第二节明朝统治的危机 萨尔浒战后两年，明神宗病死。明廷围绕皇位继承而形成朋党的纷争。明熹宗时，山东地区爆发了徐鸿儒为首的农民起义。四川、云、贵地区的彝族也发动了反明的战争。金军进而攻占了辽东，构成明朝的重大威胁。明朝内外交困，执政者仍在相互倾轧。明朝的统治日益陷入深刻的危机。
（一）皇位继承与朋党纷争 萨尔浒之战，明军惨败，辽东震动。明朝拘逮杨镐，起用前辽东巡抚熊廷弼为兵部右侍郎，代杨镐经略辽东。一六一九年（万历四十七年）七月，熊廷弼至沈阳、抚顺等地招抚流民，见数百里无人迹。大学士方从哲上疏，请将增兵发饷章奏，批下办理。明神宗不理。九月，方从哲等清神宗召见群臣，商议战守方略。吏部尚书赵焕也率廷臣，请神宗临朝议政，神宗命中官（内监）谕退。明神宗晏处深宫，长期不理朝政，金国大兵压境，依然晏安自若。朝政均听内阁臣僚经理。
明中叶以来，皇帝不临朝听政，由内监传达旨意。内监与内廷后妃相结纳，成为皇帝左右的政治势力，进而结纳一些朝官和言官，干预朝政，与内阁臣僚对立。明制，自御史大夫至六科给事中监察内阁和六部官员，职任甚重，与朝官往往水火。内廷与朝官，言官与阁臣矛盾交错，又相互结纳，形成对立的朋党。一五九四年（万历二十二年），被削职的吏部考功主事顾宪成在无锡东林书院与高攀龙（原行人司行人，进士）及钱一本（御史）、薛敷教、史孟麟、刘元珍、安希范及弟顾允成等聚众讲学，号称“东林八君子”。一六○四年，东林书院重修落成，江浙文士在此集会立约，互称同志。东林同志讲学之余，往往讽议朝政，品评官员，因而在社会上很有影响。东林得到淮阳巡抚李三才的支持。朝中官员与东林文士结纳，被指为朋党，诋为“东林党”。东林官员也指责朝中一批反对他们的官员为齐党（给事中亓诗教）、浙党（以昆山人顾天峻为首，又称昆党）、楚党（以宣城人汤宾尹为首，又称宣党）。东林党与齐、浙、楚三党相互倾轧，明争暗斗。万历末年，三党执政，东林监生汪文言设计离间齐、浙两党官员，东林官员又渐得势。
万历中叶以来，朋党争论的主要问题是立太子，即所谓“国本”、“建储”。神宗王皇后无子，恭妃王氏生子常洛，为神宗长子。神宗宠妃郑贵妃生子常洵。顾宪成、钱一本在朝时，均曾上疏请立长子常洛为太子，钱一本因而被黜。一六○一年（万历二十九年），神宗诏立常洛为太子，常洵封福王，但仍在朝，一六一四年始去洛阳藩邸。一六一五年，蓟州人张差持梃闯入太子常洛的慈宁宫，打伤守门太监，被捕入狱。供出系由郑贵妃的太监庞保、刘成引入。巡视皇城御史刘廷元审讯，奏称张差“若涉疯颠”。刑部主事王之寀至狱中提审，供称受太监指使，因而怀疑郑贵妃。刑部尚书张问达受命审讯。东林官员给事中何士晋上疏，指斥郑贵妃弟郑国泰有主谋之嫌。结果何士晋被谪官出朝，张差以疯颠定谳处死。此案后被称为“梃击”案，长期成为朋党争议的课题。
常洛母王妃于一六一二年病死。一六二○年三月，王皇后亦病死，郑贵妃专宠。七月，明神宗病死。病中郑贵妃留居宫中侍疾，太子常洛半月不得入见。东林官员给事中杨涟，御史左光斗向大学士方从哲建言，率群臣入宫问疾，又联络东宫伴读太监王安，请太子入宫侍疾，以防宫中有变。神宗死前，召英国公张惟贤、大学士方从哲及尚书周嘉谟、李汝华、张问达等，遗诏辅立太子。八月朔日，太子常洛即帝位（光宗），年三十九。改年号泰昌。
光宗即位，内阁辅臣只有方从哲一人。给事中亓诗教依从哲意，推吏部侍郎史继偕、南京礼部侍郎沈入阁。二人俱在籍，未及入朝，又以礼部侍郎何家彦、刘一燝、韩爌等并为礼部尚书兼东阁大学士，并召前大学士叶向高入阁。光宗即位后，郑贵妃结纳光宗宠妃李选侍，请立李选侍为皇后。李选侍亦请晋封郑贵妃为皇太后。因内阁沮议，均未得立。光宗病，内侍崔文升进泄药，光宗一昼夜泄三、四十起，臣僚又怀疑崔文升受郑贵妃指使谋害光宗。杨涟上疏劾崔文升用药无状，又与御史左光斗、吏部尚书周嘉谟等迫使郑贵妃自乾清宫迁出，移居慈宁宫。光宗病危，召见张惟贤、方从哲、刘一燝、韩爌等三十一人入宫，册李选侍为皇贵妃，不立后，又命方从哲等辅立皇长子由校。鸿胪寺丞李可灼进所谓“红丸”药，自称仙方。光宗服后，九月朔日病死。
皇子由校生母王才人，一六二○年病死。光宗死后，李选侍与由校居乾清宫。刘一燝与内监王安骗过李选侍，扶由校出宫，至文华殿，与张惟贤等叩头呼万岁，拥由校居慈宁宫（太子宫）。尚书周嘉谟等官疏请李选侍迁出乾清宫，移居哕鸾宫（宫妃养老之宫），以防止选侍干政。首辅方从哲犹豫徘徊。御史左光斗上疏直斥李选侍，并说“武后之祸将见于今”。李选侍大怒，宣召左光斗，左光斗拒不赴召。给事中杨涟力促方从哲定议移宫，并严词抗疏说：“选侍阳托保护之名，阴图专擅之实，宫必不可不移。”刘一燝、周嘉谟等共助其事，李选侍被迫移居哕鸾宫。皇子由校还居乾清宫，即帝位（熹宗），年十六岁。改明年年号为天启。
神宗死后，光宗、熹宗两次皇位继承中的移宫事件，实质上是朝官与内廷争夺政权的斗争。东林朝官连续挫败郑妃和李妃等内廷势力，遂得以掌握朝政。阁臣叶向高、韩爌，言官杨涟、左光斗都是东林的中坚人物。万历时被黜、在东林书院与顾宪成讲学的邹元标（原南京礼部尚书），光宗时起为大理卿，进为刑部右侍郎，天启元年还朝。与顾宪成、邹元标合称“三君”的赵南星，原在东林讲学，光宗时起为太常少卿。在东林书院讲学的高攀龙，也在熹宗即位后起为光禄丞，次年进为光禄寺少卿。东林党官员在朝中权势之盛，为前此所未有。大学士方从哲庸碌柔懦，被东林言官指斥纵容崔文升、李可灼，熹宗即位后，当年即辞宫致仕。东林官员势盛，转而攻讦异己。邹元标倡“和衷”之论，说“朝臣和，天地之和自应”，反而遭到讥讽。
李选侍移宫后，年少的熹宗在内廷无所依恃，封乳母客氏为奉圣夫人，幼时侍奉他的太监魏进忠，进为司礼监秉笔太监。客魏相结，内廷与朝官的斗争仍在继续。
（二）山东河北地区的农民起义 明熹宗即位不久，山东、河北地区即爆发了徐鸿儒等领导的农民起义。
山东、河北是白莲教流行的地区。被压迫的农民群众利用白莲教秘密组织起义，是长期以来形成的传统。明初，白莲教曾遭到禁断，但仍在民间秘密流传。万历时，闻香教主王森在京东滦州石佛庄传教，教徒遍及河北、山东、山西、河南、陕西等地，教徒有大小传头、会主等名号。各地教徒用竹筹传递消息，一天可传数百里。一五九五年（万历二十三年），王森被官府逮捕入狱，行贿得释，继续传教。一六一四年，因与弟子李国用不和，相互攻击而暴露。王森、李国用均被逮捕，王森死于狱中。此后，王森子王好贤及门徒于弘志继续在河北武邑、景州一带传教。门徒山东郓城人（原籍巨野，迁居郓城）徐鸿儒在山东地区传教，先后二十年，信徒发展到二百万人。
