7月31日上午8时左右，代表们先后来到上海车站。为了缩小目标，他们分两批乘车南行。第一批由王会悟带着几位年纪较大的代表，先乘早班车出发，第二批由李达带着，乘后一趟列车续行。
马林和尼可尔斯基因为过于引人注目，不便去嘉兴，李汉俊因受到监视，也就留在上海。陈公博先在李汉俊寓所受了一场虚惊，从那里出来时又有暗探跟踪，费了很大的周折，才把“尾巴”丢掉，回到大东旅社睡下，次日黎明，就在他的房间隔壁发生了一起骇人的凶杀案，把他夫妇吓得魂不附体。
早上5点多钟，陈公博从睡梦中忽听有一声很尖厉的枪声，继而便闻有一个女人凄厉悲惨的呼叫。被谋毙者为一衣服华丽之少妇。
大名鼎鼎的大东旅社发生了一起凶杀案，立即引来好几位新闻记者，但那杀人凶手早已远飏。
7月31日晚发生了法国巡捕搜查“一大”会场事件，31日晨又发生了大东旅社杀人案。一夜之间两次受惊，吓得陈公博不敢再在上海停留，31日晚即与妻子一起乘车去杭州。
所以，陈公博也未出席南湖会议。
上午10时左右，代表们先后来到嘉兴车站。王会悟在南湖附近的鸳鸯湖旅馆，为代表们开了房间，让众人洗脸，吃粽子，暂且歇息。她托旅馆帐房先生代租画舫。
王会悟又与李达、张国焘等人来到南湖烟雨楼观察周围环境，选择画舫划行的合适路线和停靠地点。准备工作就绪后，王会悟领着众人来到湖畔，通过摆渡的小船，登上了事先租好的画舫。
这是一艘比较华丽的游船，雕梁画柱，陈设考究。在宽平的船头上搭有凉篷，便于遮阳挡雨，观赏风景。后舱是供游客休息和船工夫妇住宿的。为了会议安全，众人带着乐器和麻将牌，并在中舱备有酒菜，以游客的身份作掩护。王会悟则装扮成歌女模样，在画舫前舱放哨。
众人围坐在中舱的八仙桌四周的太师椅上。八仙桌上放着一套宜兴紫砂茶具。沏有龙井绿茶，将麻将牌摆在八仙桌上，若有别的画舫从近处经过，众人便拿起麻将。
11时许，下起了小雨，游人渐渐散去，湖面上更为清静。会议开始了。这次会议讨论通过纲领和决议、党的成立宣言，选举党的中央机构。
党的纲领和决议，已在前几次会议进行了比较深入的讨论，因而获得一致通过。在讨论《中国共产党成立宣言》时，对南北政府的看法有分歧和争论，便决定把成立宣言交即将组成的中央局处理。
最后选举中央领导机构。众人认为，全国党员人数不过50人，各地组织尚不健全，暂不成立党的中央委员会，先组成中央局，负责领导党的工作。会议选举陈独秀为中央局总书记，李达为宣传主任，张国焘为组织主任。
陈独秀未出席会议而被选为总书记，一则因为陈独秀是五四运动和新文化运动的领袖，并在宣传科学社会主义，筹建中国共产党的活动中，起了主导作用，享有很高的声望；二则列宁要马林向中国共产党传达他的意见：中国无产阶级还没有走上政治舞台，党的总书记一职，要找一个有名望的人，号召力要大点。
下午6时左右，中国共产党第一次全国代表大会胜利闭幕。当晚，代表们乘火车返回上海。
中共“一大”闭幕以后，马林多次提出要陈独秀辞去广东省教育委员会委员长职务，回沪任总书记，又派包惠僧去广州，向陈独秀汇报“一大”情况，请他回上海主持中央工作。
陈独秀在广州还同汪精卫、戴季陶等人一起兼任政务员职务。他南来广州，目的是推进广东革命事业，现在需要他回上海，他立即致函陈炯明要求辞去职务。陈炯明从广西桂林回电，极力挽留，并劝陈独秀：“望以教育为重，当风独立，我做我事，不萌退志为要。”
陈独秀辞职不获，只得借口医治胃病请假离粤。
9月中旬，陈独秀回到上海，仍住在渔阳里2号。从这时起，他就没有谋生的职业，也没有固定的经济收入。党组织只能发给脱离生产的共产党员每月30—40元生活费，这点钱当然不够陈独秀一家开销的。他虽然经常给党刊写文章，可给党刊写稿是没有稿费的。商务印书馆聘请他担任馆外名誉编辑，当时商务印书馆招聘的名流为馆外名誉编辑，月薪有高至五六百元的，但陈独秀表示：“月薪不必多，编辑事务也不愿太繁重，我的主要工作是办党，愿任商务名誉编辑，不过为维持生活。”
最后确定：陈独秀月薪为300元。但不久，陈独秀因党内事务而辞去名誉编辑。他经济上常常发生困难。
陈独秀到达上海的第二天，便同马林见面会谈，他们在中共与共产国际的关系问题上发生了争论，马林认为各国共产党都是国际的一个支部，中共的工作方针和计划，应在国际的统一领导之下制定。陈独秀认为中国革命有中国的国情，目前也不必要国际的经济援助。因此，谈了几次都谈不成。
有一次，马林的翻译张太雷跟陈独秀说：“全世界的共产主义运动，都是在第三国际领导之下，中国不能例外。”陈独秀出人意料地一拍桌子，道：“各国革命有各国情况，我们中国是个生产事业落后的国家，我们要保留独立自主的权力，要有独立自主的做法，我们有多大的能力干多大的事，决不让任何人牵着鼻子走。”
