伯颜落台，元顺帝大喜过望，终于赶跑了这位让他日夜芒刺在背的活曹操。
其实，元顺帝早期，是个很聪颖的亲王。他不仅冰雪聪明，也能虚心纳谏。入宫初受佛戒时，元顺帝看见佛前有血乎乎的东西作供品，便问左右那是什么东西，宦者回答说是羊心。顺帝好奇，又问：“听说供佛有时用人的心肝，是真的吗？”左右不敢答，回禀说这事要问帝师。于是，元帝请来大喇嘛，问供佛是否曾经用过人的心肝。大喇嘛回答：“确实有。只要有人生歹心害人，事发后，当剖其腹取心肝作佛供。”顺帝沉思，忽然发问：“这只羊也曾害人吗，干嘛把它的心掏出来作佛供？”帝师哑口无言。当然，青少年时期的元顺帝，已经显现出超常的艺术“天赋”和工艺“才能”。观前朝及古代名画，元顺帝非常喜欢宋徽宗的书画作品。为此，身为侍讲的翰林学士库库谏道：“宋徽宗万事皆能，惟一事不能。”“何事？”元顺帝问。“独不能为帝王。其身辱国破，皆由不谙为君之道所致。为帝王者，为君之道最贵，其它乃小技也。”当时的元顺帝虚心听受，“察其真诚，虚已听受”，并赐库库衣钱以赏其进忠之言。此外，从顺帝改元统年号为至元（后又改为至正）的举动来看，他很想效法元世祖忽必烈有一番作为。可惜的是，谏臣库库在伯颜被贬后不久即病死，时年才五十一，没能抓住元顺帝亲政的机会帮助这位皇帝施展抱负，有所匡正。
伯颜败后，顺帝马上任命脱脱之父马札儿台为中书右丞相，以脱脱为知枢密院事，并统领各部禁卫军。
马札儿台和他亲哥伯颜一样，是个财迷。堂堂宰相，竟然派手下在通州开酒馆赚钱，又让人贩长芦淮盐赢利。脱脱见亲爹如此，心中很是忧虑，于是密召马札儿台平素言听计从的一个高参名叫佛喜的，说：“我父对您言听计从，不如劝说他老人家，解职闲居，享享清福。否则，别人会议论他逐兄而占其相位，传出去太不好听。”
这老头儿倒是听劝，称疾辞相，“诏以太师就第”。于是，元廷任命脱脱为中书右丞相、录军国重事。由此，脱脱放开手脚大干，尽变伯颜旧政，使时政焕然一新。
脱脱“更化”，主要表现在以下几个方面：
第一，当然是政治平反。平反剡王冤案，召还宣让王、威顺王二王，复其王爵。
第二，恢复科举取士制度，复行太庙四时祭礼。科举的恢复与脱脱教师吴直方大有关联，这位老儒很有心计，他对脱脱说：“科举之行，不一定非要增加国家官俸的支出。有此制度，家家读书，人人思举，人读书则不敢做坏事，以君臣孝道为纲，如此，于治道大有裨益。”所以，科举之兴，既笼络了汉族士人，又冲淡了民族隔阂，还能消解民间造反之心，可谓一举三得。
第三，译唐朝《贞观政要》等书颁行天下，并修辽、金、宋国史。后世总以为这三史是脱脱主持，其实不然。圣正四年，汉族官员欧阳元、揭傒斯等人基本把三朝历史修撰完毕，上呈脱脱。脱脱不纳，摇头说：“此秀才事，我不知。”众人不知就里。其中有聪明人，提醒道：“丞相喜名，现在史成，每卷都列明修撰人名，独不见脱脱丞相之名，他心里肯定不高兴。前代史书，虽是多名史官同修，但总裁之名独归一人，如欧阳修的《唐书》，司马光的《资治通鉴》，等等。三史之成，实赖丞相脱脱大力扶助，如果我们把丞相列为总裁官，最终依赖他进呈御览，以此为一代盛典，岂不美哉！”
如此一办，脱脱大喜。其实，辽、金、宋三史之成，体例确实出自脱脱独断。修史之前，诸儒议论纷纷，有的想以宋朝为正统，以辽、金为附史；有的认为当以宋朝为南朝，以辽、金为北朝。结果，脱脱拍板：“三国各与正统，各系其年号”，所以才有现在的《辽史》、《金史》、《宋史》。但“君子终以为非也”。满清虽也出身“夷狄”，又与女真为一系，乾隆帝时仍下诏以宋为正统。
无论如何，三史告成，并举行了授受仪式。“仪部鼓吹导从，前后辉光，自史馆进至宣文阁，（顺）帝具礼服接之，观者以为近代无之。”
第四，开宣文阁，选儒臣入讲经筵。伯颜掌权时，把元文宗时代的奎章阁制度破坏殆尽。脱脱入相后，改奎章阁为宣文阁，大集儒士，尊儒崇孔，重修文治。
由于上述种种措施的出台，元顺帝、脱脱君臣协睦，元朝政治一度显得非常清明。这一段时间，自至元六月到至元四年五月，大概有四年之久，即脱脱首度出相阶段。
而后，五年时间内，元廷进入阿鲁图、别儿怯不花、朵儿只当权时期。阿鲁图人品不错，但很快被别儿怯不花挤兑走。这位别儿怯不花任相后，由于很早前他与脱脱之父马札儿台有旧怨，便向顺帝重提伯颜兄弟擅权的旧事，使得顺帝发怒，一纸诏书把老头子贬往甘肃安置。脱脱为人孝顺，力请俱行，“在道则阅骑乘庐帐，食则视其品之精粗”。呵护备至。毕竟甘肃不比大都，又远道辛苦，没过多久马札儿台就病死，后被追封为德王。由此事也可见出，脱脱前期并无权臣姿态，虽有清除伯颜的大功，他该放权时放权，其父遭贬也无怨言和不当举动，君臣之义，未尝亏欠。
继别儿怯不花之后，朵儿只为相，他提拔汉人贺惟一为左丞相。这位贺惟一被元顺帝赐以蒙古名字，即“蒙古太平”，以“蒙古”为姓，可见顺帝当时对他的尊宠。
脱脱二次当权，是至元九年夏到至元十四年底的这一段时间。这几年中，黄河天灾导致“贾鲁治河”，财政危机引致“变更钞法”，天灾人祸，终于使元朝走上不归之路。
脱脱第一次辞相，除身体原因外，也有迷信的原因，“术者言年月不利”，所以，他连上十七道辞职书，方得顺帝允准，下诏封其为郑王，并赐金银巨万。而后，别儿怯不花为相，日进谗言，元顺帝把脱脱之父马札儿台外贬，其实也是忆念伯颜跋扈的“旧恶”，恨和尚憎及袈裟，自然慢慢疏远了脱脱。
