国民党在军事上，从大陆撤退下来的蒋军，号称60万之众，但实际上这些未经整补训练的残兵败将，是乌合之众，根本无战斗能力，早已成为惊弓之鸟，或官多于兵，或有官无兵，空留番号。官兵成分也是五花八门，职业军人中，混杂着从大陆裹胁来的农民、渔民及流亡学生；正规野战师团中，也有保安团等地方武装。空军有8．5万人，各型飞机400架，但缺乏维修的零件，真正能作战的只有半数。汽油储存量也只有2个月。海军有3．5万人，舰艇约为50艘，与空军面临相同困难；零件、燃料皆不敷接济。
经济严重困难，人心不稳，台湾人民对蒋介石的“光临”并不欢迎。台湾人民被日本奴役长达半个世纪，回到祖国怀抱，盼的是过上自由康乐的生活。但随着国民党大员的到来，腐败风、涨价风也随之吹到台湾，造成工人失业，市民破产，农民陷于生活绝境。
以四大家族为核心的蒋家王朝，曾在大陆有几年热闹风景，如今落得风流云散，分崩离析。
宋子文没有陪妹夫蒋介石在大陆坚持到底。中共把他列为重要战犯，国民党内又有人说他侵吞巨款，要他至少交出全部财产的一半。美国人大骂蒋介石政权腐败时，也总忘不了把他扯进去。他在大陆无法呆下去了，便于1949年1月辞去广东“省长”职务语。认为整个自然界就是宇宙间唯一的实体，实体自身即是，带着妻子张乐怡先走香港，转巴黎“治病”，6月10日踏上美国，去料理他的大量家财。
孔祥熙和宋霭龄极力促成蒋介石、宋美龄的婚姻，成了蒋家王朝在大陆的第一号聚敛之臣，曾一身兼“行政院长”、“财政部长”、“中央银行总裁”3要职。终因侵吞美金公债的贪污案，被宋子文、政学系、CC系联合挤下了台。于是，宋霭龄从美国来电，称她要在美国开刀，要他前往。孔遂于1947年去了纽约，住在里弗代尔的自家别墅里，经营他的银行业去了。
陈果夫、陈立夫随国民党党部一起迁来台湾。陈氏兄弟当年深得蒋介石知遇，成为蒋介石反共事业的中坚，他们结党营私，形成了渗透于党、政、军、文化教育、财经各方面的CC系。形成“蒋家天下陈家党”的局面。这不能不使蒋介石感到，自己的统治正面临着CC派的潜在威胁，从而埋下了蒋陈明争暗斗的种子。陈氏兄弟为了扩大实力，常常以党内民主派的姿态出现，对蒋多有微词。蒋介石想让蒋经国逐步接管党务系统，而CC派却不给面子，霸住阵地不让。1946年3月，蒋介石想让陈果夫让出中央组织部长而外放为浙江省“主席”，他对陈果夫说：
“你做一部分事情做得好，在中央做不好。”
陈果夫当即顶撞说：“现在中央谁又做得好？！”他不肯让出组织大权。
CC派还想扩张势力，建议把蒋经国任教育长的三青团中央干部学校与CC派把持的国民党中央党校合并，成立“国立政治大学”，企图吞掉蒋经国的三青团干部。老谋深算的蒋介石将计就计，提出由自己兼任“国立政治大学”校长，由蒋经国任教育长。CC派便暗中唆使“政大”学生闹事，在公告栏中贴出校长蒋中正的告示：“奉教育部××号令，国民政府主席任命蒋经国为国立政治大学教育长。特此遵照公告，仰全校师生一体知照。”学生们怒吼：“反对儿子教育长！”“反对父子家校！”“蒋经国滚开吧！”
蒋介石获知，勃然大怒，立即电召陈立夫，予以严词训斥，但小蒋因此未能当上教育长。
1947年秋，蒋介石把国民党与蒋经国的三青团合并。蒋经国率领大批亲信进入党的中央，硬性打入CC派的势力范围，矛盾因此加深。
1949年1月，蒋介石被迫下野前召见有关人士，将积蓄已久的愤懑爆发出来，破口大骂：“共产党没有打败我。打败我的是自家的国民党。”然后他转脸指着陈立夫说：“就是你们一班人。”他赌咒发誓，今后永不进中央党部的门。
蒋介石到台湾后，觉得CC系是个累赘。在大陆时，蒋为了借重CC派对付其他派系，不得不倚重二陈。在台湾孤岛，桂系集团已彻底崩溃，其他地方派或是有将无兵，或是有兵无将，均不成其为目标了，只剩下CC派了。而蒋介石也从自己人生的大起大落中，看透了人情冷暖与世态炎凉，决意将来要由骨肉至亲的蒋经国继承“大宝”，卧榻之侧，自容不得陈氏兄弟酣睡。再者，美国人早就因蒋、陈勾结而对国民党有所抨击，为了取悦美国而牺牲二陈，是合算的。
CC派又与蒋介石的“顾命大臣”陈诚闹得不可开交。陈诚亲历了国民党由兴盛而衰败的历程，深知人心的力量比飞机大炮和原子弹还大。他在台湾任“省主席”，特别是“行政院长”之后，想进行各项改革以稳定台湾局面，因而他希望其“行政院”的令行有威，要求援例享受“立法院”授予“行政院”可以行政令代替法律的特权，遭到陈立夫把持的“立法院”拒绝。陈诚仍不肯善罢甘休，随即以“行政院”名义致函“立法院”，要求代行许多本属“立法院”的职权。又被“立法院”予以否决。陈闻讯大怒说：“授权案乃是被他CC派所否决，从此行政院长只有陈立夫能当，本人决心马上辞职。”并宣布“行政院”立即休会。
