第五节 维吾尔族 统一回部
“维吾尔”这一族名，是维吾尔族的自称，一般认为是“联合”或“协助”的意思。在汉文史籍中，对“维吾尔”这一族名有多种写法，清代写为“回部”、“回民”、“缠回”、“回子”、“回人”等。
清初，在维吾尔族聚居的南疆地区，由蒙古人后裔建立的叶尔羌汗国继续统治了三十多年。在这期间，哈密、吐鲁番曾向清政府朝贡，归附清。顺治十二年（1655），叶尔羌汗国的最高统治者阿布都喇汗恢复了与清的关系。康熙十七年（1678），叶尔羌汗国被准噶尔汗国（蒙古人建立）噶尔丹率领的十二万骑兵所征服，从此，维吾尔地区与清的关系也随之中断。
准噶尔贵族对维吾尔族的统治是十分残酷的。他们委任维吾尔族的大封建主作为自己的代理人，使他们“总理回地各城”、“为准噶尔办理回务”。将维吾尔族人民作为“阿拉巴图”（奴仆），岁纳赋税，任意驱使①。他们每年向维吾尔族征收大量的贡赋，其种类繁多，皆有定额。如对叶尔羌一地，每年缴纳贡赋十万“腾格”（一“腾格”值银一两）。这是将维吾尔族人民应缴纳的白米、米、棉花等实物、各种劳役以及酒肆、园林、碾磨、金银、贸易、缎布、牲口等税，全部折成现钱来计算②。但是，实际征收的贡赋，远远超出了规定的数额。据记载：“回地当准噶尔横肆之时，闻于积成之后，辄遣人向回城征收赋税。每回男一人，谓之一户。每户于八栅尔（集市，每七日一市）一次，交布一匹，或羊皮数张，或猞猁狲皮一张。通年计算，逐次索取。所种米谷菽麦，眼同收刈，先与平分，而后用十分取一之法，重征粮税。差来之头目人等，日奉以酒肉、妇女，去仍多索赆遗。少不如意，辄纵其从人，恣行抢掠。”③准噶尔贵族除了向维吾尔族人民大肆勒索外，还强迫他们迁居伊犁，耕田种地，服劳役，充当农奴。
乾隆二十年（1755），清廷出兵平定准噶尔的叛乱，彻底摧毁了准噶尔的统治，维吾尔族人民才从准噶尔七十多年统治的桎梏下挣脱出来。
乾隆二十二年（1757），维吾尔上层大小和卓即波罗尼都和霍集占将清政府派去做“招服”工作的副都统阿敏道及兵丁百人杀害，霍集占自称“巴图尔汗”，正式树起了叛清割据的旗帜④。
霍集占建立的“巴图尔汗国”，代表了宗教大僧侣和大封建主的利益，是中世纪的政教合一的伊斯兰政权，因此，得不到广大人民群众的支持。在乌什、阿克苏等地的大封建主，因自身的利益也不支持霍集占的叛乱活动。
乾隆二十三年（1758）夏，清廷出兵平叛，派遣大军，讨伐大小和卓。经过了“黑水营”激战，先后攻占了喀什噶尔、叶尔羌，摧毁了大小和卓的叛乱中心。大小和卓携眷属及旧仆三四百人逃往巴达克山，被巴达克山首领捕杀，将小和卓的首级献给清军①。
清廷平定大小和卓的叛乱，得到了维吾尔族人民及上层人士的支持。哈密的首领玉素卜主动参加平叛，吐鲁番首领额敏和卓任参赞大臣，直接参加了清军作战。库车首领鄂对，因反对大小和卓叛乱，其家族惨遭杀害，他积极向清军献策，使清军在和阗、库车狠狠地打击了叛军②。
清廷平定准噶尔和大小和卓两次叛乱的战争，是消除分裂割据，维护祖国统一的正义战争，既适应了当时维护统一的历史趋势，也符合各族人民要求统一的共同愿望，得到了各族人民的支持和拥护。
这一时期，维吾尔族地区的农奴制度获得了充分的发展，大小封建领主占有数量不等的农奴和世袭领地，大的封建主占有的土地往往超过十万亩，农奴数以千计。如吐鲁番的额敏和卓，占有土地十万四千余亩，农奴一千六百余户③。农奴完全依附于封建领主，从封建领主那里分得一小块份地，终年为封建领主服劳役，称为“燕齐”。他们没有人身自由，可以连同土地一起被出卖，或者随同封建领主一道迁徙。
为了维护封建主对农奴的残酷压迫和剥削，作为政治制度的伯克制度起了保证的作用。“伯克”是突厥语的音译，有“王”、“首领”、“统治者”、“头目”、“官吏”以及“老爷”、“先生”等多种意思。伯克的名目繁多，有三十多种。伯克都有一定数额的亲随或家仆为其服役。他们的土地，全靠征派无偿劳役来耕种。对劳动人民的苛捐摊派，钱无定数。他们还把持水利，囤粮贵卖、私用肉刑、妄杀人命、奸占妇女等等，无恶不作。
清廷在平息叛乱，统一了天山南北以后，在新疆采取了一系列的军事、政治、经济措施，进一步巩固了祖国的统一。
乾隆二十七年（1762），清政府对新疆实行军府制度，在伊犁惠远城设总统伊犁等处将军（简称“伊犁将军”），是清政府在新疆的最高行政、军事长官。将军下设都统于乌鲁木齐，设参赞大臣于伊犁、塔尔巴哈台、喀什噶尔，其他地方设办事大臣和领队大臣等。