但是，脱脱辞相后的几年中，元朝国内叛乱四起，灾害不断，元顺帝等人不得不想起脱脱的“好处”。此外，脱脱自己去甘肃侍候老父，其子加剌张却留在宫中给太子爱猷识理达腊作伴（顺帝正宫皇后生有一子名“真金”，两岁就病死。迷信的元帝室，竟然取与忽必烈太子相同的名字，可见其寿不永）。这两个孩子同岁，自幼长在一起，脱脱之妻又哺乳过太子，自然关系亲密。两个孩子在皇宫中一起玩，太子让加剌张和自己一同嘴呼老鸦叫声，张臂作翅膀状，围着大殿奔跑。玩得高兴，太子又让加剌张嘴学老鸦叫，自己要背着他绕殿奔跑。加剌张年纪虽小，很懂礼数，跪倒说：“我加剌张，不过是奴才身份；太子您是使长，我不敢让您背着我。”皇太子也是孩童心性，见对方扫自己兴头，抡拳就猛砸加剌张脑袋，砸得小孩子嚎啕大哭。元顺帝正在殿内，问左右情由。宦官们便把实情相告。元顺帝连连点头，大喜道：“这孩子真明事理！”皇后奇氏与脱脱老婆关系不错，趁机也说：“脱脱好人，不应久让他在外。”顺帝点头。
不久，奸臣哈麻也游说元顺帝让脱脱再入京为相。顺帝很奇怪，问：“脱脱昔日当丞相时，曾抓住你错处，打你一百零七杖，怎么你也替他说好话。”哈麻丑表功，说：“脱脱罚我，确实我有过错；如果为臣因此仇视他，就不应该了。脱脱，人还是好人。”君臣对话间，皇后奇氏正在帘后偷听，她是哈麻真正的“幕后”指使。见顺帝若有所思，奇氏便派人把脱脱从甘州召回。
哈麻在脱脱初次为相时，与脱脱之弟、御史大夫也先帖木儿关系很铁，“日至其门”。所以，别儿怯不花当丞相时，屡屡中伤脱脱父子兄弟，“哈麻每于（顺）帝前力营护之，以故得免。”彼时，如果哈麻落井下石，估计脱脱当时就可能不保性命。此外，中书左丞相太平（贺惟一）也是脱脱得还大都的进言人之一。但脱脱对此并不知情。日后，脱脱手下一个小人汝中柏嫉恨太平，唆使脱脱在朝中尽逐太平荐引之人，还差点杀掉太平。幸亏脱脱之母解劝，太平在当时才得以不死。
脱脱回京后，并未立即入见顺帝，因为无诏旨召见他。
一天，乘元顺帝高兴，皇后奇氏忽唤与皇太子玩耍的脱脱儿加喇张，问：“想你爹脱脱吗？”小孩子立即跪倒，说：“我很想爹爹。”顺帝感动，问左右：“脱脱现在何处，可让他回京。”奇后忙说：“脱脱已在城中，很想见皇帝您。”顺帝即刻派人召脱脱入宫。
青年顺帝已懂得玩弄政治手腕，他在棕毛殿端坐，见脱脱入殿跪拜，劈头就问：“我让你在甘州侍父，是谁召你来京？”这一问，顺帝身边的奇氏皇后吓得花容失色。脱脱很镇静，回答说：“陛下命我侍亲，现服丧已满，故回京见至尊。”顺帝念忆旧情，也不再装，忙起身降阶，与脱脱相抱而泣。
转天，元廷下诏，再拜脱脱为相。
至正十年（1350年），户部尚书薛世南、武子春揣摩脱脱心意，知道他再入相后想大有兴作，便劝他只有大行更张，才能“垂名竹帛于无穷也”。他们两人首先劝脱脱进行钞法“改革”。改革手段很拙劣，即印制新的中统交钞，以中统交钞壹贯文省权铜钱一千文，准至元宝钞二贯。说是新钞，实际是用先前的中统交钞加盖“至正交钞”几个字而已，故而又称“至正中统交钞”。同时，又铸铜钱，准备以纸币为母，铜钱为子。元代初期的中统钞，以丝为本；中统元宝钞以及后来的至元钞、至大钞皆以银为本，而现在的新钞本末倒钞，目的只有一个，多印交钞，用纸钱掠夺民间财富。汉臣吕思诚等人马上提出异议，认为新钞法一行，民间定会把铜钱藏起而弃用纸币。顺帝、脱脱皆不大懂经济，不听劝阻，下诏大量印钞，最终导致通货膨胀，物价腾飞，新钞变成废纸一样。如此一来，元朝国内的经济凋敝，先前那钞票通行无阻的神话终于破灭。
自1342年以来，黄河流域灾祸频频，多次泛滥，睢阳、归德一带数为泽国。同时，河北、山西等地又发生几十年不遇的大旱，出现重大饥荒，已有人相食景象出现。1243、1245、1246、1248数年，黄河在曹州、济阴、汴梁等地数次决口，漂毁民房，死人无数。脱脱复相后，以工部郎中贾鲁为治水总管，大举治河。贾鲁有两策，一策是修筑黄河北堤，一策是挽河东行，疏塞并行。前策容易，后策不仅实施艰难，且耗费人力物力巨大。脱脱是干大事的人，最后拍板，决定采纳后策。当然，脱脱和贾鲁的出发点是一致的：根治黄河，不仅疏灾，还能制止“盗贼滋蔓”。但对此议，元朝内部反对声浪甚高，首先，反对者认为工程量巨大，施行不易；其次，一二十万人聚在一起开工，加之黄河各个工地连年饥馑，万一有人闹事，一呼万应，百姓如果借机造反，那可比河患要大上一万倍。
脱脱“大政治家”气魄，当然不听，坚持“役不大兴，害不能已”，要干就一劳永逸。甭说，贾鲁治河效果真不错。至正十一年阴历四月开工，七月凿疏工程完毕，八月底放水，九月通船并堵塞掘口，到十一月全部工程完工，总共用了不到二百天时间，使得黄河南河一线日后二十多年没有发生大的水灾（归惠于明朝了）。
治河过程中，虽然并无出现大规模暴动，但韩山童、刘福通那“一只眼”的石人，正是埋在黄河工地，日后燎原之火，正是闪自这一点“星星”火焰。于元朝而言，治小害大，得不偿失。当时就有人做诗曰：“丞相造假钞，舍人做强盗。贾鲁要开河，搅得天下闹。”
元朝大厦之倾，开河造钞，由渐而蔓，终于倾塌。
至正十一年（1251年）阴历四年二十二日黄河治理工程正式开工前，河北栾城人韩山童已经与刘福通等人事先雕刻石人一具，背镌“莫道石人一石眼，此物一出天下反”，埋在河工必经的黄陵岗上。结果，当月月底，工人们已经把这独眼石人挖出，消息传出，远近震骇，人心思乱。
五月份，韩、刘二人聚众三千多在颍州起义，宣布韩山童为宋徽宗八世孙，打着兴宋灭元的旗号举事。元政府知道消息，地方迅速出兵，韩山童命不好，混乱中被元军抓获，在闹市中凌迟，但其妻杨氏与其子韩林儿逃出。
刘福通善战，杀出血路后，攻占了颍州城。由于这只军队的信众多是白莲教徒，天天烧香拜佛，时人称为“香军”。他们另一个特色是头裹红巾做标识，所以又被称作“红军”。韩、刘二人刚刚起事时力量并不大，但示范效应极大。暴动如同传染病一样，越传越快，越传越远，蕲州有徐寿辉、彭莹玉，徐州有李二，邓州有王权，襄阳有孟海马，濠州有土豪郭子兴等等，烽烟四起，天下大乱。“民久不见兵革，一时见乱杀，皆束手听命。”
