第一节清朝统治的巩固 顺治十八年（一六六一年）正月，顺治帝病死。三子玄烨（清圣祖）即帝位，改明年年号为康熙。议政大臣索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四人辅政。顺治帝死后，由皇太后（孝庄后）颁布遗诏，对顺治帝的政绩做了全面的否定。这个所谓“遗诏”袭用顺治帝的名义，实际上显然出于皇太后和辅政大臣的意旨。它胪列顺治帝在位十八年的十四条罪状，第一条即是“不能仰法太祖太宗谟烈”，“且渐习汉俗，于淳朴旧制，日有更张。”其他各条的主要内容有：对满洲宗室诸王贝勒等“晋接既疏，恩惠复鲜；”对满洲诸臣，不能信任，委任汉官，以致满臣无心用事；任用宦官，设立十三衙门；对皇太后子道不终，对董鄂妃丧礼过从优厚，以及朝政不能听言纳谏，宫中未能节省，经营殿宇靡费甚多等等。这个所谓“遗诏”，是皇太后和守旧的满洲贵族对顺治帝、多尔衮采用汉族封建制统治制度的一个猛烈的抨击。它的实质，是公开宣布排斥汉官汉俗，恢复清太祖、太宗时的旧制。康熙皇帝即位后，鳌拜等辅政大臣，在太皇太后支持下，极力贯彻这个方针，清朝的统治向着满洲旧制的道路逆转。
（一）四大臣辅政 索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四大臣，都不是满族宗室亲王。他们受命辅政，佐皇帝执掌国政，这在清太祖、太宗的旧制中也是没有过的。辅政大臣索尼，赫舍里氏，满洲正黄旗。苏克萨哈，纳喇氏，满洲正白旗。遏必隆，钮祜禄氏，鳌拜，瓜尔佳氏，两人俱隶满洲镶黄旗。上三旗的四大臣在顺治帝亲政后，已相继擢任议政大臣，或兼领侍卫内大臣（统率侍卫亲军，翊卫扈从），控制了议政王大臣会议。顺治帝死后，索尼等向满洲诸王贝勒说：“今主上遗诏，命我四人辅佐冲主。从来国家政务，惟宗室协理。索尼等皆异姓臣子，何能综理。今宜与诸王贝勒等共任之。”诸王回答说：“诏旨甚明，谁敢干预。四大臣其勿让。”顺治帝死后，四大臣由控制议政会议进而掌握了朝政。
四大臣中，索尼年最长，位最尊。一六六五年（康熙四年），索尼孙女被立为皇后，索尼一家成为显赫的贵戚。鳌拜恃有战功，结党擅权，遏必隆依附鳌拜。苏克萨哈原为多尔衮旧属，在政治上无一定的主张，且与索尼、鳌拜不和。索尼与鳌拜成为主要的决策者。自顺治十八年（一六六一年）至康熙六年（一六六七年）辅政时期，四大臣在仰法太祖、太宗的名义下，恢复了若干旧制。
一、恢复旧制 革除十三衙门顺治时设十三衙门，“遗诏”已列为一罪。一六六一年二月，四大臣辅政后即首先宣布革去十三衙门，“凡事皆遵太祖太宗时定制行，内官俱永不用。”（《圣祖实录》卷一）但实际上内廷仍用阉官，由内务府统领。
废内阁复三院一六六一年六月，废除内阁和翰林院，恢复太宗时旧制，仍设内三院。各设满汉大学士和满洲学士、汉军学士、汉学士。下诏说：“朕兹于一切政务，欲率循祖制，咸遵旧章。”内秘书院巴哈纳（满）、金之俊、胡世安为大学士，内国史院额色赫（满）、成克巩、卫周祚为大学士，内弘文院蒋赫德、李霨为大学士。汉大学士六员，以后有缺不再推补。定制为三员，即三院各一员。顺治时的汉军大学士范文程，已在一六五四年（顺治十一年）乞休，一六六六年（康熙五年）病死。洪承畴在康熙即位后乞致仕，一六六五年病死。
重定满汉官品级满汉官员品级，太宗时满官高于汉官。顺治时满汉划一。四大臣辅政时，恢复太宗时旧制，满大学士为正一品，汉大学士为正二品。满尚书正一品，汉尚书正二品。以下各级的满官品级均高于汉官。但汉军官员即辽东编入汉军旗的官员与“汉人”官员，一体升转，不再区别。
更换圈地 圈地是在汉族地区推行满族计丁授田制的措施。一六五三年（顺治十年）已诏令永行停止。多尔衮执政时，将镶黄旗应得之地拨与正白旗。一六六六年鳌拜提出镶黄旗圈地在右翼之末，不合八旗次序，当与正白旗的蓟州、遵化、迁安诸州县地交换，正白旗地不足者，另外圈占民地补足。鳌拜之议传出后，有关地区农民恐换耕地，多抛荒不耕，惊惶奔诉。鳌拜称旨：将镶黄旗涿州壮丁迁至顺义等县。正白旗通州以东大路北边地拨给镶黄旗。差员将正白旗满洲地，投充人地，皇庄地等丈量，秋收后酌议分拨。大学士兼户部尚书苏纳海（满洲正白旗人）、直隶总督朱昌祚、巡抚王登联等奉命经理。苏纳海上疏称地土分拨已久，且以前已有不再圈地的圣旨，请将鳌拜之议驳回。朱昌祚上疏清停圈换。王登联也密奏“旗地待换，民地待圈，皆抛弃不耕，”亟请停止。鳌拜大怒，将苏纳海及朱昌祚、王登联等处死。准户部拟议，镶黄旗迁出壮丁四万零六百名，拨地二十万三千晌，由蓟州、遵化、迁安三处正白旗地及民地、投充汉人地等拨给，不足者由延庆州民地拨补。正白旗迁出壮丁二万二千三百六十一名，拨地十一万一千八百零五晌，由玉田、丰润二县民地、汉人投充地、开垦地及永平等处汉人投充地中拨给。不足者由永平、滦州、乐亭、开平民地拨给。（《八旗通志》卷六十二）事实上正白旗与镶黄旗迁出的壮丁，并不是换到对方的田地，而是各自圈占了民地。所谓“圈换”，其实是在京畿地区恢复推行圈地制。继续占夺汉民土地。八旗人民也因迁移新地，弃业流离，造成极大的纷扰。鳌拜一举杀三大臣，康熙帝无法制止，鳌拜权势薰灼，不可一世了。
二、对农民军和抗清义军的镇压 夔东十三家的败灭四大臣辅政，继续镇压抗清的农民军。一六六三年（康熙二年）消灭了李自成军的余部李来亨、郝摇旗等领导的夔东十三家农民军。
