芝龍系泉州府庫吏鄭紹祖之子，六歲時曾受知府蔡善繼擲石不責之恩。即起善繼泉州巡海道，招安芝龍。善繼抵任，又奉巡撫朱欽相檄，差旗鼓黃昌奇（系泉州府禮房，有口才，與紹祖共事；迨繼為海道，委為轅門旗鼓事）委之齎諭，出海招安。時鄭芝龍統船隨風馳逐，適逢雨水不順，失於收成，富者遏糶，米價騰貴，遊手好閑，悉往投之。芝龍將奪來船隻，分配駕駛，因而日盛。邊將望風披靡，不敢與敵。偶燀洗諸船於湄洲，忽報海道差官到，芝龍延之上船。昌奇曰：『數載違別，果然一表魁梧，真將軍也』！龍曰：『流落海外，久離鄉井，凡諸親友，有失候問！今日何幸逐波濤而屈臨至此』？執手至官廳，敘禮獻茶畢，昌奇曰：『老拙與令先尊共事時，將軍才有六、七歲，頑耍丟石，擲著太守烏紗帽。本府自贊將軍非凡，將軍尚能記憶否』？芝龍曰：『兒童時事，影響略知』。昌奇曰：『現任海道，即當日將軍所擲之太守也』。龍曰：『呵，海道就是當日太府』！昌奇曰：『然。知將軍揚名海外，恐為沉迷，專遣老拙前來相勸，有諭在此』。芝龍拆其諭曰：『自你髫齡時，儀表可愛。豈料壯年，海濱寄跡，使聞之惻然，諒情非得已耳！今特遣旗鼓黃昌奇前來宣諭及你部屬人等，幸勿久戀迷津，須當速登彼岸。本道當為力請，賣刀買犢，永作聖世良民。從此安插，復業歸農；坐享太平，和好室家。言出於衷，幸其聽之！此諭』。芝龍觀畢曰：『海上弄兵，原非本意。因寄跡東洋（日本在東，故稱東洋），受困倭人，迫而成之。今既承道憲嚴命，豈敢固執，以負德意？自與諸將領商之』。芝龍心感善繼之德，遂傳集眾頭領曰：『我想飄颻海外，虛度歲月，總無了局。今道憲招安，意欲就撫，不知諸位心曲何如』？衷紀曰：『主公就撫，道憲決然垂青。我等並無夙昔之交，雖今日藉主公餘庇：倘後來道憲陞轉，官勢羅織，有司不諒，那時進退維谷。乞假我船隻，仍回臺灣。同李英等觀看主公得意，紀等再來相尋未遲。不知主公允否』？龍曰：『衷紀兄所言亦是一著，豈有不聽之理』？杲卿、天生、子大、陳勳等一十三人，齊向前請命，欲與衷紀同去。龍即撥大小船六只，糧餉薪蔬、布帛器械俱各滿足，分支過臺。
芝龍統船十二只，計八百餘眾，同昌奇入泉州港。詣轅門，去衣帽，龍與芝虎、芝豹等二十人背綑，泥首階下。蔡善繼令釋其縛，慰撫之曰：『你原是有家子，生在公門，況又容貌堂堂；雖你父已死，汝應立志，以圖上進，光耀門閭。何忽作亂階，飄流海外，而暴棄至此？倘非本道，豈能瓦全？今既翻然而悟，貴於自新。本道應為汝詳請上憲，通行府縣安插得所』。芝龍曰：『此實迫於倭番，不得已也，非芝龍敢萌此不肖之心』。善繼曰：『誰能無過，第患知而不改。今你能改，自是完人，將來功名未可量也』。龍等叩首稱謝出，守候軍門安插回文（東旭曰：昔日高牙劍戟尊，今朝低首叩轅門。一書非是能饒舌，欲報當年擲石恩）。
豈料巡撫朱欽相染病甚重，一切事務悉暫擱起。月餘方愈，檢閱文書，見鄭芝龍已招安，立批該道即為安插，並將船隻軍器追存，造冊報繳。善繼見批，即著昌奇將鄭芝龍所帶人眾，開造籍貫住址，以候發文行縣安插。一應軍器船隻另造冊，以便繳報。龍許諾，造完即繳昌奇去。芝虎說龍曰：『虎不可失威，人不可失勢。今當事舉動，不過欲散我們黨羽耳。黨羽散，將來禍福未定，不如乘今夜潮退，揚帆而去』。龍聞言俛首不答。芝豹曰：『三哥所言誠是；不可錯過，追悔莫及』！龍曰：『難負道憲一片好意』。芝虎曰：『不提道憲還可，若提道憲早該去了』。龍曰：『何說』？虎曰：『道憲書獃，如此安插我們，以為恩莫大矣。安望其有格外乎？況汝又未授有官職，倘後來有事，衙門深遠，那時呼應不靈，將奈何』？龍頓悟曰：『若非吾弟提醒，幾乎為其所誤』。遂囑芝虎等，密傳收拾。於是夜三更，於船上放砲三聲，隨潮而去（東旭曰：因無薄祿難羈縶，頓使英雄脫籠飛）。芝龍即將船隻人眾等駛到圍頭外灣泊。善繼聞報，知龍仍逸去，憤曰：『這輩小人，反覆不測，真難憑信！既不受德化，則當以法處之』。隨發文行各衛、所、府、縣整備，以防劫掠；另具文申請軍門。時朱欽相內擢起程，新撫朱之憑尚未蒞任，剿撫之議，因此耽延。鄭芝龍得以從容將各船燀洗，整頓帆席索路軍器旗幟。八月，乘北風，下粵之海豐，攻打嵌頭村。又犯甲子、靖海二所。
天啟七年丁卯正月，芝龍從粵回閩銅山。沿海戒嚴，全隊泊漳浦之舊鎮。朱之憑檄驍將都司洪先春，會把總許心素、陳文廉等合剿（之憑字勉齋，進士，大興人）。芝龍偵知，令芝豹領船五只敵先春，芝虎領船三只敵文廉，芝彪領船三只敵心素。龍與芝鳳等率大隊從中接應。又著芝鵬各領快哨三只，作遊兵救援。遂進師，相遇於連江將軍澳（漳浦縣屬）。先春揮船合進，互相攻擊。自辰至酉，衝突數十次，未分勝負，會潮泛漲，風起流逆，心素、文廉二船被流所脫，不能成■〈舟宗〉。先春首尾受敵，無奈，收入舊鎮。檄銅山、懸鐘、陸鵝、鎮海指揮、千戶、把總，調撥精壯軍士前來配駕；另調附近沿海鄉勇各出備捕。芝龍以先春收入舊鎮，亦不追趕，就鳴金收軍，泊陸鵝外嶼。忽細作報：洪先春調各衛所軍士配船並鄉勇齊禦，不日即出兵。龍亦整船揀將，欲決雌雄。芝豹向前獻計曰：『洪先春奉巡撫差遣，便於調撥，何不將計就計破他』？龍曰：『計將安在』？豹曰：『乘彼在舊鎮調撥軍士、鄉勇，我帶一旅，分為兩隊登岸，扮作鄉勇，前去策應，哥哥即統大隊攻擊。俟將交鋒時，我在岸上兩師殺起，彼則水陸受敵，一鼓可擒』。龍曰：『此計甚妙。可乘今夜人靜，悄悄帶眾登岸，須要小心，不可露出圭角』！豹曰：『自然相機而行。哥哥亦速整舟師來』。豹將海豐搶的鄉壯旗幟豎起，挑選二百人，乘黃昏帶芝麟上岸。
時洪先春調來銅山、懸鐘二所軍，即配在船；其附近鄉勇，令其按隊屯劄候齊。日則放砲升旗，夜則定更伏路，提調周密。芝豹於是夜領師登岸，天明至鹽墩，造飯食畢，緩緩而行。至黃昏到舊鎮，見調鄉勇先至者，咸安頓無混。分其半與芝麟，曰：『汝往洲尾屯劄，我在此安營。若問你是何鄉來的，汝可應是「浮南橋」；若再問你鎮海衛軍可來否，汝可應他「隨後亦來了」；若問汝姓名，說是「楊德」；若問汝同來者是何鄉，汝說是「湖西黃默」。倘外面有信，彼船出港，當看我這裏連珠火箭起，便一齊喊殺，尋岸邊船隻，毋論大小，搶並合攻。須謹慎在意，不可孟浪誤事』！芝麟依令往洲尾，凡所過問者，悉照前答之。
二月，先春見船隻收拾完備，諸軍陸續將齊，惟鎮海途遠未到。正調撥分配間，忽瞭望砲響，快哨飛報賊船至。先春即發令：『各起碇乘潮落沖出』！再至港口，即遇芝虎。虎站尾樓上高叫：『洪先春！今日誓必擒汝』。春見虎船隻，語言狂妄，隨趲各船圍攻，曰：『先擒此賊，以挫其銳』。指揮間，聽見岸上砲聲不絕，響殺連天。快哨飛報，有賊從岸上殺來。先春疑惑未定，而芝龍大隊至。春無奈，向前督戰。芝豹、芝麟殺散鄉勇，搶拼魚船、艋仔，搖旗擂鼓，從舊鎮港出，隨先春船後，合攻殺來。春首尾受敵，坐潮而遁。諸船無帥，咸星散焉。芝龍大勝，會同豹、麟，亦不追趕，鳴金收軍。令芝虎領船五只灣白石頭，以作犄角（白石頭在舊鎮之南）。又令芝豹領船五只泊港口，以備先春復來。自領全隊舟師，隨潮至舊鎮，犒賞諸軍。另著芝莞登岸，安撫附近鄉民，禁飭騷擾。先春走到甘吉，回望芝龍不追，其神方定。見南風微起，即令駛上金門，投盧遊擊，再整船剿捕（遊擊盧毓英，字寧侯，原籍山東衛，蔭襲百戶。少年猛勇，箭有穿楊之能，兼精武藝。因日本倭番統船犯閩、浙沿海地方，總制胡宗憲題山東參將戚繼光前來征剿。繼光素知毓英猛勇，詳請隨軍。由浙入閩，屢建奇功，升千戶。迨興化陷，繼光奉令恢復，即著指揮使馬飛龍統船，毓英副之，從福州港出，水陸合剿。光由陸路至埔尾安營，選百人帶「臨時硬」欲去偷城。「臨時硬」者，系竹打通鋸斷，每節共串以繩索，頭上另縛一橫樑。未用時，放鬆則軟；欲用時，將索推緊則硬，如一枝竹然。將頭上橫樑掛住城垛，人可攀援而上。光帶此，令大隊掩旗息鼓，隨後而進，看火箭為號，便倚梯攻打。行十餘步，光將手按百人胸前，內脈浮跳者，即發回。如此數按，至興化府城下，只有自己與大旗李明二人。側聽譙鼓三更二點，遂將「臨時硬」掛住城垛，口含刀爬上。伏候巡更來，擒刺之，取其衣帽穿戴。敲鑼擊柝，緩步挨巡，凡遇者悉砍死。抵府署前，鼓方交四，倭番酣飲，咸熟睡焉。二人偷登鼓樓，將打更者殺倒。令李明下去附近處放起連珠火箭，將所帶火藥點燒房屋喊殺。自把樓上大鼓刳孔，爬進在內。李明火號放起，火藥亦發。倭番睡夢驚醒，不知兵從天降，朦朧中互相砍殺，不攻自亂。城外大隊見城內火箭連發，光焰燭天，掌號放砲，喊殺蜂起，雲梯齊泊。倭番兩難相顧，惟爭開四門逃竄。繼光復得城池，撲救餘火，安撫百姓，立即整軍追捕。倭番奔下夾板，乘潮而遁。將出口，又逢馬飛龍督舟師至。夾板砲聲轟天，哨角蜂鬥。飛龍揮諸船，且避其鋒。毓英向前高叫曰：『養軍千日，用在一朝。調我們前來，原是合剿，豈有陸師殺來，水師反縱其走。他如今是傷弓之鳥，速當進兵，以火攻之，再無不勝。好漢者跟我前進』！其船首沖。飛龍聞英言，遂不敢退。亦即發令鼓噪助威，一齊攻擊。毓英將火箭噴筒火烺盡放。倭番雖精砲火鳥槍，其奈山上日夜被追，下船又逢此勁敵，終有膽戰心驚，砲發悉不準，故各船無不失措。兼之毓英坐上風，乘勢所攻，火器咸粘船上。況倭番船系「打傌油」造的，粘著者火盡發，火借油力，風助火威，首先二只火起，倭人救之不息，各跳水死。其餘夾板望見，無心戀戰，惟逃而已。此役毓英首功，擢指揮，轉升遊擊，大有聲名。召守金門）。
五月，巡撫朱之憑接洪先春初敗請兵，立飛檄令盧遊擊帶船與洪先春合征。毓英正在遣員知會，忽洪遊擊奔投，哭訴致敗情由。英曰：『量此遊魂小醜，無難平也。長兄寬懷』！隨整頓本轄舟師，同先春進剿。偵者報芝龍，龍集諸弟曰：『盧遊擊雖稱宿將，素未逢勁敵；況今老矣，無能為也』。謂芝虎曰：『汝帶雙帆■〈舟宗〉船五只，扮作商船，陸續寄泊島美、浯嶼』。芝鵬！汝帶小魚船三只，前往東椗一帶釣魚哨抹（東椗，海中石名，在鎮海衛前）。若盧遊擊船出，即飛報芝虎，以便合攻』。分撥去後，龍帶戰船八只，出泊陸鵝候敵。其餘船隻，令芝鶚、芝燕等盡藏散處，看我退師，出沖擊，則彼可擒。
七月，毓英自負昔日威名，大意欺敵。一見芝龍船僅數只，即揮軍沖擊。芝豹率二船接敵，未幾合即退。龍鼓全■〈舟宗〉齊進，互相攻打，來往沖突。奈風稍逆，龍亦退下。英見其連敗，乘勢追趕。芝虎得芝鵬報，尾其後順風而來，大叫：『勿趕！有吾在此』。龍見虎船已到，即揮諸船轉戰。英聞後有賊船，遂同先春禦之。芝鶚等見龍師退至港口，亦合出齊沖，毓英船■〈舟宗〉遂散。芝虎、芝豹環擊英船，英身中五箭，負疼死戰。豹將搭鉤搭住，芝虎一躍過船，連砍數人。豹亦乘勢跳過，大喝落艙者不殺，毓英遂被芝虎所獲。龍見二弟俱跳過毓英船，隨合攏前來，鳴金收軍。龍忙過船，喝虎曰：『休得無禮』！改容向英揖曰：『舍弟鹵莽，誤犯威顏，冀將軍寬宥』。英曰：『敗將惟有死而已，將軍何必加禮』？芝龍曰：『將軍朝廷命官，龍安敢不敬禮？非龍敢拒將軍，實不得已耳』！英曰：『曾聞將軍業已招安，而又逸出。今將軍不殺毓英，意欲何為』？龍曰：『某之受招安者，實感蔡道憲前日之恩，故不論輕重，諭到即歸。但道憲書獃，獎勵無別，不過分散安插而已。因此大眾失望，不得不逸去』。英曰：『以將軍之才貌，應為乾城重寄，豈肯碌碌無聞，難怪將軍其然』。龍曰：『苟一爵相加，應為朝廷效力，東南半壁，即可高枕矣』。英曰：『英不才，無力保奏，當為將軍薦揚』。龍致謝，帶芝虎等過船，令眾船鳴金鼓送盧將軍回師。英當被獲之際，自知必死；不料芝龍加禮相待，心實感激。次日，船進廈門，見都督俞咨皋（大猷之子），陳說戰敗情由以及芝龍始末衷曲。咨皋曰：『老將軍所言雖是；但我們武將只管征剿，至招安非所職掌。況將軍被獲發回，愈難言矣』。英聞「被獲放回」之語，羞愧無地；曰：『末將老而無能，故此被獲。但彼惓惓申意，又不得不為之言，正古人所謂知而不諱也』。咨皋曰：『將軍奉令征剿，今既如此，亦算失機。本都督未便擅議，應自赴省聽候軍門處分可也』。英作謝而起曰：『謹遵諭』；退去。咨皋即飛移軍門，毓英亦起身。
途次泉州時，蔡道憲已內轉，僅留太守王猷（字允〔原作胤〕方，粵之東莞人，丙辰進士），毓英謁敘。猷問勝負，英備述始末，稱『芝龍將才，因前受撫無職，空為安插，恐勢官欺凌，故此逸去。倘當事假以一命，決可再招。弟細思若招此人，年少英勇，盡可用也』。猷點首曰：『將軍所言，甚得權宜撫恤用人之要法』。英遂赴省。但朱之憑已接俞咨皋報文，內有云『盧遊擊舟師戰敗，被獲放回，辱身辱國，莫此為甚』之語。
