1918年1月3日晚，孙中山率领亲信将领及少数警卫部队，亲登同安、豫章两舰，驶到中流砥柱炮台指挥开炮，向督军署所在地观音山轰击，同时命令朱执信促李耀汉、李福林等同时发难，许崇清、邓铿、罗翼群协助陈炯明响应举事。孙中山亲发数炮，又督促炮手续发70余发。除李安邦巡舰不时向长堤桂军机关扫射外，陆上部队全无响应。陈炯明认为此举“冒险”、“轻率”，按兵不动，袖手旁观。滇军虽经大元帅参议刘德泽运动，但因第4师师长方声涛、旅长朱培德、张维新等极力反对，亦不能行动。其他部队则表示中立，徘徊观望。莫荣新先得密报，接受其参谋长郭椿森的献计，采取“不理睬”政策，电令熄灭灯火，不许还击，同时打电话到海珠的海军总长办公室，请程璧光迅速进行调处。
程璧光一向反对广东内部破裂，他不同意炮击观音山。他接到莫的电话后，急忙派海琛舰向豫章舰、同安舰传达“停止炮轰，开回省城”的紧急命令。这两艘军舰起事后得不到陆军的响应，势孤力薄，又接到上级长官的命令，只得开回省城。
炮击观音山的第二天，各界要人及国民党一些元老们，对这一事件主张进行调解。孙中山向桂系提出5个条件：
（1）承认军政府为护法各省的最高领导机构。
（2）承认大元帅有统率军队的全权。
（3）承认广东督军由广东人选任，必要时大元帅得加以任免。
（4）被捕民军代表交军政府处理。
（5）广东外交人员由政府任命。
莫荣新表示，1至3条须向陆荣廷请示；其余两条修改为“须得军政府同意”。这等于一条也不接受，但是，莫荣新故作姿态，装出一副息事宁人的样子，亲自到大元帅府向孙中山道歉问疾，并答应接济元帅府卫兵月饷2万元，又循孙中山之意，派罗诚为广东交涉员，且受军政府任命。
1月9日，孙中山在大元帅府招待军政及工商各界代表，说明炮击观音山的事实经过，揭露桂系的真面目，指出军政府成立以来，由于地方当局采取不合作的态度，以致形同虚设，贻误讨逆战机。他表示这次炮击观音山，莫督军既未还击，又能接受条件，军政府有了生路也就不必苛求了。
时人称孙中山炮击观音山为“炮打莫荣新”，既打击了桂系军阀的嚣张气焰，也提高了军政府的威望。
但是，军政府越来越陷入困难境地。陆荣廷和唐继尧采取“虚与委蛇，敷衍中央”手段，不愿就任元帅职务，以便把孙中山架空，让孙中山在广州有府无军，有政无权，当一个光杆大元帅，使军政府形同虚设；继而密谋策划另立西南各省联合会议，与军政府分庭抗礼。
1月15日，西南各省护法联合会议在广州成立，推岑春煊为议和代表，伍廷芳为外交总代表，唐绍仪为财政总代表，唐继尧、程璧光、陆荣廷为军事总代表。20日，莫荣新等13人联衔通电公布《中华民国护法各省联合会议条例》。
孙中山开始对陆荣廷、唐继尧等成立西南联合会议的目的并不清楚，后来才得知西南联合会议的幕后操纵者是蛰居上海的岑春煊。岑暗与冯国璋勾结，不仅插手南北和谈，而且暗以西南联合会具备南方政府之雏形。有了这个西南联合会，他就可以排斥孙中山而充当西南各省的盟主。李烈钧也密电唐继尧透露说：“岑意只好由联合会议推为军事总代表，将军政府无形取消。”
这个独立于军政府之外的西南联合会议的出现，终于使孙中山逐渐清醒，表示反对。孙公开宣称联合会议于约法无根据，为“督军团”之第二。章太炎也通电怒斥岑春煊等为“倪嗣冲第二”。忠于孙中山的滇军第3师师长张开儒也指出：“组织名虽为联合会议，其内容实为合议政府。”由于孙、章等人的及时揭露，各省代表、非常国会以及各界有识之士的一致反对，加上伍廷芳、程璧光拒不受职，西南联合会议终于流产了。
