袁世凯极力阻止参议院提出弹劾案，他在21日晚邀请湖北籍参议员刘成禺、张伯烈、时功玖、郑万瞻等到总统府谈话，作了一番解释之后，表示“追悔莫及”，又请求刘等“仰仗诸公疏通意见”。刘成禺、张伯烈、时功玖、郑万瞻等虽然表面上并不示弱、但实际上他们已开始软化。到22日参加议会时，刘、时、张、郑4人，意气稍平。
议会外，谴责政府的活动颇为激烈。黄兴于18日、20日连续电袁，指出黎电中所述“张、方罪状，语极含混。凡有法律之国无论何级长官，均不能于法外擅为生杀，而黎竟不据法律上手续，率请立予正法，以快私心，致使群情激动，外人轻视，民国基础，愈形危险”。他对共和前途，表示忧虑。同盟会本部于8月22日发布开除黎元洪的启事。启事指斥黎元洪暴戾恣睢，擅杀元勋，破坏约法，摇动民国，人神共愤，决定革去黎元洪本会协理，并除名，嗣后，同盟会与黎元洪断决关系。
其他各政党、社团以及知名人士，也对袁、黎表示极大义愤。黎元洪任社长的东西大同社，也以黎为“共和之敌”，与黎脱离关系，将社名改为大同公社，拥戴黄兴为社长。黄兴婉言谢绝。
袁世凯杀张、方的主要目的是离间黎元洪与革命党人的关系，使其失去革命党人的拥护，成为孤家寡人，以便为己所用，直至黎成为千夫所指的过街老鼠。黎元洪知被袁所卖些没有意义的伪命题组成的，只能引起无休止的争论，因此，甚为尴尬，以至气喘旧痰复发，咯血时，精神颇觉不支。于是，亟通电自白。19日发出通电，开列张振武“十大罪状”，21日再次通电，电文长达2000余字，把“十大罪状”扩充至“十五大罪状”。黎元洪极尽罗织之能事，无限上纲，把张振武描写成十恶不赦、死有余辜的罪犯，以平息社会舆论，求得对自己的谅解，但全部“罪状”无一证据。黎元洪还列举了不得不采取特殊手段假手袁世凯将张、方杀于北京的“理由”，以诉自己“苦衷”。他说：
“元洪数日以来，踌躇再四，爱功忧乱，五内交萦，柔肠九回，慈心百结。宁我负振武，无振武负湖北；宁受负振武罪，无受负天下罪。臂疗身，决蹯卫命，冒刑除患，实所甘心。”
黎元洪还假惺惺地自认三罪：一罪自己驭将才疏，造成武汉动乱不已，致使商民流离，市廛凋瘵；二罪自己本与张振武相从患难，情同骨肉，乃因不善调理，竟使首义之士，堕为罪魁，心怀惭德，愧对振武；三罪国基甫定，法权未张，乃有杀张之事，以致险象环生，祸机密切，快一邦黎庶之心，解天下勋庸之体。自时厥后，定当退避贤路，伫待严谴。黎元洪保证对张优加抚恤：赡其母，使终年，养其子，使成立。派专员迎柩归籍，乞饬沿途妥为保护。俟灵柩到鄂，元洪当开会追悼，亲往祭奠，以安哀魂。
黎元洪还致电袁世凯，正式提出辞参谋总长及鄂军都督职，又向参议院辞副总统职。
黎元洪是否真的认错，放下屠刀，立地成佛了呢？不是，恰恰相反，黎元洪凶相毕露地又对湖北革命党人进行镇压。
张、方被杀的消息传到湖北，鄂人士甚震骇，军人尤不平。谣言四起，黎令武昌戒严益甚。各界人士群情愤激，莫可名状，黎竭尽全力削弱革命党人力量，首先派亲信部队将张、方统率的将校团包围，令即日缴械退伍，实即遣散。又召集军界人员在都督府开会，强词夺理地说，杀张振武，实出于万不得已。元凶既除，余党自解。此后我军人务宜和衷，同御外侮，不可再存党见。
黎元洪下令解散张振武所设军务司卫队和屯垦事务所，即连张振武创办的民国男、女公校也下令取缔，后经教育司力争，才决定将两所学校收归公办。黎元洪加派军警巡逻市街，缇骑四出，暗探密布，都督府周围长期处于戒严状态。黎谕令汉口电报局总办孙发绪：“凡有关系之电，概行扣下，不为代送。凡交鄂报馆来去访函至汉口邮局，均派人检查拆阅。”
谴责黎、袁的电函无法从武汉发出。
黎元洪得悉参议院要弹劾自己，非常紧张，连忙策划对付手段。他采纳饶汉祥献计：“假用鄂军人联名挽留为要挟地步，又用商会、教育会名义，电责参议院不应弹劾，恐摇动大局。”于是，湖北全体旅以上军官、各级军事学校校长、都督府军事顾问，以第1师师长黎本唐领衔，在黎元洪提出辞职的第2天发表通电（梗电），对民社派参议员提出的质问书进行了逐条驳斥，为黎元洪辩解。未过一日，湖北军界再次气势汹汹地发出通电，语气尤为激烈，点名痛骂刘成禺、张伯烈等，说他们“混乱是非，颠倒黑白，违反人民意思，亵渎副总统威严，是为丧心病狂，玷辱祖宗”。还威胁说：“参议员如必欲弹劾，请将梗电所驳各款限于电到24点钟内逐一答复，同人如有一字之误，刀锯斧钺，悉加同人；贵议员如有一字之诬，刀锯斧钺亦必当有受之者。”