李自成军余部在一六五○年，由高一功及李锦义子李来亨率领到达巴东的西山，与原在这里的郝摇旗、刘体纯部会师。郝摇旗、刘体纯等在西山与在郧西抗清的王光兴、王光昌等南明军联合，称为夔东十三家军。郝摇旗、刘体纯等据守荆巴大江以北，王光兴等据守大江以南，姚（一作摇）天动、黄龙领导的农民起义军与谭文、谭诣、谭宏领导的抗清队伍据守夔叙一带。十三家军公推刘体纯、王光兴总领军务。高一功在途中战死，李来亨率师来会，据守巴东的茅麓山，建立帅府。他们招徕流亡人民，开荒种地，训练部队，奉明东安王朱宗蒗为主，号召“勤王灭虏（清朝）”，给清朝以很大的威胁。一六五二年十一月，洪承畴奏报朝廷，“湖广南有孙可望抗拒，北有郝摇旗、一只虎（李锦诨号，这里指的是李来亨）屯聚。”一六五九年，清军大举进攻贵州、云南，刘体纯、李来亨、谭文等十六营。溯江而上，围攻重庆，震动整个四川，牵制了南进的清军。由于谭诣、谭宏杀害谭文降清，破坏了十三家军的作战计划。
一六六三年初，清廷调集陕西、湖北、四川省兵力，进攻夔东十三家军。陕西总督白如梅、提督王一正，进攻房竹一带，遭到郝摇旗的阻击；四川总督李国英进攻昌宁一带，遭到刘体纯、袁宗第的阻击；湖广总督张长庚、提督董学礼由彝陵进攻西山，遭到李来亨的阻击。秋季，战争逐渐集中在湖广郧襄西山一带。清军由楚、蜀两路夹攻，李来亨等退守山寨，清军无法前进。李来亨命战士剃发，夹杂在商贩中，混入清军兵营。李来亨从山寨出兵攻击，清军迎战，大营中忽立大旗，呼号起火，清兵溃败。张长庚的楚军退守彝陵，李国英的蜀军也被郝摇旗打退。八月，清廷任命穆里玛为靖西将军、图海为定西将军，又调西安将军傅喀禅，率领八旗兵围攻西山。十月，李来亨、郝摇旗等向四川巫山发动进攻，川督李国英乞兵增援。十二月二十三日，清军集中八旗主力攻击天池寨，与十三家军决战。刘体纯战败自杀，郝摇旗、袁宗第在黄草坪被俘牺牲，明东安王被擒。李来亨军三万人陷入敌人包围，在缺粮断水的情况下，坚持斗争。穆里玛、图海指挥八旗兵和三省绿营兵进攻茅麓山，攻破山寨。李来亨全家举火自焚，壮烈牺牲。自李自成退出北京以来，大顺农民军坚持抗清斗争近二十年。李来亨、郝摇旗失败牺牲，农民军被最后消灭了。
南明的覆亡 顺治一朝已经基本上消灭南明旗帜下的各地抗清义军。康熙帝即位时，只有遁居缅甸的南明永历帝（桂王）和金门岛上的鲁王两支残余势力。
南明永历帝逃往缅甸后，云南永昌的李定国、白文选军仍奉永历年号，曾多次出兵入缅。顺治帝死后，李定国、白文选连兵入缅，迎永历帝，与缅兵大战，不能进。这时，吴三桂称王云贵，与缅甸盟誓，许在边地贸易。一六六一年九月，吴三桂派兵入缅，追击永历帝。白文选降清。十二月，吴三桂驻兵缅境。缅甸献出永历帝。康熙元年（一六六二年）正月，吴三桂向清廷报捷。四月，在昆明将永历帝及皇子皇孙等处死。李定国闻讯，愤恨呕血而死。
鲁王原曾上表永历帝，得张煌言等拥戴。郑成功在顺治十八年（一六六一年）十二月去台湾，一六六二年五月在台湾病死。子郑经继承王位。张煌言曾企图联络郑经，再奉鲁王监国，未能实现。张煌言孤军困守临门，曾三次向寄居金门的鲁王上书。临门与金门的海上通路被清军截断，一六六二年九月，鲁王死在金门。次年十月，清靖南王耿继茂等领兵攻打厦门，邀荷兰夹板船邀击。郑经军败走，清军攻占厦门及金门岛。郑氏失厦门，兵力集中到台湾和澎湖岛上。张煌言孤军求进，一六六四年三月，与东蚶岛上的旧部阮春雷联合，结集战舰百余艘，停驻三都岛。清军来袭，损失惨重。张煌言率残部至舟山岛。六月，张煌言被迫解散队伍，逃往海上的悬嶴岛。七月，被清军察知，擒捕张煌言，押解至宁波，又转往杭州。解船行至钱塘江畔，一僧人向船中投掷纸条，上写：“此行莫作黄冠想，静听文山（文天祥）正气歌。”张煌言含笑赋诗作答，说：“生比鸿毛犹负国，死留碧血欲支天。”张煌言到杭州，严词拒绝清军的劝降。在狱中壁上写《采薇吟》一首，说：“予生则中华兮，死则大明；寸丹为重兮，七尺为轻。”在杭州被杀。
南明两王覆灭，李定国、张煌言相继败死，广大江南地区已全部入于清朝的统治。只有台湾郑氏还在继续抗清。
三、对江南地主士大夫的控制 四大臣辅政，对顺治朝新占领的江南地区的地主文人，继续实行严厉的控制，制造了一系列事件。
斩郑芝龙 郑芝龙降清后，子郑成功继续在福建抗清。一六五九年，郑成功领兵直抵长江，攻下镇江，进至南京城下。沿途汉人士民纷纷来附或持酒犒师。郑成功败退后，清朝追究迎附郑军的官民，处死、流徙达千余人，被称为“通海案”（清朝指郑成功为“海逆”）。一六六一年十月，辅政大臣斩郑芝龙及子世恩、世荫，依谋叛律，族诛郑氏二百余人。郑芝龙已降清十余年，与郑成功抗清并无干系。斩郑芝龙实际上是对汉人降官的一个威慑。
奏销案 一六六一年顺治帝死后，四大臣即谕吏部，责成各级官员，督催钱粮。“今后经管钱粮各官，不论大小，凡有拖欠参罚，俱一体停其升转，”“如限内拖欠钱粮不完，或应革职，或应降级处分。”（《圣祖实录》卷一）三月，制定直隶各省巡抚以下州县以上征催钱粮未完分数处分例。又谕户部：“近观直隶各省钱粮逋欠甚多，征比难完，率由绅衿藐法，抗粮不纳。地方官瞻徇情面，不尽法征比。嗣后著该督抚责令通府州县各官立行禁饬，严加稽察。如仍前抗粮，从重治罪。地方官不行察报，该督抚严察，一并题参重处。”（《圣祖实录》卷二）六月，江宁巡抚朱国治疏奏苏、松、常、镇四府抗欠钱粮文武绅士一万三千五百余人，衙役二百五十四名。刑部议现任官降二级调用，衿士褫革，衙役照赃治罪。褫革的绅士均交本处枷责鞭打。逮捕其中三千人械送刑部议处。次年五月始放还。江南地主拖欠钱粮，左右官府，自晚明以来已成惯例。这次严加处治，逼完钱粮。从江苏开始，安徽、浙江等地相继褫革缙绅。江南地主官员遭到沉重打击。一时名士如吴伟业、徐乾学、徐元文、翁叔元、韩爌等都被降调或革籍（学籍）。