对新疆原有的政治制度也作了改革。变革后的地方制度基本上有州县制、札萨克制和伯克制三种。对维吾尔族聚居的南疆地区虽然保留了原来的伯克制，但是废除了伯克的世袭制度，改为任用，定以三至七品的品级，还限制了伯克占有土地和农奴的数额，分散和削弱了伯克的权力。
在经济方面，主要是兴办屯田，举办商业、鼓励贸易，降低赋税等。这些措施，使新疆各族人口增加，促进了农牧业的发展。一些经济贸易中心也随着出现，如乌鲁木齐“字号店铺，鳞次栉比，市衢宽敞，人民辐辏”、“繁华富庶，甲于关外”①。旧的经济贸易中心如阿克苏、叶尔羌等地也是“货如雾拥”、“货若云屯”。②这些改革，促进了社会经济的发展，但是，广大维吾尔族劳动人民的处境并没有得到根本的改变。伯克们的某些权力虽被限制和削弱，但又给他们加上了品级，使之法律化。劳动人民承受着官吏和伯克们的双重压迫，加深了维吾尔族社会的阶级矛盾。劳动人民为了求得生存，奋起反抗清政府和怕克的统治。
乾隆三十年（1765）春，维吾尔族人民反抗暴虐统治的起义在乌什爆发。他们首先杀死残暴的阿奇木伯克阿卜都拉全家，接着放火焚烧衙署，乌什办事大臣素诚等被迫自杀。阿克苏办事大臣卞塔海闻讯后赶来镇压，滥施枪炮。乌什全城人民齐心合力共同守城，将卞塔海打败，形成了一次规模较大的反抗封建统治和民族压迫的斗争。清政府调集了伊犁、喀什噶尔等处的兵力前来镇压，也都被起义军打败。起义也波及到叶尔羌、阿克苏、库车等地。清廷再派阿桂前往镇压，并加强火力攻城。经过了几个月的战斗，乌什城内粮食已尽，起义军几次突围未能成功，首领赖和木图拉也中箭身亡。这样，坚持斗争了半年之久，至八月十日，由于叛徒的出卖，起义的主要人物四十二人被捕，十五日献给清军，清军才进入了乌什城。清军入城后对起义的群众进行了大肆屠杀，并将乌什城内留下的数千人，分批遣往伊犁或解到内地，赏给官员为奴①。
平定张格尔叛乱、“七和卓之乱”、“倭里汗之乱”
嘉庆二十五年（1820），喀什噶尔参赞大臣斌静“荒淫失回众心”，大和卓的孙子张格尔纠集数百人乘机从浩罕返回骚扰边卡，烧杀抢掠，但因兵少败回。道光四年（1824）秋到五年夏，张格尔又屡次纠集数百人前来骚掠边卡。道光六年，张格尔又纠集五百余安集安延人，以参拜沙土克、布格拉汗的坟墓为名，秘密潜入阿图什，煽动当地伊斯兰教“白山派”教徒发动武装叛乱。维吾尔族人民在蒙骗下，有一万多人参加了叛乱，叛军兵分两股，攻打喀什噶尔、叶尔羌。张格尔又答应浩罕割让喀什噶尔和平分财物，得到了浩罕的万余援兵。接着，喀什噶尔被攻陷，英吉沙尔、叶尔羌、和阗也相继落入叛军之手。
张格尔占领了这些地方后，即纵容其部下肆意烧杀抢掠，并大兴土木，强征十五岁以上男丁入伍，索取金银、马匹等财物及妇女，贪淫暴虐，无所不用其极。
道光六年（1826）秋，清政府调集了陕西、吉林、黑龙江、甘肃、四川等省兵三万六千余名，会集于阿克苏，开始进剿张格尔叛匪，在浑巴什河打败叛军，奠定了收复南疆的基础。七年三、四月间，清军相继收复了喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌与和阗。八年初，张格尔再次潜入阿图什，但由于维吾尔族人民的奋力抵抗和清军的追击，张格尔走投无路，逃往喀尔铁盖山，军民将山团团围住，杀声震天。张格尔自杀未遂，被清军活捉。同年五月，将张格尔解运北京处死。①清军在平叛过程中，自始至终得到维吾尔族人民和其他各族人民的支持。受蒙骗的一部分维吾尔族人也很快觉醒，反戈一击。
道光二十年（1840）第一次鸦片战争，英国侵略者首先打开了中国的大门，使中国开始沦为半殖民地半封建的社会。地处祖国西北边疆的维吾尔族和其他各族人民也遭受到新的灾难。英、俄两国通过毗邻新疆的国家和地区，不仅蚕食和强占中国的领土，而且还向新疆输入鸦片，毒害新疆各族人民。据不完全的统计，仅在1840年，从喀什噶尔、叶尔羌等地几次截获的鸦片就达二十多万两。②鸦片的毒害遍及天山南北，清政府想方设法，未能禁绝。毗邻新疆的浩罕汗国这时也遭到沙俄的入侵，内部动荡，为了摆脱困境，又重新支持和卓后裔入卡滋事，发动叛乱。“七和卓之乱”和“倭里罕之乱”都给维吾尔族人民带来了极大的祸害。