乱闻上报，中书省官吏抱大叠档案题为“谋反事”想上呈元顺帝，丞相脱脱仔细阅观，为转移视线和减轻自己的责任，他用笔改“谋反事”为“河南汉人谋反事”，如此，大兴族群打击，隐藏起义规模，引起更大的矛盾，“识者知元朝不能有天下矣”。
元廷得知刘福通在颍州兴兵，也很重视此事，马上派出枢密院同知（国防部副部长）赫厮秃率六千“阿速军”为主力，调集各路汉军，与河南行省汉人一位姓徐的左丞一起，集兵数万往讨“红军”。
所谓“阿速军”，乃“绿睛回回也”，是西域种人高马大的勇悍职业军人，“素号勇悍，善骑射”。但是，这一行官军一路剽掠百姓，几位主将天天酒色成性，根本没有打仗的心理准备。所以，到达颍州后，赫厮秃远远望见“红军”的战阵，立刻吓得肝胆俱破，扬鞭大叫：“阿卜！阿卜！”意即蒙古语“快跑！”其手下阿速军和各部汉军此时特别听命令，转身狂逃，一路上自己人和自己人马踏人撞，伤亡不少，“淮人传以为笑”。
其后不久，赫厮秃因惊吓过度及逃跑过度，得急性肺炎病死，汉军将领徐中丞被元廷诛杀，而那数千名绿眼珠的“阿速军”，水土不服，病死大半有余。这些纯种的西亚重骑兵，只是看着唬人的“道具”军队，禁看不禁用，完全是绣花枕头一大堆。
为扑灭“红军”，脱脱派其弟时任御史大夫的也先帖木儿“知枢密院使”，带着几个宗王以及禁卫精兵十多万杀往河南。同时，元廷又以巩不班代替死掉的赫厮秃为大将，这拔元军仗打得不错，攻上蔡，陷汝宁，杀掉不少义军。得意忘形之际，元军大饮胜利美酒，一夕醉倒营中。半夜，残余的义军偷营，元军慌忙抵拒，却一直不见主将身影，转天一大早，元兵检视昨夜恶斗中双方死掉的兵将，赫然发现主将巩不班浑身满是血洞的尸体，一手还紧握酒瓶。心慌之际，这部元军撒丫子后撤数百里，屯军项城。此时，元廷下诏，以也先帖木儿任总兵官，掌管各道军兵，“凡精兵三十余万，金银物帛车数千辆，河南北供亿万计，前后兵出之盛，无如此者。”这位脱脱弟弟根本不知兵，行至沙河后，他按兵不动，天天求神问卜，没有一天发动过真正的进攻。结果，一个多月后，军营“夜惊”，即不知就里的半夜“炸营”。如果主将有智有威，只要禀灯开帐，杀几个人即可平定。但也先帖木儿庸才，以为是军变，自己撒丫子就跑，结果“尽弃军资、器械，粮运车辆山积”，元兵全部跑散，最后仅能收散卒一万余人。一行人逃至汴城下，守城元将气恼，也不让也先帖木儿进城。结果，他悄悄溜回大都，转天“仍为御史大夫”。正是有哥哥撑腰，朝臣中也无人敢弹劾他。
脱脱不责怪弟弟无能，反而深防汉人，只要是商议军国大事，他严命杜绝汉人官僚参加，并上奏顺帝：“方今河南汉人反，宣榜示天下，令一概剿捕。诸蒙古色目（人），因迁谪在外者，皆召还京师”，也就是说，脱脱把“阶级矛盾”上升为“民族矛盾”，扩大打击面，准备又像元初那样借助蒙古、色目人打压汉人。榜告一出，“河北之民亦有变而从红军者矣！”
乱起中原，脱脱身为宰辅，内心很是惶恐，不敢如实向顺帝报告。顺帝身边的红人哈麻当时与脱脱兄弟关系不错，也常常为其开脱责任。但是，乱子越闹越大，居于深宫的顺帝终于得知情实，立刻招脱脱入宫责问：“汝曾言天下太平无事，如今红军半边天下都是，丞相你有何策平灭之！”听皇帝如此讯责，脱脱“汗流浃背”。
为显示自己勇于承担责任，脱脱自请率军首攻徐州。
占领徐州的李二是萧县人，因曾以家中所贮芝麻赈济灾民，绰号“芝麻李”。李二占徐州是个“传奇”，他在城外率七人装扮成挑河工夫，城内只有四人做内应，一夕突然发难，夺守门卒兵器，十几个人高呼叫杀，竟然一举拿下徐州城。转天，他们树旗募兵，几天内就有十多万灾民、河夫投奔，一下子占据了徐州及附近数个县城。由于徐州控扼黄河与运河相交的要冲，脱脱只能把这里当成首先“开刀”的地方。
脱脱领军，治河的贾鲁也随他而行。但是，脱脱所领大都的蒙古“官军”，体虚胆怯，不堪一击。倒是身为淮东元帅的汉人逮善出主意，招募身体壮健的场下盐丁为军，这些人能战善斗，加上淮东土豪王宣又招募了不少身板结实的流民，组成一支三万多人的军队，皆身着黄衣黄幅，号称“黄军”，直杀徐州城。
“芝麻李”及其部下虽勇悍，毕竟很少实战，苦战不支，徐州被元军攻克。脱脱怒城中人抵抗，下令屠城。此举甚失民心，身为朝廷正规军，攻取一地后竟然尽杀当地人民，良莠不分，可谓是脱脱政治生涯中最大的污点。
胜讯传至大都，顺帝遣大臣马上往军中宣诏命脱脱为“太师”，驱使他还朝辅政，广赐金宝。皇太子本人还在私宅宴请脱脱。
徐州城破，“芝麻李”逃脱，脱脱谎称首恶已死，随笔削下一个脑袋号称是罪魁的“首级”。一个月过后，“芝麻李”真身才被擒获，送往京师。脱脱得知，半路命人把这真祸首杀掉，以遮己羞。
脱脱回朝，贾鲁以中书左丞的身份仍旧带兵围攻濠州的郭子兴。城坚砖厚，元军数攻不下，未几，治河大能人贾鲁身染疾疫，竟然病死于军中。虽如此，元军连续派军队镇守，南方“红巾军”损失惨重，各地首领又皆心怀鬼胎，不能团结，被接连各个击破，彭莹玉、项普等人相继被杀，“天完”政权真的一下子就玩完了。（“天完”是“大元”二字上面分别加“一”和“宝盖”，即压倒“大元”之意）。
天下之乱稍定，脱脱不思如何剿尽残敌，反而在京畿大行屯田，自己还领大司农事，“西至西山，东至迁民镇，南至保定、河间，北至檀、顺州，皆引水利，立法佃种”，这些小惠小利，大乱之下，几乎是让人感觉可笑了。脱脱是个强人，可是他不会施展强人政治。为了避免权力下放到地方，无论是行军打仗还是治河种粮，他似乎都想亲力亲为。这难免可笑。
而且，看似平静的大都宫城，正涌动着不可告人的逆动之流。即将上演阴谋剧的主策划，乃是顺帝宠臣哈麻。