熹宗即位，山东地区大旱，民不聊生。明朝在辽东与金兵作战，在山东地区加派赋税，更加激起农民的反抗。山东驻军被调往辽东，地方兵力薄弱，又为起义的爆发创造了时机。一六二二年（天启二年），山东徐鸿儒与河北王好贤、于弘志联络，预定中秋节在河北、山东同时起义。由于起义的计划被泄露，徐鸿儒提前在五月十一日举兵。
徐鸿儒自称中兴福烈帝，建年号大乘兴胜。起义军以红巾作标志。教徒纷纷献出家产，参加起义。徐鸿儒将起义者的家属老幼安置在梁山泊内，率领起义军占领距郓城二十里的梁家楼，当地人民起而响应。起义军计划先夺取郓城、钜野、嘉祥，然后占领济宁，截取漕米。
五月十三日，徐鸿儒率众占领郓城，震动曹、濮二州。起义军进攻钜野和兖州，遭到明军攻击，郓城也被明军夺去。徐鸿儒整军东下，攻占邹县、滕县、峄县，众至数万人。
山东各府州县请求省城出兵救援，省城兵力有限，难于应付。明朝廷命令各地方招兵买马，组织地方武装应急，又将赴辽东前线的粤军和准备开赴京师的秋操班军留在山东，镇压起义。起用退职家居的原大同总兵官杨肇基为山东总兵官，协同山东巡抚赵彦进讨徐鸿儒。
徐鸿儒领导的起义军，于六月十日攻占紧靠运河的夏镇，切断明朝南北粮道，一次就掳获粮船四十多艘。进而打败围攻邹县的明军，击毙明朝都司杨国盛、游击张榜，乘胜围攻曲阜、郯城，声势大震。
七月，于弘志在阜城、武邑起兵响应，进攻景州。赵大也在艾山起义，奉刘永明为安民王，与徐鸿儒部取得联系。各地起义军日益壮大，发展到十几万人。
面对起义军的蓬勃发展，天津巡抚李邦华、保定巡抚张凤翔分别派兵支援山东。于弘志部起义军遭到镇压，刘永明也被捕牺牲。
徐鸿儒集精锐于邹县、滕县之间，准备进攻兖州，被赵彦、杨肇基率领的明军战败。徐鸿儒退入邹县城中。九月，明军攻下滕县，围困邹县。徐鸿儒率众坚守到十月，城中粮食告尽，叛徒侯五、魏七缚徐鸿儒出降，明军占领邹城。起义军四万七千余人被俘，徐鸿儒英勇就义。王好贤逃往扬州，后来也被逮牺牲，起义失败。
徐鸿儒死后，余部仍然在各地坚持战斗。直到一六二四年（天启四年）才被消灭。
（三）四川云贵地区的彝族反明战争 四川南部地区的彝族（罗罗），早在洪武年间，首领阿奇降明，受任为永宁宣抚司，世守其土。天启时传至奢崇明，与子奢寅雄长诸部。奢氏父子招纳汉人，日益强大。天启元年（一六二一年），明廷因辽事紧急，征兵进援。奢祟明疏请提兵三万赴援，得安家银四万两，乘机招纳武士，打造军器，扩充兵力。奢崇明派遣部下汉人何若海据永宁，与水西等彝人联络。遣刘训入成都，何天锡赴重庆，密谋起事。
九月十三日，奢崇明以援辽为名，遣军将樊龙、张彤领兵赴重庆，在点名场刺死四川巡抚徐可求，杀道臣孙好古、重庆知府章文炳等官员。明总兵黄守魁被擒自杀。何天锡等在城内响应，彝兵占领重庆。
奢崇明、奢寅领兵攻陷遵义（万历二十九年改播州为遵义），北上焚劫纳溪、沪州、江安等地。遣使联络石宣抚司掌印女官秦良玉（马千乘妻）反明，被良玉拒绝。秦良玉率部至重庆郊外，与樊龙、张彤部相持。
十月，奢崇明出长宁，奢寅出合江，罗乾象、朱国恩出纳溪，各统数万兵分路向西北推进，围攻成都。明布政使朱燮元督率兵民坚守。奢氏派入成都的刘训自请率兵三百五十人守南城，图为内应，被朱燮元发觉，斩首。天启二年（一六二二年）正月，奢氏部将罗乾象暗中降明，密报军情。奢崇明父子屡战失利，解围拔营而走。明廷擢升朱燮元为巡抚。
二月，朱燮元督率明军与秦良玉部属战败张彤，夺得攻取重庆的要道二郎关。四月取佛图关，直逼重庆城下。五月，奢寅进援重庆，兵败退归永宁。樊龙突围走，被明军截杀。明军收复重庆，杀张彤。六月，奢崇明部将宋武等擒何若海降明，奢崇明败退。
奢崇明、奢寅退后，得到水西等地的支持，军势复振。水西宣慰司为奢崇明妹奢社辉执掌（妹夫安尧臣已死）。子安位，年仅七岁。奢社辉与同知安邦彦拥立安位为罗甸王，起兵攻陷毕节、乌撒、安顺，直趋贵阳。贵州巡抚李澐、巡按御史史永安督军民抵御。彝兵围困贵阳城。一六二二年十二月，新任巡抚王三善率兵援救。安邦彦解围，退兵陆广河外。
天启三年（一六二三年）正月，安邦彦与奢崇明部联合云南安效良部兵，击败明军。彝族各部见明军失利，纷起响应安邦彦，声势大振。
四月，奢寅部将安銮率部降明，明军收复遵义。奢寅身受重伤，与奢崇明退归永宁。安邦彦发兵来援，被明军击溃。明军收复永宁，奢崇明父子逃往水西。云南亦佐县安应龙与需益州补鲊起兵反明，被巡抚闵洪学击溃，安效良缚安应龙降明。安邦彦派遣部将陈其愚诈降王三善。
天启四年（一六二四年）正月，明军乏饷，王三善率兵还贵阳。陈其愚中途邀截，杀王三善，大败明军。安效良再起兵反明，与安邦彦合。
明廷因川、贵、云三省分治，事权不一，五年命朱燮元总督川云贵广西军务，移镇遵义。燮元厚赠降明奢寅部将阿引等，放归奢氏，以为内应。六年（一六二六年）正月，阿引等密约明军来攻，杀奢寅归明。奢崇明兵败乞降。朱燮元以父丧归里。安邦彦得以从容休整，奢崇明受抚复叛。
（四）明失辽东 萨尔浒战后，兵部右侍郎熊廷弼在辽东整饬军纪，修筑城濠，制造兵器，并奏请调集十八万兵分驻要地，边防渐有起色。熹宗即位后，御史台弹劾熊廷弼“无谋”、“欺君”。一六二○年十月，熊廷弼辞官。辽东巡抚袁应泰为兵部右侍郎，接代辽东经略。
天启元年（一六二一年）三月，金努尔哈赤亲统大军攻打沈阳，水陆并进。明总兵官贺世贤、尤世功二将战死。金军迅速攻占沈阳，乘势攻取辽阳。
辽阳是明辽东都指挥使司所在地，是辽东军事和政治的中心。袁应泰急撤奉集、威远诸军，并力守辽阳。引水注壕，沿壕列火器，军兵四面环守。金兵来攻，袁应泰亲自出兵督战，兵败。袁应泰宿城外军营防御。金兵掘城西闸放壕水，自城东进兵度壕，战败守城诸将。袁应泰入城与巡按御史张铨等固守，诸军列盾大战。袁应泰兵败，自缢死。张铨被俘，不屈，被害。金军得辽阳，先后占领辽河以东七十余城。得辽阳后，诸贝勒均主张还师。努尔哈赤说：“国之所重，在土地人民。”“且此地乃明及朝鲜、蒙古接壤要害之区，天既与我，即宜居之。”（《太祖高皇帝实录》卷七）四月，金国自赫图阿拉迁都辽阳，作为新的据点。八旗人户也迁居沈阳、辽阳一带。明失辽东，整个形势不同了。
金攻陷辽阳，辽河以西军民纷纷逃窜，自塔山至闾阳二百余里烟火断绝。明廷擢任广宁守将王化贞为巡抚，收集散亡，人心稍定。又起用熊廷弼为兵部尚书，驻山海关，经略辽东军务。王化贞部署诸将，沿辽河设六营分守。熊廷弼以为今日只宜守广宁，不宜分兵。如一营溃则诸营俱溃，西平堡也将不能守。王化贞遣部将毛文龙袭取镇江（今丹东市九连城），金兵围攻四卫屯民。朝廷以取镇江为奇功，熊廷弼则斥为奇祸。经略与巡抚，诸多不合。王化贞拥兵十四万在广宁，不听节制。熊廷弼在关上，徒具虚号。天启二年（一六二二年）正月，努尔哈赤向广宁进兵，围困四平堡。王化贞尽发广宁兵出战，在平阳桥与金兵相遇。总兵刘渠、祁秉忠在沙岭败死。部将祖大寿逃走。王化贞部下中军孙得功降金，为内应。王化贞弃广宁南逃。与王相遇，随同溃兵难民入关。金兵追至塔山回师。四月，明廷拘捕熊廷弼、王化贞入狱，审勘兵败丧师之罪，并判死刑。