陈诚又向蒋介石告状，建议把陈立夫和CC派骨干统统送到火烧岛去监禁起来，陈立夫见事情闹成轩然大波，而蒋介石又偏向陈诚，便避居到台中去了，并写信给蒋介石请求出国。
蒋介石本来就想驱逐陈立夫，他已经不看陈氏国民党中央党部给他送来的文件，拒绝参加国民党中常委召开的会议。于是蒋托卧病于榻的陈果夫转告陈立夫，准许其离开台湾。同时，蒋经国和陈诚请CC派的两员大将余井塘、张道藩吃饭，饭后陈诚请余、张给陈果夫传达蒋经国一句话：“陈立夫是个混蛋！”
鉴于蒋介石不出席中常会，也退而不看中央党部的文件，1950年6月22日，国民党中常委开会时，CC派大将肖铮提出建议：全体中常委自觉辞职，以便让蒋总裁实施对党的改造。此建议被通过，并派于右任、居正、邹鲁3元老去见蒋介石。
蒋介石胸有成竹，随后召见陈立夫问：“你们兄弟俩跟我一起为三民主义奋斗了几十年，当初没有想到会被共产党赶到这个海岛上来吧？”
陈立夫摸不清蒋的用意，顺口应道：“确实没想到会有今天的这个局面。惭愧！”
蒋介石又问：“我不知道你对我党的改造现在有什么考虑？”
陈立夫察言观色，沉默片刻说：“我是认为，大陆失败，党、政、军3方面都应有人出面承担责任。党的方面，当然由我和果夫承担。我俩就不适宜参加党的改造了。”
蒋介石听了，只是淡淡一笑，没有再出声。
7月下旬，蒋介石宣布了他指定的中央改造委员会及中央评议委员名单，中央改造委员仅有陈诚、蒋经国、张道藩、张其昀等16人。CC派只有张道藩、谷正纲两位幸存者，其余14人中有10人是名不见经传的小人物，包括蒋介石的侍从秘书5人，余下的不是蒋经国的亲信，便是陈诚派的成员。这个16人的小班子，取代了原来460人组成的第六届中央委员会，成为国民党的最高权力机关。
陈立夫在四周的舆论压力下，在苦闷的气氛中，只好离开台湾去美国，蒋介石送他5万美元。而陈果夫则于1951年8月病死于台北。
其他非蒋派系的情况，也大同小异，以张群、王世杰、吴铁城为首的政学系，也逐渐瓦解，失去了往日的影响力。虽然尚未烟消云散，但也已日薄西山。张静江、戴季陶一手扶植的朱家骅也早已失势。台湾成了蒋介石的一统天下，国民党成了蒋家店。
有很多国民党要员，更把台湾视为一个“等待爆炸的火药库”。在蒋氏父子退台前后，纷纷带着金银细软外逃，自我放逐。曾任“台省主席”的魏道明，寄居巴西；做过东北方面大员的熊式辉滞留香港；原大名鼎鼎的徐州“剿总”总司令的刘峙竟不顾上将之尊，跑到印尼当了华侨中学教员。
国民党在大陆选出的“国大”代表有1300余人，有的留在大陆，有许多人已成为北京新政协的代表，有的则不知逃向何处，担任过“行政院院长”的翁文灏，在撤出大陆时，任“民国公营事业资源委员会主任”，不愿跟随蒋介石而寓居香港，蒋介石请他去台，并说，若不愿去台，由经济部赠美金5万元请他赴法国研究及讲学，以免翁文灏北上投奔新中国，翁便到法国住了一年多，他思乡心切，向往新中国，终于辗转回到北京，受到周恩来总理等人的热烈欢迎。翁文灏的两名助手，原“民国公营事业资源委员会副主任”钱昌照、孙越崎从香港起义到北京，受到新中国的重用。
有些从大陆迁台的企业家，机器设备刚运到台湾，终于放心不下，又高价雇船，将机器迁到南美去了。
1950年新年伊始，对蒋介石集团并不吉利，美国总统杜鲁门于元月5日在华盛顿举行记者招待会，公开宣布抛弃台湾：
“美国对台湾或中国其他领土没有野心。美国无意在台湾谋求特权优惠或建立军事基地，也无意利用其军事力量干预现状。美国政府不采取导致卷入中国内战的方针。
同样，美国政府不对台湾的国民党军队提供军事援助或意见。美国政府认为台湾的资源足以使他们获得保卫该岛所必需的物资。美国政府建议在现行立法许可范围内，继续执行目前的经济台作署的经济援助方案。
同时，美国宣布从台湾撤退侨民。
这无异给了蒋介石当头一重棒。蒋介石赶忙下令让平时受到严格新闻控制的台湾报纸，不得登载半纸只字；只有少数几个掌权者，才了解事态的严重性。蒋夫人宋美龄，逗留美国经年，备受杜鲁门的冷漠鄙夷，于1950年1月13日默然归台。
原来，美国在1949年底得到密报，毛泽东在莫斯科受到冷落，美国国务卿艾奇逊认为有隙可乘，如能使毛泽东“铁托化”，与美苏保持等边关系，符合美国的根本利益。艾奇逊的主张，符合杜鲁门心意。于是当毛泽东在莫斯科的访问迟迟没有进展的时候，美国乘隙而入作文章。当然美国政府早已对蒋介石集团冷淡。在1949年8月5日，美国国务院发表的《中美关系白皮书》中，将蒋介石集团的腐败、昏庸、专制、无能一一历数，以说明国民党的失败是咎由自取，完全是自己造成的，并不是美国支持不力，蒋经国对这份白皮书的评价是：“说得难听一点，无异是宣布我政府的死亡证书，同时暗示如何办理后事。”