哈麻乃康里人，其母是顺帝弟弟元宁宗的乳母，凭这层关系，哈麻与其弟雪雪二人一直在禁卫军中做中级军官。顺帝在位后，喜欢哈麻的口才与善解人意，“深眷宠之”，日与哈麻在殿中玩双陆游戏，一日不见，恍有所失。一次，哈麻穿一件新衣陪顺帝下棋，顺帝开玩笑，随口把茶水喷在哈麻新衣服上，小伙儿大怒，厉声说：“天子就干这种事吗！”如此，“帝一笑而已。其（哈麻）被爱幸，无与为比”。顺帝与脱脱关系好，乃是君臣互敬互重的关系；顺帝与哈麻，乃是老友鬼鬼、轻松无间的亲狎关系。“由是哈麻声势日盛，自藩王戚里，皆遗赂之。”别儿怯不花为相时，进谗言把脱脱父亲马札儿台贬于甘肃，多次诬害脱脱兄弟，全赖哈麻从中回护，出力甚多。所以，脱脱复相后，为哈麻专门在中书设一个“右丞”的官职，以报答他先前救护之功。
但是，脱脱当时非常信重其手下汝中柏，把他从左司郎中超擢入中书，参议中书省事。官员们知道汝宁柏是脱脱亲信，“平章以下见其（汝中柏）议事莫敢异同”，唯唯诺诺。哈麻与脱脱有旧，又是顺帝宠臣，自然不拿汝中柏当回事，多次因事与这人在省中争论。小人心窄，汝中柏便日夜在脱脱面前说哈麻的坏话。脱脱愤怒，借故把哈麻从中书省弄出去，给他个“宣政院使”虚官，又位列第三，由此，哈麻开始深恨脱脱，二人由恩变怨。
汝中柏不称意，怕哈麻日后为后患，力主脱脱找碴杀掉哈麻。脱脱意不决，与弟弟也先帖木儿商议。此公本无远谋，性格软弱，又认定先前哈麻救过自己一家，坚执不可。
哈麻知道脱脱有意要除掉自己，先下手为强，在皇后奇氏和皇太子面前说脱脱坏话，表示脱脱对册立皇太子的仪式久拖不决，时有异议。妇人耳朵浅，果然相信哈麻之言，便与皇太子一起多次在顺帝前大讲脱脱的“不是”。确实，奇氏皇后所生子长大，顺帝一直想即刻立其为皇太子。但考虑到顺帝的正后以后还有可能生孩子，所以脱脱曾讲过这样的话：“中宫（正宫皇后）有子，将置之何所？”从实际上说，脱脱完全出于公心。经哈麻渲染，奇氏与皇太子母子不得不恼怒。
至正十四年（1354年），盐贩子张士诚在高邮建立“大周”，自称诚王。元廷多次派军征剿均失败。由于高邮处于战略和运输要地，断隔南北，元廷不得不再派脱脱“总制诸王诸省军讨之”。
此次行军，元顺帝下诏：黜陟予夺一切庶政，悉听（脱脱）便宜行事，“西域、西番皆发兵来助。旌旗累千里，金鼓震野”，元朝大军号称百万，浩浩荡荡，直扑高邮。
年底，元军数战，每战皆捷，把高邮围成铁桶一样，一只苍蝇飞出也难。被围数月的张士诚与部下坚持不住，商议着怎样出降才能活命。正因为自忖“罪过”太大，张士诚等人迟迟不敢开城投降。
正在这节骨眼上，元廷的皇帝诏使策马赶到脱脱军营。
由此，不仅脱脱的命运、张士诚的命运，包括整个大元朝的命运，均被这突如其来的一道诏书改变了。
脱脱出大都后，其弟也先帖木儿因病在家休养没能上班。哈麻指使御史数人上章弹劾脱脱：“出师三月，略无寸功，倾国家之财为己用，半朝廷之官以自随。其弟也先帖木儿，庸才鄙器，玷污清台，纲纪之政不修，贪淫之心益著。”弹章上达顺帝。这一次，哈麻、奇氏以及皇太子皆落井下石，随声附和。耳软而又忙于宫中淫乐的顺帝大怒，马上派中使前往阵前卸脱脱军职。
元军闻有御诏来卸军，不少人嚎啕大哭。脱脱的汉人参谋龚伯遂劝说：“丞相出发时，皇帝对您说日后行旨只行密旨。将在外，君命有所不受，现在又无皇帝密旨，丞相可坚持不开诏，先攻下高邮，到时候谗言不攻自破，您可到京都亲自向皇帝辩明。”
脱脱摇头，“不行。圣上有诏，我不能拒诏。宁死，我不能废君臣之义。”
御使传诏，削脱脱官爵，安置淮南路；削其弟也先帖木儿官爵，安置宁夏路。属下军队，听从与诏使同来的雪雪（哈麻之弟）与月阔察儿节制。
听诏毕，脱脱顿首深谢：“臣至愚，荷天子宠渥，委以军国重事，早晚战兢，惧不能胜。一旦释此重负，圣上深恩，铭感于心。”同时，他又送名马三千匹及精甲一大批给诸将作留念，嘱咐他们听从雪雪等人指挥。
客省副使哈剌答痛惜功败垂成，哭道：“丞相一去，我辈必死他人之手，不如今日死于丞相面前。”言毕，拔刀自刎而死。这位爷刚烈，其余各级将领都不敢动。
哈麻在诏使到来之前，已经派人到军中散布消息，敢有不奉诏者，立即族诛他们在大都的家属。所以，“大军百万，一时四散”。
高邮城里的张士诚如做梦一般，早晨一望，城外已经无任何元兵。
元军各级将领各回各部，士卒多无所从，“其散而无所附者，多从红军”，所以，元朝高邮散军，不仅未能攻克战略要地，功败垂成，又为“贼军”增添的生力军。
脱脱到淮南不久，又有诏旨移他往亦集乃路。未几，又有圣旨把他流往云南。脱脱的弟弟以及两个儿子，也皆流往恶远之地，家产全部没收。
行至大理腾部时，知府高惠是高丽人，拜见这位故相，想把女儿嫁给他，并明白表示这里天高皇帝远，只要给自己做女婿，保证脱脱性命无忧。
脱脱推辞：“我乃罪人，安敢在流放地娶妻纳妾！”高惠恼怒。
不久，又有诏使来，高惠首率铁甲军来包围脱脱住处。此次来人，乃哈麻所遣，携毒酒而来。跪听圣旨后，脱脱谢恩，不喝也要喝，只能仰头尽饮。死年四十二。
《元史》作者一般就事论史，不与人作赞语，对脱脱的人品，他们也不得不钦服之余夸上好几句：
“脱脱仪状雄伟，颀然出于千百人中，而器宏识远，莫测其蕴。功施社稷而不伐，位极人臣而不骄，轻货财，远声色，好贤礼士，皆出于天性。至于事君之际，始终不失臣节，虽古之有道大臣，何以过之。惟其惑于群小（汝宁柏等人），急复私仇，君子讥焉。”
脱脱死后，本来一蹶不振的农民军又风生水起。刘福通拥韩林儿为帝，建“大宋”；“天完”军死灰复燃，攻占湖南诸路；郭子兴部将攻占战略要地滁州，自成一军；张士诚的“大周”军夺取苏松地区；海上剽掠的方国珍部占据海道，阻遏元朝粮运……
直到至正二十二年，在汉臣张冲等人的建议下，元廷才下诏为脱脱平反。至正二十六年，又有大臣上言脱脱功高盖世，应封一字王爵以及加以追谥。结果，诸事未行，元朝不久就灭亡了。
脱脱把伯父伯颜赶下台，可以视为新一代蒙古贵族对上辈僵化思想的理性反叛。可悲的是，他并未能真正适应汉族文化，所有先前的努力，最后又被他本人否定。他的悲剧，不仅是时代的悲剧，也是一个不能适应潮流和时代的民族的悲剧。
