2月26日，欢迎团的汪精卫、唐绍仪先一天到达北京，袁世凯组织了盛大的欢迎仪式，所经之路均有军队夹道而立，火车站且有军乐队一班，人民观者如堵。
当晚，唐、汪晤袁，唐道：“国都建设北京，孙逸仙断无反对之理，惟虽定都北京，总统必先赴南京一行庶可化南北畛域，使南京布置略定，再回北京方可。”
袁世凯答道：“若赴南，以后北方军队，恐有猜疑而有破坏秩序之举动。可派大公子袁克定先行南下。”
次日，欢迎团全部抵京。那袁世凯便在迎宾馆与欢迎专使蔡元培等开会，他拿出京外人民各团体条陈不可迁都之电呈一百余件，评述宜在北京奠都。
孙中山已在定都问题上退让，他密授专使：都城地点，决之于袁，但必先请袁赴宁一行，以与旧总统面议各事。蔡元培便道：“袁公当莅南京就临时大总统职，为法理上不可破之条件。故袁公之就职于南京，准之理论，按之时局，实为神圣不可侵犯之条件。而培等欢迎之目的，专属于是，与其他建都问题及临时政府地点问题，均了无关系者也。”
老谋深算的袁世凯不但反对迁都南京，而且也不肯南下就职。但他在与蔡元培等会谈时表示：“此两日间与各统制及民政首领商留守之人，行期不能骤定。”他表现出打算南下的姿态，给欢迎团造成很大的幻想。
正当欢迎团准备陪同袁世凯一起南下时，袁世凯却导演着一场闹剧，他授意心腹在北京、天津等地发动兵变，并与外国特使通气，让他们调兵入京以“保护”使馆为名，与所谓的兵变相配合，故意制造北方的混乱局势，造成袁世凯不能离开北京的假像。
那天晚上，蔡元培又去外交大楼催请袁世凯早日动身南下。袁世凯对蔡元培道：“正准备着，准备就绪就一同南下！”
并执意留下蔡元培共进晚餐。
7时30分，突然枪声四起，火光冲天，人声喧噪，袁世凯当着蔡元培的面，立即假装打电话询问情况，“才知道”袁世凯最亲信的士兵和卫队、曹锟所部第3镇整队兵变，在东安门及前门一带放火行劫。不到半小时，电话再也打不出去。
顿时，外交大楼里大乱，人心惶惶，仿佛大难临头一般。江朝宗、姜桂题请示袁世凯，要带所部去弹压兵变，但是，袁世凯对他们命令道：
“你们要调度好自己的军队，必须守卫好自己的防卫地带，切不可擅离防地去打兵变，只要你们守好自己的驻防地区，不叫变兵进来，北京城就乱不了。对付变兵，我自有办法。”
袁世凯命令江朝宗要随时报告外面的情况。江朝宗于是马不停蹄，东奔西走，不断进出外交大楼，向袁世凯报告外面闹到什么地方去了，死了多少人，什么地方又放火了。
袁世凯虽然遇事不慌，对于外面的曹锟兵变心中暗自有数，但他为了防备万一，也忙着做些应变准备。他换上短装，穿上马裤，登上一双青布便鞋，并收拾好了几箱细软，打点了随身穿用之杂物，让蔡元培留在他身边，选好了几个护从，不离左右。看来，袁世凯对外面的兵变是真是假，他自己也没有多大把握了，如果真的闹大了，他也有动身逃避的准备。
曹锟的假兵变，一夜未停，商民有数千家被烧被劫，假兵变成了“北京正月十二兵变”。
这一夜，外交大楼里的人一夜未睡，种种猜测、谣言四起，越说使人越感惊恐不安。
一会谣传说：“听说亲贵中有人主张杀尽北京城内的汉人。民政部早就把巡警里的汉人，一律换由旗人充当了。”
一会谣传说：“禁卫军要进城了！”
一会又谣传说：“宗社党早就买通了曹锟！”
欢迎团的其他几个人正在下榻的馆所里准备吃晚饭。饭菜刚刚摆好，就听到外面枪声大作，人声嘈杂，继尔，又看到四处火光冲天。不久，枪声越来越近。有人慌忙进来报告说：“北京驻军因为反对袁宫保离开北京，闹兵变了。”
欢迎员们看看那人，并不认识，但听到枪声逼近，就都坐不住了。接着，那人又说：“隔壁是个礼拜堂，那里有洋兵保护，乱兵不敢进去，墙根有个梯子，不如过去躲躲。”
众欢迎员听了，觉得有理，就忙把饭菜端了出来，爬上梯子，往那边教堂里递过去。是时，馆所外面像是已被乱兵困住，吵闹声乱哄哄地传来。众人端着饭菜刚刚翻过墙去，乱兵们便持枪一哄而进，把馆所抄了个底朝天。
欢迎团在礼拜堂内躲了一夜，第二天天未亮，就逃到东交民巷六国饭店里去了。
