张振武、方维被杀，是袁世凯、黎元洪串通一气，狼狈为奸，屠杀革命党人的典型事例。
黎元洪坐镇湖北，多次屠杀革命党人。湖北革命党人内部早有矛盾。以刘公、孙武为首的共进会与蒋翊武为首的文学社两大革命团体在联合之前，就存在门户之见。武昌起义前夕，为适应革命形势发展的需要，建立了联合总部，一起取得了武昌起义的胜利。在初期，即革命党人组成谋略处，与旧军人、立宪派抗衡的时期，两团体合作得较好。但在联合总部组成中，共进会占据明显优势。在湖北军政府建成时，掌握军政府实权的军务部部长孙武、副部长张振武，均系共进会党人。文学社对此不满，一直存有戒心。文学社领导人之一詹大悲成立汉口军政分府，便在蒋翊武的积极支持下，大量安插文学社社员。在文学社社员心目中，只有汉口军政分府才可赖以维持革命系统。他们往往不受武昌政府的指挥，而自行其是，想在汉口另树一帜，以待将来改组湖北军政府。孙武等共进会成员也对汉口军政分府心存疑忌，有人曾献计要取消汉口军政分府，以免所谓“尾大不掉”。
湖北军务部长孙武为了巩固和扩大自己的权势，一面打击文学社党人，一面与黎元洪为首的旧势力相勾结，拥黎以自重。而黎元洪也需要寻找党人首领作为代理人，于是，孙武与黎元洪的勾结日益加紧。
黄兴来武汉督师，孙武因忌妒黄兴的威信，与黎元洪为首的旧军官势力更加紧密勾结，与黄兴对立；蒋翊武等文学社党人则拥戴黄兴。恰值黄兴、宋教仁、胡瑛等同盟会领导人和蒋翊武、杨王鹏、宋锡全等文学社党人均为湖南人，而孙武、黎元洪等均为湖北人条件①相对于根据，指制约事物存在和发展的外部诸，便形成了以黄兴为首的在鄂同盟会党人与将翊武为首的文学社党人为一方，同以孙武为首的共进会党人与黎元洪为首的旧官僚势力为另一方的两个派系之间的矛盾斗争。
1911年10月29日，詹大悲看到汉口不守，同文学社员温楚珩、何海鸣等人乘轮离鄂，去安庆，得到安徽革命党人的支援。对于詹之弃职东下，黎元洪宣称为军法不容，孙武说是拆革命的台。詹等如果回武昌，则有被黎元洪、孙武加之“失陷汉口”的罪名而杀害的危险。
汉口失陷前夕，受文学社拥戴的胡瑛，虽然担任了军政府外交部长，但仍不满足个人权欲，利用文学社的不满情绪，挑唆驻汉阳的民军协统宋锡全于11月1日晚，自汉阳率兵撤往湖南，造成汉阳防守空虚。湖北军政府闻讯后，即电湖南都督将宋锡全就地正法，首级解武昌悬城示众3日。与宋同行的王宪章、胡玉珍等，经蒋翊武、蔡济民力保方获释。由于宋走时佯称奉黄兴之令，时人信以为真，故宋被杀又引起文学社不满。
汉阳失守，黄兴东下，蒋翊武任战时总司令。军务部根据第5协协统熊秉坤的报告称，第5协第10标标统、文学社员杨传连前在汉阳临战时，私卸武装欲逃教”、“绝对知识”，并把这些阶段说成是人类意识在历史中所，将杨的职务撤销。蒋闻讯大怒，函知军务部及熊秉坤，宣称欲撤熊协统之职以报之。孙武便以军务部长名义召开会议，第7协统领、与孙武关系密切的邓玉麟发言说：“今军事紧急，各军皆布列江岸战斗线内，而蒋代理总司令乃欲撤熊协统，殊属悖谬已极，将来军事必败于一人之手，安能久任此糊涂竖子耶！”于是，孙武等决计捧出谭人凤出任武昌防御使兼北方招讨使，将蒋翊武撤职。蒋被撤职，愤愤不平。其他文学社党人也对孙武等共进会领导人满腔恼怒。
孙武对与他意见相左的共进会负责人之一、军务副部长张振武也排挤打击，以致势成水火。由于孙武、蒋翊武、张振武3人之间的矛盾极为尖锐，且都有一定的实力，3人又分别担任军务部长和副部长，时人称之为“鄂军三武”。随着南北议和达成协议，黎元洪日益倒向袁世凯，“三武”的政治态度也愈益分野：孙武组织民社，支持黎元洪，反对南京临时政府；蒋翊武则亲近黄兴，支持南京临时政府；张振武处于中间状态，但对湖北局势不满，声言要进行“二次革命”。
