（二）皇权的巩固与边疆统治的建立 明成祖在南京即位后，将原封地北平改为北京，设顺天府。又在北京设北京留守行后军都督府，掌管军事。设行部国子监，招纳生员。北京成为明朝的第二京城，陪都。明成祖长子高炽仍守北京。一四○四年召回南京，封为皇太子。
一、巩固皇权诸措施 明成祖即位后，即宣布废除惠宗时改建的官制，恢复太祖时的旧制。旧制中存在的种种积弊却依然有待清除，不得不有所改易。明成祖在恢复旧制的名义下，采取多种措施，以巩固皇权的统治。
削夺藩王卫军明太祖末年，边地藩王权势日盛，渐成皇室的威胁。惠宗削藩失败，带来成祖夺位的成功。成祖即位后，仍然面临着如何处置藩王的严重课题。边地藩王通称“塞王”，有权指挥边军。塞王的护卫军可多至二十万人以上。明成祖起兵，指责削藩是出自君侧的奸逆，即位后不得不为被削夺的周王、岷王、代王、齐王、湘王等恢复王封。当皇位确立后，明成祖密切监视诸王行动，在较长的时间里，逐个地削夺塞王护卫，收取军权。永乐元年（一四○三年）正月代王桂复封归藩后，十一月间，明成祖敕列代王纵戮取财等三十二罪，革去三护卫军及官属。齐王榑复封后，以护卫兵据守青州城。一四○六年，成祖召齐王来京，面斥其过。齐王反驳说，奸臣们喋喋不休，又要学建文时么？当尽斩此辈。成祖大怒，将齐王拘留京师，削去王封，废为庶人。岷王楩复封云南后，一四○八年，成祖指其杀戮吏民等罪，削去护卫及官属。辽王植（太祖十五子）封藩广宁，防守北边，屡建军功。成祖起兵，辽王渡海至南京，改封荆州。一四一二年，成祖削夺辽王护卫军，只留供役使的军校厨役。谷王橞（太祖十九子）原封宣府。成祖进兵南京时，在南京城中开门迎降。改封长沙。一四一七年，被告发谋为不轨，削去王封，废为庶人。周王橚复封开封，一四二一年成祖召他进京，说有人告他谋反。周王顿首谢罪，被迫献还三护卫军。明成祖吸取惠宗的教训，有步骤地分别削夺诸藩，收取军兵，取得一定的成效，但太祖制定的分封制度并没有改变。成祖立长子为皇太子，次子高煦封汉王，藩国云南。高煦不肯就藩，留居南京，请增两护卫，得有三护卫军。从成祖北征，有功。一四一五年改封青州，私募兵士劫掠。次年召回南京，削去两护卫。一四一七年，徙封乐安州。明成祖由抵制削藩而一再削藩。皇室诸王，恃权不法，仍然是他在位期间始终困扰的难题。
倚任阁臣明太祖在胡惟庸案后，废除丞相，六部直属于皇帝。由此高度集中了政权，也增加了日理万机的负担。曾有人统计，八天内的内外诸司奏札，即多达一千六百六十件，涉及三千三百九十一事。（《明太祖实录》卷一六五）一三八○年九月，明太祖依仿古制，设四辅官，称春、夏、秋、冬官。依时序辅佐皇帝阅处章奏。春官夏官各选老儒三人。每月三旬轮流任事。秋官冬官不专设，由春官夏官兼理。此制实行约两年余。一三八二年又改为依仿宋朝制度、设立殿阁大学士。以礼部尚书刘仲质为华盖殿大学士、翰林学士宋纳为文渊阁大学士。翰林院检讨吴伯宗为武英殿大学士，典籍吴沉为东阁大学士。刘仲质随后即降职为监察御史。大学士是皇帝的侍从文臣，兼备咨询，由文官兼任。明成祖即位后，参据此制，简选翰林院文臣入值文渊阁。建于皇宫之内的文渊阁原为皇帝与文臣研读之所。入阁侍读的文臣由此得以备咨议，拟制诰。惠宗朝降燕的翰林待诏解缙、修撰胡广、编修杨士奇、编修杨荣被简选入阁。一四○四年立太子后，解缙进为翰林学士兼右春坊大学士。春坊属詹事府，辅导太子。杨荣进侍讲，杨士奇进侍读。又简选中书舍人，进士黄淮，授翰林院编修。户科给事中，进士金幼孜授翰林院检讨，通晓天文的举人、原桐城知县胡俨，因解缙推荐，授翰林院检讨。三人也同时入阁。入值文渊阁的七人，本职仍是翰林院官员，不另置官属，但受到皇帝的礼重，在皇帝左右，参议朝廷政务，成为争帝的参谋。为与外朝的六部大臣相区别，殿阁文臣泛称为阁臣。阁臣无行政权，不得直接管理六部诸司事务，诸司奏事也不得通告阁臣。明成祖的这一措置，为明朝的内阁制奠定了基础。
信用宦官宦官又称内官或内臣，是历史形成的一种恶制。元朝，不任宦官。元末，顺帝娶高丽女奇氏为后，信用宦者朴不花（高丽人），后被处死。明太祖即位，力斥宦官。说宦官“善者千百中不一二，恶者常千百。若用为耳目，即耳目蔽。用为心腹，即心腹病”，所以只可供洒扫使令。明太祖定制，内官不许读书识字，诸司不得与内监文移往来，“内臣不得干预政事”（《明史》卷七四及卷三百四）。洪武末年，设置内官监、司、库、局等机构，制定内官品级，但仍属于内廷服役，不预外朝。