1950年3月1日，蒋介石正式宣布：恢复他的“中华民国总统”职务，并给在美国的李宗仁发去一封电报，通知李，由于时势与环境的需要，他已在台北复任“总统”，希望李以“副总统”的身份在美国作他的专使，在友邦争取外援云云。李宗仁立即通过甘介侯在美国各报刊发表声明，谴声蒋介石恢复“总统”职位为违宪行动。李引证“宪法”第49条规定：“总统缺位时由副总统继位”，“正、副总统”均缺位时，由“行政院长”代行职权，并由“立法院长”于3个月内召集“国民大会”补选“总统”。他指责蒋介石说，即使我“代总统”缺位，也该由“国民大会”来补选“总统”，你蒋介石将“总统”职务移交李宗仁之后，已成为一个平民，一个平民怎能自称为“中国总统”？
对李的声明，蒋介石置之不理。
美国政府收到蒋介石恢复“总统”职位的正式通知，又承认蒋介石是“中国政府”的“首脑”，还声明说，关于谁是中国“总统”的问题，是一个由“中国政府”自己决定的问题。
蒋介石复“总统”职位后，第一件事就是清理门户，把台湾搞成名副其实的“蒋记”独家统治。但他的亲生子蒋经国资望尚浅，此时不便一下子把他摆在太惹眼的位子上，怕弄出“蜀中无大将”的寒酸相，有碍各方的观瞻。因此，必须另外物色人选出任“行政院长”。这个人必须对老蒋、小蒋都忠诚不二，既能帮助老蒋支撑眼前局面，又能保证小蒋的地位稳步上升。符合这些条件者，只有陈诚。
陈诚是四星上将，历任“国民党政府军政部长”、“东北行营主任”、“参谋总长”、“台湾省政府主席”兼“东南军政长官公署长官”等要职。陈诚的优点是治军严格，要求部下不贪财，不怕死，在军中实行人事、经济、意见三大公开，个人操守比较廉洁检点。在贪污腐败成风的国民党显贵中，确属佼佼者。但更主要的是陈诚对蒋忠诚，他与小蒋的关系处得又好，因他的夫人拜宋美龄为干妈，与蒋夫人的关系也非寻常。
于是，蒋介石让陈诚代替阎锡山出任新的“行政院长”，组织台湾“内阁”。陈诚的台省“主席”位子由美国人欣赏的吴国桢递补，外国桢毕业于美国普林斯顿大学，获得博士学位，一向推崇资产阶级国家的一套法制，有“民主先生”之称。“陆军总司令”一职由孙立人担任。孙立人也在美国受过高等军事教育，在军中一副美国式作风，也很讨华盛顿喜欢。美国人很早就寄希望于吴国桢和孙立人，希望他俩掌握实权甚至取代蒋介石。1949年10月，郑介民受蒋介石之命出使华盛顿。郑从美国携回3方案，其中之一是美国希望台湾厉行改革，由吴国桢担任台省“主席”，使台湾“人民获得更多的参政机会”。此时的蒋介石政权，内外交困，阮囊羞涩，争取美援是它的第一要务。蒋介石任用吴国桢和孙立人是为了讨美国的青睐。他对争取美援，一往情深，从未气馁；然而一旦达到目的，就立马换人。
孙立人曾在抗战中立下卓著的战功，美国人称他是“史迪威的孩子”。后来孙奉命调任“陆军训练司令”，赴台练兵，他有3个军的番号，美国人又称他训练的军队为“新军”，称他为“伟大的军事家”、“常胜将军”等，又向李宗仁和蒋介石建议由孙立人出任台湾省“主席”。陈诚得知这一消息后，立即以攻为守，表示愿意让位给孙；蒋介石也向孙表示格外亲切。但这不过是陈诚和蒋串演的一出双簧戏，陈诚不仅没有从省“主席”的位子上退下来，反而集军政大权于一身。孙立人见到美国人时情绪低落，埋怨美国人不肯及时行事，落得一场空忙。美国人便通过各种渠道，制造“台湾地位未定”的说法，防止蒋介石去台。
蒋介石去台湾之前先到马公岛，并想办法探测孙立人与美国的关系已达到多深的程度。他派国民党驻菲律宾“大使”陈质平去见孙立人，由陈为他投石问路。陈向孙立人说：
“蒋先生不想亡命国外，但求台湾一席之地。若孙将军以为未便，则他父子迳去马尼拉矣。”
孙立人听后吓了一跳，知道蒋对他不放心，便连夜召集人商量对策。次日，孙立人率部下去马公岛，表示欢迎蒋介石去台。孙立人说：“台湾一切当以领袖之命是从！”
蒋介石这才稍稍放心，高兴地握着孙立人的手说：“蒋某人从此息影田园，再不过问政治。孙将军将来可以出任陆军总司令。”
蒋经国被安排在“国防部总政治部主任”的位置上，编阶为三星上将（二级）。官衔虽说不高，但权力却非常之大。他主管的政治部，负责监督筹划情报业务，对去大陆的特务活动的派遣和指挥。另外，蒋经国又兼任“总统府”机要室资料组长，指挥管辖一切党政特务机构。因此，吴国桢当面对蒋介石说，经国兄管特务，“事情做得再好，天下人都是怨恨的。”
蒋介石将其他逃到台湾的国民党诸元老，纷纷打入冷宫。白崇禧被蒋骗到台湾后，挂了个“总统府战略顾问委员会副主任”的空名，实际上处在一种无形的软禁状态。一次，白的妻子去香港，到了机场，检查人员对她说：
“你的皮包如果有信件，应该交出来寄去，不应该由你带去。”
