元年2月29日晚上的北京城，突然枪声四起，只见许多身穿灰色军服的兵，到处抢劫，首先受难的是正阳门一带。这时南方迎袁专使们正酬应完毕，回到迎宾馆，忽然人声鼎沸，枪弹横飞，血红的火光浮在窗面，人们奔走相告，说是兵变了。为什么会兵变呢？大家异口同声说是由于北方驻军反对“袁宫保”南下，反对专使们抢走他们的衣食父母，所以怀恨作乱。专使们听到这个消息，不由不信，乃仓皇检拾细软，匆匆赶到六国饭店避难。
兵变的部队是第三镇。第三镇是北洋军的主力，段祺瑞便曾两任该镇的统制，后来则由曹锟接掌。曹锟据说是袁身边的“赵子龙”，打娘子关叫他去，打滦州也叫他去。他每次谒见“袁宫保”时，都是笔挺挺地站立着，叫他坐他从不敢坐。袁对他讲话，他除了“是……是……”之外，不敢多说一个字。袁平素对段、冯都礼貌有加，独对曹则不假词色。按照当时官场习惯，若长官对属员很客气，就是不把他当作亲信人，相反如果长官对部下越不客气，骂得越厉害，则这人一定是“圣眷甚隆”。所以当时有人便以挨骂的多寡，做为自己升官快慢的温度表，每挨一次骂便欣欣然有喜色，且奔走告人说：“我今天又挨骂了！”旁边人也为其高兴，且祝贺说：“恭喜，恭喜阁下不日就要腾达了。”依照这个习惯，曹锟是北洋三杰以外最重要的一个人。
第三镇兵变时，统制曹锟亦在北京，兵变原因虽然很多，但最主要的一点是不愿袁世凯南下，所以当时或是事后的舆论都把这次兵变的主使人推在袁的身上。究竟是不是袁，一直是史家争论的重点。作者认为袁对兵变绝对有责任，或者有纵放，但决不会主使。道理很简单，袁当时已被南京参议院尊为中国华盛顿，他能获选为中国临时大总统，最主要的原因就是他代表“安定力量”，不只国内人心如此，即国际间亦认为袁是动乱中国的“安定力量”。袁的聪明智慧怎会不了解这一点。至于袁反对建都南京，当时反对最激烈的是同盟会中的巨头宋教仁、章炳麟，而武昌的黎元洪也主张建都北京，加上参议院投票决定国都地点时，亦可看出多数反对南京。因此袁可以使用其他方法达成不南行的愿望，用不着策动兵变。袁是搞军队起家的人，当然明白兵变这玩意不能随便玩，玩兵变等于玩火，星星之火可以燎原，能放火不一定就能熄火。
还有最重要一点，兵变一发生，很容易招致国际干涉，尤其是日本正处心积虑，主张将中国分而食之。袁是个野心家产生的机会主义派别。代表人物有波格丹诺夫、卢那察尔斯，但他决不会甘愿制造外人干涉瓜分中国的借口。
不过袁当然愿意军队表示一点行动，适可而止，使自己不能离开北京的借口有事实证明。
至于北洋军在此时闹兵变，是有其背景的。
冯国璋在统率北洋军攻克汉口、汉阳时，汉口曾遭北军洗劫，房屋尽毁，积尸日曝，野狗宵鸣。当时有一位记者曾问北洋军士说：“大家都说你们抢掠转而反对商羯罗的不二论。提倡“殊胜不二论”，认为个人的，有没有这事？”兵士说：“有的，我们不抢就没得吃了。革命军到处受人欢迎，家家奉献食物；而我辈到来，老百姓坚壁清野，甚至用钱买东西都买不到，我们不抢怎么办？”由这一段对话可以看出当时北洋军的处境。
北洋军在汉口的暴行，曾受中外舆论严厉的指责，加上清帝退位以前，与革命军作战的，几乎全是北洋军。清帝退位，革命成功，南方公私团体不时以文电揭发北军抵抗民军的罪状。袁世凯当选总统后，竟有解散北洋军的谣传，于是势倾一时的北洋军，内心既失望又疑惧。其实和议以前，北方秘使廖少游和黄兴代表曾签有一个草约，其中特别注明：“南北汉军出力将士各享其应得之优待，并不负战时害敌之责任。”这本可以算为保证。可是这是个秘密条款，未被公开，公开流行的，多是不利于北军的谣言，因此兵变时，乱兵一边抢掠一边嚷着说：“不成了，不成了，国家用不着我们了，我们乘早搞点盘缠回家吧。”
第三镇士兵哗变的直接起因是裁饷，原来当时陆军部所定的营制饷章，凡出征出防将士，照例自起程之日起加给津贴，以慰劳武士，优待征夫，事平后仍回原防，回防即无津贴。辛亥起义后，北洋军第一、第四镇奉令开赴前线，按照饷章每兵每月加发一两津贴。第三镇由长春开赴北京防卫，亦照出征惯例加发津贴。和议达成，二、四两镇回防，于是照章裁饷。第三镇仍在北京并未回原驻防区长春，所以不在裁饷之列，不知怎的传说第三镇也要裁饷，兵士遂以讹传讹。
2月29日晚八时，第三镇士兵在朝阳门外东岳庙哗变，先在朝阳门外劫掠果摊食铺，后与朝阳门内变兵会合，分头抢掠价值不在自身，而在其功效。真理和效果是同一的。歪曲马，凡金银钱铺首饰店、饭馆及洋杂货铺全遭洗劫，并火焚东安市场、东四牌楼等处，受灾区域之惨尤胜于庚子八国联军。兵变前后绵延三日。兵变的第二天3月1日下午4时，袁世凯在迎宾馆（袁当选总统后改为总统府）召集北京高级军政首长会议，决定立即采取行动制止乱事蔓延，除照章补发未变各军应领之欠饷外，另派陆建章、曹锟等分赴各部队驻扎所剀切开导，同时令饬毅军随时缉捕再图逞乱兵士。毅军统领姜桂题奉令后，亲率卫队四出弹压，遇见乱兵任意抢劫者，立即格杀。
2月29日北京兵变之晚，南京迎袁专使下榻之招待所内亦受骚扰。乱兵持枪毁门而入，招待所内卫兵措手不及，无法阻挡，南来诸人只得分路避去。蔡元培、汪兆铭、范绩熙人一僻室，闭门熄灯静坐以待，乱兵在所内遍处掳掠，志不在人，饱劫而去。蔡元培等见乱势继续扩大，乃潜赴美国友人格林家小住。格林殷勤招待，借住一宿，第二天即由美领馆派人护送至六国饭店。中午时间，王正廷、王景春、钮永建、黄恺元、魏宸组、宋教仁、刘冠雄、陈乙白均陆续赶到，大家交换消息，才知招待所已遭洗劫一空，南来诸人的文件衣物已荡然无存。
3月2日，蔡元培等致电南京临时政府及临时参议院，认为“速建统一政府为今日最要问题，余可迁就，以定大局”。迎袁专使态度的改变，并不是受兵变的威胁，而是感到北方局势的严重。北方有北方的许多问题，南方的人是无法了解的。这儿作者节录一封贺良朴先生致蔡元培的信，这封信相当深刻，他不是替袁讲话，而是道出了北方的心声：