明太祖以农民即帝位，时刻疑虑臣僚军将的不忠和不服。明成祖依兵力夺取皇位，更不能不疑虑臣下的不服和不忠。明太祖防范宦官而信赖皇室诸王。明成祖为防范诸王和臣下而又倚用宦官。为侦察臣民的行动，成祖除加强原有的锦衣卫外，又设置东办事厂，简称东厂，任用宦官掌管，秘密侦察朝内外官员动静。阁臣的日常行动，也由宦官秘密陈报。锦衣卫加东厂，使朝廷侦察工作日益严密，宦官也由此得以上下其手。为防范驻防军将专权，成祖派宦官赴外地监军，甚至委派宦官出任军职统军镇守。出使外国也虑臣僚不忠而任用宦官。《明史·宦官传序》说：从永乐年间开始，宦官得有出使、专征、监军、分镇、刺臣民隐事诸大权。宦官成为皇帝的耳目和心腹，明朝的心腹之病不可免了。如果说，内阁的设置，开始了阁臣执政的端绪，宦官的倚用又开创了内臣干政的恶例，影响是深远的。
建三大营明成祖由掌握军权而夺得皇权，深知军兵的重要。尤其是京师的军兵，更是皇权的重要支柱。明太祖时，京师设有京军，是最精锐的兵力。一三七一年统计，共有二十万七千八百余人。但其中精锐，据说只有七、八万人（《典故纪闻》卷十七）。京军分编四十八卫，由五军都督府统领教练。明成祖为加强京军，在京师组建三大营。一是“五军营”，即原由五军都督府教练的军兵，分为步兵与骑兵两个兵种，包括京师卫所军和各地抽调来京的班军。二是“三千营”，由边境少数民族即所谓“边外降丁”组成，主要是骑兵。原来只作为仪仗，后来主要用于巡哨。三是“神机营”，用火器装备起来的步兵军团。据说当时采用安南神机枪的制造方法，制成神机枪和神机炮两种火器，炮利于守，枪利于战。神机营成为作战力较强的机械兵种。
三大营都设有“提督内臣（宦官）”或“坐营内臣”，另有武臣及坐营官、司官、把总。神机营还设有“监枪内臣”。京军三大营兵多用于朝廷的重大军事行动，平时捍卫京师。
二、出征蒙古与北部边疆的统治 明成祖即位前，因防守北边，而壮大了兵威。即位后曾先后领兵亲征鞑靼与瓦剌，并在广阔的北部边境，建立起了统治机构。
朵颜三卫明太祖在大宁地区设北平行都司，封十七子朱权为宁王镇守。蓝玉平纳哈出后，当地蒙古诸部皆降。一三八九年设置三卫：自大宁前抵喜峰，近宣府，为朵颜卫；自锦、义历广宁，渡辽河至白云山，为泰宁卫；自黄泥窪逾沈阳、铁岭至开原，为福余卫。明成祖起兵，合并宁王军众，挟宁王南下（后徙封南昌），以三卫蒙古首领脱儿火察为都督佥事，哈儿兀歹为都指挥同知，掌朵颜卫事；安出及土不申俱为都指挥佥事，掌福余卫事；忽刺班胡为都指挥佥事，掌泰宁卫事，三卫三百五十七个头领，各授指挥、千户、百户等官。成祖与三卫约定，脱离宁王而自为藩部，每年发给耕牛、农具、种子等从事农耕，在广宁等地互市。成祖弃大宁，旨在使三卫为北边屏障，解除南下夺位的后顾之忧。三卫由此成为半独立的藩部，处于明朝与鞑靼之间，有明一代时叛时服。三卫中以朵颜卫为最强，原为元代朵颜山兀良哈千户所蒙古兀良哈部人住地。明人不明诸部情势，将三卫各部都泛称为兀良哈。
北征鞑靼蒙古阿里不哥后裔也速迭儿杀死元帝脱古思帖木儿后，不再沿用忽必烈所建立的元朝国号，在和林自立为蒙古卓里克图汗。死后，子恩克汗继位。其后汗位转入额勒伯克汗，被瓦剌袭杀，另立坤帖木儿汗，他大约也是阿里不哥一系。成祖即位时，蒙古汗位已为鬼力赤所篡夺，曾出兵侵犯辽东。一四○三年和一四○六年，成祖曾先后两次遣使持玺书招谕。明人记载鬼力赤非元裔。蒙古史籍不见此名。波斯史籍中与他相当的汗，名乌鲁特穆尔（UrukTimur），说是窝阔台系的后裔。明人沿袭汉人的旧称，称和林蒙古为鞑靼。
鬼力赤为蒙古枢密知院阿鲁台所杀，阿鲁台等迎立忽必烈系的本雅失里（一作完者都）为汗。本雅失里在元亡后曾逃入中亚的帖木儿帝国（见下节），其后至别失八里，被迎入和林。一四○八年春，成祖得报，致书招谕。说到“太祖高皇帝于元氏子孙，加意抚恤”，又说：“元氏宗祧，不绝如线”，可见明廷已确认本雅失里是元朝宗室的后裔。次年四月，成祖又遣都督指挥金塔卜歹、给事中郭骥持书去和林，并赐阿鲁台等采币。郭骥至和林，被蒙古汗廷杀死。成祖大怒，决意发兵出征。
一四○九年七月，成祖任淇国公丘福为大将军，武城侯王聪为左副将军，同安侯火真为右副将军，靖安侯王忠、安平侯李远为左右参将，五将军领兵十万北征。八月，丘福率先锋军至胪朐河（克鲁伦河），蒙古诱敌深入。丘福等五将军皆战死，明军全军覆没。成祖得报，选将练兵，储备粮饷，准备来春大举亲征。永乐八年（一四一○年）正月，成祖自北京发兵五十万，亲自率领出塞。四月，经阔栾海（呼伦湖）西进，五月至斡难河，大败本雅失里军。本雅失里随七骑逃走。回师大败阿鲁台军，追奔百余里。成祖亲征，获得大胜利。七月，经开平，返回北京。
本雅失里败后，于一四一二年被瓦剌马哈木杀死。马哈木另立家世不明的答里巴为汗（一说，出自阿里不哥后裔）。一四一三年七月，阿鲁台奉表纳贡，请为故主复仇。成祖封阿鲁台为和宁王。