（五）东林党与阉党的倾轧 明失辽东，亡国之祸已迫在眉睫，朝廷内部仍在结党互斗。熹宗少年即位，处理日常章奏，多委之内监。皇帝自宫中传旨，例由内监传谕，客、魏等因得预政。东林官员夺得朝中政柄后，为要巩固其权势，就要战胜内廷势力。客氏、魏忠贤（魏进忠改名）等结纳朝臣，形成阉党，为要巩固权势，操纵朝政，也不能不反击东林，进而迫害不附己的朝官。熹宗一朝，东林党与阉党争夺政权而展开的斗争，通过一系列事件而愈演愈烈。
追论三案 熹宗即位后，高攀龙、邹元标等交章追论崔文升进泄药、李可灼进红丸事，首辅方从哲因而去职。言官又进而追论万历朝张差梃击案，弹劾郑贵妃弟郑国泰及侄郑养性。李选侍移宫时，内监田诏等曾乘机盗取宫中宝物，被揭发，交法司按治。刑部尚书黄克缵秉承魏忠贤意，疏请宽宥。御史焦源溥上疏反对，并将张差梃击案，李可灼进红丸案与李选侍移宫案，一并追论。说李选侍一宫人“阻陛下于暖阁，挟陛下以垂帘”，“移宫始末不可得为抹杀，盗宝诸阉不可得为宽宥。”李选侍移宫后，已被熹宗削去贵妃封号，在宫中厚养，不再预政。焦源溥疏追论梃击、红丸、移宫三案，显然旨在打击内廷。此后，东林官员相继上疏追论三案，实际也是企图削弱客、魏，争取熹宗，政治目的是明显的。
但是，深居宫中的熹宗如果失去内廷的依恃，势将成为孤立无与的虚位，政权将全归朝臣。这当然是熹宗和明皇室所不能容忍的。天启元年（一六二一年）正月，熹宗下诏嘉奖魏忠贤“侍卫有功”，又赐客氏田二十顷。御史王心一抗疏，说“梓宫（光宗柩）未殡，先念保母之香火；陵工未成，强入奄寺之勤劳，于理为不顺，于情为失宜”。熹宗不听。四月，熹宗立皇后张氏，礼成，赐魏进忠名忠贤，荫侄二人。给事中程沅奏称“祖制非军功不袭，国典不宜滥与”，熹宗又不听。大学士刘一燝奏请遣客氏出宫，熹宗以护祐皇后为名，说等待皇考（光宗）大葬后再议。五月，客氏与魏忠贤指使给事中霍维华劾奏内监王安出宫，又命参与盗宝被赦出狱的内监刘朝杀王安，奏称自杀。王安被杀，斩断东林朝官与内廷的联系，客、魏更加擅权。九月，光宗葬礼完毕。刘一燝再请依前旨，遣客氏出宫。熹宗被迫遣出客氏，不久又召客氏入宫。吏科给事中侯震旸上疏再谏，直指“宫闱禁地，奸珰群小睥睨其侧。”熹宗怒，贬侯震旸。廷臣连续上疏请逐客氏，都遭贬谪。十月，东林要员叶向高进为首辅，请停“中旨”，凡事均由阁臣议拟。熹宗当然不予采纳。
客、魏得熹宗支持，权势日盛。吏部尚书周嘉谟力救被贬的言官，并将劾奏王安的给事中霍维华调出朝外。魏忠贤指使给事中孙杰劾奏周嘉谟受刘一燝嘱，为王安报复。周嘉谟请辞，魏忠贤矫旨罢周嘉谟。叶向高疏请留周嘉谟，不报。左都御史张问达进为吏部尚书，邹元标为左都御史。官员黜陟之权，仍操在东林党人手中。
一六二二年春，客、魏集团指使孙杰攻讦刘一燝。刘一燝上疏自辩，辞官，得熹宗允准。叶向高上疏称“客氏既出复入，一燝顾命大臣，乃不得比保母。”熹宗不理。东林官员继续上疏追论三案。王之梃因梃击案被贬，恢复故官，上“复仇疏”，追论梃击、红丸二案，说是为先帝复仇。礼部尚书孙慎行上疏，劾方从哲包庇李可的。光禄少卿高攀龙又劾郑养性，并请将崔文升“明正典刑”。大学士韩爌、吏部尚书张问达等亦上疏追论红丸案。熹宗将李可灼遣戍，崔文升放南京。
朋党交争 朝官与内廷，东林与客、魏之间的斗争，日益激化。天启二年春，给事中侯震旸等上疏劾大学士沈交通内阉，并劾客、魏搆杀王安。福建道御史周宗建上疏攻沈，并直斥魏忠贤“目不识丁，阴贼险狠。”刑部尚书王纪，也劾沈与魏忠贤交通事。七月，沈也劾王纪审讯熊廷弼狱时，包庇廷弼。熹宗以王纪回奏违慢，斥为民。叶向高上疏说王纪、沈交攻，王纪被斥非其罪。诸臣交章救王纪，熹宗不允。沈也上疏请辞，得准辞官。
十月，东林要人左都御史邹元标，因在京建首善书院讲学，被劾。魏忠贤传旨“宋室之亡，由于讲学。”邹元标被罢官归里。新科状元文震孟，授翰林院修撰，上“勤政讲学疏”，辩及邹元标事。魏忠贤传旨廷杖文震孟，大学士韩爌力救。文震孟被贬秩调外，罢官归里。邹元标去后，工部右侍郎赵南星继为左都御史。
沈罢后，廷推原礼部尚书孙慎行入阁，熹宗不予点用。天启三年（一六二三年）正月，依附魏忠贤的礼部尚书顾秉谦、南京礼部右侍郎魏广微为东阁大学士，入阁参予机务。礼部右侍郎朱国桢、朱延禧也同时升任尚书入阁。内阁自首辅叶向高以下，原已有韩爌、何家彦、朱国祚、史继偕等五人，现增至九人。魏忠贤倚信的顾、魏入阁，使内阁也陷入党争。
三月，御史周宗建因被魏党给事中郭巩劾奏误荐熊廷弼，上疏反驳郭巩并直攻魏忠贤。称王安死事为魏忠贤“一大罪案”，并说“今权珰报复，反借言官以伸；而言官之声势，反假中涓而重”，历举黜侯震旸、黜王纪、去邹元标、逐文震孟等事，是“内外交通，驱除善类。”（《明熹宗实录》卷二十六）熹宗企图平息纷争，郭巩、周宗建经廷议各夺俸三月。三月，朱国祚辞官获准。七月，史继偕致仕。
一六二三年（天启三年癸亥），为官员考察之年。左都御史赵南星助吏部尚书张问达主京察。在京庶官年老有疾、贪酷失职及才力不及者凡二百三十五人，分别革职或降调。南京官员不胜任者也分别降调。赵南星在万历朝曾任考功郎中，参与京察。因忤齐、楚、浙三党，被贬官为民。癸亥京察时，赵南星力斥三党官员故给事中亓诗教、赵兴邦、官应震、吴亮嗣等“先朝结党乱政”，议当罢黜。吏科给事中魏应嘉力持不可。赵南星不听，著《四凶论》攻亓诗教等，终于罢黜。此前，周嘉谟为吏部尚书时，三党的重要官员多已被罢离。经赵南星再次计察，三党在朝官员所余无几。同年十月，吏部尚书张问达致仕。赵南星进为吏部尚书，又掌握了官员黜陟之权。魏忠贤颇重赵南星盛名，曾遣甥傅应星谒见，赵南星不纳。大学士魏广微三次来访，赵南星均拒不会见。叶向高、韩爌等执政，赵南星掌吏部，魏忠贤等阉党不能不有所顾忌。赵南星等东林官员不与阉党合作，因而获得清誉。但东林党人以“清流”、“正人”自诩，对三党官员心存报复，对政见不合者均斥为“邪人”、“邪党”，甚至直指为阉党。被东林排斥的官员，便投依阉党求存。东林执政后反而在朝官中日益孤立，客、魏的势力却日渐增长了。
内廷中，后妃与客、魏之间也在互斗。熹宗皇后张氏深恶客、魏，常对熹宗指责客氏、魏忠贤过失，并曾面斥客氏，欲绳之以法。张后怀孕，客、魏派亲信宫人侍奉。张后不久流产，有人怀疑是客、魏指使宫人用计堕胎。熹宗裕妃张氏也与客、魏不合，竟被客、魏幽禁于别宫，饿死。成妃李氏也遭幽禁，被斥为宫人。张后孤立无援，客、魏逐渐驱逐宫中异己势力，掌握了内廷。