说罢，拿起皮包出门要走。张太雷仍然笑嘻嘻地请他坐下来谈。陈独秀不理，很气愤地走了。
陈独秀这个人喜怒形于色，当他发火的时候，也往往是他说话走火的时候。他平时和同志辩论问题，动辄拍桌子，砸茶碗，发作起来，过后才觉得适才的动作是过火了。他的作风生硬粗暴的老毛病，在担任中共总书记后，时常爆发。李达说陈独秀是“恶霸作风”，“这个家伙要有了权，一定先杀了人以后，再认错。”李达的批评未免偏颇，但陈独秀的粗暴作风，确是一大缺点。
在中央工作的只有他和李达、张国焘3人，别无工作人员。3人聚会常在陈独秀的住所楼下的客堂间或统厢房里。他们商定宣传工作，仍以《新青年》为公开宣传刊物，由陈独秀自己主持。李达编辑《共产党》月刊，作为秘密宣传刊物。张国焘主持劳动组合书记部的工作。中央局还决定成立人民出版社，出版15种共产主义读物。
10月4日下午2时许，有3位“白相人”突然从陈独秀的前门闯了进来。陈独秀的妻子高君曼加以阻拦，那3人先说要见陈独秀，又说要买《新青年》。
陈独秀从楼上下来，见此情形甚是惊疑，想从后门出去，但见后门已有人把守，无法脱身。不一会，来了两部汽车，随车来的巡捕把陈独秀、高君曼以及正在陈宅聚会的杨明斋、包惠僧、柯庆施共5人逮捕，《新青年》等印刷品也被搜去。
来到法租界巡捕房后，陈独秀报了假名王坦甫，其他人也都报了假名。
不久，邵力子和褚辅成去陈家访问时也立时被捕。褚辅成到巡捕房后，一见陈独秀在就拉住他的手说：“仲甫，怎么回事？一到你家就把我们拉到这儿来了。”
这下陈独秀暴露了身份。巡捕房查清邵力子、褚辅成的身份后，即释放。
第二天会审，公堂审问，说包惠僧等4人是陈独秀的党徒。陈独秀说：“他们是我的客人，高是家庭妇女，客人陪我太太打牌，有事我负责，与客人无关。”
法庭将高君曼释放，其他4人仍关押在狱中。陈独秀对包惠僧说：“家里有马林给我的信，如果被搜出来，可能要判七八年刑。我打算坐牢，你们出去继续干，不愿干也不必勉强。”
李达为了营救陈独秀，通报各地组织派人到上海来，并电请孙中山先生设法营救。孙中山打了电报给上海法租界的领事。各大报纷纷登载陈独秀被捕的消息，闹得满城风雨。10月7日，褚辅成和张继等将陈独秀保释出狱，但得随传随到。
10月9日，包惠僧、杨明斋、柯庆施也被保释出来。
马林请了法国律师巴和承办这个案子。10月19日，法庭判决：除陈独秀外都获释。26日，法庭结案：查《新青年》已被封闭禁止出售，被告明知故犯，罚洋100元，销毁查抄书籍，释放陈独秀。
陈独秀等出狱以后，才知道马林为了营救他们5人，花了很多钱，费了很多力，打通了会审公堂的各个关节，这才顺利结案。马林与陈独秀和中国共产党共患难，使陈独秀这位很重感情的人，顿时增进了对马林的感情。他们和谐地会谈了两次，以前的一切问题都得到适当解决，从此，中共接受共产国际的领导和经济的支援。
陈独秀加大马力工作，他签发《中央通知》，要求上海、北京、广州、武汉、长沙、济南各区，到明年7月以前发展党员30人，成立区执行委员会；全国社会主义青年团须超过2000名，中央局宣传部必须出版共产主义书籍20种以上；全力组织全国工会。
上海成立劳动组合书记部后不久，即在北京、武汉、湖南、广州、山东设立了分部，分部负责人分别是罗章龙、邓培（北京），包惠僧、林育南（武汉），毛泽东（湖南），谭平山、冯菊城（广州），王尽美（山东）。
1921年底，蔡和森、李立三等从法国回到上海，立即被批准吸收为党员。陈独秀留蔡和森在中央工作，派李立三到湖南从事工运。
孙中山在平定广西后，为了北伐大计，派外交总长伍廷芳代行总统职务。他自己于1921年10月17日乘军舰出巡广西，来到梧州。他在梧州接连召开了几个军事会议，并召驻节广西首府南宁的陈炯明来梧州商讨北伐事宜。但陈炯明竟托词拒召，使孙中山出巡广西之行，一开始就蒙上了一层阴影。
孙中山委曲求全，立即亲赴南宁，与陈炯明会商北伐问题，要求陈调粤军40营参加北伐，并供应北伐军饷。陈既不敢公开抗命，也不作明确承诺。孙中山对陈耐心开导，提出或者派陈为北伐主帅，自己留守后方作支援北伐的工作；或者是自己率军北伐，陈炯明留守后方支援北伐。陈炯明表示愿意留守后方，每月接济北伐军50万元。
孙中山返回梧州决定先在桂林设立北伐大本营，然后取道湖南大举北伐。陈炯明则回广州主持广东政务。
孙中山于12月4日在桂林设立北伐大本营。此时，共产国际代表马林在张太雷的陪同下来到桂林，与孙中山会面。孙中山与马林先后会谈了3次，马林向孙中山介绍了苏联的新经济政策、红军的政治训练等情况，并向孙中山建议：改组国民党，创办军官学校，与中国共产党合作。