各国公使，暗中配合兵变，借口保护在北京城内的使馆，纷纷调兵进京。大街上，处处可见外国军队，尤其日本军队最多，使北京人心惶惶。
袁世凯又派梁士诒来到六国饭店，看望困留在那里的欢迎团，他说道：“现在全国倡行革命，人心动荡，北方秩序很难维持，像目前这种情形，如果不能及时地调部队弹压，确保地方安谧，就很容易引起外国对我国用兵的祸事，这一点是应该切实注意的。”
欢迎团受到兵变的惊吓，又目睹了外国出兵的猖狂，再听梁士诒这么一说，不但心里发慌，而且也没有了主意。经过与梁士诒反复磋商，蔡元培于3月2日，致电南京临时政府和临时参议院，报告北京的局势，陈述袁世凯不能南下就职的原因，并提出建议。电文称：
“北京兵变，外人极为激昂，日本已派兵入京。设使再有此事发生，外人自由行动，恐不可免。培等睹此情形，集议认为速建统一政府，为今日最重要问题，馀尽可迁就，以定大局。”
袁世凯唆使兵变玩弄骗局，不但没有被揭露，反而得到旧官僚、军阀、原立宪派人和一部分革命党人的拥护。支持袁世凯在北京就职的呼声高了。有的甚至将兵变归罪于南京临时政府。
袁世凯的大将段祺瑞、冯国璋，姜桂题等在3月4日发布通电说：“宣布共和已逾两旬，专使到京，亦已7日，而临时政府设置何处，袁大总统受任何时，统一政府如何组织，迄无定议，北京秩序似难维持，满蠢将再牵动，使馆卫队昨已调集、六国发兵既见电报，若徒事无理之争执，功亏一篑，更召灭亡，谁尸其咎？各方面观之，临时政府必应设于北京，大总统受任必暂难离京一步。”
国民协会致电孙中山，声称：“京兵构乱，外患日迫，全由争持临时政府地点致统一政府不能成立，倘在迁延，必至内乱环生，外人藉口，大局何堪设想，请速电袁暂缓南下，就近组织统一政府，以维人心而杜外患，存亡之机间不容发，幸早定大计。”
立宪派报纸《时报》发表的一篇社论，实在恶毒，它说：“如当道不满意于项城，可以不举项城，既举项城矣，则凡事对于项城，宜尽力让步，岂能因争持临时政府地点之故，两相龃龉。……当道诸公，如以国家为前提也，为今之计，第一宜地点让步，第二宜阁员让步，第三宜临时宪法让步，百事皆弃捐，务须于此旬日内建成一统一之临时政府。统一之临时政府既设立，南京之政府，即宜取销，使全国之统治权出于一，全国之内不论如何军队，如何地方行政长官，皆当服从新政府之巩固，新政府既巩固，然后可以望秩序之回复。”
江苏省议会通电指责临时政府，强行要袁南下，致统一政府乞未成立，奸人乘机煽惑，遂肇京、保之变。今全国大多数皆主临时政府设在北京，所见既同，自应协力以达公共之主张，岂可挟私见争意气者败坏大局，惟有请孙总统速电袁总统在北京受任组织政府。
黎元洪也乘机说风凉话。他发布万万火急通电说：“顷闻京、津乱党操戈，首难虽平，余孳未靖，祸变之来，将未有艾，外人对此，极为激昂，某国并潜谋运兵入规京辅，瓜分之祸，即在目前。时机万分危迫，舍南京不至乱，舍北京必至亡，纵金陵形势为胜燕京，犹当度时审势，量为迁就，况利便之势，相判天渊乎？”
在反对南京临时政府、拥袁定都北京的大合唱中，一些省份的都督和民军将领阎锡山、谭延闿、马毓宝、孙道仁、将尊簋、蔡锷、蓝天蔚、朱瑞、蒋雁行等人，纷纷出台表演。
革命党人也有反袁的激进派，但是，孙中山等已决定把大总统让给了袁世凯，而在定都问题上同袁世凯争论，只不过是扬汤止沸而已，那些坚决反袁的激进派，已是寒心，不再给孙、黄以有力的支持。因而在这场斗争中，陷于极为孤立的境地。
各国帝国主义在北京兵变之后，纷纷调兵入京，进行恫吓，通过它们在中国办的报纸，散布“不让袁世凯组织政府，即将进行干涉”的种种消息。
袁世凯搞的假兵变，使蔡元培等欢迎专使，完全上了圈套。他们惊恐之余，一再上书孙中山和南京临时参议院说：“内变既起，外人干涉之象既现，无政府之状态，其害不可终日。培等会议数次，全体一致不能不牺牲我等此来之目的，以全垂危之大局。”
蔡元培等提出两项主旨与袁世凯作最后交涉，即：“消灭袁君南行之要求”和“确定临时政府之地点为北京”。