西南联合会议刚收场，改组军政府之议又起。在岑春煊的策划下，政学会国会议员杨永泰、郭椿森、汤漪等采取威胁利诱手段，联合吴景濂、褚辅成等倡议改组军政府。程璧光不明真相，表示赞同，并以调解人身份，在孙中山与陆荣廷之间极力疏通。但是，程璧光又被孙中山说服。
陆荣廷看到，孙中山有海军总长的支持，想挤走他不易，于是密令莫荣新设法除掉程璧光。2月26日这天，正是龙灯会，程璧光在广州海珠码头被刺杀。
4月10日，国会非常会议开会，出席者60余人，由于桂系和政学会议员运动的结果，赞成改组军政府组织案的达40余人。居正、邹鲁、马君武等反对改组，屡欲起立发言，均遭无理禁止。田桐在沪上书孙中山，报告在沪议员反对改组军政府，联名致电非常国会，提出挽留大元帅。
次日，孙中山邀全体国会议员至军政府，发表义正词严的谈话，表示：“今日余个人对于改组一事根本反对，即于改组后有欲以余为总裁者，亦决不就之，惟有洁身引退也。”
5月4日，国会非常会议召开，出席议员80余人，赞成改组军政府者40余人，超过半数4票通过。孙中山当即命居正将大元帅辞职咨文送交国会，并通电辞职。
5月7日，留沪国会议员林森、田桐等27人，通电要求挽留大元帅孙中山，不许其辞职，并要求延期改组军政府。但留粤国会非常会议竟于18日三读通过军政府组织法12条，变大元帅制为政务总裁制。
20日下午，国会非常会议举行总裁选举会，出席议员120余人，选举结果，孙中山及唐绍仪、伍廷芳、唐继尧、林葆怿、陆荣廷、岑春煊7人当选。随后，陆荣廷、唐继尧推岑春煊为主席总裁。
孙中山眼见军政府实权已被西南军阀所篡夺，遂于21日在胡汉民、朱执信等人的陪同下离广州赴上海。第一次护法运动失败了。
孙中山在赴上海途中，特意前往大埔三河坝粤军总司令部视察。
孙中山寄望于陈炯明的援闽粤军。陈炯明率领20营粤军开到汕头后，便抓紧时机，招兵买马。对20营进行整顿，补充青壮，裁撤老弱病残，又收编了一些地方团队。孙中山派许崇清、蒋介石、吴忠信、蒋国宾等中华革命党骨干到该部任职，并绞尽脑汁地设法为部队筹款。经过三个多月的苦心经营，援闽粤军扩充为5个支队，2个预备队，共1万余人。在孙中山看来，在南方，唯一的出路是粤军在福建谋一立足之地，保留并壮大这一支护法军队。5月中旬，粤军进攻闽南，已迭获战果，攻占了闽南武平等地。孙中山甚为欣慰。
孙中山对陈炯明面授机宜，劝他冒险进攻。粤军的主要军事负责人都从前方赶回司令部，听取孙中山的指示。孙中山还不辞辛劳，亲自去松口、梅县、潮安等地巡视慰问，勉励粤军将士牢记护法职责，奋勇杀敌，以完成革命事业。
5月31日，孙中山、胡汉民、朱执信与谭人凤相遇于三河坝，适有捷音报到，永定已被攻下，汀州望风而降，下洋亦经占领，所得子弹甚多，同拍掌称快。
孙中山到上海后派徐谦在广州代表他出席军政府的政务会议。唐绍仪也因不在广州而派陈策代表出席。岑春煊任主席总裁，实际上实现了以岑代孙的计划。岑春煊是桂系的代理人，改组后的军政府成为桂系操纵的傀儡机关。
桂系不但要推翻孙中山的地位，而且要消灭在他的旗帜下的粤军和滇军。粤军远在潮汕一带，桂系一时无从下手，首先想解决在北江的滇军师长张开儒。张开儒任军政府陆军总长，曾以陆军总长名义在各县设立招兵机关，招收民军开进省城，编为陆军部警备队，桂系早已视为眼中钉。紧接着军政府改组案成立以后，莫荣新突然发表命令，解散陆军部警备队，通令各县解散陆军部所设招兵机关，并且诱骗张开儒来省接洽公务。张开儒在西村车站被捕。同一天，张开儒的秘书长兼陆军次长崔文藻也在西濠酒店被捕。当天张、崔就被枪决了。