白的妻子果然取出一封信，随手撕毁，说没什么要事，不必交出邮寄了。
白崇禧和薛岳的家，都曾被蒋经国派人去检查过，连地板都被挖开搜查一遍。名义上说是对所有人都要搜查，实际上，只有白、薛两家如此。每逢当局攻击李宗仁时，白无例外地都要随声附和，发表一通攻击李的言论，以明心迹。白这种“待决之囚”的模样，台湾的同人见了为之可怜。
何应钦到台湾后，也只是挂了个空有其名的“战略顾问委员会主任”的牌子。何应钦自知大势已去，因此处处做出一副绝意于政坛的样子。自称是除了“三打”之外什么也不打了：一打桥牌，二打猎，三打球。后来他又转而成为所谓“道德重整会”的“专家”，写写“道德”文章。一次，何应钦去东京，久久未回台湾，蒋介石便起了疑心，急派张群去东京“促驾”。
阎锡山到台湾后，当了几天有职无权的“国防部长”，后改任“总统府资政”。蒋介石不让他染指自己的“反共大业”，他只有躲在台北附近的一座山上，写空头反共文章去了。
顾祝同、汤恩伯、胡宗南之辈也都统统靠边站。
蒋介石复职以后，急切地采取措施，安定台湾局面。1950年3月，他在总理纪念周的集会上，面对2000名国民党中上级干部，作了一次演讲，其要点是：（1）“虚心接受”大陆失败的教训；（2）不惜牺牲感情与颜面彻底改造国民党“政府”；（3）自己将鞠躬尽瘁，争取“最后胜利”。
蒋介石一贯板起面孔教训人，如今能当众认错，同时众人又亡命海外，同病相怜，因此，与会者大多落泪。
蒋介石觉得是狠抓改造的时候了，他在日记中写道：“近日独思党政改革方针与着手之点甚切，此时若不能将现在的党彻底改造，决无法担负革命工作之效能也。其次为整顿军队，以求内部精纯，团结一致。”
蒋介石越想越觉得，国民党经济、军事、外交、教育等方面的失败，还不是最大的失败，最大的失败是政治上的失败，而导致政治失败的最重要原因是党的建设的失败。蒋经国在日记中记述了蒋介石改造国民党的决心：“父亲认为：‘改造要旨，在湔雪全党过去之错误，彻底改正作风与领导方式，以改造革命风气；凡不能在行动生活与思想精神方面，彻底与共党斗争者，皆应自动退党，而让有为之志士革命建国也。’父亲抱着破釜沉舟的决心，来改造本党，无非欲重整旗鼓，自力更生，以达成反共复国之使命。”
蒋介石以16人的“中央改造委员会”取代国民党中央委员会。这个领导班子的平均年龄48岁；蒋又使三军首领年轻化。任命周至柔为“国防部长”、桂永清为“海军总司令”、王叔铭为“空军总司令”、孙立人为“陆军总司令”。
蒋介石痛定思痛，得出结论：政治工作尤为重要。他强调，要和共产主义战斗，必须“七分政治，三分军事”。首要的问题是加强政治宣传，以收拾人心，鼓舞士气。他开动所有的宣传机器，硬要人们相信，台湾会成为“反攻大陆的基地”，并且还订了“一年准备，二年进攻，三年扫荡，五年成功”的日程表。
蒋介石在经济上也采取了一些“改革”措施。他令台湾省“财政厅长”严家淦以从上海偷运来的200万两库存黄金为准备，限额发行新台币2亿元。每新台币1元合旧台币4万元，每5元新台币合1美元。此项币制改革，遏制了通货膨胀，使之不演变为恶性。
蒋介石一贯反对孙中山的“二五减租”政策。他亡命到台湾之后，不得不实施“土地改革”政策，实行“三七五减租”。此前台湾佃农要缴纳收获量的50％乃至70％给地主。实行“三七五减租”政策后，佃户可从收获量中减除25％的肥料等实际费用，其余部分，再由地主和佃户对半均分，各得37．5％。
在治安方面，蒋介石的措施更为严厉，他让陈诚以“行政院”名义发布紧急命令，防止官兵逃亡，规定人民“出国”探亲游历一律禁止，政府官员因公“出国”，须“行政院”审核批准。接着又公布了检肃“匪谍”条例，规定：各机关部队学校人员必须连保，发现可疑人物必须告密检举。这是蒋介石在大陆的“保甲连坐法”的翻版。同时，禁止集会、游行、请愿、罢工、罢市、罢课，管理书刊出版。是共产党人者，则列入危险分子，格杀勿论。有“通共嫌疑”者，一律投进监狱，或用麻袋捆扎，不必经司法程序，丢到海里，无辜受害者不计其数。台北市郊，植物园附近的马场町，是枪毙人的刑场；在那些岁月，频频传出枪毙“匪谍”的枪声。大逮捕大屠杀，令人恐怖异常。蒋经国所指挥的5万多人的特工队伍，气势实不亚于明朝的锦衣卫。
1950年3月，台湾最大的两家企业的总经理被枪毙。台糖公司总经理沈镇南、人事室主任林良桐以“故意不出售糖，保留物资让共产党来接收”之罪被枪毙，其部下多人被判刑。
但没有人会相信他们是共产党；台电公司总经理刘晋钰以“其子在台大参加左倾团体被捕，刘将他保释出狱后，纵其赴大陆”罪名被枪杀，刘晋钰的职员严惠先以“通共嫌疑”罪而被杀。