孙中山在国内、国外的压力下，不得不完全放弃他辞职时所提的三项条件中的二项。3月6日，南京参议院正式决议：同意袁世凯在北京就职。于是，袁世凯立即派唐在礼与范源濂作为代表前往南京。临行前，袁世凯的亲信梁士诒找到唐在礼对他说：“现在上边派你和范源濂为北方代表、尽快到南京去对南京临时政府和临时参议院声明，说宫保由于北方局势的关系，无法离京到南京就职，为民国计，请他们从权考虑。这是件大事，请你们二位到南边把宫保的意思妥为转达，使他们承认通过。”
梁士诒又小声道：“南方的临时政府和参议院方面，通过蔡元培等已经预先接洽好，并且不少的参议员也已经打点好了，我想这次到南京应当是没有什么困难的。”
袁世凯也接见了唐在礼和范源濂。袁淡淡地对他们说：“你们二位辛苦一趟，到南京对他们把北方的情形说一说，我看你们只要说一说就行了。”
唐在礼、范源濂二人抵达南京，孙中山带着他们来到南京临时参议院会议厅，当着全体参议员的面把他们作了介绍，说明了他们的来意。唐在礼便从口袋里掏出一个事先拟好的发言稿照本宣科地读道：
“自世凯被选为临时大总统以来，南京临时政府一再敦促南下就职，并于2月18日特派专使北上迎接，自当早日南下，以副公等厚意。奈北方局势颇不稳定，各省官长及军队等函电频来，咸欲世凯暂勿离京，以维大局，甚致有妄以哗变劝阻世凯南下者，此风殊不可长。为亟弭此风，不拂众意，遂不克离京南下就职，谅诸公等必以国是为重，不拘仪节，从权考虑，俞允世凯在北京宣誓就职。”
唐在礼读完发言稿，众参议员一致鼓掌通过。接着，参议院议决了从袁世凯受职至孙中山解职的6项程序：
（1）电知袁大总统允其在北京就职；
（2）袁大总统接电后，即电参议院宣誓；
（3）参议院接到宣誓之电后，即复承认为授职，并通告全国；
（4）袁大总统受职后，即将拟派之国务总理及国务员姓名电知参议院，征求同意；
（5）国务总理及国务员任定后，即在南京接收临时政府，交待事宜；
（6）孙大总统于交待之日，始行解职，由参议院电达。
实际上，以上六条早已讨论安排，现在只是履行手续罢了。先是孙中山向北京六国饭店迎袁使团致电：“经参义院决议电允袁总统在北京受职。”
接着，袁世凯致电孙中山：“自经此变，北方商民愈不欲凯南行，函电吁留，日数千起。而南京政府亦鉴北方事之方殷，谅南行之宜缓。连日筹商办法，以凯既暂难南来，应请黎副总统代赴南京受职。”
不久，袁世凯便在北京宣誓就职，专使蔡元培等，也参加了典礼。袁在就职宣誓词中，宣誓遵守《临时约法》。这样，袁世凯终于如愿以偿了。
对于南京临时政府的一再妥协，老百姓看得十分清楚，民间流传着这样一首歌谣：
横商量，竖商量，
摘下果子别人尝。
今也让，明也让，
吃人的老猿称霸王。
袁世凯在北京宣誓就任大总统前夕，便致电孙中山，提出唐绍仪为内阁总理，由孙中山送交参议院通过。参议院讨论时提出，总理必须是同盟会会员。便有赵凤昌提出，由他劝唐绍仪加入同盟会，孙中山、黄兴拍手赞成，欢迎唐绍仪入党，于是参议院便通过唐绍仪为国务总理。唐绍仪被正式任命为总理，于3月下旬赴南京组阁，由黄兴和蔡元培介绍参入了同盟会。
内阁总理的人选经双方达成协义后，袁世凯便向孙中山提出内阁成员名单。袁拟定的内阁名单没有同盟会会员，孙中山力保宋教仁、陈其美、王宠惠等为阁员。袁世凯对政府中的要害部门，如军政、内政、财政、外交各部门，牢牢地抓住不放。革命党人对内阁重要席位，也是十分重视，他们力主必须由黄兴来任陆军总长。
两广党人开会提议军、财二部长官非民党不可，即由刘毅、朱先悴等出函纠合各军队署名致函参议院，推戴黄兴为陆军总长，反对段祺瑞为陆军总长。参议院开议新阁员一案，也欲推黄兴管陆军，同盟会员覃振从南京急电上海各报说：
组织内阁一节，袁公所提出阁员概属亡清旧吏，无一纯新人物差强人意者，此间军、政、学、商各界咸怀不平，暗潮汹涌。寻见南北混合之统一政府，势将破裂不可收拾，贵报主持舆论，最有价值，务希鼎力维持，大张公道，使袁公幡然醒悟，以融合南北感情，为今日救急之要义，万不可循私行诈，功亏一篑，致五大民族之新共和国陷于分裂之惨境，不胜祷盼。