八月，之憑正欲修文覆咨皋；而皋已親至三山（福州別號），會見之憑。憑責皋：『須會師刻期撲滅，豈可延縱貽害地方』？咨皋即飛檄千戶馬勝、百戶楊世爵，統船二十，前去剿捕。勝與世爵出泊鎮海衛，爵謂勝曰：『芝龍在舊鎮。我們二十只分為兩隊，明早我乘潮起，直入海內搗其穴，彼必然情急死戰。俟潮退，誘其出港，公督十只合擊，彼必星散，一戰可以成功』。勝曰：『此議甚妙』！遂與世爵分船，各叮照應。芝燕、芝鸞適在東椗，瞭望鎮海有許多戰艦，即著兩個能幹軍士作漁父，坐小艇帶鮮魚數觔混入■〈舟宗〉內，以賣魚為由，偵探消息。尚隔里許，各相喚爭買。二人望尾樓上插五方旗者，攏賣之，故意叫苦：『海面不寧，難作生活。今幸大師進剿，我們就有性命；但不知老爺是誰』？軍士曰：『我這船是馬老爺、那船是楊老爺，極出名、會打仗』。始末皆說。二人聽畢，收了魚錢，飛駕從連江還舊鎮回報。芝龍方知是馬勝、楊世爵奉令前來。芝虎聞說，大怒曰：『亦不必煩哥哥動身，弟自領船十只，擒此二賊』。龍曰：『馬、楊二人是千戶、百戶中之最驍勇者，吾弟未可輕視』！虎曰：『哥哥何長別人志氣？若不生擒此賊，誓不為人』。龍曰：『吾弟既欲前去，須著芝豹同行。凡事要相機而動，不可徒恃血氣之勇』。虎應諾，即領船十只，同豹乘潮落出港。天明，到將軍澳前，搖旗擂鼓而進。馬、楊二人遇之，笑曰：『狂奴來尋死』。發令迎敵。自巳至未，火煙蔽空，往來沖擊，不分勝負。龍見虎悻然而去，虞其有失，自帶船六只前往觀敵。馬、楊二人正在酣戰之際，忽見虎後添船，未知幾多，遂爾怯戰。被芝虎沖過，持火罐擲去，火遂發。世爵同軍士救無及，俱赴水。馬勝見世爵船中起火，轉舵欲救。芝豹尾後赶擊。虎又迎敵與戰，發斗頭砲將勝船打穿，延著火藥桶發火。馬勝情急，抱銅砲沈於海底。虎、豹揮船攻擊，龍又合擊，連沈船三只，餘艦星奔。龍方鳴金收軍，仍回舊鎮。馬、楊所統之船燒沈五只、敗壞六只；其餘傷殘者，回報失機情由。
九月，俞咨皋知楊、馬二將陣沒，即咨副總兵陳希范刻日進剿。偵卒探報芝龍，龍曰：『希范酒徒耳，一鼓破之』。遂整船出，相遇於杏仔。芝虎首沖其■〈舟宗〉，豹繼之，人莫敢禦，范坐潮遁。芝莞、芝豹等合攻，楊六、楊七船不敢前（楊六、楊七系受招之盜，後復叛去，被龍所斬，有刻楊略、楊速者誤也）。百戶洪應斗四面受敵，勢窘發火自焚；百戶張選舉抱■〈舟宗〉銃赴水死焉。俞咨皋接報，飛調閩安、興化、永寧、銅山、陸鵝、懸鐘、鎮海、金門眾指揮千百戶諸船齊到，聽令出師。龍偵知，集諸弟會議。芝蚊勸龍且避粵東。龍曰：『咨皋膏粱紈褲，徒讀父書，虛有其名。何必遠避』？芝虎曰：『弟願為先鋒』。龍許之，整船以待。俞咨皋調軍已齊，以指揮張挺桂、千戶林盛二人領船各五只為先鋒，指揮楊國柱、李應龍、千戶吳虎、傅圭各領船五只為合後。咨皋自坐大－船，豎一帥旗，為中軍提調。又令指揮黃勝、胡如海、黃庭、李廷圭、千戶周之士、何世雄、林勳、姚應科、百戶王飛熊，李夢斗等各坐船一只，為中護衛沖鋒。以遊擊商世祿領船五只，為監督接應。調撥已定，擇日祭江出師。
芝龍在舊鎮，日則差芝虎、芝燕等輪流駕大船十只、快哨二只，於陸鵝將軍澳瞭望。如有敵情，即便飛報。忽廈門細作探俞都督於六月初八日出師。龍即諭諸弟曰：『明日此敵，惟王飛熊、林盛、李夢斗三人深識水務，兼有膽略，當先除去！其餘碌碌群雞，不足介意』。令芝虎為副將、芝彪駕船十只為先鋒。又著芝豹、芝鳳、芝豸、芝獬、芝鵠、芝鸞、芝鶚八將，各坐一船，乘夜潮駕出青水墘，然後回頭，約明日午時從東椗殺來。又令芝莞、芝麒、芝燕、芝蟒四將，領船各四只，作左右救護。自領芝熊、芝鸞共船六只，居中策應。是夜三鼓，龍統眾出泊陸鵝。天明，咨皋大隊至，列陣飄揚，炮聲振天，煙燄如雲。芝虎恃勇，率諸眾沖■〈舟宗〉，與林盛、李夢斗等互相攻擊。自辰至午，雖各損傷，卻未分勝負。芝龍見不能取勝，又望芝豹之船未見影響，無奈親督■〈舟宗〉船一齊沖入。忽孫雄船被芝熊尾送一砲打沈。咨皋見雄船失，亦催船齊籠圍攻。將及酉時，芝豹大■〈舟宗〉已過東碇，聞砲聲不絕，順風潮赶來。咨皋見後面又有賊船將至，急傳令與商世祿帶領船隻分禦。世祿奉令，方指揮轉舵欲去迎敵，別船諸將不知是要分軍，誤為退師，各轉舵，一時全■〈舟宗〉鬨動大亂。咨皋制按不住，被芝虎、芝熊、芝莞、芝燕四將乘虛奮擊。王貴、林盛二船發火。芝豹、芝蛟等又從後殺來。皋首尾受敵，兼之潮起風逆，各星散而遁，咨皋亦退。芝龍揮軍急追，又連擊壞船三只。至浯嶼天昏，方鳴金收軍。
崇禎元年六月九日，俞咨皋遁入廈門，船不得連■〈舟宗〉，而軍失紀律。快哨又報芝龍大隊咸屯島美、浯嶼，急傳指揮傅圭領船十五只，前去南山邊青崎一帶灣泊，防其突入。廈門百姓，驚慌逃竄。咨皋亦不登岸，即停船水仙宮前。芝龍至五更水漲，吹角進師，圭整船迎敵。芝虎擂鼓首沖，圭船稍怯。龍乘勢趲其大隊齊攻，圭大敗。皋急催師進接，已無及矣，悉回舵星奔。龍追至海門收軍（海澄舊水口），號令不許登岸搶掠，即退出廈門港宿夜。天明，仍將舟師收回舊鎮。咨皋走至三叉河停泊，申報欲再大會師合剿。工科給事中顏繼祖疏參俞咨皋有曰：『鄭芝龍生長泉州，凡我內地之虛實，了然於胸。加以歲月所招徠，金錢所誘餌，聚艇數百，聚徒數萬。城社之鼠狐，甘為爪牙；郡縣之胥役，盡屬腹心。鄉紳偶有條陳，事未行而機先泄；官府才一告示，甲造謗而乙訛言。復以小惠濟其大奸，禮賢而下士、劫富而施貧，來者不拒而去者不追。故官不憂盜而憂民，民不畏官而畏賊，賊不任怨而任德。一人作賊，一家自喜無恙；一姓從賊，一方可保無虞。族屬親故擊楫相訪，虛往皆得實歸，恍若向現任官抽豐。偶或上岸買貨討水，則閭閻市里牽羊載酒、承筐束帛，惟恐後也。真耳目未經之奇變，古今曠見之元兇也。誰醞釀以有今日？則大將軍俞咨皋無所逃罪矣。咨皋七尺魁梧，自是將種；奔馳水陸，效有微勞。只因與吳淳夫為兒女婿（淳夫晉江人，庚戌進士，為工部尚書），線索相通，狼狽相依，遂至藐簡書如弁髦，視桑梓如秦越。丙寅招撫之議，實傾賊囊以充私橐，敢於孟浪主張。爾時按臣周昌晉及藩、臬諸臣，多訝其非策。而舊撫朱欽相憐地方疲困，不樂觀兵，姑聽其言，收楊六、楊七以為用。豈知撫寇者，必未撫之先，曉以利害、示以兵威，使彼搖尾而乞憐；又必既撫之後，散以原籍、領以保約，使之樂業而安生。而咨皋招之海，仍置之海。首從無分別，商民任劫掠；故今日授撫之職，即明日作賊之人。且也殺人可以不死，家享巨室良田之福，而身被黃蓋腰金之貴，人皆有所利而為賊，何所懲而不為賊乎？去年春間，羽書絡繹，咨皋抱頭三山，趦趄觀望。及標船標兵陸續先發，咨皋始出。副將陳希范嗜酒有癖，占風無智。泊舟銅陵之內港，流連杯酌。哨探報警，屈被鞭笞。賊已迫而纜未解，無怪九十餘之戰艦、千餘人之壯丁，盡投烈焰而葬魚腹也。最可痛者，把總洪應斗、張選舉奮不顧身，手刃賊級數十顆。賊以火攻，應斗、選舉以火攻賊，賊鋒稍挫。奈希范之揚帆遠遁，楊六、楊七之袖手旁觀，應斗自知不免，發火而自焚死。選舉勢窮，抱銅銃自沈於海底，有心人咸為流涕。希范既以身免，猶誣應斗以未知著落。天日在上，將誰欺乎？此恤典宜急，以慰忠魂。至撫臣朱之憑嚴檄楊六、楊七而杳然無蹤，咨皋始縮舌無辭。撫臣劾希范並及咨皋，人皆謂二將必伏斧鉞之誅。而財神有靈，冰山是倚，白簡已入長安，希范尚揚揚自得，儀從鼓吹，放銃開門。咨皋則掩耳偷生，聽強寇蹂躪內地，遊戲於同安、海澄、石碼之間；以至賊突入鎮門，離漳郡僅咫尺。非縣令曹履泰、劉斯泝臥薪嘗膽，保障於外，巡道朱大典發令指揮，彈壓於內，斗大孤城，幾乎斷送；而漳亦岌岌不保矣。閩事尚忍言哉！粵艘不通，歲荒米貴，小民枵腹，莫必其命。而咨皋反委官駕船買谷，名為給食於兵，而實則齎糧於盜，漳民爭欲臠其肉而寢其皮。淳夫雖一手障天，曲庇咨皋；而先帝明旨於撫臣疏中，直以攻堡燒船傷兵損將，詰其招撫之效安在，並究其釀禍之責，安所逃罪矣。後復於按臣疏中專責咨皋，以策後效，償前失矣。荏苒居諸，於今八月，不聞咨皋有尺寸之樹立，豈謂賊稍離汛地，遂可驕語驅除之功乎？賊避北風，非懾咨皋。閩粵輔車唇齒之勢，粵危則閩不得獨安，賊若再順風為陣，臣必料咨皋之束手無措。此在咨皋之罷斥宜早、希范之逮問難寬也』。疏上，下廷臣會議。俞咨皋即解任，陳希范聽處分（後二人咸問斬）。於是芝龍縱橫沿海，當事者莫敢問焉。
秋七月；新巡撫熊文燦接泉州府王猷條陳時事稱：『鄭芝龍兩次大勝洪都司而不追，獲盧遊擊而不殺；敗俞都督師於海內，中左棄城逃竄，約束其眾，不許登岸，不動草木：是芝龍不追、不殺、不掠者，實有歸罪之萌。今一時剿難卒滅，撫或可行。不若遣人往諭退船海外，仍許立功贖罪。俟有功日，優以爵秩』。文燦即批巡道鄧良知酌議。良知接批；即傳王猷問曰：『貴府所詳招安鄭芝龍一事，撫臺業已批下，著本道酌議，遣人招安。但查舊按前道系差黃昌奇去的，今者昌奇已死，不知欲差何人』？猷打恭曰：『卑府此詳，原有其故：前日盧遊擊被獲，鄭芝龍業將衷曲一一吐告。迨後曆觀芝龍行事，實有受招之意。今剿既不能行，日見猖獗，將為東南所患，故卑府詳請。今撫憲既批允，以卑府管見，還該令盧遊擊去的，其事方濟』。良知曰：『貴府所言誠是。但盧遊擊此時在省候旨，如何得去』？猷曰：『須憲臺稟請，一可以救援盧遊擊之危，二可以造生靈無數之福，一舉兩得』。良知是之，隨飛稟巡撫文燦。文燦接良知稟，內稱：『芝龍就招意既已吐露於盧遊擊之耳，今可著其前去。成功之日，許贖前罪』等語。文燦立調盧遊擊面詢曰：『盧毓英！查汝履歷，屢建勞勳，堪稱宿將。為何反遭此小寇所獲』？英稟曰：『罪弁奉令出征，敢不竭力？奈鄭芝龍年少猛勇，船隻最堅牢。毓英所統軍士，未經戰陣，一見即潰，故罪弁獨力難支，所以被獲。此等情由，還求憲天救援』。文燦曰：『今有泉州王知府詳文招安，巡道稟請委汝前去。若能招安芝龍，本軍門自為汝救解』。英曰：『招安芝龍，固是不難；但芝龍以前撫未加官爵，恐遭勢宦凌辱，是以逸去。今欲再去招安，若無官爵，恐不能服芝龍之心。憲天為國為民，必須酌議妥當，庶罪弁好去』。文燦曰：『芝龍不過一小寇耳，欲加大職，難以題請；若與之職小，他未必如意』。毓英曰：『凡事當相經權，苟有利於社稷，「春秋」許之。今日招安鄭芝龍，不但安民生，且為國家得人用』。文燦曰：『本軍門給爾令牌，前到泉州與道府相議，酌量而行』。毓英叩謝，出領文牌。下泉州，先見知府王猷，致謝提拔大恩，次及招安事。猷曰：『將軍此去，自然成功』。英曰：『芝龍自然受招。第去招撫尚有一事最要者未妥』。猷曰：『請明其說』。英曰：『前見撫臺，弟亦面陳，若無官職，難買芝龍之心。撫臺著弟前來與公祖並道尊商量』。猷曰：『弟前文業已詳明，著其退師海外，將功贖罪。俟有功之日，另優以爵秩。況今李魁奇（有刻李芝奇者，誤也）。並了陳衷紀，楊六、楊七叛去（有云楊祿、楊策者，誤也），肆行烏洋，褚彩老劫掠沿海，劉香老擾害惠、潮及南澳地方。將軍此去諭其招安，擒滅諸盜，撫臺自然特本加以重爵，為朝廷股肱。豈不勝於遊蕩波濤乎』？英曰：『公祖所諭極是，足以服芝龍之心』。遂隨王猷謁巡道。猷入，將所議招安始末陳明。良知大喜，立傳毓英。英謝救援畢，良知曰：『撫臺發文前來與本道同知府商議，王知府所回之話甚然有理，汝可前去。事妥之日，本道自然申請為解前愆』。英曰：『今日得起白骨而肉者，皆老大人之賜，世世銜結』！遂辭起身，竟往舊鎮。先差人通知芝龍，龍隨遣芝鵬引接到船，各相致意。龍曰：『今日何幸得將軍駕臨，實慰芝龍素願』。英曰：『弟老而無能，前荷將軍不殺。回到中左，被俞都督申報失機。邇蒙泉州王府尊詳請撫臺，撫臺委弟前來招安。業將將軍衷曲一一剖明，甚是歡喜。著將軍退師海外，立功之日，定然保題，決不負將軍歸誠之意』。龍拱謝曰：『此皆將軍游揚之德，異日自當厚報！須煩將軍婉回，通行各處，庶使將士便於採買糧食』。英曰：『此自然之理。但將軍亦當嚴飭諸人，登岸毋得放縱，以累名譽』。龍曰：『謹受大教』。盡歡而散。