孙中山对马林的建议表示欢迎，虽然他当时只想同苏俄建立非正式的联系，但这次会见增强了他对共产国际和苏俄的了解。会见后，孙打电报给广州的廖仲恺等人，说他见过马林，心里非常高兴。孙中山又介绍马林到广州同廖仲恺等人会面。
送走了马林，孙中山倾全力于北伐的准备工作，他运筹帷幄之中，决胜千里之外，整饬云集在桂林的5万大军。1922年2月3日，孙中山下令北伐，以李烈钧为参谋长，胡汉民为文官长，朱培德为滇军总司令，彭程万为赣军总司令，谷正伦为黔军总司令。兵分两路；李烈钧率滇、黔、赣各军为第一路进攻赣南和鄂东；许崇清率本部粤军为第二路联合湘军，出湖南，直攻武汉。
陈炯明却勾结吴佩孚，反对北伐，又联合湖南督军赵恒惕，阻止北伐军入湘。他在“库储支绌，亟须统筹收束”的借口下，一次裁兵达20营之多，这对北伐无异于釜底抽薪。陈对于接济北伐的承诺，以两面派的手法，加以抵制。时近半年，汇至桂林的款不足10万，子弹未送一颗。
粤军参谋长兼1师师长邓铿，早已倾心孙中山，北伐军的军饷全靠他和廖仲恺合力筹解。陈炯明对邓十分恼怒，3月21日，他派人去广州火车站暗杀了邓铿。
邓铿被害，风云突变，波澜迭起。孙中山立刻召开大本营紧急会议，决定变更北伐计划，下令在桂各军改道江西，为避免陈炯明的阻挠，秘密返粤，继续北伐。
不料北伐军先遣司令谢文炳接到命令，却派人向陈炯明告密。陈炯明秘密调去驻浔州一带的叶举、杨坤如部50余营开回梧州，并令驻广州的粤军1、2师加强戒备，企图以武力阻止北伐军回粤。
4月9日，北伐军行抵濛江，即遭到防守该地的陈炯明部的阻拦。孙中山下令不得阻止北伐军的行程，否则武力对待。
陈军因兵力尚未集中，只好作罢。
孙中山率北伐军抵达梧州，电召陈炯明来梧面商北伐问题，却遭陈炯明的拒绝。孙中山再派廖仲恺到广州力劝陈炯明赴梧州与孙中山面商北伐问题，陈炯明不但拒绝前往，而且以电辞本兼各职相要挟。
孙中山准陈炯明辞去广东省长、粤军总司令、内务部总长之职，保留其陆军总长一职，令其先返海丰家中休养，以示警告。
陈炯明即调动部队，令叶举、熊略、翁式亮诸将抛弃广西，尽调率所部回粤，又令省垣各将积极备战，力拒北伐军东下。但是，广州城的部队为1、2师，1师师长梁鸿楷以邓铿死事可疑，2师将士以师长洪兆麟在沪态度不明，都拒绝陈炯明的调遣，3师师长魏邦平则倾向孙中山。叶、熊、翁诸部在桂又为驻梧北伐军所拒守，难以返粤。陈炯明无力抵抗，遂于4月12日深夜退走惠州。
蒋介石等力主进攻石龙、惠州消灭陈炯明，然后回师广西消灭叶举所部。他向孙中山说：“先生，如果不彻底解决陈家军问题，将来后患无穷，我也只有辞职而去。”
孙中山以陈炯明叛迹未彰，粤军在桂奋斗数年，尤须保之，对蒋介石的意见未加接纳。他主张对陈炯明施以殊恩，当能感奋。蒋介石便回浙江奉化给母亲守制去了。他在离开广东时给陈炯明写一封信，劝曰：
吾公如能深信中正之言，采纳一二，勿听细人之谗，勿堕宵小之计，服从总理，共图北伐，则中正虽守制未终，尚思待罪疆场，执鞭以从，聊供指臂之助。
4月23日，孙中山返抵广州，即委任陈炯明为北伐军第一军总司令，并向陈炯明表示：“不生异词，必当倚任如前。”他又派伍朝枢、古应芬、居正、廖仲恺、马君武、汪精卫、程潜等到惠州、敦促陈炯明回省城。许崇清、魏邦平、梁鸿楷、李福林、黄大伟、李云复、徐军雁等粤军将领，致电陈炯明，劝其返穗。
但陈炯明拒绝出任北伐军第一军总司令，声称“自今后，息影田庐，躬耕养母。”
孙中山以极其恳挚的言辞，给陈炯明发去了电报：“革命既无半途而废之理，十年患难道义之交，一旦相弃，纵弟不求谅于人，兄则何忍为之。望兄速取消退隐之志，投袂而兴，终始国事，庶几执信、仲元得以瞑目。”
陈炯明表面上造成放刀成佛、卖剑买牛的假象，暗地里却积极筹兵备械，图谋不轨，设下“明修栈道，暗渡陈仓”之诡计。他从广州退回惠州时，就从广州兵工厂、永济火药库及汕尾兵工厂带走大批枪支弹药，并在一个月内，添募40余营新兵，为发动叛乱积极作准备。
孙中山对北伐抱着一息尚存、此志不懈的精神，于5月6日从广州赴韶关督师，设大本营于韶关。他举行北伐誓师大会，发布总进攻令，北伐军分3路6防线，向江西发起进攻：李烈钧任中路总指挥，以滇军朱培德三旅、黔军谷正伦三旅、赣军李明扬一旅为中路第一线，曾昭所部滇赣联军10营为中路第二线，进攻大庚、南康；黄大伟任右翼总指挥，以本部一旅，李福林8营、赖世璜一旅为右翼第一线，又以梁鸿楷所部全军为右翼第二线，进攻三南、信丰；许崇清任左翼总指挥，以粤军关国雄、吴忠信等二旅为左翼第一线，又以边支炳所部全军为左翼第二线，联络湘军，攻仁化、汝城等。
