（二）官僚倾轧与朋党之争 万历二十年（一五九二年）以来，明王朝面临边境内外的多次战争，神宗亲揽大权而又怠于听政，耽于搜括靡费，朝中阁部科道诸臣，相互结纳又相互攻讦，形成一片混战。明末有人评论说：“其始天子静摄，听臣工群类之自战而不为之理，所谓鼠斗穴中，将勇者胜耳。故其时其血玄黄，时胜时败”（《明史纪事本末》卷六十六引明末国子祭酒倪元璐语）。臣僚互斗，胜败无准，因为他们之间多是权力之争或意气之争，进而党同伐异，结为朋党，并无多少原则性的是非可言。矿监税使之为害，曾遭到朝官们近乎一致的反对，少有争议。他们的争端，并非关系国计民生的大政，而往往是凭借细事，小题大作，以至无事生非。臣僚间相互攻击又相互报复，朝政日益陷于昏乱之中。
明太祖时即立有官员考察制度。初为三年，后改十年一考。孝宗弘治十四年（一五○一年），定为六年一考。武宗正德四年己巳年（一五○九年）起，规定巳年与亥年为考察之年。朝廷京官的考察，简称为京察，又称内计。外官考察称为外察，又称外计。朝官四品以上京察后，或升或黜，由皇帝亲自裁决。神宗怠于政事，对官员的升黜，不免为廷臣言论所左右，或者任情用事，轻易裁处。臣僚乘机徇私毁誉，平时积累的恩怨都在京察中暴露出来。相互对立的官员，则在京察中，结援同党，与对手一决胜负。万历二十一年（一五九三年）癸巳京察以后的四次京察，大都演为群臣的大搏斗，一批又一批的大臣被罢免，一再掀起轩然大波。
一、阁部之争与癸巳京察 明制，吏部居六部之首，掌理官员选授封勋考课，直接向皇帝负责，权位特重。内阁诸臣以尚书衔兼殿阁大学士，协理朝政，与前朝宰相的最大区别，就在于不领铨选（《万历野获编》卷七）。万历以前，阁臣兼领吏部，只是偶然出现的特例。神宗以冲年即位，张居正独揽朝政，吏部遂受命于内阁首辅。张居正死后，神宗亲政，削弱内阁，但吏部尚书杨巍遇事仍请命于阁臣。万历十八年（一五九○年）户部尚书宋壎改任吏部，遂力求摆脱内阁的控制，恢复吏部的权位。《明史·宋壎传》说他“绝请寄，奖廉抑贪，罪黠吏百余人，于执政（内阁）一无所关白。”《明史·陆光祖传》说：“时部权为内阁所夺，壎力矫之”。次年，宋壎卒于官。继任吏部尚书陆光祖继承其志，对首辅申时行不予理会。旧例，吏部尚书与阁臣在途中相遇，不避让。以后内阁权重，吏部尚书须引避。陆光祖据理力争，遂又恢复旧例，以提高吏部的地位。万历二十年（一五九二年），原南京吏部尚书继任京师吏部。《明史·孙■传》说：“自宋壎及光祖为政，权始归部，至■，守益坚”。首辅申时行于万历十九年三月致仕，继任首辅王家屏也于一年后致仕。原以礼部右侍郎引归的张位被起用入阁。二十一年（一五九三年）正月，阁臣王锡爵归省还朝，继为首辅。内阁大学士共三人：王、张与赵志皋（万历十九年九月以礼部尚书入阁）。《明史·张位传》说：“时黜陟权尽还吏部，政府（内阁）不得侵挠，位深憾之”。张位建议把原来由吏部廷推大臣，改为九卿各举一人类奏，由皇帝裁用。得神宗诏准。内阁与吏部的权力之争，仍在继续。
这年（癸巳年）三月，实行京察。例由吏部尚书孙■主持其事。吏部考功郎中赵南星、左都御史李世达协理。这次京察，史称“秉公澄汰”，“无所徇私”。孙■的外甥吏部文选郎吕胤昌、赵南星的姻亲都给事中王三余，均被斥黜。阁臣赵志皋之弟也在被贬斥的官员之中。许多由阁臣任用的私人，也因不称职而被黜。前此的京察，对官员的去留，先告知阁臣，再上奏皇帝。孙■、赵南星等有意矫正此事，为吏部夺权，不经内阁，直接将察疏上奏神宗。首辅王锡爵原想有所庇护，察疏已上，无以为计。
明制，京察之后，言官仍可纠弹没有被察议的官员，称为“拾遗”。言官劾论吏部稽勋司员外郎虞淳熙、兵部职方郎中杨于庭、主事袁黄，孙■为虞、杨说解，只黜袁黄。刑科给事中刘道隆迎合内阁，遂上疏劾奏吏部非体。孙■回奏说：“臣不忍以功为罪。若知其无罪，以科道之言而去之，昧心欺君，臣不能为”。神宗怒孙■不引罪自责，罚俸三月。内阁遂拟旨切责吏部专权结党。孙■愤而上疏自辩，说：“今以留二庶僚为专权，则无往非专矣。以留二京职为结党，则无往非党矣。”（《明史纪事本末》卷六十六）辞官乞休。礼部署员外郎事陈泰来上长篇奏疏，说他历官四任，目睹四次京察，都没有像今春这样“旁咨博采，覈实称情，邪陷尽屏，贪墨必汰”。他在疏中直接揭露阁部之争，说：“今除奸祛蠹之功未偿，而以怜才为过。割情捐爱之义不称而以品评为私。科臣或有独见，阁臣得无微指耶？”又说吏部权归内阁，始自高拱兼摄（代领）部事和张居正专擅国政。今借拾遗处分，“将来必挈权以阿阁臣而后为不专权，必植党以附阁臣而后为不结党”（《神宗实录》卷二五八）。神宗将陈泰来降级，发往极边。孙■罢免，赵南星削籍。吏科都给事中史孟麟也称病归里。礼部郎中于孔兼、主事顾允成、国子助教薛敷教等上疏申救，被指为“朋谋乱政”，各降三级，调外任。被言官弹劾的虞淳熙、杨于庭，罢职削籍。
此次争论中，首辅王锡爵也上疏乞休，神宗手诏慰留，说：“朕因新春积火上升，两目疼痛。卿可即出，待朕火愈，召卿面商国事。”（《神宗实录》卷二五八）神宗将国事委付内阁，以王锡爵为首的阁臣在癸巳京察中获得全胜，进而追究吏部官员。
吏部右侍郎赵用贤素与王锡爵不和。孙■罢免后数月，赵用贤也被罢免。起因只是他的女儿出生三月时曾许配吴家，其后又退婚改嫁蒋氏。这原来只是家庭细事，却成为朝臣互攻的依据。吴家控讼赵用贤“论财逐婿”。赵用贤上疏自辩。王锡爵疏议“宜听用贤引疾”，遂被免职归里。户部郎中杨应宿力诋赵用贤，仍请治罪。都御史李世达力陈赵用贤无罪，杨应宿谄谀，遭到杨应宿等的反击。癸巳京察中，李世达协助孙■，已为阁臣所不满。至此，获准致仕，吏部行人司行人（官名）高攀龙上疏指杨应宿谄谀阁臣。杨应宿上疏反击高攀龙。高攀龙又上疏说，大臣则孙■、李世达、赵用贤罢去，小臣则赵南星、陈泰来、顾允成、于孔兼等贬斥，为（皇上）圣德累不小。神宗将杨应宿、高攀龙俱贬官外调。
