十九世纪英国著名小说家塞缪尔·巴特勒的《月亮上的大象》是一部讽刺作品。它描述一群科学家围聚在望远镜旁观察月亮时，发现一只大象在月亮上行走。科学家们准备把观察结果记录下来，在下一期的皇家科学院杂志上发表。不料，一个男孩偷偷溜到望远镜里面，意外地发现那个被认为是“月亮上的大象”的东西，其实是躲在望远镜里的一只老鼠。
对科学家的揶揄和嘲讽堪称英国文学的一大传统。莎士比亚讥讽过以占星术邀宠的天文学家，本·琼生讽刺过以化学家身份招摇撞骗的炼金术士，而对科学家攻讦最为激烈的无过于斯威夫特的一系列作品：《书的战争》《桶的故事》以及《格列佛游记》。在《格列佛游记》中，斯威夫特借亚里士多德之口断言：他发现伽桑狄极力宣扬的伊壁鸠鲁学说和笛卡尔涡动学说都会被推翻；他预言当代学者热心推崇的万有引力学说最终将落得同样的下场；他还说新的自然体系不过是一种新时尚，随时代不同而变化。即使是那些经数学原理验证过的理论，也不过是昙花一现，若干年后一样会过时。在科学家看来，上述现象是科学进步的动力。而在斯威夫特眼里，这无疑是科学的可笑之处。
斯威夫特对科学家的反感由来已久。追随“古今之争”论战中崇古派代表人物、他的恩师谭普尔，斯威夫特对十七世纪科学革命以来的任何科学改进和发明一律持反对态度。在《格列佛游记》之前，他曾经写诗讽刺发明显微镜的科学家列文虎克——“跳蚤，自然主义者们这样说：身上有小跳蚤在折磨它们，还有小小跳蚤在将小跳蚤撕咬……”如此循环往复，以至无穷。
格列佛发现勒皮它飞岛（作者J. J. Grandville）
斯威夫特在《格列佛游记》一开始便展示出勒皮它飞岛所代表的科学成就：“飞岛，或者管它叫浮岛，是正圆形的，直径七千八百三十七码，或者说四英里半左右，所以面积有一万英亩。岛的厚度是三百码。从下面看起来，岛底或者说它的下表面是一片大约有二百码厚的平滑、匀称的金刚石。金刚石的上面是一层层的矿物，最上面一层才是肥沃的土壤。”其壮观景象令人震撼。但明眼人一望可知斯威夫特是在刻意模仿英国皇家学会会报的论文风格；而他调侃的对象，则是当时著名科学家吉尔伯特及其磁学原理。
斯威夫特对天文学家爱德蒙·哈雷也不无微词。哈雷曾预言1715年的日蚀，同时又指出这次日蚀并不具有占星学的意义——照斯威夫特的说法，“研究天文学的人，十分信仰人事占星学，但这点他们却耻于公开承认”——由此造成飞岛上“崇尚科学”的居民“惶惶不安，得不到片刻的安宁”：他们害怕地球被太阳吸收、吞没，害怕下一次彗星尾扫过，使地球化为灰烬。
斯威夫特对牛顿也大加鞭挞。他在书中挖苦飞岛居民的生活方式：岛上的学者们任何时候都有可能陷入沉思，走路会撞墙、撞人，或者突然中断正在进行的谈话。为此，他们必须雇佣名为“拍击官”的仆役：这些人手持短棍，时时跟从主人，一旦发现他陷入沉思，就敲打他的耳朵或者嘴巴，将他唤回现实——有学者考证，此类描写源于牛顿的生活轶事。事实上，斯威夫特对牛顿的讽刺在作品中可谓比比皆是。比如在飞岛中，岛上的裁缝为格列佛裁制一件衣服——这位高明的裁缝动用了当时极为先进的四分仪等测量工具，花费六天时间，精心为格列佛制成一件衣服，结果却发现根本不能穿，因为裁缝在计算时偶然弄错了一个数字——这一细节讽刺的正是牛顿的故事：这位大科学家的一篇论文在出版时被印刷工人排错一个符号，结果弄错太阳与地球间的距离，沦为笑柄。至于斯威夫特对牛顿为何如此仇恨，据说乃是由于伍德铜币事件——身为皇家造币局长的牛顿负责检验爱尔兰铸币的质量。他在检验完货币后宣布：虽然硬币的重量并不完全相同，但都符合要求。斯威夫特认为事实并非如此。小说家坚信在这一事件中，科学已沦为政治的工具，而牛顿则一变而为英格兰在爱尔兰殖民扩张的帮凶。