道光二十七年（1847）八月，以张格尔之侄迈买的明（即卡塔条勒，或写作加他汉，玉素普之子）和倭里罕（巴布顶之子）为首的七和卓从浩罕起兵，纠集了约一千名精壮骑兵，首先击败了驻守明约洛卡的百余名清军，发动了反对清朝政府的叛乱。他们胁迫沿途维吾尔族参加叛乱，直抵喀什噶尔城下。当时，驻守喀什噶尔汉城的清军虽有三千，但不敢出击，只得坐守待援。居住在喀什噶尔回城的浩罕商人那墨特（即诺麦德罕或奈迈提）等人则为内应，开城门把和卓们放了进去。①接着，七和卓叛军一方面猛攻喀什噶尔汉城，一方面分兵进攻英吉沙尔、叶尔羌、巴楚等地，气焰十分嚣张。清皇朝为了避免事态蔓延，派奕山为参赞大臣，带兵由伊犁越冰岭出兵进剿。十月，奕山从叶尔羌向英吉沙尔进军，行至科科热依瓦特地方，与叛军激战，一日三战，以少胜多，大败叛军。清军乘胜前进，解了英吉沙尔城的重围，向喀什噶尔进援。叛军闻风丧胆，“尽数逃散出卡”，遂解了喀什噶尔汉城重围，收复了回城②。“七和卓之乱”从八月到十月，前后虽仅三个月，却使维吾尔族人民遭受了烧杀抢掠和四处逃亡之苦。
此后，和卓们又连续不断地叛乱，倭里罕等多次窜入喀什噶尔、乌什等处卡伦和村庄，烧毁房屋，抢掠财物，无恶不作。
咸丰七年（1857年），倭里罕带领叛军窜犯喀什噶尔，“盘踞喀什噶尔之七里河，沿官水磨一带，放火烧毁回城南门，裹胁回民，势极猖獗。”并窜踞英吉沙尔回城。巴楚、叶尔羌等地也受到叛军骚扰③。
倭里罕叛乱初期，反动气焰极为嚣张，对被其占领地区的人民实行残酷的统治。他不仅用苛捐杂税盘剥人民，而且使用宗教手段迫害人民。“妇女不戴盖头不得上街，不准结发辫。……所有男性居民从六岁起必须缠头巾，一天要到清真寺去祷告五次，对于这一切，倭里罕表现得异常残忍。没有哪一天不处决几十个人。……他的最大乐趣之一就是亲手砍下被指控者的头，而犯过失者是不乏其人的。在君主面前动作笨拙、言词不妥、打呵欠，所有这一切都可能招致死刑”①。倭里罕的倒行逆施，激起了维吾尔族人民的不满，他们不愿再受其欺压，拒绝承认其政权，对清军则表示了热烈的欢迎。
这一年七月，清军先后从伊犁、乌鲁木齐等地调集了官兵七千多人，进剿叛军。在叶尔羌与叛军激战，取得了胜利，继续向英吉沙尔进发，经过大桥和柳树泉大战，很快收复了英吉沙尔回城，并解了汉城一百余日的重围。接着，清军向喀什噶尔进剿，叛军“闻风逃散”，喀什噶尔回城收复。倭里罕见大势已去，即逃出卡外，但仍不断骚扰，清军再派兵追剿。倭里罕裹胁了一万五千多人，带着抢掠的财物，逃往浩罕②。倭里罕叛乱经过了四个月遂告平息。
这一时期，维吾尔族人民遭受了和卓后代多次作战之苦，又受到清统治者和本民族贵族压迫剥削之害，“生计本少，加以科敛，愈不聊生”③。
驱逐阿古柏收复伊犁
同治四年（1865）春以后，在天山南北相继出现了五个互不相属的封建割据政权。在库车，热西丁和卓自称“汗和卓”（汉文史书误译为黄和卓），形成了西至阿克苏、乌什、东至吐鲁番等地的封建割据势力。在乌鲁木齐，回族妥明（妥得璘）自称“清真王”，其势力也扩张至吐鲁番一带。在伊犁，迈孜木杂特自称“苏丹”割据一方。在喀什噶尔，先是由白山派头目托合提马木提艾来姆称王，不久，柯尔克孜封建主思的克攻占了喀什，自己登上王位。在和阗，宗教头目哈比布拉也自称“帕夏”（皇帝），占地为王。
以思的克为首的喀什噶尔统治集团，为了巩固和扩大自己的势力，竟奴颜卑膝地向浩罕求援。于是浩罕的军队首领派遣阿古柏和大和卓波罗泥都之曾孙布素鲁克前往喀什噶尔，于同治三年十二月（1865年1月）侵入中国境内。
同治六年（1867），南疆地区全部为阿古柏侵占。阿古柏自封为“巴达吾来特哈孜”（即汉文史书上的“毕调勒特汗”，意即“洪福之王”），对其政权，历史上称为“哲德莎尔”，意即“七城”。同治九年，整个天山以南地区和以北的部分地区就完全处在了阿古柏的反动统治之下。
阿古柏在新疆的侵略活动，与英国和俄国殖民主义侵略新疆的阴谋有着直接的联系。同治十二年（1873），英国正式派遣了茀赛斯组成的有三百人的庞大使团，向阿古柏赠送了枪枝、小炮等武器。同治十三年，阿古柏和英国签订了通商条约即《英国与喀什噶尔条约》，这个条约共十二条，给予了英国在商业、居住等方面的特权。沙皇俄国也不甘落后，早在同治十年武力强占中国伊犁地区以后，就立即向阿古柏表示友好。同治十一年，阿古柏与沙皇俄国签订了《俄国与喀什噶尔条约》，沙皇正式承认阿古柏政权，得到了在南疆进行商业贸易的特权①。阿古柏又将中亚地区中世纪的封建制度完全移植到新疆。土地被大量集中起来，分封给爪牙；各级官吏的俸禄直接取自于封地内的劳动人民，可以任意索取财物和强征无偿劳役。阿古柏的税收没有成文规定，种类繁多。
阿古柏还打着宗教的旗号，对宗教头目笼络、收买，扩充宗教寺院的土地、财产，新建礼拜寺、麻扎、宗教学校，又推行伊斯兰教法典《沙里阿特》的规定，在城乡普遍设立宗教法庭。宗教法官（长孜）可以用任何借口处罚以至处死劳动人民，恢复了“拉伊斯”（执行宗教法规的执法吏）的职位，无辜的劳动人民及未戴面纱上街的妇女，随时都可能受其鞭笞。对非伊斯兰教徒则强迫改信伊斯兰教，否则就要受到最野蛮的杀害。