次年（一五九四年）五月，王锡爵引疾致仕。廷推阁臣。吏部尚书陈有年推举被神宗罢免的前任首辅王家屏。神宗不纳，以礼部尚书、国史副总裁陈于陛与原任南京礼部尚书、国史副总裁沈一贯二人入阁。陈有年因请致仕。参预此事的吏部文选司郎中顾宪成也被削籍归里。都察院左都御史孙丕扬继任吏部尚书。
二、阁臣相攻与乙巳京察 一六○五年（万历三十三年）乙巳京察上距癸巳已十二年。中经一五九九年（万历二十七年）己亥京察，似无多争斗。乙巳京察又成为历年积怨的大爆发。
一五九四年十月，陈、沈二人入阁后，赵志皋为首辅，次为张位，合共四人。一五九六年十二月，陈于陛病死。一五九八年六月，张位落职闲住。十月，赵志皋养病家居。阁臣实际只有沈一贯一人。这种情形延续达三年之久，沈一贯独专内阁，为前此所少见。沈一贯原籍浙江鄞县，在任期间，浙江籍的官员多附丽门下，一时被指为“浙党”。一六○一年九月，赵志皋病死，沈一贯正式继任首辅，势须增选阁臣。神宗对大臣素来心存疑虑，更虑阁臣植党，因而不用在任官员，而在家居或已罢的人员中选用。河南归德人沈鲤，嘉靖时进士，神宗为太子时，曾任太子东宫讲官，即位后，为左赞善，累进礼部尚书。一五八八年，因与首辅申时行不和，被劾辞官，家居十余年，已六十一岁。被召以原官礼部尚书兼东阁大学士入阁。继沈鲤为礼部尚书的朱赓，浙江山阴人，万历初年，曾以侍读为神宗侍讲官。任礼部尚书的次年，即以母丧去官家居，也被召以故官兼东阁大学士入阁。沈鲤为人耿直，遇事秉正不挠，颇有威望，因是神宗幼时的讲官，也颇受神宗的礼重。沈一贯长期专擅朝政，得神宗倚信，深虑沈鲤入阁夺其权位，多有戒备。沈鲤以师保老臣自居，对沈一贯也不肯屈从。沈一贯在朝有浙党旧臣为依恃，沈鲤则结纳礼部侍郎郭正域、左都御史温纯等人相助。二沈之间，渐形对立。
一六○三年四月，楚王案起，两沈集团展开了公开的角斗。
楚恭王朱英■（朱元璋第六子楚昭王朱桢之后）生前有“废疾”，隆庆五年死，宫人胡氏双生遗腹二子，华奎、华壁。万历八年（一五八○年），华奎嗣楚王位，华壁封宣化王。一六○三年六月，有楚王府宗人中尉朱华趆上疏告状，说华奎本是异姓之子，不当立。华奎向沈一贯行贿，使通政使沈子木，将此疏压置，不予上奏。但不久之后，华奎劾宗人之疏奏上。神宗令“部院看议”。郭正域以侍郎署礼部事，主张“敕抚按公勘”，沈一贯提出“亲王不当勘，但当体访”。神宗采郭正域议，敕下“公勘”；华奎又向郭正域行贿，请求不再追究，并称事后将以馈赠沈一贯者赠郭。郭正域严辞拒绝。
抚按公勘的结果送到京城，都说事无佐证。公卿集议，意见不一，各写具一单。郭正域欲尽录诸人议，礼部左侍郎李廷机以辞太繁，摘要奏上。沈一贯遂使给事中杨应文、御史康丕扬，弹劾礼部“壅阏群议，不以实闻”。郭正域得沈鲤支持，上疏自辩，并揭发沈子本匿疏、沈一贯阻止公勘及受华奎贿赂等情状。沈一贯诬指郭正域“私庇华趆”。又使给事中姚文蔚等上疏攻击郭正域有意陷害楚王。左都御史温纯上疏弹劾姚文蔚，并指沈一贯。给事中钱梦皋又劾郭正域并及沈鲤。六月神宗传旨：“罢楚事勿按”，华趆坐诬告，降为庶人，禁锢凤阳。郭正域只好自请休致。此案原无据可查，二沈相争，沈鲤集团不能不陷于失败。
一年半后的乙巳京察，旧案重提，两沈集团再次展开搏斗。这次京察始于万历三十三年（一六○五年）正月。吏部侍郎署尚书事杨时乔与左都御史温纯主持其事。沈一贯请改用兵部尚书萧大亨主持，遭到沈鲤的反对，未能获准。
杨时乔与温纯在考察中极力铲除沈一贯的私人亲信，特别是以弹劾为职事的言官。给事中钱梦皋、钟兆斗及御史张似渠、于永清等，都在斥逐之内。考察的给事中评为“浮躁”者二人，评为“不及”者二人，御史评为“浮躁”者三人，评为“不及”者三人，评为“不谨”者一人。察疏奏上后，二月间，广东巡按御史林秉汉上疏条陈时事，重提楚案，称：“假王之说，未必全无影响，不一严勘，何以服诸宗之心？”钱梦皋乘机上疏，指林秉汉是侍郎郭正域的私人，并说他们被察，是当事大臣代郭正域驱除建白楚事之人，为楚事翻案。神宗轻信其说，将林秉汉降五级，调极边，说“钱梦皋尽职建言，忠义可嘉，著照旧供职”。（《神宗实录》卷四○六）杨时乔、温纯等呈上的察疏，留中不下。三月间，传谕吏部、都察院说：“今大察各官本内，科道两衙门不称职的甚繁，岂皆不肖。内必有徇私之弊。因忿恚以洩之者有之，因结党以去之者有之，欲竖权以挟人者有之，欲立威以制人者有之。不然，何乃如此，朕不能无疑”。（《神宗实录》卷四○七）杨时乔、温纯上疏陈辩，列举历次京察中被察科道官的数目，证明这次所察并不为多，但也不得不自承“圣谕严切，臣等无状”，请求罢免。四月，钱梦皋又提楚王事，请追夺郭正域侍郎职，并攻诋温纯，给事中、钟兆斗继续上疏劾温纯多赃。温纯被迫上疏求退，获准致仕。
五月，候补南京兵部职方司郎中刘元珍抗疏弹劾沈一贯，说“一贯自秉政以来，比暱■人，丛集奸慝，假至尊之权以售私，窃朝廷之恩以市德，罔上不忠，孰大于是！近见梦皋有疏，每以党加人，从古小人未有不以朋党之说先空善类者，所关治乱安危之机，非细故也。”六月，南京御史朱吾弼上疏论察典，继续指责沈一贯。七月，兵部主事庞时雍“直攻一贯欺罔者十，误国者十。”神宗将刘元珍、庞时雍革职为民，朱吾弼罚俸。但迫于物议，终于发下察疏。考察不称职而被留任者，也不得不自请罢免去官。