蒋翊武、张振武为了与孙武把持的《中华民国公报》抗衡，先后分别办起了《民心报》、《震旦民报》，各自抒发自己的政治意向，互相攻讦，在湖北军政府内形成了“三武鼎立”的局面。孙武因与吴兆麟争夺北伐第一军总司令，也发生了矛盾，总监刘公也对孙颇为不满。孙武树敌过多，除了政治原因外，他盛气凌人，飞扬跋扈，攘功怙权，无所不至，不但排斥和打击文学社党人，即对共进会同志也不大重视，所以同志们怨言极多。革命党人和军政府内的不满矛头，均指向孙武一人，驱孙几成普遍要求。
黎元洪就利用大家对孙武的不满情绪，从中挑拨。若有人对黎处理的事情不满时，他便说：“这是孙尧卿（孙武）的意思，是孙尧卿他们议妥了让我盖章的。”他既把责任推到了孙武身上，又挑拨革命党人之间的关系例如本质和现象、内容和形式、原因和结果、必然性和偶然，致使党人把对军政府的不满情绪均集中到孙武头上，反对孙武的情绪终于导致一场以“倒孙”为目标的事变。
倒孙事变的发起人是共进会员黄申芗。黄在革命准备阶段曾广泛联络会党，并在军队中发起革命团体种族研究会，拥有会员80余人，又联络其他团体，总并联络军中同志500余人。孙武自日本回鄂后，组织共进会，黄加入，并将所联络之团体归并成为共进会的群众基础。孙武对他极为器重，以孙中山名义委任他为大都校。但后来他一直没有被重用，武昌起义时，初任他为民军第4镇第7协第14标统带。1912年2月，湖北军队编为8个镇以后，他升为协统。但资格和能力都在他之下的高尚志却是他的顶头上司（镇统制），他对这个委任不满，碍于面子，才勉强到军务部找孙武，谢军务部对他的委任。未料到，孙武对他的态度非常傲慢。孙坐在靠椅上，双足俱跣，昂然不动，慢条斯理地问道：“你来了，接到委札没有？”
黄申芗已是怒火中烧。孙武又道：“协统不小呀，你好生的干，听着没有？”
黄申芗见他太瞧不起人，强忍怒火不辞而去，而且到处说：“尧卿得意忘形，连老朋友也不认识，我非杀他不可！”
黄申芗与群英会的领袖向海潜关系极为密切，而且二人都是湖北大冶人。群英会是向海潜等在武昌起义之前建立的会党性的反清团体，基本群众对外称108人，取水浒梁山伯聚义108将之意，实际人数远不止此数。曾得到文学社刘复基等人的支持，但文学社不吸收会党，故武昌起义前，群英会大多数加入共进会。黄申芗发动“倒孙”运动，便以向海潜的群英会相号召。提出“改良政治”的口号，组织“改良政治群英会”，企图驱黎倒孙，改组湖北军政府。后又收缩目标，专门打击孙武。
黄申芗为了团结各路人马，参加倒孙事变的人员很复杂，有文学社员王文锦、王国栋领导的伤兵团体毕血会、武昌起义以后从四川返鄂的原31标组成的教导团、起义老兵组成的将校团，以及义勇团、学生军等士兵组织。这些人各自带有不同的目的，有出于对孙武勾结黎元洪植党营私，打击革命党人不满的；有革命有功人员因被置之闲散、或因伤残未得到应有的抚恤，而对军务部不满的；也有因个人权位未得到满足而郁郁不得志的，等等。由于参加人员极复杂，行动起来就没有统一的政治方向，也没有严密的组织系统。惟因同盟会、文学社中人暗中与群英会携手，文学社机关报《民心报》社，便无形中成为联络机关。起事时，各军重要人员，往来报社络绎不绝。
孙武对下面的不满情绪，有所耳闻，故以军务部长名义与副部长蒋翊武联合发出布告，针对群英会警告说：“近月以来，流言蜂起，争权利，挟意气，怀疑诈，树党援，第二次革命之风潮几于昌言不讳，试问此等无意识之举动为公乎？为私乎？其推倒异族乎？抑自残同类乎？……我同胞宜慎思之。”
但为时已晚，不能奏效。
向海潜于1912年2月27日晚10时，对空放了一排枪，是为起事信号。毕血团、将校团、教导团、义勇团、学生军一齐出动，以黄申芗为总司令，在武昌城内采取暴力行动，驱逐孙武及其亲信镇统制邓玉麟、近卫军统制高尚志等人。起事队伍佩戴“群英会”徽章，手持百旗，上书“改良政治”、“驱除民贼”、“保商保民”等字样，上街游行，鸣枪示警，高喊“打倒孙武”、“打倒军务部长”等口号。
孙武、邓玉麟、高尚志等事先得到消息，已避走汉口。群英会发出告示，只诛孙武一人。但由于诸人协谋时各有忿心，本非一致，祸机既发，各赴其事，内务部与军务部同时被扰，各部人员纷纷逃匿。参加事变人员一时失去控制，秩序大乱，军政机关，破坏殆尽，乱兵盛行抢劫，借机报复。第2镇统制文学社骨干张廷辅亦于当夜被乱兵所杀；蔡济民被绑架，经黎元洪力保，方得被释。