明史案 一六六三年明史案起，江南的官员文士再次遭到镇压。这年，被罢免的原归安知县吴之荣，向满洲将军松魁告发：湖州富户庄廷■购得明朱国桢所著明史稿本，续补天启、崇祯两朝事，由庄廷■署名刊刻。其中对满洲多有斥责。松魁移交江苏巡抚朱昌祚（汉军镶白旗人）查处，庄廷■以重贿得免。删去指斥满洲语重刊。吴之荣又以原刊本上告。刑部查处此事。庄廷■已死，斩弟庄廷钺。礼部侍郎李令皙曾为明史作序，也被处死，四子均斩首。朱昌祚委罪于学官，得免（后在直隶总督任内被鳌拜处死，见前）。归安、乌程学官均处斩。由此牵连到湖州太守，以及参事办案、校刊及“购逆书”之人，被处死者七十余人，发边地充军者数百人。晚明以来，江南文士集会结社，议论朝政，成为风气。明清之际，鼓吹民族思想，抗清复明。清朝辅政大臣以明史案兴起大狱，旨在压制江南汉人的反满思想，控制文士的舆论，用意是显然的。
削弱吴三桂 吴三桂自顺治初年降清，引清兵入关。多尔衮许他“封以故土，晋为藩王”。多尔衮进驻北京，命吴三桂领兵南下，册封平西王，不曾进京参政。吴三桂连年领兵镇压李自成军及云贵南明军，一直效忠于清朝。总督军务的大学士洪承畴至云南视师，上疏请如元、明故事，以王公坐镇。吴三桂成为明沐英一样的镇守云南的藩王。一六六一年康熙帝即位后，吴三桂擒斩永历帝及皇子。次年，进封为亲王，兼领贵州。一六六三年二月，敕云贵两省总督、巡抚听从节制（敕书撰入“听王节制”语。见《圣祖实录》卷八）。两省官员均由吴三桂承制任免，号为“西选”。此后，吴三桂又出兵镇压贵州彝族安坤等的反清起义。一六六五年擒安坤。一六六七年五月，吴三桂请辞总管两省事务。辅政大臣乘机命吏部议复，称旨“应将该藩所管各项事务，照各省例，责令该督抚管理”，大小文官亦照各省例，由吏部题授（《圣祖实录》卷二十二）。这实际上是解除了吴三桂统管云贵两省的事权，只做领兵将军。所谓“藩王”的权力被削弱了。
（二）康熙帝亲政 四大臣辅政，恢复旧制，贬抑汉官，使得顺治时期一度缓和了的各种矛盾重又激化起来。一六六七年五月，吏部议复削夺吴三桂政柄的次日，即六月朔日，内弘文院侍读熊赐履遵旨条奏四事给康熙皇帝。一是“政事纷更而法制未定”。指责“急功喜事之人又从而意为更变。但知趋目前尺寸之利以便其私，而不知无穷之患，已潜滋暗伏于其中”，请求将国家制度详慎会议，勒成会典，颁示天下。二是“职业堕废而士气日靡”。指责“近见各衙门大小臣工，大率缄默依阿，绝少实心任事之人。甚至托老成慎重之名，以济尸位素餐之计。树议者谓之疏狂，任事者目为躁竞”，请求“申饬满汉诸臣，虔衷酌理，实意任事。是则曰是，非则曰非。汉官勿以阿附满官为工”。三是“学校废弛而文教日衰”。指出“学校为贤才之薮，教化之基，而学术事功之根底也。今者庠序之教，缺焉不讲。师道不立，经训不明”。请求“隆重师儒，兴起学校”。“非六经语孟之书不读，非濂洛关闽之学（宋代理学）不讲”。四是“风俗僭侈而礼制日废”。指出“今日风俗奢侈凌越，不可殚述。一裘而费中人之产，一宴而靡终岁之需”，“此饥之本、寒之源，而盗贼狱讼凶荒所由起也”，请求“皇上躬行节俭为天下先。自王公以及士庶，凡宫室车马衣服仆从，一切器用之属，俱立定经制，限以成数，颁示天下。”（《圣祖实录》卷二十二）熊赐履疏上，鳌拜大怒，以为是对他的指责，要对熊赐履从重治罪，赖康熙帝回护得免。
四大臣辅政时，索尼年老，鳌拜权势日盛。鳌拜弟穆里玛受命为靖西将军，镇压李来亨军有功，超授一等阿思哈尼哈番（世袭二品爵号），握有兵权。鳌拜兄弟与秘书院大学士班布尔善（太祖曾孙）、吏部尚书阿思哈、侍郎泰必图、兵部尚书噶褚哈、工部尚书济世、内秘书院学士吴格塞及鳌拜的子侄等结为一党，把持朝政。一六六七年，康熙帝已十四岁。三月间，索尼上疏请帝亲政。太皇太后不允。康熙帝留疏不发。六月，索尼病死。七月，康熙帝得太皇太后允准，宣诏亲政。清朝政局又开始了新的局面。
一、康熙帝亲政 康熙帝亲政，鳌拜等仍同辅政。索尼死后，班行章奏多出自鳌拜。康熙与鳌拜集团的冲突不可免了。
鳌拜杀苏克萨哈辅政大臣中，原属多尔衮正白旗的苏克萨哈素与鳌拜不和。一六六六年更换圈地之议更使两人的矛盾发展为公开的冲突。一六六七年七月，康熙帝亲政后，鳌拜继续专权。苏克萨哈即上疏请辞辅政，守先帝陵寝。康熙帝命议政王贝勒大臣会议具奏。和硕康亲王杰书与诸王大臣查处此案。鳌拜与班布尔善等诬谄苏克萨哈请辞即是“不愿归政”，列构二十四条罪状，以大逆论处。苏克萨哈与长子内大臣查克旦均应凌迟处死，余子六人、孙一人、侄二人皆处斩立决。家产籍没，妻孥并交内务府。旗人前锋统领白尔赫图、侍卫额尔德也处斩立决。此案上奏后，康熙帝知鳌拜怀怨构罪，不允所请。鳌拜强奏累日，迫使康熙帝同意改处苏克萨哈绞刑，其余如议。鳌拜除去他的政敌苏克萨哈后，权势更盛。康熙帝更加难以控制了。
康熙帝除鳖拜鳌拜以镶黄旗瓜尔佳氏而掌握朝政，得到了钮祜禄氏遏必隆的依附。这不仅使康熙帝难以实际亲政，而且也对整个爱新觉罗氏皇族构成了威胁。在满洲八旗的上三旗中，鳌拜、遏必隆仅能控制镶黄旗，与原属多尔衮的正白旗和皇室的正黄旗日益处在矛盾之中。鳌拜恢复旧制，贬抑汉官，当然更遭到汉人官员的反对。康熙帝亲政后，熊赐履于一六六八年迁秘书院侍读学士。再次上疏说：“朝政积习未祛，国计隐忧可虑”，请康熙帝接见儒臣，讲论“道术是非之辩，政事得失之由”。（《圣祖实录》卷二十七）鳌拜传旨诘问回奏，拟以“妄行冒奏”罪降二级调用。康熙帝命免予议处。熊赐履的奏疏反映汉族地主官员期待清朝实行儒学以维护封建统治的愿望，与鳌拜等的恢复旧制形成尖锐的对立。
