“公民团”事件发生后，全国舆论大哗，孙中山、唐绍仪、岑春煊、章太炎均致电黎元洪，要求严惩暴徒。阁员伍廷芳、谷钟秀、张耀曾、程璧光等在阁议席上提议内阁全体辞职，段祺瑞置若罔闻。于是，阁员自行辞职。内阁原来人就不齐，这下就剩下段祺瑞和范源濂两人，而范又一直请假，实际上只有段一人在国务院办公。其实无公可办，北京政府陷于瘫痪，国会拒不议事，惟督军团大为活跃，大有包揽一切之势。
冯国璋致电北京政府，对“公民团”包围国会事件不满，斥其为法律外之行动，这是北洋派内冯氏直系军阀第一次与段氏皖系军阀不合作的表现。冯国璋和西南各省把督军团内的代表撤回。
督军团一看国会拒不通过对德宣战，便呈请黎元洪解散国会。黎元洪大怒，斥道：“简直是军人乱国。”恰巧国会呈请黎元洪免去段祺瑞的内阁总理兼陆军部长职务。于是，黎元洪便通电各省，免去段祺瑞国务总理兼陆军总长职务，以伍廷芳为代总理；任命王士珍暂代陆军总长。
段祺瑞和督军团岂肯罢休？经过一番密议，决定前往天津进行活动。不但要解散国会，还要驱走黎元洪。段发表通电称：总统发布命令，按约法规定，必须有总理副署方可生效。而黎元洪的命令嵌入说德国经验批判主义者阿芬那留斯用来反对反映论，我段某未签署，因而无效。
段祺瑞的通电发表后，倪嗣冲立即宣布安徽独立。接着，河南、浙江、山东、山西、福建、陕西、奉天等省也纷纷宣告独立。不承认黎元洪免段祺瑞的命令。段祺瑞在天津成立了独立各省总统参谋处，以帝制要犯雷振春为总参谋长。
形势陡变，吓得黎元洪惶惶不可终日。他没有什么新招数，仍是一味地恳请北洋派元老徐世昌出来组阁，圆滑的徐世昌却坚辞不就。黎元洪又找王士珍，王则以曾劝黎辞职为嫌回绝。黎又请李经羲出来组阁，李经羲吓得躲在天津租界不敢出来。
黎元洪正在无计可施之时，一直保持沉默的张勋突然打来电报，表示愿进京调停。黎元洪喜出望外，立即复电张勋进京，并派出专车到徐州迎接张勋。
黎元洪没有料到，张勋是以进京调停为名，要清室复辟。他接到复电，哈哈大笑。心想，黎元洪既然已经撤了段祺瑞，我再利用督军团赶走黎元洪，岂不就可以在北京扶幼主登基，恢复大清朝了吗？
6月6日，张勋立刻带领5000辫子军，坐火车直奔天津。黎元洪听到这个消息，莫名其妙：我让他来调停，他怎么带着大队人马来了？黎元洪立即派秘书长夏寿康到天津拜会张勋，弄清原委。
夏寿康来到天津和张勋见面后，说：“我奉总统之命，前来接您。但是总统一再嘱咐，请你简从入京。”
张勋听罢，一拍桌案：“简从入京？哼！你回去告诉黎大总统，我进京调停的条件是：限3日内解散国会，否则，休怪我不负调停之责。”
西南六省纷纷表示反对倪嗣冲等独立各省军阀。孙中山于6月6日与章太炎发表联合通电，指斥倪嗣冲宣布独立为“叛逆”行为，并电促西南六省兴师讨逆。岑春煊与李烈钧自沪电粤，请即发兵讨逆。国民党系的海军总长程璧光通电各省取消独立，又与海军上将萨镇冰联名电告黎元洪：“海军全体拥护中央，惟总统之命是从。”两广巡阅使陆荣廷联络滇、黔、粤、桂四省，共谋防卫，保障东南，拥护中央。李烈钧自上海来到广东，拟联合西南各省，出师北伐，保障共和。李烈钧又与广东督军陈炳焜、广西督军谭浩明联名发表通电，发起西南六省联盟，倡议公推陆荣廷为盟主，保卫约法，拥护共和，表示“一息尚存，决难坐视，只有效命，以求最后之解决”。在李烈钧的推动下，粤省已经制定了分三路北伐的计划。云南督军唐继尧也通电西南各省，建议在广州组织临时政府，遥戴黎元洪为大总统。
但西南六省军阀，只限于口诛笔伐，并不打算真的出兵北伐，只有李烈钧和少数军官是真诚响应孙中山的号召，誓师北伐，保卫共和制度。他们人少力单，左右不了西南大局。
黎元洪决定解散国会，拟好命令，邀代理国务总理伍廷芳入公府副署。伍坚决不肯，道：“余法学士也，余未见宪法许总统解散国会。余决不与闻此举，宁死不从！”
黎派人去天津请李经羲副署，李答道：“我既未就职，更说不到副署。”再谦请段祺瑞副署，段拒不接见。
张勋的辫子军的先头部队已开进了北京的天坛和先农坛。张勋所限3日已快到。王士珍见解散国会命令无人副署，张勋一旦翻脸，岂不大祸临头！于是收拾行装拟逃出北京。黎元洪闻讯，立即派江朝宗等奔赴王宅劝阻，王才未能脱身。
黎见距张勋所给时限还剩下几个小时，立即连夜召集会议。公府中空气凝固得似乎就要爆炸，忽有一人提议以步军统领江朝宗代理国务总理，江根本不是国务员，无人异议，江竟义形于色地慨然允诺，道：