黄申芗见孙武已逃，于次日天明把他在武昌大朝街的寓所查抄，并扣押了孙武的家眷，不许随便出入，抄出的箱笼推积如山。称孙为“民贼”、“悬赏购孙头”。
孙武在汉口闻讯，怒不可遏，要调兵平乱，实际上已无兵可调。后经汉口绅商蔡辅卿等恳劝，又与武昌黎元洪商妥，向起事人提出3个条件：（1）不得动摇都督；（2）不得累及无辜；（3）不得骚扰平民。孙武发表退职宣言后了事。孙武辞职后即寓居汉口，在英租界组织武汉民社，继续从事拥袁、黎，反对同盟会的政治活动。
黎元洪的本意是以革命党来残害革命党，他巴不得利用党人之间的矛盾，把孙武搞掉。在事变发生前，他已得到消息，但并不加制止，摆出一副坐山观虎斗的姿态；孙武也曾向他上书辞职，以免凶终，他却表示再三挽留，不使孙武离位，要把笑话看到底。事变后，孙武果然被逐，他心中暗喜，顺水推舟地接受了群英会的要求，批准孙武辞职。而另一方面，对驱孙的发动者黄申芗，同样不客气，当众申斥黄破坏秩序，给5000元作路费，要他立即出国留学。
黎元洪以镇压“叛乱”的口吻致电鄂省各军事机关谓：军务部长孙武，昨已平和解决，市廛无惊，秩序如常，各机关照旧办公，望勿轻听谣诼，仍在该地镇慑，是为至要。
由于孙武、邓玉麟、高尚志等去职，黎元洪便可以名副其实地独揽湖北的军政大权。他首先将军务部改为军政司。原军务部副部长蒋翊武、张振武一同去职，改充都督府顾问。任命旧军官曾广大为军务长。为平革命党人之气，3天后又改任蔡济民为司长，但军务司失去了军官的任免权。改组后的军法处则成了黎元洪用来任意屠杀湖北革命党人的工具。
第2镇统制张廷辅被杀，近卫军统制高尚志和第4镇统制邓玉麟去职，而代之的均是黎元洪的心腹、爪牙。在黎元洪的周围不但早已聚集了一帮阴险狡猾的文人政客，又聚拢了一批野蛮凶悍的旧军官以及共进会的败类，杀人不眨眼的蔡汉卿和与他同有“屠户”之称的军法处长程汉卿等，组成了一个极端反动的统治集团，对湖北革命党人施行血腥镇压。
黎元洪不但把革命党人从军务部赶走，而且把其他几个革命党人部长，如内务部长杨时杰、教育部长苏成章、副部长查光佛、实业部副部长牟鸿勋等均撤职，换上旧官僚。黎元洪又撤销了总监察，改组为纠察处。不及半月，黎元洪仍嫌纠察处碍脚，又下令改为纠察院，大大缩小编制，只留60名工作人员，其余近千人全部解散、遣散。
军务部和监察处本是革命党人对黎元洪的都督权力限制最大的两个职能部门，现在这两个职能部门均取销、缩小，改变了性质，完全在黎元洪的控制之下。
可悲的是，革命党人并未能自觉地把“驱孙”与“倒黎”结合起来，而是把“驱孙”看作是“党争”，共进会、文学社，仇恨日深，形成势不两立，加剧了革命党人之间的矛盾，黎元洪坐收渔人之利。
孙中山接到报告，立即意识到湖北党人存在内争大不利于革命，当即发电报给鄂省同志进行调解，可惜鞭长莫及。
文学社社长蒋翊武没有看到黎元洪的阴谋，发出“保全大局，不遭人忌”8个字通告全体社员，甚至说：“如有不遵我副总统之命令及损失我副总统之威严者，惟以武装维持治安耳。”蒋的态度遭到文学社同志非难，有人批评他“胆小畏事，不足表率群英”。
4月，同盟会于鄂省组织支部，以石瑛为支部长。文学社遂与同盟会支部合并。文学社副社长王宪章被推为副支部长。民社成立后，共进会发生分化，部分共进会骨干，如居正、杨玉如、李作栋等回到同盟会阵营里。杨玉如当选为同盟会鄂支部总务干事。7月14日，民社与统一党等合并的共和党鄂支部成立，孙武当选为支部长。从此，湖北的两大革命团体——文学社与共进会的组织，不复存在，代之以同盟会与共和党。
黎元洪在同革命党人争夺权力的实践中，看出革命党人的力量多集中在军事部门，便提出“军民分治”的口号，将总揽军、民两政大权的军政府撤销，另立平行的都督府和民政府，都督和民政长各司其事，两不相扰。这样，都督独揽军事大权，可以削弱革命党人的军权。又规定民政府的民政长必须由“富于政治经验”之人担任，借此起用前清旧官僚，以旧官僚掌握行政大权，消除革命党人势力，是旧势力复辟夺权的一个重大政治步骤。