莫荣新胆敢枪决张开儒，也因为唐继尧有密电。唐曾经电调张开儒率军回滇，张开儒拒不奉命，唐继尧改派郑开文接任师长，张开儒又拒不交卸。
国民党左翼议员在非常会议提出动议，指出广东督军莫荣新无权捕杀陆军总长张开儒。但另外一部分议员认为，督军有权惩办镇守使、师长。张兼任南韶连镇守使和滇军第3师师长。国民党左翼议员的动议不能成立。
南军据岳州后，连扰郧阳、通城、蒲沂等处，声势甚盛，亟待援师。而此前，滇、黔、川护法联军占领重庆，赶走了四川督军周道刚和长江上游警备总司令吴光新。北洋军阀决定命直系“虎变将军”曹锟为攻湘军总司令，皖系将军张敬尧为攻湘军副司令，率三路大军杀向湖南。曹锟又命吴佩孚为前敌总司令。
吴佩孚系山东蓬莱人，原是前清蓬莱秀才，流落京华，穷途末路之时投靠了北洋，依附曹锟，辛亥革命时已官升为标统。张勋复辟时，受命“讨逆”，任前敌总司令。这次南征之前，被曹锟任命为第3师师长。吴孚佩已露头角，他在未来10年内，对中国历史有较大影响。
吴佩孚率领大军，所向披靡，一直攻下长沙。这次战争，皖系将领作战时屡遭失败，全赖吴佩孚一路向南挺进，若论功行赏，头功应归吴佩孚。可是段祺瑞竟任命了在征南战争中没有寸功的皖系将领张敬尧为湖南督军，时人称“直系打仗，皖系做官”。吴佩孚十分不满，攻克衡阳后，突然勒兵不前，第3师全体军官一齐向中央请假。
曹锟本是直系具有举足轻重的人物，但他偏又是个“两栖动物”，他虽属直系又与皖系保持良好关系。他先前领衔与长江三督军联电停战主和，但后经皖系大将徐树铮的拉拢，并许以“副总统”尊位，他便一下子由主和派变成了主战派，并充当盟主，在天津曹家花园，与倪嗣冲、张怀芝共同主持了督军团会议，讨论并制定了攻湖南的计划。曹锟在会上表示：“我愿战至最后一个！”时人嘲讽曹锟，说他大人虎变，赠他一个雅号，名曰“虎变将军”。
曹锟先前与冯国璋有秘约，待打下长沙，杀杀南军的威风后，即停战议和，而皖系允诺他做副总统之约，又成泡影。他攻克长沙后，向段祺瑞索饷。段祺瑞只好派交通总长兼财政总长曹汝霖向日本大借外债，又与日本签了12条军事秘约，出卖国家主权，允许日本军队进驻我国东北地区。
曹锟拿了钱，按兵不动。徐树铮认为布贩子出身的曹锟是无足轻重的，只要拉拢好吴佩孚，就不愁进兵了。1918年5月27日，徐树铮跑到衡阳拜会吴秀才。吴巧与周旋，并答道：“我是军人，上面如有命令，但有‘服从’二字。”
徐树铮兴冲冲回北京向段祺瑞报告。段听了很高兴，为了拉拢吴佩孚，忙任命吴为“孚威将军”，与督军官阶相等。
曹锟听说他的直隶督军一职奖励给徐树铮，便称病回天津调养。他在天津老站刚下车，便遇见了炳威将军陆建章。陆奔走赣、鄂，运动议和，他建议曹锟召集各省督军在天津开会，讨论西南和战问题。
曹锟通电请各省督军到津会议。几乎所有主和派政客麋集天津，反对南北战争的呼声甚嚣尘上。
徐树铮回到天津，发现陆建章在幕后活动，大怒：“如果我不能让这个屠夫闭上臭嘴，不久，所有的督军都会起来反对我们了。”
徐树铮约陆建章到奉军驻津司令部谈军事情况，却暗中埋伏武弁，及待陆建章入内，用手枪当场把他打死。
段祺瑞得知徐树铮擅将陆建章枪毙，且惊且喜，便下一道令，说陆建章身为军官，竟敢到处煽惑军队，勾结土匪，现已被徐树铮拿获枪决，按照惩治盗匪条例，均应立即正法。
这边却恼怒了一代名将冯玉祥，冯乃陆建章外甥，听得舅父遇害不禁呜咽道：“舅父屈死在小徐手中，殊不甘心。小徐靠了老段，横行不法，暴戾恣睢，我若不为舅父报仇，如何对得住姻戚？但眼下我部下不过数千人，尚难轻动，不如从缓为是。”