“我牺牲一身，替大总统担些干系吧！”
于是，黎元洪绝处逢生，一连发了准免伍廷芳代国务总理职、任命江朝宗代理国务总理、解散国会三道命令。
避难到上海的国会议员不承认黎元洪的命令，他们联名通电说：“解散国会之命令，既总统、总理自认违法，当然无效。”
6月14日，张勋带着李经羲、张镇芳、段芝贵、雷震春、万绳权从天津乘火车直达北京。
张勋率兵入京后，以北京政府“新主人”的姿态劝各省取消独立。6月16日，张勋换上清朝全套官服，陛见清室。
清皇帝仍居住在紫禁城内，保留着小朝廷的格局。13岁的逊帝溥仪听说张求见，师傅陈宝琛给他换上朝服，并把他引到养心殿，他在那里召见了张勋。
张勋诚惶诚恐地行跪拜大礼，赞颂溥仪如何圣明。溥仪大大地夸奖了张勋几句，赐给张勋不少珍藏的古玩字画。张勋跪拜出宫。
康有为从上海化装进京。张勋赶紧上前连连施礼：“康老夫子，远道而来，一路辛苦了。”
康有为是维新之后的保皇党领袖，念念不忘皇恩浩荡。张勋和康有为可谓臭味相投，他们的联系也是由来已久。张勋在徐州时就已经让万绳栻通知在上海的康有为，要他准备溥仪复辟的诏书。
康有为把写好的诏书交给张勋，俩人又密谈了良久。
诸事安排停当，张勋、陈宝琛、刘廷琛、张镇芳、雷震春等人于6月30日晚，鼠窃狗偷般溜进清宫，参加“御前会议”，决定当晚发动政变。深夜，张勋派辫子军占据车站、邮局等要地。
7月1日凌晨4时，张勋指派梁鼎芬为清室代表，王士珍、江朝宗为民国代表，李庆璋为张勋个人代表，同到公府逼迫黎元洪退位，令其在已拟好的“奉还大政”的奏折上签名盖印。
黎元洪震怒，眼睛直视王士珍骂道：“毫无心肝，背叛民国。”又厉声对梁鼎芬说：“民国系国民公有之物，余受国民付托之重，退位一举，当以全国公民之意为从违，与个人毫无关系。君欲尽忠清室，当为清室计万全，复辟以后，余对清室即不负治安责任。”
一直交涉了两个小时，黎誓死不从，6时许，梁鼎芬等出公府。15时，王士珍、江朝宗、吴炳湘3人再入公府，要求总统退位，还政清室。黎元洪正颜厉色道：
“当问国民，余不能私相受授”。
这一天，张勋身穿朝服，率文武官员300余人拥入清宫，跪奏自己“代表22省军民真意，恭请我皇上收回政权。”
溥仪按照师傅的嘱咐，先推辞一番：“不行不行。我年纪尚轻，无才无德，难当大任。”
张勋领着众人一再磕头恳求，溥仪点了点头：“既然如此，我就勉为其难吧。”
溥仪被捧上皇位，即发布复辟诏书。
张勋和康有为文武两圣以宣统名义，张勋副署，盖上“御玺”一连发了19道伪谕，宣布废除民国纪年，改用宣统年号，捏造黎元洪“奏还大政”之奏折，并大肆封赏，封张勋为忠勇亲王、黎为一等公等。整个北京一律悬挂龙旗。
黎元洪坚决反对张勋复辟，写了一道起用段祺瑞为国务总理的命令，责成他起兵讨逆。又电请冯国璋副总统依法代行总统职权。
张勋逆历史潮流而动，他复辟清室，只有短短的12天，终于成为历史小丑。
段祺瑞在天津接到黎元洪重新任命他为国务院总理的命令后，东山再起的机会来了。他立即策动驻天津马厂的第8师师长李长泰和驻廊坊的第16混成旅旅长冯玉祥，及驻保定的曹锟等部组织讨逆军，自称讨逆总司令。
可巧，前司法部长梁启超也来到天津，运动段祺瑞讨逆，两人一拍即合。段祺瑞与众位将领商定进兵事宜后，又嘱梁启超代拟讨逆檄文。这时，冯国璋发来电报，愿与段祺瑞联合讨逆。于是，两人共同署名，发一通电，数张勋八大罪状。
段祺瑞设讨逆军总司令部于天津造币厂，任命曹锟为东路讨逆军司令，段芝责为西路讨逆军司令，吴佩孚为前敌总司令。冯国璋又任命倪嗣冲为南路讨逆军总司令，并下令褫夺了张勋两江巡阅使和安徽督军的职务。
讨逆军兵分三路攻京城。张勋决心要背城一战，可是那些复辟派大臣却都担心害怕。他们知道张勋的辫子兵只有5000人，而且战斗力差，不堪一击。张镇芳、雷震春、冯德麟3人见此，出京逃生，统统被讨逆军截住拿下，就是康有为、万绳鲊也准备逃走，背张勋而去。
7月12日凌晨，只听见北京城外“轰轰轰”，炮声连天。炮声响，辫子军闻风丧胆。张勋指挥3000辫子兵集结在天坛一带，讨逆军攻进城后，在天坛一带和辫子兵交战。张军寡不敌众，双方刚一交锋，辫子兵立刻就土崩瓦解、举旗投降。张勋一看大事不好，骑上一匹快马，直奔南河沿自己的公馆，带着家眷跑到荷兰使馆，自己躲了起来，托人把家眷送进德国医院。