其实，元顺帝早期，是个很聪颖的亲王。他不仅冰雪聪明，也能虚心纳谏。入宫初受佛戒时，元顺帝看见佛前有血乎乎的东西作供品，便问左右那是什么东西，宦者回答说是羊心。顺帝好奇，又问：“听说供佛有时用人的心肝，是真的吗？”左右不敢答，回禀说这事要问帝师。于是，元帝请来大喇嘛，问供佛是否曾经用过人的心肝。大喇嘛回答：“确实有。只要有人生歹心害人，事发后，当剖其腹取心肝作佛供。”顺帝沉思，忽然发问：“这只羊也曾害人吗，干嘛把它的心掏出来作佛供？”帝师哑口无言。当然，青少年时期的元顺帝，已经显现出超常的艺术“天赋”和工艺“才能”。观前朝及古代名画，元顺帝非常喜欢宋徽宗的书画作品。为此，身为侍讲的翰林学士库库谏道：“宋徽宗万事皆能，惟一事不能。”“何事？”元顺帝问。“独不能为帝王。其身辱国破，皆由不谙为君之道所致。为帝王者，为君之道最贵，其它乃小技也。”当时的元顺帝虚心听受，“察其真诚，虚已听受”，并赐库库衣钱以赏其进忠之言。此外，从顺帝改元统年号为至元（后又改为至正）的举动来看，他很想效法元世祖忽必烈有一番作为。可惜的是，谏臣库库在伯颜被贬后不久即病死，时年才五十一，没能抓住元顺帝亲政的机会帮助这位皇帝施展抱负，有所匡正。
伯颜败后，顺帝马上任命脱脱之父马札儿台为中书右丞相，以脱脱为知枢密院事，并统领各部禁卫军。
马札儿台和他亲哥伯颜一样，是个财迷。堂堂宰相，竟然派手下在通州开酒馆赚钱，又让人贩长芦淮盐赢利。脱脱见亲爹如此，心中很是忧虑，于是密召马札儿台平素言听计从的一个高参名叫佛喜的，说：“我父对您言听计从，不如劝说他老人家，解职闲居，享享清福。否则，别人会议论他逐兄而占其相位，传出去太不好听。”
这老头儿倒是听劝，称疾辞相，“诏以太师就第”。于是，元廷任命脱脱为中书右丞相、录军国重事。由此，脱脱放开手脚大干，尽变伯颜旧政，使时政焕然一新。
脱脱“更化”，主要表现在以下几个方面：
第一，当然是政治平反。平反剡王冤案，召还宣让王、威顺王二王，复其王爵。
第二，恢复科举取士制度，复行太庙四时祭礼。科举的恢复与脱脱教师吴直方大有关联，这位老儒很有心计，他对脱脱说：“科举之行，不一定非要增加国家官俸的支出。有此制度，家家读书，人人思举，人读书则不敢做坏事，以君臣孝道为纲，如此，于治道大有裨益。”所以，科举之兴，既笼络了汉族士人，又冲淡了民族隔阂，还能消解民间造反之心，可谓一举三得。
第三，译唐朝《贞观政要》等书颁行天下，并修辽、金、宋国史。后世总以为这三史是脱脱主持，其实不然。圣正四年，汉族官员欧阳元、揭傒斯等人基本把三朝历史修撰完毕，上呈脱脱。脱脱不纳，摇头说：“此秀才事，我不知。”众人不知就里。其中有聪明人，提醒道：“丞相喜名，现在史成，每卷都列明修撰人名，独不见脱脱丞相之名，他心里肯定不高兴。前代史书，虽是多名史官同修，但总裁之名独归一人，如欧阳修的《唐书》，司马光的《资治通鉴》，等等。三史之成，实赖丞相脱脱大力扶助，如果我们把丞相列为总裁官，最终依赖他进呈御览，以此为一代盛典，岂不美哉！”
如此一办，脱脱大喜。其实，辽、金、宋三史之成，体例确实出自脱脱独断。修史之前，诸儒议论纷纷，有的想以宋朝为正统，以辽、金为附史；有的认为当以宋朝为南朝，以辽、金为北朝。结果，脱脱拍板：“三国各与正统，各系其年号”，所以才有现在的《辽史》、《金史》、《宋史》。但“君子终以为非也”。满清虽也出身“夷狄”，又与女真为一系，乾隆帝时仍下诏以宋为正统。
无论如何，三史告成，并举行了授受仪式。“仪部鼓吹导从，前后辉光，自史馆进至宣文阁，（顺）帝具礼服接之，观者以为近代无之。”
第四，开宣文阁，选儒臣入讲经筵。伯颜掌权时，把元文宗时代的奎章阁制度破坏殆尽。脱脱入相后，改奎章阁为宣文阁，大集儒士，尊儒崇孔，重修文治。
由于上述种种措施的出台，元顺帝、脱脱君臣协睦，元朝政治一度显得非常清明。这一段时间，自至元六月到至元四年五月，大概有四年之久，即脱脱首度出相阶段。
而后，五年时间内，元廷进入阿鲁图、别儿怯不花、朵儿只当权时期。阿鲁图人品不错，但很快被别儿怯不花挤兑走。这位别儿怯不花任相后，由于很早前他与脱脱之父马札儿台有旧怨，便向顺帝重提伯颜兄弟擅权的旧事，使得顺帝发怒，一纸诏书把老头子贬往甘肃安置。脱脱为人孝顺，力请俱行，“在道则阅骑乘庐帐，食则视其品之精粗”。呵护备至。毕竟甘肃不比大都，又远道辛苦，没过多久马札儿台就病死，后被追封为德王。由此事也可见出，脱脱前期并无权臣姿态，虽有清除伯颜的大功，他该放权时放权，其父遭贬也无怨言和不当举动，君臣之义，未尝亏欠。
继别儿怯不花之后，朵儿只为相，他提拔汉人贺惟一为左丞相。这位贺惟一被元顺帝赐以蒙古名字，即“蒙古太平”，以“蒙古”为姓，可见顺帝当时对他的尊宠。
脱脱二次当权，是至元九年夏到至元十四年底的这一段时间。这几年中，黄河天灾导致“贾鲁治河”，财政危机引致“变更钞法”，天灾人祸，终于使元朝走上不归之路。
脱脱第一次辞相，除身体原因外，也有迷信的原因，“术者言年月不利”，所以，他连上十七道辞职书，方得顺帝允准，下诏封其为郑王，并赐金银巨万。而后，别儿怯不花为相，日进谗言，元顺帝把脱脱之父马札儿台外贬，其实也是忆念伯颜跋扈的“旧恶”，恨和尚憎及袈裟，自然慢慢疏远了脱脱。
但是，脱脱辞相后的几年中，元朝国内叛乱四起，灾害不断，元顺帝等人不得不想起脱脱的“好处”。此外，脱脱自己去甘肃侍候老父，其子加剌张却留在宫中给太子爱猷识理达腊作伴（顺帝正宫皇后生有一子名“真金”，两岁就病死。迷信的元帝室，竟然取与忽必烈太子相同的名字，可见其寿不永）。这两个孩子同岁，自幼长在一起，脱脱之妻又哺乳过太子，自然关系亲密。两个孩子在皇宫中一起玩，太子让加剌张和自己一同嘴呼老鸦叫声，张臂作翅膀状，围着大殿奔跑。玩得高兴，太子又让加剌张嘴学老鸦叫，自己要背着他绕殿奔跑。加剌张年纪虽小，很懂礼数，跪倒说：“我加剌张，不过是奴才身份；太子您是使长，我不敢让您背着我。”皇太子也是孩童心性，见对方扫自己兴头，抡拳就猛砸加剌张脑袋，砸得小孩子嚎啕大哭。元顺帝正在殿内，问左右情由。宦官们便把实情相告。元顺帝连连点头，大喜道：“这孩子真明事理！”皇后奇氏与脱脱老婆关系不错，趁机也说：“脱脱好人，不应久让他在外。”顺帝点头。