另一位大科学家培根也未能幸免。在《格列佛游记》中，斯威夫特用勒皮它飞岛来反讽培根的新大西岛，用拉格多科学院来讥诮培根的所罗门宫。勒皮它岛上的科学家和统治者终日痴迷于抽象科学，对人世的习俗与生活一无所知；他们拙于行动，凡事都需要他人指引，其滑稽可笑而不通人情简直令人喷饭：他们对话需要佣人提醒，妻子则当面与人偷情。培根认为科学知识作为一种福音，将会给人类文明带来福祉。但斯威夫特却力陈科学统治的恐怖图景：勒皮它岛上的飞岛，悬于岛的上空并可以任意调整位置和高度，如果岛上有一方人民反抗它的统治，那么他们的家园顷刻间会被飞岛压成废墟。与柏拉图描绘的由“哲学王”统治的理想国相反，斯威夫特对科学家的统治一直心存警惕：他认为在科学与政治两门学问之间存在天然界限，用科学来指引政治必将导致政治的失序。以培根为代表的启蒙巨人并不仅仅满足于为自然界立法，他们还妄图以理性的力量征服自然。培根的名言“知识就是权力（power）”正是这一功利主义思想的最初表达。
由此培根乃成为斯威夫特重点攻击的对象。小说家在《书的战争》中描写道：“培根气势汹汹地冲来，亚里士多德弯弓搭箭，对准他的头射了过去，但没射中这位勇敢的现代人，箭从他的头顶上嗖地穿过，射中了笛卡尔。”在《格列佛游记》中斯威夫特进一步指斥，“培根相比笛卡尔更狡猾”：培根的狡猾在于他“通过隐微书写技艺，在古人学说的掩护下，肆意表达激进的学术和政治主张”。在《格列佛游记》第三卷中，格列佛一开始被丢弃在荒岛，正准备烤“蛋”吃——按照列奥·斯特劳斯的说法——此处的“蛋”正象征着培根的“科学教”，象征着科学作为一种新的信仰自以为是地取代了原有的宗教，并妄图以自然真理代替宗教启示：“培根将欧洲过去的政治基础——基督教和相应的伦理体系——替换成现代技术和政治科学”。如此狂妄悖逆，作为崇古派中坚的斯威夫特，真可谓是可忍孰不可忍。
格列佛与慧骃国人士交谈（作者J. J. Grandville）
于是，斯威夫特在书中借慧骃国人士之口挖苦道：“对于一个理性动物来说，自然和理性就足以指示它们该做什么事，不该做什么事。”然而事实是，它们最后把格列佛变成了一个立志要爬行的呆子。从词源学角度看，格列佛的名字“Gulliver”与“gullible”(易受骗的、轻信的)词源相同：他天真地相信见到的一切，完全没有自己的主见和判断力；他努力试图融入慧骃的社会，以至于最后成了极端理性的崇拜者和效仿者，从而失去了自己最后残余的一点理性。
斯威夫特生活的年代，是一个充满矛盾的时代。当时的科学家，基本沿袭中世纪传统，以附魅（enchanted）的眼光（即一切自然现象都受上帝或神祇这样的精神体支配）来看待自然，甚至在他们的学术作品里也充斥着神明与精灵。开普勒将行星运行轨道确定为正圆，是由于正圆“最能体现神的完美”。托利拆利进行大气压实验后认为出现这一现象的原因，是“自然不喜欢真空”。牛顿发现万有引力后，认为这种超距作用之所以可能，是因为“整个自然都是上帝的身体”。早期解剖学家孜孜不倦地研究人体构造，因为精妙的人体结构“最能体现造物主的智慧”。凡此种种，不胜枚举。与之相反的是，时代精神已悄然发生巨变。一方面，十七世纪的资产阶级革命使英国的社会结构发生了变化：新兴的工商业资产阶级登上政治舞台，开始要求和土地贵族分享统治权力。为了从根本上动摇旧有的社会体制，为资产阶级代言的启蒙思想家们鼓吹理性的力量，旨在充分破坏一切不符合“自然法则” 的东西，如王权观念、等级制度、经济管制、封建迷信等，人们被“摆正一切事物的人道主义冲动”所鼓舞。但另一方面，同历史上任何一个社会转型期一样，旧有权力结构和经济秩序的改变所带来的混乱必然导致腐败、奢侈、贫富分化等现象，宗教和道德的约束力日益松弛，而贩卖黑奴和殖民扩张的罪恶本质，也是任何有关理性胜利和历史进步的说辞都无法彻底掩饰的社会现实——由于“私欲被以追求最大利润为目标的商品经济所鼓励张扬，人们不得不重新审视人的本性和世界秩序”。在斯威夫特看来，培根和牛顿之流的科学家便是为虎作伥的工具。