至此，讨逆战争结束，从7月6日至12日，历时6天，辫子军被打死者仅70余人，讨逆军战死20余人。
溥仪于7月12日宣布退位，复辟闹剧就此收场。
7月14日，段祺瑞以“再造共和”的功臣姿态回到北京，北京欢迎总理者，何等火炽！段一进北京，立即谒见黎元洪，表示慰问，并下令缉拿民国叛逆张勋、康有为、万绳栻等人。
黎元洪立即发表通电宣布自己要去天津养病，从此以后，隐居家园，不再过问政治。
黎元洪去职，冯国璋带领1师兵力任代理大总统。冯任命亲信将领李纯调任江苏督军，陈光远调任江西督军，作为树援。段祺瑞提出傅良佐出任湖南督军，请冯任命。傅乃段氏弟子，使他督湘，一是据住长江中枢，抵制李陈；二是控制岭南一带，抵制滇粤。冯为直隶人，称直系军阀，段是安徽人，称皖系军阀。直皖军阀为争夺权力又开始斗法。
段祺瑞在梁启超的协助下，国务院顺利地通过了对德宣战。所谓对德宣战，并不是要真的出兵参战，而是以参战为名向日本借款。用大借外债充作军饷，扩充实力，实行武装统一。
财政总长梁启超颇为段祺瑞卖力，他见段对旧国会耿耿于怀，深不愿旧国会之恢复，在旧国会已解散、新国会尚未成立之际，建议召集临时参议院代行国会职权。这个建议深合段意。于是，国务院在致各省的敬电中说，国会业经解散，断无重新召集之理，有参议院行使立法职权，那无异于国会之存在。
段祺瑞不以民主选举而由地方当局指定临时参议院议员的手段，造成一个由他个人控制的临时立法机关。这一做法，受到孙中山和西南各省军阀的反对，形成了护法斗争。
孙中山在袁世凯死后，抱着息事宁人的态度，表示愿与段祺瑞合作，特派中华革命党人萧萱和叶夏声到北京，征询段对处理反袁战争善后问题的意见，并主动提出收束中华革命党的军队。与此同时，孙中山电令国内各地中华革命军罢兵息战，实现国内和平，一切俟法律解决。他分别致电山东的居正和广东的朱执信说：“袁死政局一变，我宜按兵勿动，候商黎大总统解决。”孙中山确定了“召开国会”、“息纷争，事建设”、“固国体”的方针。
国会在北京恢复后，黎元洪电请孙中山北上，并聘请孙中山为高等顾问，孙辞谢。孙中山对全党宣示今后方针曰：“约法既复，黎总统为依法继承之人，故相劝罢兵，示仗义者非为权利而动，至今后对于政府、国民监督指导，则其责任有不容逶避者。”
当时，中华革命军分布在山东、福建、广东、四川等省，有一定的实力。中华革命军将领和一些志愿从事反袁的华侨，对孙中山立即结束军事行动并解散革命军队持有异议。但孙中山力排众议，一再发出立即收束的命令。对少数抵触情绪较大的中华革命军将领，孙中山甚至采取了强硬的态度。他电告在山东的中华革命军东北军总司令居正说：“各军如不依令解散，即脱离关系。”对于华侨战士，孙中山则反复劝谕说：“假如今日军队不解散，其数不过10万，华侨队不过千数百人，其力未必能谓之无敌。惟以心力护此共和，则效力远胜于武力。”
孙中山还派廖仲恺、许崇清、蒋介石等人从上海乘轮船赴山东潍县，向中华革命军东北军传达孙中山“罢兵”之意，与居正等人面商军队收束各事。孙中山命夏重民率华侨讨袁敢死先锋队从山东潍县撤往上海徐园。孙中山亲往徐园慰问华侨敢死先锋队全体同志，发表演说，并设宴为归国从军华侨洗尘，以表中华革命党酬谢诸君之热心。
几百名敢死先锋队员需要一笔遣散费，而中华革命党财政部又缺款。孙中山命廖仲恺向各方筹借款项，得南洋烟草公司经理简照南捐助3万元，孙中山又卖掉了自己的那部小汽车，才凑足此数，每人发300元遣散旅费。廖仲恺将加拿大的华侨讨袁敢死队员马湘荐给孙中山作卫士。
在孙中山的督促下，居正等赴济南，与山东督军张怀芝和北京政府代表商定编遣中华革命军东北军事宜。不久，中华革命军东北军在潍县、高密、昌东等地交枪，由北京政府和山东督军派人编遣。
在广东，中华革命军有3个军，数万人。孙中山多次致电朱执信遣散军队。数月间，广东的中华革命军烟消云散，想留在军中学习军事的华侨同志，也被孙中山劝回南洋各埠。
陈炯明的讨逆共和军也被编遣。但陈明炯提出：“个人放弃兵权，部队不能遣散。”他是个久掌军权的人，深知保重军队的重要性。因此，他在交出军队时，谋取隐保军队之策，希望时机到来，再把军队拉出来，树旗立寨。