为了反抗阿古柏的暴虐统治，各族人民包括一些本地的封建主都起来进行斗争。在和阗、吐鲁番、乌鲁木齐等地、劳动人民自发的武装起义此起彼伏，绵延不绝。
阿古柏的侵略新疆与沙皇俄国武力侵占伊犁，引起了中国西北边疆严重的民族危机，迫使清政府不得不注意新疆的问题。光绪元年三月（1875年5月），清政府授任左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务，任命金顺为乌鲁木齐都统，帮办新疆军务，开始了进军新疆，驱逐侵略者的行动①。
渴望解脱阿古柏残酷奴役的维吾尔族和新疆各族人民，自动拿出粮食，马匹等支援清军。
光绪三年夏，阿古柏见大势已去，在库尔勒服毒自杀。
清军在新疆各族人民的支持下，进行了历时一年半的反对阿古柏侵略、收复祖国领土的正义斗争。这些战争的胜利，解除了中国西北边疆的民族危机，粉碎了殖民主义者分裂我国的阴谋，为收复伊犁打下了基础。
左宗棠在驱逐阿古柏，收复新疆的过程中，就注意到了要做好善后工作，恢复生产，如资助因战争逃亡的人民重返家园，发给口粮、种子、牲畜等，使尽快恢复生产，举办屯田，军屯民屯并举，改革不合理的田赋制度及整顿币制等等。在收复南疆后，又组织了善后局，管理民政、财政、司法等事务，命令阿奇木伯克只管催征赋税，不得插手地方事务。又提出新疆设行省的主张。后来刘锦棠也上书清廷，提出了设置道厅州县的具体方案。
新疆设省
清廷于光绪十年九月（1884年10月）批准了新疆改设行省。十月，任命刘锦棠为新疆巡抚，魏光焘为新疆布政使。
新疆改设行省，是维吾尔族和新疆其他各族人民历史上的一个重要事件。改设行省以后，首先对军政制度作了重大改革。取消军府制、伯克制和扎萨克世袭制，代之以兵备道、府、州、县制，削弱了当地封建统治者的势力，加强了清政府对新疆的直接统治。
在改革军政制度的同时，清廷还采取了一些有助于生产发展的措施。在农业方面，大力兴修农田水利，实行军屯、民屯、犯屯、扩大了耕地面积，使农业生产得到发展。根据二十个县的统计，整修和新修干渠九百四十多条，支渠两千三百多条，灌溉面积达一百一十多万亩①。并设立蚕桑局，移植祖国东北地区的桑树，招聘江浙一带的蚕工，改进蚕桑技术，促进了蚕桑业的发展①。在工业、手工业方面，清政府举办新式工业，利用机器采油和冶铸，后来又有了火柴和电灯等工业。在交通方面，把军台、营塘一律改为驿站，又由驿站发展到邮政，宣统元年（1909）正式设立邮局，总局设迪化（乌鲁木齐），分局几乎遍及南北疆。光绪二十一年（1895）建成了电报线路，后来线路还可通到北京。在商业方面也日趋繁荣，由于取消了内地汉族来新疆的限制，使各省商人贩运内地的绸缎、茶、纸、瓷器、漆器等到新疆，每年货物价值二三万两。
在教育事业上也有了一定的发展。设省之初，兴办义塾三十多处。光绪三十二年（1906），新疆设提学使，在各府、厅、州、县设立学堂。许多维吾尔族学生也开始学习汉语汉文。
新疆设省，促进了新疆各族人民经济、文化的发展，巩固了祖国的统一和边疆的安全，进一步密切了维吾尔族和汉族及其他各族人民之间的关系。
①椿园（七十一）：《西域闻见录》卷6：《布拉敦霍集占叛亡纪略》，第1页。
②《平定准噶尔方略》正编，卷77。
③《西域闻见录》卷7，第28页。
④《平定准噶尔方略·正编》卷39、49。
①魏源：《圣武记》卷4。
②《回疆通志》卷2、4、5。
③《新疆识略》卷3。
①《西域闻见录》，卷1，第8页。
②《西域闻见录》卷2，第17、21页。
①《清高宗实录》卷730—745；《回疆通志》卷12；《东华录》（乾隆朝）卷61；《平定准噶尔方略》正编，卷32。
①《圣武记》卷4；《平定回疆剿擒逆裔方略》卷2、12、63；《那文毅公奏议》卷78、80。
②《清宣宗实录》卷330—332。
①《东华录》（道光朝）卷56；《清史稿》卷19；[俄]A·H·库罗帕特金：《喀什噶尔》，商务印书馆1982年版，第130—131页。
②《清宣宗实录》卷446、448。
③《平定陕甘新“回匪”方略》，卷5、11。
①库罗帕特金《喀什噶尔》，第135—136页。
②《平定陕甘新“回匪”方略》卷7；《喀什噶尔》。
③《清宣宗实录》卷425。
①《阿古柏伯克传》，第10、11章。
①《平定陕甘新“回匪”方略》，卷298、299。
①据《新疆图志》卷73至卷78统计。
①《西疆交涉志要》卷4。