乙巳京察之后，二沈之争仍在继续。沈一贯自京察以来，即称病闭门家居，但仍在家中草拟诏旨批答章奏，沈鲤极力说他不合规例。次年六月，南京吏科给事中陈嘉训、南京御史孙居相又交章、弹劾沈一贯奸贪。沈一贯上疏详辩，并再次请求辞官，说：“上如有意怜臣，则幸放臣，勿久留不决。”沈鲤也以年老，请求休致。七月，神宗诏降陈嘉训三级调外任，孙居相罚俸一年。同日罢免沈一贯、沈鲤，各赐路费，驰驿归里。
沈一贯与沈鲤两大臣长期互斗，两败俱伤，同日罢官而去。内阁大臣又只剩下了朱赓一人。
三、朋党之争与辛亥京察 神宗怠于朝政，又不愿为大臣所挟制，疑虑多重。因而阁部大臣出缺，常常久不选补，以至曹署常空。二沈去后，朱赓一人在阁，将近一年。一六○七年才补任礼部尚书李廷机、叶向高入阁。次年，朱赓病死。李廷机因被言官攻击，杜门养病，不再赴阁。内阁大臣又只有叶向高一人。这种局面又延续了五年之久。叶向高，福建福清人，进士出身，曾任南京礼部右侍郎，改任吏部。在任期间，曾上疏说：今天下必乱必危之道，盖有数端，“廊庙空虚一也；上下否隔二也；士大夫好胜喜争，三也；多藏厚积必有悖出之釁四也；凤声气习日趋日下莫可挽回，五也”。（《明史·叶向高传》）叶向高所说五大弊端，大体反映了当时昏乱的形势。“士大夫好胜喜争”，进而结为朋党，相互攻讦，更加重了朝政的昏乱！
吏部文选司郎中顾宪成自一五九四年罢官后，在无锡故里家居。尔后，在无锡东林书院聚集文士讲学议政，被指为东林党人。东林书院原为宋代理学家杨时讲学之所，一六○四年重新修建落成。学人除首领顾宪成外，还有高攀龙、薛敷教、史孟麟、于孔兼及宪成弟允成等人。薛敷教年龄最长，曾是顾宪成、允成兄弟的教师。高攀龙与顾宪成是万历十七年的同年进士，同出赵南星门下。不难看出，他们都是癸巳京察阁部之争中被罢免的官员，而且多曾供职吏部，熟悉朝廷官员情况，因而得以讽议朝政，裁量人物。又因为他们多已罢官家居多年，与地主、商人、文士时有交往，熟悉乡里情事，往往能够反映民众的呼声，抨击朝政的积弊，因而在社会上博得清名。致仕的御史武进人钱一本也来东林讲学，罢官家居的赵南星则与东林相呼应。叶向高入阁后，顾宪成即写信给叶向高，说近日辅相“贤否混淆”，意在暗示李廷机出于沈一贯的浙党。一六○八年十月，叶向高奏准起用顾宪成为南京光禄少卿，顾宪成辞官不就，以保持令名，但不时干预政事。东林党渐由民间的议政集团变成参与政争的朋党。
朝官中的文士也结为朋党，有宣党、崑党。宣党首领汤宾尹，宣城人，万历二十三年进士，授翰林院编修，一六○六年进为右春坊右中允，一六○九年为左春坊左谕德，署国子司业，顾天峻，崑山人，万历二十年进士，授编修，累迁至左谕德。汤宾尹和顾天峻都是翰林院编修，任太子东宫的文臣，却各自收召朋徒，干预时政《国榷》（卷八十一）。说“天峻高亢自得，宾尹淫污无行”，各自成一势力。东林以正人自诩，指他们为奸邪，两党则指东林为邪党。诸党之外，朝官与言官，北官与南官也各自结成大小不等的集团。是己非人，互攻不止。 阁臣李廷机晋江人，沈一贯在阁时，曾为吏部左侍郎，后代郭正域署理部事。处事公正，尤以廉洁著称，但不免偏愎固执。李廷机入阁后，一六○七年六月，工科给事中云南宁州人王元翰等言官，上疏诬告李廷机受贿，辇金载玉，以图中伤。神宗诏责王元翰“呶呶求胜不已，疑君诬人，莫此为甚”（《国榷》卷八十），罚俸半年。王元翰曾请起用顾宪成等被罢免的官员，不报。宣党汤宾尹的门人、给事中王绍徽请王元翰扬誉汤宾尹，被元翰拒绝。一六○九年二月，王绍徽指使御史郑继芳诬指王元翰“盗库金，克商人赀，奸赃数十万”。王元翰上疏自辨，并对郑继芳进行反击。王绍徽与同党刘文炳、刘国缙等连上十余疏攻击王元翰。南京给事中金士衡、御史刘兰等合词申救。阁臣叶向高请尽下诸疏，敕部院评曲直。神宗置此事不理。郑继芳不待神宗诏下，即遣人围守王元翰家。王元翰愤而尽出筐箧，置于国门，让吏士简括，痛哭辞朝，成为轰动一时的奇闻。六月，以擅离职守，降为刑部检校。
数月之后，又因淮抚李三才的擢用，掀起了一场纷争。李三才，顺天通州人。万历二年进士。一五九九年，以右佥都御史总督漕运，巡抚凤阳诸府。抚淮十三年，结交遍天下，与顾宪成也有交往。一六○四年八月，顾宪成曾专程赴淮安，与李三才议论政事；一六○七年七月，李三才曾上疏请用“废弃”，意在荐用顾宪成等人。李三才居官颇有成绩，被誉为大才，但为人好用机权，顾宪成曾见他用财如流水，也显有贪贿。
万历三十七年（一六○九年）正月，李三才加户部尚书兼左副都御史衔。浙党官员谋划弹劾，并借此事力斥东林，因为劾李，“则东林必救，可布一网打尽之局”。这年十二月，沈一贯的亲戚、工部郎中邵辅忠（浙江定海人），参论李三才“大奸似忠，大诈似直，而为贪险假横之人”。次年正月，浙江道御史徐兆魁继续上疏劾论。李三才上四疏力辨，并请休致。给事中马从龙、御史董兆舒等相继上疏为李三才辨。大学士叶向高上言：李三才已“杜门待罪”，为漕政计，应速定去留。神宗不答。御史刘国缙、乔应甲，给事中王绍徽、徐绍吉、周永春、姚宗文等，又连章弹劾李三才，给事中胡忻、曹于汴等，则交章论救。言官争论，数月不止。这时，顾宪成写信给叶向高和吏部尚书孙丕扬，力称李三才廉能，为其排解。李三才的友人御史吴亮，即将顾宪成的两信附传于邸报之中，言官见而大哗。乔应甲又上两疏，列举李三才十贪五奸，极力攻讦。李三才被迫疏请罢免，疏至十五上。久不得命，遂自引去。次年（一六一一年）二月，被正式罢免。