在黎元洪及其亲信的煽动下，又有湖北教育总会、商会，武昌、夏口、汉阳议会，以及“湖北保安社绅耆暨全体士民”、“旅沪鄂人”等，也纷纷致电北京，斥责参议员，挽留黎元洪。稍后，鄂省议会也致电北京。这些电文，均系黎元洪左右舞文弄墨者所为，那军界之恐吓电，更开武人干涉议会之恶例，为此激起参议院和舆论界的不满。
黎元洪作贼心虚，连忙致电袁世凯，说是“军界通电，措词激烈，元洪往阻无及，索稿未获，深为惶歉。伏念元洪于振武案办理委曲，未能事先遍晓，致启诘问，故谨请失察之罪，临颖彷徨，泪随电堕”。黎怂恿军界攻击参议院，又自请“失察之罪”，可见其已捉襟见肘，黔驴技穷。
黎元洪的这些活动，确实发生了作用。参议员们害怕动乱，袁世凯除亲自接见湖北议员外，又暗中运动共和党的非民社派议员，要他们说服民社派议员不要再坚持弹劾政府，一旦弹劾无效，则参议院必出于解散之途，而大局为之动摇。稍后，袁世凯命参谋部次长陈宦、陆军部次长蒋作宾、海军部次长汤芗铭等宴请民社派议员，劝其勿迷于张振武私情，而与政府为难，即要求他们放弃弹劾案。民社派议员终于软化。为了保全面子，他们只是没有公开撤回弹劾案，而是消沉下去。
到了22日下午，参议院经过辩论表决，赞成弹劾陆征祥、段祺瑞者为多数，于是弹劾陆、段案得以成立，并举定由张伯烈、时功玖、刘成禺等为起草员。但是由于袁、黎收买和串连参议员不出席会议，使到会议员达不到法定人数，使弹劾案不能成立。28日，拖延了1个星期的弹劾案，终于提交参议院。弹劾案由张伯烈、刘成禺、时功玖、郑万瞻4人提出，同盟会籍参议员陈家鼎、覃振、刘彦、彭允彝、欧阳振声、卢士模、周珏、殷汝骊8人连署。该案仅把袁世凯不经审判，捕杀张振武、方维的违法举动，归罪于陆征祥和段祺瑞的“辅佐乘谬”，“陷临时大总统于违法地位”，要求临时大总统依约法将陆、段即予免职。与此同时，同盟会籍议员刘星楠提出《咨请政府查办参谋长黎元洪违法案》，指控黎元洪恃有全国军事上之大权在握，对张振武、方维不依法手续，坚持其就地正法之蛮横办法，屡电北京，强陆军部以必行，为破坏约法，背叛民国之元恶大憝，咨请政府严行查办。这两个避重就轻均未涉及黎、袁互相勾结狼狈为奸杀害张、方的提案，袁世凯和参议院中拥袁、黎参议员，仍千方百计加以破坏。弹劾陆、段案未能通过。
革命党人遂将斗争重点放在查办黎元洪身上，认为张、方一案，黎元洪假手袁世凯泄其夙愤，破坏约法，杀戮首功之罪在黎不在袁，此案黎为造因生祸者，袁为黎连带，而陆、段当代负其责者也。故陆、段可递咨减罪，而黎元洪则万不可不问。黎元洪杀张、方非以参谋长电杀之，乃以鄂督电杀之，乃改查办鄂都督案，举陈家鼎起草。
但查办黎元洪案同样遭到袁、黎势力的反对，他们出于共同的打击革命党人的立场，出来袒护黎元洪。9月3日，陈家鼎提出了查办鄂督黎元洪案，连署20余人，列出交参议院。拖延到9月13日，陈家鼎始得在会上报告，列举黎元洪十大罪状，要求讨论通过。十大罪状从杀祝制六等到封闭《大江报》，通缉何海鸣、凌大同，逼走王宪章、杨玉如，到杀张振武、方维，以及外云军民分治，内实大权独揽，滥用刑讯，唆使鄂军界干涉政治等问题均涉及到，虽然也是从法律角度提出问题，但接触到了黎屠杀革命党人的政治问题，说明了黎杀张、方非出于偶然违法，而出于敌视革命党人的一贯立场。
报告甫毕，刘崇佑、刘国珍等大声反对，不待议长宣布散会，纷言延会而去。至此，参议院中环绕着张、方事件的所谓弹劾与查办也就不了了之。但黎元洪在革命党人的声讨下，不得不为张振武开追悼会。他亲往致祭，并致挽联：“为国家缔造艰难，功首罪魁，后世自有定论，幸天地鉴临上下，私情公义，此心不负故人。”