“维吾尔”这一族名，是维吾尔族的自称，一般认为是“联合”或“协助”的意思。在汉文史籍中，对“维吾尔”这一族名有多种写法，清代写为“回部”、“回民”、“缠回”、“回子”、“回人”等。
清初，在维吾尔族聚居的南疆地区，由蒙古人后裔建立的叶尔羌汗国继续统治了三十多年。在这期间，哈密、吐鲁番曾向清政府朝贡，归附清。顺治十二年（1655），叶尔羌汗国的最高统治者阿布都喇汗恢复了与清的关系。康熙十七年（1678），叶尔羌汗国被准噶尔汗国（蒙古人建立）噶尔丹率领的十二万骑兵所征服，从此，维吾尔地区与清的关系也随之中断。
准噶尔贵族对维吾尔族的统治是十分残酷的。他们委任维吾尔族的大封建主作为自己的代理人，使他们“总理回地各城”、“为准噶尔办理回务”。将维吾尔族人民作为“阿拉巴图”（奴仆），岁纳赋税，任意驱使①。他们每年向维吾尔族征收大量的贡赋，其种类繁多，皆有定额。如对叶尔羌一地，每年缴纳贡赋十万“腾格”（一“腾格”值银一两）。这是将维吾尔族人民应缴纳的白米、米、棉花等实物、各种劳役以及酒肆、园林、碾磨、金银、贸易、缎布、牲口等税，全部折成现钱来计算②。但是，实际征收的贡赋，远远超出了规定的数额。据记载：“回地当准噶尔横肆之时，闻于积成之后，辄遣人向回城征收赋税。每回男一人，谓之一户。每户于八栅尔（集市，每七日一市）一次，交布一匹，或羊皮数张，或猞猁狲皮一张。通年计算，逐次索取。所种米谷菽麦，眼同收刈，先与平分，而后用十分取一之法，重征粮税。差来之头目人等，日奉以酒肉、妇女，去仍多索赆遗。少不如意，辄纵其从人，恣行抢掠。”③准噶尔贵族除了向维吾尔族人民大肆勒索外，还强迫他们迁居伊犁，耕田种地，服劳役，充当农奴。
乾隆二十年（1755），清廷出兵平定准噶尔的叛乱，彻底摧毁了准噶尔的统治，维吾尔族人民才从准噶尔七十多年统治的桎梏下挣脱出来。
乾隆二十二年（1757），维吾尔上层大小和卓即波罗尼都和霍集占将清政府派去做“招服”工作的副都统阿敏道及兵丁百人杀害，霍集占自称“巴图尔汗”，正式树起了叛清割据的旗帜④。
霍集占建立的“巴图尔汗国”，代表了宗教大僧侣和大封建主的利益，是中世纪的政教合一的伊斯兰政权，因此，得不到广大人民群众的支持。在乌什、阿克苏等地的大封建主，因自身的利益也不支持霍集占的叛乱活动。
乾隆二十三年（1758）夏，清廷出兵平叛，派遣大军，讨伐大小和卓。经过了“黑水营”激战，先后攻占了喀什噶尔、叶尔羌，摧毁了大小和卓的叛乱中心。大小和卓携眷属及旧仆三四百人逃往巴达克山，被巴达克山首领捕杀，将小和卓的首级献给清军①。
清廷平定大小和卓的叛乱，得到了维吾尔族人民及上层人士的支持。哈密的首领玉素卜主动参加平叛，吐鲁番首领额敏和卓任参赞大臣，直接参加了清军作战。库车首领鄂对，因反对大小和卓叛乱，其家族惨遭杀害，他积极向清军献策，使清军在和阗、库车狠狠地打击了叛军②。
清廷平定准噶尔和大小和卓两次叛乱的战争，是消除分裂割据，维护祖国统一的正义战争，既适应了当时维护统一的历史趋势，也符合各族人民要求统一的共同愿望，得到了各族人民的支持和拥护。
这一时期，维吾尔族地区的农奴制度获得了充分的发展，大小封建领主占有数量不等的农奴和世袭领地，大的封建主占有的土地往往超过十万亩，农奴数以千计。如吐鲁番的额敏和卓，占有土地十万四千余亩，农奴一千六百余户③。农奴完全依附于封建领主，从封建领主那里分得一小块份地，终年为封建领主服劳役，称为“燕齐”。他们没有人身自由，可以连同土地一起被出卖，或者随同封建领主一道迁徙。
为了维护封建主对农奴的残酷压迫和剥削，作为政治制度的伯克制度起了保证的作用。“伯克”是突厥语的音译，有“王”、“首领”、“统治者”、“头目”、“官吏”以及“老爷”、“先生”等多种意思。伯克的名目繁多，有三十多种。伯克都有一定数额的亲随或家仆为其服役。他们的土地，全靠征派无偿劳役来耕种。对劳动人民的苛捐摊派，钱无定数。他们还把持水利，囤粮贵卖、私用肉刑、妄杀人命、奸占妇女等等，无恶不作。
清廷在平息叛乱，统一了天山南北以后，在新疆采取了一系列的军事、政治、经济措施，进一步巩固了祖国的统一。
乾隆二十七年（1762），清政府对新疆实行军府制度，在伊犁惠远城设总统伊犁等处将军（简称“伊犁将军”），是清政府在新疆的最高行政、军事长官。将军下设都统于乌鲁木齐，设参赞大臣于伊犁、塔尔巴哈台、喀什噶尔，其他地方设办事大臣和领队大臣等。
对新疆原有的政治制度也作了改革。变革后的地方制度基本上有州县制、札萨克制和伯克制三种。对维吾尔族聚居的南疆地区虽然保留了原来的伯克制，但是废除了伯克的世袭制度，改为任用，定以三至七品的品级，还限制了伯克占有土地和农奴的数额，分散和削弱了伯克的权力。
