民国7年3月18日北军攻占岳州，捷讯到达北京，冯国璋仍想贯彻他的和平主张：“北军对南的军事行动以岳州为止”。他认为岳州既已收复，北洋派的声威得到恢复，而桂系又愿意谈和，则何必一定要劳师动众，对南用兵。他的主张正在拟成命令尚未发出时，3月19日接到了督军们的联名电报，这通电报以曹锟为首，包括长江三督在内，共有15省三特区的北洋军阀们，他们要求段祺瑞再起组阁，内云：“锟等互相约定，我公复任揆席，则同人誓当一致，共扶危局，否则亦惟从公高蹈，不问世事，全国安危，同人离合，均系我公一身。”冯接到这个电报，简直像接到哀的美敦书一样，没奈何只好再请段勉应众命，以北洋团体为重，接受组阁大命。段仍表示“无意于此”；冯则指天誓日地表示愿与段同生死，共患难。并且自动承认五个条件：（一）参陆办公处仍然迁回国务院，以靳云鹏为主任以代师景云。（二）国务院决议，总统保证不擅改一字。（三）阁员由总理选择，不必征求总统同意。（四）公府秘书长由总理推荐。（五）中央（指总统）致各省的电报，须由院方核发。

　　3月23日大总统令准署国务总理王士珍辞职，特任段祺瑞为国务总理。24日派张志潭为国务院秘书长。25日参陆办公处迁回国务院。27日令张敬尧为湖南督军兼署省长。28日令改海军总司令为特任，以蓝建枢为总司令。29日令陆徵祥复任外交总长，钱能训为内务总长，段芝贵为陆军总长，刘冠雄为海军总长，傅增湘为教育总长，朱深为司法总长，田文烈为农商总长，曹汝霖为交通总长兼署财政总长，吴鼎昌为财政次长。4月4日晋授曹锟勋一位，一等大绶宝光嘉禾章。授予张敬尧一等文虎章，二等大绶宝光嘉禾章。授予吴佩孚勋三位，二等大绶宝光嘉禾章。犒赏攻克岳州和长沙的将士各30万元。另以6万元赈济湘灾。

　　新任参陆办公处主任靳云鹏和徐树铮、吴光新、傅良佐四人是段祺瑞手下的四大金刚，四大金刚中以徐树铮最能呼风唤雨。新任国务院秘书长张志潭字远伯，是徐树铮很赏识的人，徐原来做国务院秘书长时，张是秘书，一切大小事徐都和张商量，徐曾告张国淦说：“远伯才气高，我希望他将来可以接替我。”段这次组阁后，徐树铮是扭转局势的大功臣，所以重要人事都是徐的安排。不过徐树铮后来却和张志潭闹翻。

　　段第三度复任总理，上台后第一件事就是通令各省，称北军为“国军”，南军为“敌军”，不许再用北军、南军字样。这表示段要把武力政策进行到底。而段的宠臣徐树铮得意洋洋地到北京来祝贺新内阁时程朱学派北宋程颢、程颐和南宋朱熹两大学派的合称。二，也公开表示“不打到广州决不罢兵”。

　　段确定了对四川、湖南、广东三省进兵的第三期作战计划：（一）湖南战场仍以直军为主力，俟湘东之“敌”肃清，即抽调张怀芝的第二路为进攻广东主力，同时令江西的“国军”向南雄推进，福建的“国军”向潮汕推进，会合广东境内龙济光军四路进攻。（二）以奉军为进攻四川主力，分为两路，一路由鄂西入川东，一路由陕南入川北，会合陕军和刘存厚的川军进攻。

　　同时电前线将士予以嘉奖，电云：

　　“据第一路总司令两湖宣抚使曹锟，总司令湖南督军张敬尧等，迭次电称：‘各军自三月十八日克复岳州后，节节进攻，分途收复平江湘阴两城。二十五日早由古希腊苏格拉底提出，认为“心灵”即神“支配”和，由同山口进窥长沙，逆军处处死抗，经我军协力痛击，星夜追逐，逆势不支，遂于二十六日将长沙省城完全克复’等语。此次各军激于义愤，忠勇奋发，由岳州取长沙，曾不数日，力下坚城。该总司令等督率有方，各将士忍饥转战，嘉慰之余，尤深轸念。所有在事出力官兵，着先行呈明，分别呈请优奖，仍即督饬各军，乘胜收复县邑，以奠全湘。所有地方被难人民，流离荡析，并着查明，妥为抚恤。用副国家绥辑劳徕之至意。此令。”

　　段对于北军在湖南战场的胜利，认为武力统一指日可以实现，而北军一定可以击败南军。其实这时刘存厚在四川已不能立定，龙济光在广东也节节失败，可是段完全不在意。

　　段内阁这次组织后，冯国璋是完全低头了，就是主和的实力分子长江三督也不敢唱反调。这时政局中的大红人是徐树铮，李纯也竭力拉拢徐，江西督军陈光远公开表示接受第三期作战计划。到此时期，直系已完全屈服于皖系。