“杀戮首功之罪在黎不在袁”的认识，与同盟会领袖孙中山的态度有关。张、方被杀前，袁已多次邀请孙中山、黄兴北上，面商国是，调停党争。16日，张、方被杀，大多数革命党人都反对孙中山北上，他们认为“此等现象，一若并非真共和，殊形危险”。于是，众人力劝孙中山、黄兴不要轻入虎穴。同时，河南、安徽、广东等省也纷纷致电孙中山与黄兴，力阻他们只身进京，误入圈套。但是，孙中山对众人道：
“无论如何不失信于袁总统，且他人皆谓袁不可靠，我则以为袁可靠，必欲一试吾目光。”
对于进京与否，黄兴也有所犹豫，于是，孙中山也劝黄兴暂止其行，以防突然。黄兴正踟蹰时，仆人乘机把他的行李搬回家。孙中山从上海同孚路黄兴的寓所起程，在袁世凯的迎孙专使张昉、程克陪同下，登上商局的“平安”号轮船。与孙中山同行的有其夫人卢慕贞、秘书宋霭龄，还有魏宸组、居正、王君复等10余人。
在码头上，欢送孙中山的中外记者、各界人士，人山人海，他们团团将孙中山围住，并一再劝他不要贸然进京：“公世界伟人，历经险阻，岂怯于民国成立之后，惟此行以有益无益为断。观北方情形，似即行亦无大裨益。”
但孙中山早已把个人安危置之度外，仍然决意北上。于是，送行的人。有人神情黯然，有人痛泣。孙中山一再向人们解释，让人们相信袁大总统，并声明他这次进京，主要是想帮助袁世凯当好民国总统，解决好迁都、治政、建军等一系列大事，并能一心一意搞些实业，改造中国。
在送行的人群中，有一美丽、年轻的女子，随着孙中山一行混上安平号轮。在安平轮上，她趁人不注意，把孙中山请进一间船室内，尔后关上门，正当孙中山愕然之际，她掏出一把寒光阴森的尖刀，道：
“先生是国民代表，共和坚城，必欲投身虎穴，我誓死反对！”
那年轻女子说着，便举刀刎颈。孙中山见是个女志士，慌忙拦住，从她手里夺过尖刀，掷于地上，然后慰言再三，劝止百般，那女志士才肯下了安平轮，怏怏而去。
8月18日下午，“安平”号轮在“海琛”号巡洋舰的护送下，载着孙中山一行从上海启程，去北京会见袁世凯。22日下午，“安平”号轮抵天津，孙中山在袁世凯的代表、教育总长范源濂、工商总长刘揆一等北京专员的陪同下，乘专列离开天津去北京。
袁世凯以欢迎元首的礼遇进行隆重的欢迎。孙中山来到北京，袁世凯将自己的专用的金漆朱轮双马车，饰以黄缎，供孙中山使用。
孙中山下了专列，只见北京站欢迎牌坊耸立，军警如林，政府各部总长、议员、工商界、学界、报界、外宾都来迎接。由于北京市民早就期望看看这位革命领袖，加上袁世凯有意隆重接待，欢迎群众达数万人。孙中山举帽从人丛中穿过，频频向人们致意、然后乘袁世凯的双马车由正阳门入城，进中华门。孙中山的马车前呼后拥，沿途军警林立，军警背后便是人山人海。孙中山在代理内务总长赵智庵等政府官员的陪同下，来到石大人胡同外交大楼下榻。
袁世凯命令对孙中山的接待仪式要十分隆重，供奉要十分丰盛。袁世凯为接待孙中山来京，筹划甚久，用心颇深。他把孙中山的馆舍选择在石大人胡同外交大楼，即袁世凯的总统府，这里建筑既宽敞轩朗，铺陈亦富丽堂皇，还便于警卫，而他自己却搬到铁狮子胡同国务院去办公，故意把总统府腾出来，加以修缮，让给孙中山居住。
孙中山因路途劳累，原准备在第二天会见袁世凯。但袁当晚就派人邀见，并举行晚宴欢迎。孙中山去铁狮子胡同总统府时，袁世凯早迎于厅下，互相礼毕，手拉手来到大厅。在晚宴上，袁世凯亲自执盏于孙中山，致词道：
我盼望先生与克强久矣，今克强未与同行，未及共聆伟论，深引为憾，所幸先生惠然肯来，殊为欣慰。刻下时事日非，边警迭至，世凯识薄能浅，深望先生有以教我，以固邦基，世凯忝负国民付托，谨代表四万万同胞，求赐宏论，以匡不逮。财政、外交，甚为棘手，尤望先生不时匡助。
孙中山见袁世凯如此说，便道：“文久居海外，于国内情形或有未尽详悉之处，如有所知，自当贡献。惟自军兴以来，各处商务凋敝，民不聊生，金融滞塞，为患甚巨，挽救之术，惟有兴办实业，注意拓殖，然皆恃交通为发达之媒介，故当赶筑全国铁路，尚望大总统力为赞助，早日筑成，则我民国前途受惠实多。”