台湾当局又称破获中共地下组织，如吴石案、蔡孝乾案、《新生报》董事长李友邦案等。《中央日报》仅在1950年上半年以《匪谍×××数犯被枪决伏法》等标题，一星期内出现好几次，连诺贝尔奖得主李政道之母张明璋女士和儿子李崇道，因在家里留宿一位旧时广西大学同窗，竟然也被课以“掩护匪谍”罪投进监狱。
经济严重困难，人心不稳，台湾人民对蒋介石的“光临”并不欢迎。台湾人民被日本奴役长达半个世纪，回到祖国怀抱，盼的是过上自由康乐的生活。但随着国民党大员的到来，腐败风、涨价风也随之吹到台湾，造成工人失业，市民破产，农民陷于生活绝境。
以四大家族为核心的蒋家王朝，曾在大陆有几年热闹风景，如今落得风流云散，分崩离析。
宋子文没有陪妹夫蒋介石在大陆坚持到底。中共把他列为重要战犯，国民党内又有人说他侵吞巨款，要他至少交出全部财产的一半。美国人大骂蒋介石政权腐败时，也总忘不了把他扯进去。他在大陆无法呆下去了，便于1949年1月辞去广东“省长”职务语。认为整个自然界就是宇宙间唯一的实体，实体自身即是，带着妻子张乐怡先走香港，转巴黎“治病”，6月10日踏上美国，去料理他的大量家财。
孔祥熙和宋霭龄极力促成蒋介石、宋美龄的婚姻，成了蒋家王朝在大陆的第一号聚敛之臣，曾一身兼“行政院长”、“财政部长”、“中央银行总裁”3要职。终因侵吞美金公债的贪污案，被宋子文、政学系、CC系联合挤下了台。于是，宋霭龄从美国来电，称她要在美国开刀，要他前往。孔遂于1947年去了纽约，住在里弗代尔的自家别墅里，经营他的银行业去了。
陈果夫、陈立夫随国民党党部一起迁来台湾。陈氏兄弟当年深得蒋介石知遇，成为蒋介石反共事业的中坚，他们结党营私，形成了渗透于党、政、军、文化教育、财经各方面的CC系。形成“蒋家天下陈家党”的局面。这不能不使蒋介石感到，自己的统治正面临着CC派的潜在威胁，从而埋下了蒋陈明争暗斗的种子。陈氏兄弟为了扩大实力，常常以党内民主派的姿态出现，对蒋多有微词。蒋介石想让蒋经国逐步接管党务系统，而CC派却不给面子，霸住阵地不让。1946年3月，蒋介石想让陈果夫让出中央组织部长而外放为浙江省“主席”，他对陈果夫说：
“你做一部分事情做得好，在中央做不好。”
陈果夫当即顶撞说：“现在中央谁又做得好？！”他不肯让出组织大权。
CC派还想扩张势力，建议把蒋经国任教育长的三青团中央干部学校与CC派把持的国民党中央党校合并，成立“国立政治大学”，企图吞掉蒋经国的三青团干部。老谋深算的蒋介石将计就计，提出由自己兼任“国立政治大学”校长，由蒋经国任教育长。CC派便暗中唆使“政大”学生闹事，在公告栏中贴出校长蒋中正的告示：“奉教育部××号令，国民政府主席任命蒋经国为国立政治大学教育长。特此遵照公告，仰全校师生一体知照。”学生们怒吼：“反对儿子教育长！”“反对父子家校！”“蒋经国滚开吧！”
蒋介石获知，勃然大怒，立即电召陈立夫，予以严词训斥，但小蒋因此未能当上教育长。
1947年秋，蒋介石把国民党与蒋经国的三青团合并。蒋经国率领大批亲信进入党的中央，硬性打入CC派的势力范围，矛盾因此加深。
1949年1月，蒋介石被迫下野前召见有关人士，将积蓄已久的愤懑爆发出来，破口大骂：“共产党没有打败我。打败我的是自家的国民党。”然后他转脸指着陈立夫说：“就是你们一班人。”他赌咒发誓，今后永不进中央党部的门。
蒋介石到台湾后，觉得CC系是个累赘。在大陆时，蒋为了借重CC派对付其他派系，不得不倚重二陈。在台湾孤岛，桂系集团已彻底崩溃，其他地方派或是有将无兵，或是有兵无将，均不成其为目标了，只剩下CC派了。而蒋介石也从自己人生的大起大落中，看透了人情冷暖与世态炎凉，决意将来要由骨肉至亲的蒋经国继承“大宝”，卧榻之侧，自容不得陈氏兄弟酣睡。再者，美国人早就因蒋、陈勾结而对国民党有所抨击，为了取悦美国而牺牲二陈，是合算的。
CC派又与蒋介石的“顾命大臣”陈诚闹得不可开交。陈诚亲历了国民党由兴盛而衰败的历程，深知人心的力量比飞机大炮和原子弹还大。他在台湾任“省主席”，特别是“行政院长”之后，想进行各项改革以稳定台湾局面，因而他希望其“行政院”的令行有威，要求援例享受“立法院”授予“行政院”可以行政令代替法律的特权，遭到陈立夫把持的“立法院”拒绝。陈诚仍不肯善罢甘休，随即以“行政院”名义致函“立法院”，要求代行许多本属“立法院”的职权。又被“立法院”予以否决。陈闻讯大怒说：“授权案乃是被他CC派所否决，从此行政院长只有陈立夫能当，本人决心马上辞职。”并宣布“行政院”立即休会。
陈诚又向蒋介石告状，建议把陈立夫和CC派骨干统统送到火烧岛去监禁起来，陈立夫见事情闹成轩然大波，而蒋介石又偏向陈诚，便避居到台中去了，并写信给蒋介石请求出国。