三月，举行辛亥京察（万历三十九年辛亥）。主持者是吏部尚书孙丕扬、侍郎萧云举及副都御史许弘纲。陕西高平人孙丕扬在癸巳京察后任吏部尚书，两年后罢去。自一六○四年以来，吏部尚书即由左侍郎杨时乔代署，空缺至五年之久。一六○八年，神宗再次起用孙丕扬。辛亥京察时，他已是年届八十的老臣。言官中御史徐兆魁、乔应甲、刘国缙、郑继芳，给事中王绍徽、朱一桂、姚宗文、徐绍吉、周永春等已在策划倾覆东林。有人向孙丕扬建策，散发访单，咨询是非，以便掀起党争，指东林为朋党予以钩察。吏部右御郎王图发觉其事，急告丕扬制止。王图，陕西耀州人，反对者曾指他与孙丕扬是秦党。王绍徽向王图极力称誉其师汤宾尹，并说言官中的南党，将要排陷汤宾尹和王图，请早为戒备，意在迥护汤宾尹，被王图严词拒绝。当时已晋为国子祭酒的汤宾尹遂与王绍徽设计，令御史金明时弹劾王图之子宝坻知县王淑抃“赃私巨万”，又说王图将在京察拾遗时倾覆其兄保定巡抚王国。王图兄弟抗章力辩，其事乃止。
多年以来，言官弹劾朝官，略无虚日。言官中也结为南党和北党，互相攻击。明制，朝官一经言官弹劾，不论虚实，即须先上疏辞官，弹劾不当，再由皇帝慰留。因而，言官得以任意弹劾，以遂其私，朝官也结纳言官，以攻击对手。六年一次的京察，由吏部主持，言官也在被察之列，因而成为清查言官优劣，驱逐劣官的难得的时机。孙丕扬老谋深算，在阁臣叶向高的支持下，阁部一致，着重于驱逐党魁，纠察言官。
察疏奏上，宣党汤宾尹、崑党顾天峻，故御史康丕扬、徐大化，故给事中钟兆斗、陈治则、宋一韩、姚文蔚，主事郑振先、张嘉言以及现任御史刘国缙等都被察纠，给事中王绍徽、御史乔应甲依年例转外任。礼部主事丁元荐，恐察疏不下，又上疏揭发崑党、宣党。言官朱一桂、郑继芳、周永春、徐兆魁、姚宗文等想乘机动摇察疏，于是争相攻击丁元荐。丁元荐因而去官归乡。但这时内阁，叶向高独相，内援京察，察疏终于在五月间诏准下发，被纠察的诸人均被罢免出朝。孙丕扬主察，获得胜利。东林党人也由此避免了被钩察的危机。
辛亥京察之后，朝臣交攻，仍在继续。察疏发下前，京畿道御史徐兆魁曾上疏直攻东林，说：“今年察典，尽趋东林”，“东林所至，倾动一时，能使南北交攻，角胜党附”（《国榷》卷八十一），又指称顾宪成受贿，但无左验。光禄丞吴炯疏辨，说“宪成贻书救三才，诚为出位，臣尝咎之，宪成亦自悔。今宪成被诬，天下将以讲学为戒”。神宗置之不问。
曾同王元翰一起攻击李廷机的给事中胡忻等人又弹劾户部尚书赵世卿，说他当年在楚案争论中，力言楚王非伪，与沈一贯议合，因而怀疑他是沈党。赵世卿为官颇有政绩，屡谏革除弊政，激切反对矿监税使，史称他“素励清操，当官尽职。”（《明史·赵世卿传》）被劾后愤而闭门辞官。上章十余次，神宗不予处理。一六一一年十月，不待诏下，自乘柴车去官归里。清乾隆帝在《资治通鉴三编发明》中论此事说：“楚宗事至是几十年矣，而廷臣犹以世卿右王之故，相继论劾，借端攻击，报复相寻，朝事已不可问”。乾隆帝不拘党人正邪之论，洞察朋党相攻之害，所论是恰当的。
阁部大臣，长久缺员。京察后，科道官也有待补任。神宗长期拖延，不予选任，朝政渐形阻滞。阁臣叶向高上疏，激切陈言，说：“今自阁臣至九卿台省，曹署皆空，南都九卿亦只存其二”，“陛下万事不理，以为天下长如此，臣恐祸端一发不可收也”。吏部尚书孙丕扬，先后推荐沈鲤、郭正域、顾宪成、赵南星、高攀龙等人及原御史钱一本等被罢免的旧官。神宗俱不理。一六一二年二月，孙丕扬以年老自请致仕归里。五月，顾宪成在家中病死。
叶向高先后上疏百余次，请补阁臣。一六一三年九月，命吏部左侍郎方从哲、前吏部左侍郎吴道南入阁，次年八月，叶向高致仕，方从哲为首辅。
四、丁巳京察 万历四十五年（一六一七年）丁巳京察是神宗朝最后一次，三年后神宗病死。
辛亥京察后，科道言官依籍贯不同，又形成齐、楚、浙三党，权势渐盛，进而得以左右朝官，排斥异己。不附者即群起弹劾，借端寻衅，指为东林一党。一六一三年十二月，户部主事李朴曾上书，激切揭露齐、楚、浙党“深结戚畹近侍，威制大僚；日事请寄、广纳赂遗；亵衣小车，邀游市肆，狎比娼优；或就饮商贾之家，流连山人之室；身则鬼蜮，反诬他人”；“百人合为一心，以挤排善类。”又说：“乃攻东林者，今日指为乱政，明日目为擅权，不知东林居何室？操何柄？在朝列言路者，反谓无权，而林下投闲杜门乐道者，反谓有权，此不可欺三尺竖子，而乃以欺陛下哉！”李朴最后说“望俯察臣言，立赐威断，先斩臣以谢诸奸，然后斩诸奸以谢天下”。（《明史·李朴传》）神宗责李朴“出位妄言”，部议降三级调外任。
丁巳京察，由吏部尚书郑继之、刑部尚书兼署都察院事李鋕主持。楚人郑继之已年逾八十，遇事即听从于楚党，李鋕得到浙党的支持。佐理人员给事中徐绍吉依附于楚党，御史韩浚原属齐党。这次京察于是演为三党言官对辛亥京察以来异己者的报复。辛亥京察时揭发崑党、宣党的礼部主事丁元荐，原已家居，这时又以“不谨”削籍。李朴也被定为“不谨”，落职。曾经力攻汤宾尹的御史王时熙被纠为“浮躁”。御史孙居相，曾先后弹劾过沈一贯、汤宾尹，与三党相抗，京察中以年例外转。刑部主事王之寀因曾与韩浚不和，也在京察中被罢免。其后，熹宗天启时御史蒋允仪追论丁巳京察说：“当日八法之处分，台省之例转，大僚之拾遗，黑白颠倒，私意横行。”“于是方从哲独居政府，元（音齐）诗教、赵兴邦等分部要津。”（《明史·蒋允仪传》）