黎元洪选中了清朝老官僚樊增祥作湖北民政长。樊原籍湖北，曾任过清朝知县、布政使等官，并曾护理两江总督。武昌起义后寓居上海。黎元洪曾派人带着他的书信赴沪，恳切敦请。樊意存观望，坚不赴任。黎乃电请袁世凯以大总统名义对樊加以委任，但樊仍不肯出山。黎元洪又推荐另一前清旧官僚刘心源暂代湖北民政长，袁又命刘署理湖北民政长，刘只答应代理3个月。
民政府下设内务、外交、财政、实业、司法、交通、教育7个司。由夏寿廉、李作栋、李四光、姚晋圻、伍朝枢、张知本、熊继贞分别担任司长。民政府刚刚成立1个月，下属几个司长均易人，革命党人李作栋、李四光、张知本、熊继贞都是过去军政府各部部长，民政府成立后，分别担任财政、实业、交通、司法司司长。黎元洪、刘心源迫使他们辞职，以满清旧吏代替，美其名曰“有经验”、“重资格”，让那亡清官场之山精海怪一齐出现。湖北军民分治的实施，是黎元洪全部篡夺湖北军政大权的标志，也是湖北辛亥革命失败的标志。
袁世凯也看到了军民分治是削弱革命党势力的办法，便通电表示：“外省官制，必本伟论。”一些拥袁政党，也把黎倡导的“军民分治”赞为“建国良谋”。但是，一些革命党人都督敏锐地看出黎通过“军民分治”排挤革命党人的企图，所以江西都督李烈钧、湖南都督谭延闿、广东都督胡汉民、安徽都督柏文蔚率先通电反对。袁世凯不甘心放弃，只得令赞成军民分治的湖北、四川、山西3省，首先实行，其他缓办。
黎元洪的军民分治，进一步激化了他与革命党人之间的矛盾，以致激起湖北“第三次革命”风潮。
刘心源将民政府中大部分革命党人排挤出去，引起军界同盟会党人不满；而且刘心源腐败浅陋，不堪重用，且引用私人，因刘是嘉鱼人，致外间有称民政府为嘉鱼会馆，以致群情大愤，密议推倒。
一些反对同盟会的人乘机造谣生事，扩大事态。在都督府的一次军事会议上，共和党人造谣道：“同盟会在京争内阁，恐不胜，特派杨玉如君回鄂运动军队，以王宪章为主动。”他们还在会上宣布：“同盟会鄂支部副理事长王宪章、总务干事杨玉如等多人因不得重要位置，欲谋危黎副总统，推倒鄂军政府。”
同盟会党人起而反对共和党诬陷，引起争论，继竟斗殴。黎元洪调卫兵胁迫会议解散。上海同盟会机关部特致电黎元洪，指出上述传闻，系反对党因王、杨为同盟会支部干事，故有意中伤。同盟会本部干事居正、胡秉珂特为此事去会见黎元洪，声明：“但使共和政体一日无颠覆之虞，同盟会断不致有革命之举。”
黎元洪当面保证：“日内派兵巡城，亦为防范宵小起见，与同盟会并无丝毫嫌疑。如有人心存破坏，我必力饬保护。”
黎元洪的话是向来靠不住的，都督府军事参议王宪章、都督府顾问杨玉如、警察学校监学祝制六被他解职。王、杨被迫离鄂赴沪。同盟会员祝制六、江光国、滕亚纲原系文学社党人，由于文学社屡遭黎元洪镇压，心中极为愤恨，积不能平。遂秘密联络，组织改良政治团，设立秘密机关，欲图改革政治，改组都督府。时称“第三次革命”。
这时，毕血会因退伍问题发生风潮，几致暴动。黎元洪下令戒严，发出严令：“有暴动及擅自开枪聚众者，格杀勿论。
若被捕获，则就地正法。”
祝制六等初拟7月8日，后又改为16日起事，均因大雨未成，17日，被都督府侦探探悉。黎元洪接到密报，立即调近卫军奔赴阅马厂同盟会事务所，将江光国、滕亚纲2人逮捕，交军法局审讯。又派出大批军警在汉口大公宾馆破获机关，逮捕祝制六，并立即解送过江，押至武昌汉阳门码头即被杀害。江、滕也于当日下午在狱中被杀。
黎元洪又出布告，指控祝、江、滕私立机关，假改革政治为名，主持极端破坏，实属民国罪人。他宣布说：“本都督辟以止辟，刑期无刑，歼厥渠魁，胁从罔治。……乱党经伏诛，此外概不追究。”黎元洪所说的“概不追究”是为了稳革命党人之心，目的是为了一网打尽。从7月17日开始，直至月底，破获机关数处，逮捕党人数十名，多数立时枪毙，少数永远监禁。黎还秘函驻汉口外国领事，要求协缉租界内之乱党。