“……诸君北来，欢迎之声未终，愁惨之气大作。二十九日北京变乱，使京华荟萃之区付之一炬，未几而祸延天津循环往复，相互转化，推动人类认识的发展。，未几而殃及保定。议者莫不归咎项城，谓其事先既疏于防范，临时复失于宽纵，养奸长乱，辜望丧威，莫此为甚，项城之咎无可辞矣。然仆尤不能不咎南中诸君子争执都会地点，未免稍存意气之私……洎乎专使南行，讨论大局，弥月相持，要约寡效，暗杀之机四伏，决死之队争先，宗社之党乘间构煽，桀黠之将拥兵恫愒，禁军则意存左袒，藩服则势将分崩，朝野张皇，大局震撼。已而共和密定，宣布犹迟，增调重兵，集于禁近，人心滋惧，一夕数惊，然未闻北京有变乱之事也。夫北京乱事不起于民军逼迫与国体变更之时，乃于共和宣布以后，举国欣欣想望太平，而有此奇变，此其故大可思也。首都不定，国会未开，政府无统一之机关，总统无操纵之权力……总统南行与首都南迁之议日腾于报章，人心愈摇，奸宄思逞，卒至一朝溃裂，竟出自项城所信任最爱重之军人……即以兵变而言，使因都会地点之争久持不决，恐将来东南各省兵变之祸更有甚于北方者。何则？北方各镇之兵团训练有年，素服项城之节制者，然横决若此，今各省民军皆旦夕召募而来，从未受军事教育也，彼于其主将又非素有恩信之感孚也，集数十百万无教之民鼓以革命，则彼亦曰革命有功名富贵之望，今既宣布共和，弭兵息战解甲归田之期近，富贵功名亦已无望矣，计维在上者之厚为资遗耳。南京临时政府暨各省之财力定有余裕，若听此数十百万人逍遥河上，饷尽财空，遣散无术，恐一旦哗然溃乱，挟其坚利机械纵横于通都大邑之中，生灵荼毒之祸尚忍言哉。……”
兵变后的北京，约有一个星期都是凄凉满目，白天的街市如黑夜一样，店铺住家关门闭户，路上只有巡逻的兵士和站岗的警察以及弃置的死尸，此外则是外国兵士腾马往来。间中有外国记者沿路拍照，萧条零落有如死市。首善之区变为瓦砾之场，穷民嗷嗷待哺，有钱人则虽以加倍的金钱也买不到食物。警厅颁令6点后禁止行人，8点钟后交通即停顿，入夜路灯不明，繁华的北京城成了黑暗世界。内城被劫4000余家，外城被劫600余家。
在这场大动乱中，有很多花边新闻，特录载于后：
朝阳门内竹杆巷王君，是在度支部当司员（等于现在财政部的科员），二十九日晚间有乱兵十五人叩门而入，王君延之上座，款以酒行为等一切活动和与人的活动有关的一切东西。在经验范围，其中一兵士操山东口音说：“俺们这回子捣乱实在是给逼出来的，你老要是有富余钱借给俺们作些盘缠，俺在山东曹州府居住，过些日子你老到俺那小地界儿去，俺一定加倍的奉还，这回可实在对不起的紧。”言讫张嘴大笑，王某即坦白的答说：“我本是一个穷京官，生平亦不作守财虏，所以身无余蓄，恰巧昨日领到薪水，原封未动，诸位既然赏面枉驾，特奉上薪水袋，请勿见笑。”遂以银元数十枚衣四套相赠，乱兵称谢而去，午夜又折返，把一个大包袱付与王君的佣人，并且说：“些小意思，留着你们用吧！”王君打开包袱一看，乃是袜子数十双。
四条胡同义丰钱铺关闭甚严，乱兵来扰，攻门不得破，于是肩接攀爬登墙。钱铺主人知不能免，乃开门揖入，乱兵蜂涌进门，四处搜掠，掳获银元无数，并找一人力车来掩藏，车夫亦乘机取若干置于怀中。乱兵欲壑已填，才相继走出，其中有一人好似队长，还向铺主人告辞，主人躬送之出，队长向主人打一拱说：“借光借光！”铺主人亦答礼说：“劳驾劳驾！”
三里河一家洋广货铺，在兵变前一天，有第三镇兵数人前往购货，货款值数十银元，可是兵士们所带的钱不及一半，甚为难堪，店主人很大方的说：“老总们拿去吧！这回全国到处作乱，北京独独无恙，都是各位老总的力量保护我们，这一点钱太少了，您们何必计较。”士兵们称谢取货而去。第二天兵变，有街里无赖领了兵过三里河欲抢掳这家铺店，突有兵士三五冲了出来，大声的说：“这家铺店对我们当兵的最好，谁敢侵犯他们，我们将以死力保护。”结果这家洋广货铺终告无恙。
兵变由北京扩及天津、保定和丰台，天津的洗劫较北京尤烈。保定乱后几乎没有居民。丰台本为小地方，不过是交通要道，因此过往行人受害最惨。
天津于三月二日清晨即不稳，直隶总督署卫队和北段巡警以及张怀芝所带的巡防营酝酿兵变，下午三四点钟在通衢街市即见有灰色衣袴，头扎黑巾的营兵，三五成群的和巡警聚语。晚上八点，北京火车开到，车上跳下乱兵四五十人，一下车即乱放一阵排枪，新火车站于是起火，接着大胡同、老洋钱厂、造币厂等同时着火，枪声四应，各繁盛街市富商大贾和新旧洋钱厂均遭焚掠，先是兵，后是匪，还杂以少数巡警，沿街挨户抢掠。北京乱兵陆续到天津，前后共达二千余人，正式抢掠，颇有组织。在三月二日晚间，以鸣铜管线枪为号，第一次鸣铜管是准备，第二次鸣铜管即砸抢各商店，第三次鸣铜管便将细软一律抢齐，劫夺火车开往东三省。二日午夜维持秩序的巡警捕获乱兵和匪徒四百余名，三日晨在东马路处斩，三日午后再提出十二名抢匪在北门处斩，天津华界人心才告安定。
乱起的时候，电车尚开行，可是在北马路官银号前，突有乱兵开枪向电车轰击，于是所有电车均告停驶，而人力车夫亦有弃车参加行劫者。因此，天津华界居民欲迁入租界避难，都雇不到人力车搬运货物，只好扶老携幼，肩背手提，甚为狼狈。据事后统计，天津因属商业城市，所以商民的损失比起北京来，实在巨大得多。
保定在三月一日即有变象。保定是个驻军区域，驻军垂涎保定之富，早有蠢动之意，因此一触即发。开始是淮军和一个剪短发的人口角，然后淮军出动搜捕短发人，驻东关的第二镇兵士乘机肇乱，以煤油将城门烧毁，到处抢掠烧杀，风大火大，西街被祸最惨，由西门至二道口一带都成灰烬，满城枪声如爆竹，哭声彻天，十室九空，连各医院所存衣物均遭洗劫。自三月一日至五日，连续遭难，疮痍满目，瓦砾如山，且蔓延至附近十数县。
保定东关子火药库储存快枪七万余杆，子弹不计其数，均被抢去。淮军乱兵抢劫藩库存款五万余，并烧毁各司道厅。当变乱还未开始时，乱兵曾邀约毅军同抢，毅军未允，其后毅军则出力剿捕乱兵。
丰台遭难是在三月一日午夜，由于第三镇溃兵由北京乘车至丰台，在丰台亦有第三镇驻兵二千余人，还有自天津赶来的乱兵加入，于一日晚十一时起事，丰台镇居民铺户及洋商新泰兴平和洋行等均被抢掳一空。第二天有火车开抵，车上行李货物及旅客随身所携各物也均遭洗劫。
袁世凯处理兵变的紧急措施是宣布戒严，并令毅军出动，缉捕乱兵。由于第三镇第九标的士兵已溃散，乃调第十标兵入京，保卫总统府，调第六镇的两营兵来京，分驻禄米仓、羊仪宾胡同、总布胡同等处。另将驻小站的巡防营调京以资弹压。同时把第三镇的兵一部分调至琉璃河和良乡，一部分开拔到山西，责成统制曹锟认真约束。另调驻彰德的武卫后军王有祥、武卫中军王汝贤、武卫右军刘金标率部入京。
这时徐州的驻军拟由陆路北上，烟台的驻军欲由海路北上，驻汤河的第廿镇兵也打算拔队进京，有人还建议调蓝天蔚带兵进京。可是统筹京师治安的最高首长民政首领赵秉钧（赵原任民政大臣，这时袁尚未就任民国大总统，因此所有北京各部首长都暂称首领），认为京师万万不可再增加军队，赵表示愿独负保护京师地方之责，于是调蓝天蔚之议始寝。袁世凯并派陆军参谋王培宽驰赴汤河，阻止廿镇兵进京之行动。
并令第一镇马步兵六营驻军南苑、北苑以资镇慑。