客魏专权 天启三年（一六二三年）十二月，魏忠贤受命总督东厂，成为朋党之争的一个转折。东厂设于明成祖时，用以缉察官民，例由司礼监秉笔太监提领，直属于皇帝。东厂掌刑，理刑官员由锦衣卫军官担任。北镇抚司专治诏狱。神宗时厂卫已很少缉事。魏忠贤掌东厂，厂卫成为镇压异己的工具。一六二四年四月，给事中阮大铖指使同官傅櫆与魏忠贤甥傅应星劾奏内阁中书汪文言与左光斗、魏大中（吏科都给事中）交通为奸利。汪文言曾在万历朝离间齐、楚、浙三党，交结内监王安，又曾出入于韩爌、赵南星、杨涟、左光斗、魏大中等人之门。劾奏汪文言，意在株连东林官员。汪文言下镇抚司诏狱，镇抚刘侨只将文言革职，不株连他官。魏忠贤将刘侨削籍，另任亲信许显纯为镇抚司。此后，又命左都督田尔耕掌锦衣卫事。魏忠贤从此完全掌握了厂卫。
一六三四年六月，左副都御史杨涟上疏弹劾魏忠贤二十四大罪，说自宫廷至大小臣工不知有皇上，只知有忠贤。“宫中、府中，大事、小事，无一不是忠贤专擅。”“皇上为名，忠贤为实。”杨涟疏上，魏忠贤惧，求韩爌调解，韩爌不理。魏忠贤向熹宗哭诉，客氏从旁进言。熹宗下诏切责杨涟。朝官相继上疏，先后百余疏，熹宗均不理。大学士叶向高上奏说，杨涟一人之言，容有过激。未几而诸疏继至，举朝閧然。皇上如想保全魏忠贤，不如叫他自请归第，远势避嫌。熹宗旨复，称忠贤勤劳，责群臣附和。叶向高告请归籍。
朝官攻魏党，遭到失败。客、魏集团利用厂卫，转而迫害朝官。叶向高去后，魏党顾秉谦成为首辅。顾秉谦与阁臣魏广微同谋，用墨笔点《缙绅便览》一册，点出叶向高、韩爌、杨涟、左光斗、周宗建等百余人，称为“邪人”，密告魏忠贤，逐步设计陷害。又点出依附魏党的“正人”六、七十人，以备进用。十月，吏科给事中魏大中弹劾魏广微，魏大中被降职调外。左都御史高攀龙与吏部尚书赵南星被诬陷罢官。左光斗起草奏书，弹劾魏忠贤、魏广微三十二斩罪。疏未奏上，魏忠贤已得知消息，即削去左光斗与杨涟的官籍。不久，又逐韩爌出朝。数月之间，朝官被罢逐者先后数十人。
十二月，魏忠贤又将已革职的汪文言逮捕，交锦衣卫北镇抚司许显纯拷问，借以株连预谋陷害的大臣，涉及赵南星、杨涟、左光斗、魏大中、周朝瑞等十余人，兴起大狱。汪文言下狱两月，备受酷刑，不屈。最后受刑不过，仰视许显纯说：“我不知道你要我说什么？随你怎么巧作，我承认就是了。”许显纯要他诬指周朝瑞、杨涟等大臣贪赃。汪文言跳起来说：“天啊！冤哉！这样来诬蔑清廉之士，我死也不承认！”许显纯将汪文言打死，伪造供词，说杨涟、左光斗、周朝瑞曾为辽东败将杨镐、熊廷弼说情，是贪受了贿赂。左光斗入狱，五日一审，裸体受桚、夹、棍等刑，不能跪起，平卧堂下受讯，死于狱中。杨涟在狱中备受酷刑，土囊压身，铁钉贯耳而死。魏大中等也都被酷刑拷打而死。赵南星流放边地，死于戍所。辽东战败，阉党袒王化贞，而力斥杨镐、熊廷弼。为杨、熊求缓刑的官员，被牵入汪文言案，指为受贿，多被锦衣卫逮捕下狱。阉党进而追查东林党人，追削李三才、顾宪成等人的官籍，毁各地东林讲学书院。各地官员不附阉党者，均被指为东林党，被夺官者达三百余人，下狱处死及流放边地者数十人。
熹宗即位以来，神宗时的张差梃击案，光宗死前的红丸案和李选侍移宫案，成为朝臣之间互相攻击的题目。一六二六年，霍维华建议编修《三朝要典》，以顾秉谦等为总裁，为三大案中获罪的宦官翻案，借以陷害东林官员，指责王之寀、孙慎行、杨涟是制造三案的罪魁祸首。杨涟入狱受审，“移宫”即是一大罪名。由此又株连到一批官员。同年，苏州织造太监李实弹劾南京巡抚周起元、松江知府张宗衡、同知孙应昆等多人，魏忠贤把他们逮捕入狱。阉党迫害的官员，从朝官扩大到地方，更进而残害各地居民。东厂和锦衣卫的缇骑（侦探）在各地访查，有人议论魏忠贤奸恶即被处死，甚至割舌剥皮，极为酷毒。阉党的权势日盛，对人民的镇压也越来越残酷了。
魏忠贤势盛，阉党称他为九千岁（比皇帝少一千岁）。浙江巡抚潘汝桢与太监李实在杭州西湖边为魏忠贤建立生祠供奉，号普德祠。各地官员，相继效尤。除福建外，各省都纷纷建立生祠，木雕魏忠贤像供奉。顺天府官员在国都北京崇文门内和宣武门外，也建立魏忠贤祠。国子监生陆万龄说：“孔子作春秋，忠贤作要典；孔子诛少正卯，忠贤诛东林”，请在国学西为魏忠贤立祠，与孔子并尊（《明史·阎鸣泰传》）。
客、魏集团中有所谓五虎、五彪作为爪牙。五虎是朝官崔呈秀（御史）、田吉（兵部尚书）、吴淳夫（工部尚书）、李夔龙（副都御史）、倪文焕（太常卿）。五彪是厂卫刑狱官田尔耕、许显纯、孙云鹤（东厂理刑官）、杨寰（锦衣卫东司理刑）、崔应元（锦衣卫指挥）。此外，又有十狗、十孩儿、四十孙等名目。依附客、魏的官员们逐渐形成政治集团，遍布各地，明朝的统治更加昏暗了。
（六）宁远之战 一六二二年金占领广宁后，山海关以东广宁以西，成为进一步争夺的地区。明失广宁后，命兵部尚书王在晋经略辽东。王在晋倚用兵部职方主事袁崇焕，擢任宁前兵备佥事。王在晋主张在山海关外八里铺筑重关，派兵四万驻守。袁崇焕建策守宁远卫。以为宁远是山海关以东广宁之西的要冲，进则据锦州，退则守宁远。大学士、兵部尚书孙承宗行边，采纳袁议，自请督师。命大将满桂与袁崇焕驻守宁远，祖大寿等督筑宁远城。经过四年的经营，到一六二五年（天启五年）时，已练兵十一万，造甲胄炮石及各种兵器数百万，城堡数十处。孙承宗与袁崇焕计议，遣将分据锦州、松山、杏山、右屯及大小凌河，修筑城郭。这年十月，孙承宗去职，高第任经略。他以为关外必不可守，命诸将撤入关内。袁崇焕为宁前道，提出驳议，说“官此当死此，我必不去。”（《明史·袁崇焕传》）高第撤走锦州、松山、杏山、右屯、大小凌河等地兵民入关。
金在一六二五年（天命十年，明天启五年）三月，自辽阳（东京）迁都沈阳，成为正式的都城。天启六年（一六二六年）正月，努尔哈赤率大兵攻宁远。十七日渡辽河，二十三日至宁远，声言以二十万兵攻此城。袁崇焕与满桂、祖大寿等召集将士，誓死守城。袁崇焕写血书，激励将士。二十四日，金兵攻城。明兵发动西洋大炮，枪炮药罐雷石齐下，金兵不能进。次日，又攻城不下，死伤兵士五百，将官数员，只好解围。二月初，努尔哈赤收兵回沈阳，对诸贝勒说：“我起兵以来，没有敢抵抗的。袁崇焕是什么人，竟能这样！”《清太祖武皇帝袁崇焕手迹实录》卷四记载说：“帝自二十五岁征战以来，战无不胜，攻无不克。惟宁远一城不下，遂大怀忿恨而回。”辽宁之战，金锐气受挫，推延了向山海关进取的日程。这年七月，努尔哈赤得病，去清河温泉沐养。因病重返回，八月十一日死于距沈阳四十里的叆鸡堡途中。庙号太祖。
努尔哈赤建国后，在位十一年，先后兼并女真诸部，建立制度，攻占辽东，定都沈阳，为清朝的建立奠定了基础。
袁崇焕击退金兵，取得胜利。一六二六年（天启六年）三月，被任为辽东巡抚。魏忠贤随即派内监刘应坤出镇山海关，企图夺取兵权。袁崇焕抗疏谏止，熹宗不听。朝廷论宁远战功，魂忠贤竟掠为己功，加恩三等。一六二七年五月，金兵围锦州，不能克，六月还军。魏忠贤指使言官弹劾袁崇焕“不救锦州”。七月，袁崇焕被迫辞官。魏党霍维华继任兵部尚书，八月，明熹宗病死。