黎元洪坐镇湖北，多次屠杀革命党人。湖北革命党人内部早有矛盾。以刘公、孙武为首的共进会与蒋翊武为首的文学社两大革命团体在联合之前，就存在门户之见。武昌起义前夕，为适应革命形势发展的需要，建立了联合总部，一起取得了武昌起义的胜利。在初期，即革命党人组成谋略处，与旧军人、立宪派抗衡的时期，两团体合作得较好。但在联合总部组成中，共进会占据明显优势。在湖北军政府建成时，掌握军政府实权的军务部部长孙武、副部长张振武，均系共进会党人。文学社对此不满，一直存有戒心。文学社领导人之一詹大悲成立汉口军政分府，便在蒋翊武的积极支持下，大量安插文学社社员。在文学社社员心目中，只有汉口军政分府才可赖以维持革命系统。他们往往不受武昌政府的指挥，而自行其是，想在汉口另树一帜，以待将来改组湖北军政府。孙武等共进会成员也对汉口军政分府心存疑忌，有人曾献计要取消汉口军政分府，以免所谓“尾大不掉”。
湖北军务部长孙武为了巩固和扩大自己的权势，一面打击文学社党人，一面与黎元洪为首的旧势力相勾结，拥黎以自重。而黎元洪也需要寻找党人首领作为代理人，于是，孙武与黎元洪的勾结日益加紧。
黄兴来武汉督师，孙武因忌妒黄兴的威信，与黎元洪为首的旧军官势力更加紧密勾结，与黄兴对立；蒋翊武等文学社党人则拥戴黄兴。恰值黄兴、宋教仁、胡瑛等同盟会领导人和蒋翊武、杨王鹏、宋锡全等文学社党人均为湖南人，而孙武、黎元洪等均为湖北人条件①相对于根据，指制约事物存在和发展的外部诸，便形成了以黄兴为首的在鄂同盟会党人与将翊武为首的文学社党人为一方，同以孙武为首的共进会党人与黎元洪为首的旧官僚势力为另一方的两个派系之间的矛盾斗争。
1911年10月29日，詹大悲看到汉口不守，同文学社员温楚珩、何海鸣等人乘轮离鄂，去安庆，得到安徽革命党人的支援。对于詹之弃职东下，黎元洪宣称为军法不容，孙武说是拆革命的台。詹等如果回武昌，则有被黎元洪、孙武加之“失陷汉口”的罪名而杀害的危险。
汉口失陷前夕，受文学社拥戴的胡瑛，虽然担任了军政府外交部长，但仍不满足个人权欲，利用文学社的不满情绪，挑唆驻汉阳的民军协统宋锡全于11月1日晚，自汉阳率兵撤往湖南，造成汉阳防守空虚。湖北军政府闻讯后，即电湖南都督将宋锡全就地正法，首级解武昌悬城示众3日。与宋同行的王宪章、胡玉珍等，经蒋翊武、蔡济民力保方获释。由于宋走时佯称奉黄兴之令，时人信以为真，故宋被杀又引起文学社不满。
汉阳失守，黄兴东下，蒋翊武任战时总司令。军务部根据第5协协统熊秉坤的报告称，第5协第10标标统、文学社员杨传连前在汉阳临战时，私卸武装欲逃教”、“绝对知识”，并把这些阶段说成是人类意识在历史中所，将杨的职务撤销。蒋闻讯大怒，函知军务部及熊秉坤，宣称欲撤熊协统之职以报之。孙武便以军务部长名义召开会议，第7协统领、与孙武关系密切的邓玉麟发言说：“今军事紧急，各军皆布列江岸战斗线内，而蒋代理总司令乃欲撤熊协统，殊属悖谬已极，将来军事必败于一人之手，安能久任此糊涂竖子耶！”于是，孙武等决计捧出谭人凤出任武昌防御使兼北方招讨使，将蒋翊武撤职。蒋被撤职，愤愤不平。其他文学社党人也对孙武等共进会领导人满腔恼怒。
孙武对与他意见相左的共进会负责人之一、军务副部长张振武也排挤打击，以致势成水火。由于孙武、蒋翊武、张振武3人之间的矛盾极为尖锐，且都有一定的实力，3人又分别担任军务部长和副部长，时人称之为“鄂军三武”。随着南北议和达成协议，黎元洪日益倒向袁世凯，“三武”的政治态度也愈益分野：孙武组织民社，支持黎元洪，反对南京临时政府；蒋翊武则亲近黄兴，支持南京临时政府；张振武处于中间状态，但对湖北局势不满，声言要进行“二次革命”。
蒋翊武、张振武为了与孙武把持的《中华民国公报》抗衡，先后分别办起了《民心报》、《震旦民报》，各自抒发自己的政治意向，互相攻讦，在湖北军政府内形成了“三武鼎立”的局面。孙武因与吴兆麟争夺北伐第一军总司令，也发生了矛盾，总监刘公也对孙颇为不满。孙武树敌过多，除了政治原因外，他盛气凌人，飞扬跋扈，攘功怙权，无所不至，不但排斥和打击文学社党人，即对共进会同志也不大重视，所以同志们怨言极多。革命党人和军政府内的不满矛头，均指向孙武一人，驱孙几成普遍要求。