九月，芝龍舉其眾降。差芝燕、芝鳳帶金銀幣帛，同毓英入泉州城。先見王猷，次見鄧良知，代芝龍陳始末，願拜門下，繳上厚禮。各大喜，即行文本府沿海衛所，許芝龍軍士登岸採買。又為申請軍門，內稱：『芝龍傾心向化，情願自新立功贖罪，從此沿海地方得以寧靖』等語，交毓英上省。英至省投繳文燦，文燦即傳英進問。英一一代芝龍稟上：願充轅門犬馬報效，所有福建以及浙、粵海上諸盜，一力擔當平靖，以贖其罪。並呈重禮。文燦大喜，收之。立即通行全省，准芝龍招安，候旨定奪；遂以義士「鄭芝龍收鄭一官」功題，委為海防遊擊。又委毓英為監督，督芝龍軍平諸盜。立功之日，再為題請（按芝龍與思齊為盜時，名一官，迨齊死，問天筊時，改名芝龍。當道縉紳受賂庇護，無可為辭，故以「芝龍收鄭一官」題請）。
毓英齎軍門檄諭同芝鳳回泉，見府道。府道亦為英喜，囑其速督芝龍立功。英星馳到舊鎮，會芝龍。龍詢鳳、燕，同道府口氣，並觀軍門題稟，大悅，致謝毓英。即整頓船隻，以便征剿。英曰：『將軍此行先平何人』？龍曰：『陳衷紀等原有八拜之交，今為李魁奇所並，當誓師先除此賊，則公私可以兩盡』。英曰：『將軍情義深重，調度有方，真令人感激敬服』。龍隨差快哨出洋，偵探魁奇住處（李魁奇者，漁父也，泉州惠安人。從幼出入湄洲沿海。深識水性，身藏水底，半日不起，口能轉氣，眼見諸物。年二十九，兩臂有七百斤之力，糾合諸漁船，劫掠商艘。適會集澎湖，候截呂宋洋艘。其陳衷紀等自與芝龍分別，復往臺灣。因眾咸沾疫症，及知芝龍逸出，不能前進。後諸人略痊，方統船過來聚首。不料至澎湖遇李魁奇，奇即揮船圍擊。陳衷紀、楊天生、陳勳等原雖猛勇，終是新病才好，安能敵奇新出之犢，隨為所傷。僅存李英同通事何斌一船，仍回臺灣。故此李魁奇獨霸橫行，目空群盜）。
崇禎二年四月，奇正率諸船在遼羅地方候劫商艘。鄭芝龍得報，令芝虎、芝豹為先鋒，芝彪、芝鵬為應援，自領芝鶚、芝豸等同盧毓英為合後。時彪、虎、燕、豸四船齊到，各逞夙威，兩相攻打。守金門之哨船忽聽砲響，亦駕船從城仔角出，而芝龍大隊亦至。魁奇寡不敵眾，就轉舵欲遁。適南風起，龍一船牽舵乘勢沖下。芝蟒持火罐拋過，魁奇忙將木棍打落水中。芝豹藉風合擊，趕將搭鉤搭住，被魁奇一刀洗斷開去。芝麟又將火烺噴筒燒來，魁奇遂將船舵擺開，悉為橫風吹散。不提防芝虎船從後趕殺，聲如巨雷，大喝：『死賊！今日決難饒汝』！搭鉤搭住，執牌躍過。魁奇接敵，互相交鬪。奇夥合併，虎逞力支禦，勢已危迫。幸陳霸、陳秀亦跳過。霸砍散環眾，秀一槍刺倒魁奇（陳秀，海澄人，後封武功伯。獻仙霞關投誠。陳霸，南安石井人，呂姓，為陳氏養子。人品肥矮，渾號「三尺六」，踞南澳。入粵東投誠，封忠勇侯）。芝虎乘勢連砍二人，餘悉伏艙或赴水者。龍見魁奇被砍，遂大呼：『降者不殺！你等原是良民，投順自然重用』。是以所有船隻咸落頭帆降，龍收其眾。令割魁奇首級，設位哭祭陳衷紀等。然後回師，申報軍門。文燦接捷，知龍陣斬李魁奇，收其全夥。差旗鼓張彬齎諭帖銀牌，前到遼羅犒賞，並許轉題參將。巡道與泉府，亦差知事林旭齎銀牌羊酒犒賞，並安插魁奇黨。芝龍大悅，各答厚禮，具稟伸謝。
六月，芝龍斬叛賊楊六、楊七於浯洲港（浯州，金門別名），收其眾。
八月，褚彩老掠閩安，文燦檄芝龍。龍追於南日，滅之。
崇禎三年庚午夏五月，芝龍因憶火光夢中之異，修書遣芝燕駕船往日本，迎接翁氏並其子回來。日本國王因顏思齊集船謀奪不成，從此加意防範唐人。而翁氏與芝龍倏爾別去，雖屢翹首雲山，其奈盈盈帶水何；惟日撫其子。喜子頗可人，又舉止異眾。一日報唐船到，父女正在計念間，突聞呼叫之聲。翁翊皇出接，兩未謀面；詢其由來，方知為芝龍差，欲接其女與甥回也。芝燕曰：『奈與國王再三說無此例，豈不徒費其勞』？翊皇曰：『國王見書歡喜，抑有怒色』？燕曰：『國王見書甚喜』。翊皇曰：『見書若喜，再作商量』。燕曰：『自然還要懇求國王，難道就回麼』？喚從人將所帶物件行李悉遷上翊皇家，住下。
然芝龍自遣芝燕去後，偶閒談間，見南風大盛，屈指芝燕到日本矣。旁有日本舊唐者到芝龍面前言曰：『到，諒到矣，恐國王未必允從』。芝龍曰：『汝何所見』？舊唐者曰：『日本從來未有婦人入我中國，國王焉肯特破此例。必用一計服他，然後可』。芝龍猛省：『爾言有理。可覓畫師畫我形圖，駕統無數艨艟，旌旗飛揚，軍威雄壯。令芝鶚帶好漢六十名，新盔亮甲，器械堅利，乘此南風尾過去。聲言若不依允，即欲興師前來』。鶚領命行，八晝夜到日本。芝鶚入港，將旗幟器械擺列整齊，金鼓喧天。一時日本駭然，恐是侵犯之船，砲臺預放，以觀動靜。迨至落椗，其疑方釋。芝鶚上山，將畫圖送入。國王收閱，集諸文武會議曰：『鄭芝龍連發兩書，遣人前來，未知作何發付』？輔國將軍（日本之權，全在輔國）啟曰：『邇聞鄭芝龍兵船甚盛。今連發兩書前來，欲依他，從無此例；若不依他，恐一旦加兵，亦是費事。以臣管見，不如將兒子送還他，其婦女說從無此例，則一舉可以兩得矣』。國王大喜曰：『此議甚當』。立傳翁翊皇面諭。皇領命回家，與燕、鶚及女兒說知。
九月北風起，國王回鄭芝龍書，送其子交芝燕、芝鶚載歸。翁氏臨別之際，悲喜交集（喜者，喜其父子相會；悲者，悲未得見夫君，今反失其子），牽衣慟泣。芝燕、芝鶚共慰之，勸曰：『歸去商量，自當設法再來迎接』。隨解纜。順風十月到安海。芝龍望見其子儀容雄偉，聲音洪亮，屈指已七歲矣。追憶生時奇兆，甚喜。延師肄業，取名森，字大木，讀書穎敏。但每夜必翹首東向，咨嗟太息，而望其母（日本在東）。森之諸季父兄弟輩數窘之；獨叔父鄭鴻逵甚器重焉（逵字聖儀，別號羽公，庚戌進士）。每摩其頂曰：『此吾家千里駒也』！有相士見之曰：『郎君英物，骨格非常』！對芝龍稱賀。芝龍謝曰：『余武夫也，此兒倘能博一科目，為門第增光，則幸甚矣』。相者曰：『實濟世雄才，非止科甲中人』。性喜「春秋」，兼愛「孫吳」。制藝之外，則舞劍馳射；楚楚章句，特餘事耳。事其繼母顏氏最孝。於十一歲時，書齋課文，偶以小學「洒掃應對」為題，森後幅束股有『湯、武之征誅，一洒掃也；堯、舜之揖讓，一進退應對也』。先生驚其用意新奇。
崇禎六年癸酉冬十一月，劉香老焚劫小埕，芝龍統船擊之。香敗，遁粵東。時諸賊咸稱其「香老」。姓劉，漳之海澄人，五短身材，性極驍勇。勾引無賴，駕小船出金門，劫掠商舡。突起猖獗，聚眾數千，有船大小百餘號，殺傷官軍，橫行粵東、碣石、南澳一帶地方。
崇禎七年甲戌夏五月，熊文燦擢兩廣總督。十二月，文燦檄惠、潮分守道洪雲蒸、巡道康承祖、參將夏之木、張一傑，親到香船招安，被香留困。
崇禎八年乙亥春三月，文燦會同閩撫鄒維璉檄鄭芝龍，統所轄船收劉香老。芝龍將新舊船隻分為三程：第一程芝虎、芝豹為先鋒，領船十只，快哨四只；第二程中軍坐駕芝龍同盧毓英、芝鵬、芝蛟等，亦領船十只；第三程芝彪、芝鳳、芝麟、芝豸、芝鶴、芝鶚、芝獬、芝鸞等，各領船一只為援剿。擇日祭江出師。
四月，南風已發，芝虎等船不順，行稍緩。劉香在甲子，聞芝龍奉兩廣令牌，統船會粵師，不日即到。劉香大怒曰：『一樣皮毛，素無仇敵，何苦為人作鷹犬也！他見我們前歲小埕之役稍避其鋒銳，彼就洋洋得意。吾誓必擒此，方快我願』。即令李虎三、楊韜、陳玉、林武帶船前去田尾洋防禦。又令其弟金同康鐘、李飛熊、張斌帶船來往救援，自領大隊脅洪雲蒸共船迎敵。
芝虎船行至十日，方到田尾洋，與李虎三相遇。自巳至申，互相沖擊，軍士各損傷，而未分勝負，遂兩收金。次日又戰，適香督船至，合擊，芝豹、芝虎受困幾危，幸芝鵬、芝豸、芝麟、芝燕船到，沖■〈舟宗〉救出，退十里停泊。是晚芝龍大隊到，詢問情由。天明，芝龍率諸船列陣分擊。香出洪雲蒸退敵，雲蒸大呼曰：『吾矢死報國，亟擊勿失！亟擊勿失』！香大怒，立刃雲蒸。各飄揚互攻終日，會天晚罷戰。
芝龍大隊泊赤湖，謂諸弟曰：『今晚我們船泊在下風，半夜水轉，劉香必乘潮水沖來。芝豹汝可帶船往來飄駛，以防不測。芝虎汝可帶船五只，在前椗寄椗。如遇有警，可放起連珠火箭，以便前來接應』。又發令：『凡有船隻浮水寄椗，頭帆勿落，火砲預備，軍士衣甲在身』。劉香船仍收田尾，虎三過船見香曰：『鄭芝龍恃強，不識水性，今晚在赤湖。主公可點齊船隻，多設火器，俟夜半水起乘潮順風沖去，芝龍可擒』。香曰：『此計甚妙』。遂各預備。至二更時分，潮起，風果微來，香加額曰：『此天助我誅此狂奴』！即統全隊行。甫至半途，忽前隊瞭望報曰：『前面一派黑影，恐是船來』。虎三曰：『他船泊在赤湖港，何得此處有船？令各船提防，聽我砲響一聲，齊赴殺進』！芝彪見水漲二分，即令椗起浮水，徐行而進。遠望前面搖動似船，乃曰：『不出所料，今果來矣。椗帆俱起，安砲守候。聽吾掌號，一面攻打。一面放起連珠火箭』。虎三一船先到，即喝：『前面何船』？芝彪不應。令掌開砲，直沖過去。芝虎、芝豹望見火箭連起，砲聲轟天，隨督轟前來。劉香大隊亦至。渾殺至日午，稍停戰。芝龍曰：『劉香調度有法，虎三真個勇猛』！芝虎聽見，大喊曰：『此賊有甚難破？俟吾擒他』；一船破■〈舟宗〉直入。手執藤牌，口含大刀，爬在船末。望香船將近，一躍過去亂砍。香即接戰，眾又合鬪。龍遙見，忙督船往救。芝鵠一船從橫沖去，被香橫身熕發出，裂開沈下。芝蟒船逼進，踮在斗頭上，拋過火罐，香船著火。虎三見香船發火，急來救時，不防芝豹從後趕來，發一門斗砲，竟穿虎三船尾樓，打死舵公，透入官廳礙火桶而藥發，直從桅邊斗頭出，其船亦發火。虎三救不及，情急抱銃沈於海底。芝虎與劉香見火熾，難以脫身，互相亂砍，一並焚死。芝豹、芝彪又連擊沈船數只，方揮招旗招降，遂鳴金收其部眾，僅走劉金三船投瓊州去。送康承祖、夏之木、張一傑等回粵，併發還擄掠婦女，具文申報。大痛哭芝虎、芝鵠身亡，令人廣撈屍首，五日不可得。停甲子所，延僧建七晝夜梁皇寶懺，祭奠二人暨陣亡諸將士，然後班師。劉香既滅，海波不興，鯨鯢屏跡，實賴芝龍之威制（附記：芝虎，龍胞弟，膽略猛勇，渾名「蟒二」。因聽龍誇劉香、虎三好漢，心忿跳船，並香同死。常顯聖零丁洋；今粵東虎門外，群奉祀之，甚然靈感）。
崇禎十一年戊寅五月，鄭森進南安學弟子員。
崇禎十二年己卯夏六月，荷蘭國郎必即哩哥駕大夾板船九只，犯閩、浙地方。郎必即哩哥者，荷蘭國之健將也，力能舉鼎，兼精劍術。其國之人，白面紅鬚，鷹鼻貓眼。原無船隻。因永樂差太監王三寶下西洋，偏歷諸國，聲言取寶，實偵建文。船到其國，國人懇求船式。三寶慮其有船，則可渡海，騷擾邊疆；故意持一管壞筆，畫一個扁圈，中間首尾直豎二、三節，將筆毛刷開，亂畫幾畫，與他。豈知荷蘭人性乖巧，就畫樣打造，所有筆毛，一畫安繩一條，為船中索路（俗云：夾板船索路多也），造成船隻駕駛，比中國船加倍堅牢，且火器甚精。屢到中國，帶嗶吱、哆囉呢等貨物貿易。回則停舟海中，一人坐在桅斗上，持千里鏡，四方遙觀。有商艘，則將所佩小船五、六只放下，每船坐六、七人，俟船將到，圍籠。如我們伸頭禦敵，他將鳥銃吹打，一鎗一個並無虛發。是以海上最畏遇他，所謂「來商去盜」，明季之「防貓兒眼」，即此。是歲統夾板船九只，犯閩、浙地方，官軍屢為所敗；軍門仍檄鄭芝龍平復。芝龍接文嘆曰：『盧寧侯毓英惜已死矣！使其今日若在，則破此易易耳』（毓英於十一年死，曾平倭，故云）。遂著芝豹、芝彪為先鋒，芝鳳、芝蟒為左右援，自領芝麟、芝燕、陳秀、郭儀、陳霸等居中調度。臨時又叮彪、豹曰：『夾板利害，非比我們的船。凡事當先覷方便，可戰則戰，勿得恃勇；徒自損滅耳』。豹領令去。至湄洲外洋相遇，互相攻擊。將及申時，芝龍船到，環圍迫戰。奈夾板船隻高大，兩邊遮蓋堅固，火砲利害，無計可施。反失芝蟒、芝鶴二船，傷者甚眾，方鳴金收軍，入泊楓亭港口。即喚芝豹、芝彪等，囑咐曰：『夾板堅牢難破，須用火攻，方得取勝。汝可選帶慣水者五、六十人，小漁船七、八只，將大竹鋸筒，每人腰間帶兩個，船中麻棕灌油，並硝磺引火之物，船頭以鐵鍊帶釘。他船高砲遠，漁船小而撐快，直沖到彼船邊，將斧釘住發火，人跳下水，浮漾走回』。二人隨選慣水好漢，備辦起火諸物暨小船停當。龍即整師出敵，往來攻打。芝豹即發小船依計而行。果夾板船高砲遠，小船撐快如飛，到即釘住發火。悉跳下水，或沈、或浮走回。芝彪又令快哨撈救，連燒夾板船五只，餘敗遁去。