革命党人对陆军总长席位的要求，不但遭到袁世凯的坚决拒绝，其他各种拥袁势力也纷纷表示反对，压迫南京临时政府让步。正当南北之间就由谁任陆军部长问题发生激烈争论的时候，赵凤昌向黄兴和汪精卫提出，由段祺瑞任陆军总长，黄兴任参谋长的方案。他首先给黄兴写信陈述自己的意见，接着又打电报给汪精卫，要汪精卫努力说服南方的革命将领柏文蔚、洪承点等人接受这一方案。
唐绍仪于3月25日来南京组阁，双方就陆军总长席位的争夺，仍然相持不下。唐便致电袁世凯：因南军力争陆军总长非黄兴不可，劝袁改段祺瑞为总参谋长。袁世凯复电谓北军亦为段力争。这时，统一党也发出艳电为袁世凯助阵，劝黄兴放弃做陆军总长，就任参谋总长。唐绍仪又电商北军，劝其顾全大局，一得允电，即向参议院宣布阁员名单，请求同意。
军权是袁世凯的命根子，他自然不会因为唐绍仪的电商，就会把陆军总长的位置交给黄兴。
这一斗争，最后还是黄兴退让而终结。黄兴正式向参议院公开宣布，他不接受陆军总长这一职务。黄兴在参议院演说，力辞陆军新任，言时声泪俱下，故表决时多数推段。
3月29日下午4时，大总统孙中山、内阁总理唐绍仪、总统府秘书长胡汉民及各部总长国宴毕，至参议院报告新国务员名单，求其同意。6时开会进行投票，是时议长议员到会39人，以得20票者为通过。唐绍仪提出的经双方商定的内阁名单，经参议院投票的结果是：
外交总长陆征祥（38票）内务总长赵秉钧（30票）
陆军总长段祺瑞（29票）海军总长刘冠雄（35票）
财政总长熊希龄（30票）教育总长蔡元培（38票）
司法总长王宠惠（38票）农林总长宋教仁（34票）
工商总长陈其美（21票）交通总长梁如浩（17票）
以上除梁如浩未能通过外，其他均获通过。唐绍仪提名汤寿潜为交通总长，遭到议员们的反对。最后，交通总长一席，决定由唐绍仪兼任。
《临时约法》中的责任内阁制的本来精神，总理处理一切国家事务，阁员和总理共同负责。内阁总理的人选虽由总统提名，但总理一经由议院通过之后，全部阁员应由总理自行遴选。可是，唐内阁的全部阁员，都是经过袁世凯所指定或同意的，由唐绍仪向参议院提出通过，只不过是形式而已。因此，唐内阁实际上算不上是真正意义上的责任内阁制。在唐内阁的10名阁员中，同盟会籍的阁员占有一半，即蔡元培、王宠惠、宋教仁、陈其美和新入会的唐绍仪。从表面上看，这个内阁是以同盟会为中心的混合内阁。但实际上，内阁中的要害部门：内务、陆军、海军、财政、外交都掌握在袁世凯的亲信或追随者赵秉钧、段祺瑞、刘冠雄、熊希龄、陆征祥手里。因而混合内阁的实权，却完全操在袁世凯手中。
袁世凯为了缓和南方军人的情绪，便在内阁成立的次日，发布委任黄兴为参谋总长的命令，黄辞不就。袁世凯改任黄兴为南京留守。黄兴发表辞参谋长暂留守南京的通电，表示：
参谋总长职任綦重，非兴材力所能胜任，已复电力辞，至两江一带军队维持整理刻不容缓，兴纵怀归隐之志，断不敢置，未完事宜于不顾，以负我军界同胞，已商请唐总理妥定办法，务使南方各军队布置得宜，各安其所，俟布置大定，始行告退。
袁世凯任黄兴为南京留守，统率南京附近集中的10余万军队，表面上是倚重黄兴，实际上是要黄兴来替他稳定南方局势，并替他遣散南方军队。黄兴肯接受这个委任，一方面是唐绍仪对他的请求，另方面是因为南方许多革命党人，感到在此过渡时期，不仅需要军事和行政权力，而且需要拥有一个民政和军政的总机关，以便保存革命力量，应付出现分裂时的非常局面。黄兴虽然表示归隐之志，但他又不能不顾及客观形势和许多革命党人对他的要求。
黄兴力辞参谋总长之后，袁世凯改委徐绍桢为参谋总长。徐绍桢因南京参谋部有人竭力反对，致电力辞。最后，袁世凯请黎元洪以副总统兼参谋总长。其实，军令、军政等实权都由陆军部掌握，参谋部并没有什么实权。
4月1日孙中山宣布解除临时大总统职务，在参议院行辞任礼。5日，临时参议院议决临时政府迁设北京，4月7日参议院发出通告说：“本院已议决迁往北京办公，自本月初八始休会15天，于本月21日齐集北京。”4月下旬，在北京正式成立了中华民国政府。