丁巳京察后，三党权势更盛。他们的主要人物是：齐党给事中亓诗教、周永春，御史韩浚；楚党给事中官应震、吴亮嗣；浙党给事中姚允文、御史刘廷元。给事中赵兴邦等与之呼应。退职的汤宾尹仍在幕后操纵。（《明史·夏嘉遇传》）亓诗教是方从哲的门生，为三党的总首领，渐与楚、浙两党矛盾。一六一九年，礼部主事华亭人夏嘉遇连疏力攻亓诗教等，浙人御史唐世济、董元儒助嘉遇。朋党之争，愈演愈烈。
明太祖时即立有官员考察制度。初为三年，后改十年一考。孝宗弘治十四年（一五○一年），定为六年一考。武宗正德四年己巳年（一五○九年）起，规定巳年与亥年为考察之年。朝廷京官的考察，简称为京察，又称内计。外官考察称为外察，又称外计。朝官四品以上京察后，或升或黜，由皇帝亲自裁决。神宗怠于政事，对官员的升黜，不免为廷臣言论所左右，或者任情用事，轻易裁处。臣僚乘机徇私毁誉，平时积累的恩怨都在京察中暴露出来。相互对立的官员，则在京察中，结援同党，与对手一决胜负。万历二十一年（一五九三年）癸巳京察以后的四次京察，大都演为群臣的大搏斗，一批又一批的大臣被罢免，一再掀起轩然大波。
一、阁部之争与癸巳京察 明制，吏部居六部之首，掌理官员选授封勋考课，直接向皇帝负责，权位特重。内阁诸臣以尚书衔兼殿阁大学士，协理朝政，与前朝宰相的最大区别，就在于不领铨选（《万历野获编》卷七）。万历以前，阁臣兼领吏部，只是偶然出现的特例。神宗以冲年即位，张居正独揽朝政，吏部遂受命于内阁首辅。张居正死后，神宗亲政，削弱内阁，但吏部尚书杨巍遇事仍请命于阁臣。万历十八年（一五九○年）户部尚书宋壎改任吏部，遂力求摆脱内阁的控制，恢复吏部的权位。《明史·宋壎传》说他“绝请寄，奖廉抑贪，罪黠吏百余人，于执政（内阁）一无所关白。”《明史·陆光祖传》说：“时部权为内阁所夺，壎力矫之”。次年，宋壎卒于官。继任吏部尚书陆光祖继承其志，对首辅申时行不予理会。旧例，吏部尚书与阁臣在途中相遇，不避让。以后内阁权重，吏部尚书须引避。陆光祖据理力争，遂又恢复旧例，以提高吏部的地位。万历二十年（一五九二年），原南京吏部尚书继任京师吏部。《明史·孙■传》说：“自宋壎及光祖为政，权始归部，至■，守益坚”。首辅申时行于万历十九年三月致仕，继任首辅王家屏也于一年后致仕。原以礼部右侍郎引归的张位被起用入阁。二十一年（一五九三年）正月，阁臣王锡爵归省还朝，继为首辅。内阁大学士共三人：王、张与赵志皋（万历十九年九月以礼部尚书入阁）。《明史·张位传》说：“时黜陟权尽还吏部，政府（内阁）不得侵挠，位深憾之”。张位建议把原来由吏部廷推大臣，改为九卿各举一人类奏，由皇帝裁用。得神宗诏准。内阁与吏部的权力之争，仍在继续。
这年（癸巳年）三月，实行京察。例由吏部尚书孙■主持其事。吏部考功郎中赵南星、左都御史李世达协理。这次京察，史称“秉公澄汰”，“无所徇私”。孙■的外甥吏部文选郎吕胤昌、赵南星的姻亲都给事中王三余，均被斥黜。阁臣赵志皋之弟也在被贬斥的官员之中。许多由阁臣任用的私人，也因不称职而被黜。前此的京察，对官员的去留，先告知阁臣，再上奏皇帝。孙■、赵南星等有意矫正此事，为吏部夺权，不经内阁，直接将察疏上奏神宗。首辅王锡爵原想有所庇护，察疏已上，无以为计。
明制，京察之后，言官仍可纠弹没有被察议的官员，称为“拾遗”。言官劾论吏部稽勋司员外郎虞淳熙、兵部职方郎中杨于庭、主事袁黄，孙■为虞、杨说解，只黜袁黄。刑科给事中刘道隆迎合内阁，遂上疏劾奏吏部非体。孙■回奏说：“臣不忍以功为罪。若知其无罪，以科道之言而去之，昧心欺君，臣不能为”。神宗怒孙■不引罪自责，罚俸三月。内阁遂拟旨切责吏部专权结党。孙■愤而上疏自辩，说：“今以留二庶僚为专权，则无往非专矣。以留二京职为结党，则无往非党矣。”（《明史纪事本末》卷六十六）辞官乞休。礼部署员外郎事陈泰来上长篇奏疏，说他历官四任，目睹四次京察，都没有像今春这样“旁咨博采，覈实称情，邪陷尽屏，贪墨必汰”。他在疏中直接揭露阁部之争，说：“今除奸祛蠹之功未偿，而以怜才为过。割情捐爱之义不称而以品评为私。科臣或有独见，阁臣得无微指耶？”又说吏部权归内阁，始自高拱兼摄（代领）部事和张居正专擅国政。今借拾遗处分，“将来必挈权以阿阁臣而后为不专权，必植党以附阁臣而后为不结党”（《神宗实录》卷二五八）。神宗将陈泰来降级，发往极边。孙■罢免，赵南星削籍。吏科都给事中史孟麟也称病归里。礼部郎中于孔兼、主事顾允成、国子助教薛敷教等上疏申救，被指为“朋谋乱政”，各降三级，调外任。被言官弹劾的虞淳熙、杨于庭，罢职削籍。
此次争论中，首辅王锡爵也上疏乞休，神宗手诏慰留，说：“朕因新春积火上升，两目疼痛。卿可即出，待朕火愈，召卿面商国事。”（《神宗实录》卷二五八）神宗将国事委付内阁，以王锡爵为首的阁臣在癸巳京察中获得全胜，进而追究吏部官员。
吏部右侍郎赵用贤素与王锡爵不和。孙■罢免后数月，赵用贤也被罢免。起因只是他的女儿出生三月时曾许配吴家，其后又退婚改嫁蒋氏。这原来只是家庭细事，却成为朝臣互攻的依据。吴家控讼赵用贤“论财逐婿”。赵用贤上疏自辩。王锡爵疏议“宜听用贤引疾”，遂被免职归里。户部郎中杨应宿力诋赵用贤，仍请治罪。都御史李世达力陈赵用贤无罪，杨应宿谄谀，遭到杨应宿等的反击。癸巳京察中，李世达协助孙■，已为阁臣所不满。至此，获准致仕，吏部行人司行人（官名）高攀龙上疏指杨应宿谄谀阁臣。杨应宿上疏反击高攀龙。高攀龙又上疏说，大臣则孙■、李世达、赵用贤罢去，小臣则赵南星、陈泰来、顾允成、于孔兼等贬斥，为（皇上）圣德累不小。神宗将杨应宿、高攀龙俱贬官外调。