（一）皇位继承与朋党纷争 萨尔浒之战，明军惨败，辽东震动。明朝拘逮杨镐，起用前辽东巡抚熊廷弼为兵部右侍郎，代杨镐经略辽东。一六一九年（万历四十七年）七月，熊廷弼至沈阳、抚顺等地招抚流民，见数百里无人迹。大学士方从哲上疏，请将增兵发饷章奏，批下办理。明神宗不理。九月，方从哲等清神宗召见群臣，商议战守方略。吏部尚书赵焕也率廷臣，请神宗临朝议政，神宗命中官（内监）谕退。明神宗晏处深宫，长期不理朝政，金国大兵压境，依然晏安自若。朝政均听内阁臣僚经理。
明中叶以来，皇帝不临朝听政，由内监传达旨意。内监与内廷后妃相结纳，成为皇帝左右的政治势力，进而结纳一些朝官和言官，干预朝政，与内阁臣僚对立。明制，自御史大夫至六科给事中监察内阁和六部官员，职任甚重，与朝官往往水火。内廷与朝官，言官与阁臣矛盾交错，又相互结纳，形成对立的朋党。一五九四年（万历二十二年），被削职的吏部考功主事顾宪成在无锡东林书院与高攀龙（原行人司行人，进士）及钱一本（御史）、薛敷教、史孟麟、刘元珍、安希范及弟顾允成等聚众讲学，号称“东林八君子”。一六○四年，东林书院重修落成，江浙文士在此集会立约，互称同志。东林同志讲学之余，往往讽议朝政，品评官员，因而在社会上很有影响。东林得到淮阳巡抚李三才的支持。朝中官员与东林文士结纳，被指为朋党，诋为“东林党”。东林官员也指责朝中一批反对他们的官员为齐党（给事中亓诗教）、浙党（以昆山人顾天峻为首，又称昆党）、楚党（以宣城人汤宾尹为首，又称宣党）。东林党与齐、浙、楚三党相互倾轧，明争暗斗。万历末年，三党执政，东林监生汪文言设计离间齐、浙两党官员，东林官员又渐得势。
万历中叶以来，朋党争论的主要问题是立太子，即所谓“国本”、“建储”。神宗王皇后无子，恭妃王氏生子常洛，为神宗长子。神宗宠妃郑贵妃生子常洵。顾宪成、钱一本在朝时，均曾上疏请立长子常洛为太子，钱一本因而被黜。一六○一年（万历二十九年），神宗诏立常洛为太子，常洵封福王，但仍在朝，一六一四年始去洛阳藩邸。一六一五年，蓟州人张差持梃闯入太子常洛的慈宁宫，打伤守门太监，被捕入狱。供出系由郑贵妃的太监庞保、刘成引入。巡视皇城御史刘廷元审讯，奏称张差“若涉疯颠”。刑部主事王之寀至狱中提审，供称受太监指使，因而怀疑郑贵妃。刑部尚书张问达受命审讯。东林官员给事中何士晋上疏，指斥郑贵妃弟郑国泰有主谋之嫌。结果何士晋被谪官出朝，张差以疯颠定谳处死。此案后被称为“梃击”案，长期成为朋党争议的课题。
常洛母王妃于一六一二年病死。一六二○年三月，王皇后亦病死，郑贵妃专宠。七月，明神宗病死。病中郑贵妃留居宫中侍疾，太子常洛半月不得入见。东林官员给事中杨涟，御史左光斗向大学士方从哲建言，率群臣入宫问疾，又联络东宫伴读太监王安，请太子入宫侍疾，以防宫中有变。神宗死前，召英国公张惟贤、大学士方从哲及尚书周嘉谟、李汝华、张问达等，遗诏辅立太子。八月朔日，太子常洛即帝位（光宗），年三十九。改年号泰昌。
光宗即位，内阁辅臣只有方从哲一人。给事中亓诗教依从哲意，推吏部侍郎史继偕、南京礼部侍郎沈入阁。二人俱在籍，未及入朝，又以礼部侍郎何家彦、刘一燝、韩爌等并为礼部尚书兼东阁大学士，并召前大学士叶向高入阁。光宗即位后，郑贵妃结纳光宗宠妃李选侍，请立李选侍为皇后。李选侍亦请晋封郑贵妃为皇太后。因内阁沮议，均未得立。光宗病，内侍崔文升进泄药，光宗一昼夜泄三、四十起，臣僚又怀疑崔文升受郑贵妃指使谋害光宗。杨涟上疏劾崔文升用药无状，又与御史左光斗、吏部尚书周嘉谟等迫使郑贵妃自乾清宫迁出，移居慈宁宫。光宗病危，召见张惟贤、方从哲、刘一燝、韩爌等三十一人入宫，册李选侍为皇贵妃，不立后，又命方从哲等辅立皇长子由校。鸿胪寺丞李可灼进所谓“红丸”药，自称仙方。光宗服后，九月朔日病死。
皇子由校生母王才人，一六二○年病死。光宗死后，李选侍与由校居乾清宫。刘一燝与内监王安骗过李选侍，扶由校出宫，至文华殿，与张惟贤等叩头呼万岁，拥由校居慈宁宫（太子宫）。尚书周嘉谟等官疏请李选侍迁出乾清宫，移居哕鸾宫（宫妃养老之宫），以防止选侍干政。首辅方从哲犹豫徘徊。御史左光斗上疏直斥李选侍，并说“武后之祸将见于今”。李选侍大怒，宣召左光斗，左光斗拒不赴召。给事中杨涟力促方从哲定议移宫，并严词抗疏说：“选侍阳托保护之名，阴图专擅之实，宫必不可不移。”刘一燝、周嘉谟等共助其事，李选侍被迫移居哕鸾宫。皇子由校还居乾清宫，即帝位（熹宗），年十六岁。改明年年号为天启。
神宗死后，光宗、熹宗两次皇位继承中的移宫事件，实质上是朝官与内廷争夺政权的斗争。东林朝官连续挫败郑妃和李妃等内廷势力，遂得以掌握朝政。阁臣叶向高、韩爌，言官杨涟、左光斗都是东林的中坚人物。万历时被黜、在东林书院与顾宪成讲学的邹元标（原南京礼部尚书），光宗时起为大理卿，进为刑部右侍郎，天启元年还朝。与顾宪成、邹元标合称“三君”的赵南星，原在东林讲学，光宗时起为太常少卿。在东林书院讲学的高攀龙，也在熹宗即位后起为光禄丞，次年进为光禄寺少卿。东林党官员在朝中权势之盛，为前此所未有。大学士方从哲庸碌柔懦，被东林言官指斥纵容崔文升、李可灼，熹宗即位后，当年即辞宫致仕。东林官员势盛，转而攻讦异己。邹元标倡“和衷”之论，说“朝臣和，天地之和自应”，反而遭到讥讽。
李选侍移宫后，年少的熹宗在内廷无所依恃，封乳母客氏为奉圣夫人，幼时侍奉他的太监魏进忠，进为司礼监秉笔太监。客魏相结，内廷与朝官的斗争仍在继续。
（二）山东河北地区的农民起义 明熹宗即位不久，山东、河北地区即爆发了徐鸿儒等领导的农民起义。
山东、河北是白莲教流行的地区。被压迫的农民群众利用白莲教秘密组织起义，是长期以来形成的传统。明初，白莲教曾遭到禁断，但仍在民间秘密流传。万历时，闻香教主王森在京东滦州石佛庄传教，教徒遍及河北、山东、山西、河南、陕西等地，教徒有大小传头、会主等名号。各地教徒用竹筹传递消息，一天可传数百里。一五九五年（万历二十三年），王森被官府逮捕入狱，行贿得释，继续传教。一六一四年，因与弟子李国用不和，相互攻击而暴露。王森、李国用均被逮捕，王森死于狱中。此后，王森子王好贤及门徒于弘志继续在河北武邑、景州一带传教。门徒山东郓城人（原籍巨野，迁居郓城）徐鸿儒在山东地区传教，先后二十年，信徒发展到二百万人。
熹宗即位，山东地区大旱，民不聊生。明朝在辽东与金兵作战，在山东地区加派赋税，更加激起农民的反抗。山东驻军被调往辽东，地方兵力薄弱，又为起义的爆发创造了时机。一六二二年（天启二年），山东徐鸿儒与河北王好贤、于弘志联络，预定中秋节在河北、山东同时起义。由于起义的计划被泄露，徐鸿儒提前在五月十一日举兵。