蒋介石本来就想驱逐陈立夫，他已经不看陈氏国民党中央党部给他送来的文件，拒绝参加国民党中常委召开的会议。于是蒋托卧病于榻的陈果夫转告陈立夫，准许其离开台湾。同时，蒋经国和陈诚请CC派的两员大将余井塘、张道藩吃饭，饭后陈诚请余、张给陈果夫传达蒋经国一句话：“陈立夫是个混蛋！”
鉴于蒋介石不出席中常会，也退而不看中央党部的文件，1950年6月22日，国民党中常委开会时，CC派大将肖铮提出建议：全体中常委自觉辞职，以便让蒋总裁实施对党的改造。此建议被通过，并派于右任、居正、邹鲁3元老去见蒋介石。
蒋介石胸有成竹，随后召见陈立夫问：“你们兄弟俩跟我一起为三民主义奋斗了几十年，当初没有想到会被共产党赶到这个海岛上来吧？”
陈立夫摸不清蒋的用意，顺口应道：“确实没想到会有今天的这个局面。惭愧！”
蒋介石又问：“我不知道你对我党的改造现在有什么考虑？”
陈立夫察言观色，沉默片刻说：“我是认为，大陆失败，党、政、军3方面都应有人出面承担责任。党的方面，当然由我和果夫承担。我俩就不适宜参加党的改造了。”
蒋介石听了，只是淡淡一笑，没有再出声。
7月下旬，蒋介石宣布了他指定的中央改造委员会及中央评议委员名单，中央改造委员仅有陈诚、蒋经国、张道藩、张其昀等16人。CC派只有张道藩、谷正纲两位幸存者，其余14人中有10人是名不见经传的小人物，包括蒋介石的侍从秘书5人，余下的不是蒋经国的亲信，便是陈诚派的成员。这个16人的小班子，取代了原来460人组成的第六届中央委员会，成为国民党的最高权力机关。
陈立夫在四周的舆论压力下，在苦闷的气氛中，只好离开台湾去美国，蒋介石送他5万美元。而陈果夫则于1951年8月病死于台北。
其他非蒋派系的情况，也大同小异，以张群、王世杰、吴铁城为首的政学系，也逐渐瓦解，失去了往日的影响力。虽然尚未烟消云散，但也已日薄西山。张静江、戴季陶一手扶植的朱家骅也早已失势。台湾成了蒋介石的一统天下，国民党成了蒋家店。
有很多国民党要员，更把台湾视为一个“等待爆炸的火药库”。在蒋氏父子退台前后，纷纷带着金银细软外逃，自我放逐。曾任“台省主席”的魏道明，寄居巴西；做过东北方面大员的熊式辉滞留香港；原大名鼎鼎的徐州“剿总”总司令的刘峙竟不顾上将之尊，跑到印尼当了华侨中学教员。
国民党在大陆选出的“国大”代表有1300余人，有的留在大陆，有许多人已成为北京新政协的代表，有的则不知逃向何处，担任过“行政院院长”的翁文灏，在撤出大陆时，任“民国公营事业资源委员会主任”，不愿跟随蒋介石而寓居香港，蒋介石请他去台，并说，若不愿去台，由经济部赠美金5万元请他赴法国研究及讲学，以免翁文灏北上投奔新中国，翁便到法国住了一年多，他思乡心切，向往新中国，终于辗转回到北京，受到周恩来总理等人的热烈欢迎。翁文灏的两名助手，原“民国公营事业资源委员会副主任”钱昌照、孙越崎从香港起义到北京，受到新中国的重用。
有些从大陆迁台的企业家，机器设备刚运到台湾，终于放心不下，又高价雇船，将机器迁到南美去了。
1950年新年伊始，对蒋介石集团并不吉利，美国总统杜鲁门于元月5日在华盛顿举行记者招待会，公开宣布抛弃台湾：
“美国对台湾或中国其他领土没有野心。美国无意在台湾谋求特权优惠或建立军事基地，也无意利用其军事力量干预现状。美国政府不采取导致卷入中国内战的方针。
同样，美国政府不对台湾的国民党军队提供军事援助或意见。美国政府认为台湾的资源足以使他们获得保卫该岛所必需的物资。美国政府建议在现行立法许可范围内，继续执行目前的经济台作署的经济援助方案。
同时，美国宣布从台湾撤退侨民。
这无异给了蒋介石当头一重棒。蒋介石赶忙下令让平时受到严格新闻控制的台湾报纸，不得登载半纸只字；只有少数几个掌权者，才了解事态的严重性。蒋夫人宋美龄，逗留美国经年，备受杜鲁门的冷漠鄙夷，于1950年1月13日默然归台。
原来，美国在1949年底得到密报，毛泽东在莫斯科受到冷落，美国国务卿艾奇逊认为有隙可乘，如能使毛泽东“铁托化”，与美苏保持等边关系，符合美国的根本利益。艾奇逊的主张，符合杜鲁门心意。于是当毛泽东在莫斯科的访问迟迟没有进展的时候，美国乘隙而入作文章。当然美国政府早已对蒋介石集团冷淡。在1949年8月5日，美国国务院发表的《中美关系白皮书》中，将蒋介石集团的腐败、昏庸、专制、无能一一历数，以说明国民党的失败是咎由自取，完全是自己造成的，并不是美国支持不力，蒋经国对这份白皮书的评价是：“说得难听一点，无异是宣布我政府的死亡证书，同时暗示如何办理后事。”