次年（一五九四年）五月，王锡爵引疾致仕。廷推阁臣。吏部尚书陈有年推举被神宗罢免的前任首辅王家屏。神宗不纳，以礼部尚书、国史副总裁陈于陛与原任南京礼部尚书、国史副总裁沈一贯二人入阁。陈有年因请致仕。参预此事的吏部文选司郎中顾宪成也被削籍归里。都察院左都御史孙丕扬继任吏部尚书。
二、阁臣相攻与乙巳京察 一六○五年（万历三十三年）乙巳京察上距癸巳已十二年。中经一五九九年（万历二十七年）己亥京察，似无多争斗。乙巳京察又成为历年积怨的大爆发。
一五九四年十月，陈、沈二人入阁后，赵志皋为首辅，次为张位，合共四人。一五九六年十二月，陈于陛病死。一五九八年六月，张位落职闲住。十月，赵志皋养病家居。阁臣实际只有沈一贯一人。这种情形延续达三年之久，沈一贯独专内阁，为前此所少见。沈一贯原籍浙江鄞县，在任期间，浙江籍的官员多附丽门下，一时被指为“浙党”。一六○一年九月，赵志皋病死，沈一贯正式继任首辅，势须增选阁臣。神宗对大臣素来心存疑虑，更虑阁臣植党，因而不用在任官员，而在家居或已罢的人员中选用。河南归德人沈鲤，嘉靖时进士，神宗为太子时，曾任太子东宫讲官，即位后，为左赞善，累进礼部尚书。一五八八年，因与首辅申时行不和，被劾辞官，家居十余年，已六十一岁。被召以原官礼部尚书兼东阁大学士入阁。继沈鲤为礼部尚书的朱赓，浙江山阴人，万历初年，曾以侍读为神宗侍讲官。任礼部尚书的次年，即以母丧去官家居，也被召以故官兼东阁大学士入阁。沈鲤为人耿直，遇事秉正不挠，颇有威望，因是神宗幼时的讲官，也颇受神宗的礼重。沈一贯长期专擅朝政，得神宗倚信，深虑沈鲤入阁夺其权位，多有戒备。沈鲤以师保老臣自居，对沈一贯也不肯屈从。沈一贯在朝有浙党旧臣为依恃，沈鲤则结纳礼部侍郎郭正域、左都御史温纯等人相助。二沈之间，渐形对立。
一六○三年四月，楚王案起，两沈集团展开了公开的角斗。
楚恭王朱英■（朱元璋第六子楚昭王朱桢之后）生前有“废疾”，隆庆五年死，宫人胡氏双生遗腹二子，华奎、华壁。万历八年（一五八○年），华奎嗣楚王位，华壁封宣化王。一六○三年六月，有楚王府宗人中尉朱华趆上疏告状，说华奎本是异姓之子，不当立。华奎向沈一贯行贿，使通政使沈子木，将此疏压置，不予上奏。但不久之后，华奎劾宗人之疏奏上。神宗令“部院看议”。郭正域以侍郎署礼部事，主张“敕抚按公勘”，沈一贯提出“亲王不当勘，但当体访”。神宗采郭正域议，敕下“公勘”；华奎又向郭正域行贿，请求不再追究，并称事后将以馈赠沈一贯者赠郭。郭正域严辞拒绝。
抚按公勘的结果送到京城，都说事无佐证。公卿集议，意见不一，各写具一单。郭正域欲尽录诸人议，礼部左侍郎李廷机以辞太繁，摘要奏上。沈一贯遂使给事中杨应文、御史康丕扬，弹劾礼部“壅阏群议，不以实闻”。郭正域得沈鲤支持，上疏自辩，并揭发沈子本匿疏、沈一贯阻止公勘及受华奎贿赂等情状。沈一贯诬指郭正域“私庇华趆”。又使给事中姚文蔚等上疏攻击郭正域有意陷害楚王。左都御史温纯上疏弹劾姚文蔚，并指沈一贯。给事中钱梦皋又劾郭正域并及沈鲤。六月神宗传旨：“罢楚事勿按”，华趆坐诬告，降为庶人，禁锢凤阳。郭正域只好自请休致。此案原无据可查，二沈相争，沈鲤集团不能不陷于失败。
一年半后的乙巳京察，旧案重提，两沈集团再次展开搏斗。这次京察始于万历三十三年（一六○五年）正月。吏部侍郎署尚书事杨时乔与左都御史温纯主持其事。沈一贯请改用兵部尚书萧大亨主持，遭到沈鲤的反对，未能获准。
杨时乔与温纯在考察中极力铲除沈一贯的私人亲信，特别是以弹劾为职事的言官。给事中钱梦皋、钟兆斗及御史张似渠、于永清等，都在斥逐之内。考察的给事中评为“浮躁”者二人，评为“不及”者二人，御史评为“浮躁”者三人，评为“不及”者三人，评为“不谨”者一人。察疏奏上后，二月间，广东巡按御史林秉汉上疏条陈时事，重提楚案，称：“假王之说，未必全无影响，不一严勘，何以服诸宗之心？”钱梦皋乘机上疏，指林秉汉是侍郎郭正域的私人，并说他们被察，是当事大臣代郭正域驱除建白楚事之人，为楚事翻案。神宗轻信其说，将林秉汉降五级，调极边，说“钱梦皋尽职建言，忠义可嘉，著照旧供职”。（《神宗实录》卷四○六）杨时乔、温纯等呈上的察疏，留中不下。三月间，传谕吏部、都察院说：“今大察各官本内，科道两衙门不称职的甚繁，岂皆不肖。内必有徇私之弊。因忿恚以洩之者有之，因结党以去之者有之，欲竖权以挟人者有之，欲立威以制人者有之。不然，何乃如此，朕不能无疑”。（《神宗实录》卷四○七）杨时乔、温纯上疏陈辩，列举历次京察中被察科道官的数目，证明这次所察并不为多，但也不得不自承“圣谕严切，臣等无状”，请求罢免。四月，钱梦皋又提楚王事，请追夺郭正域侍郎职，并攻诋温纯，给事中、钟兆斗继续上疏劾温纯多赃。温纯被迫上疏求退，获准致仕。
五月，候补南京兵部职方司郎中刘元珍抗疏弹劾沈一贯，说“一贯自秉政以来，比暱■人，丛集奸慝，假至尊之权以售私，窃朝廷之恩以市德，罔上不忠，孰大于是！近见梦皋有疏，每以党加人，从古小人未有不以朋党之说先空善类者，所关治乱安危之机，非细故也。”六月，南京御史朱吾弼上疏论察典，继续指责沈一贯。七月，兵部主事庞时雍“直攻一贯欺罔者十，误国者十。”神宗将刘元珍、庞时雍革职为民，朱吾弼罚俸。但迫于物议，终于发下察疏。考察不称职而被留任者，也不得不自请罢免去官。
乙巳京察之后，二沈之争仍在继续。沈一贯自京察以来，即称病闭门家居，但仍在家中草拟诏旨批答章奏，沈鲤极力说他不合规例。次年六月，南京吏科给事中陈嘉训、南京御史孙居相又交章、弹劾沈一贯奸贪。沈一贯上疏详辩，并再次请求辞官，说：“上如有意怜臣，则幸放臣，勿久留不决。”沈鲤也以年老，请求休致。七月，神宗诏降陈嘉训三级调外任，孙居相罚俸一年。同日罢免沈一贯、沈鲤，各赐路费，驰驿归里。