段祺瑞为促使曹锟出兵南征，任命曹为四川、广东、湖南、江西四省经略使，成为民国以来最大的地方官。但是，吴佩孚已在衡阳与南军将领暗中往来。9月26日，湖南战线南军将领谭浩明、谭延闿、程潜、马济、李书城、韦荣昌、张其锽、林俊廷、陆裕光、赴恒惕、林修梅、贲克昭、马鋆、宋鹤庚、廖家栋、鲁涤平、王得庆等，北军将领吴佩孚、李奎元、杨春普、冯玉祥、张宗昌、王承斌、阎相文、萧耀南、张学颜、张福来、潘鸿钧、张克瑶等发出联名通电主和。
直系头子冯国璋代总统任期一年已满，理应卸职另选。段祺瑞皖系军阀的“合法倒冯”闹剧便又紧锣密鼓。大总统改选之前，为排斥冯国璋，操纵新国会的选举，派徐树铮与政客王揖唐共商组织安福俱乐部，并取款80万给王做活动经费。不久，皖系一手经办的安福系议员为主体的新国会在北京开幕。安福国会以安福系的王揖唐、刘恩格为众议院正副议长，接近安福系的梁士诒、朱启钤为参议院正副议长。
冯国璋感到欲连任总统不可能，但他也不愿让段祺瑞登上总统宝座，便暗中嘱使同党设法阻段。长江三督李纯、王占元、陈光远及吴佩孚，隐承冯意，一再通电主和斥战，南方政府通电支持。
段祺瑞感到南方未平，而北洋派内部又如此分裂，若把冯国璋逼下台，岂肯甘休？于是他决定不谋下届总统职位。最后采取折中办法，让比较超脱的徐世昌出来任总统，冯、段两人愿一起下野。
10月10日，徐世昌正式就职，便按照冯、段预约，下令免段祺瑞国务总理之职，任命旧僚属钱能训为国务总理。
冯、段同时下野。冯国璋在与段祺瑞的斗法中，是个失败者，从此，冯回到老家河间，不再出山，不久病亡；段祺瑞名义上不做总理，当个参战督办，但照旧在幕后操纵政局。直系中的曹锟、吴佩孚逐渐成为代表人物，直皖斗争仍在激烈进行。
徐世昌不甘心做个傀儡，他上台后，即以“文治”标榜，除了任用自己的一帮“文人”外，就是主张南北议和。英、美、日、法、意五国也出面“和平劝告”。10月23日，社会名流熊希龄、张謇、蔡元培、王宠惠、庆蕴宽、孙宝琦、周自齐、张一麟、王家襄、谷钟秀、丁世峄、王芝祥、王克敏、徐佛苏、文群、汪有龄、王祖同、梁善济、籍忠寅、李启甫、汪贻书、王人文、林绍斐、由宗龙通电宣告成立“和平期成会”。徐世昌是个善于用谋的军阀政客，他审时度势，乐得顺应国人所愿，以总统名义下了和平令。
几经周折，终于在1919年2月20日，南北议和会议在上海举行。北方代表有：朱启钤、吴鼎昌、王克敏、施愚、方枢、汪有龄、刘恩格、李国珍、江绍杰、徐佛苏等10人，以朱启钤为总代表；南方代表有：唐绍仪、章士钊、胡汉民、缪嘉寿、曾彦、郭椿森、刘光烈、王伯群、彭允彝、饶鸣銮、李述膺等11人，以唐绍仪为总代表。
段祺瑞操纵安福国会，又挂着参战督办的头衔，掌握着军事大权。北方议和代表们多系安福系人，他们出发时，段就嘱咐说：“和谈只许失败，不许成功。”
南方代表团提出停止参战借款、陕西战事，取消参战军、公布中日密约等问题。
由于北方缺乏诚意，南方代表团遂宣布从26日起停止正式会议，改为谈话会。28日，唐绍仪向北方代表团提出要求陕西停战及撤换陈树藩等三项质询，限48小时答复。北方代表团致电北京政府请示，未得回答，于是于3月2日向北京政府提出总辞职，会议中断。
吴佩孚与长江三督呼吁重开和谈，全国也出现了抢救和平之声。美、英、法、意四国公使，也联合劝告北京政府恢复和谈。北京政府只好回电慰留北方和谈代表。4月1日，陕西停战。4月7月，南北和谈重又恢复。