不久，奸臣哈麻也游说元顺帝让脱脱再入京为相。顺帝很奇怪，问：“脱脱昔日当丞相时，曾抓住你错处，打你一百零七杖，怎么你也替他说好话。”哈麻丑表功，说：“脱脱罚我，确实我有过错；如果为臣因此仇视他，就不应该了。脱脱，人还是好人。”君臣对话间，皇后奇氏正在帘后偷听，她是哈麻真正的“幕后”指使。见顺帝若有所思，奇氏便派人把脱脱从甘州召回。
哈麻在脱脱初次为相时，与脱脱之弟、御史大夫也先帖木儿关系很铁，“日至其门”。所以，别儿怯不花当丞相时，屡屡中伤脱脱父子兄弟，“哈麻每于（顺）帝前力营护之，以故得免。”彼时，如果哈麻落井下石，估计脱脱当时就可能不保性命。此外，中书左丞相太平（贺惟一）也是脱脱得还大都的进言人之一。但脱脱对此并不知情。日后，脱脱手下一个小人汝中柏嫉恨太平，唆使脱脱在朝中尽逐太平荐引之人，还差点杀掉太平。幸亏脱脱之母解劝，太平在当时才得以不死。
脱脱回京后，并未立即入见顺帝，因为无诏旨召见他。
一天，乘元顺帝高兴，皇后奇氏忽唤与皇太子玩耍的脱脱儿加喇张，问：“想你爹脱脱吗？”小孩子立即跪倒，说：“我很想爹爹。”顺帝感动，问左右：“脱脱现在何处，可让他回京。”奇后忙说：“脱脱已在城中，很想见皇帝您。”顺帝即刻派人召脱脱入宫。
青年顺帝已懂得玩弄政治手腕，他在棕毛殿端坐，见脱脱入殿跪拜，劈头就问：“我让你在甘州侍父，是谁召你来京？”这一问，顺帝身边的奇氏皇后吓得花容失色。脱脱很镇静，回答说：“陛下命我侍亲，现服丧已满，故回京见至尊。”顺帝念忆旧情，也不再装，忙起身降阶，与脱脱相抱而泣。
转天，元廷下诏，再拜脱脱为相。
至正十年（1350年），户部尚书薛世南、武子春揣摩脱脱心意，知道他再入相后想大有兴作，便劝他只有大行更张，才能“垂名竹帛于无穷也”。他们两人首先劝脱脱进行钞法“改革”。改革手段很拙劣，即印制新的中统交钞，以中统交钞壹贯文省权铜钱一千文，准至元宝钞二贯。说是新钞，实际是用先前的中统交钞加盖“至正交钞”几个字而已，故而又称“至正中统交钞”。同时，又铸铜钱，准备以纸币为母，铜钱为子。元代初期的中统钞，以丝为本；中统元宝钞以及后来的至元钞、至大钞皆以银为本，而现在的新钞本末倒钞，目的只有一个，多印交钞，用纸钱掠夺民间财富。汉臣吕思诚等人马上提出异议，认为新钞法一行，民间定会把铜钱藏起而弃用纸币。顺帝、脱脱皆不大懂经济，不听劝阻，下诏大量印钞，最终导致通货膨胀，物价腾飞，新钞变成废纸一样。如此一来，元朝国内的经济凋敝，先前那钞票通行无阻的神话终于破灭。
自1342年以来，黄河流域灾祸频频，多次泛滥，睢阳、归德一带数为泽国。同时，河北、山西等地又发生几十年不遇的大旱，出现重大饥荒，已有人相食景象出现。1243、1245、1246、1248数年，黄河在曹州、济阴、汴梁等地数次决口，漂毁民房，死人无数。脱脱复相后，以工部郎中贾鲁为治水总管，大举治河。贾鲁有两策，一策是修筑黄河北堤，一策是挽河东行，疏塞并行。前策容易，后策不仅实施艰难，且耗费人力物力巨大。脱脱是干大事的人，最后拍板，决定采纳后策。当然，脱脱和贾鲁的出发点是一致的：根治黄河，不仅疏灾，还能制止“盗贼滋蔓”。但对此议，元朝内部反对声浪甚高，首先，反对者认为工程量巨大，施行不易；其次，一二十万人聚在一起开工，加之黄河各个工地连年饥馑，万一有人闹事，一呼万应，百姓如果借机造反，那可比河患要大上一万倍。
脱脱“大政治家”气魄，当然不听，坚持“役不大兴，害不能已”，要干就一劳永逸。甭说，贾鲁治河效果真不错。至正十一年阴历四月开工，七月凿疏工程完毕，八月底放水，九月通船并堵塞掘口，到十一月全部工程完工，总共用了不到二百天时间，使得黄河南河一线日后二十多年没有发生大的水灾（归惠于明朝了）。
治河过程中，虽然并无出现大规模暴动，但韩山童、刘福通那“一只眼”的石人，正是埋在黄河工地，日后燎原之火，正是闪自这一点“星星”火焰。于元朝而言，治小害大，得不偿失。当时就有人做诗曰：“丞相造假钞，舍人做强盗。贾鲁要开河，搅得天下闹。”
元朝大厦之倾，开河造钞，由渐而蔓，终于倾塌。
至正十一年（1251年）阴历四年二十二日黄河治理工程正式开工前，河北栾城人韩山童已经与刘福通等人事先雕刻石人一具，背镌“莫道石人一石眼，此物一出天下反”，埋在河工必经的黄陵岗上。结果，当月月底，工人们已经把这独眼石人挖出，消息传出，远近震骇，人心思乱。
五月份，韩、刘二人聚众三千多在颍州起义，宣布韩山童为宋徽宗八世孙，打着兴宋灭元的旗号举事。元政府知道消息，地方迅速出兵，韩山童命不好，混乱中被元军抓获，在闹市中凌迟，但其妻杨氏与其子韩林儿逃出。
刘福通善战，杀出血路后，攻占了颍州城。由于这只军队的信众多是白莲教徒，天天烧香拜佛，时人称为“香军”。他们另一个特色是头裹红巾做标识，所以又被称作“红军”。韩、刘二人刚刚起事时力量并不大，但示范效应极大。暴动如同传染病一样，越传越快，越传越远，蕲州有徐寿辉、彭莹玉，徐州有李二，邓州有王权，襄阳有孟海马，濠州有土豪郭子兴等等，烽烟四起，天下大乱。“民久不见兵革，一时见乱杀，皆束手听命。”
乱闻上报，中书省官吏抱大叠档案题为“谋反事”想上呈元顺帝，丞相脱脱仔细阅观，为转移视线和减轻自己的责任，他用笔改“谋反事”为“河南汉人谋反事”，如此，大兴族群打击，隐藏起义规模，引起更大的矛盾，“识者知元朝不能有天下矣”。