当晚，唐、汪晤袁，唐道：“国都建设北京，孙逸仙断无反对之理，惟虽定都北京，总统必先赴南京一行庶可化南北畛域，使南京布置略定，再回北京方可。”
袁世凯答道：“若赴南，以后北方军队，恐有猜疑而有破坏秩序之举动。可派大公子袁克定先行南下。”
次日，欢迎团全部抵京。那袁世凯便在迎宾馆与欢迎专使蔡元培等开会，他拿出京外人民各团体条陈不可迁都之电呈一百余件，评述宜在北京奠都。
孙中山已在定都问题上退让，他密授专使：都城地点，决之于袁，但必先请袁赴宁一行，以与旧总统面议各事。蔡元培便道：“袁公当莅南京就临时大总统职，为法理上不可破之条件。故袁公之就职于南京，准之理论，按之时局，实为神圣不可侵犯之条件。而培等欢迎之目的，专属于是，与其他建都问题及临时政府地点问题，均了无关系者也。”
老谋深算的袁世凯不但反对迁都南京，而且也不肯南下就职。但他在与蔡元培等会谈时表示：“此两日间与各统制及民政首领商留守之人，行期不能骤定。”他表现出打算南下的姿态，给欢迎团造成很大的幻想。
正当欢迎团准备陪同袁世凯一起南下时，袁世凯却导演着一场闹剧，他授意心腹在北京、天津等地发动兵变，并与外国特使通气，让他们调兵入京以“保护”使馆为名，与所谓的兵变相配合，故意制造北方的混乱局势，造成袁世凯不能离开北京的假像。
那天晚上，蔡元培又去外交大楼催请袁世凯早日动身南下。袁世凯对蔡元培道：“正准备着，准备就绪就一同南下！”
并执意留下蔡元培共进晚餐。
7时30分，突然枪声四起，火光冲天，人声喧噪，袁世凯当着蔡元培的面，立即假装打电话询问情况，“才知道”袁世凯最亲信的士兵和卫队、曹锟所部第3镇整队兵变，在东安门及前门一带放火行劫。不到半小时，电话再也打不出去。
顿时，外交大楼里大乱，人心惶惶，仿佛大难临头一般。江朝宗、姜桂题请示袁世凯，要带所部去弹压兵变，但是，袁世凯对他们命令道：
“你们要调度好自己的军队，必须守卫好自己的防卫地带，切不可擅离防地去打兵变，只要你们守好自己的驻防地区，不叫变兵进来，北京城就乱不了。对付变兵，我自有办法。”
袁世凯命令江朝宗要随时报告外面的情况。江朝宗于是马不停蹄，东奔西走，不断进出外交大楼，向袁世凯报告外面闹到什么地方去了，死了多少人，什么地方又放火了。
袁世凯虽然遇事不慌，对于外面的曹锟兵变心中暗自有数，但他为了防备万一，也忙着做些应变准备。他换上短装，穿上马裤，登上一双青布便鞋，并收拾好了几箱细软，打点了随身穿用之杂物，让蔡元培留在他身边，选好了几个护从，不离左右。看来，袁世凯对外面的兵变是真是假，他自己也没有多大把握了，如果真的闹大了，他也有动身逃避的准备。
曹锟的假兵变，一夜未停，商民有数千家被烧被劫，假兵变成了“北京正月十二兵变”。
这一夜，外交大楼里的人一夜未睡，种种猜测、谣言四起，越说使人越感惊恐不安。
一会谣传说：“听说亲贵中有人主张杀尽北京城内的汉人。民政部早就把巡警里的汉人，一律换由旗人充当了。”
一会谣传说：“禁卫军要进城了！”
一会又谣传说：“宗社党早就买通了曹锟！”
欢迎团的其他几个人正在下榻的馆所里准备吃晚饭。饭菜刚刚摆好，就听到外面枪声大作，人声嘈杂，继尔，又看到四处火光冲天。不久，枪声越来越近。有人慌忙进来报告说：“北京驻军因为反对袁宫保离开北京，闹兵变了。”
欢迎员们看看那人，并不认识，但听到枪声逼近，就都坐不住了。接着，那人又说：“隔壁是个礼拜堂，那里有洋兵保护，乱兵不敢进去，墙根有个梯子，不如过去躲躲。”
众欢迎员听了，觉得有理，就忙把饭菜端了出来，爬上梯子，往那边教堂里递过去。是时，馆所外面像是已被乱兵困住，吵闹声乱哄哄地传来。众人端着饭菜刚刚翻过墙去，乱兵们便持枪一哄而进，把馆所抄了个底朝天。
欢迎团在礼拜堂内躲了一夜，第二天天未亮，就逃到东交民巷六国饭店里去了。
各国公使，暗中配合兵变，借口保护在北京城内的使馆，纷纷调兵进京。大街上，处处可见外国军队，尤其日本军队最多，使北京人心惶惶。