重开和谈，争论的焦点是国会问题，南方代表要求恢复被非法解散的国会。北方代表则要维持安福国会，南方代表根本不承认安福国会，于是北方代表从4月29日起，装病不到会。
就在这时，国内爆发了伟大的“五四”爱国运动。“五四”运动由北京大学学生首先发难，领导“五四”运动的领袖是陈独秀、李大钊等人。
程璧光一向反对广东内部破裂，他不同意炮击观音山。他接到莫的电话后，急忙派海琛舰向豫章舰、同安舰传达“停止炮轰，开回省城”的紧急命令。这两艘军舰起事后得不到陆军的响应，势孤力薄，又接到上级长官的命令，只得开回省城。
炮击观音山的第二天，各界要人及国民党一些元老们，对这一事件主张进行调解。孙中山向桂系提出5个条件：
（1）承认军政府为护法各省的最高领导机构。
（2）承认大元帅有统率军队的全权。
（3）承认广东督军由广东人选任，必要时大元帅得加以任免。
（4）被捕民军代表交军政府处理。
（5）广东外交人员由政府任命。
莫荣新表示，1至3条须向陆荣廷请示；其余两条修改为“须得军政府同意”。这等于一条也不接受，但是，莫荣新故作姿态，装出一副息事宁人的样子，亲自到大元帅府向孙中山道歉问疾，并答应接济元帅府卫兵月饷2万元，又循孙中山之意，派罗诚为广东交涉员，且受军政府任命。
1月9日，孙中山在大元帅府招待军政及工商各界代表，说明炮击观音山的事实经过，揭露桂系的真面目，指出军政府成立以来，由于地方当局采取不合作的态度，以致形同虚设，贻误讨逆战机。他表示这次炮击观音山，莫督军既未还击，又能接受条件，军政府有了生路也就不必苛求了。
时人称孙中山炮击观音山为“炮打莫荣新”，既打击了桂系军阀的嚣张气焰，也提高了军政府的威望。
但是，军政府越来越陷入困难境地。陆荣廷和唐继尧采取“虚与委蛇，敷衍中央”手段，不愿就任元帅职务，以便把孙中山架空，让孙中山在广州有府无军，有政无权，当一个光杆大元帅，使军政府形同虚设；继而密谋策划另立西南各省联合会议，与军政府分庭抗礼。
1月15日，西南各省护法联合会议在广州成立，推岑春煊为议和代表，伍廷芳为外交总代表，唐绍仪为财政总代表，唐继尧、程璧光、陆荣廷为军事总代表。20日，莫荣新等13人联衔通电公布《中华民国护法各省联合会议条例》。
孙中山开始对陆荣廷、唐继尧等成立西南联合会议的目的并不清楚，后来才得知西南联合会议的幕后操纵者是蛰居上海的岑春煊。岑暗与冯国璋勾结，不仅插手南北和谈，而且暗以西南联合会具备南方政府之雏形。有了这个西南联合会，他就可以排斥孙中山而充当西南各省的盟主。李烈钧也密电唐继尧透露说：“岑意只好由联合会议推为军事总代表，将军政府无形取消。”
这个独立于军政府之外的西南联合会议的出现，终于使孙中山逐渐清醒，表示反对。孙公开宣称联合会议于约法无根据，为“督军团”之第二。章太炎也通电怒斥岑春煊等为“倪嗣冲第二”。忠于孙中山的滇军第3师师长张开儒也指出：“组织名虽为联合会议，其内容实为合议政府。”由于孙、章等人的及时揭露，各省代表、非常国会以及各界有识之士的一致反对，加上伍廷芳、程璧光拒不受职，西南联合会议终于流产了。
西南联合会议刚收场，改组军政府之议又起。在岑春煊的策划下，政学会国会议员杨永泰、郭椿森、汤漪等采取威胁利诱手段，联合吴景濂、褚辅成等倡议改组军政府。程璧光不明真相，表示赞同，并以调解人身份，在孙中山与陆荣廷之间极力疏通。但是，程璧光又被孙中山说服。
陆荣廷看到，孙中山有海军总长的支持，想挤走他不易，于是密令莫荣新设法除掉程璧光。2月26日这天，正是龙灯会，程璧光在广州海珠码头被刺杀。