在经济方面，主要是兴办屯田，举办商业、鼓励贸易，降低赋税等。这些措施，使新疆各族人口增加，促进了农牧业的发展。一些经济贸易中心也随着出现，如乌鲁木齐“字号店铺，鳞次栉比，市衢宽敞，人民辐辏”、“繁华富庶，甲于关外”①。旧的经济贸易中心如阿克苏、叶尔羌等地也是“货如雾拥”、“货若云屯”。②这些改革，促进了社会经济的发展，但是，广大维吾尔族劳动人民的处境并没有得到根本的改变。伯克们的某些权力虽被限制和削弱，但又给他们加上了品级，使之法律化。劳动人民承受着官吏和伯克们的双重压迫，加深了维吾尔族社会的阶级矛盾。劳动人民为了求得生存，奋起反抗清政府和怕克的统治。
乾隆三十年（1765）春，维吾尔族人民反抗暴虐统治的起义在乌什爆发。他们首先杀死残暴的阿奇木伯克阿卜都拉全家，接着放火焚烧衙署，乌什办事大臣素诚等被迫自杀。阿克苏办事大臣卞塔海闻讯后赶来镇压，滥施枪炮。乌什全城人民齐心合力共同守城，将卞塔海打败，形成了一次规模较大的反抗封建统治和民族压迫的斗争。清政府调集了伊犁、喀什噶尔等处的兵力前来镇压，也都被起义军打败。起义也波及到叶尔羌、阿克苏、库车等地。清廷再派阿桂前往镇压，并加强火力攻城。经过了几个月的战斗，乌什城内粮食已尽，起义军几次突围未能成功，首领赖和木图拉也中箭身亡。这样，坚持斗争了半年之久，至八月十日，由于叛徒的出卖，起义的主要人物四十二人被捕，十五日献给清军，清军才进入了乌什城。清军入城后对起义的群众进行了大肆屠杀，并将乌什城内留下的数千人，分批遣往伊犁或解到内地，赏给官员为奴①。
平定张格尔叛乱、“七和卓之乱”、“倭里汗之乱”
嘉庆二十五年（1820），喀什噶尔参赞大臣斌静“荒淫失回众心”，大和卓的孙子张格尔纠集数百人乘机从浩罕返回骚扰边卡，烧杀抢掠，但因兵少败回。道光四年（1824）秋到五年夏，张格尔又屡次纠集数百人前来骚掠边卡。道光六年，张格尔又纠集五百余安集安延人，以参拜沙土克、布格拉汗的坟墓为名，秘密潜入阿图什，煽动当地伊斯兰教“白山派”教徒发动武装叛乱。维吾尔族人民在蒙骗下，有一万多人参加了叛乱，叛军兵分两股，攻打喀什噶尔、叶尔羌。张格尔又答应浩罕割让喀什噶尔和平分财物，得到了浩罕的万余援兵。接着，喀什噶尔被攻陷，英吉沙尔、叶尔羌、和阗也相继落入叛军之手。
张格尔占领了这些地方后，即纵容其部下肆意烧杀抢掠，并大兴土木，强征十五岁以上男丁入伍，索取金银、马匹等财物及妇女，贪淫暴虐，无所不用其极。
道光六年（1826）秋，清政府调集了陕西、吉林、黑龙江、甘肃、四川等省兵三万六千余名，会集于阿克苏，开始进剿张格尔叛匪，在浑巴什河打败叛军，奠定了收复南疆的基础。七年三、四月间，清军相继收复了喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌与和阗。八年初，张格尔再次潜入阿图什，但由于维吾尔族人民的奋力抵抗和清军的追击，张格尔走投无路，逃往喀尔铁盖山，军民将山团团围住，杀声震天。张格尔自杀未遂，被清军活捉。同年五月，将张格尔解运北京处死。①清军在平叛过程中，自始至终得到维吾尔族人民和其他各族人民的支持。受蒙骗的一部分维吾尔族人也很快觉醒，反戈一击。
道光二十年（1840）第一次鸦片战争，英国侵略者首先打开了中国的大门，使中国开始沦为半殖民地半封建的社会。地处祖国西北边疆的维吾尔族和其他各族人民也遭受到新的灾难。英、俄两国通过毗邻新疆的国家和地区，不仅蚕食和强占中国的领土，而且还向新疆输入鸦片，毒害新疆各族人民。据不完全的统计，仅在1840年，从喀什噶尔、叶尔羌等地几次截获的鸦片就达二十多万两。②鸦片的毒害遍及天山南北，清政府想方设法，未能禁绝。毗邻新疆的浩罕汗国这时也遭到沙俄的入侵，内部动荡，为了摆脱困境，又重新支持和卓后裔入卡滋事，发动叛乱。“七和卓之乱”和“倭里罕之乱”都给维吾尔族人民带来了极大的祸害。
道光二十七年（1847）八月，以张格尔之侄迈买的明（即卡塔条勒，或写作加他汉，玉素普之子）和倭里罕（巴布顶之子）为首的七和卓从浩罕起兵，纠集了约一千名精壮骑兵，首先击败了驻守明约洛卡的百余名清军，发动了反对清朝政府的叛乱。他们胁迫沿途维吾尔族参加叛乱，直抵喀什噶尔城下。当时，驻守喀什噶尔汉城的清军虽有三千，但不敢出击，只得坐守待援。居住在喀什噶尔回城的浩罕商人那墨特（即诺麦德罕或奈迈提）等人则为内应，开城门把和卓们放了进去。①接着，七和卓叛军一方面猛攻喀什噶尔汉城，一方面分兵进攻英吉沙尔、叶尔羌、巴楚等地，气焰十分嚣张。清皇朝为了避免事态蔓延，派奕山为参赞大臣，带兵由伊犁越冰岭出兵进剿。十月，奕山从叶尔羌向英吉沙尔进军，行至科科热依瓦特地方，与叛军激战，一日三战，以少胜多，大败叛军。清军乘胜前进，解了英吉沙尔城的重围，向喀什噶尔进援。叛军闻风丧胆，“尽数逃散出卡”，遂解了喀什噶尔汉城重围，收复了回城②。“七和卓之乱”从八月到十月，前后虽仅三个月，却使维吾尔族人民遭受了烧杀抢掠和四处逃亡之苦。