沈一贯与沈鲤两大臣长期互斗，两败俱伤，同日罢官而去。内阁大臣又只剩下了朱赓一人。
三、朋党之争与辛亥京察 神宗怠于朝政，又不愿为大臣所挟制，疑虑多重。因而阁部大臣出缺，常常久不选补，以至曹署常空。二沈去后，朱赓一人在阁，将近一年。一六○七年才补任礼部尚书李廷机、叶向高入阁。次年，朱赓病死。李廷机因被言官攻击，杜门养病，不再赴阁。内阁大臣又只有叶向高一人。这种局面又延续了五年之久。叶向高，福建福清人，进士出身，曾任南京礼部右侍郎，改任吏部。在任期间，曾上疏说：今天下必乱必危之道，盖有数端，“廊庙空虚一也；上下否隔二也；士大夫好胜喜争，三也；多藏厚积必有悖出之釁四也；凤声气习日趋日下莫可挽回，五也”。（《明史·叶向高传》）叶向高所说五大弊端，大体反映了当时昏乱的形势。“士大夫好胜喜争”，进而结为朋党，相互攻讦，更加重了朝政的昏乱！
吏部文选司郎中顾宪成自一五九四年罢官后，在无锡故里家居。尔后，在无锡东林书院聚集文士讲学议政，被指为东林党人。东林书院原为宋代理学家杨时讲学之所，一六○四年重新修建落成。学人除首领顾宪成外，还有高攀龙、薛敷教、史孟麟、于孔兼及宪成弟允成等人。薛敷教年龄最长，曾是顾宪成、允成兄弟的教师。高攀龙与顾宪成是万历十七年的同年进士，同出赵南星门下。不难看出，他们都是癸巳京察阁部之争中被罢免的官员，而且多曾供职吏部，熟悉朝廷官员情况，因而得以讽议朝政，裁量人物。又因为他们多已罢官家居多年，与地主、商人、文士时有交往，熟悉乡里情事，往往能够反映民众的呼声，抨击朝政的积弊，因而在社会上博得清名。致仕的御史武进人钱一本也来东林讲学，罢官家居的赵南星则与东林相呼应。叶向高入阁后，顾宪成即写信给叶向高，说近日辅相“贤否混淆”，意在暗示李廷机出于沈一贯的浙党。一六○八年十月，叶向高奏准起用顾宪成为南京光禄少卿，顾宪成辞官不就，以保持令名，但不时干预政事。东林党渐由民间的议政集团变成参与政争的朋党。
朝官中的文士也结为朋党，有宣党、崑党。宣党首领汤宾尹，宣城人，万历二十三年进士，授翰林院编修，一六○六年进为右春坊右中允，一六○九年为左春坊左谕德，署国子司业，顾天峻，崑山人，万历二十年进士，授编修，累迁至左谕德。汤宾尹和顾天峻都是翰林院编修，任太子东宫的文臣，却各自收召朋徒，干预时政《国榷》（卷八十一）。说“天峻高亢自得，宾尹淫污无行”，各自成一势力。东林以正人自诩，指他们为奸邪，两党则指东林为邪党。诸党之外，朝官与言官，北官与南官也各自结成大小不等的集团。是己非人，互攻不止。 阁臣李廷机晋江人，沈一贯在阁时，曾为吏部左侍郎，后代郭正域署理部事。处事公正，尤以廉洁著称，但不免偏愎固执。李廷机入阁后，一六○七年六月，工科给事中云南宁州人王元翰等言官，上疏诬告李廷机受贿，辇金载玉，以图中伤。神宗诏责王元翰“呶呶求胜不已，疑君诬人，莫此为甚”（《国榷》卷八十），罚俸半年。王元翰曾请起用顾宪成等被罢免的官员，不报。宣党汤宾尹的门人、给事中王绍徽请王元翰扬誉汤宾尹，被元翰拒绝。一六○九年二月，王绍徽指使御史郑继芳诬指王元翰“盗库金，克商人赀，奸赃数十万”。王元翰上疏自辨，并对郑继芳进行反击。王绍徽与同党刘文炳、刘国缙等连上十余疏攻击王元翰。南京给事中金士衡、御史刘兰等合词申救。阁臣叶向高请尽下诸疏，敕部院评曲直。神宗置此事不理。郑继芳不待神宗诏下，即遣人围守王元翰家。王元翰愤而尽出筐箧，置于国门，让吏士简括，痛哭辞朝，成为轰动一时的奇闻。六月，以擅离职守，降为刑部检校。
数月之后，又因淮抚李三才的擢用，掀起了一场纷争。李三才，顺天通州人。万历二年进士。一五九九年，以右佥都御史总督漕运，巡抚凤阳诸府。抚淮十三年，结交遍天下，与顾宪成也有交往。一六○四年八月，顾宪成曾专程赴淮安，与李三才议论政事；一六○七年七月，李三才曾上疏请用“废弃”，意在荐用顾宪成等人。李三才居官颇有成绩，被誉为大才，但为人好用机权，顾宪成曾见他用财如流水，也显有贪贿。
万历三十七年（一六○九年）正月，李三才加户部尚书兼左副都御史衔。浙党官员谋划弹劾，并借此事力斥东林，因为劾李，“则东林必救，可布一网打尽之局”。这年十二月，沈一贯的亲戚、工部郎中邵辅忠（浙江定海人），参论李三才“大奸似忠，大诈似直，而为贪险假横之人”。次年正月，浙江道御史徐兆魁继续上疏劾论。李三才上四疏力辨，并请休致。给事中马从龙、御史董兆舒等相继上疏为李三才辨。大学士叶向高上言：李三才已“杜门待罪”，为漕政计，应速定去留。神宗不答。御史刘国缙、乔应甲，给事中王绍徽、徐绍吉、周永春、姚宗文等，又连章弹劾李三才，给事中胡忻、曹于汴等，则交章论救。言官争论，数月不止。这时，顾宪成写信给叶向高和吏部尚书孙丕扬，力称李三才廉能，为其排解。李三才的友人御史吴亮，即将顾宪成的两信附传于邸报之中，言官见而大哗。乔应甲又上两疏，列举李三才十贪五奸，极力攻讦。李三才被迫疏请罢免，疏至十五上。久不得命，遂自引去。次年（一六一一年）二月，被正式罢免。