德興從山東登、萊、青、曹，由浙江寧、紹、臺、溫等處，會同有司，酌議踏勘，設置分封。迨入閩，至泉州建永寧衛。過石井安平地方，見龍勢飛騰，山環而相顧，水潮而有信，旗鼓顯耀。印劍生成，徘徊瞻玩。憶奉命時，曾受密旨：『斷沿邊孽穴』。今觀此地，應為斬斷，遂傳南安知縣楊廷志，取討人夫，備鍬鍤。是夜，德興忽夢二人跪告曰：『公奉旨勘踏地脈，斬除孽穴。適觀此處飛騰踊躍，疑惑於懷；欲為開斷，以銷國患。但此地不然，發脈於臨汀，起伏於紫帽，蟠騰隱現，實歸安江；其左輔右弼，氣象萬千。上帝業命餘保護此土，以俟後來之有德者葬其中，應出五代諸侯，為國朝嘆氣。幸勿輕為開斷，以違帝命。謹記！謹記』（東旭曰：從古盛衰皆有數，聖明空算滿枰棋。雖然識破機關處，三尺冥冥自主持）。德興驚覺，漏方三鼓。細思此夢甚異，明是此處山神，奉上帝命在此守護，求我勿得擅開，後來當出此五代諸侯，為國朝嘆氣。輾轉思維，當再為審詳酌奪。次早，德興按夫役，親登嶺上。遙望波濤洶湧，山勢嵯峨，發跡環繞。不但尖圓秀麗，氣概雄壯；及山窮水盡，愈玩愈有意味。再步山巔，見大石鐫「海上視師」四大字，旁「宋朱熹書」。訝曰：『先賢業有明鑑！此乃天數，豈可違逆』？徘徊而下，散其夫役。至同安縣，設高浦所。濬一井於來龍之白鶴山上，深十餘丈。熔化生鐵數千斤，傾入井內。其所前有大石二十八塊，每石令匠分劈兩片（諺云：「白鶴山，珠嶼案，誰人葬得著，天下得一半」。故德興有是舉）。渡江置金門所（即浯州）、中左所（即廈門）。又建鎮海衛，以及陸鵝、懸鐘、銅山諸所。畢，會同軍門請旨，分給有功將士。然後從潮、惠、粵東建衛所回京復命（按：此地，宋朱文公諱熹，初除同安主簿，經過此處，觀鴻漸山木星挺秀，喜其地。迨至山上，見海潮洶湧，五馬脫氣，遂令匠勒「海上視師」四大字於石。及江夏侯周德興建銅山所，城設四門，而塞其北，從未有發科甲者。至巡海兵備道蔡潮點軍至銅，見北門不開，哂江夏侯之未全識也，理當開以收逆水。令人挖之，內豎一石，書「遇潮則開」四大字。潮嘆服曰：『夏侯真神人也』！從此，銅山文物濟濟）。
後此地被鄭達德遇異人廖明師為之指葬，名為「五馬奔江」（達德，芝龍二世祖）。傳至曾孫紹祖（芝龍父），充泉州庫吏。是年萬歷甲辰，三月初十日，春暖融和，天氣晴明。廈門忽爾雲霧四合，雷電閃爍，霹靂一聲，海渚劈開一石，中悉隸篆鳥跡，識者文之曰：『草雞夜鳴，長耳大尾，銜鼠干頭，拍水而起。殺人如麻，血成海水。揚眉於東，傾陷馬耳。生女滅雞，十倍相倚。志在四方，一人也爾。庚小熙皞，太平伊始』。人咸不解其語。十八日辰時，芝龍生。其母黃氏夢三婦人引紅霞一片堆於懷，徐而採抹地下。取名一官。越戊申，一官五歲，紹祖送啟蒙，取名國桂，頗聰明。庚戌，一官七歲。讀書放午歸於途，戲石過牆，誤中太守蔡善繼紗帽。繼失驚，遣人擒入。紹祖為免巾請罪。善繼見一官眉目清秀，氣宇軒昂，贊之曰：『此寧馨兒也』！賞而釋之。
天啟元年辛酉，一官年十八，性情蕩逸，不喜讀書；有膂力，好拳棒。潛往粵東香山澳尋母舅黃程。程見雖喜，但責其『當此年富，正宜潛心。無故遠遊，擅離父母』。一官詭答以『思慕甚殷，特候起居，非敢浪遊』。程留之。
至天啟三年癸亥夏五月，程有白糖、奇楠、麝香、鹿皮欲附李旭船往日本，遣一官押去。然前日本與今不同：今之日本，凡船隻到港，人都入在班中拘束，不許四處散歇。交易只許六十萬兩，各船勻攤，數足將餘貨發還，給水米蔬菜駕回。昔之日本，最敬唐人（凡各洋悉唐朝與通，故稱中國人曰唐人），船一到岸，只有值日庫街搬頓公司貨物（公司乃船主的貨物洋船通稱）；其餘搭客暨船中頭目、夥記、貨物悉散接居住，轉為交易。婦人雖跣足蓬頭而姿色羞花，宛如仙女。且頭髮日日梳洗，熏以奇楠，不似中國抹以香油也。客至其家，最敬者或茶或酒，杯盞必擦以頭髮，然後斟而送客，余詠有『奇楠氣味生餘瀝，薌澤嘗粘齒頰芬』之句。所以抵日本者，即沾泥柳絮亦欲逐春風而往，況一官正在方剛之年乎？亦是天數該然，赤繩系足。本街有倭婦翁氏（倭日本別號），年十七，夭嬌絕俗，美麗非常。見一官魁梧奇偉，彼此神契；第不得即為雙棲並一耳。一官遂聘之。合巹後隔冬住下（凡洋船乘南風而去，東北風而回，而未回者即曰隔冬）。
天啟四年甲子六月，有福建漳州府海澄縣人，姓顏名思齊，字振泉，年三十六，身體雄健，武藝精熟。因宦家欺凌，揮拳斃其僕。逃日本，裁縫為生。居有年，積蓄頗裕，疏財仗義，遠邇知名。是歲唐船販日本者甚多。思齊與大赤般財副（赤般船名，財副管理一船貨物）楊天生、陳德（字衷紀，海澄人，猛悍邁眾）、張弘（一作宏）交稱最好。天生字人英，年三十，泉州晉江人也，算法精敏，最熟大刀；且言語便捷，桀黠多智。朝夕盤桓，遂成水乳。一日偶共飲微酣，思齊嘆曰：『人生如朝露耳，若不能揚眉吐氣，虛度歲月，羞作骯髒丈夫』！天生曰：『舜何人也，予何人也，有志者亦若是。長兄有此雄略，何愁久困。以余度之，此地可圖』。思齊嘆曰：『吾亦有心久矣，其奈力微何』？天生曰：『先以得人為要。弟當憑三寸不爛舌，鼓動各船之傑者尊拜我兄為盟主，然後徐徐說之，則事可成矣』。思齊曰：『此非吾弟不可。事成富貴與共。聞李德船中有一姓洪名升，為人慷慨豪邁，甚好藤牌』？天生曰：『與弟最厚』。（升）字杲卿，年方二十六，系興化府莆田縣人。其祖至同安，因而在同住家。藤牌正跳七尺，倒跳一丈。思齊思此人當招之。天生曰：『他亦極慕長兄名譽』。二人談得投機，直至酩酊方別。
次早，天生邀陳勳同到張弘船中。弘字子大，泉之惠安縣人，剛直勇敢，能舉五百筋青石，遍行教場一回，面不改容，故號為「鐵骨張弘」。適陳德、林福亦在船中。福字振祖，手足便利，渾號「深山猴」，善使標槍火砲，泉之同安人。天生敘談之際，就提起拜顏振泉為盟主之事，眾咸喜焉。林福舉李英、莊桂、楊經三人年少義俠，陳衷紀舉林翼、黃碧、張煇、王平、黃昭五人。福即同天生往招李俊臣（臣名明，漳之南靖人，風流灑脫，甚精鈀頭），俊臣許諾。
天生等回，於途遇鄭一官與何錦，天生招之。一官舉高貫武藝超群，並余祖、方勝、許媽、黃瑞郎、唐公、張寅、傅春、劉宗趙、鄭玉等共二十八人，於六月十五日，大結燈彩，香花牲犧，列齒序行，以鄭一官為尾弟。禱告天地：『雖生不同日，死必同時』之語。畢，燒化紙錢。眾拜振泉為盟主，大開筵席，暢飲而散。
自此之後，親契友愛，勝於同胞。惟天生每用言挑撥諸人，說日本地方廣闊，上通遼陽、北直，下達閩、粵、交趾，真魚米之鄉。若得佔踞，足以自霸。陳衷紀、陳勳、張弘、洪陞、高貫五人咸動心，向振泉謀曰：『天生所言誠是。大哥不可失此機會』！振泉曰：『公等如兒戲，然奪人之國，豈爾我數人而可』？洪陞曰：『非此之謂。未知大哥如何？大哥意若決，則吾會中諸人立呼可就，毋煩周折。其餘當徐徐誘之，則大事成矣』。振泉曰：『事當密秘，觀人而言。倘一造次，性命攸關』。諸人領諾而去。洪陞、張弘、楊天生既得思齊實意，欲往李明船中，途從砲臺經過，見守臺倭番整肅羅列，火砲齊備。天生猛省一驚，顧升與弘曰：『砲臺如此嚴謹，如此整備，恐難下手』。陞笑曰：『砲臺嚴謹，不過見我們船欲起身，加意提防耳。此何必介意』？天生曰：『君既胸有成算，試略陳其概』。陞曰：『兩臺倭兵，不過百有餘人，所恃者惟數門大砲。以弟愚見：每臺只用膽勇者五六十人，或清晨、或黃昏，乘其交換無備時衝入，將守砲者砍倒，砲車扭轉，連放數門。彼知所恃者已為人奪，安有戰志。另擇一位驍勇者統之，從中趕殺。再分百人兩邊放火喊殺，則可得矣』。天生點首曰：『所見略同』。遂到明船，與高貫（一作冠）、李英、傅春等商議。英曰：『不乘此時齊集舉事，更待何時』？弘曰：『言之誠當！不勝於終年波浪馳逐乎』？天生曰：『還須與大哥決定』。眾曰：『然』。同到思齊寓中。天生述眾意，勸速舉事。齊曰：『凡事當料己料人，方保萬全，豈可苟且？倘畫虎不成，反類狗耳』。天生曰：『兄所慮者恐人心未一乎』？齊曰：『然』。天生曰：『俟十二日弟設數席請諸位，令其各書名押號，並密約策應備敵之計』。齊曰：『此最要著，賢弟宜亟行之』！十二日，天生治席請二十七人咸至，依次而坐。酒至數巡，天生向陳衷紀曰：『今歲我們船隻不知交易幾多？貨物配搭不知幾多？篦金計搭幾多（日本出金，樣如篦，故曰篦金，色八成）？板銀計搭幾多？何船得利？何船虧本』？衷紀曰：『別船不知，就弟船中計算，虛頭多，大約獲利無幾』。天生曰：『冒波濤而涉風險，不能得利，亦就難了』。杲卿曰：『生理都好，奈此中抑勒，不與我們親自交關，憑他當事掣肘，京客尚有三年不得貨者』（日本系埠頭，其國亦稱日京，離日本三個月路）。子大突曰：『我們出於千波萬浪之中，反為倭奴束縛，將幾間板屋放一把火，大家焚了罷，怕他錢糧不是我們的』（日本之屋悉系木板所為）。天生只管搖頭。衷紀曰：『長兄不用搖頭。子大之言，大都不錯。弟亦有心久矣，恨無首領提調耳。今日大哥在此，眾人協力。衝鋒破敵之事，弟獨任之』。天生曰：『二位酒言！我等至此，頂履別人天地，休作兒戲』。思齊曰：『幸座中都是我們，若有外人，豈不惹出事來』。衷紀曰：『小弟之言，實出肺腑，並非醉語』。杲卿曰：『人生貴適志耳，碌碌何為？凡我在座，聽弟一言』！眾曰：『謹聽鈞諭』。杲卿曰：『今日此會，實乃天緣，生於中國，而獲聚一島。況大哥德望，素為人欽仰，共扶為主，乘時踞此，同享富貴何如』？眾大喜曰：『是』。天生、杲卿即斟酒一杯禱告天地曰：『座中諸人苟有異心者，天其殛之』！禱畢，又斟酒一杯，共扶思齊上座，環跪曰：『今日之事，大哥主之。富貴與共，生死勿替。若有違約束者，鳴鼓共誅』。思齊曰：『諸位莫非醉語否，何鹵莽若是』？天生曰：『大哥勿太執。我們所言，實從心出。今日化家為國在此舉、取禍殺身亦在此舉，幸為主決，莫作婦人之仁』。齊曰：『賢弟今日醉言，恐明朝酒醒，悉都忘卻，豈不誤事』？天生曰：『應立個規矩方可』。杲卿曰：『有單在此，眾人各書名僉號，以便調度』。眾欣然曰：『言甚有理』。遂各按名下書押。畢，遞與思齊曰：『願聽約束』。思齊曰：『齊實不才，因一日之長，既蒙推之，凡事當聽吾言，共成富貴』。眾咸曰：『毋再反悔，即赴湯火，亦不敢辭』。飲至三鼓方散。
甫出門，見天昏地黑，雨箭風刀，飛沙走石，鼓浪興波，令人震怖。天明，哄說海濤中有物，長數十丈，大數十圍，兩眼光爍似燈，噴水如雨，出沒翻騰鼓舞，揚威莫當。通國集觀，咸稱異焉。閱三晝夜方息。空中恍有金鼓聲，香氣達通衢。一官妻翁氏正在肚疼昏迷間，夢同眾人岸上觀大魚跳躍，對懷直沖，驚倒。醒來即分娩一男。一官聞之，不勝喜躍，方扶在「氈踏綿」上坐，忽聞四處吶叫『救火』！一官忙啟戶視之，見眾人齊來門首，作躊躇狀。問曰：『列位！火在那裏起』？眾曰：『都見是你家失火，故群來救。至此又無，豈不怪異』？一官曰：『我家那有火起？或是拙荊臨盆，燈火射出』。眾人方知翁氏生子，俱向一官作賀曰：『令郎後日必大貴！我們眼見光亮達天，非恍惚也』。一官謝不敢，眾散去。翁氏忙問一官曰：『外面何故這般喧嘩』？一官將眾人之言說了一遍。翁氏曰：『此亦奇異，我方才疼絞之時，略定睡去，如日在岸上，看那大魚一般搖擺騰翻，沖我懷中，驚倒醒來遂產』。一官曰：『想此兒必有好處，當秘之，善為撫養』。正秋七月十四（一作十五日）夜子時也。
一官自生子見火光耀室與夢中之奇，心暗喜焉。思齊率眾拜賀。過三朝十二日，思齊遣人請一官至寓叮曰：『此番舉事，惟汝年輕，汝須慎言語，切勿輕漏於婦人之耳』。一官曰：『大哥不須過慮。丈夫作事，自有定見，豈肯向兒女嗷嗷』。齊曰：『如此足見賢弟少年練達』。忽天生、杲卿至，問一官曰：『數日忙甚？姪兒想都乖巧』。一官曰：『月裏孩子，聊且過日』。天生曰：『這就是好。但弟婦面前此事不可與知』。齊曰：今日正為此特請他來叮囑，恐其少年失於檢點；倒亦老練矜持』。杲卿曰：『如此才是丈夫所為』。一官曰：『事貴神速，恐耽延日久，人多誤事』。齊曰：『總在八月間矣』。天生曰：『業已通知各位：一應索路帆席，收拾齊備，乘秋潮將船悉放浮水。所有柴米蔬菜，加倍配足，使倭人不疑。船中軍器砲火，全賴杲卿與子大二位調度。其中路統眾並上將軍衙者，衷紀。西路奪砲臺、領人釘砲者，子大。搶入東砲臺、督人扭轉砲身放砲者，俊臣。由東南率眾喊殺者，莊桂。其陳勳從西北角抄入，放火喊殺。大哥與一官領一隊沿海接應，小弟與李英統人分路接應。其調度各船杉板預備者，楊經。派定在單，大哥可著人傳諭，期在八月十五早』。思齊接單閱完，將單交一官，令他前去密傳。一官隨到各位通知調度。
八月初四日，各船悉放落港心，整頓收拾，靜候十五日舉事。