陈炯明派亲信马育航、钟景棠等人去广州，与广东省省长朱庆澜谈判，以“军中多属粤省退伍军官，略事改编，即成劲旅，较重新征募训练，事半功倍”为理由，要求把讨逆共和军全部改编为正式陆军。朱是北洋派官僚，与桂系军阀素无交往，和南方国民党人却有些交情。而且他初到广东，毫无基础，需要拉拢地方势力，收编军队以巩固自己的地位。陈炯明的要求正好迎合了他的需要。
朱庆澜将讨逆共和军汰弱留强，编为省警卫军20营，归朱庆澜管辖，分兵驻守东江各属。这样，陈炯明部队就借“警卫军”这一合法外衣保存下来，这支部队基本上仍在陈炯明的老部下洪兆麟、罗绍雄、熊略等人的控制下。到后来孙中山在广州组建中华民国军政府时，这支部队成为援闽粤军的基本力量。
在四川、福建的中华革命军，也都结束了军事行动，并相继解散。
不仅中华革命军完全收束，就是中华革命党，也宣布停止活动。孙中山指示中华革命党本部向各地支部发出通告，宣布不仅收束军事，一切党务亦应停止。
孙中山认为执法者已赞成共和，中国已具备了从事和平建设的环境，“破坏既终，建设方始”。孙中山为了向国人表示从事和平建设的决心，宣布从此不再过问国事。这和当时进步党人、国民党稳健派标榜的“不党主义”相仿。
孙中山为了表示与北京政府合作的诚意，接受了黎元洪颁授的大勋位，并在上海寓所举行了正式接受大勋位的仪式。他多次鼓励在上海的国民党议员北上，以便组织一个好国会，制定一部好宪法。他在欢送国会议员北上的茶话会上，向全世界公开提出以“地方自治为建国基础”的政治主张。
国会议员北上后，孙中山游历杭州、绍兴、宁波等地，行踪所至，无不发表讲演，鼓吹地方自治和直接民权。孙中山的这一救国方案，仍是以美国为模式的资产阶级政治制度。他认为，学习美国、瑞士等国家实行地方自治的制度，便能建设真正的共和，使民国名实相符。孙中山的这一设想，并不合中国国情，因为中国没有实行资产阶级民主制度的条件，所谓地方自治，只能是地方军阀割据和专政。
孙中山密切注视着北京“府院之争”的演变和督军团祸乱以及张勋复辟的表演，看到了建立护法政府的必要性和紧迫性。随着国会第二次被解散，中华民国名存实亡。奸贼当权，国家遭殃。而民主政治的历史潮流不可阻挡，国人不能容羿、浞、莽、操之徒窃据大位，时势迫亟，民国不可一日无主。他通电号召两院议员全体南下，自由集会，以存正气，以振国纪。并派刘成禺、符梦松北上欢迎，汪精卫则驻沪招待南下议员。孙中山曾一度考虑以上海为护法根据地。但上海是帝国主义和封建顽固势力集中之地，外交问题十分棘手；那里的政学会分子又是非不辨，不愿与他合作共事，复辟势力的暗流或隐或现，蠢蠢欲动；护法力量很难发展。因此，他毅然放弃上海而选择广东为护法根据地。孙中山在上海几次与海军总长程璧光磋商，希望海军也参加护法行列。
程璧光原是孙中山的朋友，老兴中会会员，即表示愿同孙中山一起护法。
程璧光在6月5日离开北京前，夜访伍廷芳，探询他对时局的看法。伍回答说：“国事至此，若图挽救，非一手一足之烈。孙中山、唐绍议、岑春煊三君虽在野，未尝一日忘国事，现皆居沪。君抵沪，必与计议，国事可为也。”
程璧光于6月9日抵沪，拜会孙中山。孙中山促其即行出师讨逆，勿以经费为虑。23日，孙中山与唐绍仪、岑春煊联名宴请程璧光于上海静安寺路哈同花园。27日，孙中山派人送银行支票30万元给程，以作护法军饷之用。7月4日，程璧光发表讨贼檄文，痛斥张勋复辟的狼子野心，宣称即日出师，挥戈北上。孙中山即在上海召集重要会议，决定率领海军南下广州，建立护法政府。孙中山把西南六省看作是“民国干净土”，认为“默观时势，江河流域已为荆棘之区。惟西南诸省拥护共和，欢迎国会”。张勋在北京复辟期间，广东省长朱庆澜派人到上海邀请孙中山组织军政府，而驻粤滇军将领张开儒也通电主张迁都广州，认为“国都既陷，政无所出。
维今大计，速迁政府，设置地点，广州为宜”。
中华革命党讨袁军事斗争结束后，已停止在华侨中筹款，孙中山决定南下护法时，经济上极为困绌，为了进行护法斗争，孙中山于1917年6月19日以总理名义通告中华革命党海外各支分部，就地恢复筹助军饷等工作。孙中山以个人名义向德国驻上海领事及上海德国犹太人、富商哈同借款140万元，解决南下广州护法的燃眉之急。
7月6日，孙中山偕夫人宋庆龄率海琛、应瑞舰离沪赴粤，章太炎、朱执信、陈炯明等同行。他们于10日抵汕头，13日，孙中山派章太炎先到广州接洽。