袁世凯忙道：“极是，极是！”
孙中山原只准备作短时间的拜会，但同袁晤谈后，即“欢若平生，恨相见晚”，即留驻府中与袁畅论时事，至夜半犹未辍谈。
次日，孙中山宣布自己北上的宗旨和政见7条：（1）男女平权。（2）大铁道计划。（3）尊重议院。（4）南北不可分离。（5）大局急求统一。（6）报界宜造成健全政论。（7）决不居政界，惟愿作自由国民。
袁世凯为了表示竭诚招待孙中山，特派唐在礼和大礼官黄开文在石大人胡同孙中山的行邸照料，并派有侍从多人听从孙中山等人支派使唤。孙中山如公出，即有人安排车马，预洽休憩餐膳之所。袁世凯又特别命令巡警总厅：凡孙先生出入除派马队侍从外，沿途均派军警护卫，并断绝交通。
孙中山每次外出，见途中总无一人，甚为诧异，得知是袁世凯特意安派之后，道：“鄙人虽系退位总统，不过国民一分子，若如此尊严，既非所以开诚见心，且受之甚觉不安，应即将随从马队及沿途军警一律撤去，俾得出入自由。如大总统坚执不肯，则鄙人小住1、2日即他去矣！”
袁世凯得知孙中山心思，忙将军警撤除。
孙中山住在袁世凯的总统府，石大人胡同一时车水马龙，前往谒孙的人很多，有新旧政府成员，有前清遗老，有广东同乡，有日本人，有新闻记者。孙中山应酬不暇。
28日，袁世凯举行盛大宴会欢迎孙中山，并邀请各部总长、各高级军官，参议院议长吴景濂、总统府秘书长梁士诒，及孙毓筠、沈秉坤、章太炎、王赓、孙武、宋教仁、张绍曾，还有诸满蒙王公作陪。席间，袁世凯致欢迎词，道：
“孙先生游历海外20余年，此次来与我所商者，大有造于民国前途。……先是谣传南北有种种意见，今见孙先生来京，与我谈者极其诚恳，可见前此谣传尽属误会，民国由此益加巩固，此最可欢迎之事。”
袁世凯举酒向孙中山致敬，并高呼：“中山先生万岁！”孙中山也起立作答：“今日承大总统特开宴会，备极嘉许，实深感谢。”他称赞袁世凯“富于政治经验，善于练兵，担任国事，可为中国得人庆”。孙中山高呼：“袁大总统万岁！中华民国万岁！五大民族万岁！”
宴后，袁世凯同孙中山就国内外重大问题举行秘密会议。
由于孙中山在北上前就认为，中国无论由何人来执政，都不能有所作为。因为国力日竭，外患日逼，现实的政治状况犹如一团乱麻，谁也一时难以措手足，如果只从党争下手，结果反而会越搞越乱，难以解决问题。现在既已让位给袁世凯，就应该努力去疏通南北感情，融和党见，支持他推行利国福民的政策，争取有一个较安定的环境，有利于发展实业，使民生充裕，国势不摇，从根本上解决国弱民困的问题。他对袁世凯失去警惕。来京后，袁世凯表面上又对他极为尊重，孙缺乏同袁世凯这样的人物打交道的经验，很容易受袁世凯的欺骗。袁世凯在张、方事件后，很需要孙中山的支持，来稳定革命党人的不满情绪，因而表现出极其尊重孙中山。他们俩人这才相互高呼“万岁”来。
孙中山与袁世凯初次晤谈后，就向自己的同志表示：“袁总统可与为善，绝无不忠民国之意。国民对袁总统万不可存猜疑心，妄肆攻讦，使彼此诚意不孚，一事不可办，转至激迫总统为恶。”
29日，孙中山致电黄兴说：“到京以后，项城接谈两次。关于实业各节，彼亦向有计划，大致不甚相远。至国防、外交，所见亦略同。以弟所见，项城实陷于可悲之境遇，绝无可疑之余地。张振武一案，实迫于黎之急电，不能不照办，中央处于危疑之境，非将顺无以副黎之望，则南北更难统一，致一时不察，竟以至此。自弟到此以来，大消北方之意见。兄当速到，则南方风潮亦止息，统一当有圆满之结果。千万先来此一行，然后赴湘。”
袁世凯为了巩固他的统治，像盼孙中山一样，也盼黄兴能北上，他坚请孙中山特电黄兴即日来京商议要政。孙中山致黄兴的电报，就是应袁的请求发出的。
黄兴在孙中山的敦促下，于9月5日率陈其美、李书城、张孝准、徐少秋等10余人，乘铭新轮离沪北上。
9月7日，黄兴还在途中，袁世凯就颁令授黄兴为陆军上将，同时授上将衔的还有黎元洪和段祺瑞。
黄兴抵京后上书辞谢，袁又批复说：“该前留守奔走国是20年，提倡共和，改革政体，热心毅力，百折不回，出死入生，坚苦卓绝，凡我经历，中外咸知。……事经国务会议，金谓该前留守名冠军界，众论翕然，所谓收回成命，碍难照准。”