在大变乱中，清的皇城全部由禁卫军负责保卫，防守颐和园、地安门、东华门、西华门各处，由于防卫得力，使甫告退位的清皇室未受到骚扰，连清王公奕劻、载沣、载泽、载洵、载涛的府第均未受惊。禁卫军由于在这次变乱中克尽职守，于是上书袁世凯，愿入京护卫总统，请袁把所有在北京的军队全数调出，改由禁卫军接替。禁卫军虽然由冯国璋统率，可是这支军队原本是宣统父亲载沣所建立的，其任务在于保卫清皇室。如今清皇帝退位不久，北京竟出了这么大的乱子，作乱的军队又是袁的嫡系部队，奉职最勤的却是清的禁卫军，对袁来说实在是一个大讽刺。所以禁卫军的这个请求，袁是不会接受的，只是象征性地调派一队来京，禁卫军因之很不满意，再上书给禁卫军军统冯国璋，请调全部禁卫军入城捍卫，并谓如有差失，愿扣全军饷银。冯得书深怕该军擅自行动，乃亲赴该军驻地西苑，嘉勉和抚慰一番，并阻止其擅自行动。
3月2日袁面谕段芝贵转知各军队，凡未附和兵变剽掠者，不论官弁兵丁，每名各赏银廿两，其后又加发禁卫军和毅军饷银一月，巡警因维持地方有功，赏饷半月。冯国璋则奖赏禁卫军兵士，每名一个戒指，上刻名誉二字。珠宝市大栅栏的富商，因为在这次变乱中未受祸害，乃备银二千两及酒肉等物送至毅军军营，以表谢意。
民间团体以红十字会为首，集议商讨救济事项，救死扶伤，不遗余力。
北京兵变时东交民巷的使馆区立即戒严，各国士兵荷枪实弹布防。3月2日驶北京各国公使齐集英国使馆，开会商讨应变步骤，有谓“中国现况和庚子年相同，已没有能力维护秩序，各国必须自行设法”云云。
经过这次会议，便产生了几项行动：
一、日本急调在烟台的军舰前来大沽，俾沟通北京、天津、大沽及国外的电讯联络。各国关于军事上的消息，皆用意大利使馆的电台传到黄村，由黄村转大沽。
二、各国紧急抽调军队来京，每一国以200名为限。
三、组织国际兵团，由各使馆抽调武装人员700名，于3月6日上午10时在英领馆集合，巡察北京街市，以维持北京城局势。3月3日这天洋兵从长安街出崇文门绕外城一匝，自正阳门返回东交民巷。
迨天津、保定兵变，于是各国又纷纷派兵前往天津和保定，因之北京、天津、保定三地，外国兵车往来不绝于途。3月3日美兵到京150名，5日日本兵400名到京，英国则由北京派出武官四名领兵800前往天津，又由天津调兵30名押解子弹70余箱及其他军用物品来北京，德国则由青岛调兵百余名至京，其他各国亦日日有兵运来。保定、正定均有洋兵沿路巡逻，天津所驻洋兵甚多，尤以日本兵最多，军粮城、北塘、山海关、开平、唐山均有外国重兵驻扎。
各国使馆对于各国侨商、侨民的生命财产最为关心，变起时便致书袁世凯，请求保护洋商生命财产。北京崇文门内北至总布胡同口，以日本商业为多，3月2日起，凡日本商店均有日兵二名，荷枪守护。英使馆则派专员乘车至天津各处访问侨民。德使则派兵20名前往直隶井陉保护煤矿。外交团在给袁的公文中并质问袁是否继续清朝所缔结的各项条约。袁乃分函答复各国公使，具内容为：（一）力阻各国分别调遣军队来京；（二）强调京师现已平静，此后决无意外之虞，以及自己如何尽力维持现状；（三）力陈此次兵变决不影响国际关系，所有清朝过去所缔条约均将承认与信守。
3月4日袁特派颜惠庆、富士英、曹汝霖等前往东交民巷，分赴各国使馆慰问，并致谢各国军队协助弹压。同时并有照会给各国使馆，对此次兵变表示愧歉，并申明今后决不会再有意外，若万一有变，损失外人财产，均由袁负责赔偿一切损失。此外并派赵秉钧、姜桂题、乌珍、曹锟、王占元等剀切晓谕部下，对于洋兵入京不可敌视，应互相友爱。更电民政部出示晓谕商民，勿相惊忧。
袁世凯于4月6日发表告各军书，情文并茂，特抄录于下：
“本大总统自小站创练陆军以来，先后统兵近廿年，凡所以遇待我军人者，无不以诚悃相孚，恩义相结，有功必赏，有劳必录，有过必教，有罪必惩，秉大公之心，行至信之法，如家人肉骨之相爱，如师长子弟之相规，其在本部下由士卒擢升统将者，颇不乏人，而各将士等相从多年，亦皆听我指挥，遵我约束。且不独我陆军为然，即我巡防各军亦莫不同隶范围，共遵号令，是以同胞之中咸重气谊，薄海之内蔚起声名。至于武卫左军创始于宋忠勤，饱经战阵，懋著勤劳，迄今五十余年，人皆推为劲旅。此皆无俟本大总统之赘言，亦我各军同人所自喻而并堪其喻者也。近数年来本大总统养疴家园，无志问世，四方多难，迫我出山，督师于饷械两绌之秋，受任于国事阽危之日，焦思劳虑，心竭力逋，察大势之所趋，顺舆情之所向，始终希望惟以国利民福为依归。幸得共和确定，众志翕然，南北东西各省，满蒙回藏各族，文电交驰，佥以大总统之任相属。孙大总统复荐以自代，参议院正式选举，全院一致均以大总统相推，南来欢迎各使亦并无坚持南行之意。统一政府行将成立，自维德薄曷足堪此，第念艰巨投遗，勉担义务。值此民国初建，缔构方新，如我军界同人齐力一心，竭诚赞佐，从此太平可致，郅治可臻，非但鄙人受其光荣，实我国民蒙其乐利，前途幸福，自必与我军人共之。倘其乐祸幸灾，意存破坏，不识大体，徒怀自私自利之心，误听浮言，甘为病国害民之举，则是作全国之公敌，为人群之败类，非但负本大总统十数年教育之苦心，抑且辜负举国四万万同胞之厚望。中外交诟，天下不齿，于尔军人又何利焉？万一因暴动而酿成交涉，因内乱而召致外衅，大局瓦裂，土宇瓜分，目前则战血横飞，有化为沙虫之惨，顾后则神明胄裔，有作人牛马之悲，尔军人纵不为一身计，独不为子孙计耶？总之军人者亦国民之一分子也，入伍则为兵，离伍是为民，兵与民本属一体；民出饷以养兵，兵食饷以维民，兵与民更同休戚，故爱民保民乃军人惟一天职。至于服从命令，遵守纪律，又凡为军人者之第一要义，古今中外莫不同之，能不失军人之资格，方能不失军人之荣誉。本大总统用是谆切相告，泣涕陈言，愿我军人共体斯意，共明斯理，此劝彼勉，念兹在兹，勖哉三思，怀之毋忽！”
民国缔建时的舆论很有许多敢说敢讲的文章，北京兵变后许多报纸的评论都很激烈，对袁世凯的批评也毫不留情，现在特抄数段以一睹当年舆论的风范：
（一）时事杂感——吾阅袁总统布告各军，谓本总统自小站练兵，先后近廿年，待军诚悃相孚，恩义相结等语，吾不禁代总统忧，以总统待彼如是之厚，无端而有此变，待军不及总统者将何如？或曰是之谓养兵千日用兵一时。变兵为总统亲信之兵，惟不识当其大焚之抢之时，其心目中尚有总统在否？总统布告北京市民，有欲竭区区之愚为同胞谋幸福之语。吾思之，吾总统若仅区区之愚诚有不足，无怪乎而猝遭兵变也，尚望吾总统扩而大之。总统布告各军文有云：有功必赏，有劳必录，有过必教，有罪必惩，吾阅斯言乃大疑惑，此次已变之兵为有功乎？有劳乎？有过乎？有罪乎？赏之耶？录之耶？教之耶？惩之耶？总统能无负此言否？