北征瓦剌瓦剌即元代蒙古外剌部，又译斡亦剌。元末已发展到四万户，住地扩展到谦河流域，南至金山（阿勒泰山），与阿里不哥后王的封地为邻。元初皇位争夺中，曾支持阿里不哥，反对忽必烈。明初，又支持阿里不哥后裔也速迭儿除灭元帝，夺取汗位。一四○九年五月，瓦剌三首领应明朝的招谕来朝。明成祖封马哈木为顺宁王，太平为贤义王，把秃孛罗为安乐王。马哈木杀本雅失里后，阿鲁台请求明成祖为主复仇，讨马哈木。马哈木则奏请论功行赏，给予军器，并请早诛阿鲁台。明成祖封阿鲁台王位，马哈木更为不满，拘留明朝来使。明成祖以为瓦剌骄纵，遣宦官海童前往切责。马哈木扬言出兵攻阿鲁台，成祖大怒。一四一四年二月，亲征瓦剌。四月出塞，六月至土剌河畔忽兰忽失温，答里巴、马哈木等率三万骑来战，被明军战败。明军也损失相当。《明实录》记此役“杀其王子十余人”，答里巴大约在作战中败死。马哈木脱身逃走。次年冬，马哈木遣使入明，贡马谢罪，陈说虑阿鲁台将为己害。一四一六年三月，阿鲁台击败马哈木，向明遣使献俘。九月，瓦剌马哈木与太平也来明朝贡。次年，马哈木死。子脱欢袭封顺宁王。蒙古瓦剌部在元代隶岭北行省，地处西北，接近西部蒙古诸王，与忽必烈系及东部诸王，历来属于不同的集团。明朝灭元，瓦剌三王接受明朝招谕，只求互市，无意南侵。明成祖亲征鞑靼，起于明使被杀，防范元裔再起，总算师出有名。出兵瓦剌，双方受损，只是由于明成祖不明蒙古内情，措置失宜，征战并非不可避免。明成祖有意压抑瓦剌，左袒阿鲁台，由此失去瓦剌的信任，阿鲁台则更加猖獗了。
设哈密卫明太祖追击逃往甘肃的元兵，招抚当地各族首领，曾先后在河州、西宁、洮州等地设卫，又在甘肃西境撒里畏兀儿安定王领地设置安定、曲先、阿端等卫，在嘉峪关西北置罕东卫。沙州蒙古部众降明，永乐初置沙州卫。哈密，是元哈梅里王兀纳失里据地，西与东察合台汗国为邻，北接鞑靼，地处明朝通往西域的要道。一三九一年，明太祖曾命左军都督佥事宋晟领兵攻占哈密城，次年，兀纳失里遣使向明朝进贡。成祖即位，兀纳失里弟安克帖木儿袭王位入贡。次年，受明封忠顺王。随后即被鞑靼鬼力赤害死。一四○五年，成祖扶立安克帖木儿之侄脱脱，袭忠顺王爵。次年，在其地设置哈密卫，封授当地畏兀儿、哈剌灰等族首领为指挥、千户、百户等职。又派遣汉人官员为王府长史、纪善（官名，王府辅导），协同理事。明朝在哈密设卫，确立了西部边陲的统治，意义是重大的。
建奴儿干都司明太祖时，元辽阳行中书省平章刘益奉辽东地图降明。后在其地设辽东都指挥使司，领有二十五卫，东至鸭绿江，西至山海关，南至旅顺口，北至开原的三万卫，北部辖区包有辽河。明太祖降纳哈出后，明军曾出开原，进据松花江南北两岸。成祖即位，亟待确立东北边境。一四○三年遣使臣往奴儿干（今特林）招谕黑龙江下游吉烈迷（金元时代的吉里迷）等渔猎部落。十一月，女真部落首领阿哈出等入朝，明廷沿用金恤品路建州之名，在其地设建州卫（黑龙江东宁县境），以阿哈出为指挥使。十二月，忽剌温（呼兰）女真部首领西阳哈、锁失哈等来朝，在其地设兀者卫（呼兰河中下游），以西阳哈为指挥使，锁失哈为同知。次年二月，奴儿干女真首领把剌答哈来朝，在其地建奴儿干卫。明廷对乌苏里江、黑龙江流域从事渔猎的各少数民族，都泛称女真或女直。成祖即位后的六年间，被称为女直的诸部落与吉烈迷部落相继来朝，明廷先后设置一百三十二卫。
一四○九年初，奴儿干官员忽剌佟奴来朝，奏请在奴儿干设立元帅府。明廷于闰四月定议在其地设置奴儿干都指挥使司（简称奴儿干都司），任命东宁卫指挥康旺为都指挥同知，千户王肇舟等为都指挥佥事。六月，又置奴儿干都司经历司，设经历一员。一四一一年春，明成祖特遣内官亦失哈等率军官一千余人，巨船二十五艘，护送康旺等顺黑龙江而下，至亨滚河口对岸特林的奴儿干地就任，奴儿干都司作为明廷在东北边境的统治机构，正式建立。
一四一二年明成祖命内官亦失哈巡视自海西至奴儿干各地居民以及苦夷（库页岛）诸部落。十月，在苦夷岛北部的囊阿里设囊哈儿卫，颁发囊哈儿指挥使官印。康旺等在奴儿干城元代征东元帅府地设立治所，又在治所附近建造永宁寺，供奉观音。一四一三年，建立《敕修永宁寺记》碑石，铭刻汉文碑记，并以蒙古字、女真字摘译，刊于碑阴。碑文中还记述了奴儿干都司的建立及苦夷岛诸民来附的事迹。
奴儿干都司建立后，辖境东至鲸海（日本海），西至朵颜三卫，南至鸭绿江，北至北山（外兴安岭）。辖境各族居民向明朝进贡狩猎土产。首领被授任各级官职，进京纳贡获得回赐。明成祖成功地争取到各族部落首领附明，确立了东北边疆的统治。
三、乌斯藏及西南地区建置 明太祖立国后，随即遣使往元代的吐蕃地区招谕，并在该地区建立乌斯藏行都指挥使司和朵甘行都指挥使司等机构。明成祖封授各地藏族政教首领，确立了藏族地区的统治秩序。云南平后，成祖又开设贵州建置，以巩固西南地区的统治。