袁世凯又派梁士诒来到六国饭店，看望困留在那里的欢迎团，他说道：“现在全国倡行革命，人心动荡，北方秩序很难维持，像目前这种情形，如果不能及时地调部队弹压，确保地方安谧，就很容易引起外国对我国用兵的祸事，这一点是应该切实注意的。”
欢迎团受到兵变的惊吓，又目睹了外国出兵的猖狂，再听梁士诒这么一说，不但心里发慌，而且也没有了主意。经过与梁士诒反复磋商，蔡元培于3月2日，致电南京临时政府和临时参议院，报告北京的局势，陈述袁世凯不能南下就职的原因，并提出建议。电文称：
“北京兵变，外人极为激昂，日本已派兵入京。设使再有此事发生，外人自由行动，恐不可免。培等睹此情形，集议认为速建统一政府，为今日最重要问题，馀尽可迁就，以定大局。”
袁世凯唆使兵变玩弄骗局，不但没有被揭露，反而得到旧官僚、军阀、原立宪派人和一部分革命党人的拥护。支持袁世凯在北京就职的呼声高了。有的甚至将兵变归罪于南京临时政府。
袁世凯的大将段祺瑞、冯国璋，姜桂题等在3月4日发布通电说：“宣布共和已逾两旬，专使到京，亦已7日，而临时政府设置何处，袁大总统受任何时，统一政府如何组织，迄无定议，北京秩序似难维持，满蠢将再牵动，使馆卫队昨已调集、六国发兵既见电报，若徒事无理之争执，功亏一篑，更召灭亡，谁尸其咎？各方面观之，临时政府必应设于北京，大总统受任必暂难离京一步。”
国民协会致电孙中山，声称：“京兵构乱，外患日迫，全由争持临时政府地点致统一政府不能成立，倘在迁延，必至内乱环生，外人藉口，大局何堪设想，请速电袁暂缓南下，就近组织统一政府，以维人心而杜外患，存亡之机间不容发，幸早定大计。”
立宪派报纸《时报》发表的一篇社论，实在恶毒，它说：“如当道不满意于项城，可以不举项城，既举项城矣，则凡事对于项城，宜尽力让步，岂能因争持临时政府地点之故，两相龃龉。……当道诸公，如以国家为前提也，为今之计，第一宜地点让步，第二宜阁员让步，第三宜临时宪法让步，百事皆弃捐，务须于此旬日内建成一统一之临时政府。统一之临时政府既设立，南京之政府，即宜取销，使全国之统治权出于一，全国之内不论如何军队，如何地方行政长官，皆当服从新政府之巩固，新政府既巩固，然后可以望秩序之回复。”
江苏省议会通电指责临时政府，强行要袁南下，致统一政府乞未成立，奸人乘机煽惑，遂肇京、保之变。今全国大多数皆主临时政府设在北京，所见既同，自应协力以达公共之主张，岂可挟私见争意气者败坏大局，惟有请孙总统速电袁总统在北京受任组织政府。
黎元洪也乘机说风凉话。他发布万万火急通电说：“顷闻京、津乱党操戈，首难虽平，余孳未靖，祸变之来，将未有艾，外人对此，极为激昂，某国并潜谋运兵入规京辅，瓜分之祸，即在目前。时机万分危迫，舍南京不至乱，舍北京必至亡，纵金陵形势为胜燕京，犹当度时审势，量为迁就，况利便之势，相判天渊乎？”
在反对南京临时政府、拥袁定都北京的大合唱中，一些省份的都督和民军将领阎锡山、谭延闿、马毓宝、孙道仁、将尊簋、蔡锷、蓝天蔚、朱瑞、蒋雁行等人，纷纷出台表演。
革命党人也有反袁的激进派，但是，孙中山等已决定把大总统让给了袁世凯，而在定都问题上同袁世凯争论，只不过是扬汤止沸而已，那些坚决反袁的激进派，已是寒心，不再给孙、黄以有力的支持。因而在这场斗争中，陷于极为孤立的境地。
各国帝国主义在北京兵变之后，纷纷调兵入京，进行恫吓，通过它们在中国办的报纸，散布“不让袁世凯组织政府，即将进行干涉”的种种消息。
袁世凯搞的假兵变，使蔡元培等欢迎专使，完全上了圈套。他们惊恐之余，一再上书孙中山和南京临时参议院说：“内变既起，外人干涉之象既现，无政府之状态，其害不可终日。培等会议数次，全体一致不能不牺牲我等此来之目的，以全垂危之大局。”
蔡元培等提出两项主旨与袁世凯作最后交涉，即：“消灭袁君南行之要求”和“确定临时政府之地点为北京”。