议会外，谴责政府的活动颇为激烈。黄兴于18日、20日连续电袁，指出黎电中所述“张、方罪状，语极含混。凡有法律之国无论何级长官，均不能于法外擅为生杀，而黎竟不据法律上手续，率请立予正法，以快私心，致使群情激动，外人轻视，民国基础，愈形危险”。他对共和前途，表示忧虑。同盟会本部于8月22日发布开除黎元洪的启事。启事指斥黎元洪暴戾恣睢，擅杀元勋，破坏约法，摇动民国，人神共愤，决定革去黎元洪本会协理，并除名，嗣后，同盟会与黎元洪断决关系。
其他各政党、社团以及知名人士，也对袁、黎表示极大义愤。黎元洪任社长的东西大同社，也以黎为“共和之敌”，与黎脱离关系，将社名改为大同公社，拥戴黄兴为社长。黄兴婉言谢绝。
袁世凯杀张、方的主要目的是离间黎元洪与革命党人的关系，使其失去革命党人的拥护，成为孤家寡人，以便为己所用，直至黎成为千夫所指的过街老鼠。黎元洪知被袁所卖些没有意义的伪命题组成的，只能引起无休止的争论，因此，甚为尴尬，以至气喘旧痰复发，咯血时，精神颇觉不支。于是，亟通电自白。19日发出通电，开列张振武“十大罪状”，21日再次通电，电文长达2000余字，把“十大罪状”扩充至“十五大罪状”。黎元洪极尽罗织之能事，无限上纲，把张振武描写成十恶不赦、死有余辜的罪犯，以平息社会舆论，求得对自己的谅解，但全部“罪状”无一证据。黎元洪还列举了不得不采取特殊手段假手袁世凯将张、方杀于北京的“理由”，以诉自己“苦衷”。他说：
“元洪数日以来，踌躇再四，爱功忧乱，五内交萦，柔肠九回，慈心百结。宁我负振武，无振武负湖北；宁受负振武罪，无受负天下罪。臂疗身，决蹯卫命，冒刑除患，实所甘心。”
黎元洪还假惺惺地自认三罪：一罪自己驭将才疏，造成武汉动乱不已，致使商民流离，市廛凋瘵；二罪自己本与张振武相从患难，情同骨肉，乃因不善调理，竟使首义之士，堕为罪魁，心怀惭德，愧对振武；三罪国基甫定，法权未张，乃有杀张之事，以致险象环生，祸机密切，快一邦黎庶之心，解天下勋庸之体。自时厥后，定当退避贤路，伫待严谴。黎元洪保证对张优加抚恤：赡其母，使终年，养其子，使成立。派专员迎柩归籍，乞饬沿途妥为保护。俟灵柩到鄂，元洪当开会追悼，亲往祭奠，以安哀魂。
黎元洪还致电袁世凯，正式提出辞参谋总长及鄂军都督职，又向参议院辞副总统职。
黎元洪是否真的认错，放下屠刀，立地成佛了呢？不是，恰恰相反，黎元洪凶相毕露地又对湖北革命党人进行镇压。
张、方被杀的消息传到湖北，鄂人士甚震骇，军人尤不平。谣言四起，黎令武昌戒严益甚。各界人士群情愤激，莫可名状，黎竭尽全力削弱革命党人力量，首先派亲信部队将张、方统率的将校团包围，令即日缴械退伍，实即遣散。又召集军界人员在都督府开会，强词夺理地说，杀张振武，实出于万不得已。元凶既除，余党自解。此后我军人务宜和衷，同御外侮，不可再存党见。
黎元洪下令解散张振武所设军务司卫队和屯垦事务所，即连张振武创办的民国男、女公校也下令取缔，后经教育司力争，才决定将两所学校收归公办。黎元洪加派军警巡逻市街，缇骑四出，暗探密布，都督府周围长期处于戒严状态。黎谕令汉口电报局总办孙发绪：“凡有关系之电，概行扣下，不为代送。凡交鄂报馆来去访函至汉口邮局，均派人检查拆阅。”
谴责黎、袁的电函无法从武汉发出。
黎元洪得悉参议院要弹劾自己，非常紧张，连忙策划对付手段。他采纳饶汉祥献计：“假用鄂军人联名挽留为要挟地步，又用商会、教育会名义，电责参议院不应弹劾，恐摇动大局。”于是，湖北全体旅以上军官、各级军事学校校长、都督府军事顾问，以第1师师长黎本唐领衔，在黎元洪提出辞职的第2天发表通电（梗电），对民社派参议员提出的质问书进行了逐条驳斥，为黎元洪辩解。未过一日，湖北军界再次气势汹汹地发出通电，语气尤为激烈，点名痛骂刘成禺、张伯烈等，说他们“混乱是非，颠倒黑白，违反人民意思，亵渎副总统威严，是为丧心病狂，玷辱祖宗”。还威胁说：“参议员如必欲弹劾，请将梗电所驳各款限于电到24点钟内逐一答复，同人如有一字之误，刀锯斧钺，悉加同人；贵议员如有一字之诬，刀锯斧钺亦必当有受之者。”