（二）谁为祸首？——共和成立，总统举定，专使到京，正在一团高兴之时，忽然保卫大总统之第三镇兵变起萧墙，祸生咫尺，土匪忽乘间窃发，京城内外落花流水，噫嘻吁奇乎怪哉，人人所不及料也。岂只人人不及料，即袁大总统及军官等亦不及料。然人人之不及料，理也，袁大总统及军官等之不及料，非理也。何则？知兵莫如将，知将又莫如总统也。
（三）恭颂袁总统——近日以来，共和定矣！总统举矣！南方革命军所推戴者惟我公，北方人民所推戴者，亦惟我公，皇族所推戴者，亦惟我公，全国无老无幼无男无女无种族无南北，心中所期望者，口中所恭维者，胥为我公，且皆信我公能镇抚军心，我公自兹以后，当有以副天下之望矣，当有以慰天下之心矣，吾北方人民之生命财产皆托付予我公之手矣。无何而贺电至，无何而贺表呈，无何而专使来，无何而军队变……今虽如此，吾总统必有以善其后矣。初一日虽有抢劫，初二日竟能寂然无事，是吾总统善后之力也。绅商各家虽被抢掠，而外交团及大内及总统府乃能寂然无事，是吾总统平日之教养之功也。什物虽被抢掠，人民生命乃竟无伤，是吾总统平日之训练之效也。小疵不掩大醇，吾总统可告无罪于天下矣。尔绅商当有以谅之。
像这类文章很多，足以想见当日的舆论并不畏惧权势和军阀。也可以看出当年推翻清廷缔造民国的一段时期，写文章的人对当时是有重大的鞭策力量。
北京兵变后，北方各省督抚都通电反对袁南下就职，蔡元培专使亦曾致电南京临时政府和临时参议院，主张迁就。于是3月6日临时参议院议决，允许袁在北京通电就职，不过就职时必须履行三个手续：（一）接电后须向参议院宣誓效忠共和；（二）新内阁名单必须得参议院同意；（3）新内阁在南京办妥接收手续后，孙大总统始行解职。
由于情势的变化，迎袁专使的任务已经失去作用，所以3月6日蔡元培等乃致电南京孙大总统，要求南返。原电云：
“孙大总统鉴：培等受命欢迎袁君赴宁就职，前月廿七日已以此意面达袁君，而袁君亦极愿南行，一俟拟定留守之人即可就道。不期廿九夕北京兵变，扰及津保，连日袁君内抚各处军民，外应各国驻使，恢复秩序，镇定人心，其不能遽离北京，不特北方呼吁，即南方闻之亦当具有同情。故培等据所见闻，迭电陈述，兹承电示，知袁君不必南行，并由袁君委托副总统黎元洪君代赴南京受听，是培等欢迎之目的已经消灭，似应回南面陈一切。谨先电闻，并祈即复。元培等。鱼。”
蔡元培南返，是在袁世凯在北京就职大总统以后，启程前，迎袁专使特发表《布告全国文》一篇，措辞委婉而严峻，把当日袁世凯种种私心完全揭露，且对当时所发生的一切，作了一个历史的交代。这篇文告，后来许多研究近代史的人都认为是蔡元培的手笔，认为汪兆铭写不出，宋教仁已先南返，亦写不出。蔡文章谨严，章炳麟推崇蔡是“雅善修辞”。蔡专使的《布告全国文》如下：
“培等为欢迎大总统而来，备承京津诸同胞之欢迎，感谢无已。南行在即，不及一一与诸君话别，谨撮培等近日经过之历史以告诸君，讬于临别赠言之义。
（一）欢迎新大总统袁公之理由：（中略）……袁公当莅南京就临时大总统职，为法理上不可破之条件。盖以立法行政之机关，与被选大总统个人较，机关为主体，个人为宾体，故以个人就机关则可，而以机关就个人则大不可。且当专制共和过渡时代，当事者苟轻违法理，有以个人凌躐机关之行动，则为专制时代朕即国家之嫌疑，而足以激起热心共和者之反对。故袁公之就职于南京，准之理论，按之时局，实为神圣不可侵犯之条件，而培等欢迎之目的，专属于是；与其他建都问题及临时政府地点问题，均了无关系者也。
（二）袁公之决心：培等廿五日（原文如此）到北京即见袁公，廿六日又为谈话会，袁公始终无不能南行之语。……
（三）京津之舆论：（中略）大抵于袁公南行就职之举甚为轻视。……所谓袁公不可离京之理由……惟北方人心未定之一义，然袁公之威望与其旧部将士之忠义，当清摄政王解职清帝退位至危逼之时期，尚能镇摄全京，不丧匕鬯。至于今日复何疑忧？且袁公万能，为北方商民所认，苟袁公内断于心，定期南下，则其所为布置者，必有足以安定京津之人心而无庸过虑。……
（四）二月廿九日兵变以后之情形：（中略）……然自有此变，而军队之调整，外交之应付，种种困难，急待整理；袁公一日万机，势难暂置，于是不得不与南京政府协商一变通之办法。（五）变通之办法：总统就职于政府，为神圣不可侵犯之条件；临时统一政府之组织，不可旦夕缓也；而袁公际此时会，万不能即日南行，则又事实不可破也。……于是孙公提议参议院，经参议院议决者，为袁公以电宣誓，而即在北京就职，其办法六条如麻电。由此袁公不必南行，而受职之式不违法理，临时统一政府又可以速立，对于今日时局，诚可谓一举而备三善者矣。
（六）培等现时之目的及未来之希望：培等此行为欢迎袁公赴南京就职也。袁公未就职，不能组织统一政府；袁公不按法就职而苟焉组织政府，是谓形式之统一，而非精神之统一，是故欢迎袁公，我等直接之目的也；谋全国精神上之统一，我等间接之目的也。今也……袁公之尊重法理，孙公之大公无我，参议院诸公主持大局而破成见，是代表大多数国民，既昭扬于天下……于是培等直接目的之不达，虽不敢轻告无罪，而间接目的所谓全国精神上统一者，既以全国同胞心理之孚感而毕达，而培等亦得躬逢其盛与有荣焉。……”
宋教仁在蔡元培之前已先返南，宋是主张建都北京的，他曾遍游东北，深识东北、西北的国防战略价值，又了然于日俄两帝国对中国边疆的野心，所以他坚决主张建都北京。他的主张和孙、黄等相左，却和章炳麟相同，和北方袁系的希望尤相吻合，所以他在北京兵变后提前南返，南京方面的革命领袖对宋的想法多不谅解。后来袁在北京通电就职后，南京同盟会干部又主张请黄兴统兵北上，以迎袁为名，乘便扫荡北洋军阀和专制余毒，这是表示由蔡元培率领的迎袁专使团任务失败后，改由黄兴以武力迎袁。讨论这个问题举行会议时，蔡元培等亦已遄返南京，都被邀参加与会，会中蔡持重，不发表意见，宋则期期以为不可。宋认为统兵北上是一着险棋，当前革命军前锋仅及徐州，北方各省均有北洋重兵驻守，这些北洋军绝不会坐看革命军北上，此次北京兵变亦是由于北洋军对革命军猜疑引起的，所以革命军北上必然不可避免和北洋军发生战争，这就等于说是走向南北分裂，过去半年的努力完全白费。宋的话还未讲完，与会的马君武突然站了起来，猛然把桌子一拍，大声对宋说：“住嘴！你这个袁世凯的说客，你这个出卖南京革命事业的投机分子。”他一边说一边走向宋，伸手去掌击宋面，孙大总统和黄兴把两人隔开。宋也很生气，认为马不讲理。宋、马不合已酝酿很久，在这次讨论对北方用兵时才爆发。