6月13日，北伐军攻占赣州，直系军阀陈光远弃城而逃。
随后，北伐军进据吉安，直逼南昌。
正当北伐军跃马挥戈、节节胜利之时，陈炯明发动了反革命叛乱。陈炯明部叶举、翁式亮、杨坤如等于5月18日率部进入广州，设总指挥部于白云山郑仙祠。要求孙中山恢复陈炯明各职，并罢免伍朝枢、胡汉民、蒋尊簋、廖仲恺、谢慧生、程天斗等人之职，革除许崇清军长职务，粤军全部归陈炯明管辖，否则即以武力解决。
孙中山始终动以至诚，采纳汪精卫的建议，任命陈炯明为陆军总长办理两广军务，所有两广军队，悉归节制调遣。陈炯明仍以两面派的手法对付孙中山，表示：“愿竭能力以副委任。倘有不听吾命令而反对中山者，吾惟有自杀以谢国人”，暗地里却加紧筹饷，并密令叶举诸部接收兵工厂，占领石井军火药库。在粤汉铁路沿线布防，在新街铁路站以南一带抢修碉堡和战壕。
叶举诸部盘踞广州，向财政部闹索饷风潮。孙中山令廖仲恺筹款清还军饷。他们领取军饷后，又故意向省银行强迫兑现，造成挤兑风潮，引起社会秩序的混乱。
乱云飞渡，形势日益险恶。廖仲恺为了稳定广州局势，电请孙中山返穗坐镇，震慑邪气。6月1日，孙中山回到广州，致电陈炯明速来省共商大计，陈炯明拒不应命。
陈炯明加紧与吴佩孚勾结。
北洋政府自直皖战争结束之后，形成了直奉两系联合执掌政权的局面。但是，由于靳云鹏内阁倒向直系，奉系则暗中联络皖系的残余势力，并与反直各派力量结成联盟，总统徐世昌亦对直系的专横不满，意欲引奉系为己援，遂应张作霖要求，准靳云鹏辞去内阁总理之职，任命梁士诒为内阁总理。
直系军阀曹锟、吴佩孚反对梁士诒，而吴佩孚这时已成天之骄子，他通电痛诋梁士诒媚日卖国。梁士诒在舆论的攻击下，请假去天津，张作霖则通电为梁氏辩护。吴佩孚发出反奉通电：“若有袒护梁氏者，即为吾人之公敌，当誓死杀尽，以除国奸。”梁士诒出走后，国务总理由外交总长颜惠庆暂代。
1922年4月初，吴佩孚偷偷地派人去广东，与陈炯明联系，要陈炯明武力反对孙中山北伐。
4月中旬，奉、直双方都布好了阵，直军以吴佩孚为总司令，以保定为大本营。奉军号称镇威军，设总司令部于落垡，张作霖自任总司令，孙烈臣为副司令，分3路出兵。
4月29日，直、奉大战爆发，双方在东路马厂、中路固安、西路长辛店展开猛烈战斗。这次战争只打了6天，奉军损失惨重，死伤3万多人，被俘4万多人，可谓损兵折将。
老官僚徐世昌自觉失算，他没料到奉军会败得这么快，只好下令通缉战争祸首梁士诒、叶恭绰（梁、叶已逃往日本）。吴佩孚对此不以为然，对记者说：“不惩办张作霖，誓不罢休。”
徐世昌不得不下令裁撤东三省巡阅使，张作霖免去本兼各职，听候查办。张作霖尚有东三省地盘，遂宣布东三省独立，自任东三省保安总司令。
此时，吴佩孚又秘密派人与陈炯明密约，吴佩孚在北方驱逐徐世昌，陈炯明在南方推翻孙中山，然后南陈北吴携手，吴为总统，陈为副总统，共同主宰中国政局。其步骤是：以黎元洪复位为第一步，藉黎之昏懦，利用废督裁兵，打倒曹锟以下各省督军，不成，则黎受其祸，再利用国会，急选总统，有机会则吴、陈出场，机会未熟则或举伍廷芳、蔡元培文人为正副总统，为吴、陈暂时之过渡。
曹锟也想夺取最高统治地位，一统南北，成为全国名副其实的统治者。他和吴佩孚在铲除徐世昌问题有着共同的目标。于是，他们用“恢复法统”之名，恢复旧国会，让黎元洪复位。暂时过渡一下，然后再由旧国会把他们捧上台。
吴佩孚发出恢复旧国会的通电，旧国会参众两院议长王家襄、吴景濂等立即在天津设立第一届国会议员通讯处，5月24日，又成立了“正式国会继续开会筹备处”。一些直系军阀根据曹锟、吴佩孚的旨意，纷纷发表通电，要求北南两总统同时退位。旧国会众参两院议员203人于5月31日发表宣言，宣布即日行使国会职权，取消南北政府，另组合法政府。
徐世昌见大势已去，决意辞职，于6月2日下令，由国务院摄行职务，自己乘车去天津。
吴佩孚不失时机地发出通电，曹锟也领衔10省督军、省长联名发表通电，称徐氏既退，请黎元洪复职。
黎元洪在直系军阀曹锟、吴佩孚的“拥戴”下，于6月11日入京，复任总统。次日，黎元洪宣布了第一道命令，即改组内阁，特任颜惠庆为国务总理兼外交总长，吴佩孚为陆军总长、谭延闿为内务总长、董康为财政总长、李鼎新为海军总长、王宠惠为司法总长、黄炎培为教育总长、张国淦为农商总长、高恩洪为交通总长、李烈钧为参谋总长。在谭延闿未到任前，由张国淦兼代；黄炎培未到任前，由高恩洪兼代。