黎元洪就利用大家对孙武的不满情绪，从中挑拨。若有人对黎处理的事情不满时，他便说：“这是孙尧卿（孙武）的意思，是孙尧卿他们议妥了让我盖章的。”他既把责任推到了孙武身上，又挑拨革命党人之间的关系例如本质和现象、内容和形式、原因和结果、必然性和偶然，致使党人把对军政府的不满情绪均集中到孙武头上，反对孙武的情绪终于导致一场以“倒孙”为目标的事变。
倒孙事变的发起人是共进会员黄申芗。黄在革命准备阶段曾广泛联络会党，并在军队中发起革命团体种族研究会，拥有会员80余人，又联络其他团体，总并联络军中同志500余人。孙武自日本回鄂后，组织共进会，黄加入，并将所联络之团体归并成为共进会的群众基础。孙武对他极为器重，以孙中山名义委任他为大都校。但后来他一直没有被重用，武昌起义时，初任他为民军第4镇第7协第14标统带。1912年2月，湖北军队编为8个镇以后，他升为协统。但资格和能力都在他之下的高尚志却是他的顶头上司（镇统制），他对这个委任不满，碍于面子，才勉强到军务部找孙武，谢军务部对他的委任。未料到，孙武对他的态度非常傲慢。孙坐在靠椅上，双足俱跣，昂然不动，慢条斯理地问道：“你来了，接到委札没有？”
黄申芗已是怒火中烧。孙武又道：“协统不小呀，你好生的干，听着没有？”
黄申芗见他太瞧不起人，强忍怒火不辞而去，而且到处说：“尧卿得意忘形，连老朋友也不认识，我非杀他不可！”
黄申芗与群英会的领袖向海潜关系极为密切，而且二人都是湖北大冶人。群英会是向海潜等在武昌起义之前建立的会党性的反清团体，基本群众对外称108人，取水浒梁山伯聚义108将之意，实际人数远不止此数。曾得到文学社刘复基等人的支持，但文学社不吸收会党，故武昌起义前，群英会大多数加入共进会。黄申芗发动“倒孙”运动，便以向海潜的群英会相号召。提出“改良政治”的口号，组织“改良政治群英会”，企图驱黎倒孙，改组湖北军政府。后又收缩目标，专门打击孙武。
黄申芗为了团结各路人马，参加倒孙事变的人员很复杂，有文学社员王文锦、王国栋领导的伤兵团体毕血会、武昌起义以后从四川返鄂的原31标组成的教导团、起义老兵组成的将校团，以及义勇团、学生军等士兵组织。这些人各自带有不同的目的，有出于对孙武勾结黎元洪植党营私，打击革命党人不满的；有革命有功人员因被置之闲散、或因伤残未得到应有的抚恤，而对军务部不满的；也有因个人权位未得到满足而郁郁不得志的，等等。由于参加人员极复杂，行动起来就没有统一的政治方向，也没有严密的组织系统。惟因同盟会、文学社中人暗中与群英会携手，文学社机关报《民心报》社，便无形中成为联络机关。起事时，各军重要人员，往来报社络绎不绝。
孙武对下面的不满情绪，有所耳闻，故以军务部长名义与副部长蒋翊武联合发出布告，针对群英会警告说：“近月以来，流言蜂起，争权利，挟意气，怀疑诈，树党援，第二次革命之风潮几于昌言不讳，试问此等无意识之举动为公乎？为私乎？其推倒异族乎？抑自残同类乎？……我同胞宜慎思之。”
但为时已晚，不能奏效。
向海潜于1912年2月27日晚10时，对空放了一排枪，是为起事信号。毕血团、将校团、教导团、义勇团、学生军一齐出动，以黄申芗为总司令，在武昌城内采取暴力行动，驱逐孙武及其亲信镇统制邓玉麟、近卫军统制高尚志等人。起事队伍佩戴“群英会”徽章，手持百旗，上书“改良政治”、“驱除民贼”、“保商保民”等字样，上街游行，鸣枪示警，高喊“打倒孙武”、“打倒军务部长”等口号。
孙武、邓玉麟、高尚志等事先得到消息，已避走汉口。群英会发出告示，只诛孙武一人。但由于诸人协谋时各有忿心，本非一致，祸机既发，各赴其事，内务部与军务部同时被扰，各部人员纷纷逃匿。参加事变人员一时失去控制，秩序大乱，军政机关，破坏殆尽，乱兵盛行抢劫，借机报复。第2镇统制文学社骨干张廷辅亦于当夜被乱兵所杀；蔡济民被绑架，经黎元洪力保，方得被释。