科学家的形象遭到恶意嘲讽并被肆意丑化，还因为在这样的时代，科学家们并没有将科学知识大量应用于生产实践。虽然十七世纪产生了伽利略、哈维、波义尔、牛顿等伟大的科学家，但他们并非无神论者，也无意推翻基督教神学的传统教谕，其科学实践也不广泛。而斯威夫特恰好生活在科学研究正在勃兴，而工业革命尚未全面展开的年代：小说家生于 1667 年，死于 1745 年。英国的科学热第一次在全国广泛流行是在斯威夫特出生之前，而科学真正运用到社会实践是从十八世纪英国皇家学会（科学院）成立以后才会开始。
斯威夫特在书中的描写看似荒谬可笑，但的确是当时“科学至上”观念的真实写照：人们用一种数学化和机械化的思维方式来看整个世界，使科学凌驾于人性之上，“人类的生存模式变得与机械运行的方式相一致”，而“自然的定量化，导致要求根据数学结构来阐释自然，将现实同一切内在的目的分割开来，从而将真与善、科学与伦理分割开来”。人们对科学的期望也越来越高，科学似乎变得无所不能，这在某种程度上刺激了科学家发明欲望的无限膨胀——皇家学会的科学家曾试验过永动机和万能药，结果当然一事无成。科学主义的拥趸忽视了人类理性的有限性和科学技术的负面作用：科学狂人会不择手段地实现自己的研究计划，甚至会将科研成果用于某些邪恶的目的，明显有悖于科学研究的初衷。火药的巨大威力本来可以用来促进工程建设，但格列佛却向巨人国国王夸耀它惊人的破坏作用：消灭军队、击沉船只、炸毁房屋、摧毁城墙……火药这一近代科技进步的重要标志，被描述成人类自相残杀的工具，这也是当时欧洲社会的真实写照。
事实上，就在欧洲人相信理性时代已经到来、将理性等同于真理的时候，他们并没有意识到自己其实正在编织着理性的神话，播撒着历史非理性的种子。当代法国思想家埃德加·莫兰曾指出，欧洲人奉若神明的理性并不是真正的理性，而是理性普遍论与经过合理化加工的欧洲中心主义的混合产物。一方面，理性主义同人本主义接轨，后者从理性的角度肯定了人类的价值，认为人生而具有理性，都有获得自由的权利，因此强权、暴政和一切不合理的制度都应当被废除；然而另一方面，欧洲人并不愿意真正平等地对待欧洲之外的其他民族和文化，因为正如萨义德所言，欧洲文化的核心其实是“使这一文化在欧洲内和欧洲外都获得霸权地位的东西——认为欧洲民族和文化优越于所有非欧洲的民族和文化”。如此一来，理性主义和人本主义潜在的适用于全人类的普世性质，与这种根深蒂固的欧洲中心主义，就产生了尖锐的矛盾。
值得注意的是，当判断科学研究是否有用、是否可行之时，斯威夫特这样的讽刺家往往是根据常识来进行判断，而科学家则更倾向于依靠专业知识和直觉。当然，常识并不是一项用来判断科学研究是否合理的可靠标准。对科学研究长期保有兴趣且对欧洲科学进展了如指掌的斯威夫特对此自然也心知肚明。其实，斯威夫特真正反对的不是科学，而是科学方法的滥用——具体而言，是反对将科学的研究方法运用到人类一切知识领域，尤其是人文艺术领域。在近代欧洲，笛卡尔首先尝试用数学模型构建科学方法论，认为科学的研究方法适用于哲学研究，也适用于探求所有学科的一般真理。笛卡尔科学方法论的基础是人的数学理性，它为人们提供了一个认识自身理性和外部世界的全新视角，但笛卡尔并没有意识到人类理性的局限性，也没有认识到理性独裁所产生的严重负面后果，是所谓“启蒙的神话”。在笛卡尔思想体系形成之初，他的同胞、与他同时代的哲学家帕斯卡就驳斥了他的唯理主义认识论，认为这一学说过于倚重科学，并强调单凭理智并不足以认识人生。帕斯卡在他的巨著《思想录》中写道：“科学的虚妄——有关外物的科学不会在我痛苦的时候安慰我在道德方面的愚昧无知；然而有关德行的科学却永远可以安慰我对外界科学的愚昧无知。”由此可见，理性的数学方法虽然适合自然科学研究，但却无法量化和计算人的精神生活与内心感受；自然科学在探求人的本质，构建人类道德体系和人类精神家园方面可谓毫无用处——上述这一切问题，在启蒙人文主义者斯威夫特看来，都必须诉诸人文科学教育方能迎刃而解。而这或许也正是他创作《格列佛游记》等一系列讽喻作品背后的玄机。
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