乌斯藏、朵甘都司元世祖尊奉吐蕃萨迦喇嘛八思巴为帝师，封大宝法王，统领十三万户。元朝历代帝师，都由萨迦寺喇嘛袭封。必力工（止贡，在拉萨东北）和帕木竹（在拉萨东南）等地信奉噶举（口授）派喇嘛教的贵族，相继起兵，与萨迦派争夺领地。元朝衰亡时，吐蕃地区也已陷于混乱。明太祖即位后，一三六九年即遣使去吐蕃地区告谕明朝建国，又派遣陕西行省官员前往各部落，招谕元朝旧封官员来朝授职。一三七三年，萨迦派摄（代）帝师喃加巴藏卜来京，封授“炽盛佛宝国师”，所举乌斯藏及朵甘思地带官员六十人，分别授予指挥同知、佥事、宣慰使，同知、副使、元帅、招讨等职。乌斯藏指以拉萨为中心的前后藏地区。朵甘包括乌斯藏以东至陕西、四川邻界的藏族居地，元代曾设朵甘思都元帅府。明廷在其地推行卫所制，分设乌斯藏卫指挥使司及朵甘卫指挥使司。次年，在河州设西安行都指挥使司，总管河州、乌斯藏及朵甘。原设乌斯藏卫及朵甘卫指挥使司也升为行都指挥使司，又任命各级官员五十六人。洪武八年（一三七五年）正月，在纳里（阿里）地区设置俄力思军民元帅府。两都司指挥使以下各级官员及元帅府元帅，均由明廷任命藏族贵族首领担任，依明朝制度建立起军政统治秩序。
封授诸王元末吐蕃萨迦派逐渐衰落，噶举派、格鲁派等教派相继兴起。明成祖即位后，不再沿袭元代独尊萨迦的旧制度，对各地宗教首领分别封王。僧王也各自向明朝进贡，接受封敕。帕木竹巴喇嘛章阳沙加监藏曾受元封灌顶国师。明初袭封。明太祖曾遣内地僧人智光（武定人）两次入藏区招谕。成祖即位后，再遣智光往帕木竹巴地招谕。一四○六年二月，帕木竹巴袭封灌顶国师的吉剌思巴监藏巴里藏卜遣使入贡。三月，明成祖遣使封授为灌顶国师阐化王，颁赐玉印并白金五百两及绮绢茶等。智光又到朵甘思地区的馆觉（贡觉）及灵藏招谕，命当地喇嘛为灌顶国师。两地分别遣使入贡。一四○七年三月，明廷封授馆觉灌顶国师宗巴斡即南哥巴藏卜为护教王，赐金印。封授灵藏灌顶国师着思巴儿坚藏为赞善王，亦赐金印。一四一三年五月，明廷又分别封授萨迦派思达藏的喇嘛南谒烈思巴为思达藏辅教王，噶举派必力工瓦喇嘛领真巴儿吉监藏为必力工阐教王。明成祖先后封授五王。帕木竹巴一直受到明廷的优礼，最先封王。朵甘两王因地近陕蜀，特赐金印崇礼。后二王则明著地区性王号。五王为宗教领袖但各有分地，为一方之长，每三年向明廷朝贡一次。
明成祖还先后封授三位纯属宗教领袖但地位更高的“法王”。乌斯藏卒尔普寺（楚布寺）寺主是噶举派的噶玛系。此派早在南宋时即已创立，奉行活佛转世制，分黑帽、红帽两支。明初，黑帽寺主哈立麻（哈尔麻）为转世活佛。一四○六年，明成祖先后派遣云南沐昕及宦官侯显往乌斯藏迎请。当年十二月，哈立麻来京师，受到明成祖的礼遇和厚赐。次年正月，封授“如来大宝法王、西天大善自在佛、领天下释教”。
萨迦派领袖、主持萨迦寺的喇嘛昆泽思巴由明廷宦官迎请，一四一三年二月，到达京师南京。明成祖封授正觉大乘法王、西天上善金刚普应大光明佛，领天下释教。次年正月，由宦官护送回藏。
格鲁派是明初新创的教派。创始人是罗桑扎巴（善慧称吉祥），因出生于宗喀（青海湟中一带），故称宗喀巴（人）大师。早年入藏学习各派佛法，兼通显密二宗。鉴于当时各派僧官兼为领主，戒律废弛，沉溺享乐，因创新派，弘扬戒律，严禁娶妻，整饬寺院。入教喇嘛戴黄帽，以示持律，俗称黄教。明使入藏招谕。宗喀巴曾于一四○八年上书明成祖答谢。一四○九年，得帕木竹巴阐化王之助，格鲁派在拉萨举行祈愿法会，获得僧众的拥戴，成为一大教派。一四一四年十二月，宗喀巴弟子释迦也失（又名绛钦却杰），来明京师朝见。次年，明成祖封授为辅国显教灌顶弘善西天佛子大国师（其后明宣宗时加封大慈法王），一四一六年五月自京师启程回藏。
明成祖于三教派，均加招谕，分别封授。授两法王“领天下释教”，实即统领本教派僧众，与元代帝师的统领天下释教，含义不同。明朝历代相承，三教派分别遣使向明朝进贡，明廷各有回赐。
开设贵州元朝在湖广行省与云南邻界地区设立八番顺元宣慰司统治。在贵州（今贵阳）设顺元宣抚司。其北播州、思州等地各设宣抚司，以统治当地各族居民。明太祖设置贵州宣慰使司。又在思州分设思州与思南两宣慰使司。又设部指挥使司镇守贵州等地。成祖即位，在云南与湖广邻境的元普安路，设普安安抚司，隶属于四川。元末，水西彝族暖翠为贵州宣慰使，明军平云南后，降明。明太祖仍命为宣慰使。暖翠死，妻奢香继任，进京向明太祖陈告，明都指挥使司的都督马烨在当地苛虐，明太祖斩马烨。彝部感服。思州和思南两宣慰使，由田氏兄弟分任。永乐初，思州田琛与思南田宗鼎争地。明成祖遣使臣蒋廷瓒前往勘查。田琛及田宗鼎被密捕来京斩首。明成祖将内地各省的建置推行于贵州，于一四一三年二月，设贵州等处承宣布政使司，任蒋廷瓒为左布政使。原湖广西境贵州、思州地均划归贵州市政使统辖，下设思州、新化、黎平、石阡、思南、镇远、铜仁、乌罗等八府。一四一六年，又设贵州提刑按察司。贵州由此成与云南平等的省区，只是科举乡贡附于云南。明成祖开设贵州建置后，全国的布政使司，也由十二增为十三。