十三日，楊經壽誕，眾備禮作賀，經留眾飲。獨李英酒多，乘醉而歸，倭婦王氏接入殷勤伏伺。於情濃之際，英將十五日欲並國王事悉吐露焉。王氏曰：『砲臺兵許多，砲又大，如何做得』？英大笑曰：『你真癡婦。我們這些唐船就許多人，又舊唐人多少（來往者唐人，在地居住者稱舊唐人），合做幾路，放火的放火，占砲臺的佔砲臺。幾筒倭兵，何足介意？但你勿驚慌』。王氏曰：『有爾作主，我豈驚慌』。遂與英捶擦，昏昏睡去。至天明，英忘卻醉後語，梳洗畢出門，調理諸事。王氏即請伊兄六平到家，將英夜間所言，一一通知。囑其收拾貨物，免臨時慌張。王六平者，倭之開巨行，有心人也。聞此言，而自忖度曰：『此輩做起，其害匪淺，出首為是』。就詭應曰：『我就去收拾』。忙轉身到值日街，尋值日何必登。六平曰：『爾可知這些唐人做的勾當麼』？登曰：『不知。汝何這樣慌忙』？六平曰：『唐人結黨，約在明朝就欲焚殺並奪』。登曰：『汝有何據而知其詳』？六平將李英昨夜醉後對伊妹之言細陳。登曰：『果有是事，速同爾去見當事，以便啟王』。必登帶六平到當事楊復門首，問守門者曰：『裏面誰在』？守者曰：『翁翊皇在焉』。登曰：『可有唐人麼』？答曰：『無』。登囑六平：『汝且暫站。我先去報明，才來叫爾』。六平點首。登入，楊復望見問曰：『爾今日值日，來此怎麼』？登曰：『有要話欲回』。復曰：『甚麼話這樣要緊』？登曰：『可有唐人在此否』？復曰：『只翊皇爾我三人』。登曰：『此就說也無妨』。將六平所言伊妹始末，一一陳說。復曰：『王六平呢』？登曰：『現在門首』。復曰：『叫他進來』。登出叫六平入見。復曰：『唐人是如何做事，爾焉知其詳？當確實有據，不可妄生枝節』！六平曰：『我原不知其情。因李英是我妹夫，昨夜乘醉歸家與我妹說其始末，囑勿驚慌，故此舍妹早間叫我過去商量。我知而不言，罪同叛逆，特來出首』。復曰：『然，有之。我此數日見唐人備辦物件，收拾器械，與往歲不同。今汝妹之言大約不虛，此乃土地之靈、王上之福。翊皇爾且回去，別日來清賬，爾亦外面打聽。我領他去啟王』。
翊皇就辭出來，忙奔到家。見一官抱孩子同女兒在「氈踏綿」上頑耍（翊皇，翁氏之父，一官之丈人）。忙曰：『一官！不好了！爾們唐人做的勾當被李英妻舅王六平出首，才去啟王，就有兵出來擒拿。汝可速下船逃生』！一官聽見，魂不附體，飛跑出門。恰轉西澗，撲面遇天生、杲卿、子大三人，一官忙■〈揑，忄代扌〉於旁曰：『不好了！事已洩漏，王兵即出，可快傳下船逃走！我去報大哥』。三人聞說，分頭轉傳各人。一官奔思齊寓中，正遇陳衷紀、莊桂、高貫、余祖、何錦、傅春在許計議，忙曰：『我丈人來說王六平出首，事已敗露，王兵即來擒拿，快些下船』！齊曰：『你們快去傳說，各人速速下船』！只陳衷紀、傅春二人同一官、思齊合執大刀奔至海邊，見唐人紛紛亂竄。正十四日未刻，秋潮已漲，各船杉板、本處花葉（日本小船名）悉灣泊岸邊。思齊忙喚眾人下船，都各各爭先，急搖到大舡，起碇的起碇、起帆的起帆。當其慌忙之際，遙見倭兵亦四出擒拿。乃是必登隨楊復啟王，王傳鎮國將軍到，正在疑惑間，欲差人來喚李英說實；而四處值日見唐人鼎沸，飛報造反，王隨傳兵馬齊出，撥將前去，謹守砲臺，放打唐船。岸上有走不及者，或至海埏無船者，有群爭上船而船覆者，有得上船而急搖者。思齊招吶：『快來』！抽起杉板，開駛出口。
思齊一船正要開頭，砲臺上大砲連發，倭人亦慌忙。兼之潮落，風又微順，各船亦悉轉頭，坐潮緩緩而行。雖砲聲不絕，卻無壞船。一個時辰，船咸出口。思齊站在尾樓上，見將到洲仔尾，令人放砲，打招旗傳令，今晚暫泊此處議事。但思既幸脫虎口，船不急去，而就泊港外，豈不虞倭人出追乎？日本因前犯浙、閩、粵東三省邊界（明季之防倭者是也），擄掠陷城。總制胡宗憲令大將戚繼光追捕，剿殺殆盡，所剩回者可數。國王從此將大小船隻去舵，以絕不肖倭人出洋作反。思齊籌之熟矣，料他船隻缺舵，難以追趕。正傳灣泊，諸船聞號砲，悉一條鞭停住落碇，各搖杉板到齊船中。齊接眾人上船，互相安慰畢，乃曰：『幸脫此險，不知諸兄弟可有失落否？』天生曰：『都下來了，並無失落』。齊著團坐。遂曰：『只差一日，就得成事，莫非天意！若不是一官通知，幾乎遭難，此亦列位福氣，但不知何由得知』？一官答曰：『是我丈人往楊復班中算賬，何必登領王六平出首，說是李英兄被酒漏言，英兄嫂對伊兄六平說，囑其收拾貨物，因此六平得知，正往出首。楊復著我丈人且回，就去啟王。我丈人飛跑來家，叫我快走。出門就遇升兄他們三位，方說與知，分頭通報，因此得脫』。齊問李英曰：『汝昨晚如何與弟婦說』？英曰：『醉了亦都不知有說甚麼話』。杲卿曰：『醉後失言，往往有之。今悔莫及，且速商量退步』。齊曰：『出來共多少船隻』？天生起來點數，共一十三只。『當各分配支更，聽吾號砲，一齊放洋暫到舟山，再作商量』。衷紀曰：『舟山何用？若到舟山，人都散了。人散則孤立，難以濟事。依小弟管見：將此十三只船，乘此秋風，直駛臺灣安頓』。天生曰：『此言有理』。齊曰：『就煩衷紀、子大二位為頭程，日昇號帶，夜放火箭，以便觀望跟蹤』。天生曰：『如此卻好，暫且過船料理』。眾各告別。十五日天明，思齊船中號砲三響，各魚貫隨行。計八晝夜，方到臺灣。即安設寮寨，撫恤土番。然後整船出掠，悉得勝焉，故閩、浙沿海，咸知思齊等踞臺橫行。一官父紹祖已死，季弟蟒二（後名芝虎）同其四弟芝豹、從兄芝莞附搭魚船往尋，是以聲勢愈大。
天啟五年乙丑秋九月，顏思齊因往豬朥穛山（一作豬羅山，即諸羅縣）打圍回來，歡飲過度，隨感風寒，自知不起。與天生諸人訣曰：『共事二載，本欲與諸君取富貴。豈期今日染此重病，中途分別』！天生等慰之曰：『疾病人所難免，時加調養自好，何必過戚』？齊曰：『雖然；奈大數已盡，難與諸君揚帆波濤中耳』！言訖，嗚咽而死。天生等隨即殯殮設位，眾軍掛孝。完百日，方祭奠除靈。
十二月初二日，天生集諸位商議，再推一人統眾方可。杲卿曰：『弟有一言奉告，不知列位尊意如何』？眾曰：『所言合當，豈有不遵之理』？杲卿曰：『我們這番所為，雖未得日本，而禍不臨身，兄弟們又完全，此乃皇天庇蔭。今欲再舉一人統領諸軍，弟恐新舊愛惡不一，倘苟且從事，自相矛盾，反為不妙。然統軍亦非易事，當設立香案，禱告蒼天，將兩碗擲下，連得聖筊而碗不破者，即推之為首。管見如此，不知有合眾意否』？眾曰：『此論最當，庶無後言』。隨排香案，眾各拈香跪告畢，依序向前拜祝，兩碗擲下粉碎，無一完者，咸躊躇焉。惟一官尚未擲，又忽其年輕。一官跪禱，將兩碗擲下，恰好一個聖筊，碗不破。眾皆駭然，一官取起擲下，復如前。衷紀曰：『我不信』。取原碗當天禱告：『我等大哥已死，欲推一人領諸軍。天若相一官，再賜兩筊，眾願相扶』。又連擲兩聖筊，碗不破。間有不信者，禱告擲下復如前。如是者屢，屈指計之，共成聖筊三十。眾齊哄曰：『此乃天將興之，誰能違之？吾等願傾心矣』！天生曰：『當選吉日』。楊經曰：『初八日大吉，我們尊拜一官為首』（按：獵歷明季諸記事多說：『拜劍躍起，遂扶芝龍為首』。又一說：『芝龍與陳衷紀、陳勳等十八人各乘一舟亡臺灣為盜，風引桅帶，攪而為一。各駭誓曰：「議以三通鼓而開者，立為主帥」。芝龍忽開』。
此皆互疑兩可，難為信史。余先君諱美鰲，生同時，從永勝伯鄭彩翊弘光督師江上。繼而福州共事，署龍驤將軍印。至丁巳，改職歸誠，往奧東連平州。始末靡不周知，口傳耳授，不敢一字影捏，故表而出之。噫！使當時即亡臺為盜，既名芝龍，則成功從何而生？於後作何附會「鄭芝龍平鄭一官功題請」？致崇禎問林釬：『芝龍、一官，是一人耶？或是二人』？釬愕然不能對。奏曰：『臣待罪京師，梓里之事不能詳知。容查實回奏』。出，遂服藥死。據云：十船相連，尚隔有十餘丈、二十丈之間。不知海船難比河船，駕駛相近，則兩船必有一船礙傷。灣澳落碇，若相近，則兩船亦難獨全。兩船且難相近，何況十只船之桅帶，可攪而為一乎？附辨於末，以待採風者擇焉。附紀：芝龍從顏思齊為盜，時名一官。至齊死，結十八芝，渠為首，名芝龍。於招安之日，重賂當道縉紳。獨林釬不見其使、不受其禮，反其牘背署之曰：『人有向善之心，而不與人為善者，非也；與人為善，而又因以為利者，亦非也』。遂以義士鄭芝龍收鄭一官功，題報授職。後釬拜相，一日侍講，崇禎偶問及。釬以有人密奏其事，不敢對，附會其說。出，即服藥死）。眾欲以初八日扶一官為首。一官曰：『弟年譜在諸兄末，豈敢越分』？天生曰：『此乃卜之於天，豈可逆也』？一官曰：『既卜之於天，亦當決之於人。前大哥在日，諸公在上，弟不敢置啄。今日蒙舉為首，應有一番振頓，上下分明，賞罰雖親疏無異。倘如從前無上下之別、無賞罰之令，弟決不敢承此座』。天生曰：『不意吾弟年紀雖輕，議論大有經濟』。杲卿曰：『經濟豈在年紀。周瑜十三歲尚為都督。迨至赤壁專師，程普不服；及觀其調度，甘拜下風。今日吾弟所言，眾願折節相事，拱聽約束』。一官曰：『既承諸兄以天意相推見許，但初八期亦太逼，恐備辦不及；況是戌日，與弟命不合（一官是甲辰年，故戌日與他本命相沖）。我看十八申日，申子辰會合；且備辦物件，亦得從容』。天生曰：『如此最妙，今要備辦何物』？一官曰：『旗幟者，乃軍中威儀，不可不新，當一苲更換；並中軍帥旗一面，俾眾人咸知所尊。糧餉者，乃眾軍命脈，不可不積，專主要得其人。船隻器械，乃眾軍衛身以禦敵，不可不堅利，而時為修葺。決策取勝，須得籌畫佐謀之士；爭先破敵，全賴奮勇膽略之夫。鼓勵則賞罰當明，榮辱則升降必慎，故令出俾眾知所尊。然後進可取，退可守，不但踞此蕞爾之土，即橫行天下誰敢與敵？我今擇於十八日承接統領諸軍，除佐謀、督造、主餉、監守外，另選十八位作先鋒』。眾曰：『謹受教』。十一日，一官曰：『我今為首，取名芝龍，季弟蟒二為芝虎、四弟為芝豹、從弟莞為芝鶴（後改名為芝莞）、族弟香為芝鵬，餘者芝燕、芝鳳、芝彪、芝麒、芝豸、芝獬、芝鵠、芝熊、芝蛟、芝蟒、芝鸞、芝麟、芝鶚等，各寫就放盒內，告天拈著者，即名之，以應十八日之數』。天生向眾曰：『據所言，井然有條』。隨分遣備各色旗號，並收拾器械物件候用。
十八日，金鼓齊鳴，三聲砲響，中軍船上豎起帥旗。一官即以天生為參謀，衷紀、子大為總監軍，陳勳、林翌為督造、監守，楊經、李英管理一應糧餉，杲卿為左右謀士。自名芝龍，其胞弟芝虎、芝豹、大功弟芝莞、族弟芝燕；餘十三芝當天拈就名數。各拜天地，祭獻海岳以及舊主思齊畢，三讓然後登座曰：『芝龍菲材，既承諸位推舉，惟天在上，可表厥心：外則君臣之分，不敢借私恩以害公；內則兄弟之情，亦不敢假公威以背義。倘有不及，仰賴諸公指示。若在行間，全仗諸公協力。山河帶礪，富貴與共』。衷紀曰：『公帥以正，孰敢不正』？天生曰：『眾人碌碌，全賴主公提調』。芝龍曰：『凡事豫則立，故天時、地利、人和，得一即可以有為』。眾曰：『然』。遂設晏慶賀，盡歡而散。芝龍既為眾所推，統領諸軍，即料理船隻，整頓器械，件件完備。
天啟六年丙寅二月，龍集眾會議曰：『今諸務頗已就緒，豈可坐老其師？我欲領戰船十只、快哨三只，配坐前往金、廈，一以觀邊境，二可取糧餉。不知諸君意下如何』？衷紀曰：『主君此舉甚是。夫人惰則力倦、勤則思奮，劉先主之所以泣髀肉生也』。芝龍即令杲卿、衷紀調撥船隻，並選精壯勻配。杲卿二人前去派定，開單送閱：第一號先鋒，芝虎、芝燕；第二號先鋒，芝鶚、芝豸；第三號援剿，芝彪、張泓；第四號援剿，芝獬、李明；第五號衝鋒，芝蛟、芝鵠；第六號中軍主帥參謀，天生、杲卿；左右親軍，芝豹、芝熊；第七號護衛，芝莞、陳衷紀；第八號遊哨，芝麟、陳勳；第九號監督，芝麒、吳化龍。每船各配六十人。第十號哨探艄仔二只，芝鳳、芝鸞；各配二十五人。悉給發口糧一月。擇三月初三日出師。其餘林翌、楊經、李英、高貫、方勝、傅春等，領諸軍看守寨柵。芝龍看畢，曰：『調撥得宜，但不知先往何處』？衷紀曰：『今南風已發，呂宋船以及暹羅、咬■〈口留〉吧之各港皆回。可從澎湖下，緩緩坐風，半逆半順，挨至甘吉等候』（甘吉海石名，在銅山對面）。芝龍依其議，至初三日連■〈舟宗〉出港。行二晝夜，初五早，龍又令人上桅觀望。望者回報曰：『看前面的山，不是南太武，敢是北太武』（南太武系漳鎮海衛，在廈門之下，北太武系泉州同安地，在廈門之上）？芝龍曰：『夜來南風，駛上為是』。遂傳令各船火砲軍器勿得參差。
初十日，犯金門。十八日，犯廈門。四月杪下犯粵東之靖海、甲子地方。