徐鸿儒自称中兴福烈帝，建年号大乘兴胜。起义军以红巾作标志。教徒纷纷献出家产，参加起义。徐鸿儒将起义者的家属老幼安置在梁山泊内，率领起义军占领距郓城二十里的梁家楼，当地人民起而响应。起义军计划先夺取郓城、钜野、嘉祥，然后占领济宁，截取漕米。
五月十三日，徐鸿儒率众占领郓城，震动曹、濮二州。起义军进攻钜野和兖州，遭到明军攻击，郓城也被明军夺去。徐鸿儒整军东下，攻占邹县、滕县、峄县，众至数万人。
山东各府州县请求省城出兵救援，省城兵力有限，难于应付。明朝廷命令各地方招兵买马，组织地方武装应急，又将赴辽东前线的粤军和准备开赴京师的秋操班军留在山东，镇压起义。起用退职家居的原大同总兵官杨肇基为山东总兵官，协同山东巡抚赵彦进讨徐鸿儒。
徐鸿儒领导的起义军，于六月十日攻占紧靠运河的夏镇，切断明朝南北粮道，一次就掳获粮船四十多艘。进而打败围攻邹县的明军，击毙明朝都司杨国盛、游击张榜，乘胜围攻曲阜、郯城，声势大震。
七月，于弘志在阜城、武邑起兵响应，进攻景州。赵大也在艾山起义，奉刘永明为安民王，与徐鸿儒部取得联系。各地起义军日益壮大，发展到十几万人。
面对起义军的蓬勃发展，天津巡抚李邦华、保定巡抚张凤翔分别派兵支援山东。于弘志部起义军遭到镇压，刘永明也被捕牺牲。
徐鸿儒集精锐于邹县、滕县之间，准备进攻兖州，被赵彦、杨肇基率领的明军战败。徐鸿儒退入邹县城中。九月，明军攻下滕县，围困邹县。徐鸿儒率众坚守到十月，城中粮食告尽，叛徒侯五、魏七缚徐鸿儒出降，明军占领邹城。起义军四万七千余人被俘，徐鸿儒英勇就义。王好贤逃往扬州，后来也被逮牺牲，起义失败。
徐鸿儒死后，余部仍然在各地坚持战斗。直到一六二四年（天启四年）才被消灭。
（三）四川云贵地区的彝族反明战争 四川南部地区的彝族（罗罗），早在洪武年间，首领阿奇降明，受任为永宁宣抚司，世守其土。天启时传至奢崇明，与子奢寅雄长诸部。奢氏父子招纳汉人，日益强大。天启元年（一六二一年），明廷因辽事紧急，征兵进援。奢祟明疏请提兵三万赴援，得安家银四万两，乘机招纳武士，打造军器，扩充兵力。奢崇明派遣部下汉人何若海据永宁，与水西等彝人联络。遣刘训入成都，何天锡赴重庆，密谋起事。
九月十三日，奢崇明以援辽为名，遣军将樊龙、张彤领兵赴重庆，在点名场刺死四川巡抚徐可求，杀道臣孙好古、重庆知府章文炳等官员。明总兵黄守魁被擒自杀。何天锡等在城内响应，彝兵占领重庆。
奢崇明、奢寅领兵攻陷遵义（万历二十九年改播州为遵义），北上焚劫纳溪、沪州、江安等地。遣使联络石宣抚司掌印女官秦良玉（马千乘妻）反明，被良玉拒绝。秦良玉率部至重庆郊外，与樊龙、张彤部相持。
十月，奢崇明出长宁，奢寅出合江，罗乾象、朱国恩出纳溪，各统数万兵分路向西北推进，围攻成都。明布政使朱燮元督率兵民坚守。奢氏派入成都的刘训自请率兵三百五十人守南城，图为内应，被朱燮元发觉，斩首。天启二年（一六二二年）正月，奢氏部将罗乾象暗中降明，密报军情。奢崇明父子屡战失利，解围拔营而走。明廷擢升朱燮元为巡抚。
二月，朱燮元督率明军与秦良玉部属战败张彤，夺得攻取重庆的要道二郎关。四月取佛图关，直逼重庆城下。五月，奢寅进援重庆，兵败退归永宁。樊龙突围走，被明军截杀。明军收复重庆，杀张彤。六月，奢崇明部将宋武等擒何若海降明，奢崇明败退。
奢崇明、奢寅退后，得到水西等地的支持，军势复振。水西宣慰司为奢崇明妹奢社辉执掌（妹夫安尧臣已死）。子安位，年仅七岁。奢社辉与同知安邦彦拥立安位为罗甸王，起兵攻陷毕节、乌撒、安顺，直趋贵阳。贵州巡抚李澐、巡按御史史永安督军民抵御。彝兵围困贵阳城。一六二二年十二月，新任巡抚王三善率兵援救。安邦彦解围，退兵陆广河外。
天启三年（一六二三年）正月，安邦彦与奢崇明部联合云南安效良部兵，击败明军。彝族各部见明军失利，纷起响应安邦彦，声势大振。
四月，奢寅部将安銮率部降明，明军收复遵义。奢寅身受重伤，与奢崇明退归永宁。安邦彦发兵来援，被明军击溃。明军收复永宁，奢崇明父子逃往水西。云南亦佐县安应龙与需益州补鲊起兵反明，被巡抚闵洪学击溃，安效良缚安应龙降明。安邦彦派遣部将陈其愚诈降王三善。
天启四年（一六二四年）正月，明军乏饷，王三善率兵还贵阳。陈其愚中途邀截，杀王三善，大败明军。安效良再起兵反明，与安邦彦合。
明廷因川、贵、云三省分治，事权不一，五年命朱燮元总督川云贵广西军务，移镇遵义。燮元厚赠降明奢寅部将阿引等，放归奢氏，以为内应。六年（一六二六年）正月，阿引等密约明军来攻，杀奢寅归明。奢崇明兵败乞降。朱燮元以父丧归里。安邦彦得以从容休整，奢崇明受抚复叛。
（四）明失辽东 萨尔浒战后，兵部右侍郎熊廷弼在辽东整饬军纪，修筑城濠，制造兵器，并奏请调集十八万兵分驻要地，边防渐有起色。熹宗即位后，御史台弹劾熊廷弼“无谋”、“欺君”。一六二○年十月，熊廷弼辞官。辽东巡抚袁应泰为兵部右侍郎，接代辽东经略。
天启元年（一六二一年）三月，金努尔哈赤亲统大军攻打沈阳，水陆并进。明总兵官贺世贤、尤世功二将战死。金军迅速攻占沈阳，乘势攻取辽阳。
辽阳是明辽东都指挥使司所在地，是辽东军事和政治的中心。袁应泰急撤奉集、威远诸军，并力守辽阳。引水注壕，沿壕列火器，军兵四面环守。金兵来攻，袁应泰亲自出兵督战，兵败。袁应泰宿城外军营防御。金兵掘城西闸放壕水，自城东进兵度壕，战败守城诸将。袁应泰入城与巡按御史张铨等固守，诸军列盾大战。袁应泰兵败，自缢死。张铨被俘，不屈，被害。金军得辽阳，先后占领辽河以东七十余城。得辽阳后，诸贝勒均主张还师。努尔哈赤说：“国之所重，在土地人民。”“且此地乃明及朝鲜、蒙古接壤要害之区，天既与我，即宜居之。”（《太祖高皇帝实录》卷七）四月，金国自赫图阿拉迁都辽阳，作为新的据点。八旗人户也迁居沈阳、辽阳一带。明失辽东，整个形势不同了。
金攻陷辽阳，辽河以西军民纷纷逃窜，自塔山至闾阳二百余里烟火断绝。明廷擢任广宁守将王化贞为巡抚，收集散亡，人心稍定。又起用熊廷弼为兵部尚书，驻山海关，经略辽东军务。王化贞部署诸将，沿辽河设六营分守。熊廷弼以为今日只宜守广宁，不宜分兵。如一营溃则诸营俱溃，西平堡也将不能守。王化贞遣部将毛文龙袭取镇江（今丹东市九连城），金兵围攻四卫屯民。朝廷以取镇江为奇功，熊廷弼则斥为奇祸。经略与巡抚，诸多不合。王化贞拥兵十四万在广宁，不听节制。熊廷弼在关上，徒具虚号。天启二年（一六二二年）正月，努尔哈赤向广宁进兵，围困四平堡。王化贞尽发广宁兵出战，在平阳桥与金兵相遇。总兵刘渠、祁秉忠在沙岭败死。部将祖大寿逃走。王化贞部下中军孙得功降金，为内应。王化贞弃广宁南逃。与王相遇，随同溃兵难民入关。金兵追至塔山回师。四月，明廷拘捕熊廷弼、王化贞入狱，审勘兵败丧师之罪，并判死刑。