4月10日，国会非常会议开会，出席者60余人，由于桂系和政学会议员运动的结果，赞成改组军政府组织案的达40余人。居正、邹鲁、马君武等反对改组，屡欲起立发言，均遭无理禁止。田桐在沪上书孙中山，报告在沪议员反对改组军政府，联名致电非常国会，提出挽留大元帅。
次日，孙中山邀全体国会议员至军政府，发表义正词严的谈话，表示：“今日余个人对于改组一事根本反对，即于改组后有欲以余为总裁者，亦决不就之，惟有洁身引退也。”
5月4日，国会非常会议召开，出席议员80余人，赞成改组军政府者40余人，超过半数4票通过。孙中山当即命居正将大元帅辞职咨文送交国会，并通电辞职。
5月7日，留沪国会议员林森、田桐等27人，通电要求挽留大元帅孙中山，不许其辞职，并要求延期改组军政府。但留粤国会非常会议竟于18日三读通过军政府组织法12条，变大元帅制为政务总裁制。
20日下午，国会非常会议举行总裁选举会，出席议员120余人，选举结果，孙中山及唐绍仪、伍廷芳、唐继尧、林葆怿、陆荣廷、岑春煊7人当选。随后，陆荣廷、唐继尧推岑春煊为主席总裁。
孙中山眼见军政府实权已被西南军阀所篡夺，遂于21日在胡汉民、朱执信等人的陪同下离广州赴上海。第一次护法运动失败了。
孙中山在赴上海途中，特意前往大埔三河坝粤军总司令部视察。
孙中山寄望于陈炯明的援闽粤军。陈炯明率领20营粤军开到汕头后，便抓紧时机，招兵买马。对20营进行整顿，补充青壮，裁撤老弱病残，又收编了一些地方团队。孙中山派许崇清、蒋介石、吴忠信、蒋国宾等中华革命党骨干到该部任职，并绞尽脑汁地设法为部队筹款。经过三个多月的苦心经营，援闽粤军扩充为5个支队，2个预备队，共1万余人。在孙中山看来，在南方，唯一的出路是粤军在福建谋一立足之地，保留并壮大这一支护法军队。5月中旬，粤军进攻闽南，已迭获战果，攻占了闽南武平等地。孙中山甚为欣慰。
孙中山对陈炯明面授机宜，劝他冒险进攻。粤军的主要军事负责人都从前方赶回司令部，听取孙中山的指示。孙中山还不辞辛劳，亲自去松口、梅县、潮安等地巡视慰问，勉励粤军将士牢记护法职责，奋勇杀敌，以完成革命事业。
5月31日，孙中山、胡汉民、朱执信与谭人凤相遇于三河坝，适有捷音报到，永定已被攻下，汀州望风而降，下洋亦经占领，所得子弹甚多，同拍掌称快。
孙中山到上海后派徐谦在广州代表他出席军政府的政务会议。唐绍仪也因不在广州而派陈策代表出席。岑春煊任主席总裁，实际上实现了以岑代孙的计划。岑春煊是桂系的代理人，改组后的军政府成为桂系操纵的傀儡机关。
桂系不但要推翻孙中山的地位，而且要消灭在他的旗帜下的粤军和滇军。粤军远在潮汕一带，桂系一时无从下手，首先想解决在北江的滇军师长张开儒。张开儒任军政府陆军总长，曾以陆军总长名义在各县设立招兵机关，招收民军开进省城，编为陆军部警备队，桂系早已视为眼中钉。紧接着军政府改组案成立以后，莫荣新突然发表命令，解散陆军部警备队，通令各县解散陆军部所设招兵机关，并且诱骗张开儒来省接洽公务。张开儒在西村车站被捕。同一天，张开儒的秘书长兼陆军次长崔文藻也在西濠酒店被捕。当天张、崔就被枪决了。
莫荣新胆敢枪决张开儒，也因为唐继尧有密电。唐曾经电调张开儒率军回滇，张开儒拒不奉命，唐继尧改派郑开文接任师长，张开儒又拒不交卸。
国民党左翼议员在非常会议提出动议，指出广东督军莫荣新无权捕杀陆军总长张开儒。但另外一部分议员认为，督军有权惩办镇守使、师长。张兼任南韶连镇守使和滇军第3师师长。国民党左翼议员的动议不能成立。