鳌拜专权，威胁到皇族和皇帝，原来支持辅政四大臣的太皇太后转而支持康熙皇帝向鳌拜夺回政权。索尼第二子索额图（康熙皇后叔父）原领侍卫。康熙亲政后，一六六八年授任吏部侍郎。次年，自请解任，在皇帝左右效力，仍为一等侍卫，助康熙帝除鳌拜。一六六九年五月，康熙帝在鳌拜入见时，命侍卫将鳌拜逮捕，交议政王审问。亲王杰书等勘问鳌拜三十条罪状，议将鳌拜立斩，亲子兄弟斩首，妻及孙为奴，家产籍没。遏必隆依附鳌拜有罪状十二，议革职立绞。班布尔善附和鳌拜，结党行私，有罪状二十一，议革职立斩。康熙帝诏谕，念鳌拜“累朝效力年久”，“朕不忍加诛，姑从宽免死”，革职拘禁。鳌拜后死于狱中。遏必隆削职免罪。鳌拜一党的班布尔善、穆里玛、阿思哈、泰必图、噶褚哈、济世、吴格塞及鳌拜侄塞本特、纳莫均处死。康熙帝在太皇太后支持下，顺利地消除鳌拜党人，一举夺回了政权。所以，他后来说：“设无祖母太皇太后，断不能致有今日成立”（《圣祖实录》卷一三二）。
康熙帝统治的建立康熙帝从朝廷中清除鳌拜一党后，建立起新的统治。索额图是逮捕鳌拜的主要功臣。康熙帝任他为内国史院大学士兼佐领，佐理军政。又擢任熊赐履为国史院学士。康熙帝经常与他讨论治国之道，他建言：“臣观今日大势”，“根本之计在内地不在边疆，在朝廷不在四方”。“然求治甚急，将纷更丛脞，为弊滋甚，所讲欲速不达也。”（康熙《起居注》十一、十二年）熊赐履参预谋议，对康熙帝的影响是显然的。康熙亲政后，曾命弘文院学士明珠（满洲正黄旗人，纳喇氏）查阅淮扬河工。鳌拜败后，任明珠为刑部尚书，改都察院左都御史，充经筵讲官。四大臣辅政时，辽东汉人老臣范文程、洪承畴、宁完我等相继去世。鳌拜败后，康熙帝继续任用各部汉官，没有作太多的变动。一六七○年，因遏必隆无重大罪过，也恢复公爵，宿卫内廷。康熙夺回政柄，较快地建立了他的统治。
二、康熙帝的诸措施 康熙帝生母佟佳氏原为汉军旗人。康熙帝生于北京，自幼学习汉文化，于辽东满洲旧俗并非亲历，与那些出身奴隶主的老一辈满洲贵族，经历全然不同。自清太祖建国至康熙帝亲政已经过了半个世纪，辅佐康熙帝的满汉大臣，也多是清朝建国后才参预政事。康熙帝除鳌拜后，在索额图、熊赐履等人辅佐下，适应满汉官员的要求，采取了一系列新措施。
昭雪诸臣 康熙帝除鳌拜后，首先为遭到鳌拜迫害致死的诸王大臣平反昭雪，恢复爵位。一六六九年六月，诏谕吏部、兵部：“苏克萨哈虽系有罪，罪止本身，不至诛灭子孙后嗣，此皆鳌拜等与苏克萨哈不和，挟仇灭其子孙后嗣”，“白尔黑图等并无罪犯，因系族人，连坐诛戮”，命给还苏克萨哈、白尔黑图原官（《圣祖实录》卷三十）。两部查明此案内革职的文武官员，也复原官。七月，诏复大学士苏纳海、总督朱昌祚、巡抚王登联等原官，给予谥号。诸人之子承荫入国子监读书。
停止圈地 一六六九年六月间，康熙帝谕户部说：“满汉军民，原无异视，务俾各得其所，乃惬朕心。比年以来，复将民间房地圈给旗下，以致民生失业，衣食无资，流离困苦，深为可悯。自后圈占民间房地，永行停止。其今年所已圈者，悉令给还民间。”（《圣祖实录》卷三十）无地旗人，拔给古北等口外空地耕种。
恢复内阁 顺治时实行的内阁制，四大臣辅政时曾经废除，复行太宗时的内三院制。一六七○年八月，康熙帝又改革内三院制、恢复内阁和翰林院，均按顺治十五年旧制。内阁中和、保和、文华三殿设大学士。九月，以图海、巴泰为中和殿大学士兼吏部尚书，索额图、李霨为保和殿大学士兼户部尚书，杜立德、魏裔介为保和殿大学士兼礼部尚书，对喀纳为文华殿大学士兼工部尚书。熊赐履为翰林院掌院学士兼礼部侍郎。
图海，满洲正黄旗人，马佳氏。顺治时官至弘文院大学士，议政大臣。康熙帝即位，为满洲正黄旗都统，受命为定西将军镇压李来亨部。康熙亲政，复为弘文院大学士，是满洲贵族中较有声望的大臣。汉人李霨，直隶高阳人，顺治三年进士，一六五八年为秘书院大学士。四大臣辅政时，为弘文院大学士，对四大臣辅政有所匡正。杜立德，直隶宝坻人，顺治时历任工、兵、刑等部侍郎，一六五九年为刑部尚书。康熙即位，调户部、吏部。鳌拜败后，为国史院大学士。魏裔介，直隶柏乡人，顺治三年进士，官至左都御史。四大臣辅政时，进吏部尚书，拜秘书院大学士，居中调和异同，有所匡正，与熊赐履同为汉人中较有影响的大臣。对喀纳，满洲正黄旗人，钮祜禄氏。顺治时，官至刑部侍郎。四大臣辅政期间，任刑部尚书。一六六八年，授任国史院大学士。
划一满汉官员品级四大臣辅政时，改变顺治时制度，汉官品级低于满官，以实行抑汉方针。一六七○年三月，康熙帝又依顺治十五年定制，将满汉大学士、尚书至各部员外郎的品级划一，实际上是提高了汉官的地位。
颁布圣谕 康熙帝亲政后，即讲读《周易》、《尚书》等儒家经典，研习道学。一六七○年十月，诏谕礼部，“朕惟至治之世，不以法令为亟，而以教化为先”，“今欲法古帝王，尚德缓刑，化民成俗”，举出十六件大事，令文武官员督率实行。（一）敦孝弟以重人伦；（二）笃宗族以昭雍睦；（三）和乡党以息争讼；（四）重农桑以足民食；（五）尚节俭以惜财用；（六）隆学校以端士习；（七）黜异端以崇正学（道学）；（八）讲法律以儆愚顽；（九）明礼让以厚风俗；（十）务本业以定民志；（十一）训子弟以禁非为；（十二）息诬告以全良善；（十三）诫窝逃以免株连；（十四）完钱粮以省催科；（十五）联保甲以弭盗贼；（十六）解仇忿以重身命。礼部题奏，称为“圣谕十六条”，“通行晓谕八旗并直隶各省府州县乡村人等，切实遵行”。（《圣祖实录》卷三十四）这所谓“圣谕十六条”似不免空泛，但都是针对当时混乱的社会秩序，有所为而发。贯穿于十六条的中心思想则是维护汉族封建制的儒家学说，主要是程朱道学。十六条的颁布，无异宣布了康熙帝的执政纲领。后来雍正帝加以发挥解释，成为“圣谕广训”，对清朝一代政治有深远的影响。
回乡祭祖 康熙帝生长汉地，不习满族旧俗，也从未到过故乡辽东。他确定了继承汉族封建制的施政纲领后，还必须尊重满族的传统，以获得满族故老的支持。