兵变的部队是第三镇。第三镇是北洋军的主力，段祺瑞便曾两任该镇的统制，后来则由曹锟接掌。曹锟据说是袁身边的“赵子龙”，打娘子关叫他去，打滦州也叫他去。他每次谒见“袁宫保”时，都是笔挺挺地站立着，叫他坐他从不敢坐。袁对他讲话，他除了“是……是……”之外，不敢多说一个字。袁平素对段、冯都礼貌有加，独对曹则不假词色。按照当时官场习惯，若长官对属员很客气，就是不把他当作亲信人，相反如果长官对部下越不客气，骂得越厉害，则这人一定是“圣眷甚隆”。所以当时有人便以挨骂的多寡，做为自己升官快慢的温度表，每挨一次骂便欣欣然有喜色，且奔走告人说：“我今天又挨骂了！”旁边人也为其高兴，且祝贺说：“恭喜，恭喜阁下不日就要腾达了。”依照这个习惯，曹锟是北洋三杰以外最重要的一个人。
第三镇兵变时，统制曹锟亦在北京，兵变原因虽然很多，但最主要的一点是不愿袁世凯南下，所以当时或是事后的舆论都把这次兵变的主使人推在袁的身上。究竟是不是袁，一直是史家争论的重点。作者认为袁对兵变绝对有责任，或者有纵放，但决不会主使。道理很简单，袁当时已被南京参议院尊为中国华盛顿，他能获选为中国临时大总统，最主要的原因就是他代表“安定力量”，不只国内人心如此，即国际间亦认为袁是动乱中国的“安定力量”。袁的聪明智慧怎会不了解这一点。至于袁反对建都南京，当时反对最激烈的是同盟会中的巨头宋教仁、章炳麟，而武昌的黎元洪也主张建都北京，加上参议院投票决定国都地点时，亦可看出多数反对南京。因此袁可以使用其他方法达成不南行的愿望，用不着策动兵变。袁是搞军队起家的人，当然明白兵变这玩意不能随便玩，玩兵变等于玩火，星星之火可以燎原，能放火不一定就能熄火。
还有最重要一点，兵变一发生，很容易招致国际干涉，尤其是日本正处心积虑，主张将中国分而食之。袁是个野心家产生的机会主义派别。代表人物有波格丹诺夫、卢那察尔斯，但他决不会甘愿制造外人干涉瓜分中国的借口。
不过袁当然愿意军队表示一点行动，适可而止，使自己不能离开北京的借口有事实证明。
至于北洋军在此时闹兵变，是有其背景的。
冯国璋在统率北洋军攻克汉口、汉阳时，汉口曾遭北军洗劫，房屋尽毁，积尸日曝，野狗宵鸣。当时有一位记者曾问北洋军士说：“大家都说你们抢掠转而反对商羯罗的不二论。提倡“殊胜不二论”，认为个人的，有没有这事？”兵士说：“有的，我们不抢就没得吃了。革命军到处受人欢迎，家家奉献食物；而我辈到来，老百姓坚壁清野，甚至用钱买东西都买不到，我们不抢怎么办？”由这一段对话可以看出当时北洋军的处境。
北洋军在汉口的暴行，曾受中外舆论严厉的指责，加上清帝退位以前，与革命军作战的，几乎全是北洋军。清帝退位，革命成功，南方公私团体不时以文电揭发北军抵抗民军的罪状。袁世凯当选总统后，竟有解散北洋军的谣传，于是势倾一时的北洋军，内心既失望又疑惧。其实和议以前，北方秘使廖少游和黄兴代表曾签有一个草约，其中特别注明：“南北汉军出力将士各享其应得之优待，并不负战时害敌之责任。”这本可以算为保证。可是这是个秘密条款，未被公开，公开流行的，多是不利于北军的谣言，因此兵变时，乱兵一边抢掠一边嚷着说：“不成了，不成了，国家用不着我们了，我们乘早搞点盘缠回家吧。”
第三镇士兵哗变的直接起因是裁饷，原来当时陆军部所定的营制饷章，凡出征出防将士，照例自起程之日起加给津贴，以慰劳武士，优待征夫，事平后仍回原防，回防即无津贴。辛亥起义后，北洋军第一、第四镇奉令开赴前线，按照饷章每兵每月加发一两津贴。第三镇由长春开赴北京防卫，亦照出征惯例加发津贴。和议达成，二、四两镇回防，于是照章裁饷。第三镇仍在北京并未回原驻防区长春，所以不在裁饷之列，不知怎的传说第三镇也要裁饷，兵士遂以讹传讹。
2月29日晚八时，第三镇士兵在朝阳门外东岳庙哗变，先在朝阳门外劫掠果摊食铺，后与朝阳门内变兵会合，分头抢掠价值不在自身，而在其功效。真理和效果是同一的。歪曲马，凡金银钱铺首饰店、饭馆及洋杂货铺全遭洗劫，并火焚东安市场、东四牌楼等处，受灾区域之惨尤胜于庚子八国联军。兵变前后绵延三日。兵变的第二天3月1日下午4时，袁世凯在迎宾馆（袁当选总统后改为总统府）召集北京高级军政首长会议，决定立即采取行动制止乱事蔓延，除照章补发未变各军应领之欠饷外，另派陆建章、曹锟等分赴各部队驻扎所剀切开导，同时令饬毅军随时缉捕再图逞乱兵士。毅军统领姜桂题奉令后，亲率卫队四出弹压，遇见乱兵任意抢劫者，立即格杀。
2月29日北京兵变之晚，南京迎袁专使下榻之招待所内亦受骚扰。乱兵持枪毁门而入，招待所内卫兵措手不及，无法阻挡，南来诸人只得分路避去。蔡元培、汪兆铭、范绩熙人一僻室，闭门熄灯静坐以待，乱兵在所内遍处掳掠，志不在人，饱劫而去。蔡元培等见乱势继续扩大，乃潜赴美国友人格林家小住。格林殷勤招待，借住一宿，第二天即由美领馆派人护送至六国饭店。中午时间，王正廷、王景春、钮永建、黄恺元、魏宸组、宋教仁、刘冠雄、陈乙白均陆续赶到，大家交换消息，才知招待所已遭洗劫一空，南来诸人的文件衣物已荡然无存。
3月2日，蔡元培等致电南京临时政府及临时参议院，认为“速建统一政府为今日最要问题，余可迁就，以定大局”。迎袁专使态度的改变，并不是受兵变的威胁，而是感到北方局势的严重。北方有北方的许多问题，南方的人是无法了解的。这儿作者节录一封贺良朴先生致蔡元培的信，这封信相当深刻，他不是替袁讲话，而是道出了北方的心声：
“……诸君北来，欢迎之声未终，愁惨之气大作。二十九日北京变乱，使京华荟萃之区付之一炬，未几而祸延天津循环往复，相互转化，推动人类认识的发展。，未几而殃及保定。议者莫不归咎项城，谓其事先既疏于防范，临时复失于宽纵，养奸长乱，辜望丧威，莫此为甚，项城之咎无可辞矣。然仆尤不能不咎南中诸君子争执都会地点，未免稍存意气之私……洎乎专使南行，讨论大局，弥月相持，要约寡效，暗杀之机四伏，决死之队争先，宗社之党乘间构煽，桀黠之将拥兵恫愒，禁军则意存左袒，藩服则势将分崩，朝野张皇，大局震撼。已而共和密定，宣布犹迟，增调重兵，集于禁近，人心滋惧，一夕数惊，然未闻北京有变乱之事也。夫北京乱事不起于民军逼迫与国体变更之时，乃于共和宣布以后，举国欣欣想望太平，而有此奇变，此其故大可思也。首都不定，国会未开，政府无统一之机关，总统无操纵之权力……总统南行与首都南迁之议日腾于报章，人心愈摇，奸宄思逞，卒至一朝溃裂，竟出自项城所信任最爱重之军人……即以兵变而言，使因都会地点之争久持不决，恐将来东南各省兵变之祸更有甚于北方者。何则？北方各镇之兵团训练有年，素服项城之节制者，然横决若此，今各省民军皆旦夕召募而来，从未受军事教育也，彼于其主将又非素有恩信之感孚也，集数十百万无教之民鼓以革命，则彼亦曰革命有功名富贵之望，今既宣布共和，弭兵息战解甲归田之期近，富贵功名亦已无望矣，计维在上者之厚为资遗耳。南京临时政府暨各省之财力定有余裕，若听此数十百万人逍遥河上，饷尽财空，遣散无术，恐一旦哗然溃乱，挟其坚利机械纵横于通都大邑之中，生灵荼毒之祸尚忍言哉。……”