元廷得知刘福通在颍州兴兵，也很重视此事，马上派出枢密院同知（国防部副部长）赫厮秃率六千“阿速军”为主力，调集各路汉军，与河南行省汉人一位姓徐的左丞一起，集兵数万往讨“红军”。
所谓“阿速军”，乃“绿睛回回也”，是西域种人高马大的勇悍职业军人，“素号勇悍，善骑射”。但是，这一行官军一路剽掠百姓，几位主将天天酒色成性，根本没有打仗的心理准备。所以，到达颍州后，赫厮秃远远望见“红军”的战阵，立刻吓得肝胆俱破，扬鞭大叫：“阿卜！阿卜！”意即蒙古语“快跑！”其手下阿速军和各部汉军此时特别听命令，转身狂逃，一路上自己人和自己人马踏人撞，伤亡不少，“淮人传以为笑”。
其后不久，赫厮秃因惊吓过度及逃跑过度，得急性肺炎病死，汉军将领徐中丞被元廷诛杀，而那数千名绿眼珠的“阿速军”，水土不服，病死大半有余。这些纯种的西亚重骑兵，只是看着唬人的“道具”军队，禁看不禁用，完全是绣花枕头一大堆。
为扑灭“红军”，脱脱派其弟时任御史大夫的也先帖木儿“知枢密院使”，带着几个宗王以及禁卫精兵十多万杀往河南。同时，元廷又以巩不班代替死掉的赫厮秃为大将，这拔元军仗打得不错，攻上蔡，陷汝宁，杀掉不少义军。得意忘形之际，元军大饮胜利美酒，一夕醉倒营中。半夜，残余的义军偷营，元军慌忙抵拒，却一直不见主将身影，转天一大早，元兵检视昨夜恶斗中双方死掉的兵将，赫然发现主将巩不班浑身满是血洞的尸体，一手还紧握酒瓶。心慌之际，这部元军撒丫子后撤数百里，屯军项城。此时，元廷下诏，以也先帖木儿任总兵官，掌管各道军兵，“凡精兵三十余万，金银物帛车数千辆，河南北供亿万计，前后兵出之盛，无如此者。”这位脱脱弟弟根本不知兵，行至沙河后，他按兵不动，天天求神问卜，没有一天发动过真正的进攻。结果，一个多月后，军营“夜惊”，即不知就里的半夜“炸营”。如果主将有智有威，只要禀灯开帐，杀几个人即可平定。但也先帖木儿庸才，以为是军变，自己撒丫子就跑，结果“尽弃军资、器械，粮运车辆山积”，元兵全部跑散，最后仅能收散卒一万余人。一行人逃至汴城下，守城元将气恼，也不让也先帖木儿进城。结果，他悄悄溜回大都，转天“仍为御史大夫”。正是有哥哥撑腰，朝臣中也无人敢弹劾他。
脱脱不责怪弟弟无能，反而深防汉人，只要是商议军国大事，他严命杜绝汉人官僚参加，并上奏顺帝：“方今河南汉人反，宣榜示天下，令一概剿捕。诸蒙古色目（人），因迁谪在外者，皆召还京师”，也就是说，脱脱把“阶级矛盾”上升为“民族矛盾”，扩大打击面，准备又像元初那样借助蒙古、色目人打压汉人。榜告一出，“河北之民亦有变而从红军者矣！”
乱起中原，脱脱身为宰辅，内心很是惶恐，不敢如实向顺帝报告。顺帝身边的红人哈麻当时与脱脱兄弟关系不错，也常常为其开脱责任。但是，乱子越闹越大，居于深宫的顺帝终于得知情实，立刻招脱脱入宫责问：“汝曾言天下太平无事，如今红军半边天下都是，丞相你有何策平灭之！”听皇帝如此讯责，脱脱“汗流浃背”。
为显示自己勇于承担责任，脱脱自请率军首攻徐州。
占领徐州的李二是萧县人，因曾以家中所贮芝麻赈济灾民，绰号“芝麻李”。李二占徐州是个“传奇”，他在城外率七人装扮成挑河工夫，城内只有四人做内应，一夕突然发难，夺守门卒兵器，十几个人高呼叫杀，竟然一举拿下徐州城。转天，他们树旗募兵，几天内就有十多万灾民、河夫投奔，一下子占据了徐州及附近数个县城。由于徐州控扼黄河与运河相交的要冲，脱脱只能把这里当成首先“开刀”的地方。
脱脱领军，治河的贾鲁也随他而行。但是，脱脱所领大都的蒙古“官军”，体虚胆怯，不堪一击。倒是身为淮东元帅的汉人逮善出主意，招募身体壮健的场下盐丁为军，这些人能战善斗，加上淮东土豪王宣又招募了不少身板结实的流民，组成一支三万多人的军队，皆身着黄衣黄幅，号称“黄军”，直杀徐州城。
“芝麻李”及其部下虽勇悍，毕竟很少实战，苦战不支，徐州被元军攻克。脱脱怒城中人抵抗，下令屠城。此举甚失民心，身为朝廷正规军，攻取一地后竟然尽杀当地人民，良莠不分，可谓是脱脱政治生涯中最大的污点。
胜讯传至大都，顺帝遣大臣马上往军中宣诏命脱脱为“太师”，驱使他还朝辅政，广赐金宝。皇太子本人还在私宅宴请脱脱。
徐州城破，“芝麻李”逃脱，脱脱谎称首恶已死，随笔削下一个脑袋号称是罪魁的“首级”。一个月过后，“芝麻李”真身才被擒获，送往京师。脱脱得知，半路命人把这真祸首杀掉，以遮己羞。
脱脱回朝，贾鲁以中书左丞的身份仍旧带兵围攻濠州的郭子兴。城坚砖厚，元军数攻不下，未几，治河大能人贾鲁身染疾疫，竟然病死于军中。虽如此，元军连续派军队镇守，南方“红巾军”损失惨重，各地首领又皆心怀鬼胎，不能团结，被接连各个击破，彭莹玉、项普等人相继被杀，“天完”政权真的一下子就玩完了。（“天完”是“大元”二字上面分别加“一”和“宝盖”，即压倒“大元”之意）。
天下之乱稍定，脱脱不思如何剿尽残敌，反而在京畿大行屯田，自己还领大司农事，“西至西山，东至迁民镇，南至保定、河间，北至檀、顺州，皆引水利，立法佃种”，这些小惠小利，大乱之下，几乎是让人感觉可笑了。脱脱是个强人，可是他不会施展强人政治。为了避免权力下放到地方，无论是行军打仗还是治河种粮，他似乎都想亲力亲为。这难免可笑。
而且，看似平静的大都宫城，正涌动着不可告人的逆动之流。即将上演阴谋剧的主策划，乃是顺帝宠臣哈麻。
哈麻乃康里人，其母是顺帝弟弟元宁宗的乳母，凭这层关系，哈麻与其弟雪雪二人一直在禁卫军中做中级军官。顺帝在位后，喜欢哈麻的口才与善解人意，“深眷宠之”，日与哈麻在殿中玩双陆游戏，一日不见，恍有所失。一次，哈麻穿一件新衣陪顺帝下棋，顺帝开玩笑，随口把茶水喷在哈麻新衣服上，小伙儿大怒，厉声说：“天子就干这种事吗！”如此，“帝一笑而已。其（哈麻）被爱幸，无与为比”。顺帝与脱脱关系好，乃是君臣互敬互重的关系；顺帝与哈麻，乃是老友鬼鬼、轻松无间的亲狎关系。“由是哈麻声势日盛，自藩王戚里，皆遗赂之。”别儿怯不花为相时，进谗言把脱脱父亲马札儿台贬于甘肃，多次诬害脱脱兄弟，全赖哈麻从中回护，出力甚多。所以，脱脱复相后，为哈麻专门在中书设一个“右丞”的官职，以报答他先前救护之功。