南军据岳州后，连扰郧阳、通城、蒲沂等处，声势甚盛，亟待援师。而此前，滇、黔、川护法联军占领重庆，赶走了四川督军周道刚和长江上游警备总司令吴光新。北洋军阀决定命直系“虎变将军”曹锟为攻湘军总司令，皖系将军张敬尧为攻湘军副司令，率三路大军杀向湖南。曹锟又命吴佩孚为前敌总司令。
吴佩孚系山东蓬莱人，原是前清蓬莱秀才，流落京华，穷途末路之时投靠了北洋，依附曹锟，辛亥革命时已官升为标统。张勋复辟时，受命“讨逆”，任前敌总司令。这次南征之前，被曹锟任命为第3师师长。吴孚佩已露头角，他在未来10年内，对中国历史有较大影响。
吴佩孚率领大军，所向披靡，一直攻下长沙。这次战争，皖系将领作战时屡遭失败，全赖吴佩孚一路向南挺进，若论功行赏，头功应归吴佩孚。可是段祺瑞竟任命了在征南战争中没有寸功的皖系将领张敬尧为湖南督军，时人称“直系打仗，皖系做官”。吴佩孚十分不满，攻克衡阳后，突然勒兵不前，第3师全体军官一齐向中央请假。
曹锟本是直系具有举足轻重的人物，但他偏又是个“两栖动物”，他虽属直系又与皖系保持良好关系。他先前领衔与长江三督军联电停战主和，但后经皖系大将徐树铮的拉拢，并许以“副总统”尊位，他便一下子由主和派变成了主战派，并充当盟主，在天津曹家花园，与倪嗣冲、张怀芝共同主持了督军团会议，讨论并制定了攻湖南的计划。曹锟在会上表示：“我愿战至最后一个！”时人嘲讽曹锟，说他大人虎变，赠他一个雅号，名曰“虎变将军”。
曹锟先前与冯国璋有秘约，待打下长沙，杀杀南军的威风后，即停战议和，而皖系允诺他做副总统之约，又成泡影。他攻克长沙后，向段祺瑞索饷。段祺瑞只好派交通总长兼财政总长曹汝霖向日本大借外债，又与日本签了12条军事秘约，出卖国家主权，允许日本军队进驻我国东北地区。
曹锟拿了钱，按兵不动。徐树铮认为布贩子出身的曹锟是无足轻重的，只要拉拢好吴佩孚，就不愁进兵了。1918年5月27日，徐树铮跑到衡阳拜会吴秀才。吴巧与周旋，并答道：“我是军人，上面如有命令，但有‘服从’二字。”
徐树铮兴冲冲回北京向段祺瑞报告。段听了很高兴，为了拉拢吴佩孚，忙任命吴为“孚威将军”，与督军官阶相等。
曹锟听说他的直隶督军一职奖励给徐树铮，便称病回天津调养。他在天津老站刚下车，便遇见了炳威将军陆建章。陆奔走赣、鄂，运动议和，他建议曹锟召集各省督军在天津开会，讨论西南和战问题。
曹锟通电请各省督军到津会议。几乎所有主和派政客麋集天津，反对南北战争的呼声甚嚣尘上。
徐树铮回到天津，发现陆建章在幕后活动，大怒：“如果我不能让这个屠夫闭上臭嘴，不久，所有的督军都会起来反对我们了。”
徐树铮约陆建章到奉军驻津司令部谈军事情况，却暗中埋伏武弁，及待陆建章入内，用手枪当场把他打死。
段祺瑞得知徐树铮擅将陆建章枪毙，且惊且喜，便下一道令，说陆建章身为军官，竟敢到处煽惑军队，勾结土匪，现已被徐树铮拿获枪决，按照惩治盗匪条例，均应立即正法。
这边却恼怒了一代名将冯玉祥，冯乃陆建章外甥，听得舅父遇害不禁呜咽道：“舅父屈死在小徐手中，殊不甘心。小徐靠了老段，横行不法，暴戾恣睢，我若不为舅父报仇，如何对得住姻戚？但眼下我部下不过数千人，尚难轻动，不如从缓为是。”
段祺瑞为促使曹锟出兵南征，任命曹为四川、广东、湖南、江西四省经略使，成为民国以来最大的地方官。但是，吴佩孚已在衡阳与南军将领暗中往来。9月26日，湖南战线南军将领谭浩明、谭延闿、程潜、马济、李书城、韦荣昌、张其锽、林俊廷、陆裕光、赴恒惕、林修梅、贲克昭、马鋆、宋鹤庚、廖家栋、鲁涤平、王得庆等，北军将领吴佩孚、李奎元、杨春普、冯玉祥、张宗昌、王承斌、阎相文、萧耀南、张学颜、张福来、潘鸿钧、张克瑶等发出联名通电主和。