7月17日，孙中山等到达虎门，旋改乘江固舰抵黄埔，广东督车陈炳筼、省长朱庆澜等前往江边迎接。
冯国璋致电北京政府，对“公民团”包围国会事件不满，斥其为法律外之行动，这是北洋派内冯氏直系军阀第一次与段氏皖系军阀不合作的表现。冯国璋和西南各省把督军团内的代表撤回。
督军团一看国会拒不通过对德宣战，便呈请黎元洪解散国会。黎元洪大怒，斥道：“简直是军人乱国。”恰巧国会呈请黎元洪免去段祺瑞的内阁总理兼陆军部长职务。于是，黎元洪便通电各省，免去段祺瑞国务总理兼陆军总长职务，以伍廷芳为代总理；任命王士珍暂代陆军总长。
段祺瑞和督军团岂肯罢休？经过一番密议，决定前往天津进行活动。不但要解散国会，还要驱走黎元洪。段发表通电称：总统发布命令，按约法规定，必须有总理副署方可生效。而黎元洪的命令嵌入说德国经验批判主义者阿芬那留斯用来反对反映论，我段某未签署，因而无效。
段祺瑞的通电发表后，倪嗣冲立即宣布安徽独立。接着，河南、浙江、山东、山西、福建、陕西、奉天等省也纷纷宣告独立。不承认黎元洪免段祺瑞的命令。段祺瑞在天津成立了独立各省总统参谋处，以帝制要犯雷振春为总参谋长。
形势陡变，吓得黎元洪惶惶不可终日。他没有什么新招数，仍是一味地恳请北洋派元老徐世昌出来组阁，圆滑的徐世昌却坚辞不就。黎元洪又找王士珍，王则以曾劝黎辞职为嫌回绝。黎又请李经羲出来组阁，李经羲吓得躲在天津租界不敢出来。
黎元洪正在无计可施之时，一直保持沉默的张勋突然打来电报，表示愿进京调停。黎元洪喜出望外，立即复电张勋进京，并派出专车到徐州迎接张勋。
黎元洪没有料到，张勋是以进京调停为名，要清室复辟。他接到复电，哈哈大笑。心想，黎元洪既然已经撤了段祺瑞，我再利用督军团赶走黎元洪，岂不就可以在北京扶幼主登基，恢复大清朝了吗？
6月6日，张勋立刻带领5000辫子军，坐火车直奔天津。黎元洪听到这个消息，莫名其妙：我让他来调停，他怎么带着大队人马来了？黎元洪立即派秘书长夏寿康到天津拜会张勋，弄清原委。
夏寿康来到天津和张勋见面后，说：“我奉总统之命，前来接您。但是总统一再嘱咐，请你简从入京。”
张勋听罢，一拍桌案：“简从入京？哼！你回去告诉黎大总统，我进京调停的条件是：限3日内解散国会，否则，休怪我不负调停之责。”
西南六省纷纷表示反对倪嗣冲等独立各省军阀。孙中山于6月6日与章太炎发表联合通电，指斥倪嗣冲宣布独立为“叛逆”行为，并电促西南六省兴师讨逆。岑春煊与李烈钧自沪电粤，请即发兵讨逆。国民党系的海军总长程璧光通电各省取消独立，又与海军上将萨镇冰联名电告黎元洪：“海军全体拥护中央，惟总统之命是从。”两广巡阅使陆荣廷联络滇、黔、粤、桂四省，共谋防卫，保障东南，拥护中央。李烈钧自上海来到广东，拟联合西南各省，出师北伐，保障共和。李烈钧又与广东督军陈炳焜、广西督军谭浩明联名发表通电，发起西南六省联盟，倡议公推陆荣廷为盟主，保卫约法，拥护共和，表示“一息尚存，决难坐视，只有效命，以求最后之解决”。在李烈钧的推动下，粤省已经制定了分三路北伐的计划。云南督军唐继尧也通电西南各省，建议在广州组织临时政府，遥戴黎元洪为大总统。
但西南六省军阀，只限于口诛笔伐，并不打算真的出兵北伐，只有李烈钧和少数军官是真诚响应孙中山的号召，誓师北伐，保卫共和制度。他们人少力单，左右不了西南大局。
黎元洪决定解散国会，拟好命令，邀代理国务总理伍廷芳入公府副署。伍坚决不肯，道：“余法学士也，余未见宪法许总统解散国会。余决不与闻此举，宁死不从！”
黎派人去天津请李经羲副署，李答道：“我既未就职，更说不到副署。”再谦请段祺瑞副署，段拒不接见。
张勋的辫子军的先头部队已开进了北京的天坛和先农坛。张勋所限3日已快到。王士珍见解散国会命令无人副署，张勋一旦翻脸，岂不大祸临头！于是收拾行装拟逃出北京。黎元洪闻讯，立即派江朝宗等奔赴王宅劝阻，王才未能脱身。
黎见距张勋所给时限还剩下几个小时，立即连夜召集会议。公府中空气凝固得似乎就要爆炸，忽有一人提议以步军统领江朝宗代理国务总理，江根本不是国务员，无人异议，江竟义形于色地慨然允诺，道：
“我牺牲一身，替大总统担些干系吧！”
于是，黎元洪绝处逢生，一连发了准免伍廷芳代国务总理职、任命江朝宗代理国务总理、解散国会三道命令。