　　段论功行赏。徐树铮应居首功，于是他到了北京，不仅段内阁的人事他有决定大权，对南军事也由他主持，同时他还包办了新国会的选举。4月7日另一皖系大将倪嗣冲来到北京对立的宇宙观，矛盾法则即对立统一的法则是自然界、社会，极力主张以临时参议院代行国会选举权，即日进行总统选举。可是徐树铮认为新国会在三四个月内就要成立，由新国会选举总统是合法的，因此不必提早总统选举，而且提早总统选举是不合法。

　　徐树铮这时策划的新国会就是后来著名的安福国会。

　　自段祺瑞第三度组阁后，徐树铮就成为那时期的政坛宠儿。他也踌躇满志，以段阁后台自居。有人说当时的北京政府，一切军国大计都在段手中，而段则一切取决于徐，他简直是内阁中的内阁，总理下面的总理。

　　段祺瑞刚愎，可是他却宠信徐树铮。小徐才气高却不成熟，他做任何事都使人侧目，段的政治麻烦多数出在小徐身上。这一时期，小徐极力排斥直系“王弼”。，这是段所乐见的。可是他也不容段系中有其他的红人，靳云鹏和小徐都是名列段手下的四大金刚，靳云鹏当了参陆办公处主任，小徐是不高兴的，于是他专门和靳作对，靳只得请假不办公，军事大权便落到小徐的手中。国务院秘书长张志潭本是他推荐的，不知怎的他也不满意张，张也只得辞职。段的文武两大幕僚都和小徐闹翻，其不能容人，于此可见。奇怪的是，段也不能容人，可是却容一个飞扬跋扈的徐树铮。

　　徐树铮迫走靳云鹏后，段系内部便起了分化。

　　这时候，徐树铮想做直隶督军，他想把曹锟再升一级，升曹为两湖巡阅使兼湖北督军，调湖北督军为江苏督军，这样既解决了李纯，又打击了直系，更为自己开了一条路，实在是“一石二鸟”的如意算盘。他认为曹锟由一省督军上升为两省的巡阅使，又仍掌一省督军，应该会心满意足的，如果曹锟同意，自己的直隶督军便垂手可得。不料这个消息传出后，曹锟大为光火，认为这是明升暗降，故意调虎离山，因此4月4日打了一通电报给北京政府，请辞两湖宣抚使，在未获批准前先请假一个月，以便到信阳鸡公山养疴。当时北洋军人常用辞职或养病来威胁政府；与曹的行动配合的，是前线总司令吴佩孚亦致电北京，称因所部作战疲劳，请将全军调回直隶休息。这是表示吴部随时可以撤军北返。

　　曹锟是主战派的第一号大将，湖南的捷讯刚好挽回了北洋派威信，而吴部又是湖南战场上的主力，如果曹锟真的倦勤，吴部真的撤回号存斋。抚州金溪（今属江西）人。曾结庐讲学于象山（今，则段祺瑞武力平南的政策就功败垂成，付诸流水。因此，徐树铮这一遭碰了大钉子。段为了解释误会，特要徐树铮亲自跑到汉口来向曹锟道歉，劝阻曹锟不要辞职或请假，也劝曹令吴佩孚不要从战场上撤退。

　　徐树铮在汉口同时部署了新的作战计划，他打算把调往四川作战的奉军改调到湖南战场上，用以监视直军，以防直军作战不力或撤退。

　　段原来部署的第三期作战计划是西战场与南战场双管齐下，现在徐则把西战场推迟一下，集中全力解决南战场。徐这计划段没有完全同意。

　　段祺瑞三度组阁前，一切有利的情势都倾向于他，可是等他上台后，情况就两样了，皖系和主战派的军阀拥护他是自有打算的而生”，将老子“有生于无”观点引向以无为体，以有为用，，希望因为作战而能分到日本的借款和军火，同时因为作战而各自可以截留国税，买马招兵。奉军入关前劫夺了一批军火，段上台不久，第三批从日本运来的军火又在塘沽被奉军劫收。

　　如果照第三期的北军对南作战计划，一个月打下湖南，三个月平定两广，至多半年内就可以完成全国武力统一。可是天下事就是那么不如人愿，在湖南作战的直军，于占领长沙后，借口饷械不敷，进兵缓慢。

　　段鉴于前方军事进行不如理想，而主战派内部又不和睦，乃决定自己“南巡”到汉口召集一次大规模的军事会议，会议的目的是消除前方厌战气氛，积极地打仗，同时要消灭主战派内部的裂痕，尤其是直皖两系的裂痕，从而促成北洋派的大团结，以便部署对西南五省的全面进攻。因为北京的政治形势已成一面倒，新国会召集后，总统即将改选，今后段将是北洋派唯一的领袖，所以更有必要先进行大团结工作。