（五）东林党与阉党的倾轧 明失辽东，亡国之祸已迫在眉睫，朝廷内部仍在结党互斗。熹宗少年即位，处理日常章奏，多委之内监。皇帝自宫中传旨，例由内监传谕，客、魏等因得预政。东林官员夺得朝中政柄后，为要巩固其权势，就要战胜内廷势力。客氏、魏忠贤（魏进忠改名）等结纳朝臣，形成阉党，为要巩固权势，操纵朝政，也不能不反击东林，进而迫害不附己的朝官。熹宗一朝，东林党与阉党争夺政权而展开的斗争，通过一系列事件而愈演愈烈。
追论三案 熹宗即位后，高攀龙、邹元标等交章追论崔文升进泄药、李可灼进红丸事，首辅方从哲因而去职。言官又进而追论万历朝张差梃击案，弹劾郑贵妃弟郑国泰及侄郑养性。李选侍移宫时，内监田诏等曾乘机盗取宫中宝物，被揭发，交法司按治。刑部尚书黄克缵秉承魏忠贤意，疏请宽宥。御史焦源溥上疏反对，并将张差梃击案，李可灼进红丸案与李选侍移宫案，一并追论。说李选侍一宫人“阻陛下于暖阁，挟陛下以垂帘”，“移宫始末不可得为抹杀，盗宝诸阉不可得为宽宥。”李选侍移宫后，已被熹宗削去贵妃封号，在宫中厚养，不再预政。焦源溥疏追论梃击、红丸、移宫三案，显然旨在打击内廷。此后，东林官员相继上疏追论三案，实际也是企图削弱客、魏，争取熹宗，政治目的是明显的。
但是，深居宫中的熹宗如果失去内廷的依恃，势将成为孤立无与的虚位，政权将全归朝臣。这当然是熹宗和明皇室所不能容忍的。天启元年（一六二一年）正月，熹宗下诏嘉奖魏忠贤“侍卫有功”，又赐客氏田二十顷。御史王心一抗疏，说“梓宫（光宗柩）未殡，先念保母之香火；陵工未成，强入奄寺之勤劳，于理为不顺，于情为失宜”。熹宗不听。四月，熹宗立皇后张氏，礼成，赐魏进忠名忠贤，荫侄二人。给事中程沅奏称“祖制非军功不袭，国典不宜滥与”，熹宗又不听。大学士刘一燝奏请遣客氏出宫，熹宗以护祐皇后为名，说等待皇考（光宗）大葬后再议。五月，客氏与魏忠贤指使给事中霍维华劾奏内监王安出宫，又命参与盗宝被赦出狱的内监刘朝杀王安，奏称自杀。王安被杀，斩断东林朝官与内廷的联系，客、魏更加擅权。九月，光宗葬礼完毕。刘一燝再请依前旨，遣客氏出宫。熹宗被迫遣出客氏，不久又召客氏入宫。吏科给事中侯震旸上疏再谏，直指“宫闱禁地，奸珰群小睥睨其侧。”熹宗怒，贬侯震旸。廷臣连续上疏请逐客氏，都遭贬谪。十月，东林要员叶向高进为首辅，请停“中旨”，凡事均由阁臣议拟。熹宗当然不予采纳。
客、魏得熹宗支持，权势日盛。吏部尚书周嘉谟力救被贬的言官，并将劾奏王安的给事中霍维华调出朝外。魏忠贤指使给事中孙杰劾奏周嘉谟受刘一燝嘱，为王安报复。周嘉谟请辞，魏忠贤矫旨罢周嘉谟。叶向高疏请留周嘉谟，不报。左都御史张问达进为吏部尚书，邹元标为左都御史。官员黜陟之权，仍操在东林党人手中。
一六二二年春，客、魏集团指使孙杰攻讦刘一燝。刘一燝上疏自辩，辞官，得熹宗允准。叶向高上疏称“客氏既出复入，一燝顾命大臣，乃不得比保母。”熹宗不理。东林官员继续上疏追论三案。王之梃因梃击案被贬，恢复故官，上“复仇疏”，追论梃击、红丸二案，说是为先帝复仇。礼部尚书孙慎行上疏，劾方从哲包庇李可的。光禄少卿高攀龙又劾郑养性，并请将崔文升“明正典刑”。大学士韩爌、吏部尚书张问达等亦上疏追论红丸案。熹宗将李可灼遣戍，崔文升放南京。
朋党交争 朝官与内廷，东林与客、魏之间的斗争，日益激化。天启二年春，给事中侯震旸等上疏劾大学士沈交通内阉，并劾客、魏搆杀王安。福建道御史周宗建上疏攻沈，并直斥魏忠贤“目不识丁，阴贼险狠。”刑部尚书王纪，也劾沈与魏忠贤交通事。七月，沈也劾王纪审讯熊廷弼狱时，包庇廷弼。熹宗以王纪回奏违慢，斥为民。叶向高上疏说王纪、沈交攻，王纪被斥非其罪。诸臣交章救王纪，熹宗不允。沈也上疏请辞，得准辞官。
十月，东林要人左都御史邹元标，因在京建首善书院讲学，被劾。魏忠贤传旨“宋室之亡，由于讲学。”邹元标被罢官归里。新科状元文震孟，授翰林院修撰，上“勤政讲学疏”，辩及邹元标事。魏忠贤传旨廷杖文震孟，大学士韩爌力救。文震孟被贬秩调外，罢官归里。邹元标去后，工部右侍郎赵南星继为左都御史。
沈罢后，廷推原礼部尚书孙慎行入阁，熹宗不予点用。天启三年（一六二三年）正月，依附魏忠贤的礼部尚书顾秉谦、南京礼部右侍郎魏广微为东阁大学士，入阁参予机务。礼部右侍郎朱国桢、朱延禧也同时升任尚书入阁。内阁自首辅叶向高以下，原已有韩爌、何家彦、朱国祚、史继偕等五人，现增至九人。魏忠贤倚信的顾、魏入阁，使内阁也陷入党争。
三月，御史周宗建因被魏党给事中郭巩劾奏误荐熊廷弼，上疏反驳郭巩并直攻魏忠贤。称王安死事为魏忠贤“一大罪案”，并说“今权珰报复，反借言官以伸；而言官之声势，反假中涓而重”，历举黜侯震旸、黜王纪、去邹元标、逐文震孟等事，是“内外交通，驱除善类。”（《明熹宗实录》卷二十六）熹宗企图平息纷争，郭巩、周宗建经廷议各夺俸三月。三月，朱国祚辞官获准。七月，史继偕致仕。
一六二三年（天启三年癸亥），为官员考察之年。左都御史赵南星助吏部尚书张问达主京察。在京庶官年老有疾、贪酷失职及才力不及者凡二百三十五人，分别革职或降调。南京官员不胜任者也分别降调。赵南星在万历朝曾任考功郎中，参与京察。因忤齐、楚、浙三党，被贬官为民。癸亥京察时，赵南星力斥三党官员故给事中亓诗教、赵兴邦、官应震、吴亮嗣等“先朝结党乱政”，议当罢黜。吏科给事中魏应嘉力持不可。赵南星不听，著《四凶论》攻亓诗教等，终于罢黜。此前，周嘉谟为吏部尚书时，三党的重要官员多已被罢离。经赵南星再次计察，三党在朝官员所余无几。同年十月，吏部尚书张问达致仕。赵南星进为吏部尚书，又掌握了官员黜陟之权。魏忠贤颇重赵南星盛名，曾遣甥傅应星谒见，赵南星不纳。大学士魏广微三次来访，赵南星均拒不会见。叶向高、韩爌等执政，赵南星掌吏部，魏忠贤等阉党不能不有所顾忌。赵南星等东林官员不与阉党合作，因而获得清誉。但东林党人以“清流”、“正人”自诩，对三党官员心存报复，对政见不合者均斥为“邪人”、“邪党”，甚至直指为阉党。被东林排斥的官员，便投依阉党求存。东林执政后反而在朝官中日益孤立，客、魏的势力却日渐增长了。
内廷中，后妃与客、魏之间也在互斗。熹宗皇后张氏深恶客、魏，常对熹宗指责客氏、魏忠贤过失，并曾面斥客氏，欲绳之以法。张后怀孕，客、魏派亲信宫人侍奉。张后不久流产，有人怀疑是客、魏指使宫人用计堕胎。熹宗裕妃张氏也与客、魏不合，竟被客、魏幽禁于别宫，饿死。成妃李氏也遭幽禁，被斥为宫人。张后孤立无援，客、魏逐渐驱逐宫中异己势力，掌握了内廷。
客魏专权 天启三年（一六二三年）十二月，魏忠贤受命总督东厂，成为朋党之争的一个转折。东厂设于明成祖时，用以缉察官民，例由司礼监秉笔太监提领，直属于皇帝。东厂掌刑，理刑官员由锦衣卫军官担任。北镇抚司专治诏狱。神宗时厂卫已很少缉事。魏忠贤掌东厂，厂卫成为镇压异己的工具。一六二四年四月，给事中阮大铖指使同官傅櫆与魏忠贤甥傅应星劾奏内阁中书汪文言与左光斗、魏大中（吏科都给事中）交通为奸利。汪文言曾在万历朝离间齐、楚、浙三党，交结内监王安，又曾出入于韩爌、赵南星、杨涟、左光斗、魏大中等人之门。劾奏汪文言，意在株连东林官员。汪文言下镇抚司诏狱，镇抚刘侨只将文言革职，不株连他官。魏忠贤将刘侨削籍，另任亲信许显纯为镇抚司。此后，又命左都督田尔耕掌锦衣卫事。魏忠贤从此完全掌握了厂卫。