避难到上海的国会议员不承认黎元洪的命令，他们联名通电说：“解散国会之命令，既总统、总理自认违法，当然无效。”
6月14日，张勋带着李经羲、张镇芳、段芝贵、雷震春、万绳权从天津乘火车直达北京。
张勋率兵入京后，以北京政府“新主人”的姿态劝各省取消独立。6月16日，张勋换上清朝全套官服，陛见清室。
清皇帝仍居住在紫禁城内，保留着小朝廷的格局。13岁的逊帝溥仪听说张求见，师傅陈宝琛给他换上朝服，并把他引到养心殿，他在那里召见了张勋。
张勋诚惶诚恐地行跪拜大礼，赞颂溥仪如何圣明。溥仪大大地夸奖了张勋几句，赐给张勋不少珍藏的古玩字画。张勋跪拜出宫。
康有为从上海化装进京。张勋赶紧上前连连施礼：“康老夫子，远道而来，一路辛苦了。”
康有为是维新之后的保皇党领袖，念念不忘皇恩浩荡。张勋和康有为可谓臭味相投，他们的联系也是由来已久。张勋在徐州时就已经让万绳栻通知在上海的康有为，要他准备溥仪复辟的诏书。
康有为把写好的诏书交给张勋，俩人又密谈了良久。
诸事安排停当，张勋、陈宝琛、刘廷琛、张镇芳、雷震春等人于6月30日晚，鼠窃狗偷般溜进清宫，参加“御前会议”，决定当晚发动政变。深夜，张勋派辫子军占据车站、邮局等要地。
7月1日凌晨4时，张勋指派梁鼎芬为清室代表，王士珍、江朝宗为民国代表，李庆璋为张勋个人代表，同到公府逼迫黎元洪退位，令其在已拟好的“奉还大政”的奏折上签名盖印。
黎元洪震怒，眼睛直视王士珍骂道：“毫无心肝，背叛民国。”又厉声对梁鼎芬说：“民国系国民公有之物，余受国民付托之重，退位一举，当以全国公民之意为从违，与个人毫无关系。君欲尽忠清室，当为清室计万全，复辟以后，余对清室即不负治安责任。”
一直交涉了两个小时，黎誓死不从，6时许，梁鼎芬等出公府。15时，王士珍、江朝宗、吴炳湘3人再入公府，要求总统退位，还政清室。黎元洪正颜厉色道：
“当问国民，余不能私相受授”。
这一天，张勋身穿朝服，率文武官员300余人拥入清宫，跪奏自己“代表22省军民真意，恭请我皇上收回政权。”
溥仪按照师傅的嘱咐，先推辞一番：“不行不行。我年纪尚轻，无才无德，难当大任。”
张勋领着众人一再磕头恳求，溥仪点了点头：“既然如此，我就勉为其难吧。”
溥仪被捧上皇位，即发布复辟诏书。
张勋和康有为文武两圣以宣统名义，张勋副署，盖上“御玺”一连发了19道伪谕，宣布废除民国纪年，改用宣统年号，捏造黎元洪“奏还大政”之奏折，并大肆封赏，封张勋为忠勇亲王、黎为一等公等。整个北京一律悬挂龙旗。
黎元洪坚决反对张勋复辟，写了一道起用段祺瑞为国务总理的命令，责成他起兵讨逆。又电请冯国璋副总统依法代行总统职权。
张勋逆历史潮流而动，他复辟清室，只有短短的12天，终于成为历史小丑。
段祺瑞在天津接到黎元洪重新任命他为国务院总理的命令后，东山再起的机会来了。他立即策动驻天津马厂的第8师师长李长泰和驻廊坊的第16混成旅旅长冯玉祥，及驻保定的曹锟等部组织讨逆军，自称讨逆总司令。
可巧，前司法部长梁启超也来到天津，运动段祺瑞讨逆，两人一拍即合。段祺瑞与众位将领商定进兵事宜后，又嘱梁启超代拟讨逆檄文。这时，冯国璋发来电报，愿与段祺瑞联合讨逆。于是，两人共同署名，发一通电，数张勋八大罪状。
段祺瑞设讨逆军总司令部于天津造币厂，任命曹锟为东路讨逆军司令，段芝责为西路讨逆军司令，吴佩孚为前敌总司令。冯国璋又任命倪嗣冲为南路讨逆军总司令，并下令褫夺了张勋两江巡阅使和安徽督军的职务。
讨逆军兵分三路攻京城。张勋决心要背城一战，可是那些复辟派大臣却都担心害怕。他们知道张勋的辫子兵只有5000人，而且战斗力差，不堪一击。张镇芳、雷震春、冯德麟3人见此，出京逃生，统统被讨逆军截住拿下，就是康有为、万绳鲊也准备逃走，背张勋而去。
7月12日凌晨，只听见北京城外“轰轰轰”，炮声连天。炮声响，辫子军闻风丧胆。张勋指挥3000辫子兵集结在天坛一带，讨逆军攻进城后，在天坛一带和辫子兵交战。张军寡不敌众，双方刚一交锋，辫子兵立刻就土崩瓦解、举旗投降。张勋一看大事不好，骑上一匹快马，直奔南河沿自己的公馆，带着家眷跑到荷兰使馆，自己躲了起来，托人把家眷送进德国医院。
至此，讨逆战争结束，从7月6日至12日，历时6天，辫子军被打死者仅70余人，讨逆军战死20余人。
溥仪于7月12日宣布退位，复辟闹剧就此收场。