時太平日久，人不知兵。衛所雖有指揮、千百戶、水澎金門遊擊、欽依把總諸官，悉承蔭襲，寬衣大袖，坐享君祿。其所轄軍士，亦應操點卯而已。故芝龍得肆志，遇船一鼓而擒；登岸搶掠殆盡。其略有紀律者，不許擄婦女、屠人民、縱火焚燒、榨艾稻穀。比乘風橫行，羽檄飛報，沿海戒嚴，當事者咄咄一籌莫展。惟查鄭芝龍系泉州府庫吏鄭紹祖之子，六歲時曾受知府蔡善繼擲石不責之恩。即起善繼泉州巡海道，招安芝龍。善繼抵任，又奉巡撫朱欽相檄，差旗鼓黃昌奇（系泉州府禮房，有口才，與紹祖共事；迨繼為海道，委為轅門旗鼓事）委之齎諭，出海招安。時鄭芝龍統船隨風馳逐，適逢雨水不順，失於收成，富者遏糶，米價騰貴，遊手好閑，悉往投之。芝龍將奪來船隻，分配駕駛，因而日盛。邊將望風披靡，不敢與敵。偶燀洗諸船於湄洲，忽報海道差官到，芝龍延之上船。昌奇曰：『數載違別，果然一表魁梧，真將軍也』！龍曰：『流落海外，久離鄉井，凡諸親友，有失候問！今日何幸逐波濤而屈臨至此』？執手至官廳，敘禮獻茶畢，昌奇曰：『老拙與令先尊共事時，將軍才有六、七歲，頑耍丟石，擲著太守烏紗帽。本府自贊將軍非凡，將軍尚能記憶否』？芝龍曰：『兒童時事，影響略知』。昌奇曰：『現任海道，即當日將軍所擲之太守也』。龍曰：『呵，海道就是當日太府』！昌奇曰：『然。知將軍揚名海外，恐為沉迷，專遣老拙前來相勸，有諭在此』。芝龍拆其諭曰：『自你髫齡時，儀表可愛。豈料壯年，海濱寄跡，使聞之惻然，諒情非得已耳！今特遣旗鼓黃昌奇前來宣諭及你部屬人等，幸勿久戀迷津，須當速登彼岸。本道當為力請，賣刀買犢，永作聖世良民。從此安插，復業歸農；坐享太平，和好室家。言出於衷，幸其聽之！此諭』。芝龍觀畢曰：『海上弄兵，原非本意。因寄跡東洋（日本在東，故稱東洋），受困倭人，迫而成之。今既承道憲嚴命，豈敢固執，以負德意？自與諸將領商之』。芝龍心感善繼之德，遂傳集眾頭領曰：『我想飄颻海外，虛度歲月，總無了局。今道憲招安，意欲就撫，不知諸位心曲何如』？衷紀曰：『主公就撫，道憲決然垂青。我等並無夙昔之交，雖今日藉主公餘庇：倘後來道憲陞轉，官勢羅織，有司不諒，那時進退維谷。乞假我船隻，仍回臺灣。同李英等觀看主公得意，紀等再來相尋未遲。不知主公允否』？龍曰：『衷紀兄所言亦是一著，豈有不聽之理』？杲卿、天生、子大、陳勳等一十三人，齊向前請命，欲與衷紀同去。龍即撥大小船六只，糧餉薪蔬、布帛器械俱各滿足，分支過臺。
芝龍統船十二只，計八百餘眾，同昌奇入泉州港。詣轅門，去衣帽，龍與芝虎、芝豹等二十人背綑，泥首階下。蔡善繼令釋其縛，慰撫之曰：『你原是有家子，生在公門，況又容貌堂堂；雖你父已死，汝應立志，以圖上進，光耀門閭。何忽作亂階，飄流海外，而暴棄至此？倘非本道，豈能瓦全？今既翻然而悟，貴於自新。本道應為汝詳請上憲，通行府縣安插得所』。芝龍曰：『此實迫於倭番，不得已也，非芝龍敢萌此不肖之心』。善繼曰：『誰能無過，第患知而不改。今你能改，自是完人，將來功名未可量也』。龍等叩首稱謝出，守候軍門安插回文（東旭曰：昔日高牙劍戟尊，今朝低首叩轅門。一書非是能饒舌，欲報當年擲石恩）。
豈料巡撫朱欽相染病甚重，一切事務悉暫擱起。月餘方愈，檢閱文書，見鄭芝龍已招安，立批該道即為安插，並將船隻軍器追存，造冊報繳。善繼見批，即著昌奇將鄭芝龍所帶人眾，開造籍貫住址，以候發文行縣安插。一應軍器船隻另造冊，以便繳報。龍許諾，造完即繳昌奇去。芝虎說龍曰：『虎不可失威，人不可失勢。今當事舉動，不過欲散我們黨羽耳。黨羽散，將來禍福未定，不如乘今夜潮退，揚帆而去』。龍聞言俛首不答。芝豹曰：『三哥所言誠是；不可錯過，追悔莫及』！龍曰：『難負道憲一片好意』。芝虎曰：『不提道憲還可，若提道憲早該去了』。龍曰：『何說』？虎曰：『道憲書獃，如此安插我們，以為恩莫大矣。安望其有格外乎？況汝又未授有官職，倘後來有事，衙門深遠，那時呼應不靈，將奈何』？龍頓悟曰：『若非吾弟提醒，幾乎為其所誤』。遂囑芝虎等，密傳收拾。於是夜三更，於船上放砲三聲，隨潮而去（東旭曰：因無薄祿難羈縶，頓使英雄脫籠飛）。芝龍即將船隻人眾等駛到圍頭外灣泊。善繼聞報，知龍仍逸去，憤曰：『這輩小人，反覆不測，真難憑信！既不受德化，則當以法處之』。隨發文行各衛、所、府、縣整備，以防劫掠；另具文申請軍門。時朱欽相內擢起程，新撫朱之憑尚未蒞任，剿撫之議，因此耽延。鄭芝龍得以從容將各船燀洗，整頓帆席索路軍器旗幟。八月，乘北風，下粵之海豐，攻打嵌頭村。又犯甲子、靖海二所。
天啟七年丁卯正月，芝龍從粵回閩銅山。沿海戒嚴，全隊泊漳浦之舊鎮。朱之憑檄驍將都司洪先春，會把總許心素、陳文廉等合剿（之憑字勉齋，進士，大興人）。芝龍偵知，令芝豹領船五只敵先春，芝虎領船三只敵文廉，芝彪領船三只敵心素。龍與芝鳳等率大隊從中接應。又著芝鵬各領快哨三只，作遊兵救援。遂進師，相遇於連江將軍澳（漳浦縣屬）。先春揮船合進，互相攻擊。自辰至酉，衝突數十次，未分勝負，會潮泛漲，風起流逆，心素、文廉二船被流所脫，不能成■〈舟宗〉。先春首尾受敵，無奈，收入舊鎮。檄銅山、懸鐘、陸鵝、鎮海指揮、千戶、把總，調撥精壯軍士前來配駕；另調附近沿海鄉勇各出備捕。芝龍以先春收入舊鎮，亦不追趕，就鳴金收軍，泊陸鵝外嶼。忽細作報：洪先春調各衛所軍士配船並鄉勇齊禦，不日即出兵。龍亦整船揀將，欲決雌雄。芝豹向前獻計曰：『洪先春奉巡撫差遣，便於調撥，何不將計就計破他』？龍曰：『計將安在』？豹曰：『乘彼在舊鎮調撥軍士、鄉勇，我帶一旅，分為兩隊登岸，扮作鄉勇，前去策應，哥哥即統大隊攻擊。俟將交鋒時，我在岸上兩師殺起，彼則水陸受敵，一鼓可擒』。龍曰：『此計甚妙。可乘今夜人靜，悄悄帶眾登岸，須要小心，不可露出圭角』！豹曰：『自然相機而行。哥哥亦速整舟師來』。豹將海豐搶的鄉壯旗幟豎起，挑選二百人，乘黃昏帶芝麟上岸。
時洪先春調來銅山、懸鐘二所軍，即配在船；其附近鄉勇，令其按隊屯劄候齊。日則放砲升旗，夜則定更伏路，提調周密。芝豹於是夜領師登岸，天明至鹽墩，造飯食畢，緩緩而行。至黃昏到舊鎮，見調鄉勇先至者，咸安頓無混。分其半與芝麟，曰：『汝往洲尾屯劄，我在此安營。若問你是何鄉來的，汝可應是「浮南橋」；若再問你鎮海衛軍可來否，汝可應他「隨後亦來了」；若問汝姓名，說是「楊德」；若問汝同來者是何鄉，汝說是「湖西黃默」。倘外面有信，彼船出港，當看我這裏連珠火箭起，便一齊喊殺，尋岸邊船隻，毋論大小，搶並合攻。須謹慎在意，不可孟浪誤事』！芝麟依令往洲尾，凡所過問者，悉照前答之。
二月，先春見船隻收拾完備，諸軍陸續將齊，惟鎮海途遠未到。正調撥分配間，忽瞭望砲響，快哨飛報賊船至。先春即發令：『各起碇乘潮落沖出』！再至港口，即遇芝虎。虎站尾樓上高叫：『洪先春！今日誓必擒汝』。春見虎船隻，語言狂妄，隨趲各船圍攻，曰：『先擒此賊，以挫其銳』。指揮間，聽見岸上砲聲不絕，響殺連天。快哨飛報，有賊從岸上殺來。先春疑惑未定，而芝龍大隊至。春無奈，向前督戰。芝豹、芝麟殺散鄉勇，搶拼魚船、艋仔，搖旗擂鼓，從舊鎮港出，隨先春船後，合攻殺來。春首尾受敵，坐潮而遁。諸船無帥，咸星散焉。芝龍大勝，會同豹、麟，亦不追趕，鳴金收軍。令芝虎領船五只灣白石頭，以作犄角（白石頭在舊鎮之南）。又令芝豹領船五只泊港口，以備先春復來。自領全隊舟師，隨潮至舊鎮，犒賞諸軍。另著芝莞登岸，安撫附近鄉民，禁飭騷擾。先春走到甘吉，回望芝龍不追，其神方定。見南風微起，即令駛上金門，投盧遊擊，再整船剿捕（遊擊盧毓英，字寧侯，原籍山東衛，蔭襲百戶。少年猛勇，箭有穿楊之能，兼精武藝。因日本倭番統船犯閩、浙沿海地方，總制胡宗憲題山東參將戚繼光前來征剿。繼光素知毓英猛勇，詳請隨軍。由浙入閩，屢建奇功，升千戶。迨興化陷，繼光奉令恢復，即著指揮使馬飛龍統船，毓英副之，從福州港出，水陸合剿。光由陸路至埔尾安營，選百人帶「臨時硬」欲去偷城。「臨時硬」者，系竹打通鋸斷，每節共串以繩索，頭上另縛一橫樑。未用時，放鬆則軟；欲用時，將索推緊則硬，如一枝竹然。將頭上橫樑掛住城垛，人可攀援而上。光帶此，令大隊掩旗息鼓，隨後而進，看火箭為號，便倚梯攻打。行十餘步，光將手按百人胸前，內脈浮跳者，即發回。如此數按，至興化府城下，只有自己與大旗李明二人。側聽譙鼓三更二點，遂將「臨時硬」掛住城垛，口含刀爬上。伏候巡更來，擒刺之，取其衣帽穿戴。敲鑼擊柝，緩步挨巡，凡遇者悉砍死。抵府署前，鼓方交四，倭番酣飲，咸熟睡焉。二人偷登鼓樓，將打更者殺倒。令李明下去附近處放起連珠火箭，將所帶火藥點燒房屋喊殺。自把樓上大鼓刳孔，爬進在內。李明火號放起，火藥亦發。倭番睡夢驚醒，不知兵從天降，朦朧中互相砍殺，不攻自亂。城外大隊見城內火箭連發，光焰燭天，掌號放砲，喊殺蜂起，雲梯齊泊。倭番兩難相顧，惟爭開四門逃竄。繼光復得城池，撲救餘火，安撫百姓，立即整軍追捕。倭番奔下夾板，乘潮而遁。將出口，又逢馬飛龍督舟師至。夾板砲聲轟天，哨角蜂鬥。飛龍揮諸船，且避其鋒。毓英向前高叫曰：『養軍千日，用在一朝。調我們前來，原是合剿，豈有陸師殺來，水師反縱其走。他如今是傷弓之鳥，速當進兵，以火攻之，再無不勝。好漢者跟我前進』！其船首沖。飛龍聞英言，遂不敢退。亦即發令鼓噪助威，一齊攻擊。毓英將火箭噴筒火烺盡放。倭番雖精砲火鳥槍，其奈山上日夜被追，下船又逢此勁敵，終有膽戰心驚，砲發悉不準，故各船無不失措。兼之毓英坐上風，乘勢所攻，火器咸粘船上。況倭番船系「打傌油」造的，粘著者火盡發，火借油力，風助火威，首先二只火起，倭人救之不息，各跳水死。其餘夾板望見，無心戀戰，惟逃而已。此役毓英首功，擢指揮，轉升遊擊，大有聲名。召守金門）。
五月，巡撫朱之憑接洪先春初敗請兵，立飛檄令盧遊擊帶船與洪先春合征。毓英正在遣員知會，忽洪遊擊奔投，哭訴致敗情由。英曰：『量此遊魂小醜，無難平也。長兄寬懷』！隨整頓本轄舟師，同先春進剿。偵者報芝龍，龍集諸弟曰：『盧遊擊雖稱宿將，素未逢勁敵；況今老矣，無能為也』。謂芝虎曰：『汝帶雙帆■〈舟宗〉船五只，扮作商船，陸續寄泊島美、浯嶼』。芝鵬！汝帶小魚船三只，前往東椗一帶釣魚哨抹（東椗，海中石名，在鎮海衛前）。若盧遊擊船出，即飛報芝虎，以便合攻』。分撥去後，龍帶戰船八只，出泊陸鵝候敵。其餘船隻，令芝鶚、芝燕等盡藏散處，看我退師，出沖擊，則彼可擒。
七月，毓英自負昔日威名，大意欺敵。一見芝龍船僅數只，即揮軍沖擊。芝豹率二船接敵，未幾合即退。龍鼓全■〈舟宗〉齊進，互相攻打，來往沖突。奈風稍逆，龍亦退下。英見其連敗，乘勢追趕。芝虎得芝鵬報，尾其後順風而來，大叫：『勿趕！有吾在此』。龍見虎船已到，即揮諸船轉戰。英聞後有賊船，遂同先春禦之。芝鶚等見龍師退至港口，亦合出齊沖，毓英船■〈舟宗〉遂散。芝虎、芝豹環擊英船，英身中五箭，負疼死戰。豹將搭鉤搭住，芝虎一躍過船，連砍數人。豹亦乘勢跳過，大喝落艙者不殺，毓英遂被芝虎所獲。龍見二弟俱跳過毓英船，隨合攏前來，鳴金收軍。龍忙過船，喝虎曰：『休得無禮』！改容向英揖曰：『舍弟鹵莽，誤犯威顏，冀將軍寬宥』。英曰：『敗將惟有死而已，將軍何必加禮』？芝龍曰：『將軍朝廷命官，龍安敢不敬禮？非龍敢拒將軍，實不得已耳』！英曰：『曾聞將軍業已招安，而又逸出。今將軍不殺毓英，意欲何為』？龍曰：『某之受招安者，實感蔡道憲前日之恩，故不論輕重，諭到即歸。但道憲書獃，獎勵無別，不過分散安插而已。因此大眾失望，不得不逸去』。英曰：『以將軍之才貌，應為乾城重寄，豈肯碌碌無聞，難怪將軍其然』。龍曰：『苟一爵相加，應為朝廷效力，東南半壁，即可高枕矣』。英曰：『英不才，無力保奏，當為將軍薦揚』。龍致謝，帶芝虎等過船，令眾船鳴金鼓送盧將軍回師。英當被獲之際，自知必死；不料芝龍加禮相待，心實感激。次日，船進廈門，見都督俞咨皋（大猷之子），陳說戰敗情由以及芝龍始末衷曲。咨皋曰：『老將軍所言雖是；但我們武將只管征剿，至招安非所職掌。況將軍被獲發回，愈難言矣』。英聞「被獲放回」之語，羞愧無地；曰：『末將老而無能，故此被獲。但彼惓惓申意，又不得不為之言，正古人所謂知而不諱也』。咨皋曰：『將軍奉令征剿，今既如此，亦算失機。本都督未便擅議，應自赴省聽候軍門處分可也』。英作謝而起曰：『謹遵諭』；退去。咨皋即飛移軍門，毓英亦起身。