一六七一年九月，康熙帝以国家一统，祭告太祖太宗为名，回盛京祭祖。沿途接纳蒙古亲王朝见。至盛京城外，祭太祖太宗陵。巡视盛京内外城地，年老及鳏寡孤独者都赏赐银两。祭祀之后，召见盛京将军及现任解任文武大小官员赐宴。八十以上老人至帝前赐饮。又召见披甲被伤老病退甲闲散四百余人，各赐银两。另发银二万两赏给宁古塔兵丁。康熙帝又谕户、刑等部侍郎，说“奉天系祖宗发祥重地。奉天府、宁古塔等处，除十恶死罪不赦外，凡已结未结死罪，俱著减等。其军流徒杖等俱着宽释。自山海关至奉天府所属地方，康熙十年、十一年分，正项钱粮俱著豁免。”（《圣祖实录》卷三十六）康熙帝通过回乡祭祖，成功地争取到辽东地区未迁入关的满族故老的拥戴。十月，启程回京，临行前又谕宁古塔将军，对赫哲、费雅喀（飞牙喀）族“广布教化”。
编修典制 康熙帝制定施政方针后，还必须修订各项具体的法令制度，才能付诸实行。一六七○年五月，采纳江南道御史张所志的建策，开始编修《会典》，以确定各项制度。令各部院衙门将太祖、太宗、世祖时定例及现行事宜查明送内院纂修。一六七三年六月，禁止八旗包衣佐领下奴隶随主殉葬，进一步削弱了八旗奴隶制的残余。
康熙帝在除鳌拜后的三、四年间，采取多种措施，使得辅政时期激化了的各种矛盾得到一些缓和。当康熙帝还没有来得及进一步订立制度时，一六七三年爆发了吴三桂为首的“三藩”反清战争，迫使清朝不得不以全力来对付这场声势浩大的战乱。
（三）“三藩”反清的失败与台湾郑氏的降附 一六七三年十一月，镇守云南的平西王吴三桂拥兵反清，贵州、四川、广东、广西、福建、陕西、甘肃等地的汉人将官相继起兵响应，连续攻入湖南、江西、浙江等省，形成延续八年之久的规模浩大的反清战争。据守台湾的郑经也在福建沿海各地继续与清兵激战。亲政不久的康熙帝，面临着严重的威胁。
一、“撤藩”与战乱的发动 一六四四年，吴三桂引清兵入关，受封为平西王。一六四九年，孔有德、耿仲明、尚可喜等分别领兵南下作战，加封王号。孔有德驻守广西，封定南王，一六五二年死于桂林。子孔廷训袭封，被李定国部俘获处死。耿仲明领兵入广东，封靖南王，子继茂、孙精忠袭封王号，一六六○年移驻福建。尚可喜驻守广东，为平南王。这些辽东降将加封王号，不同于一般的汉人将领，成为镇守一方的军阀，子孙世袭王爵。他们率领的军队，也不同于一般的汉人军兵，而成为藩王的私属。虽然不隶属于满洲八旗，但按照汉军八旗的规定编制，可与汉军旗一样地圈占土地给与士兵。顺治帝与多尔衮以封王的办法，利用汉族降将去镇压抗清的农民军和南明军，取得了很大的成功。他们作战得胜即可占据一方，因而尽力为清朝去消灭敌人。但康熙帝即位，除台湾以外的南明军已被消灭后，这些军阀与清朝的矛盾便逐渐尖锐了。
军阀中权势最大、兵力最强的藩王，是一六六二年以来镇守云南的吴三桂。四大臣辅政实行排汉政策，免去吴三桂节制云贵督抚的事权，并拟裁减云南绿旗兵（吴三桂招降的汉兵）五分之二。吴三桂的行政权被削夺，兵权也将被削弱，他和清朝的矛盾日益加深。
一六七三年三月，镇守广东的平南王尚可喜奏请返回辽东养老，以子尚之信承袭王爵驻粤。康熙帝命吏部议复：“查藩王现存，子无移袭之例，应无庸议。”议政王大臣等议奏称：“今粤省已经底定，既议迁移，似应将该藩家属兵丁，均行议迁。惟广东左右两营绿旗官兵，仍留该省。”这实际上是撤销了尚氏的藩封，迁返辽东。清廷撤藩令下，吴三桂与耿精忠两藩王不能不上疏请撤。七月间，吴三桂上疏说，身在崖疆已十六年，“今闻平南王尚可喜有陈请之疏，已蒙恩鉴，准撤全藩。仰恃鸿慈，冒干天听，请撤安插”。耿精忠也上疏说：“近见平南王尚可喜乞归一疏，已奉谕旨。伏念臣部下官兵，南征二十余年，仰恳皇仁，撤回安插”。吴耿两王上疏，显然是迫于形势，仍望清廷予以慰留。康熙帝交议政王大臣等会议：称“福建今已底定”，“靖南王既请自福建迁移，应将王本身并标下十五佐领官兵家口，均行迁移”。但对吴三桂的请撤，诸王大臣议论不同，拟两议上奏。一议主张撤云南藩，吴三桂及所属官兵迁移至山海关外。一议主张仍令吴三桂镇守云南。大臣中以索额图、图海为首，多主后议。明珠及刑部尚书莫洛、户部尚书米思翰等主前议。康熙帝因吴三桂“所奏情词恳切”，决定准予撤藩，迁移关外，谕户部对所需房屋田地等项预为料理。派遣礼部侍郎折尔肯、翰林院学士傅达礼持诏书前往云南，召吴三桂北上。
顺治时南下作战的满洲诸王贵族，在战事平定后相继北返，本是常理。但对吴三桂来说，康熙帝的仓促决定则是剥夺了他在云南的王权，撤销了藩封。吴三桂接到诏书，完全出乎意外，决定起兵反清。部下诸人议论不同。吴三桂的亲信刘茂遐以为，“明亡未久，人心思旧”，如果扶立明室后裔东征，老臣宿将必将愿为前驱。方光琛以为，吴三桂若起兵反清拥明，以前出关向清乞师，还可以自解，擒杀明永历帝便无法解释。刘、方两人各自说出了事情的一面。吴三桂起兵反清，将会得到降清明将的响应。但以拥明为号召，便与吴三桂一贯的行径格格不入，难以自圆。吴三桂降清以来，始终效忠于清朝，与南明为敌，直到擒杀南明桂王父子，从无拥明反清的打算，而只满足于世守云南，割据称藩。撤藩事起，吴三桂仓促起兵，显然只是由于权力受到削弱，但仍然不能不以拥明为借口。十一月二十一日，吴三桂杀死云南巡抚朱国治，发布檄文，诡称拥戴传说中的明宗室朱三太子，兴明讨清。自称“原镇守山海关总兵官、今奉旨总统天下水陆大师、兴明讨虏（清）大将军。”檄文说：他引清兵入关，是因为看到李自成进京，崇祯帝自杀，“不得已歃血订盟，许虏（清）封藩，暂借夷兵十万，身为前驱，斩将入关。”后见清朝建都北京，“方知拒虎进狼之非，莫挽抱薪救火之误”。“以故避居穷壤养晦待时，选将练兵，密图恢复”。吴三桂的这些辩解，自是违背事实的遁词，是没有多少说服力的。但是，他在檄中指责清廷，“道义之儒悉处下僚，斗筲之辈咸居显职。君昏臣暗，吏酷官贪”，声称将在甲寅年（一六七四年）正月元旦推奉朱三太子称帝，建年号周启，并已移会耿精忠和郑经，调兵三百六十万，直捣燕山（《华夷变态》卷二）。这些措施在当时的汉人官员将领中，仍然很足以鼓动人心。