一、巩固皇权诸措施 明成祖即位后，即宣布废除惠宗时改建的官制，恢复太祖时的旧制。旧制中存在的种种积弊却依然有待清除，不得不有所改易。明成祖在恢复旧制的名义下，采取多种措施，以巩固皇权的统治。
削夺藩王卫军明太祖末年，边地藩王权势日盛，渐成皇室的威胁。惠宗削藩失败，带来成祖夺位的成功。成祖即位后，仍然面临着如何处置藩王的严重课题。边地藩王通称“塞王”，有权指挥边军。塞王的护卫军可多至二十万人以上。明成祖起兵，指责削藩是出自君侧的奸逆，即位后不得不为被削夺的周王、岷王、代王、齐王、湘王等恢复王封。当皇位确立后，明成祖密切监视诸王行动，在较长的时间里，逐个地削夺塞王护卫，收取军权。永乐元年（一四○三年）正月代王桂复封归藩后，十一月间，明成祖敕列代王纵戮取财等三十二罪，革去三护卫军及官属。齐王榑复封后，以护卫兵据守青州城。一四○六年，成祖召齐王来京，面斥其过。齐王反驳说，奸臣们喋喋不休，又要学建文时么？当尽斩此辈。成祖大怒，将齐王拘留京师，削去王封，废为庶人。岷王楩复封云南后，一四○八年，成祖指其杀戮吏民等罪，削去护卫及官属。辽王植（太祖十五子）封藩广宁，防守北边，屡建军功。成祖起兵，辽王渡海至南京，改封荆州。一四一二年，成祖削夺辽王护卫军，只留供役使的军校厨役。谷王橞（太祖十九子）原封宣府。成祖进兵南京时，在南京城中开门迎降。改封长沙。一四一七年，被告发谋为不轨，削去王封，废为庶人。周王橚复封开封，一四二一年成祖召他进京，说有人告他谋反。周王顿首谢罪，被迫献还三护卫军。明成祖吸取惠宗的教训，有步骤地分别削夺诸藩，收取军兵，取得一定的成效，但太祖制定的分封制度并没有改变。成祖立长子为皇太子，次子高煦封汉王，藩国云南。高煦不肯就藩，留居南京，请增两护卫，得有三护卫军。从成祖北征，有功。一四一五年改封青州，私募兵士劫掠。次年召回南京，削去两护卫。一四一七年，徙封乐安州。明成祖由抵制削藩而一再削藩。皇室诸王，恃权不法，仍然是他在位期间始终困扰的难题。
倚任阁臣明太祖在胡惟庸案后，废除丞相，六部直属于皇帝。由此高度集中了政权，也增加了日理万机的负担。曾有人统计，八天内的内外诸司奏札，即多达一千六百六十件，涉及三千三百九十一事。（《明太祖实录》卷一六五）一三八○年九月，明太祖依仿古制，设四辅官，称春、夏、秋、冬官。依时序辅佐皇帝阅处章奏。春官夏官各选老儒三人。每月三旬轮流任事。秋官冬官不专设，由春官夏官兼理。此制实行约两年余。一三八二年又改为依仿宋朝制度、设立殿阁大学士。以礼部尚书刘仲质为华盖殿大学士、翰林学士宋纳为文渊阁大学士。翰林院检讨吴伯宗为武英殿大学士，典籍吴沉为东阁大学士。刘仲质随后即降职为监察御史。大学士是皇帝的侍从文臣，兼备咨询，由文官兼任。明成祖即位后，参据此制，简选翰林院文臣入值文渊阁。建于皇宫之内的文渊阁原为皇帝与文臣研读之所。入阁侍读的文臣由此得以备咨议，拟制诰。惠宗朝降燕的翰林待诏解缙、修撰胡广、编修杨士奇、编修杨荣被简选入阁。一四○四年立太子后，解缙进为翰林学士兼右春坊大学士。春坊属詹事府，辅导太子。杨荣进侍讲，杨士奇进侍读。又简选中书舍人，进士黄淮，授翰林院编修。户科给事中，进士金幼孜授翰林院检讨，通晓天文的举人、原桐城知县胡俨，因解缙推荐，授翰林院检讨。三人也同时入阁。入值文渊阁的七人，本职仍是翰林院官员，不另置官属，但受到皇帝的礼重，在皇帝左右，参议朝廷政务，成为争帝的参谋。为与外朝的六部大臣相区别，殿阁文臣泛称为阁臣。阁臣无行政权，不得直接管理六部诸司事务，诸司奏事也不得通告阁臣。明成祖的这一措置，为明朝的内阁制奠定了基础。
信用宦官宦官又称内官或内臣，是历史形成的一种恶制。元朝，不任宦官。元末，顺帝娶高丽女奇氏为后，信用宦者朴不花（高丽人），后被处死。明太祖即位，力斥宦官。说宦官“善者千百中不一二，恶者常千百。若用为耳目，即耳目蔽。用为心腹，即心腹病”，所以只可供洒扫使令。明太祖定制，内官不许读书识字，诸司不得与内监文移往来，“内臣不得干预政事”（《明史》卷七四及卷三百四）。洪武末年，设置内官监、司、库、局等机构，制定内官品级，但仍属于内廷服役，不预外朝。
明太祖以农民即帝位，时刻疑虑臣僚军将的不忠和不服。明成祖依兵力夺取皇位，更不能不疑虑臣下的不服和不忠。明太祖防范宦官而信赖皇室诸王。明成祖为防范诸王和臣下而又倚用宦官。为侦察臣民的行动，成祖除加强原有的锦衣卫外，又设置东办事厂，简称东厂，任用宦官掌管，秘密侦察朝内外官员动静。阁臣的日常行动，也由宦官秘密陈报。锦衣卫加东厂，使朝廷侦察工作日益严密，宦官也由此得以上下其手。为防范驻防军将专权，成祖派宦官赴外地监军，甚至委派宦官出任军职统军镇守。出使外国也虑臣僚不忠而任用宦官。《明史·宦官传序》说：从永乐年间开始，宦官得有出使、专征、监军、分镇、刺臣民隐事诸大权。宦官成为皇帝的耳目和心腹，明朝的心腹之病不可免了。如果说，内阁的设置，开始了阁臣执政的端绪，宦官的倚用又开创了内臣干政的恶例，影响是深远的。