途次泉州時，蔡道憲已內轉，僅留太守王猷（字允〔原作胤〕方，粵之東莞人，丙辰進士），毓英謁敘。猷問勝負，英備述始末，稱『芝龍將才，因前受撫無職，空為安插，恐勢官欺凌，故此逸去。倘當事假以一命，決可再招。弟細思若招此人，年少英勇，盡可用也』。猷點首曰：『將軍所言，甚得權宜撫恤用人之要法』。英遂赴省。但朱之憑已接俞咨皋報文，內有云『盧遊擊舟師戰敗，被獲放回，辱身辱國，莫此為甚』之語。
八月，之憑正欲修文覆咨皋；而皋已親至三山（福州別號），會見之憑。憑責皋：『須會師刻期撲滅，豈可延縱貽害地方』？咨皋即飛檄千戶馬勝、百戶楊世爵，統船二十，前去剿捕。勝與世爵出泊鎮海衛，爵謂勝曰：『芝龍在舊鎮。我們二十只分為兩隊，明早我乘潮起，直入海內搗其穴，彼必然情急死戰。俟潮退，誘其出港，公督十只合擊，彼必星散，一戰可以成功』。勝曰：『此議甚妙』！遂與世爵分船，各叮照應。芝燕、芝鸞適在東椗，瞭望鎮海有許多戰艦，即著兩個能幹軍士作漁父，坐小艇帶鮮魚數觔混入■〈舟宗〉內，以賣魚為由，偵探消息。尚隔里許，各相喚爭買。二人望尾樓上插五方旗者，攏賣之，故意叫苦：『海面不寧，難作生活。今幸大師進剿，我們就有性命；但不知老爺是誰』？軍士曰：『我這船是馬老爺、那船是楊老爺，極出名、會打仗』。始末皆說。二人聽畢，收了魚錢，飛駕從連江還舊鎮回報。芝龍方知是馬勝、楊世爵奉令前來。芝虎聞說，大怒曰：『亦不必煩哥哥動身，弟自領船十只，擒此二賊』。龍曰：『馬、楊二人是千戶、百戶中之最驍勇者，吾弟未可輕視』！虎曰：『哥哥何長別人志氣？若不生擒此賊，誓不為人』。龍曰：『吾弟既欲前去，須著芝豹同行。凡事要相機而動，不可徒恃血氣之勇』。虎應諾，即領船十只，同豹乘潮落出港。天明，到將軍澳前，搖旗擂鼓而進。馬、楊二人遇之，笑曰：『狂奴來尋死』。發令迎敵。自巳至未，火煙蔽空，往來沖擊，不分勝負。龍見虎悻然而去，虞其有失，自帶船六只前往觀敵。馬、楊二人正在酣戰之際，忽見虎後添船，未知幾多，遂爾怯戰。被芝虎沖過，持火罐擲去，火遂發。世爵同軍士救無及，俱赴水。馬勝見世爵船中起火，轉舵欲救。芝豹尾後赶擊。虎又迎敵與戰，發斗頭砲將勝船打穿，延著火藥桶發火。馬勝情急，抱銅砲沈於海底。虎、豹揮船攻擊，龍又合擊，連沈船三只，餘艦星奔。龍方鳴金收軍，仍回舊鎮。馬、楊所統之船燒沈五只、敗壞六只；其餘傷殘者，回報失機情由。
九月，俞咨皋知楊、馬二將陣沒，即咨副總兵陳希范刻日進剿。偵卒探報芝龍，龍曰：『希范酒徒耳，一鼓破之』。遂整船出，相遇於杏仔。芝虎首沖其■〈舟宗〉，豹繼之，人莫敢禦，范坐潮遁。芝莞、芝豹等合攻，楊六、楊七船不敢前（楊六、楊七系受招之盜，後復叛去，被龍所斬，有刻楊略、楊速者誤也）。百戶洪應斗四面受敵，勢窘發火自焚；百戶張選舉抱■〈舟宗〉銃赴水死焉。俞咨皋接報，飛調閩安、興化、永寧、銅山、陸鵝、懸鐘、鎮海、金門眾指揮千百戶諸船齊到，聽令出師。龍偵知，集諸弟會議。芝蚊勸龍且避粵東。龍曰：『咨皋膏粱紈褲，徒讀父書，虛有其名。何必遠避』？芝虎曰：『弟願為先鋒』。龍許之，整船以待。俞咨皋調軍已齊，以指揮張挺桂、千戶林盛二人領船各五只為先鋒，指揮楊國柱、李應龍、千戶吳虎、傅圭各領船五只為合後。咨皋自坐大－船，豎一帥旗，為中軍提調。又令指揮黃勝、胡如海、黃庭、李廷圭、千戶周之士、何世雄、林勳、姚應科、百戶王飛熊，李夢斗等各坐船一只，為中護衛沖鋒。以遊擊商世祿領船五只，為監督接應。調撥已定，擇日祭江出師。
芝龍在舊鎮，日則差芝虎、芝燕等輪流駕大船十只、快哨二只，於陸鵝將軍澳瞭望。如有敵情，即便飛報。忽廈門細作探俞都督於六月初八日出師。龍即諭諸弟曰：『明日此敵，惟王飛熊、林盛、李夢斗三人深識水務，兼有膽略，當先除去！其餘碌碌群雞，不足介意』。令芝虎為副將、芝彪駕船十只為先鋒。又著芝豹、芝鳳、芝豸、芝獬、芝鵠、芝鸞、芝鶚八將，各坐一船，乘夜潮駕出青水墘，然後回頭，約明日午時從東椗殺來。又令芝莞、芝麒、芝燕、芝蟒四將，領船各四只，作左右救護。自領芝熊、芝鸞共船六只，居中策應。是夜三鼓，龍統眾出泊陸鵝。天明，咨皋大隊至，列陣飄揚，炮聲振天，煙燄如雲。芝虎恃勇，率諸眾沖■〈舟宗〉，與林盛、李夢斗等互相攻擊。自辰至午，雖各損傷，卻未分勝負。芝龍見不能取勝，又望芝豹之船未見影響，無奈親督■〈舟宗〉船一齊沖入。忽孫雄船被芝熊尾送一砲打沈。咨皋見雄船失，亦催船齊籠圍攻。將及酉時，芝豹大■〈舟宗〉已過東碇，聞砲聲不絕，順風潮赶來。咨皋見後面又有賊船將至，急傳令與商世祿帶領船隻分禦。世祿奉令，方指揮轉舵欲去迎敵，別船諸將不知是要分軍，誤為退師，各轉舵，一時全■〈舟宗〉鬨動大亂。咨皋制按不住，被芝虎、芝熊、芝莞、芝燕四將乘虛奮擊。王貴、林盛二船發火。芝豹、芝蛟等又從後殺來。皋首尾受敵，兼之潮起風逆，各星散而遁，咨皋亦退。芝龍揮軍急追，又連擊壞船三只。至浯嶼天昏，方鳴金收軍。
崇禎元年六月九日，俞咨皋遁入廈門，船不得連■〈舟宗〉，而軍失紀律。快哨又報芝龍大隊咸屯島美、浯嶼，急傳指揮傅圭領船十五只，前去南山邊青崎一帶灣泊，防其突入。廈門百姓，驚慌逃竄。咨皋亦不登岸，即停船水仙宮前。芝龍至五更水漲，吹角進師，圭整船迎敵。芝虎擂鼓首沖，圭船稍怯。龍乘勢趲其大隊齊攻，圭大敗。皋急催師進接，已無及矣，悉回舵星奔。龍追至海門收軍（海澄舊水口），號令不許登岸搶掠，即退出廈門港宿夜。天明，仍將舟師收回舊鎮。咨皋走至三叉河停泊，申報欲再大會師合剿。工科給事中顏繼祖疏參俞咨皋有曰：『鄭芝龍生長泉州，凡我內地之虛實，了然於胸。加以歲月所招徠，金錢所誘餌，聚艇數百，聚徒數萬。城社之鼠狐，甘為爪牙；郡縣之胥役，盡屬腹心。鄉紳偶有條陳，事未行而機先泄；官府才一告示，甲造謗而乙訛言。復以小惠濟其大奸，禮賢而下士、劫富而施貧，來者不拒而去者不追。故官不憂盜而憂民，民不畏官而畏賊，賊不任怨而任德。一人作賊，一家自喜無恙；一姓從賊，一方可保無虞。族屬親故擊楫相訪，虛往皆得實歸，恍若向現任官抽豐。偶或上岸買貨討水，則閭閻市里牽羊載酒、承筐束帛，惟恐後也。真耳目未經之奇變，古今曠見之元兇也。誰醞釀以有今日？則大將軍俞咨皋無所逃罪矣。咨皋七尺魁梧，自是將種；奔馳水陸，效有微勞。只因與吳淳夫為兒女婿（淳夫晉江人，庚戌進士，為工部尚書），線索相通，狼狽相依，遂至藐簡書如弁髦，視桑梓如秦越。丙寅招撫之議，實傾賊囊以充私橐，敢於孟浪主張。爾時按臣周昌晉及藩、臬諸臣，多訝其非策。而舊撫朱欽相憐地方疲困，不樂觀兵，姑聽其言，收楊六、楊七以為用。豈知撫寇者，必未撫之先，曉以利害、示以兵威，使彼搖尾而乞憐；又必既撫之後，散以原籍、領以保約，使之樂業而安生。而咨皋招之海，仍置之海。首從無分別，商民任劫掠；故今日授撫之職，即明日作賊之人。且也殺人可以不死，家享巨室良田之福，而身被黃蓋腰金之貴，人皆有所利而為賊，何所懲而不為賊乎？去年春間，羽書絡繹，咨皋抱頭三山，趦趄觀望。及標船標兵陸續先發，咨皋始出。副將陳希范嗜酒有癖，占風無智。泊舟銅陵之內港，流連杯酌。哨探報警，屈被鞭笞。賊已迫而纜未解，無怪九十餘之戰艦、千餘人之壯丁，盡投烈焰而葬魚腹也。最可痛者，把總洪應斗、張選舉奮不顧身，手刃賊級數十顆。賊以火攻，應斗、選舉以火攻賊，賊鋒稍挫。奈希范之揚帆遠遁，楊六、楊七之袖手旁觀，應斗自知不免，發火而自焚死。選舉勢窮，抱銅銃自沈於海底，有心人咸為流涕。希范既以身免，猶誣應斗以未知著落。天日在上，將誰欺乎？此恤典宜急，以慰忠魂。至撫臣朱之憑嚴檄楊六、楊七而杳然無蹤，咨皋始縮舌無辭。撫臣劾希范並及咨皋，人皆謂二將必伏斧鉞之誅。而財神有靈，冰山是倚，白簡已入長安，希范尚揚揚自得，儀從鼓吹，放銃開門。咨皋則掩耳偷生，聽強寇蹂躪內地，遊戲於同安、海澄、石碼之間；以至賊突入鎮門，離漳郡僅咫尺。非縣令曹履泰、劉斯泝臥薪嘗膽，保障於外，巡道朱大典發令指揮，彈壓於內，斗大孤城，幾乎斷送；而漳亦岌岌不保矣。閩事尚忍言哉！粵艘不通，歲荒米貴，小民枵腹，莫必其命。而咨皋反委官駕船買谷，名為給食於兵，而實則齎糧於盜，漳民爭欲臠其肉而寢其皮。淳夫雖一手障天，曲庇咨皋；而先帝明旨於撫臣疏中，直以攻堡燒船傷兵損將，詰其招撫之效安在，並究其釀禍之責，安所逃罪矣。後復於按臣疏中專責咨皋，以策後效，償前失矣。荏苒居諸，於今八月，不聞咨皋有尺寸之樹立，豈謂賊稍離汛地，遂可驕語驅除之功乎？賊避北風，非懾咨皋。閩粵輔車唇齒之勢，粵危則閩不得獨安，賊若再順風為陣，臣必料咨皋之束手無措。此在咨皋之罷斥宜早、希范之逮問難寬也』。疏上，下廷臣會議。俞咨皋即解任，陳希范聽處分（後二人咸問斬）。於是芝龍縱橫沿海，當事者莫敢問焉。
秋七月；新巡撫熊文燦接泉州府王猷條陳時事稱：『鄭芝龍兩次大勝洪都司而不追，獲盧遊擊而不殺；敗俞都督師於海內，中左棄城逃竄，約束其眾，不許登岸，不動草木：是芝龍不追、不殺、不掠者，實有歸罪之萌。今一時剿難卒滅，撫或可行。不若遣人往諭退船海外，仍許立功贖罪。俟有功日，優以爵秩』。文燦即批巡道鄧良知酌議。良知接批；即傳王猷問曰：『貴府所詳招安鄭芝龍一事，撫臺業已批下，著本道酌議，遣人招安。但查舊按前道系差黃昌奇去的，今者昌奇已死，不知欲差何人』？猷打恭曰：『卑府此詳，原有其故：前日盧遊擊被獲，鄭芝龍業將衷曲一一吐告。迨後曆觀芝龍行事，實有受招之意。今剿既不能行，日見猖獗，將為東南所患，故卑府詳請。今撫憲既批允，以卑府管見，還該令盧遊擊去的，其事方濟』。良知曰：『貴府所言誠是。但盧遊擊此時在省候旨，如何得去』？猷曰：『須憲臺稟請，一可以救援盧遊擊之危，二可以造生靈無數之福，一舉兩得』。良知是之，隨飛稟巡撫文燦。文燦接良知稟，內稱：『芝龍就招意既已吐露於盧遊擊之耳，今可著其前去。成功之日，許贖前罪』等語。文燦立調盧遊擊面詢曰：『盧毓英！查汝履歷，屢建勞勳，堪稱宿將。為何反遭此小寇所獲』？英稟曰：『罪弁奉令出征，敢不竭力？奈鄭芝龍年少猛勇，船隻最堅牢。毓英所統軍士，未經戰陣，一見即潰，故罪弁獨力難支，所以被獲。此等情由，還求憲天救援』。文燦曰：『今有泉州王知府詳文招安，巡道稟請委汝前去。若能招安芝龍，本軍門自為汝救解』。英曰：『招安芝龍，固是不難；但芝龍以前撫未加官爵，恐遭勢宦凌辱，是以逸去。今欲再去招安，若無官爵，恐不能服芝龍之心。憲天為國為民，必須酌議妥當，庶罪弁好去』。文燦曰：『芝龍不過一小寇耳，欲加大職，難以題請；若與之職小，他未必如意』。毓英曰：『凡事當相經權，苟有利於社稷，「春秋」許之。今日招安鄭芝龍，不但安民生，且為國家得人用』。文燦曰：『本軍門給爾令牌，前到泉州與道府相議，酌量而行』。毓英叩謝，出領文牌。下泉州，先見知府王猷，致謝提拔大恩，次及招安事。猷曰：『將軍此去，自然成功』。英曰：『芝龍自然受招。第去招撫尚有一事最要者未妥』。猷曰：『請明其說』。英曰：『前見撫臺，弟亦面陳，若無官職，難買芝龍之心。撫臺著弟前來與公祖並道尊商量』。猷曰：『弟前文業已詳明，著其退師海外，將功贖罪。俟有功之日，另優以爵秩。況今李魁奇（有刻李芝奇者，誤也）。並了陳衷紀，楊六、楊七叛去（有云楊祿、楊策者，誤也），肆行烏洋，褚彩老劫掠沿海，劉香老擾害惠、潮及南澳地方。將軍此去諭其招安，擒滅諸盜，撫臺自然特本加以重爵，為朝廷股肱。豈不勝於遊蕩波濤乎』？英曰：『公祖所諭極是，足以服芝龍之心』。遂隨王猷謁巡道。猷入，將所議招安始末陳明。良知大喜，立傳毓英。英謝救援畢，良知曰：『撫臺發文前來與本道同知府商議，王知府所回之話甚然有理，汝可前去。事妥之日，本道自然申請為解前愆』。英曰：『今日得起白骨而肉者，皆老大人之賜，世世銜結』！遂辭起身，竟往舊鎮。先差人通知芝龍，龍隨遣芝鵬引接到船，各相致意。龍曰：『今日何幸得將軍駕臨，實慰芝龍素願』。英曰：『弟老而無能，前荷將軍不殺。回到中左，被俞都督申報失機。邇蒙泉州王府尊詳請撫臺，撫臺委弟前來招安。業將將軍衷曲一一剖明，甚是歡喜。著將軍退師海外，立功之日，定然保題，決不負將軍歸誠之意』。龍拱謝曰：『此皆將軍游揚之德，異日自當厚報！須煩將軍婉回，通行各處，庶使將士便於採買糧食』。英曰：『此自然之理。但將軍亦當嚴飭諸人，登岸毋得放縱，以累名譽』。龍曰：『謹受大教』。盡歡而散。