孙中山在国内、国外的压力下，不得不完全放弃他辞职时所提的三项条件中的二项。3月6日，南京参议院正式决议：同意袁世凯在北京就职。于是，袁世凯立即派唐在礼与范源濂作为代表前往南京。临行前，袁世凯的亲信梁士诒找到唐在礼对他说：“现在上边派你和范源濂为北方代表、尽快到南京去对南京临时政府和临时参议院声明，说宫保由于北方局势的关系，无法离京到南京就职，为民国计，请他们从权考虑。这是件大事，请你们二位到南边把宫保的意思妥为转达，使他们承认通过。”
梁士诒又小声道：“南方的临时政府和参议院方面，通过蔡元培等已经预先接洽好，并且不少的参议员也已经打点好了，我想这次到南京应当是没有什么困难的。”
袁世凯也接见了唐在礼和范源濂。袁淡淡地对他们说：“你们二位辛苦一趟，到南京对他们把北方的情形说一说，我看你们只要说一说就行了。”
唐在礼、范源濂二人抵达南京，孙中山带着他们来到南京临时参议院会议厅，当着全体参议员的面把他们作了介绍，说明了他们的来意。唐在礼便从口袋里掏出一个事先拟好的发言稿照本宣科地读道：
“自世凯被选为临时大总统以来，南京临时政府一再敦促南下就职，并于2月18日特派专使北上迎接，自当早日南下，以副公等厚意。奈北方局势颇不稳定，各省官长及军队等函电频来，咸欲世凯暂勿离京，以维大局，甚致有妄以哗变劝阻世凯南下者，此风殊不可长。为亟弭此风，不拂众意，遂不克离京南下就职，谅诸公等必以国是为重，不拘仪节，从权考虑，俞允世凯在北京宣誓就职。”
唐在礼读完发言稿，众参议员一致鼓掌通过。接着，参议院议决了从袁世凯受职至孙中山解职的6项程序：
（1）电知袁大总统允其在北京就职；
（2）袁大总统接电后，即电参议院宣誓；
（3）参议院接到宣誓之电后，即复承认为授职，并通告全国；
（4）袁大总统受职后，即将拟派之国务总理及国务员姓名电知参议院，征求同意；
（5）国务总理及国务员任定后，即在南京接收临时政府，交待事宜；
（6）孙大总统于交待之日，始行解职，由参议院电达。
实际上，以上六条早已讨论安排，现在只是履行手续罢了。先是孙中山向北京六国饭店迎袁使团致电：“经参义院决议电允袁总统在北京受职。”
接着，袁世凯致电孙中山：“自经此变，北方商民愈不欲凯南行，函电吁留，日数千起。而南京政府亦鉴北方事之方殷，谅南行之宜缓。连日筹商办法，以凯既暂难南来，应请黎副总统代赴南京受职。”
不久，袁世凯便在北京宣誓就职，专使蔡元培等，也参加了典礼。袁在就职宣誓词中，宣誓遵守《临时约法》。这样，袁世凯终于如愿以偿了。
对于南京临时政府的一再妥协，老百姓看得十分清楚，民间流传着这样一首歌谣：
横商量，竖商量，
摘下果子别人尝。
今也让，明也让，
吃人的老猿称霸王。
袁世凯在北京宣誓就任大总统前夕，便致电孙中山，提出唐绍仪为内阁总理，由孙中山送交参议院通过。参议院讨论时提出，总理必须是同盟会会员。便有赵凤昌提出，由他劝唐绍仪加入同盟会，孙中山、黄兴拍手赞成，欢迎唐绍仪入党，于是参议院便通过唐绍仪为国务总理。唐绍仪被正式任命为总理，于3月下旬赴南京组阁，由黄兴和蔡元培介绍参入了同盟会。
内阁总理的人选经双方达成协义后，袁世凯便向孙中山提出内阁成员名单。袁拟定的内阁名单没有同盟会会员，孙中山力保宋教仁、陈其美、王宠惠等为阁员。袁世凯对政府中的要害部门，如军政、内政、财政、外交各部门，牢牢地抓住不放。革命党人对内阁重要席位，也是十分重视，他们力主必须由黄兴来任陆军总长。
两广党人开会提议军、财二部长官非民党不可，即由刘毅、朱先悴等出函纠合各军队署名致函参议院，推戴黄兴为陆军总长，反对段祺瑞为陆军总长。参议院开议新阁员一案，也欲推黄兴管陆军，同盟会员覃振从南京急电上海各报说：
组织内阁一节，袁公所提出阁员概属亡清旧吏，无一纯新人物差强人意者，此间军、政、学、商各界咸怀不平，暗潮汹涌。寻见南北混合之统一政府，势将破裂不可收拾，贵报主持舆论，最有价值，务希鼎力维持，大张公道，使袁公幡然醒悟，以融合南北感情，为今日救急之要义，万不可循私行诈，功亏一篑，致五大民族之新共和国陷于分裂之惨境，不胜祷盼。