建三大营明成祖由掌握军权而夺得皇权，深知军兵的重要。尤其是京师的军兵，更是皇权的重要支柱。明太祖时，京师设有京军，是最精锐的兵力。一三七一年统计，共有二十万七千八百余人。但其中精锐，据说只有七、八万人（《典故纪闻》卷十七）。京军分编四十八卫，由五军都督府统领教练。明成祖为加强京军，在京师组建三大营。一是“五军营”，即原由五军都督府教练的军兵，分为步兵与骑兵两个兵种，包括京师卫所军和各地抽调来京的班军。二是“三千营”，由边境少数民族即所谓“边外降丁”组成，主要是骑兵。原来只作为仪仗，后来主要用于巡哨。三是“神机营”，用火器装备起来的步兵军团。据说当时采用安南神机枪的制造方法，制成神机枪和神机炮两种火器，炮利于守，枪利于战。神机营成为作战力较强的机械兵种。
三大营都设有“提督内臣（宦官）”或“坐营内臣”，另有武臣及坐营官、司官、把总。神机营还设有“监枪内臣”。京军三大营兵多用于朝廷的重大军事行动，平时捍卫京师。
二、出征蒙古与北部边疆的统治 明成祖即位前，因防守北边，而壮大了兵威。即位后曾先后领兵亲征鞑靼与瓦剌，并在广阔的北部边境，建立起了统治机构。
朵颜三卫明太祖在大宁地区设北平行都司，封十七子朱权为宁王镇守。蓝玉平纳哈出后，当地蒙古诸部皆降。一三八九年设置三卫：自大宁前抵喜峰，近宣府，为朵颜卫；自锦、义历广宁，渡辽河至白云山，为泰宁卫；自黄泥窪逾沈阳、铁岭至开原，为福余卫。明成祖起兵，合并宁王军众，挟宁王南下（后徙封南昌），以三卫蒙古首领脱儿火察为都督佥事，哈儿兀歹为都指挥同知，掌朵颜卫事；安出及土不申俱为都指挥佥事，掌福余卫事；忽刺班胡为都指挥佥事，掌泰宁卫事，三卫三百五十七个头领，各授指挥、千户、百户等官。成祖与三卫约定，脱离宁王而自为藩部，每年发给耕牛、农具、种子等从事农耕，在广宁等地互市。成祖弃大宁，旨在使三卫为北边屏障，解除南下夺位的后顾之忧。三卫由此成为半独立的藩部，处于明朝与鞑靼之间，有明一代时叛时服。三卫中以朵颜卫为最强，原为元代朵颜山兀良哈千户所蒙古兀良哈部人住地。明人不明诸部情势，将三卫各部都泛称为兀良哈。
北征鞑靼蒙古阿里不哥后裔也速迭儿杀死元帝脱古思帖木儿后，不再沿用忽必烈所建立的元朝国号，在和林自立为蒙古卓里克图汗。死后，子恩克汗继位。其后汗位转入额勒伯克汗，被瓦剌袭杀，另立坤帖木儿汗，他大约也是阿里不哥一系。成祖即位时，蒙古汗位已为鬼力赤所篡夺，曾出兵侵犯辽东。一四○三年和一四○六年，成祖曾先后两次遣使持玺书招谕。明人记载鬼力赤非元裔。蒙古史籍不见此名。波斯史籍中与他相当的汗，名乌鲁特穆尔（UrukTimur），说是窝阔台系的后裔。明人沿袭汉人的旧称，称和林蒙古为鞑靼。
鬼力赤为蒙古枢密知院阿鲁台所杀，阿鲁台等迎立忽必烈系的本雅失里（一作完者都）为汗。本雅失里在元亡后曾逃入中亚的帖木儿帝国（见下节），其后至别失八里，被迎入和林。一四○八年春，成祖得报，致书招谕。说到“太祖高皇帝于元氏子孙，加意抚恤”，又说：“元氏宗祧，不绝如线”，可见明廷已确认本雅失里是元朝宗室的后裔。次年四月，成祖又遣都督指挥金塔卜歹、给事中郭骥持书去和林，并赐阿鲁台等采币。郭骥至和林，被蒙古汗廷杀死。成祖大怒，决意发兵出征。
一四○九年七月，成祖任淇国公丘福为大将军，武城侯王聪为左副将军，同安侯火真为右副将军，靖安侯王忠、安平侯李远为左右参将，五将军领兵十万北征。八月，丘福率先锋军至胪朐河（克鲁伦河），蒙古诱敌深入。丘福等五将军皆战死，明军全军覆没。成祖得报，选将练兵，储备粮饷，准备来春大举亲征。永乐八年（一四一○年）正月，成祖自北京发兵五十万，亲自率领出塞。四月，经阔栾海（呼伦湖）西进，五月至斡难河，大败本雅失里军。本雅失里随七骑逃走。回师大败阿鲁台军，追奔百余里。成祖亲征，获得大胜利。七月，经开平，返回北京。
本雅失里败后，于一四一二年被瓦剌马哈木杀死。马哈木另立家世不明的答里巴为汗（一说，出自阿里不哥后裔）。一四一三年七月，阿鲁台奉表纳贡，请为故主复仇。成祖封阿鲁台为和宁王。