吴三桂的反讯传到京师，康熙帝和朝中大臣也是完全出乎意外，难于举措。索额图以为吴三桂之反，是撤藩而引起，主张将建议撤藩的大臣处死。康熙帝不准此议，但急命停止广东、福建两王的“撤藩”令，以防止战乱的蔓延。定南王孔有德之子被李定国处死后，孔有德婿孙延龄曾请求继承王爵，清廷不准。吴三桂乱起，康熙帝即命孙延龄为抚蛮大将军，统率定南王藩下四部。康熙帝发布诏书，谴责吴三桂“早年穷蹙来归，晋封王爵”，“反复乱常，不忠、不孝、不义、不仁，为一时之叛首，实万世之罪魁”。吴三桂之子吴应熊原留京师为额驸，实际上是作为质子。康熙帝立即处死吴应熊及子世霖，以表示对吴三桂反乱的坚决镇压。
清朝得报，吴三桂起兵后，将向湖南进发。康熙帝立即派都统巴尔布率满兵三千由荆州往常德，都统珠满领兵三千由武昌往岳州。随后任命郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，统率八旗兵赴荆州阻击吴三桂部。命西安将军瓦尔喀率骑兵赴四川，武英殿大学士兼兵部尚书莫洛驻扎西安，经略陕西军事。吴三桂仓促起兵，清朝仓促应战。一场大战在双方都缺乏准备的情况下展开了。
二、反清战争的发展 吴三桂起兵后，即传檄各地，与汉族军将相联络。各地区的汉族将官，多是明朝旧臣，他们降清后，和清朝之间依然存在着严重的矛盾。四大臣辅政时期，鳌拜等排抑汉官打击文士的措施，必然要引起武官的不安，矛盾的激化并不限于藩王。吴三桂的发难，成为一个导火线。各地汉人官员将领，纷纷起兵响应。吴三桂的割据之战迅速发展成为大规模的反清战争。
贵州四川起兵一六七三年十一月吴三桂在云南起兵后，贵州提督李本深首先响应。巡抚曹吉申、总兵王永清降附。次年正月，四川巡抚罗森、提督郑蛟麟、总兵吴之茂、谭宏等响应吴三桂，起兵反清。西南云贵川三省不战而统于吴三桂的麾下。
进兵湖南江西——吴三桂控制西南后，即以主力进攻湖南。一六七四年二月，吴三桂派遣部下杨应宝进攻常德，原广东提督杨遇明在城内作内应，一举攻下常德。吴三桂婿夏国相进攻澧州，清守城官兵起兵响应。都统吴应麒进攻岳州，清守城参将李国栋迎降。清长沙巡抚卢震弃城逃走，副将黄正卿、参将陈武衡开长沙城迎吴三桂军。湖南长沙、常德、澧州、岳州全为吴三桂军占有。清湖北襄阳总兵杨来嘉也在襄阳起兵响应。清军统帅勒尔锦领兵到荆州，不敢渡江作战，坐失湖南。吴三桂亲到常德督战，由长沙进兵，攻取江西三十余城。
福州耿精忠起兵 吴三桂起兵反清，康熙帝急令追回对靖南王耿精忠的撤藩令，然而为时已晚，反势已成。一六七四年三月，耿精忠响应吴三桂起兵，在福州自称总统兵马大元帅，分兵进攻浙江和江西。东路由总兵曾养性率领攻打浙江的温州、台州。西路由总兵白显忠率领，攻入江西的广信、建昌、饶州。另一路由都统马九玉领兵出仙霞关，进攻金华和衢州。
广西孙延龄起兵——康熙帝安抚孙延龄，封为抚蛮将军，命他统领原属定南王的官兵，固守粤西。一六七四年二月，孙延龄自称安远大将军，起兵反清。吴三桂封他为临江王。清柳州提督马雄也起兵响应。广西全省都脱离了清朝的统治。
台湾郑经进军一六六二年郑成功死后，子郑经继承王位，据台湾，继续抗清。清朝几次遣使招降，郑经提出如琉球、朝鲜事例，清廷不允。吴三桂起兵移书郑经，协同进军。耿精忠也请郑经出兵援助，许以漳、泉二府。一六七四年四月初一日，郑经以南明桂王年号，称永历二十八年，发布檄文。内称：“令者，虏乱日甚，行事乖方，积恶已稔，天夺其魂，以致吴王倡义于滇南，耿王反正于闽中，平南、定南各怀观望，秦蜀楚越莫不骚动，人望恢复之心，家思执箠之遂”，说他将领兵百万，楼船数千，“征帆北指，则燕齐可捣，辽海可跨。旋麾南向，则吴越可掇，闽粤可联”。“所愿与同志之士，敦念故主之恩，上雪国家之仇，下救民生之祸。”（《华夷变态》卷二）郑经留长子克■守台湾，与诸将冯锡范等领兵渡海，入思明州（原中左所），取同安，进取泉州。耿精忠失约，不肯交出泉州，双方冲突，耿部守将溃去。郑经军入泉州。耿精忠部攻潮州，清潮州总兵刘进忠降郑经。郑经在思明州整顿军兵，确定税制，建成抗清的据点。
陕西王辅臣反清——陕西提督王辅臣原为吴三桂藩下总兵官。吴三桂起兵后致书联络，王辅臣将吴三桂的书札呈送清廷，因而取得信任。一六七四年八月，王辅臣率兵两千随从清大学士、兵部尚书莫洛自陕西向四川进军。十二月，途经宁羌，王辅臣袭杀莫洛，附吴三桂，领兵北走平凉。吴三桂封王辅臣为平远大将军，北攻陕甘。一六七五年二月，王辅臣攻占兰州。陕甘府州将官起兵响应。固原、秦州、巩昌、定边、靖边、临洮、庆阳、绥德、延安、花马池等地都为王辅臣所占有。
自一六七三年十一月吴三桂发难以来的一年多时间里，西北起自陕甘、东南至于台湾、福建到处燃起了反清的烈火。只有广东的尚可喜，在清朝停止撤藩后，上书效忠清朝，康熙帝晋封他为亲王，以保住广东。北方驻怀庆的河南、河北总兵蔡禄和江西南瑞总兵杨富准备起兵，被清朝发觉处死。一六七五年春季的形势是：反清的地区发展到云南、贵州、四川、广西、台湾的全部，福建、陕西、甘肃、湖南的大部，湖北、江西、浙江的一部，战争波及十一省，清朝失去了对大部分汉族地区的控制。与顺治时南下作战的情形不同，清朝在这场战争中从开始即处在被动的地位，面临的威胁是严重的。