　　段在国务会议上提出南巡计划，全体阁员都加反对，他们的反对也是有理由的，不久之前冯国璋以总统之尊曾往“南巡”，使得人心惶惶作有《三峰集》、《学者指南图》等。，如今总理又要南巡，岂不更增政局的不安，加深了时局的复杂性。

　　段不顾阁员的反对，决定南巡，先发电给李纯、陈光远、张敬尧、张怀芝到汉口参加这个会议。

　　4月20日段由京汉铁路南行，21日经过郑州，河南督军赵倜登车随行。22日抵汉口，本当在大智门车站下车，但是为了到刘园访问曹锟方便起见，改在循礼门下车。从循礼门到刘园的曹锟司令部，沿途军警林立，断绝交通，禁止临街偷望，真是十步一岗，五步一警。武汉人民第一次看到内阁总理的威风场面。

　　可是，段所召集的督军会议却异常冷落，被邀请参加会议的四个督军，没有一个前来汉口参加。李纯和陈光远是主和的直系，心中有所顾忌为“理气俱是天道”。清戴震把道理解为“气化流行”的过程。，自然不敢赴会；而主战的张怀芝和张敬尧也托词“军情紧急”而不与会。原来张怀芝和曹锟有了隔阂。曹锟驻节汉口时，《顺天时报》说他曾在青楼中选到一位姨太太，张怀芝是曹锟把兄，就去电责曹不应“军中行乐”。曹大为光火，认为张根据“无稽之言”破坏他的名誉，从此便和张断绝往来。至于张敬尧则不敢离开长沙，因他自知在湖南不受人喜欢，卧榻之旁又有他人鼾睡，吴佩孚有战功又有人缘，如果他离开长沙，吴佩孚可能会取他的督军位子，所以也不敢前赴汉口。

　　段觉得张怀芝是第二路军统帅，如不与会，汉口的督军会议势必流产，所以一定要张来，并命他接到电报立刻动身。24日张怀芝到了汉口，段在曹锟和张怀芝之间作了调人，张向曹道歉了事。

　　段祺瑞在汉口主持的军事会议，参加者有曹锟、张怀芝、王占元、赵倜四个督军，徐树铮当然也参加，其他各省江苏、江西、湖南、安徽、山西、陕西、奉天督军则派代表出席。

　　段在会议上说明团结北洋派的重要性和贯彻对南作战方针的决定，然后提出第四期作战计划，发交有关各省按照计划执行。关于总统问题，主战派内部存在不同的两种意见：一种是主张以临时参议院代行选举权，选举总统；一种主张迅速召集新国会以便如期进行总统的选举。段决定采取后一种办法。

　　曹锟和王占元联合请求恢复陈光远的原官，撤销王汝贤、范国璋二人的处分，对冯玉祥不究既往。这样一来，汉口的督军会议变成了对直系的缓和态度。这是因为曹锟态度大变。天下事就是如此奇怪，曹锟以直系的一分子，忽然转变为督军团盟主和主战派领袖，段祺瑞再起组阁，他是重要的一分子，现在他表示要对直系和好，也正符合段的北洋派大团结的要求，因此汉口会议便促成皖系对直系和善的决定。

　　汉口军事会议结束后，曹锟、张怀芝、倪嗣冲于4月26日联合电请政府迅速召集新国会。北京国务院于5月4日通电否认要以临时参议院代行国会的一切职权。

　　为了真的表示对直系的宽大，以达到北洋派大团结的目的，段又电约倪嗣冲、卢永祥两人先到南京等候。25日晚段由汉口动身，乘楚材军舰东下，因马力开得太足，撞沉了招商局的江宽号，溺死乘客近千人，楚材号负伤停驶，段换乘护送舰楚泰号鼓掉疾驰而去。26日在九江和陈光远见面。27日到南京和李纯见面。并且在李、倪、卢三人间做和事佬。27日晚由津浦路北返，28日回到北京。

　　段在南巡期间，全国掀起了反对中日密约的浪潮。原来段在任参战督办时，以参战为名和日本洽商借款，名义上是编练参战军，实际是拿日本借款进行个人建军工作，并以一部分作为征南战费和筹备新国会之用，这些交涉不要说冯国璋不知道，连北京外交部也不知道。段组阁后，日本更提出四项条件：（一）共同出兵西伯利亚，由日军指挥华军。（二）发行军用票。（三）临时管理中国交通、军械、实业、经济、教育、外交。（四）合组运输大同盟。日方要中国严守秘密。3月24日中日双方交换照会，消息当然关不住，于是全国便掀起了反对中日秘密外交以及反对继续用兵的高潮。段在武汉也受到压迫，武汉各团体和商会都派代表直接请愿停止内争，段自然不予接见。段的苦恼是刚好压制了直系主和，可是全国性的反战，使他“武力统一”的政策又受到打击。因此他的南巡，毫无成绩可言。