黎元洪一上台，陈炯明便遵约配合吴佩孚，加紧策划推翻孙中山的活动。
马林和尼可尔斯基因为过于引人注目，不便去嘉兴，李汉俊因受到监视，也就留在上海。陈公博先在李汉俊寓所受了一场虚惊，从那里出来时又有暗探跟踪，费了很大的周折，才把“尾巴”丢掉，回到大东旅社睡下，次日黎明，就在他的房间隔壁发生了一起骇人的凶杀案，把他夫妇吓得魂不附体。
早上5点多钟，陈公博从睡梦中忽听有一声很尖厉的枪声，继而便闻有一个女人凄厉悲惨的呼叫。被谋毙者为一衣服华丽之少妇。
大名鼎鼎的大东旅社发生了一起凶杀案，立即引来好几位新闻记者，但那杀人凶手早已远飏。
7月31日晚发生了法国巡捕搜查“一大”会场事件，31日晨又发生了大东旅社杀人案。一夜之间两次受惊，吓得陈公博不敢再在上海停留，31日晚即与妻子一起乘车去杭州。
所以，陈公博也未出席南湖会议。
上午10时左右，代表们先后来到嘉兴车站。王会悟在南湖附近的鸳鸯湖旅馆，为代表们开了房间，让众人洗脸，吃粽子，暂且歇息。她托旅馆帐房先生代租画舫。
王会悟又与李达、张国焘等人来到南湖烟雨楼观察周围环境，选择画舫划行的合适路线和停靠地点。准备工作就绪后，王会悟领着众人来到湖畔，通过摆渡的小船，登上了事先租好的画舫。
这是一艘比较华丽的游船，雕梁画柱，陈设考究。在宽平的船头上搭有凉篷，便于遮阳挡雨，观赏风景。后舱是供游客休息和船工夫妇住宿的。为了会议安全，众人带着乐器和麻将牌，并在中舱备有酒菜，以游客的身份作掩护。王会悟则装扮成歌女模样，在画舫前舱放哨。
众人围坐在中舱的八仙桌四周的太师椅上。八仙桌上放着一套宜兴紫砂茶具。沏有龙井绿茶，将麻将牌摆在八仙桌上，若有别的画舫从近处经过，众人便拿起麻将。
11时许，下起了小雨，游人渐渐散去，湖面上更为清静。会议开始了。这次会议讨论通过纲领和决议、党的成立宣言，选举党的中央机构。
党的纲领和决议，已在前几次会议进行了比较深入的讨论，因而获得一致通过。在讨论《中国共产党成立宣言》时，对南北政府的看法有分歧和争论，便决定把成立宣言交即将组成的中央局处理。
最后选举中央领导机构。众人认为，全国党员人数不过50人，各地组织尚不健全，暂不成立党的中央委员会，先组成中央局，负责领导党的工作。会议选举陈独秀为中央局总书记，李达为宣传主任，张国焘为组织主任。
陈独秀未出席会议而被选为总书记，一则因为陈独秀是五四运动和新文化运动的领袖，并在宣传科学社会主义，筹建中国共产党的活动中，起了主导作用，享有很高的声望；二则列宁要马林向中国共产党传达他的意见：中国无产阶级还没有走上政治舞台，党的总书记一职，要找一个有名望的人，号召力要大点。
下午6时左右，中国共产党第一次全国代表大会胜利闭幕。当晚，代表们乘火车返回上海。
中共“一大”闭幕以后，马林多次提出要陈独秀辞去广东省教育委员会委员长职务，回沪任总书记，又派包惠僧去广州，向陈独秀汇报“一大”情况，请他回上海主持中央工作。
陈独秀在广州还同汪精卫、戴季陶等人一起兼任政务员职务。他南来广州，目的是推进广东革命事业，现在需要他回上海，他立即致函陈炯明要求辞去职务。陈炯明从广西桂林回电，极力挽留，并劝陈独秀：“望以教育为重，当风独立，我做我事，不萌退志为要。”
陈独秀辞职不获，只得借口医治胃病请假离粤。
9月中旬，陈独秀回到上海，仍住在渔阳里2号。从这时起，他就没有谋生的职业，也没有固定的经济收入。党组织只能发给脱离生产的共产党员每月30—40元生活费，这点钱当然不够陈独秀一家开销的。他虽然经常给党刊写文章，可给党刊写稿是没有稿费的。商务印书馆聘请他担任馆外名誉编辑，当时商务印书馆招聘的名流为馆外名誉编辑，月薪有高至五六百元的，但陈独秀表示：“月薪不必多，编辑事务也不愿太繁重，我的主要工作是办党，愿任商务名誉编辑，不过为维持生活。”
最后确定：陈独秀月薪为300元。但不久，陈独秀因党内事务而辞去名誉编辑。他经济上常常发生困难。
陈独秀到达上海的第二天，便同马林见面会谈，他们在中共与共产国际的关系问题上发生了争论，马林认为各国共产党都是国际的一个支部，中共的工作方针和计划，应在国际的统一领导之下制定。陈独秀认为中国革命有中国的国情，目前也不必要国际的经济援助。因此，谈了几次都谈不成。
有一次，马林的翻译张太雷跟陈独秀说：“全世界的共产主义运动，都是在第三国际领导之下，中国不能例外。”陈独秀出人意料地一拍桌子，道：“各国革命有各国情况，我们中国是个生产事业落后的国家，我们要保留独立自主的权力，要有独立自主的做法，我们有多大的能力干多大的事，决不让任何人牵着鼻子走。”
说罢，拿起皮包出门要走。张太雷仍然笑嘻嘻地请他坐下来谈。陈独秀不理，很气愤地走了。