直系头子冯国璋代总统任期一年已满，理应卸职另选。段祺瑞皖系军阀的“合法倒冯”闹剧便又紧锣密鼓。大总统改选之前，为排斥冯国璋，操纵新国会的选举，派徐树铮与政客王揖唐共商组织安福俱乐部，并取款80万给王做活动经费。不久，皖系一手经办的安福系议员为主体的新国会在北京开幕。安福国会以安福系的王揖唐、刘恩格为众议院正副议长，接近安福系的梁士诒、朱启钤为参议院正副议长。
冯国璋感到欲连任总统不可能，但他也不愿让段祺瑞登上总统宝座，便暗中嘱使同党设法阻段。长江三督李纯、王占元、陈光远及吴佩孚，隐承冯意，一再通电主和斥战，南方政府通电支持。
段祺瑞感到南方未平，而北洋派内部又如此分裂，若把冯国璋逼下台，岂肯甘休？于是他决定不谋下届总统职位。最后采取折中办法，让比较超脱的徐世昌出来任总统，冯、段两人愿一起下野。
10月10日，徐世昌正式就职，便按照冯、段预约，下令免段祺瑞国务总理之职，任命旧僚属钱能训为国务总理。
冯、段同时下野。冯国璋在与段祺瑞的斗法中，是个失败者，从此，冯回到老家河间，不再出山，不久病亡；段祺瑞名义上不做总理，当个参战督办，但照旧在幕后操纵政局。直系中的曹锟、吴佩孚逐渐成为代表人物，直皖斗争仍在激烈进行。
徐世昌不甘心做个傀儡，他上台后，即以“文治”标榜，除了任用自己的一帮“文人”外，就是主张南北议和。英、美、日、法、意五国也出面“和平劝告”。10月23日，社会名流熊希龄、张謇、蔡元培、王宠惠、庆蕴宽、孙宝琦、周自齐、张一麟、王家襄、谷钟秀、丁世峄、王芝祥、王克敏、徐佛苏、文群、汪有龄、王祖同、梁善济、籍忠寅、李启甫、汪贻书、王人文、林绍斐、由宗龙通电宣告成立“和平期成会”。徐世昌是个善于用谋的军阀政客，他审时度势，乐得顺应国人所愿，以总统名义下了和平令。
几经周折，终于在1919年2月20日，南北议和会议在上海举行。北方代表有：朱启钤、吴鼎昌、王克敏、施愚、方枢、汪有龄、刘恩格、李国珍、江绍杰、徐佛苏等10人，以朱启钤为总代表；南方代表有：唐绍仪、章士钊、胡汉民、缪嘉寿、曾彦、郭椿森、刘光烈、王伯群、彭允彝、饶鸣銮、李述膺等11人，以唐绍仪为总代表。
段祺瑞操纵安福国会，又挂着参战督办的头衔，掌握着军事大权。北方议和代表们多系安福系人，他们出发时，段就嘱咐说：“和谈只许失败，不许成功。”
南方代表团提出停止参战借款、陕西战事，取消参战军、公布中日密约等问题。
由于北方缺乏诚意，南方代表团遂宣布从26日起停止正式会议，改为谈话会。28日，唐绍仪向北方代表团提出要求陕西停战及撤换陈树藩等三项质询，限48小时答复。北方代表团致电北京政府请示，未得回答，于是于3月2日向北京政府提出总辞职，会议中断。
吴佩孚与长江三督呼吁重开和谈，全国也出现了抢救和平之声。美、英、法、意四国公使，也联合劝告北京政府恢复和谈。北京政府只好回电慰留北方和谈代表。4月1日，陕西停战。4月7月，南北和谈重又恢复。
重开和谈，争论的焦点是国会问题，南方代表要求恢复被非法解散的国会。北方代表则要维持安福国会，南方代表根本不承认安福国会，于是北方代表从4月29日起，装病不到会。
就在这时，国内爆发了伟大的“五四”爱国运动。“五四”运动由北京大学学生首先发难，领导“五四”运动的领袖是陈独秀、李大钊等人。
鄂公网安备 42010302001612号