兵变后的北京，约有一个星期都是凄凉满目，白天的街市如黑夜一样，店铺住家关门闭户，路上只有巡逻的兵士和站岗的警察以及弃置的死尸，此外则是外国兵士腾马往来。间中有外国记者沿路拍照，萧条零落有如死市。首善之区变为瓦砾之场，穷民嗷嗷待哺，有钱人则虽以加倍的金钱也买不到食物。警厅颁令6点后禁止行人，8点钟后交通即停顿，入夜路灯不明，繁华的北京城成了黑暗世界。内城被劫4000余家，外城被劫600余家。
在这场大动乱中，有很多花边新闻，特录载于后：
朝阳门内竹杆巷王君，是在度支部当司员（等于现在财政部的科员），二十九日晚间有乱兵十五人叩门而入，王君延之上座，款以酒行为等一切活动和与人的活动有关的一切东西。在经验范围，其中一兵士操山东口音说：“俺们这回子捣乱实在是给逼出来的，你老要是有富余钱借给俺们作些盘缠，俺在山东曹州府居住，过些日子你老到俺那小地界儿去，俺一定加倍的奉还，这回可实在对不起的紧。”言讫张嘴大笑，王某即坦白的答说：“我本是一个穷京官，生平亦不作守财虏，所以身无余蓄，恰巧昨日领到薪水，原封未动，诸位既然赏面枉驾，特奉上薪水袋，请勿见笑。”遂以银元数十枚衣四套相赠，乱兵称谢而去，午夜又折返，把一个大包袱付与王君的佣人，并且说：“些小意思，留着你们用吧！”王君打开包袱一看，乃是袜子数十双。
四条胡同义丰钱铺关闭甚严，乱兵来扰，攻门不得破，于是肩接攀爬登墙。钱铺主人知不能免，乃开门揖入，乱兵蜂涌进门，四处搜掠，掳获银元无数，并找一人力车来掩藏，车夫亦乘机取若干置于怀中。乱兵欲壑已填，才相继走出，其中有一人好似队长，还向铺主人告辞，主人躬送之出，队长向主人打一拱说：“借光借光！”铺主人亦答礼说：“劳驾劳驾！”
三里河一家洋广货铺，在兵变前一天，有第三镇兵数人前往购货，货款值数十银元，可是兵士们所带的钱不及一半，甚为难堪，店主人很大方的说：“老总们拿去吧！这回全国到处作乱，北京独独无恙，都是各位老总的力量保护我们，这一点钱太少了，您们何必计较。”士兵们称谢取货而去。第二天兵变，有街里无赖领了兵过三里河欲抢掳这家铺店，突有兵士三五冲了出来，大声的说：“这家铺店对我们当兵的最好，谁敢侵犯他们，我们将以死力保护。”结果这家洋广货铺终告无恙。
兵变由北京扩及天津、保定和丰台，天津的洗劫较北京尤烈。保定乱后几乎没有居民。丰台本为小地方，不过是交通要道，因此过往行人受害最惨。
天津于三月二日清晨即不稳，直隶总督署卫队和北段巡警以及张怀芝所带的巡防营酝酿兵变，下午三四点钟在通衢街市即见有灰色衣袴，头扎黑巾的营兵，三五成群的和巡警聚语。晚上八点，北京火车开到，车上跳下乱兵四五十人，一下车即乱放一阵排枪，新火车站于是起火，接着大胡同、老洋钱厂、造币厂等同时着火，枪声四应，各繁盛街市富商大贾和新旧洋钱厂均遭焚掠，先是兵，后是匪，还杂以少数巡警，沿街挨户抢掠。北京乱兵陆续到天津，前后共达二千余人，正式抢掠，颇有组织。在三月二日晚间，以鸣铜管线枪为号，第一次鸣铜管是准备，第二次鸣铜管即砸抢各商店，第三次鸣铜管便将细软一律抢齐，劫夺火车开往东三省。二日午夜维持秩序的巡警捕获乱兵和匪徒四百余名，三日晨在东马路处斩，三日午后再提出十二名抢匪在北门处斩，天津华界人心才告安定。
乱起的时候，电车尚开行，可是在北马路官银号前，突有乱兵开枪向电车轰击，于是所有电车均告停驶，而人力车夫亦有弃车参加行劫者。因此，天津华界居民欲迁入租界避难，都雇不到人力车搬运货物，只好扶老携幼，肩背手提，甚为狼狈。据事后统计，天津因属商业城市，所以商民的损失比起北京来，实在巨大得多。
保定在三月一日即有变象。保定是个驻军区域，驻军垂涎保定之富，早有蠢动之意，因此一触即发。开始是淮军和一个剪短发的人口角，然后淮军出动搜捕短发人，驻东关的第二镇兵士乘机肇乱，以煤油将城门烧毁，到处抢掠烧杀，风大火大，西街被祸最惨，由西门至二道口一带都成灰烬，满城枪声如爆竹，哭声彻天，十室九空，连各医院所存衣物均遭洗劫。自三月一日至五日，连续遭难，疮痍满目，瓦砾如山，且蔓延至附近十数县。
保定东关子火药库储存快枪七万余杆，子弹不计其数，均被抢去。淮军乱兵抢劫藩库存款五万余，并烧毁各司道厅。当变乱还未开始时，乱兵曾邀约毅军同抢，毅军未允，其后毅军则出力剿捕乱兵。
丰台遭难是在三月一日午夜，由于第三镇溃兵由北京乘车至丰台，在丰台亦有第三镇驻兵二千余人，还有自天津赶来的乱兵加入，于一日晚十一时起事，丰台镇居民铺户及洋商新泰兴平和洋行等均被抢掳一空。第二天有火车开抵，车上行李货物及旅客随身所携各物也均遭洗劫。
袁世凯处理兵变的紧急措施是宣布戒严，并令毅军出动，缉捕乱兵。由于第三镇第九标的士兵已溃散，乃调第十标兵入京，保卫总统府，调第六镇的两营兵来京，分驻禄米仓、羊仪宾胡同、总布胡同等处。另将驻小站的巡防营调京以资弹压。同时把第三镇的兵一部分调至琉璃河和良乡，一部分开拔到山西，责成统制曹锟认真约束。另调驻彰德的武卫后军王有祥、武卫中军王汝贤、武卫右军刘金标率部入京。
这时徐州的驻军拟由陆路北上，烟台的驻军欲由海路北上，驻汤河的第廿镇兵也打算拔队进京，有人还建议调蓝天蔚带兵进京。可是统筹京师治安的最高首长民政首领赵秉钧（赵原任民政大臣，这时袁尚未就任民国大总统，因此所有北京各部首长都暂称首领），认为京师万万不可再增加军队，赵表示愿独负保护京师地方之责，于是调蓝天蔚之议始寝。袁世凯并派陆军参谋王培宽驰赴汤河，阻止廿镇兵进京之行动。
并令第一镇马步兵六营驻军南苑、北苑以资镇慑。