7月14日，段祺瑞以“再造共和”的功臣姿态回到北京，北京欢迎总理者，何等火炽！段一进北京，立即谒见黎元洪，表示慰问，并下令缉拿民国叛逆张勋、康有为、万绳栻等人。
黎元洪立即发表通电宣布自己要去天津养病，从此以后，隐居家园，不再过问政治。
黎元洪去职，冯国璋带领1师兵力任代理大总统。冯任命亲信将领李纯调任江苏督军，陈光远调任江西督军，作为树援。段祺瑞提出傅良佐出任湖南督军，请冯任命。傅乃段氏弟子，使他督湘，一是据住长江中枢，抵制李陈；二是控制岭南一带，抵制滇粤。冯为直隶人，称直系军阀，段是安徽人，称皖系军阀。直皖军阀为争夺权力又开始斗法。
段祺瑞在梁启超的协助下，国务院顺利地通过了对德宣战。所谓对德宣战，并不是要真的出兵参战，而是以参战为名向日本借款。用大借外债充作军饷，扩充实力，实行武装统一。
财政总长梁启超颇为段祺瑞卖力，他见段对旧国会耿耿于怀，深不愿旧国会之恢复，在旧国会已解散、新国会尚未成立之际，建议召集临时参议院代行国会职权。这个建议深合段意。于是，国务院在致各省的敬电中说，国会业经解散，断无重新召集之理，有参议院行使立法职权，那无异于国会之存在。
段祺瑞不以民主选举而由地方当局指定临时参议院议员的手段，造成一个由他个人控制的临时立法机关。这一做法，受到孙中山和西南各省军阀的反对，形成了护法斗争。
孙中山在袁世凯死后，抱着息事宁人的态度，表示愿与段祺瑞合作，特派中华革命党人萧萱和叶夏声到北京，征询段对处理反袁战争善后问题的意见，并主动提出收束中华革命党的军队。与此同时，孙中山电令国内各地中华革命军罢兵息战，实现国内和平，一切俟法律解决。他分别致电山东的居正和广东的朱执信说：“袁死政局一变，我宜按兵勿动，候商黎大总统解决。”孙中山确定了“召开国会”、“息纷争，事建设”、“固国体”的方针。
国会在北京恢复后，黎元洪电请孙中山北上，并聘请孙中山为高等顾问，孙辞谢。孙中山对全党宣示今后方针曰：“约法既复，黎总统为依法继承之人，故相劝罢兵，示仗义者非为权利而动，至今后对于政府、国民监督指导，则其责任有不容逶避者。”
当时，中华革命军分布在山东、福建、广东、四川等省，有一定的实力。中华革命军将领和一些志愿从事反袁的华侨，对孙中山立即结束军事行动并解散革命军队持有异议。但孙中山力排众议，一再发出立即收束的命令。对少数抵触情绪较大的中华革命军将领，孙中山甚至采取了强硬的态度。他电告在山东的中华革命军东北军总司令居正说：“各军如不依令解散，即脱离关系。”对于华侨战士，孙中山则反复劝谕说：“假如今日军队不解散，其数不过10万，华侨队不过千数百人，其力未必能谓之无敌。惟以心力护此共和，则效力远胜于武力。”
孙中山还派廖仲恺、许崇清、蒋介石等人从上海乘轮船赴山东潍县，向中华革命军东北军传达孙中山“罢兵”之意，与居正等人面商军队收束各事。孙中山命夏重民率华侨讨袁敢死先锋队从山东潍县撤往上海徐园。孙中山亲往徐园慰问华侨敢死先锋队全体同志，发表演说，并设宴为归国从军华侨洗尘，以表中华革命党酬谢诸君之热心。
几百名敢死先锋队员需要一笔遣散费，而中华革命党财政部又缺款。孙中山命廖仲恺向各方筹借款项，得南洋烟草公司经理简照南捐助3万元，孙中山又卖掉了自己的那部小汽车，才凑足此数，每人发300元遣散旅费。廖仲恺将加拿大的华侨讨袁敢死队员马湘荐给孙中山作卫士。
在孙中山的督促下，居正等赴济南，与山东督军张怀芝和北京政府代表商定编遣中华革命军东北军事宜。不久，中华革命军东北军在潍县、高密、昌东等地交枪，由北京政府和山东督军派人编遣。
在广东，中华革命军有3个军，数万人。孙中山多次致电朱执信遣散军队。数月间，广东的中华革命军烟消云散，想留在军中学习军事的华侨同志，也被孙中山劝回南洋各埠。
陈炯明的讨逆共和军也被编遣。但陈明炯提出：“个人放弃兵权，部队不能遣散。”他是个久掌军权的人，深知保重军队的重要性。因此，他在交出军队时，谋取隐保军队之策，希望时机到来，再把军队拉出来，树旗立寨。
陈炯明派亲信马育航、钟景棠等人去广州，与广东省省长朱庆澜谈判，以“军中多属粤省退伍军官，略事改编，即成劲旅，较重新征募训练，事半功倍”为理由，要求把讨逆共和军全部改编为正式陆军。朱是北洋派官僚，与桂系军阀素无交往，和南方国民党人却有些交情。而且他初到广东，毫无基础，需要拉拢地方势力，收编军队以巩固自己的地位。陈炯明的要求正好迎合了他的需要。