北征瓦剌瓦剌即元代蒙古外剌部，又译斡亦剌。元末已发展到四万户，住地扩展到谦河流域，南至金山（阿勒泰山），与阿里不哥后王的封地为邻。元初皇位争夺中，曾支持阿里不哥，反对忽必烈。明初，又支持阿里不哥后裔也速迭儿除灭元帝，夺取汗位。一四○九年五月，瓦剌三首领应明朝的招谕来朝。明成祖封马哈木为顺宁王，太平为贤义王，把秃孛罗为安乐王。马哈木杀本雅失里后，阿鲁台请求明成祖为主复仇，讨马哈木。马哈木则奏请论功行赏，给予军器，并请早诛阿鲁台。明成祖封阿鲁台王位，马哈木更为不满，拘留明朝来使。明成祖以为瓦剌骄纵，遣宦官海童前往切责。马哈木扬言出兵攻阿鲁台，成祖大怒。一四一四年二月，亲征瓦剌。四月出塞，六月至土剌河畔忽兰忽失温，答里巴、马哈木等率三万骑来战，被明军战败。明军也损失相当。《明实录》记此役“杀其王子十余人”，答里巴大约在作战中败死。马哈木脱身逃走。次年冬，马哈木遣使入明，贡马谢罪，陈说虑阿鲁台将为己害。一四一六年三月，阿鲁台击败马哈木，向明遣使献俘。九月，瓦剌马哈木与太平也来明朝贡。次年，马哈木死。子脱欢袭封顺宁王。蒙古瓦剌部在元代隶岭北行省，地处西北，接近西部蒙古诸王，与忽必烈系及东部诸王，历来属于不同的集团。明朝灭元，瓦剌三王接受明朝招谕，只求互市，无意南侵。明成祖亲征鞑靼，起于明使被杀，防范元裔再起，总算师出有名。出兵瓦剌，双方受损，只是由于明成祖不明蒙古内情，措置失宜，征战并非不可避免。明成祖有意压抑瓦剌，左袒阿鲁台，由此失去瓦剌的信任，阿鲁台则更加猖獗了。
设哈密卫明太祖追击逃往甘肃的元兵，招抚当地各族首领，曾先后在河州、西宁、洮州等地设卫，又在甘肃西境撒里畏兀儿安定王领地设置安定、曲先、阿端等卫，在嘉峪关西北置罕东卫。沙州蒙古部众降明，永乐初置沙州卫。哈密，是元哈梅里王兀纳失里据地，西与东察合台汗国为邻，北接鞑靼，地处明朝通往西域的要道。一三九一年，明太祖曾命左军都督佥事宋晟领兵攻占哈密城，次年，兀纳失里遣使向明朝进贡。成祖即位，兀纳失里弟安克帖木儿袭王位入贡。次年，受明封忠顺王。随后即被鞑靼鬼力赤害死。一四○五年，成祖扶立安克帖木儿之侄脱脱，袭忠顺王爵。次年，在其地设置哈密卫，封授当地畏兀儿、哈剌灰等族首领为指挥、千户、百户等职。又派遣汉人官员为王府长史、纪善（官名，王府辅导），协同理事。明朝在哈密设卫，确立了西部边陲的统治，意义是重大的。
建奴儿干都司明太祖时，元辽阳行中书省平章刘益奉辽东地图降明。后在其地设辽东都指挥使司，领有二十五卫，东至鸭绿江，西至山海关，南至旅顺口，北至开原的三万卫，北部辖区包有辽河。明太祖降纳哈出后，明军曾出开原，进据松花江南北两岸。成祖即位，亟待确立东北边境。一四○三年遣使臣往奴儿干（今特林）招谕黑龙江下游吉烈迷（金元时代的吉里迷）等渔猎部落。十一月，女真部落首领阿哈出等入朝，明廷沿用金恤品路建州之名，在其地设建州卫（黑龙江东宁县境），以阿哈出为指挥使。十二月，忽剌温（呼兰）女真部首领西阳哈、锁失哈等来朝，在其地设兀者卫（呼兰河中下游），以西阳哈为指挥使，锁失哈为同知。次年二月，奴儿干女真首领把剌答哈来朝，在其地建奴儿干卫。明廷对乌苏里江、黑龙江流域从事渔猎的各少数民族，都泛称女真或女直。成祖即位后的六年间，被称为女直的诸部落与吉烈迷部落相继来朝，明廷先后设置一百三十二卫。
一四○九年初，奴儿干官员忽剌佟奴来朝，奏请在奴儿干设立元帅府。明廷于闰四月定议在其地设置奴儿干都指挥使司（简称奴儿干都司），任命东宁卫指挥康旺为都指挥同知，千户王肇舟等为都指挥佥事。六月，又置奴儿干都司经历司，设经历一员。一四一一年春，明成祖特遣内官亦失哈等率军官一千余人，巨船二十五艘，护送康旺等顺黑龙江而下，至亨滚河口对岸特林的奴儿干地就任，奴儿干都司作为明廷在东北边境的统治机构，正式建立。
一四一二年明成祖命内官亦失哈巡视自海西至奴儿干各地居民以及苦夷（库页岛）诸部落。十月，在苦夷岛北部的囊阿里设囊哈儿卫，颁发囊哈儿指挥使官印。康旺等在奴儿干城元代征东元帅府地设立治所，又在治所附近建造永宁寺，供奉观音。一四一三年，建立《敕修永宁寺记》碑石，铭刻汉文碑记，并以蒙古字、女真字摘译，刊于碑阴。碑文中还记述了奴儿干都司的建立及苦夷岛诸民来附的事迹。
奴儿干都司建立后，辖境东至鲸海（日本海），西至朵颜三卫，南至鸭绿江，北至北山（外兴安岭）。辖境各族居民向明朝进贡狩猎土产。首领被授任各级官职，进京纳贡获得回赐。明成祖成功地争取到各族部落首领附明，确立了东北边疆的统治。
三、乌斯藏及西南地区建置 明太祖立国后，随即遣使往元代的吐蕃地区招谕，并在该地区建立乌斯藏行都指挥使司和朵甘行都指挥使司等机构。明成祖封授各地藏族政教首领，确立了藏族地区的统治秩序。云南平后，成祖又开设贵州建置，以巩固西南地区的统治。