在黎元洪及其亲信的煽动下，又有湖北教育总会、商会，武昌、夏口、汉阳议会，以及“湖北保安社绅耆暨全体士民”、“旅沪鄂人”等，也纷纷致电北京，斥责参议员，挽留黎元洪。稍后，鄂省议会也致电北京。这些电文，均系黎元洪左右舞文弄墨者所为，那军界之恐吓电，更开武人干涉议会之恶例，为此激起参议院和舆论界的不满。
黎元洪作贼心虚，连忙致电袁世凯，说是“军界通电，措词激烈，元洪往阻无及，索稿未获，深为惶歉。伏念元洪于振武案办理委曲，未能事先遍晓，致启诘问，故谨请失察之罪，临颖彷徨，泪随电堕”。黎怂恿军界攻击参议院，又自请“失察之罪”，可见其已捉襟见肘，黔驴技穷。
黎元洪的这些活动，确实发生了作用。参议员们害怕动乱，袁世凯除亲自接见湖北议员外，又暗中运动共和党的非民社派议员，要他们说服民社派议员不要再坚持弹劾政府，一旦弹劾无效，则参议院必出于解散之途，而大局为之动摇。稍后，袁世凯命参谋部次长陈宦、陆军部次长蒋作宾、海军部次长汤芗铭等宴请民社派议员，劝其勿迷于张振武私情，而与政府为难，即要求他们放弃弹劾案。民社派议员终于软化。为了保全面子，他们只是没有公开撤回弹劾案，而是消沉下去。
到了22日下午，参议院经过辩论表决，赞成弹劾陆征祥、段祺瑞者为多数，于是弹劾陆、段案得以成立，并举定由张伯烈、时功玖、刘成禺等为起草员。但是由于袁、黎收买和串连参议员不出席会议，使到会议员达不到法定人数，使弹劾案不能成立。28日，拖延了1个星期的弹劾案，终于提交参议院。弹劾案由张伯烈、刘成禺、时功玖、郑万瞻4人提出，同盟会籍参议员陈家鼎、覃振、刘彦、彭允彝、欧阳振声、卢士模、周珏、殷汝骊8人连署。该案仅把袁世凯不经审判，捕杀张振武、方维的违法举动，归罪于陆征祥和段祺瑞的“辅佐乘谬”，“陷临时大总统于违法地位”，要求临时大总统依约法将陆、段即予免职。与此同时，同盟会籍议员刘星楠提出《咨请政府查办参谋长黎元洪违法案》，指控黎元洪恃有全国军事上之大权在握，对张振武、方维不依法手续，坚持其就地正法之蛮横办法，屡电北京，强陆军部以必行，为破坏约法，背叛民国之元恶大憝，咨请政府严行查办。这两个避重就轻均未涉及黎、袁互相勾结狼狈为奸杀害张、方的提案，袁世凯和参议院中拥袁、黎参议员，仍千方百计加以破坏。弹劾陆、段案未能通过。
革命党人遂将斗争重点放在查办黎元洪身上，认为张、方一案，黎元洪假手袁世凯泄其夙愤，破坏约法，杀戮首功之罪在黎不在袁，此案黎为造因生祸者，袁为黎连带，而陆、段当代负其责者也。故陆、段可递咨减罪，而黎元洪则万不可不问。黎元洪杀张、方非以参谋长电杀之，乃以鄂督电杀之，乃改查办鄂都督案，举陈家鼎起草。
但查办黎元洪案同样遭到袁、黎势力的反对，他们出于共同的打击革命党人的立场，出来袒护黎元洪。9月3日，陈家鼎提出了查办鄂督黎元洪案，连署20余人，列出交参议院。拖延到9月13日，陈家鼎始得在会上报告，列举黎元洪十大罪状，要求讨论通过。十大罪状从杀祝制六等到封闭《大江报》，通缉何海鸣、凌大同，逼走王宪章、杨玉如，到杀张振武、方维，以及外云军民分治，内实大权独揽，滥用刑讯，唆使鄂军界干涉政治等问题均涉及到，虽然也是从法律角度提出问题，但接触到了黎屠杀革命党人的政治问题，说明了黎杀张、方非出于偶然违法，而出于敌视革命党人的一贯立场。
报告甫毕，刘崇佑、刘国珍等大声反对，不待议长宣布散会，纷言延会而去。至此，参议院中环绕着张、方事件的所谓弹劾与查办也就不了了之。但黎元洪在革命党人的声讨下，不得不为张振武开追悼会。他亲往致祭，并致挽联：“为国家缔造艰难，功首罪魁，后世自有定论，幸天地鉴临上下，私情公义，此心不负故人。”
“杀戮首功之罪在黎不在袁”的认识，与同盟会领袖孙中山的态度有关。张、方被杀前，袁已多次邀请孙中山、黄兴北上，面商国是，调停党争。16日，张、方被杀，大多数革命党人都反对孙中山北上，他们认为“此等现象，一若并非真共和，殊形危险”。于是，众人力劝孙中山、黄兴不要轻入虎穴。同时，河南、安徽、广东等省也纷纷致电孙中山与黄兴，力阻他们只身进京，误入圈套。但是，孙中山对众人道：