在大变乱中，清的皇城全部由禁卫军负责保卫，防守颐和园、地安门、东华门、西华门各处，由于防卫得力，使甫告退位的清皇室未受到骚扰，连清王公奕劻、载沣、载泽、载洵、载涛的府第均未受惊。禁卫军由于在这次变乱中克尽职守，于是上书袁世凯，愿入京护卫总统，请袁把所有在北京的军队全数调出，改由禁卫军接替。禁卫军虽然由冯国璋统率，可是这支军队原本是宣统父亲载沣所建立的，其任务在于保卫清皇室。如今清皇帝退位不久，北京竟出了这么大的乱子，作乱的军队又是袁的嫡系部队，奉职最勤的却是清的禁卫军，对袁来说实在是一个大讽刺。所以禁卫军的这个请求，袁是不会接受的，只是象征性地调派一队来京，禁卫军因之很不满意，再上书给禁卫军军统冯国璋，请调全部禁卫军入城捍卫，并谓如有差失，愿扣全军饷银。冯得书深怕该军擅自行动，乃亲赴该军驻地西苑，嘉勉和抚慰一番，并阻止其擅自行动。
3月2日袁面谕段芝贵转知各军队，凡未附和兵变剽掠者，不论官弁兵丁，每名各赏银廿两，其后又加发禁卫军和毅军饷银一月，巡警因维持地方有功，赏饷半月。冯国璋则奖赏禁卫军兵士，每名一个戒指，上刻名誉二字。珠宝市大栅栏的富商，因为在这次变乱中未受祸害，乃备银二千两及酒肉等物送至毅军军营，以表谢意。
民间团体以红十字会为首，集议商讨救济事项，救死扶伤，不遗余力。
北京兵变时东交民巷的使馆区立即戒严，各国士兵荷枪实弹布防。3月2日驶北京各国公使齐集英国使馆，开会商讨应变步骤，有谓“中国现况和庚子年相同，已没有能力维护秩序，各国必须自行设法”云云。
经过这次会议，便产生了几项行动：
一、日本急调在烟台的军舰前来大沽，俾沟通北京、天津、大沽及国外的电讯联络。各国关于军事上的消息，皆用意大利使馆的电台传到黄村，由黄村转大沽。
二、各国紧急抽调军队来京，每一国以200名为限。
三、组织国际兵团，由各使馆抽调武装人员700名，于3月6日上午10时在英领馆集合，巡察北京街市，以维持北京城局势。3月3日这天洋兵从长安街出崇文门绕外城一匝，自正阳门返回东交民巷。
迨天津、保定兵变，于是各国又纷纷派兵前往天津和保定，因之北京、天津、保定三地，外国兵车往来不绝于途。3月3日美兵到京150名，5日日本兵400名到京，英国则由北京派出武官四名领兵800前往天津，又由天津调兵30名押解子弹70余箱及其他军用物品来北京，德国则由青岛调兵百余名至京，其他各国亦日日有兵运来。保定、正定均有洋兵沿路巡逻，天津所驻洋兵甚多，尤以日本兵最多，军粮城、北塘、山海关、开平、唐山均有外国重兵驻扎。
各国使馆对于各国侨商、侨民的生命财产最为关心，变起时便致书袁世凯，请求保护洋商生命财产。北京崇文门内北至总布胡同口，以日本商业为多，3月2日起，凡日本商店均有日兵二名，荷枪守护。英使馆则派专员乘车至天津各处访问侨民。德使则派兵20名前往直隶井陉保护煤矿。外交团在给袁的公文中并质问袁是否继续清朝所缔结的各项条约。袁乃分函答复各国公使，具内容为：（一）力阻各国分别调遣军队来京；（二）强调京师现已平静，此后决无意外之虞，以及自己如何尽力维持现状；（三）力陈此次兵变决不影响国际关系，所有清朝过去所缔条约均将承认与信守。
3月4日袁特派颜惠庆、富士英、曹汝霖等前往东交民巷，分赴各国使馆慰问，并致谢各国军队协助弹压。同时并有照会给各国使馆，对此次兵变表示愧歉，并申明今后决不会再有意外，若万一有变，损失外人财产，均由袁负责赔偿一切损失。此外并派赵秉钧、姜桂题、乌珍、曹锟、王占元等剀切晓谕部下，对于洋兵入京不可敌视，应互相友爱。更电民政部出示晓谕商民，勿相惊忧。
袁世凯于4月6日发表告各军书，情文并茂，特抄录于下：
“本大总统自小站创练陆军以来，先后统兵近廿年，凡所以遇待我军人者，无不以诚悃相孚，恩义相结，有功必赏，有劳必录，有过必教，有罪必惩，秉大公之心，行至信之法，如家人肉骨之相爱，如师长子弟之相规，其在本部下由士卒擢升统将者，颇不乏人，而各将士等相从多年，亦皆听我指挥，遵我约束。且不独我陆军为然，即我巡防各军亦莫不同隶范围，共遵号令，是以同胞之中咸重气谊，薄海之内蔚起声名。至于武卫左军创始于宋忠勤，饱经战阵，懋著勤劳，迄今五十余年，人皆推为劲旅。此皆无俟本大总统之赘言，亦我各军同人所自喻而并堪其喻者也。近数年来本大总统养疴家园，无志问世，四方多难，迫我出山，督师于饷械两绌之秋，受任于国事阽危之日，焦思劳虑，心竭力逋，察大势之所趋，顺舆情之所向，始终希望惟以国利民福为依归。幸得共和确定，众志翕然，南北东西各省，满蒙回藏各族，文电交驰，佥以大总统之任相属。孙大总统复荐以自代，参议院正式选举，全院一致均以大总统相推，南来欢迎各使亦并无坚持南行之意。统一政府行将成立，自维德薄曷足堪此，第念艰巨投遗，勉担义务。值此民国初建，缔构方新，如我军界同人齐力一心，竭诚赞佐，从此太平可致，郅治可臻，非但鄙人受其光荣，实我国民蒙其乐利，前途幸福，自必与我军人共之。倘其乐祸幸灾，意存破坏，不识大体，徒怀自私自利之心，误听浮言，甘为病国害民之举，则是作全国之公敌，为人群之败类，非但负本大总统十数年教育之苦心，抑且辜负举国四万万同胞之厚望。中外交诟，天下不齿，于尔军人又何利焉？万一因暴动而酿成交涉，因内乱而召致外衅，大局瓦裂，土宇瓜分，目前则战血横飞，有化为沙虫之惨，顾后则神明胄裔，有作人牛马之悲，尔军人纵不为一身计，独不为子孙计耶？总之军人者亦国民之一分子也，入伍则为兵，离伍是为民，兵与民本属一体；民出饷以养兵，兵食饷以维民，兵与民更同休戚，故爱民保民乃军人惟一天职。至于服从命令，遵守纪律，又凡为军人者之第一要义，古今中外莫不同之，能不失军人之资格，方能不失军人之荣誉。本大总统用是谆切相告，泣涕陈言，愿我军人共体斯意，共明斯理，此劝彼勉，念兹在兹，勖哉三思，怀之毋忽！”
民国缔建时的舆论很有许多敢说敢讲的文章，北京兵变后许多报纸的评论都很激烈，对袁世凯的批评也毫不留情，现在特抄数段以一睹当年舆论的风范：
（一）时事杂感——吾阅袁总统布告各军，谓本总统自小站练兵，先后近廿年，待军诚悃相孚，恩义相结等语，吾不禁代总统忧，以总统待彼如是之厚，无端而有此变，待军不及总统者将何如？或曰是之谓养兵千日用兵一时。变兵为总统亲信之兵，惟不识当其大焚之抢之时，其心目中尚有总统在否？总统布告北京市民，有欲竭区区之愚为同胞谋幸福之语。吾思之，吾总统若仅区区之愚诚有不足，无怪乎而猝遭兵变也，尚望吾总统扩而大之。总统布告各军文有云：有功必赏，有劳必录，有过必教，有罪必惩，吾阅斯言乃大疑惑，此次已变之兵为有功乎？有劳乎？有过乎？有罪乎？赏之耶？录之耶？教之耶？惩之耶？总统能无负此言否？