三、清军的反攻 “撤藩”之议导致如此规模巨大的战乱，自是出于康熙帝意外，战争的发展如此迅猛，也是吴三桂始料所不及。面对各省汉将纷纷起兵的形势，吴三桂停留于封授虚衔，而没有能够及时组织协同作战，指挥全局。各地将官长期处于各自起兵各自为战的局面。人们向吴三桂建议迅速渡江北上直取金陵，扼守江淮，同时出兵四川，占据关中，与清朝争夺中原。吴三桂年高而望轻，自知不易得到广泛的拥戴，缺乏必胜的信心。他不肯轻易渡江远离云贵，仍然企望割据一方，裂土称王。吴三桂的犹豫不前，使清军获得了反攻的时机。
一六七四年夏，康熙帝派出满族诸王，领大兵南下，倾全力镇压战乱。多罗贝勒尚善为安远靖寇大将军攻岳州，安亲王岳乐为定远平寇大将军攻江西，简亲王喇布为扬威大将军镇守江南，多罗贝勒洞鄂为定西大将军，与莫洛合兵由陕攻川。康亲王杰书为奉命大将军、贝子傅喇塔为宁海将军，由浙江攻打福建。又命尚可喜节制广东官兵，攻打广西。一六七五年，清军制定的战略是，以主要兵力由江西袁州攻取长沙，占领湖南以控扼广西。由于王辅臣在陕甘起兵，迫使清朝不得不改变计划，在陕甘和江西、福建开辟两个战场，与王辅臣部、耿精忠部展开激战。
陕甘战场——一六七五年四、五月间，清军洞鄂部在甘肃与王辅臣部交战，王部在临洮、洮州、河州连续败阵。闰五月，清军夺回花马池和秦州，包围兰州。六月，王辅臣连续失绥德、兰州、巩昌、延安、定边诸城，被清军截断了与四川联络的通道。七月，王辅臣被围于平凉。九月，王部攻打固原，获胜。一六七六年二月，清廷又任命大学士图海为抚远大将军，指挥洞鄂部等陕西军马进攻。五月，败王辅臣于平凉城北，用大炮攻城。洞鄂进军陕甘时，清朝一面争取甘肃提督张勇协同作战，加封张勇为靖逆侯。一面又派出使臣向王辅臣招降。康熙帝在诏谕中甚至说王辅臣杀莫洛，是由于莫洛“心怀私隙”，“朕之知人未明”，“咎在朕躬，于尔何罪”。清军围攻平凉，再次颁布诏书，赦免城内官兵。六月，王辅臣开城降清。清廷赦王辅臣罪，复原官，加太子太保，随图海驻军汉中。陕西地区的反清战争失败了。
浙赣闽战场——清军杰书与岳乐两路分别向浙江和江西进军，直取福建，向耿精忠军展开攻击。清军仍然是“剿抚并用”，在进军途中招降。一六七五年四月，岳乐在江西招抚官兵五万多人。五月，败耿军于长兴，占领建昌。闰五月，耿精忠部反击，攻取饶州，被清军夺回。六月，江西清军夺取石峡，被耿精忠部击败。清军署副都统雅僰战死。七月，岳乐军占领江西浮梁、乐平、宜黄、崇仁等县，招降官兵六万余人。八月，浙江战场上，傅喇塔军攻占黄岩，耿精忠部将曾养性败逃。十月，清军进取温州，攻占太平、乐清等县。
一六七五年初，耿精忠与郑经互相通使，协同对清作战。十一月，郑经出兵攻陷漳州，斩清澄海公黄芳度，又取兴化、汀州。十二月郑经水军进攻温州，清水师提督常进功等自定海关出海抵御。一六七六年三月，杰书遣傅喇塔等进军温州。耿精忠部将曾养性等率兵来战，被清军击败。
六月，耿精忠部耿继善弃建昌。八月，杰书遣都统赖塔等攻衢州，耿部马九玉败逃。九月，清杰书部傅喇塔、李之芳等追击马九玉，入仙霞关。耿部金应虎降。十月，杰书抵延平。耿精忠穷蹙，遣子耿显祚去清军请降。杰书军进驻福州。耿精忠开城迎降。清军命他随军攻打郑经。曾养性也在温州降清。
十一月，郑经遣部将许辉进攻福州，在乌龙江设营。清军渡江激战，郑经部败走，清军进取兴、泉、汀、漳四州。一六七七年二月，郑经军战败，弃漳州返厦门。福建又为清军占领。
广西战场——孙延龄据广西起兵，与孔有德旧将驻守南宁的线国安不和。线国安病死，孙延龄自称安远王。清廷派官招抚。一六七六年冬，孙延龄部将原庆阳知府傅弘烈劝孙延龄降清。孙妻孔四贞（孔有德女）也向孙延龄劝降。孙延龄遣傅弘烈去江西迎清兵。吴三桂侦知，派从孙吴世琮领兵进攻桂林，杀孙延龄，吴世琮留部将李廷栋守桂林。孙延龄部下刘彦明等杀李廷栋，与线国安子线成仁等降清。孔四贞到北京投降。驻守柳州的马雄，降清后不久，再度起兵攻南康，败走。马雄病死，子马承荫降清。
广东战场——广东藩王尚可喜效忠清朝，得保王封，请以次子尚之孝承袭王爵，长子尚之信不服，父子间由此不和。一六七六年春，吴三桂部自湖南出兵，攻打广东肇庆。尚之信乘机幽禁尚可喜，举兵附吴三桂反清。清总督金光祖、巡抚佟养钜等随尚之信反。吴三桂授尚之信招讨大将军，辅德亲王。清军在福建、广西获胜。十二月，尚之信又遣使向移驻南昌的清简亲王喇布行营请降。清朝命他立功自效。号为“三藩”之一的尚之信，只是由于争夺王位，在吴三桂发动的反清战争已转入低潮时才铤而走险。几个月后便又向清朝投降，在整个战争中处于无足轻重的地位。
一六七六年冬到次年春，整个战争形势发生了急剧的转变。王辅臣、耿精忠、孙延龄相继降清，郑经败走。吴三桂日益孤立了。
四、反清战争的失败 吴三桂攻占湖南后，主力军一直在湖南镇守。一六七五年清军来攻，两方互有胜负。岳乐军屡攻长沙、萍乡，均不能下。湖南吴三桂军仍是善战的劲旅。一六七六年春，吴三桂兵入广东，尚之信起兵响应。吴三桂另派部将韩大任攻下吉安。清岳乐军攻下萍乡，再攻长沙。吴三桂婿胡国柱紧守长沙。吴三桂自松滋移驻岳麓山声援。韩大任夺回萍乡，截断清军后路。康熙帝命喇布自江西出兵援岳乐军，进至吉安，战败。陕甘王辅臣降清后，康熙帝调遣攻打陕西的穆占军南下荆州，专力攻打湖南。一六七七年初，穆占与岳乐军夹攻长沙。长沙尚未攻下，韩大任先在吉安逃走。吴三桂自岳麓山移驻衡州，出兵广西，杀孙延龄，企图打开通路，由于孔四贞等降清受到阻遏。一六七八年初，岳乐军攻下平江、湘阴，在湘潭招降吴三桂水师将军林兴珠，命为建义将军。清穆占军连续攻下永兴、郴州、桂阳等十三城。喇布军进击韩大任，至宁都，韩大任败走，向福建清军投降。吴三桂部将马宝、胡国柱等攻打永兴，清军都统宜理布、护军统领哈克山败死。穆占领兵坚守。