一六三四年六月，左副都御史杨涟上疏弹劾魏忠贤二十四大罪，说自宫廷至大小臣工不知有皇上，只知有忠贤。“宫中、府中，大事、小事，无一不是忠贤专擅。”“皇上为名，忠贤为实。”杨涟疏上，魏忠贤惧，求韩爌调解，韩爌不理。魏忠贤向熹宗哭诉，客氏从旁进言。熹宗下诏切责杨涟。朝官相继上疏，先后百余疏，熹宗均不理。大学士叶向高上奏说，杨涟一人之言，容有过激。未几而诸疏继至，举朝閧然。皇上如想保全魏忠贤，不如叫他自请归第，远势避嫌。熹宗旨复，称忠贤勤劳，责群臣附和。叶向高告请归籍。
朝官攻魏党，遭到失败。客、魏集团利用厂卫，转而迫害朝官。叶向高去后，魏党顾秉谦成为首辅。顾秉谦与阁臣魏广微同谋，用墨笔点《缙绅便览》一册，点出叶向高、韩爌、杨涟、左光斗、周宗建等百余人，称为“邪人”，密告魏忠贤，逐步设计陷害。又点出依附魏党的“正人”六、七十人，以备进用。十月，吏科给事中魏大中弹劾魏广微，魏大中被降职调外。左都御史高攀龙与吏部尚书赵南星被诬陷罢官。左光斗起草奏书，弹劾魏忠贤、魏广微三十二斩罪。疏未奏上，魏忠贤已得知消息，即削去左光斗与杨涟的官籍。不久，又逐韩爌出朝。数月之间，朝官被罢逐者先后数十人。
十二月，魏忠贤又将已革职的汪文言逮捕，交锦衣卫北镇抚司许显纯拷问，借以株连预谋陷害的大臣，涉及赵南星、杨涟、左光斗、魏大中、周朝瑞等十余人，兴起大狱。汪文言下狱两月，备受酷刑，不屈。最后受刑不过，仰视许显纯说：“我不知道你要我说什么？随你怎么巧作，我承认就是了。”许显纯要他诬指周朝瑞、杨涟等大臣贪赃。汪文言跳起来说：“天啊！冤哉！这样来诬蔑清廉之士，我死也不承认！”许显纯将汪文言打死，伪造供词，说杨涟、左光斗、周朝瑞曾为辽东败将杨镐、熊廷弼说情，是贪受了贿赂。左光斗入狱，五日一审，裸体受桚、夹、棍等刑，不能跪起，平卧堂下受讯，死于狱中。杨涟在狱中备受酷刑，土囊压身，铁钉贯耳而死。魏大中等也都被酷刑拷打而死。赵南星流放边地，死于戍所。辽东战败，阉党袒王化贞，而力斥杨镐、熊廷弼。为杨、熊求缓刑的官员，被牵入汪文言案，指为受贿，多被锦衣卫逮捕下狱。阉党进而追查东林党人，追削李三才、顾宪成等人的官籍，毁各地东林讲学书院。各地官员不附阉党者，均被指为东林党，被夺官者达三百余人，下狱处死及流放边地者数十人。
熹宗即位以来，神宗时的张差梃击案，光宗死前的红丸案和李选侍移宫案，成为朝臣之间互相攻击的题目。一六二六年，霍维华建议编修《三朝要典》，以顾秉谦等为总裁，为三大案中获罪的宦官翻案，借以陷害东林官员，指责王之寀、孙慎行、杨涟是制造三案的罪魁祸首。杨涟入狱受审，“移宫”即是一大罪名。由此又株连到一批官员。同年，苏州织造太监李实弹劾南京巡抚周起元、松江知府张宗衡、同知孙应昆等多人，魏忠贤把他们逮捕入狱。阉党迫害的官员，从朝官扩大到地方，更进而残害各地居民。东厂和锦衣卫的缇骑（侦探）在各地访查，有人议论魏忠贤奸恶即被处死，甚至割舌剥皮，极为酷毒。阉党的权势日盛，对人民的镇压也越来越残酷了。
魏忠贤势盛，阉党称他为九千岁（比皇帝少一千岁）。浙江巡抚潘汝桢与太监李实在杭州西湖边为魏忠贤建立生祠供奉，号普德祠。各地官员，相继效尤。除福建外，各省都纷纷建立生祠，木雕魏忠贤像供奉。顺天府官员在国都北京崇文门内和宣武门外，也建立魏忠贤祠。国子监生陆万龄说：“孔子作春秋，忠贤作要典；孔子诛少正卯，忠贤诛东林”，请在国学西为魏忠贤立祠，与孔子并尊（《明史·阎鸣泰传》）。
客、魏集团中有所谓五虎、五彪作为爪牙。五虎是朝官崔呈秀（御史）、田吉（兵部尚书）、吴淳夫（工部尚书）、李夔龙（副都御史）、倪文焕（太常卿）。五彪是厂卫刑狱官田尔耕、许显纯、孙云鹤（东厂理刑官）、杨寰（锦衣卫东司理刑）、崔应元（锦衣卫指挥）。此外，又有十狗、十孩儿、四十孙等名目。依附客、魏的官员们逐渐形成政治集团，遍布各地，明朝的统治更加昏暗了。
（六）宁远之战 一六二二年金占领广宁后，山海关以东广宁以西，成为进一步争夺的地区。明失广宁后，命兵部尚书王在晋经略辽东。王在晋倚用兵部职方主事袁崇焕，擢任宁前兵备佥事。王在晋主张在山海关外八里铺筑重关，派兵四万驻守。袁崇焕建策守宁远卫。以为宁远是山海关以东广宁之西的要冲，进则据锦州，退则守宁远。大学士、兵部尚书孙承宗行边，采纳袁议，自请督师。命大将满桂与袁崇焕驻守宁远，祖大寿等督筑宁远城。经过四年的经营，到一六二五年（天启五年）时，已练兵十一万，造甲胄炮石及各种兵器数百万，城堡数十处。孙承宗与袁崇焕计议，遣将分据锦州、松山、杏山、右屯及大小凌河，修筑城郭。这年十月，孙承宗去职，高第任经略。他以为关外必不可守，命诸将撤入关内。袁崇焕为宁前道，提出驳议，说“官此当死此，我必不去。”（《明史·袁崇焕传》）高第撤走锦州、松山、杏山、右屯、大小凌河等地兵民入关。
金在一六二五年（天命十年，明天启五年）三月，自辽阳（东京）迁都沈阳，成为正式的都城。天启六年（一六二六年）正月，努尔哈赤率大兵攻宁远。十七日渡辽河，二十三日至宁远，声言以二十万兵攻此城。袁崇焕与满桂、祖大寿等召集将士，誓死守城。袁崇焕写血书，激励将士。二十四日，金兵攻城。明兵发动西洋大炮，枪炮药罐雷石齐下，金兵不能进。次日，又攻城不下，死伤兵士五百，将官数员，只好解围。二月初，努尔哈赤收兵回沈阳，对诸贝勒说：“我起兵以来，没有敢抵抗的。袁崇焕是什么人，竟能这样！”《清太祖武皇帝袁崇焕手迹实录》卷四记载说：“帝自二十五岁征战以来，战无不胜，攻无不克。惟宁远一城不下，遂大怀忿恨而回。”辽宁之战，金锐气受挫，推延了向山海关进取的日程。这年七月，努尔哈赤得病，去清河温泉沐养。因病重返回，八月十一日死于距沈阳四十里的叆鸡堡途中。庙号太祖。
努尔哈赤建国后，在位十一年，先后兼并女真诸部，建立制度，攻占辽东，定都沈阳，为清朝的建立奠定了基础。
袁崇焕击退金兵，取得胜利。一六二六年（天启六年）三月，被任为辽东巡抚。魏忠贤随即派内监刘应坤出镇山海关，企图夺取兵权。袁崇焕抗疏谏止，熹宗不听。朝廷论宁远战功，魂忠贤竟掠为己功，加恩三等。一六二七年五月，金兵围锦州，不能克，六月还军。魏忠贤指使言官弹劾袁崇焕“不救锦州”。七月，袁崇焕被迫辞官。魏党霍维华继任兵部尚书，八月，明熹宗病死。
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