三月，举行辛亥京察（万历三十九年辛亥）。主持者是吏部尚书孙丕扬、侍郎萧云举及副都御史许弘纲。陕西高平人孙丕扬在癸巳京察后任吏部尚书，两年后罢去。自一六○四年以来，吏部尚书即由左侍郎杨时乔代署，空缺至五年之久。一六○八年，神宗再次起用孙丕扬。辛亥京察时，他已是年届八十的老臣。言官中御史徐兆魁、乔应甲、刘国缙、郑继芳，给事中王绍徽、朱一桂、姚宗文、徐绍吉、周永春等已在策划倾覆东林。有人向孙丕扬建策，散发访单，咨询是非，以便掀起党争，指东林为朋党予以钩察。吏部右御郎王图发觉其事，急告丕扬制止。王图，陕西耀州人，反对者曾指他与孙丕扬是秦党。王绍徽向王图极力称誉其师汤宾尹，并说言官中的南党，将要排陷汤宾尹和王图，请早为戒备，意在迥护汤宾尹，被王图严词拒绝。当时已晋为国子祭酒的汤宾尹遂与王绍徽设计，令御史金明时弹劾王图之子宝坻知县王淑抃“赃私巨万”，又说王图将在京察拾遗时倾覆其兄保定巡抚王国。王图兄弟抗章力辩，其事乃止。
多年以来，言官弹劾朝官，略无虚日。言官中也结为南党和北党，互相攻击。明制，朝官一经言官弹劾，不论虚实，即须先上疏辞官，弹劾不当，再由皇帝慰留。因而，言官得以任意弹劾，以遂其私，朝官也结纳言官，以攻击对手。六年一次的京察，由吏部主持，言官也在被察之列，因而成为清查言官优劣，驱逐劣官的难得的时机。孙丕扬老谋深算，在阁臣叶向高的支持下，阁部一致，着重于驱逐党魁，纠察言官。
察疏奏上，宣党汤宾尹、崑党顾天峻，故御史康丕扬、徐大化，故给事中钟兆斗、陈治则、宋一韩、姚文蔚，主事郑振先、张嘉言以及现任御史刘国缙等都被察纠，给事中王绍徽、御史乔应甲依年例转外任。礼部主事丁元荐，恐察疏不下，又上疏揭发崑党、宣党。言官朱一桂、郑继芳、周永春、徐兆魁、姚宗文等想乘机动摇察疏，于是争相攻击丁元荐。丁元荐因而去官归乡。但这时内阁，叶向高独相，内援京察，察疏终于在五月间诏准下发，被纠察的诸人均被罢免出朝。孙丕扬主察，获得胜利。东林党人也由此避免了被钩察的危机。
辛亥京察之后，朝臣交攻，仍在继续。察疏发下前，京畿道御史徐兆魁曾上疏直攻东林，说：“今年察典，尽趋东林”，“东林所至，倾动一时，能使南北交攻，角胜党附”（《国榷》卷八十一），又指称顾宪成受贿，但无左验。光禄丞吴炯疏辨，说“宪成贻书救三才，诚为出位，臣尝咎之，宪成亦自悔。今宪成被诬，天下将以讲学为戒”。神宗置之不问。
曾同王元翰一起攻击李廷机的给事中胡忻等人又弹劾户部尚书赵世卿，说他当年在楚案争论中，力言楚王非伪，与沈一贯议合，因而怀疑他是沈党。赵世卿为官颇有政绩，屡谏革除弊政，激切反对矿监税使，史称他“素励清操，当官尽职。”（《明史·赵世卿传》）被劾后愤而闭门辞官。上章十余次，神宗不予处理。一六一一年十月，不待诏下，自乘柴车去官归里。清乾隆帝在《资治通鉴三编发明》中论此事说：“楚宗事至是几十年矣，而廷臣犹以世卿右王之故，相继论劾，借端攻击，报复相寻，朝事已不可问”。乾隆帝不拘党人正邪之论，洞察朋党相攻之害，所论是恰当的。
阁部大臣，长久缺员。京察后，科道官也有待补任。神宗长期拖延，不予选任，朝政渐形阻滞。阁臣叶向高上疏，激切陈言，说：“今自阁臣至九卿台省，曹署皆空，南都九卿亦只存其二”，“陛下万事不理，以为天下长如此，臣恐祸端一发不可收也”。吏部尚书孙丕扬，先后推荐沈鲤、郭正域、顾宪成、赵南星、高攀龙等人及原御史钱一本等被罢免的旧官。神宗俱不理。一六一二年二月，孙丕扬以年老自请致仕归里。五月，顾宪成在家中病死。
叶向高先后上疏百余次，请补阁臣。一六一三年九月，命吏部左侍郎方从哲、前吏部左侍郎吴道南入阁，次年八月，叶向高致仕，方从哲为首辅。
四、丁巳京察 万历四十五年（一六一七年）丁巳京察是神宗朝最后一次，三年后神宗病死。
辛亥京察后，科道言官依籍贯不同，又形成齐、楚、浙三党，权势渐盛，进而得以左右朝官，排斥异己。不附者即群起弹劾，借端寻衅，指为东林一党。一六一三年十二月，户部主事李朴曾上书，激切揭露齐、楚、浙党“深结戚畹近侍，威制大僚；日事请寄、广纳赂遗；亵衣小车，邀游市肆，狎比娼优；或就饮商贾之家，流连山人之室；身则鬼蜮，反诬他人”；“百人合为一心，以挤排善类。”又说：“乃攻东林者，今日指为乱政，明日目为擅权，不知东林居何室？操何柄？在朝列言路者，反谓无权，而林下投闲杜门乐道者，反谓有权，此不可欺三尺竖子，而乃以欺陛下哉！”李朴最后说“望俯察臣言，立赐威断，先斩臣以谢诸奸，然后斩诸奸以谢天下”。（《明史·李朴传》）神宗责李朴“出位妄言”，部议降三级调外任。
丁巳京察，由吏部尚书郑继之、刑部尚书兼署都察院事李鋕主持。楚人郑继之已年逾八十，遇事即听从于楚党，李鋕得到浙党的支持。佐理人员给事中徐绍吉依附于楚党，御史韩浚原属齐党。这次京察于是演为三党言官对辛亥京察以来异己者的报复。辛亥京察时揭发崑党、宣党的礼部主事丁元荐，原已家居，这时又以“不谨”削籍。李朴也被定为“不谨”，落职。曾经力攻汤宾尹的御史王时熙被纠为“浮躁”。御史孙居相，曾先后弹劾过沈一贯、汤宾尹，与三党相抗，京察中以年例外转。刑部主事王之寀因曾与韩浚不和，也在京察中被罢免。其后，熹宗天启时御史蒋允仪追论丁巳京察说：“当日八法之处分，台省之例转，大僚之拾遗，黑白颠倒，私意横行。”“于是方从哲独居政府，元（音齐）诗教、赵兴邦等分部要津。”（《明史·蒋允仪传》）
丁巳京察后，三党权势更盛。他们的主要人物是：齐党给事中亓诗教、周永春，御史韩浚；楚党给事中官应震、吴亮嗣；浙党给事中姚允文、御史刘廷元。给事中赵兴邦等与之呼应。退职的汤宾尹仍在幕后操纵。（《明史·夏嘉遇传》）亓诗教是方从哲的门生，为三党的总首领，渐与楚、浙两党矛盾。一六一九年，礼部主事华亭人夏嘉遇连疏力攻亓诗教等，浙人御史唐世济、董元儒助嘉遇。朋党之争，愈演愈烈。
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