陈独秀这个人喜怒形于色，当他发火的时候，也往往是他说话走火的时候。他平时和同志辩论问题，动辄拍桌子，砸茶碗，发作起来，过后才觉得适才的动作是过火了。他的作风生硬粗暴的老毛病，在担任中共总书记后，时常爆发。李达说陈独秀是“恶霸作风”，“这个家伙要有了权，一定先杀了人以后，再认错。”李达的批评未免偏颇，但陈独秀的粗暴作风，确是一大缺点。
在中央工作的只有他和李达、张国焘3人，别无工作人员。3人聚会常在陈独秀的住所楼下的客堂间或统厢房里。他们商定宣传工作，仍以《新青年》为公开宣传刊物，由陈独秀自己主持。李达编辑《共产党》月刊，作为秘密宣传刊物。张国焘主持劳动组合书记部的工作。中央局还决定成立人民出版社，出版15种共产主义读物。
10月4日下午2时许，有3位“白相人”突然从陈独秀的前门闯了进来。陈独秀的妻子高君曼加以阻拦，那3人先说要见陈独秀，又说要买《新青年》。
陈独秀从楼上下来，见此情形甚是惊疑，想从后门出去，但见后门已有人把守，无法脱身。不一会，来了两部汽车，随车来的巡捕把陈独秀、高君曼以及正在陈宅聚会的杨明斋、包惠僧、柯庆施共5人逮捕，《新青年》等印刷品也被搜去。
来到法租界巡捕房后，陈独秀报了假名王坦甫，其他人也都报了假名。
不久，邵力子和褚辅成去陈家访问时也立时被捕。褚辅成到巡捕房后，一见陈独秀在就拉住他的手说：“仲甫，怎么回事？一到你家就把我们拉到这儿来了。”
这下陈独秀暴露了身份。巡捕房查清邵力子、褚辅成的身份后，即释放。
第二天会审，公堂审问，说包惠僧等4人是陈独秀的党徒。陈独秀说：“他们是我的客人，高是家庭妇女，客人陪我太太打牌，有事我负责，与客人无关。”
法庭将高君曼释放，其他4人仍关押在狱中。陈独秀对包惠僧说：“家里有马林给我的信，如果被搜出来，可能要判七八年刑。我打算坐牢，你们出去继续干，不愿干也不必勉强。”
李达为了营救陈独秀，通报各地组织派人到上海来，并电请孙中山先生设法营救。孙中山打了电报给上海法租界的领事。各大报纷纷登载陈独秀被捕的消息，闹得满城风雨。10月7日，褚辅成和张继等将陈独秀保释出狱，但得随传随到。
10月9日，包惠僧、杨明斋、柯庆施也被保释出来。
马林请了法国律师巴和承办这个案子。10月19日，法庭判决：除陈独秀外都获释。26日，法庭结案：查《新青年》已被封闭禁止出售，被告明知故犯，罚洋100元，销毁查抄书籍，释放陈独秀。
陈独秀等出狱以后，才知道马林为了营救他们5人，花了很多钱，费了很多力，打通了会审公堂的各个关节，这才顺利结案。马林与陈独秀和中国共产党共患难，使陈独秀这位很重感情的人，顿时增进了对马林的感情。他们和谐地会谈了两次，以前的一切问题都得到适当解决，从此，中共接受共产国际的领导和经济的支援。
陈独秀加大马力工作，他签发《中央通知》，要求上海、北京、广州、武汉、长沙、济南各区，到明年7月以前发展党员30人，成立区执行委员会；全国社会主义青年团须超过2000名，中央局宣传部必须出版共产主义书籍20种以上；全力组织全国工会。
上海成立劳动组合书记部后不久，即在北京、武汉、湖南、广州、山东设立了分部，分部负责人分别是罗章龙、邓培（北京），包惠僧、林育南（武汉），毛泽东（湖南），谭平山、冯菊城（广州），王尽美（山东）。
1921年底，蔡和森、李立三等从法国回到上海，立即被批准吸收为党员。陈独秀留蔡和森在中央工作，派李立三到湖南从事工运。
孙中山在平定广西后，为了北伐大计，派外交总长伍廷芳代行总统职务。他自己于1921年10月17日乘军舰出巡广西，来到梧州。他在梧州接连召开了几个军事会议，并召驻节广西首府南宁的陈炯明来梧州商讨北伐事宜。但陈炯明竟托词拒召，使孙中山出巡广西之行，一开始就蒙上了一层阴影。
孙中山委曲求全，立即亲赴南宁，与陈炯明会商北伐问题，要求陈调粤军40营参加北伐，并供应北伐军饷。陈既不敢公开抗命，也不作明确承诺。孙中山对陈耐心开导，提出或者派陈为北伐主帅，自己留守后方作支援北伐的工作；或者是自己率军北伐，陈炯明留守后方支援北伐。陈炯明表示愿意留守后方，每月接济北伐军50万元。
孙中山返回梧州决定先在桂林设立北伐大本营，然后取道湖南大举北伐。陈炯明则回广州主持广东政务。
孙中山于12月4日在桂林设立北伐大本营。此时，共产国际代表马林在张太雷的陪同下来到桂林，与孙中山会面。孙中山与马林先后会谈了3次，马林向孙中山介绍了苏联的新经济政策、红军的政治训练等情况，并向孙中山建议：改组国民党，创办军官学校，与中国共产党合作。