1950年3月1日，蒋介石正式宣布：恢复他的“中华民国总统”职务，并给在美国的李宗仁发去一封电报，通知李，由于时势与环境的需要，他已在台北复任“总统”，希望李以“副总统”的身份在美国作他的专使，在友邦争取外援云云。李宗仁立即通过甘介侯在美国各报刊发表声明，谴声蒋介石恢复“总统”职位为违宪行动。李引证“宪法”第49条规定：“总统缺位时由副总统继位”，“正、副总统”均缺位时，由“行政院长”代行职权，并由“立法院长”于3个月内召集“国民大会”补选“总统”。他指责蒋介石说，即使我“代总统”缺位，也该由“国民大会”来补选“总统”，你蒋介石将“总统”职务移交李宗仁之后，已成为一个平民，一个平民怎能自称为“中国总统”？
对李的声明，蒋介石置之不理。
美国政府收到蒋介石恢复“总统”职位的正式通知，又承认蒋介石是“中国政府”的“首脑”，还声明说，关于谁是中国“总统”的问题，是一个由“中国政府”自己决定的问题。
蒋介石复“总统”职位后，第一件事就是清理门户，把台湾搞成名副其实的“蒋记”独家统治。但他的亲生子蒋经国资望尚浅，此时不便一下子把他摆在太惹眼的位子上，怕弄出“蜀中无大将”的寒酸相，有碍各方的观瞻。因此，必须另外物色人选出任“行政院长”。这个人必须对老蒋、小蒋都忠诚不二，既能帮助老蒋支撑眼前局面，又能保证小蒋的地位稳步上升。符合这些条件者，只有陈诚。
陈诚是四星上将，历任“国民党政府军政部长”、“东北行营主任”、“参谋总长”、“台湾省政府主席”兼“东南军政长官公署长官”等要职。陈诚的优点是治军严格，要求部下不贪财，不怕死，在军中实行人事、经济、意见三大公开，个人操守比较廉洁检点。在贪污腐败成风的国民党显贵中，确属佼佼者。但更主要的是陈诚对蒋忠诚，他与小蒋的关系处得又好，因他的夫人拜宋美龄为干妈，与蒋夫人的关系也非寻常。
于是，蒋介石让陈诚代替阎锡山出任新的“行政院长”，组织台湾“内阁”。陈诚的台省“主席”位子由美国人欣赏的吴国桢递补，外国桢毕业于美国普林斯顿大学，获得博士学位，一向推崇资产阶级国家的一套法制，有“民主先生”之称。“陆军总司令”一职由孙立人担任。孙立人也在美国受过高等军事教育，在军中一副美国式作风，也很讨华盛顿喜欢。美国人很早就寄希望于吴国桢和孙立人，希望他俩掌握实权甚至取代蒋介石。1949年10月，郑介民受蒋介石之命出使华盛顿。郑从美国携回3方案，其中之一是美国希望台湾厉行改革，由吴国桢担任台省“主席”，使台湾“人民获得更多的参政机会”。此时的蒋介石政权，内外交困，阮囊羞涩，争取美援是它的第一要务。蒋介石任用吴国桢和孙立人是为了讨美国的青睐。他对争取美援，一往情深，从未气馁；然而一旦达到目的，就立马换人。
孙立人曾在抗战中立下卓著的战功，美国人称他是“史迪威的孩子”。后来孙奉命调任“陆军训练司令”，赴台练兵，他有3个军的番号，美国人又称他训练的军队为“新军”，称他为“伟大的军事家”、“常胜将军”等，又向李宗仁和蒋介石建议由孙立人出任台湾省“主席”。陈诚得知这一消息后，立即以攻为守，表示愿意让位给孙；蒋介石也向孙表示格外亲切。但这不过是陈诚和蒋串演的一出双簧戏，陈诚不仅没有从省“主席”的位子上退下来，反而集军政大权于一身。孙立人见到美国人时情绪低落，埋怨美国人不肯及时行事，落得一场空忙。美国人便通过各种渠道，制造“台湾地位未定”的说法，防止蒋介石去台。
蒋介石去台湾之前先到马公岛，并想办法探测孙立人与美国的关系已达到多深的程度。他派国民党驻菲律宾“大使”陈质平去见孙立人，由陈为他投石问路。陈向孙立人说：
“蒋先生不想亡命国外，但求台湾一席之地。若孙将军以为未便，则他父子迳去马尼拉矣。”
孙立人听后吓了一跳，知道蒋对他不放心，便连夜召集人商量对策。次日，孙立人率部下去马公岛，表示欢迎蒋介石去台。孙立人说：“台湾一切当以领袖之命是从！”
蒋介石这才稍稍放心，高兴地握着孙立人的手说：“蒋某人从此息影田园，再不过问政治。孙将军将来可以出任陆军总司令。”
蒋经国被安排在“国防部总政治部主任”的位置上，编阶为三星上将（二级）。官衔虽说不高，但权力却非常之大。他主管的政治部，负责监督筹划情报业务，对去大陆的特务活动的派遣和指挥。另外，蒋经国又兼任“总统府”机要室资料组长，指挥管辖一切党政特务机构。因此，吴国桢当面对蒋介石说，经国兄管特务，“事情做得再好，天下人都是怨恨的。”
蒋介石将其他逃到台湾的国民党诸元老，纷纷打入冷宫。白崇禧被蒋骗到台湾后，挂了个“总统府战略顾问委员会副主任”的空名，实际上处在一种无形的软禁状态。一次，白的妻子去香港，到了机场，检查人员对她说：
“你的皮包如果有信件，应该交出来寄去，不应该由你带去。”
白的妻子果然取出一封信，随手撕毁，说没什么要事，不必交出邮寄了。
白崇禧和薛岳的家，都曾被蒋经国派人去检查过，连地板都被挖开搜查一遍。名义上说是对所有人都要搜查，实际上，只有白、薛两家如此。每逢当局攻击李宗仁时，白无例外地都要随声附和，发表一通攻击李的言论，以明心迹。白这种“待决之囚”的模样，台湾的同人见了为之可怜。