此后，和卓们又连续不断地叛乱，倭里罕等多次窜入喀什噶尔、乌什等处卡伦和村庄，烧毁房屋，抢掠财物，无恶不作。
咸丰七年（1857年），倭里罕带领叛军窜犯喀什噶尔，“盘踞喀什噶尔之七里河，沿官水磨一带，放火烧毁回城南门，裹胁回民，势极猖獗。”并窜踞英吉沙尔回城。巴楚、叶尔羌等地也受到叛军骚扰③。
倭里罕叛乱初期，反动气焰极为嚣张，对被其占领地区的人民实行残酷的统治。他不仅用苛捐杂税盘剥人民，而且使用宗教手段迫害人民。“妇女不戴盖头不得上街，不准结发辫。……所有男性居民从六岁起必须缠头巾，一天要到清真寺去祷告五次，对于这一切，倭里罕表现得异常残忍。没有哪一天不处决几十个人。……他的最大乐趣之一就是亲手砍下被指控者的头，而犯过失者是不乏其人的。在君主面前动作笨拙、言词不妥、打呵欠，所有这一切都可能招致死刑”①。倭里罕的倒行逆施，激起了维吾尔族人民的不满，他们不愿再受其欺压，拒绝承认其政权，对清军则表示了热烈的欢迎。
这一年七月，清军先后从伊犁、乌鲁木齐等地调集了官兵七千多人，进剿叛军。在叶尔羌与叛军激战，取得了胜利，继续向英吉沙尔进发，经过大桥和柳树泉大战，很快收复了英吉沙尔回城，并解了汉城一百余日的重围。接着，清军向喀什噶尔进剿，叛军“闻风逃散”，喀什噶尔回城收复。倭里罕见大势已去，即逃出卡外，但仍不断骚扰，清军再派兵追剿。倭里罕裹胁了一万五千多人，带着抢掠的财物，逃往浩罕②。倭里罕叛乱经过了四个月遂告平息。
这一时期，维吾尔族人民遭受了和卓后代多次作战之苦，又受到清统治者和本民族贵族压迫剥削之害，“生计本少，加以科敛，愈不聊生”③。
驱逐阿古柏收复伊犁
同治四年（1865）春以后，在天山南北相继出现了五个互不相属的封建割据政权。在库车，热西丁和卓自称“汗和卓”（汉文史书误译为黄和卓），形成了西至阿克苏、乌什、东至吐鲁番等地的封建割据势力。在乌鲁木齐，回族妥明（妥得璘）自称“清真王”，其势力也扩张至吐鲁番一带。在伊犁，迈孜木杂特自称“苏丹”割据一方。在喀什噶尔，先是由白山派头目托合提马木提艾来姆称王，不久，柯尔克孜封建主思的克攻占了喀什，自己登上王位。在和阗，宗教头目哈比布拉也自称“帕夏”（皇帝），占地为王。
以思的克为首的喀什噶尔统治集团，为了巩固和扩大自己的势力，竟奴颜卑膝地向浩罕求援。于是浩罕的军队首领派遣阿古柏和大和卓波罗泥都之曾孙布素鲁克前往喀什噶尔，于同治三年十二月（1865年1月）侵入中国境内。
同治六年（1867），南疆地区全部为阿古柏侵占。阿古柏自封为“巴达吾来特哈孜”（即汉文史书上的“毕调勒特汗”，意即“洪福之王”），对其政权，历史上称为“哲德莎尔”，意即“七城”。同治九年，整个天山以南地区和以北的部分地区就完全处在了阿古柏的反动统治之下。
阿古柏在新疆的侵略活动，与英国和俄国殖民主义侵略新疆的阴谋有着直接的联系。同治十二年（1873），英国正式派遣了茀赛斯组成的有三百人的庞大使团，向阿古柏赠送了枪枝、小炮等武器。同治十三年，阿古柏和英国签订了通商条约即《英国与喀什噶尔条约》，这个条约共十二条，给予了英国在商业、居住等方面的特权。沙皇俄国也不甘落后，早在同治十年武力强占中国伊犁地区以后，就立即向阿古柏表示友好。同治十一年，阿古柏与沙皇俄国签订了《俄国与喀什噶尔条约》，沙皇正式承认阿古柏政权，得到了在南疆进行商业贸易的特权①。阿古柏又将中亚地区中世纪的封建制度完全移植到新疆。土地被大量集中起来，分封给爪牙；各级官吏的俸禄直接取自于封地内的劳动人民，可以任意索取财物和强征无偿劳役。阿古柏的税收没有成文规定，种类繁多。
阿古柏还打着宗教的旗号，对宗教头目笼络、收买，扩充宗教寺院的土地、财产，新建礼拜寺、麻扎、宗教学校，又推行伊斯兰教法典《沙里阿特》的规定，在城乡普遍设立宗教法庭。宗教法官（长孜）可以用任何借口处罚以至处死劳动人民，恢复了“拉伊斯”（执行宗教法规的执法吏）的职位，无辜的劳动人民及未戴面纱上街的妇女，随时都可能受其鞭笞。对非伊斯兰教徒则强迫改信伊斯兰教，否则就要受到最野蛮的杀害。