孙中山对马林的建议表示欢迎，虽然他当时只想同苏俄建立非正式的联系，但这次会见增强了他对共产国际和苏俄的了解。会见后，孙打电报给广州的廖仲恺等人，说他见过马林，心里非常高兴。孙中山又介绍马林到广州同廖仲恺等人会面。
送走了马林，孙中山倾全力于北伐的准备工作，他运筹帷幄之中，决胜千里之外，整饬云集在桂林的5万大军。1922年2月3日，孙中山下令北伐，以李烈钧为参谋长，胡汉民为文官长，朱培德为滇军总司令，彭程万为赣军总司令，谷正伦为黔军总司令。兵分两路；李烈钧率滇、黔、赣各军为第一路进攻赣南和鄂东；许崇清率本部粤军为第二路联合湘军，出湖南，直攻武汉。
陈炯明却勾结吴佩孚，反对北伐，又联合湖南督军赵恒惕，阻止北伐军入湘。他在“库储支绌，亟须统筹收束”的借口下，一次裁兵达20营之多，这对北伐无异于釜底抽薪。陈对于接济北伐的承诺，以两面派的手法，加以抵制。时近半年，汇至桂林的款不足10万，子弹未送一颗。
粤军参谋长兼1师师长邓铿，早已倾心孙中山，北伐军的军饷全靠他和廖仲恺合力筹解。陈炯明对邓十分恼怒，3月21日，他派人去广州火车站暗杀了邓铿。
邓铿被害，风云突变，波澜迭起。孙中山立刻召开大本营紧急会议，决定变更北伐计划，下令在桂各军改道江西，为避免陈炯明的阻挠，秘密返粤，继续北伐。
不料北伐军先遣司令谢文炳接到命令，却派人向陈炯明告密。陈炯明秘密调去驻浔州一带的叶举、杨坤如部50余营开回梧州，并令驻广州的粤军1、2师加强戒备，企图以武力阻止北伐军回粤。
4月9日，北伐军行抵濛江，即遭到防守该地的陈炯明部的阻拦。孙中山下令不得阻止北伐军的行程，否则武力对待。
陈军因兵力尚未集中，只好作罢。
孙中山率北伐军抵达梧州，电召陈炯明来梧面商北伐问题，却遭陈炯明的拒绝。孙中山再派廖仲恺到广州力劝陈炯明赴梧州与孙中山面商北伐问题，陈炯明不但拒绝前往，而且以电辞本兼各职相要挟。
孙中山准陈炯明辞去广东省长、粤军总司令、内务部总长之职，保留其陆军总长一职，令其先返海丰家中休养，以示警告。
陈炯明即调动部队，令叶举、熊略、翁式亮诸将抛弃广西，尽调率所部回粤，又令省垣各将积极备战，力拒北伐军东下。但是，广州城的部队为1、2师，1师师长梁鸿楷以邓铿死事可疑，2师将士以师长洪兆麟在沪态度不明，都拒绝陈炯明的调遣，3师师长魏邦平则倾向孙中山。叶、熊、翁诸部在桂又为驻梧北伐军所拒守，难以返粤。陈炯明无力抵抗，遂于4月12日深夜退走惠州。
蒋介石等力主进攻石龙、惠州消灭陈炯明，然后回师广西消灭叶举所部。他向孙中山说：“先生，如果不彻底解决陈家军问题，将来后患无穷，我也只有辞职而去。”
孙中山以陈炯明叛迹未彰，粤军在桂奋斗数年，尤须保之，对蒋介石的意见未加接纳。他主张对陈炯明施以殊恩，当能感奋。蒋介石便回浙江奉化给母亲守制去了。他在离开广东时给陈炯明写一封信，劝曰：
吾公如能深信中正之言，采纳一二，勿听细人之谗，勿堕宵小之计，服从总理，共图北伐，则中正虽守制未终，尚思待罪疆场，执鞭以从，聊供指臂之助。
4月23日，孙中山返抵广州，即委任陈炯明为北伐军第一军总司令，并向陈炯明表示：“不生异词，必当倚任如前。”他又派伍朝枢、古应芬、居正、廖仲恺、马君武、汪精卫、程潜等到惠州、敦促陈炯明回省城。许崇清、魏邦平、梁鸿楷、李福林、黄大伟、李云复、徐军雁等粤军将领，致电陈炯明，劝其返穗。
但陈炯明拒绝出任北伐军第一军总司令，声称“自今后，息影田庐，躬耕养母。”
孙中山以极其恳挚的言辞，给陈炯明发去了电报：“革命既无半途而废之理，十年患难道义之交，一旦相弃，纵弟不求谅于人，兄则何忍为之。望兄速取消退隐之志，投袂而兴，终始国事，庶几执信、仲元得以瞑目。”
陈炯明表面上造成放刀成佛、卖剑买牛的假象，暗地里却积极筹兵备械，图谋不轨，设下“明修栈道，暗渡陈仓”之诡计。他从广州退回惠州时，就从广州兵工厂、永济火药库及汕尾兵工厂带走大批枪支弹药，并在一个月内，添募40余营新兵，为发动叛乱积极作准备。
孙中山对北伐抱着一息尚存、此志不懈的精神，于5月6日从广州赴韶关督师，设大本营于韶关。他举行北伐誓师大会，发布总进攻令，北伐军分3路6防线，向江西发起进攻：李烈钧任中路总指挥，以滇军朱培德三旅、黔军谷正伦三旅、赣军李明扬一旅为中路第一线，曾昭所部滇赣联军10营为中路第二线，进攻大庚、南康；黄大伟任右翼总指挥，以本部一旅，李福林8营、赖世璜一旅为右翼第一线，又以梁鸿楷所部全军为右翼第二线，进攻三南、信丰；许崇清任左翼总指挥，以粤军关国雄、吴忠信等二旅为左翼第一线，又以边支炳所部全军为左翼第二线，联络湘军，攻仁化、汝城等。