何应钦到台湾后，也只是挂了个空有其名的“战略顾问委员会主任”的牌子。何应钦自知大势已去，因此处处做出一副绝意于政坛的样子。自称是除了“三打”之外什么也不打了：一打桥牌，二打猎，三打球。后来他又转而成为所谓“道德重整会”的“专家”，写写“道德”文章。一次，何应钦去东京，久久未回台湾，蒋介石便起了疑心，急派张群去东京“促驾”。
阎锡山到台湾后，当了几天有职无权的“国防部长”，后改任“总统府资政”。蒋介石不让他染指自己的“反共大业”，他只有躲在台北附近的一座山上，写空头反共文章去了。
顾祝同、汤恩伯、胡宗南之辈也都统统靠边站。
蒋介石复职以后，急切地采取措施，安定台湾局面。1950年3月，他在总理纪念周的集会上，面对2000名国民党中上级干部，作了一次演讲，其要点是：（1）“虚心接受”大陆失败的教训；（2）不惜牺牲感情与颜面彻底改造国民党“政府”；（3）自己将鞠躬尽瘁，争取“最后胜利”。
蒋介石一贯板起面孔教训人，如今能当众认错，同时众人又亡命海外，同病相怜，因此，与会者大多落泪。
蒋介石觉得是狠抓改造的时候了，他在日记中写道：“近日独思党政改革方针与着手之点甚切，此时若不能将现在的党彻底改造，决无法担负革命工作之效能也。其次为整顿军队，以求内部精纯，团结一致。”
蒋介石越想越觉得，国民党经济、军事、外交、教育等方面的失败，还不是最大的失败，最大的失败是政治上的失败，而导致政治失败的最重要原因是党的建设的失败。蒋经国在日记中记述了蒋介石改造国民党的决心：“父亲认为：‘改造要旨，在湔雪全党过去之错误，彻底改正作风与领导方式，以改造革命风气；凡不能在行动生活与思想精神方面，彻底与共党斗争者，皆应自动退党，而让有为之志士革命建国也。’父亲抱着破釜沉舟的决心，来改造本党，无非欲重整旗鼓，自力更生，以达成反共复国之使命。”
蒋介石以16人的“中央改造委员会”取代国民党中央委员会。这个领导班子的平均年龄48岁；蒋又使三军首领年轻化。任命周至柔为“国防部长”、桂永清为“海军总司令”、王叔铭为“空军总司令”、孙立人为“陆军总司令”。
蒋介石痛定思痛，得出结论：政治工作尤为重要。他强调，要和共产主义战斗，必须“七分政治，三分军事”。首要的问题是加强政治宣传，以收拾人心，鼓舞士气。他开动所有的宣传机器，硬要人们相信，台湾会成为“反攻大陆的基地”，并且还订了“一年准备，二年进攻，三年扫荡，五年成功”的日程表。
蒋介石在经济上也采取了一些“改革”措施。他令台湾省“财政厅长”严家淦以从上海偷运来的200万两库存黄金为准备，限额发行新台币2亿元。每新台币1元合旧台币4万元，每5元新台币合1美元。此项币制改革，遏制了通货膨胀，使之不演变为恶性。
蒋介石一贯反对孙中山的“二五减租”政策。他亡命到台湾之后，不得不实施“土地改革”政策，实行“三七五减租”。此前台湾佃农要缴纳收获量的50％乃至70％给地主。实行“三七五减租”政策后，佃户可从收获量中减除25％的肥料等实际费用，其余部分，再由地主和佃户对半均分，各得37．5％。
在治安方面，蒋介石的措施更为严厉，他让陈诚以“行政院”名义发布紧急命令，防止官兵逃亡，规定人民“出国”探亲游历一律禁止，政府官员因公“出国”，须“行政院”审核批准。接着又公布了检肃“匪谍”条例，规定：各机关部队学校人员必须连保，发现可疑人物必须告密检举。这是蒋介石在大陆的“保甲连坐法”的翻版。同时，禁止集会、游行、请愿、罢工、罢市、罢课，管理书刊出版。是共产党人者，则列入危险分子，格杀勿论。有“通共嫌疑”者，一律投进监狱，或用麻袋捆扎，不必经司法程序，丢到海里，无辜受害者不计其数。台北市郊，植物园附近的马场町，是枪毙人的刑场；在那些岁月，频频传出枪毙“匪谍”的枪声。大逮捕大屠杀，令人恐怖异常。蒋经国所指挥的5万多人的特工队伍，气势实不亚于明朝的锦衣卫。
1950年3月，台湾最大的两家企业的总经理被枪毙。台糖公司总经理沈镇南、人事室主任林良桐以“故意不出售糖，保留物资让共产党来接收”之罪被枪毙，其部下多人被判刑。
但没有人会相信他们是共产党；台电公司总经理刘晋钰以“其子在台大参加左倾团体被捕，刘将他保释出狱后，纵其赴大陆”罪名被枪杀，刘晋钰的职员严惠先以“通共嫌疑”罪而被杀。
台湾当局又称破获中共地下组织，如吴石案、蔡孝乾案、《新生报》董事长李友邦案等。《中央日报》仅在1950年上半年以《匪谍×××数犯被枪决伏法》等标题，一星期内出现好几次，连诺贝尔奖得主李政道之母张明璋女士和儿子李崇道，因在家里留宿一位旧时广西大学同窗，竟然也被课以“掩护匪谍”罪投进监狱。
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