黄申芗见孙武已逃，于次日天明把他在武昌大朝街的寓所查抄，并扣押了孙武的家眷，不许随便出入，抄出的箱笼推积如山。称孙为“民贼”、“悬赏购孙头”。
孙武在汉口闻讯，怒不可遏，要调兵平乱，实际上已无兵可调。后经汉口绅商蔡辅卿等恳劝，又与武昌黎元洪商妥，向起事人提出3个条件：（1）不得动摇都督；（2）不得累及无辜；（3）不得骚扰平民。孙武发表退职宣言后了事。孙武辞职后即寓居汉口，在英租界组织武汉民社，继续从事拥袁、黎，反对同盟会的政治活动。
黎元洪的本意是以革命党来残害革命党，他巴不得利用党人之间的矛盾，把孙武搞掉。在事变发生前，他已得到消息，但并不加制止，摆出一副坐山观虎斗的姿态；孙武也曾向他上书辞职，以免凶终，他却表示再三挽留，不使孙武离位，要把笑话看到底。事变后，孙武果然被逐，他心中暗喜，顺水推舟地接受了群英会的要求，批准孙武辞职。而另一方面，对驱孙的发动者黄申芗，同样不客气，当众申斥黄破坏秩序，给5000元作路费，要他立即出国留学。
黎元洪以镇压“叛乱”的口吻致电鄂省各军事机关谓：军务部长孙武，昨已平和解决，市廛无惊，秩序如常，各机关照旧办公，望勿轻听谣诼，仍在该地镇慑，是为至要。
由于孙武、邓玉麟、高尚志等去职，黎元洪便可以名副其实地独揽湖北的军政大权。他首先将军务部改为军政司。原军务部副部长蒋翊武、张振武一同去职，改充都督府顾问。任命旧军官曾广大为军务长。为平革命党人之气，3天后又改任蔡济民为司长，但军务司失去了军官的任免权。改组后的军法处则成了黎元洪用来任意屠杀湖北革命党人的工具。
第2镇统制张廷辅被杀，近卫军统制高尚志和第4镇统制邓玉麟去职，而代之的均是黎元洪的心腹、爪牙。在黎元洪的周围不但早已聚集了一帮阴险狡猾的文人政客，又聚拢了一批野蛮凶悍的旧军官以及共进会的败类，杀人不眨眼的蔡汉卿和与他同有“屠户”之称的军法处长程汉卿等，组成了一个极端反动的统治集团，对湖北革命党人施行血腥镇压。
黎元洪不但把革命党人从军务部赶走，而且把其他几个革命党人部长，如内务部长杨时杰、教育部长苏成章、副部长查光佛、实业部副部长牟鸿勋等均撤职，换上旧官僚。黎元洪又撤销了总监察，改组为纠察处。不及半月，黎元洪仍嫌纠察处碍脚，又下令改为纠察院，大大缩小编制，只留60名工作人员，其余近千人全部解散、遣散。
军务部和监察处本是革命党人对黎元洪的都督权力限制最大的两个职能部门，现在这两个职能部门均取销、缩小，改变了性质，完全在黎元洪的控制之下。
可悲的是，革命党人并未能自觉地把“驱孙”与“倒黎”结合起来，而是把“驱孙”看作是“党争”，共进会、文学社，仇恨日深，形成势不两立，加剧了革命党人之间的矛盾，黎元洪坐收渔人之利。
孙中山接到报告，立即意识到湖北党人存在内争大不利于革命，当即发电报给鄂省同志进行调解，可惜鞭长莫及。
文学社社长蒋翊武没有看到黎元洪的阴谋，发出“保全大局，不遭人忌”8个字通告全体社员，甚至说：“如有不遵我副总统之命令及损失我副总统之威严者，惟以武装维持治安耳。”蒋的态度遭到文学社同志非难，有人批评他“胆小畏事，不足表率群英”。
4月，同盟会于鄂省组织支部，以石瑛为支部长。文学社遂与同盟会支部合并。文学社副社长王宪章被推为副支部长。民社成立后，共进会发生分化，部分共进会骨干，如居正、杨玉如、李作栋等回到同盟会阵营里。杨玉如当选为同盟会鄂支部总务干事。7月14日，民社与统一党等合并的共和党鄂支部成立，孙武当选为支部长。从此，湖北的两大革命团体——文学社与共进会的组织，不复存在，代之以同盟会与共和党。
黎元洪在同革命党人争夺权力的实践中，看出革命党人的力量多集中在军事部门，便提出“军民分治”的口号，将总揽军、民两政大权的军政府撤销，另立平行的都督府和民政府，都督和民政长各司其事，两不相扰。这样，都督独揽军事大权，可以削弱革命党人的军权。又规定民政府的民政长必须由“富于政治经验”之人担任，借此起用前清旧官僚，以旧官僚掌握行政大权，消除革命党人势力，是旧势力复辟夺权的一个重大政治步骤。