6月13日，北伐军攻占赣州，直系军阀陈光远弃城而逃。
随后，北伐军进据吉安，直逼南昌。
正当北伐军跃马挥戈、节节胜利之时，陈炯明发动了反革命叛乱。陈炯明部叶举、翁式亮、杨坤如等于5月18日率部进入广州，设总指挥部于白云山郑仙祠。要求孙中山恢复陈炯明各职，并罢免伍朝枢、胡汉民、蒋尊簋、廖仲恺、谢慧生、程天斗等人之职，革除许崇清军长职务，粤军全部归陈炯明管辖，否则即以武力解决。
孙中山始终动以至诚，采纳汪精卫的建议，任命陈炯明为陆军总长办理两广军务，所有两广军队，悉归节制调遣。陈炯明仍以两面派的手法对付孙中山，表示：“愿竭能力以副委任。倘有不听吾命令而反对中山者，吾惟有自杀以谢国人”，暗地里却加紧筹饷，并密令叶举诸部接收兵工厂，占领石井军火药库。在粤汉铁路沿线布防，在新街铁路站以南一带抢修碉堡和战壕。
叶举诸部盘踞广州，向财政部闹索饷风潮。孙中山令廖仲恺筹款清还军饷。他们领取军饷后，又故意向省银行强迫兑现，造成挤兑风潮，引起社会秩序的混乱。
乱云飞渡，形势日益险恶。廖仲恺为了稳定广州局势，电请孙中山返穗坐镇，震慑邪气。6月1日，孙中山回到广州，致电陈炯明速来省共商大计，陈炯明拒不应命。
陈炯明加紧与吴佩孚勾结。
北洋政府自直皖战争结束之后，形成了直奉两系联合执掌政权的局面。但是，由于靳云鹏内阁倒向直系，奉系则暗中联络皖系的残余势力，并与反直各派力量结成联盟，总统徐世昌亦对直系的专横不满，意欲引奉系为己援，遂应张作霖要求，准靳云鹏辞去内阁总理之职，任命梁士诒为内阁总理。
直系军阀曹锟、吴佩孚反对梁士诒，而吴佩孚这时已成天之骄子，他通电痛诋梁士诒媚日卖国。梁士诒在舆论的攻击下，请假去天津，张作霖则通电为梁氏辩护。吴佩孚发出反奉通电：“若有袒护梁氏者，即为吾人之公敌，当誓死杀尽，以除国奸。”梁士诒出走后，国务总理由外交总长颜惠庆暂代。
1922年4月初，吴佩孚偷偷地派人去广东，与陈炯明联系，要陈炯明武力反对孙中山北伐。
4月中旬，奉、直双方都布好了阵，直军以吴佩孚为总司令，以保定为大本营。奉军号称镇威军，设总司令部于落垡，张作霖自任总司令，孙烈臣为副司令，分3路出兵。
4月29日，直、奉大战爆发，双方在东路马厂、中路固安、西路长辛店展开猛烈战斗。这次战争只打了6天，奉军损失惨重，死伤3万多人，被俘4万多人，可谓损兵折将。
老官僚徐世昌自觉失算，他没料到奉军会败得这么快，只好下令通缉战争祸首梁士诒、叶恭绰（梁、叶已逃往日本）。吴佩孚对此不以为然，对记者说：“不惩办张作霖，誓不罢休。”
徐世昌不得不下令裁撤东三省巡阅使，张作霖免去本兼各职，听候查办。张作霖尚有东三省地盘，遂宣布东三省独立，自任东三省保安总司令。
此时，吴佩孚又秘密派人与陈炯明密约，吴佩孚在北方驱逐徐世昌，陈炯明在南方推翻孙中山，然后南陈北吴携手，吴为总统，陈为副总统，共同主宰中国政局。其步骤是：以黎元洪复位为第一步，藉黎之昏懦，利用废督裁兵，打倒曹锟以下各省督军，不成，则黎受其祸，再利用国会，急选总统，有机会则吴、陈出场，机会未熟则或举伍廷芳、蔡元培文人为正副总统，为吴、陈暂时之过渡。
曹锟也想夺取最高统治地位，一统南北，成为全国名副其实的统治者。他和吴佩孚在铲除徐世昌问题有着共同的目标。于是，他们用“恢复法统”之名，恢复旧国会，让黎元洪复位。暂时过渡一下，然后再由旧国会把他们捧上台。
吴佩孚发出恢复旧国会的通电，旧国会参众两院议长王家襄、吴景濂等立即在天津设立第一届国会议员通讯处，5月24日，又成立了“正式国会继续开会筹备处”。一些直系军阀根据曹锟、吴佩孚的旨意，纷纷发表通电，要求北南两总统同时退位。旧国会众参两院议员203人于5月31日发表宣言，宣布即日行使国会职权，取消南北政府，另组合法政府。
徐世昌见大势已去，决意辞职，于6月2日下令，由国务院摄行职务，自己乘车去天津。
吴佩孚不失时机地发出通电，曹锟也领衔10省督军、省长联名发表通电，称徐氏既退，请黎元洪复职。
黎元洪在直系军阀曹锟、吴佩孚的“拥戴”下，于6月11日入京，复任总统。次日，黎元洪宣布了第一道命令，即改组内阁，特任颜惠庆为国务总理兼外交总长，吴佩孚为陆军总长、谭延闿为内务总长、董康为财政总长、李鼎新为海军总长、王宠惠为司法总长、黄炎培为教育总长、张国淦为农商总长、高恩洪为交通总长、李烈钧为参谋总长。在谭延闿未到任前，由张国淦兼代；黄炎培未到任前，由高恩洪兼代。
黎元洪一上台，陈炯明便遵约配合吴佩孚，加紧策划推翻孙中山的活动。
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