为了反抗阿古柏的暴虐统治，各族人民包括一些本地的封建主都起来进行斗争。在和阗、吐鲁番、乌鲁木齐等地、劳动人民自发的武装起义此起彼伏，绵延不绝。
阿古柏的侵略新疆与沙皇俄国武力侵占伊犁，引起了中国西北边疆严重的民族危机，迫使清政府不得不注意新疆的问题。光绪元年三月（1875年5月），清政府授任左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务，任命金顺为乌鲁木齐都统，帮办新疆军务，开始了进军新疆，驱逐侵略者的行动①。
渴望解脱阿古柏残酷奴役的维吾尔族和新疆各族人民，自动拿出粮食，马匹等支援清军。
光绪三年夏，阿古柏见大势已去，在库尔勒服毒自杀。
清军在新疆各族人民的支持下，进行了历时一年半的反对阿古柏侵略、收复祖国领土的正义斗争。这些战争的胜利，解除了中国西北边疆的民族危机，粉碎了殖民主义者分裂我国的阴谋，为收复伊犁打下了基础。
左宗棠在驱逐阿古柏，收复新疆的过程中，就注意到了要做好善后工作，恢复生产，如资助因战争逃亡的人民重返家园，发给口粮、种子、牲畜等，使尽快恢复生产，举办屯田，军屯民屯并举，改革不合理的田赋制度及整顿币制等等。在收复南疆后，又组织了善后局，管理民政、财政、司法等事务，命令阿奇木伯克只管催征赋税，不得插手地方事务。又提出新疆设行省的主张。后来刘锦棠也上书清廷，提出了设置道厅州县的具体方案。
新疆设省
清廷于光绪十年九月（1884年10月）批准了新疆改设行省。十月，任命刘锦棠为新疆巡抚，魏光焘为新疆布政使。
新疆改设行省，是维吾尔族和新疆其他各族人民历史上的一个重要事件。改设行省以后，首先对军政制度作了重大改革。取消军府制、伯克制和扎萨克世袭制，代之以兵备道、府、州、县制，削弱了当地封建统治者的势力，加强了清政府对新疆的直接统治。
在改革军政制度的同时，清廷还采取了一些有助于生产发展的措施。在农业方面，大力兴修农田水利，实行军屯、民屯、犯屯、扩大了耕地面积，使农业生产得到发展。根据二十个县的统计，整修和新修干渠九百四十多条，支渠两千三百多条，灌溉面积达一百一十多万亩①。并设立蚕桑局，移植祖国东北地区的桑树，招聘江浙一带的蚕工，改进蚕桑技术，促进了蚕桑业的发展①。在工业、手工业方面，清政府举办新式工业，利用机器采油和冶铸，后来又有了火柴和电灯等工业。在交通方面，把军台、营塘一律改为驿站，又由驿站发展到邮政，宣统元年（1909）正式设立邮局，总局设迪化（乌鲁木齐），分局几乎遍及南北疆。光绪二十一年（1895）建成了电报线路，后来线路还可通到北京。在商业方面也日趋繁荣，由于取消了内地汉族来新疆的限制，使各省商人贩运内地的绸缎、茶、纸、瓷器、漆器等到新疆，每年货物价值二三万两。
在教育事业上也有了一定的发展。设省之初，兴办义塾三十多处。光绪三十二年（1906），新疆设提学使，在各府、厅、州、县设立学堂。许多维吾尔族学生也开始学习汉语汉文。
新疆设省，促进了新疆各族人民经济、文化的发展，巩固了祖国的统一和边疆的安全，进一步密切了维吾尔族和汉族及其他各族人民之间的关系。
①椿园（七十一）：《西域闻见录》卷6：《布拉敦霍集占叛亡纪略》，第1页。
②《平定准噶尔方略》正编，卷77。
③《西域闻见录》卷7，第28页。
④《平定准噶尔方略·正编》卷39、49。
①魏源：《圣武记》卷4。
②《回疆通志》卷2、4、5。
③《新疆识略》卷3。
①《西域闻见录》，卷1，第8页。
②《西域闻见录》卷2，第17、21页。
①《清高宗实录》卷730—745；《回疆通志》卷12；《东华录》（乾隆朝）卷61；《平定准噶尔方略》正编，卷32。
①《圣武记》卷4；《平定回疆剿擒逆裔方略》卷2、12、63；《那文毅公奏议》卷78、80。
②《清宣宗实录》卷330—332。
①《东华录》（道光朝）卷56；《清史稿》卷19；[俄]A·H·库罗帕特金：《喀什噶尔》，商务印书馆1982年版，第130—131页。
②《清宣宗实录》卷446、448。
③《平定陕甘新“回匪”方略》，卷5、11。
①库罗帕特金《喀什噶尔》，第135—136页。
②《平定陕甘新“回匪”方略》卷7；《喀什噶尔》。
③《清宣宗实录》卷425。
①《阿古柏伯克传》，第10、11章。
①《平定陕甘新“回匪”方略》，卷298、299。
①据《新疆图志》卷73至卷78统计。
①《西疆交涉志要》卷4。
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