黎元洪选中了清朝老官僚樊增祥作湖北民政长。樊原籍湖北，曾任过清朝知县、布政使等官，并曾护理两江总督。武昌起义后寓居上海。黎元洪曾派人带着他的书信赴沪，恳切敦请。樊意存观望，坚不赴任。黎乃电请袁世凯以大总统名义对樊加以委任，但樊仍不肯出山。黎元洪又推荐另一前清旧官僚刘心源暂代湖北民政长，袁又命刘署理湖北民政长，刘只答应代理3个月。
民政府下设内务、外交、财政、实业、司法、交通、教育7个司。由夏寿廉、李作栋、李四光、姚晋圻、伍朝枢、张知本、熊继贞分别担任司长。民政府刚刚成立1个月，下属几个司长均易人，革命党人李作栋、李四光、张知本、熊继贞都是过去军政府各部部长，民政府成立后，分别担任财政、实业、交通、司法司司长。黎元洪、刘心源迫使他们辞职，以满清旧吏代替，美其名曰“有经验”、“重资格”，让那亡清官场之山精海怪一齐出现。湖北军民分治的实施，是黎元洪全部篡夺湖北军政大权的标志，也是湖北辛亥革命失败的标志。
袁世凯也看到了军民分治是削弱革命党势力的办法，便通电表示：“外省官制，必本伟论。”一些拥袁政党，也把黎倡导的“军民分治”赞为“建国良谋”。但是，一些革命党人都督敏锐地看出黎通过“军民分治”排挤革命党人的企图，所以江西都督李烈钧、湖南都督谭延闿、广东都督胡汉民、安徽都督柏文蔚率先通电反对。袁世凯不甘心放弃，只得令赞成军民分治的湖北、四川、山西3省，首先实行，其他缓办。
黎元洪的军民分治，进一步激化了他与革命党人之间的矛盾，以致激起湖北“第三次革命”风潮。
刘心源将民政府中大部分革命党人排挤出去，引起军界同盟会党人不满；而且刘心源腐败浅陋，不堪重用，且引用私人，因刘是嘉鱼人，致外间有称民政府为嘉鱼会馆，以致群情大愤，密议推倒。
一些反对同盟会的人乘机造谣生事，扩大事态。在都督府的一次军事会议上，共和党人造谣道：“同盟会在京争内阁，恐不胜，特派杨玉如君回鄂运动军队，以王宪章为主动。”他们还在会上宣布：“同盟会鄂支部副理事长王宪章、总务干事杨玉如等多人因不得重要位置，欲谋危黎副总统，推倒鄂军政府。”
同盟会党人起而反对共和党诬陷，引起争论，继竟斗殴。黎元洪调卫兵胁迫会议解散。上海同盟会机关部特致电黎元洪，指出上述传闻，系反对党因王、杨为同盟会支部干事，故有意中伤。同盟会本部干事居正、胡秉珂特为此事去会见黎元洪，声明：“但使共和政体一日无颠覆之虞，同盟会断不致有革命之举。”
黎元洪当面保证：“日内派兵巡城，亦为防范宵小起见，与同盟会并无丝毫嫌疑。如有人心存破坏，我必力饬保护。”
黎元洪的话是向来靠不住的，都督府军事参议王宪章、都督府顾问杨玉如、警察学校监学祝制六被他解职。王、杨被迫离鄂赴沪。同盟会员祝制六、江光国、滕亚纲原系文学社党人，由于文学社屡遭黎元洪镇压，心中极为愤恨，积不能平。遂秘密联络，组织改良政治团，设立秘密机关，欲图改革政治，改组都督府。时称“第三次革命”。
这时，毕血会因退伍问题发生风潮，几致暴动。黎元洪下令戒严，发出严令：“有暴动及擅自开枪聚众者，格杀勿论。
若被捕获，则就地正法。”
祝制六等初拟7月8日，后又改为16日起事，均因大雨未成，17日，被都督府侦探探悉。黎元洪接到密报，立即调近卫军奔赴阅马厂同盟会事务所，将江光国、滕亚纲2人逮捕，交军法局审讯。又派出大批军警在汉口大公宾馆破获机关，逮捕祝制六，并立即解送过江，押至武昌汉阳门码头即被杀害。江、滕也于当日下午在狱中被杀。
黎元洪又出布告，指控祝、江、滕私立机关，假改革政治为名，主持极端破坏，实属民国罪人。他宣布说：“本都督辟以止辟，刑期无刑，歼厥渠魁，胁从罔治。……乱党经伏诛，此外概不追究。”黎元洪所说的“概不追究”是为了稳革命党人之心，目的是为了一网打尽。从7月17日开始，直至月底，破获机关数处，逮捕党人数十名，多数立时枪毙，少数永远监禁。黎还秘函驻汉口外国领事，要求协缉租界内之乱党。
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