革命党人对陆军总长席位的要求，不但遭到袁世凯的坚决拒绝，其他各种拥袁势力也纷纷表示反对，压迫南京临时政府让步。正当南北之间就由谁任陆军部长问题发生激烈争论的时候，赵凤昌向黄兴和汪精卫提出，由段祺瑞任陆军总长，黄兴任参谋长的方案。他首先给黄兴写信陈述自己的意见，接着又打电报给汪精卫，要汪精卫努力说服南方的革命将领柏文蔚、洪承点等人接受这一方案。
唐绍仪于3月25日来南京组阁，双方就陆军总长席位的争夺，仍然相持不下。唐便致电袁世凯：因南军力争陆军总长非黄兴不可，劝袁改段祺瑞为总参谋长。袁世凯复电谓北军亦为段力争。这时，统一党也发出艳电为袁世凯助阵，劝黄兴放弃做陆军总长，就任参谋总长。唐绍仪又电商北军，劝其顾全大局，一得允电，即向参议院宣布阁员名单，请求同意。
军权是袁世凯的命根子，他自然不会因为唐绍仪的电商，就会把陆军总长的位置交给黄兴。
这一斗争，最后还是黄兴退让而终结。黄兴正式向参议院公开宣布，他不接受陆军总长这一职务。黄兴在参议院演说，力辞陆军新任，言时声泪俱下，故表决时多数推段。
3月29日下午4时，大总统孙中山、内阁总理唐绍仪、总统府秘书长胡汉民及各部总长国宴毕，至参议院报告新国务员名单，求其同意。6时开会进行投票，是时议长议员到会39人，以得20票者为通过。唐绍仪提出的经双方商定的内阁名单，经参议院投票的结果是：
外交总长陆征祥（38票）内务总长赵秉钧（30票）
陆军总长段祺瑞（29票）海军总长刘冠雄（35票）
财政总长熊希龄（30票）教育总长蔡元培（38票）
司法总长王宠惠（38票）农林总长宋教仁（34票）
工商总长陈其美（21票）交通总长梁如浩（17票）
以上除梁如浩未能通过外，其他均获通过。唐绍仪提名汤寿潜为交通总长，遭到议员们的反对。最后，交通总长一席，决定由唐绍仪兼任。
《临时约法》中的责任内阁制的本来精神，总理处理一切国家事务，阁员和总理共同负责。内阁总理的人选虽由总统提名，但总理一经由议院通过之后，全部阁员应由总理自行遴选。可是，唐内阁的全部阁员，都是经过袁世凯所指定或同意的，由唐绍仪向参议院提出通过，只不过是形式而已。因此，唐内阁实际上算不上是真正意义上的责任内阁制。在唐内阁的10名阁员中，同盟会籍的阁员占有一半，即蔡元培、王宠惠、宋教仁、陈其美和新入会的唐绍仪。从表面上看，这个内阁是以同盟会为中心的混合内阁。但实际上，内阁中的要害部门：内务、陆军、海军、财政、外交都掌握在袁世凯的亲信或追随者赵秉钧、段祺瑞、刘冠雄、熊希龄、陆征祥手里。因而混合内阁的实权，却完全操在袁世凯手中。
袁世凯为了缓和南方军人的情绪，便在内阁成立的次日，发布委任黄兴为参谋总长的命令，黄辞不就。袁世凯改任黄兴为南京留守。黄兴发表辞参谋长暂留守南京的通电，表示：
参谋总长职任綦重，非兴材力所能胜任，已复电力辞，至两江一带军队维持整理刻不容缓，兴纵怀归隐之志，断不敢置，未完事宜于不顾，以负我军界同胞，已商请唐总理妥定办法，务使南方各军队布置得宜，各安其所，俟布置大定，始行告退。
袁世凯任黄兴为南京留守，统率南京附近集中的10余万军队，表面上是倚重黄兴，实际上是要黄兴来替他稳定南方局势，并替他遣散南方军队。黄兴肯接受这个委任，一方面是唐绍仪对他的请求，另方面是因为南方许多革命党人，感到在此过渡时期，不仅需要军事和行政权力，而且需要拥有一个民政和军政的总机关，以便保存革命力量，应付出现分裂时的非常局面。黄兴虽然表示归隐之志，但他又不能不顾及客观形势和许多革命党人对他的要求。
黄兴力辞参谋总长之后，袁世凯改委徐绍桢为参谋总长。徐绍桢因南京参谋部有人竭力反对，致电力辞。最后，袁世凯请黎元洪以副总统兼参谋总长。其实，军令、军政等实权都由陆军部掌握，参谋部并没有什么实权。
4月1日孙中山宣布解除临时大总统职务，在参议院行辞任礼。5日，临时参议院议决临时政府迁设北京，4月7日参议院发出通告说：“本院已议决迁往北京办公，自本月初八始休会15天，于本月21日齐集北京。”4月下旬，在北京正式成立了中华民国政府。
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