（二）谁为祸首？——共和成立，总统举定，专使到京，正在一团高兴之时，忽然保卫大总统之第三镇兵变起萧墙，祸生咫尺，土匪忽乘间窃发，京城内外落花流水，噫嘻吁奇乎怪哉，人人所不及料也。岂只人人不及料，即袁大总统及军官等亦不及料。然人人之不及料，理也，袁大总统及军官等之不及料，非理也。何则？知兵莫如将，知将又莫如总统也。
（三）恭颂袁总统——近日以来，共和定矣！总统举矣！南方革命军所推戴者惟我公，北方人民所推戴者，亦惟我公，皇族所推戴者，亦惟我公，全国无老无幼无男无女无种族无南北，心中所期望者，口中所恭维者，胥为我公，且皆信我公能镇抚军心，我公自兹以后，当有以副天下之望矣，当有以慰天下之心矣，吾北方人民之生命财产皆托付予我公之手矣。无何而贺电至，无何而贺表呈，无何而专使来，无何而军队变……今虽如此，吾总统必有以善其后矣。初一日虽有抢劫，初二日竟能寂然无事，是吾总统善后之力也。绅商各家虽被抢掠，而外交团及大内及总统府乃能寂然无事，是吾总统平日之教养之功也。什物虽被抢掠，人民生命乃竟无伤，是吾总统平日之训练之效也。小疵不掩大醇，吾总统可告无罪于天下矣。尔绅商当有以谅之。
像这类文章很多，足以想见当日的舆论并不畏惧权势和军阀。也可以看出当年推翻清廷缔造民国的一段时期，写文章的人对当时是有重大的鞭策力量。
北京兵变后，北方各省督抚都通电反对袁南下就职，蔡元培专使亦曾致电南京临时政府和临时参议院，主张迁就。于是3月6日临时参议院议决，允许袁在北京通电就职，不过就职时必须履行三个手续：（一）接电后须向参议院宣誓效忠共和；（二）新内阁名单必须得参议院同意；（3）新内阁在南京办妥接收手续后，孙大总统始行解职。
由于情势的变化，迎袁专使的任务已经失去作用，所以3月6日蔡元培等乃致电南京孙大总统，要求南返。原电云：
“孙大总统鉴：培等受命欢迎袁君赴宁就职，前月廿七日已以此意面达袁君，而袁君亦极愿南行，一俟拟定留守之人即可就道。不期廿九夕北京兵变，扰及津保，连日袁君内抚各处军民，外应各国驻使，恢复秩序，镇定人心，其不能遽离北京，不特北方呼吁，即南方闻之亦当具有同情。故培等据所见闻，迭电陈述，兹承电示，知袁君不必南行，并由袁君委托副总统黎元洪君代赴南京受听，是培等欢迎之目的已经消灭，似应回南面陈一切。谨先电闻，并祈即复。元培等。鱼。”
蔡元培南返，是在袁世凯在北京就职大总统以后，启程前，迎袁专使特发表《布告全国文》一篇，措辞委婉而严峻，把当日袁世凯种种私心完全揭露，且对当时所发生的一切，作了一个历史的交代。这篇文告，后来许多研究近代史的人都认为是蔡元培的手笔，认为汪兆铭写不出，宋教仁已先南返，亦写不出。蔡文章谨严，章炳麟推崇蔡是“雅善修辞”。蔡专使的《布告全国文》如下：
“培等为欢迎大总统而来，备承京津诸同胞之欢迎，感谢无已。南行在即，不及一一与诸君话别，谨撮培等近日经过之历史以告诸君，讬于临别赠言之义。
（一）欢迎新大总统袁公之理由：（中略）……袁公当莅南京就临时大总统职，为法理上不可破之条件。盖以立法行政之机关，与被选大总统个人较，机关为主体，个人为宾体，故以个人就机关则可，而以机关就个人则大不可。且当专制共和过渡时代，当事者苟轻违法理，有以个人凌躐机关之行动，则为专制时代朕即国家之嫌疑，而足以激起热心共和者之反对。故袁公之就职于南京，准之理论，按之时局，实为神圣不可侵犯之条件，而培等欢迎之目的，专属于是；与其他建都问题及临时政府地点问题，均了无关系者也。
（二）袁公之决心：培等廿五日（原文如此）到北京即见袁公，廿六日又为谈话会，袁公始终无不能南行之语。……
（三）京津之舆论：（中略）大抵于袁公南行就职之举甚为轻视。……所谓袁公不可离京之理由……惟北方人心未定之一义，然袁公之威望与其旧部将士之忠义，当清摄政王解职清帝退位至危逼之时期，尚能镇摄全京，不丧匕鬯。至于今日复何疑忧？且袁公万能，为北方商民所认，苟袁公内断于心，定期南下，则其所为布置者，必有足以安定京津之人心而无庸过虑。……
（四）二月廿九日兵变以后之情形：（中略）……然自有此变，而军队之调整，外交之应付，种种困难，急待整理；袁公一日万机，势难暂置，于是不得不与南京政府协商一变通之办法。（五）变通之办法：总统就职于政府，为神圣不可侵犯之条件；临时统一政府之组织，不可旦夕缓也；而袁公际此时会，万不能即日南行，则又事实不可破也。……于是孙公提议参议院，经参议院议决者，为袁公以电宣誓，而即在北京就职，其办法六条如麻电。由此袁公不必南行，而受职之式不违法理，临时统一政府又可以速立，对于今日时局，诚可谓一举而备三善者矣。
（六）培等现时之目的及未来之希望：培等此行为欢迎袁公赴南京就职也。袁公未就职，不能组织统一政府；袁公不按法就职而苟焉组织政府，是谓形式之统一，而非精神之统一，是故欢迎袁公，我等直接之目的也；谋全国精神上之统一，我等间接之目的也。今也……袁公之尊重法理，孙公之大公无我，参议院诸公主持大局而破成见，是代表大多数国民，既昭扬于天下……于是培等直接目的之不达，虽不敢轻告无罪，而间接目的所谓全国精神上统一者，既以全国同胞心理之孚感而毕达，而培等亦得躬逢其盛与有荣焉。……”
宋教仁在蔡元培之前已先返南，宋是主张建都北京的，他曾遍游东北，深识东北、西北的国防战略价值，又了然于日俄两帝国对中国边疆的野心，所以他坚决主张建都北京。他的主张和孙、黄等相左，却和章炳麟相同，和北方袁系的希望尤相吻合，所以他在北京兵变后提前南返，南京方面的革命领袖对宋的想法多不谅解。后来袁在北京通电就职后，南京同盟会干部又主张请黄兴统兵北上，以迎袁为名，乘便扫荡北洋军阀和专制余毒，这是表示由蔡元培率领的迎袁专使团任务失败后，改由黄兴以武力迎袁。讨论这个问题举行会议时，蔡元培等亦已遄返南京，都被邀参加与会，会中蔡持重，不发表意见，宋则期期以为不可。宋认为统兵北上是一着险棋，当前革命军前锋仅及徐州，北方各省均有北洋重兵驻守，这些北洋军绝不会坐看革命军北上，此次北京兵变亦是由于北洋军对革命军猜疑引起的，所以革命军北上必然不可避免和北洋军发生战争，这就等于说是走向南北分裂，过去半年的努力完全白费。宋的话还未讲完，与会的马君武突然站了起来，猛然把桌子一拍，大声对宋说：“住嘴！你这个袁世凯的说客，你这个出卖南京革命事业的投机分子。”他一边说一边走向宋，伸手去掌击宋面，孙大总统和黄兴把两人隔开。宋也很生气，认为马不讲理。宋、马不合已酝酿很久，在这次讨论对北方用兵时才爆发。
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