朱庆澜将讨逆共和军汰弱留强，编为省警卫军20营，归朱庆澜管辖，分兵驻守东江各属。这样，陈炯明部队就借“警卫军”这一合法外衣保存下来，这支部队基本上仍在陈炯明的老部下洪兆麟、罗绍雄、熊略等人的控制下。到后来孙中山在广州组建中华民国军政府时，这支部队成为援闽粤军的基本力量。
在四川、福建的中华革命军，也都结束了军事行动，并相继解散。
不仅中华革命军完全收束，就是中华革命党，也宣布停止活动。孙中山指示中华革命党本部向各地支部发出通告，宣布不仅收束军事，一切党务亦应停止。
孙中山认为执法者已赞成共和，中国已具备了从事和平建设的环境，“破坏既终，建设方始”。孙中山为了向国人表示从事和平建设的决心，宣布从此不再过问国事。这和当时进步党人、国民党稳健派标榜的“不党主义”相仿。
孙中山为了表示与北京政府合作的诚意，接受了黎元洪颁授的大勋位，并在上海寓所举行了正式接受大勋位的仪式。他多次鼓励在上海的国民党议员北上，以便组织一个好国会，制定一部好宪法。他在欢送国会议员北上的茶话会上，向全世界公开提出以“地方自治为建国基础”的政治主张。
国会议员北上后，孙中山游历杭州、绍兴、宁波等地，行踪所至，无不发表讲演，鼓吹地方自治和直接民权。孙中山的这一救国方案，仍是以美国为模式的资产阶级政治制度。他认为，学习美国、瑞士等国家实行地方自治的制度，便能建设真正的共和，使民国名实相符。孙中山的这一设想，并不合中国国情，因为中国没有实行资产阶级民主制度的条件，所谓地方自治，只能是地方军阀割据和专政。
孙中山密切注视着北京“府院之争”的演变和督军团祸乱以及张勋复辟的表演，看到了建立护法政府的必要性和紧迫性。随着国会第二次被解散，中华民国名存实亡。奸贼当权，国家遭殃。而民主政治的历史潮流不可阻挡，国人不能容羿、浞、莽、操之徒窃据大位，时势迫亟，民国不可一日无主。他通电号召两院议员全体南下，自由集会，以存正气，以振国纪。并派刘成禺、符梦松北上欢迎，汪精卫则驻沪招待南下议员。孙中山曾一度考虑以上海为护法根据地。但上海是帝国主义和封建顽固势力集中之地，外交问题十分棘手；那里的政学会分子又是非不辨，不愿与他合作共事，复辟势力的暗流或隐或现，蠢蠢欲动；护法力量很难发展。因此，他毅然放弃上海而选择广东为护法根据地。孙中山在上海几次与海军总长程璧光磋商，希望海军也参加护法行列。
程璧光原是孙中山的朋友，老兴中会会员，即表示愿同孙中山一起护法。
程璧光在6月5日离开北京前，夜访伍廷芳，探询他对时局的看法。伍回答说：“国事至此，若图挽救，非一手一足之烈。孙中山、唐绍议、岑春煊三君虽在野，未尝一日忘国事，现皆居沪。君抵沪，必与计议，国事可为也。”
程璧光于6月9日抵沪，拜会孙中山。孙中山促其即行出师讨逆，勿以经费为虑。23日，孙中山与唐绍仪、岑春煊联名宴请程璧光于上海静安寺路哈同花园。27日，孙中山派人送银行支票30万元给程，以作护法军饷之用。7月4日，程璧光发表讨贼檄文，痛斥张勋复辟的狼子野心，宣称即日出师，挥戈北上。孙中山即在上海召集重要会议，决定率领海军南下广州，建立护法政府。孙中山把西南六省看作是“民国干净土”，认为“默观时势，江河流域已为荆棘之区。惟西南诸省拥护共和，欢迎国会”。张勋在北京复辟期间，广东省长朱庆澜派人到上海邀请孙中山组织军政府，而驻粤滇军将领张开儒也通电主张迁都广州，认为“国都既陷，政无所出。
维今大计，速迁政府，设置地点，广州为宜”。
中华革命党讨袁军事斗争结束后，已停止在华侨中筹款，孙中山决定南下护法时，经济上极为困绌，为了进行护法斗争，孙中山于1917年6月19日以总理名义通告中华革命党海外各支分部，就地恢复筹助军饷等工作。孙中山以个人名义向德国驻上海领事及上海德国犹太人、富商哈同借款140万元，解决南下广州护法的燃眉之急。
7月6日，孙中山偕夫人宋庆龄率海琛、应瑞舰离沪赴粤，章太炎、朱执信、陈炯明等同行。他们于10日抵汕头，13日，孙中山派章太炎先到广州接洽。
7月17日，孙中山等到达虎门，旋改乘江固舰抵黄埔，广东督车陈炳筼、省长朱庆澜等前往江边迎接。
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