乌斯藏、朵甘都司元世祖尊奉吐蕃萨迦喇嘛八思巴为帝师，封大宝法王，统领十三万户。元朝历代帝师，都由萨迦寺喇嘛袭封。必力工（止贡，在拉萨东北）和帕木竹（在拉萨东南）等地信奉噶举（口授）派喇嘛教的贵族，相继起兵，与萨迦派争夺领地。元朝衰亡时，吐蕃地区也已陷于混乱。明太祖即位后，一三六九年即遣使去吐蕃地区告谕明朝建国，又派遣陕西行省官员前往各部落，招谕元朝旧封官员来朝授职。一三七三年，萨迦派摄（代）帝师喃加巴藏卜来京，封授“炽盛佛宝国师”，所举乌斯藏及朵甘思地带官员六十人，分别授予指挥同知、佥事、宣慰使，同知、副使、元帅、招讨等职。乌斯藏指以拉萨为中心的前后藏地区。朵甘包括乌斯藏以东至陕西、四川邻界的藏族居地，元代曾设朵甘思都元帅府。明廷在其地推行卫所制，分设乌斯藏卫指挥使司及朵甘卫指挥使司。次年，在河州设西安行都指挥使司，总管河州、乌斯藏及朵甘。原设乌斯藏卫及朵甘卫指挥使司也升为行都指挥使司，又任命各级官员五十六人。洪武八年（一三七五年）正月，在纳里（阿里）地区设置俄力思军民元帅府。两都司指挥使以下各级官员及元帅府元帅，均由明廷任命藏族贵族首领担任，依明朝制度建立起军政统治秩序。
封授诸王元末吐蕃萨迦派逐渐衰落，噶举派、格鲁派等教派相继兴起。明成祖即位后，不再沿袭元代独尊萨迦的旧制度，对各地宗教首领分别封王。僧王也各自向明朝进贡，接受封敕。帕木竹巴喇嘛章阳沙加监藏曾受元封灌顶国师。明初袭封。明太祖曾遣内地僧人智光（武定人）两次入藏区招谕。成祖即位后，再遣智光往帕木竹巴地招谕。一四○六年二月，帕木竹巴袭封灌顶国师的吉剌思巴监藏巴里藏卜遣使入贡。三月，明成祖遣使封授为灌顶国师阐化王，颁赐玉印并白金五百两及绮绢茶等。智光又到朵甘思地区的馆觉（贡觉）及灵藏招谕，命当地喇嘛为灌顶国师。两地分别遣使入贡。一四○七年三月，明廷封授馆觉灌顶国师宗巴斡即南哥巴藏卜为护教王，赐金印。封授灵藏灌顶国师着思巴儿坚藏为赞善王，亦赐金印。一四一三年五月，明廷又分别封授萨迦派思达藏的喇嘛南谒烈思巴为思达藏辅教王，噶举派必力工瓦喇嘛领真巴儿吉监藏为必力工阐教王。明成祖先后封授五王。帕木竹巴一直受到明廷的优礼，最先封王。朵甘两王因地近陕蜀，特赐金印崇礼。后二王则明著地区性王号。五王为宗教领袖但各有分地，为一方之长，每三年向明廷朝贡一次。
明成祖还先后封授三位纯属宗教领袖但地位更高的“法王”。乌斯藏卒尔普寺（楚布寺）寺主是噶举派的噶玛系。此派早在南宋时即已创立，奉行活佛转世制，分黑帽、红帽两支。明初，黑帽寺主哈立麻（哈尔麻）为转世活佛。一四○六年，明成祖先后派遣云南沐昕及宦官侯显往乌斯藏迎请。当年十二月，哈立麻来京师，受到明成祖的礼遇和厚赐。次年正月，封授“如来大宝法王、西天大善自在佛、领天下释教”。
萨迦派领袖、主持萨迦寺的喇嘛昆泽思巴由明廷宦官迎请，一四一三年二月，到达京师南京。明成祖封授正觉大乘法王、西天上善金刚普应大光明佛，领天下释教。次年正月，由宦官护送回藏。
格鲁派是明初新创的教派。创始人是罗桑扎巴（善慧称吉祥），因出生于宗喀（青海湟中一带），故称宗喀巴（人）大师。早年入藏学习各派佛法，兼通显密二宗。鉴于当时各派僧官兼为领主，戒律废弛，沉溺享乐，因创新派，弘扬戒律，严禁娶妻，整饬寺院。入教喇嘛戴黄帽，以示持律，俗称黄教。明使入藏招谕。宗喀巴曾于一四○八年上书明成祖答谢。一四○九年，得帕木竹巴阐化王之助，格鲁派在拉萨举行祈愿法会，获得僧众的拥戴，成为一大教派。一四一四年十二月，宗喀巴弟子释迦也失（又名绛钦却杰），来明京师朝见。次年，明成祖封授为辅国显教灌顶弘善西天佛子大国师（其后明宣宗时加封大慈法王），一四一六年五月自京师启程回藏。
明成祖于三教派，均加招谕，分别封授。授两法王“领天下释教”，实即统领本教派僧众，与元代帝师的统领天下释教，含义不同。明朝历代相承，三教派分别遣使向明朝进贡，明廷各有回赐。
开设贵州元朝在湖广行省与云南邻界地区设立八番顺元宣慰司统治。在贵州（今贵阳）设顺元宣抚司。其北播州、思州等地各设宣抚司，以统治当地各族居民。明太祖设置贵州宣慰使司。又在思州分设思州与思南两宣慰使司。又设部指挥使司镇守贵州等地。成祖即位，在云南与湖广邻境的元普安路，设普安安抚司，隶属于四川。元末，水西彝族暖翠为贵州宣慰使，明军平云南后，降明。明太祖仍命为宣慰使。暖翠死，妻奢香继任，进京向明太祖陈告，明都指挥使司的都督马烨在当地苛虐，明太祖斩马烨。彝部感服。思州和思南两宣慰使，由田氏兄弟分任。永乐初，思州田琛与思南田宗鼎争地。明成祖遣使臣蒋廷瓒前往勘查。田琛及田宗鼎被密捕来京斩首。明成祖将内地各省的建置推行于贵州，于一四一三年二月，设贵州等处承宣布政使司，任蒋廷瓒为左布政使。原湖广西境贵州、思州地均划归贵州市政使统辖，下设思州、新化、黎平、石阡、思南、镇远、铜仁、乌罗等八府。一四一六年，又设贵州提刑按察司。贵州由此成与云南平等的省区，只是科举乡贡附于云南。明成祖开设贵州建置后，全国的布政使司，也由十二增为十三。
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