九月，芝龍舉其眾降。差芝燕、芝鳳帶金銀幣帛，同毓英入泉州城。先見王猷，次見鄧良知，代芝龍陳始末，願拜門下，繳上厚禮。各大喜，即行文本府沿海衛所，許芝龍軍士登岸採買。又為申請軍門，內稱：『芝龍傾心向化，情願自新立功贖罪，從此沿海地方得以寧靖』等語，交毓英上省。英至省投繳文燦，文燦即傳英進問。英一一代芝龍稟上：願充轅門犬馬報效，所有福建以及浙、粵海上諸盜，一力擔當平靖，以贖其罪。並呈重禮。文燦大喜，收之。立即通行全省，准芝龍招安，候旨定奪；遂以義士「鄭芝龍收鄭一官」功題，委為海防遊擊。又委毓英為監督，督芝龍軍平諸盜。立功之日，再為題請（按芝龍與思齊為盜時，名一官，迨齊死，問天筊時，改名芝龍。當道縉紳受賂庇護，無可為辭，故以「芝龍收鄭一官」題請）。
毓英齎軍門檄諭同芝鳳回泉，見府道。府道亦為英喜，囑其速督芝龍立功。英星馳到舊鎮，會芝龍。龍詢鳳、燕，同道府口氣，並觀軍門題稟，大悅，致謝毓英。即整頓船隻，以便征剿。英曰：『將軍此行先平何人』？龍曰：『陳衷紀等原有八拜之交，今為李魁奇所並，當誓師先除此賊，則公私可以兩盡』。英曰：『將軍情義深重，調度有方，真令人感激敬服』。龍隨差快哨出洋，偵探魁奇住處（李魁奇者，漁父也，泉州惠安人。從幼出入湄洲沿海。深識水性，身藏水底，半日不起，口能轉氣，眼見諸物。年二十九，兩臂有七百斤之力，糾合諸漁船，劫掠商艘。適會集澎湖，候截呂宋洋艘。其陳衷紀等自與芝龍分別，復往臺灣。因眾咸沾疫症，及知芝龍逸出，不能前進。後諸人略痊，方統船過來聚首。不料至澎湖遇李魁奇，奇即揮船圍擊。陳衷紀、楊天生、陳勳等原雖猛勇，終是新病才好，安能敵奇新出之犢，隨為所傷。僅存李英同通事何斌一船，仍回臺灣。故此李魁奇獨霸橫行，目空群盜）。
崇禎二年四月，奇正率諸船在遼羅地方候劫商艘。鄭芝龍得報，令芝虎、芝豹為先鋒，芝彪、芝鵬為應援，自領芝鶚、芝豸等同盧毓英為合後。時彪、虎、燕、豸四船齊到，各逞夙威，兩相攻打。守金門之哨船忽聽砲響，亦駕船從城仔角出，而芝龍大隊亦至。魁奇寡不敵眾，就轉舵欲遁。適南風起，龍一船牽舵乘勢沖下。芝蟒持火罐拋過，魁奇忙將木棍打落水中。芝豹藉風合擊，趕將搭鉤搭住，被魁奇一刀洗斷開去。芝麟又將火烺噴筒燒來，魁奇遂將船舵擺開，悉為橫風吹散。不提防芝虎船從後趕殺，聲如巨雷，大喝：『死賊！今日決難饒汝』！搭鉤搭住，執牌躍過。魁奇接敵，互相交鬪。奇夥合併，虎逞力支禦，勢已危迫。幸陳霸、陳秀亦跳過。霸砍散環眾，秀一槍刺倒魁奇（陳秀，海澄人，後封武功伯。獻仙霞關投誠。陳霸，南安石井人，呂姓，為陳氏養子。人品肥矮，渾號「三尺六」，踞南澳。入粵東投誠，封忠勇侯）。芝虎乘勢連砍二人，餘悉伏艙或赴水者。龍見魁奇被砍，遂大呼：『降者不殺！你等原是良民，投順自然重用』。是以所有船隻咸落頭帆降，龍收其眾。令割魁奇首級，設位哭祭陳衷紀等。然後回師，申報軍門。文燦接捷，知龍陣斬李魁奇，收其全夥。差旗鼓張彬齎諭帖銀牌，前到遼羅犒賞，並許轉題參將。巡道與泉府，亦差知事林旭齎銀牌羊酒犒賞，並安插魁奇黨。芝龍大悅，各答厚禮，具稟伸謝。
六月，芝龍斬叛賊楊六、楊七於浯洲港（浯州，金門別名），收其眾。
八月，褚彩老掠閩安，文燦檄芝龍。龍追於南日，滅之。
崇禎三年庚午夏五月，芝龍因憶火光夢中之異，修書遣芝燕駕船往日本，迎接翁氏並其子回來。日本國王因顏思齊集船謀奪不成，從此加意防範唐人。而翁氏與芝龍倏爾別去，雖屢翹首雲山，其奈盈盈帶水何；惟日撫其子。喜子頗可人，又舉止異眾。一日報唐船到，父女正在計念間，突聞呼叫之聲。翁翊皇出接，兩未謀面；詢其由來，方知為芝龍差，欲接其女與甥回也。芝燕曰：『奈與國王再三說無此例，豈不徒費其勞』？翊皇曰：『國王見書歡喜，抑有怒色』？燕曰：『國王見書甚喜』。翊皇曰：『見書若喜，再作商量』。燕曰：『自然還要懇求國王，難道就回麼』？喚從人將所帶物件行李悉遷上翊皇家，住下。
然芝龍自遣芝燕去後，偶閒談間，見南風大盛，屈指芝燕到日本矣。旁有日本舊唐者到芝龍面前言曰：『到，諒到矣，恐國王未必允從』。芝龍曰：『汝何所見』？舊唐者曰：『日本從來未有婦人入我中國，國王焉肯特破此例。必用一計服他，然後可』。芝龍猛省：『爾言有理。可覓畫師畫我形圖，駕統無數艨艟，旌旗飛揚，軍威雄壯。令芝鶚帶好漢六十名，新盔亮甲，器械堅利，乘此南風尾過去。聲言若不依允，即欲興師前來』。鶚領命行，八晝夜到日本。芝鶚入港，將旗幟器械擺列整齊，金鼓喧天。一時日本駭然，恐是侵犯之船，砲臺預放，以觀動靜。迨至落椗，其疑方釋。芝鶚上山，將畫圖送入。國王收閱，集諸文武會議曰：『鄭芝龍連發兩書，遣人前來，未知作何發付』？輔國將軍（日本之權，全在輔國）啟曰：『邇聞鄭芝龍兵船甚盛。今連發兩書前來，欲依他，從無此例；若不依他，恐一旦加兵，亦是費事。以臣管見，不如將兒子送還他，其婦女說從無此例，則一舉可以兩得矣』。國王大喜曰：『此議甚當』。立傳翁翊皇面諭。皇領命回家，與燕、鶚及女兒說知。
九月北風起，國王回鄭芝龍書，送其子交芝燕、芝鶚載歸。翁氏臨別之際，悲喜交集（喜者，喜其父子相會；悲者，悲未得見夫君，今反失其子），牽衣慟泣。芝燕、芝鶚共慰之，勸曰：『歸去商量，自當設法再來迎接』。隨解纜。順風十月到安海。芝龍望見其子儀容雄偉，聲音洪亮，屈指已七歲矣。追憶生時奇兆，甚喜。延師肄業，取名森，字大木，讀書穎敏。但每夜必翹首東向，咨嗟太息，而望其母（日本在東）。森之諸季父兄弟輩數窘之；獨叔父鄭鴻逵甚器重焉（逵字聖儀，別號羽公，庚戌進士）。每摩其頂曰：『此吾家千里駒也』！有相士見之曰：『郎君英物，骨格非常』！對芝龍稱賀。芝龍謝曰：『余武夫也，此兒倘能博一科目，為門第增光，則幸甚矣』。相者曰：『實濟世雄才，非止科甲中人』。性喜「春秋」，兼愛「孫吳」。制藝之外，則舞劍馳射；楚楚章句，特餘事耳。事其繼母顏氏最孝。於十一歲時，書齋課文，偶以小學「洒掃應對」為題，森後幅束股有『湯、武之征誅，一洒掃也；堯、舜之揖讓，一進退應對也』。先生驚其用意新奇。
崇禎六年癸酉冬十一月，劉香老焚劫小埕，芝龍統船擊之。香敗，遁粵東。時諸賊咸稱其「香老」。姓劉，漳之海澄人，五短身材，性極驍勇。勾引無賴，駕小船出金門，劫掠商舡。突起猖獗，聚眾數千，有船大小百餘號，殺傷官軍，橫行粵東、碣石、南澳一帶地方。
崇禎七年甲戌夏五月，熊文燦擢兩廣總督。十二月，文燦檄惠、潮分守道洪雲蒸、巡道康承祖、參將夏之木、張一傑，親到香船招安，被香留困。
崇禎八年乙亥春三月，文燦會同閩撫鄒維璉檄鄭芝龍，統所轄船收劉香老。芝龍將新舊船隻分為三程：第一程芝虎、芝豹為先鋒，領船十只，快哨四只；第二程中軍坐駕芝龍同盧毓英、芝鵬、芝蛟等，亦領船十只；第三程芝彪、芝鳳、芝麟、芝豸、芝鶴、芝鶚、芝獬、芝鸞等，各領船一只為援剿。擇日祭江出師。
四月，南風已發，芝虎等船不順，行稍緩。劉香在甲子，聞芝龍奉兩廣令牌，統船會粵師，不日即到。劉香大怒曰：『一樣皮毛，素無仇敵，何苦為人作鷹犬也！他見我們前歲小埕之役稍避其鋒銳，彼就洋洋得意。吾誓必擒此，方快我願』。即令李虎三、楊韜、陳玉、林武帶船前去田尾洋防禦。又令其弟金同康鐘、李飛熊、張斌帶船來往救援，自領大隊脅洪雲蒸共船迎敵。
芝虎船行至十日，方到田尾洋，與李虎三相遇。自巳至申，互相沖擊，軍士各損傷，而未分勝負，遂兩收金。次日又戰，適香督船至，合擊，芝豹、芝虎受困幾危，幸芝鵬、芝豸、芝麟、芝燕船到，沖■〈舟宗〉救出，退十里停泊。是晚芝龍大隊到，詢問情由。天明，芝龍率諸船列陣分擊。香出洪雲蒸退敵，雲蒸大呼曰：『吾矢死報國，亟擊勿失！亟擊勿失』！香大怒，立刃雲蒸。各飄揚互攻終日，會天晚罷戰。
芝龍大隊泊赤湖，謂諸弟曰：『今晚我們船泊在下風，半夜水轉，劉香必乘潮水沖來。芝豹汝可帶船往來飄駛，以防不測。芝虎汝可帶船五只，在前椗寄椗。如遇有警，可放起連珠火箭，以便前來接應』。又發令：『凡有船隻浮水寄椗，頭帆勿落，火砲預備，軍士衣甲在身』。劉香船仍收田尾，虎三過船見香曰：『鄭芝龍恃強，不識水性，今晚在赤湖。主公可點齊船隻，多設火器，俟夜半水起乘潮順風沖去，芝龍可擒』。香曰：『此計甚妙』。遂各預備。至二更時分，潮起，風果微來，香加額曰：『此天助我誅此狂奴』！即統全隊行。甫至半途，忽前隊瞭望報曰：『前面一派黑影，恐是船來』。虎三曰：『他船泊在赤湖港，何得此處有船？令各船提防，聽我砲響一聲，齊赴殺進』！芝彪見水漲二分，即令椗起浮水，徐行而進。遠望前面搖動似船，乃曰：『不出所料，今果來矣。椗帆俱起，安砲守候。聽吾掌號，一面攻打。一面放起連珠火箭』。虎三一船先到，即喝：『前面何船』？芝彪不應。令掌開砲，直沖過去。芝虎、芝豹望見火箭連起，砲聲轟天，隨督轟前來。劉香大隊亦至。渾殺至日午，稍停戰。芝龍曰：『劉香調度有法，虎三真個勇猛』！芝虎聽見，大喊曰：『此賊有甚難破？俟吾擒他』；一船破■〈舟宗〉直入。手執藤牌，口含大刀，爬在船末。望香船將近，一躍過去亂砍。香即接戰，眾又合鬪。龍遙見，忙督船往救。芝鵠一船從橫沖去，被香橫身熕發出，裂開沈下。芝蟒船逼進，踮在斗頭上，拋過火罐，香船著火。虎三見香船發火，急來救時，不防芝豹從後趕來，發一門斗砲，竟穿虎三船尾樓，打死舵公，透入官廳礙火桶而藥發，直從桅邊斗頭出，其船亦發火。虎三救不及，情急抱銃沈於海底。芝虎與劉香見火熾，難以脫身，互相亂砍，一並焚死。芝豹、芝彪又連擊沈船數只，方揮招旗招降，遂鳴金收其部眾，僅走劉金三船投瓊州去。送康承祖、夏之木、張一傑等回粵，併發還擄掠婦女，具文申報。大痛哭芝虎、芝鵠身亡，令人廣撈屍首，五日不可得。停甲子所，延僧建七晝夜梁皇寶懺，祭奠二人暨陣亡諸將士，然後班師。劉香既滅，海波不興，鯨鯢屏跡，實賴芝龍之威制（附記：芝虎，龍胞弟，膽略猛勇，渾名「蟒二」。因聽龍誇劉香、虎三好漢，心忿跳船，並香同死。常顯聖零丁洋；今粵東虎門外，群奉祀之，甚然靈感）。
崇禎十一年戊寅五月，鄭森進南安學弟子員。
崇禎十二年己卯夏六月，荷蘭國郎必即哩哥駕大夾板船九只，犯閩、浙地方。郎必即哩哥者，荷蘭國之健將也，力能舉鼎，兼精劍術。其國之人，白面紅鬚，鷹鼻貓眼。原無船隻。因永樂差太監王三寶下西洋，偏歷諸國，聲言取寶，實偵建文。船到其國，國人懇求船式。三寶慮其有船，則可渡海，騷擾邊疆；故意持一管壞筆，畫一個扁圈，中間首尾直豎二、三節，將筆毛刷開，亂畫幾畫，與他。豈知荷蘭人性乖巧，就畫樣打造，所有筆毛，一畫安繩一條，為船中索路（俗云：夾板船索路多也），造成船隻駕駛，比中國船加倍堅牢，且火器甚精。屢到中國，帶嗶吱、哆囉呢等貨物貿易。回則停舟海中，一人坐在桅斗上，持千里鏡，四方遙觀。有商艘，則將所佩小船五、六只放下，每船坐六、七人，俟船將到，圍籠。如我們伸頭禦敵，他將鳥銃吹打，一鎗一個並無虛發。是以海上最畏遇他，所謂「來商去盜」，明季之「防貓兒眼」，即此。是歲統夾板船九只，犯閩、浙地方，官軍屢為所敗；軍門仍檄鄭芝龍平復。芝龍接文嘆曰：『盧寧侯毓英惜已死矣！使其今日若在，則破此易易耳』（毓英於十一年死，曾平倭，故云）。遂著芝豹、芝彪為先鋒，芝鳳、芝蟒為左右援，自領芝麟、芝燕、陳秀、郭儀、陳霸等居中調度。臨時又叮彪、豹曰：『夾板利害，非比我們的船。凡事當先覷方便，可戰則戰，勿得恃勇；徒自損滅耳』。豹領令去。至湄洲外洋相遇，互相攻擊。將及申時，芝龍船到，環圍迫戰。奈夾板船隻高大，兩邊遮蓋堅固，火砲利害，無計可施。反失芝蟒、芝鶴二船，傷者甚眾，方鳴金收軍，入泊楓亭港口。即喚芝豹、芝彪等，囑咐曰：『夾板堅牢難破，須用火攻，方得取勝。汝可選帶慣水者五、六十人，小漁船七、八只，將大竹鋸筒，每人腰間帶兩個，船中麻棕灌油，並硝磺引火之物，船頭以鐵鍊帶釘。他船高砲遠，漁船小而撐快，直沖到彼船邊，將斧釘住發火，人跳下水，浮漾走回』。二人隨選慣水好漢，備辦起火諸物暨小船停當。龍即整師出敵，往來攻打。芝豹即發小船依計而行。果夾板船高砲遠，小船撐快如飛，到即釘住發火。悉跳下水，或沈、或浮走回。芝彪又令快哨撈救，連燒夾板船五只，餘敗遁去。
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