“无论如何不失信于袁总统，且他人皆谓袁不可靠，我则以为袁可靠，必欲一试吾目光。”
对于进京与否，黄兴也有所犹豫，于是，孙中山也劝黄兴暂止其行，以防突然。黄兴正踟蹰时，仆人乘机把他的行李搬回家。孙中山从上海同孚路黄兴的寓所起程，在袁世凯的迎孙专使张昉、程克陪同下，登上商局的“平安”号轮船。与孙中山同行的有其夫人卢慕贞、秘书宋霭龄，还有魏宸组、居正、王君复等10余人。
在码头上，欢送孙中山的中外记者、各界人士，人山人海，他们团团将孙中山围住，并一再劝他不要贸然进京：“公世界伟人，历经险阻，岂怯于民国成立之后，惟此行以有益无益为断。观北方情形，似即行亦无大裨益。”
但孙中山早已把个人安危置之度外，仍然决意北上。于是，送行的人。有人神情黯然，有人痛泣。孙中山一再向人们解释，让人们相信袁大总统，并声明他这次进京，主要是想帮助袁世凯当好民国总统，解决好迁都、治政、建军等一系列大事，并能一心一意搞些实业，改造中国。
在送行的人群中，有一美丽、年轻的女子，随着孙中山一行混上安平号轮。在安平轮上，她趁人不注意，把孙中山请进一间船室内，尔后关上门，正当孙中山愕然之际，她掏出一把寒光阴森的尖刀，道：
“先生是国民代表，共和坚城，必欲投身虎穴，我誓死反对！”
那年轻女子说着，便举刀刎颈。孙中山见是个女志士，慌忙拦住，从她手里夺过尖刀，掷于地上，然后慰言再三，劝止百般，那女志士才肯下了安平轮，怏怏而去。
8月18日下午，“安平”号轮在“海琛”号巡洋舰的护送下，载着孙中山一行从上海启程，去北京会见袁世凯。22日下午，“安平”号轮抵天津，孙中山在袁世凯的代表、教育总长范源濂、工商总长刘揆一等北京专员的陪同下，乘专列离开天津去北京。
袁世凯以欢迎元首的礼遇进行隆重的欢迎。孙中山来到北京，袁世凯将自己的专用的金漆朱轮双马车，饰以黄缎，供孙中山使用。
孙中山下了专列，只见北京站欢迎牌坊耸立，军警如林，政府各部总长、议员、工商界、学界、报界、外宾都来迎接。由于北京市民早就期望看看这位革命领袖，加上袁世凯有意隆重接待，欢迎群众达数万人。孙中山举帽从人丛中穿过，频频向人们致意、然后乘袁世凯的双马车由正阳门入城，进中华门。孙中山的马车前呼后拥，沿途军警林立，军警背后便是人山人海。孙中山在代理内务总长赵智庵等政府官员的陪同下，来到石大人胡同外交大楼下榻。
袁世凯命令对孙中山的接待仪式要十分隆重，供奉要十分丰盛。袁世凯为接待孙中山来京，筹划甚久，用心颇深。他把孙中山的馆舍选择在石大人胡同外交大楼，即袁世凯的总统府，这里建筑既宽敞轩朗，铺陈亦富丽堂皇，还便于警卫，而他自己却搬到铁狮子胡同国务院去办公，故意把总统府腾出来，加以修缮，让给孙中山居住。
孙中山因路途劳累，原准备在第二天会见袁世凯。但袁当晚就派人邀见，并举行晚宴欢迎。孙中山去铁狮子胡同总统府时，袁世凯早迎于厅下，互相礼毕，手拉手来到大厅。在晚宴上，袁世凯亲自执盏于孙中山，致词道：
我盼望先生与克强久矣，今克强未与同行，未及共聆伟论，深引为憾，所幸先生惠然肯来，殊为欣慰。刻下时事日非，边警迭至，世凯识薄能浅，深望先生有以教我，以固邦基，世凯忝负国民付托，谨代表四万万同胞，求赐宏论，以匡不逮。财政、外交，甚为棘手，尤望先生不时匡助。
孙中山见袁世凯如此说，便道：“文久居海外，于国内情形或有未尽详悉之处，如有所知，自当贡献。惟自军兴以来，各处商务凋敝，民不聊生，金融滞塞，为患甚巨，挽救之术，惟有兴办实业，注意拓殖，然皆恃交通为发达之媒介，故当赶筑全国铁路，尚望大总统力为赞助，早日筑成，则我民国前途受惠实多。”
袁世凯忙道：“极是，极是！”
孙中山原只准备作短时间的拜会，但同袁晤谈后，即“欢若平生，恨相见晚”，即留驻府中与袁畅论时事，至夜半犹未辍谈。