但是，脱脱当时非常信重其手下汝中柏，把他从左司郎中超擢入中书，参议中书省事。官员们知道汝宁柏是脱脱亲信，“平章以下见其（汝中柏）议事莫敢异同”，唯唯诺诺。哈麻与脱脱有旧，又是顺帝宠臣，自然不拿汝中柏当回事，多次因事与这人在省中争论。小人心窄，汝中柏便日夜在脱脱面前说哈麻的坏话。脱脱愤怒，借故把哈麻从中书省弄出去，给他个“宣政院使”虚官，又位列第三，由此，哈麻开始深恨脱脱，二人由恩变怨。
汝中柏不称意，怕哈麻日后为后患，力主脱脱找碴杀掉哈麻。脱脱意不决，与弟弟也先帖木儿商议。此公本无远谋，性格软弱，又认定先前哈麻救过自己一家，坚执不可。
哈麻知道脱脱有意要除掉自己，先下手为强，在皇后奇氏和皇太子面前说脱脱坏话，表示脱脱对册立皇太子的仪式久拖不决，时有异议。妇人耳朵浅，果然相信哈麻之言，便与皇太子一起多次在顺帝前大讲脱脱的“不是”。确实，奇氏皇后所生子长大，顺帝一直想即刻立其为皇太子。但考虑到顺帝的正后以后还有可能生孩子，所以脱脱曾讲过这样的话：“中宫（正宫皇后）有子，将置之何所？”从实际上说，脱脱完全出于公心。经哈麻渲染，奇氏与皇太子母子不得不恼怒。
至正十四年（1354年），盐贩子张士诚在高邮建立“大周”，自称诚王。元廷多次派军征剿均失败。由于高邮处于战略和运输要地，断隔南北，元廷不得不再派脱脱“总制诸王诸省军讨之”。
此次行军，元顺帝下诏：黜陟予夺一切庶政，悉听（脱脱）便宜行事，“西域、西番皆发兵来助。旌旗累千里，金鼓震野”，元朝大军号称百万，浩浩荡荡，直扑高邮。
年底，元军数战，每战皆捷，把高邮围成铁桶一样，一只苍蝇飞出也难。被围数月的张士诚与部下坚持不住，商议着怎样出降才能活命。正因为自忖“罪过”太大，张士诚等人迟迟不敢开城投降。
正在这节骨眼上，元廷的皇帝诏使策马赶到脱脱军营。
由此，不仅脱脱的命运、张士诚的命运，包括整个大元朝的命运，均被这突如其来的一道诏书改变了。
脱脱出大都后，其弟也先帖木儿因病在家休养没能上班。哈麻指使御史数人上章弹劾脱脱：“出师三月，略无寸功，倾国家之财为己用，半朝廷之官以自随。其弟也先帖木儿，庸才鄙器，玷污清台，纲纪之政不修，贪淫之心益著。”弹章上达顺帝。这一次，哈麻、奇氏以及皇太子皆落井下石，随声附和。耳软而又忙于宫中淫乐的顺帝大怒，马上派中使前往阵前卸脱脱军职。
元军闻有御诏来卸军，不少人嚎啕大哭。脱脱的汉人参谋龚伯遂劝说：“丞相出发时，皇帝对您说日后行旨只行密旨。将在外，君命有所不受，现在又无皇帝密旨，丞相可坚持不开诏，先攻下高邮，到时候谗言不攻自破，您可到京都亲自向皇帝辩明。”
脱脱摇头，“不行。圣上有诏，我不能拒诏。宁死，我不能废君臣之义。”
御使传诏，削脱脱官爵，安置淮南路；削其弟也先帖木儿官爵，安置宁夏路。属下军队，听从与诏使同来的雪雪（哈麻之弟）与月阔察儿节制。
听诏毕，脱脱顿首深谢：“臣至愚，荷天子宠渥，委以军国重事，早晚战兢，惧不能胜。一旦释此重负，圣上深恩，铭感于心。”同时，他又送名马三千匹及精甲一大批给诸将作留念，嘱咐他们听从雪雪等人指挥。
客省副使哈剌答痛惜功败垂成，哭道：“丞相一去，我辈必死他人之手，不如今日死于丞相面前。”言毕，拔刀自刎而死。这位爷刚烈，其余各级将领都不敢动。
哈麻在诏使到来之前，已经派人到军中散布消息，敢有不奉诏者，立即族诛他们在大都的家属。所以，“大军百万，一时四散”。
高邮城里的张士诚如做梦一般，早晨一望，城外已经无任何元兵。
元军各级将领各回各部，士卒多无所从，“其散而无所附者，多从红军”，所以，元朝高邮散军，不仅未能攻克战略要地，功败垂成，又为“贼军”增添的生力军。
脱脱到淮南不久，又有诏旨移他往亦集乃路。未几，又有圣旨把他流往云南。脱脱的弟弟以及两个儿子，也皆流往恶远之地，家产全部没收。
行至大理腾部时，知府高惠是高丽人，拜见这位故相，想把女儿嫁给他，并明白表示这里天高皇帝远，只要给自己做女婿，保证脱脱性命无忧。
脱脱推辞：“我乃罪人，安敢在流放地娶妻纳妾！”高惠恼怒。
不久，又有诏使来，高惠首率铁甲军来包围脱脱住处。此次来人，乃哈麻所遣，携毒酒而来。跪听圣旨后，脱脱谢恩，不喝也要喝，只能仰头尽饮。死年四十二。
《元史》作者一般就事论史，不与人作赞语，对脱脱的人品，他们也不得不钦服之余夸上好几句：
“脱脱仪状雄伟，颀然出于千百人中，而器宏识远，莫测其蕴。功施社稷而不伐，位极人臣而不骄，轻货财，远声色，好贤礼士，皆出于天性。至于事君之际，始终不失臣节，虽古之有道大臣，何以过之。惟其惑于群小（汝宁柏等人），急复私仇，君子讥焉。”
脱脱死后，本来一蹶不振的农民军又风生水起。刘福通拥韩林儿为帝，建“大宋”；“天完”军死灰复燃，攻占湖南诸路；郭子兴部将攻占战略要地滁州，自成一军；张士诚的“大周”军夺取苏松地区；海上剽掠的方国珍部占据海道，阻遏元朝粮运……
直到至正二十二年，在汉臣张冲等人的建议下，元廷才下诏为脱脱平反。至正二十六年，又有大臣上言脱脱功高盖世，应封一字王爵以及加以追谥。结果，诸事未行，元朝不久就灭亡了。
脱脱把伯父伯颜赶下台，可以视为新一代蒙古贵族对上辈僵化思想的理性反叛。可悲的是，他并未能真正适应汉族文化，所有先前的努力，最后又被他本人否定。他的悲剧，不仅是时代的悲剧，也是一个不能适应潮流和时代的民族的悲剧。
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