次日，孙中山宣布自己北上的宗旨和政见7条：（1）男女平权。（2）大铁道计划。（3）尊重议院。（4）南北不可分离。（5）大局急求统一。（6）报界宜造成健全政论。（7）决不居政界，惟愿作自由国民。
袁世凯为了表示竭诚招待孙中山，特派唐在礼和大礼官黄开文在石大人胡同孙中山的行邸照料，并派有侍从多人听从孙中山等人支派使唤。孙中山如公出，即有人安排车马，预洽休憩餐膳之所。袁世凯又特别命令巡警总厅：凡孙先生出入除派马队侍从外，沿途均派军警护卫，并断绝交通。
孙中山每次外出，见途中总无一人，甚为诧异，得知是袁世凯特意安派之后，道：“鄙人虽系退位总统，不过国民一分子，若如此尊严，既非所以开诚见心，且受之甚觉不安，应即将随从马队及沿途军警一律撤去，俾得出入自由。如大总统坚执不肯，则鄙人小住1、2日即他去矣！”
袁世凯得知孙中山心思，忙将军警撤除。
孙中山住在袁世凯的总统府，石大人胡同一时车水马龙，前往谒孙的人很多，有新旧政府成员，有前清遗老，有广东同乡，有日本人，有新闻记者。孙中山应酬不暇。
28日，袁世凯举行盛大宴会欢迎孙中山，并邀请各部总长、各高级军官，参议院议长吴景濂、总统府秘书长梁士诒，及孙毓筠、沈秉坤、章太炎、王赓、孙武、宋教仁、张绍曾，还有诸满蒙王公作陪。席间，袁世凯致欢迎词，道：
“孙先生游历海外20余年，此次来与我所商者，大有造于民国前途。……先是谣传南北有种种意见，今见孙先生来京，与我谈者极其诚恳，可见前此谣传尽属误会，民国由此益加巩固，此最可欢迎之事。”
袁世凯举酒向孙中山致敬，并高呼：“中山先生万岁！”孙中山也起立作答：“今日承大总统特开宴会，备极嘉许，实深感谢。”他称赞袁世凯“富于政治经验，善于练兵，担任国事，可为中国得人庆”。孙中山高呼：“袁大总统万岁！中华民国万岁！五大民族万岁！”
宴后，袁世凯同孙中山就国内外重大问题举行秘密会议。
由于孙中山在北上前就认为，中国无论由何人来执政，都不能有所作为。因为国力日竭，外患日逼，现实的政治状况犹如一团乱麻，谁也一时难以措手足，如果只从党争下手，结果反而会越搞越乱，难以解决问题。现在既已让位给袁世凯，就应该努力去疏通南北感情，融和党见，支持他推行利国福民的政策，争取有一个较安定的环境，有利于发展实业，使民生充裕，国势不摇，从根本上解决国弱民困的问题。他对袁世凯失去警惕。来京后，袁世凯表面上又对他极为尊重，孙缺乏同袁世凯这样的人物打交道的经验，很容易受袁世凯的欺骗。袁世凯在张、方事件后，很需要孙中山的支持，来稳定革命党人的不满情绪，因而表现出极其尊重孙中山。他们俩人这才相互高呼“万岁”来。
孙中山与袁世凯初次晤谈后，就向自己的同志表示：“袁总统可与为善，绝无不忠民国之意。国民对袁总统万不可存猜疑心，妄肆攻讦，使彼此诚意不孚，一事不可办，转至激迫总统为恶。”
29日，孙中山致电黄兴说：“到京以后，项城接谈两次。关于实业各节，彼亦向有计划，大致不甚相远。至国防、外交，所见亦略同。以弟所见，项城实陷于可悲之境遇，绝无可疑之余地。张振武一案，实迫于黎之急电，不能不照办，中央处于危疑之境，非将顺无以副黎之望，则南北更难统一，致一时不察，竟以至此。自弟到此以来，大消北方之意见。兄当速到，则南方风潮亦止息，统一当有圆满之结果。千万先来此一行，然后赴湘。”
袁世凯为了巩固他的统治，像盼孙中山一样，也盼黄兴能北上，他坚请孙中山特电黄兴即日来京商议要政。孙中山致黄兴的电报，就是应袁的请求发出的。
黄兴在孙中山的敦促下，于9月5日率陈其美、李书城、张孝准、徐少秋等10余人，乘铭新轮离沪北上。
9月7日，黄兴还在途中，袁世凯就颁令授黄兴为陆军上将，同时授上将衔的还有黎元洪和段祺瑞。
黄兴抵京后上书辞谢，袁又批复说：“该前留守奔走国是20年，提倡共和，改革政体，热心毅力，百折不回，出死入生，坚苦卓绝，凡我经历，中外咸知。……事经国务会议，金谓该前留守名冠军界，众论翕然，所谓收回成命，碍难照准。”
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