这年，吴三桂已是六十七岁，起兵反清作战已有六年。战争形势逆转，部下劝他称帝封臣，以鼓舞士气。三月一日，吴三桂在湖南衡州建号周国，自称周帝，建年号昭武，以衡州为定天府。部下诸将分封为国公、郡公、侯、伯。在云、贵、川和湖南举行乡试，考选士人。吴三桂此举，反而抛弃了“兴明”的旗帜，在军事不利的情况下，在政治上也更加陷于孤立。明朝旧臣不再有人起来响应。吴三桂称帝不久，即卧病不起。八月，病死在衡州。吴三桂孙吴世璠（吴应熊子）自云南来奔丧，行至贵阳继位称帝，改年号洪化。到衡州迎柩回云南。吴世璠称帝，更无政治威望，败亡已不可免。但凭借吴氏在西南多年蓄积的兵力，仍与清朝坚持争战了三年之久。
清军在东南战场均获胜，又得吴三桂死讯，以为是反攻的大好时机。康熙帝急令各路军马分道出击，展开大规模的进攻。
湖南方面——湖南清军喇布部进军衡州，贝勒察尼授安远靖寇大将军，领兵猛攻岳州，配合水师乌船百艘，沙船四百三十八艘。根据林兴珠的建议：半泊君山，截常德粮道；半泊扁山、香炉峡、布袋口诸处，并沿九贵山驻扎绿营，断长沙、衡州的接应。清军几次出击，败吴军吴应麒部，派人招抚吴应麒部下官兵。吴军总兵陈华、李超降清。康熙十八年（一六七九年）正月，清军乘势攻克岳州，吴军陈珀等投降。荆州清军大举进攻澧州、常德、长沙。吴三桂的守城官兵，纷纷弃城逃走。清军占领长沙，肃清湖南，吴军退守贵阳。
广西方面——傅弘烈迎接清军进广东后，声称“广西全省便可一面当之”。清朝任命他为抚蛮将军、广西巡抚，募兵作战。他先后收复浔州、梧州等地，屡立战功。准备进军云贵，请求清朝派兵支援。清朝将军莽依图等畏缩不前，退兵梧州、德庆，傅弘烈孤军据守梧州。康熙十八年（一六七九年）正月，清廷命令莽依图与尚之信率军水陆并进，配合傅弘烈，大败吴世琮部，攻克桂林、南宁、收复广西。次年二月，马承荫（马雄子）又在柳州反，诱杀傅弘烈。六月，马承荫降清，被解送京师处死。
四川方面——一六七九年五月，宁夏提督赵良栋愿独当一面，进军四川。清朝也认为：当前各路敌人败退，据守险要，无需专恃骑兵，可用绿旗步兵之力。十月，康熙帝命赵良栋与甘肃提督张勇、平凉提督王进宝等进军四川，说：“自古汉人叛变，亦惟以汉兵剿平，彼时岂有满兵助战哉。”（《平定三逆方略》卷四十七）十一月，王进宝攻占汉中，十二月攻克保宁，吴军大将王屏藩自杀。清军乘胜占领顺庆，赵良栋收复略阳、成都，吴军将军以下官员百余人投降，又在建昌大败胡国柱。图海取兴安，湖广提督徐治都在巫山败杨来嘉，攻占夔州、重庆。清朝夺回四川。
云贵方面——云贵是吴三桂军的基地。清军夺取湖南、四川，即对云贵发动总攻。命贝子彰泰代替安亲王岳乐为定远平寇大将军，统率军队进攻云贵，总督蔡毓荣为绥远将军，率领绿旗兵从沅州出发，作为先头部队；王进宝留守四川，赵良栋为勇略将军兼云贵总督，从四川进军；赉塔为平南将军，从广西进军。康熙帝颁诏招抚吴军将领胡国柱、马宝、郭壮图、夏国相、吴应麒等人说：“尔等本系吴三桂藩下之人，曾受世职”，若即归顺，既往不究，“不特保全家口，亦可建立功名”。（《圣祖实录》卷八十五）
一六八○年十月，湖南清军先后攻克镇远、平越、贵阳，吴世璠、吴应麒等退军守云南。次年初，清军攻永宁州，吴世璠派兵二万出击，在北盘江西的江西坡列象阵，与清军决战，大败而归。广西清军从田州进攻西隆州、安笼所，在黄草坝与吴世璠军决战，冲破象阵，攻克曲靖，与湖南清军在嵩明会师。二月，清军进攻云南省城昆明，从归化寺到碧鸡关连营数十里。吴世璠派兵袭沪、叙，但不能牵制清军，扭转战局。云南各地文武官员，先后投降清朝，吴世璠在昆明困守孤城。九月，赵良栋带兵从四川赶到昆明，主张大举攻城，迅速结束战争。他说：“我等大兵，连营四布，不就近速战，迨至日久，米粮不继。满兵无妨，绿旗兵何以存立耶？”赵良栋带领标兵，夺取得胜桥。彰泰进军围城，在归化寺大败吴军。守城将领线域策划逮捕吴世璠降清，吴世璠、郭壮图自杀，十二月十九日线域开城投降。吴三桂发动的反清战争彻底失败了。
清军进军广西时，多次调令尚之信出兵参战，尚之信不听调遣。巡抚金儁与都统王国栋等上疏劾尚之信“犹有异志”，密谋杀之信。康熙帝下诏逮捕尚之信审讯。一六八○年七月间被处死。耿精忠降清后，部下参领徐鸿弼告耿精忠尚蓄逆谋。杰书请斩耿精忠。康熙帝以为，各地军兵正在受抚投降，不宜骤诛精忠，宜令自请来京师，以便妥贴处置。一六八○年，耿精忠到京师入觐，康熙帝令法司拘捕审讯。一六八一年吴世璠败后，次年，将耿精忠及部将曾养性等并处死。
自一六七三年吴三桂起兵以来，战争先后延续了八年之久，波及十几个省区，清朝丧失莫洛以下将领多人，调动的绿旗兵即有四十万众。各地区连年战乱，民不聊生。清朝遭受的打击是沉重的。战争的发展，基于明朝旧将与清朝的矛盾。但战争的发难者吴三桂并无任何政治威望。他的仓促起兵只是由于藩王地位不保，意在割据称王，也并无远大的计划。各地将官分散作战，既缺乏清朝那样的严密的军事政治组织，又缺乏胜任的领导者，失败是不可免的。但是，清朝赢得这场战争，也并非轻而易举。康熙帝并不讳言这场战争的艰难，说“劳师动众，兵民困苦已极。若以为摧枯拉朽，容易成功，则辞过其实。”（《清圣祖实录》卷九十九）战争过后，康熙帝命行告祭礼，与民更始。群臣请上尊号，以彰皇帝功德。康熙帝不允，说当初朕决意撤藩，以致吴三桂背叛。现在幸得歼灭。倘再延数年，朕决意迁撤之举，将何以自解？又说：“不图吴三桂背恩反叛，天下骚动，伪檄一传，四方响应。八年之间，兵民交困”，“议事之人，至今尚多，试问当日曾有言吴三桂必反者否？”（《圣祖实录》卷九十九）清朝平乱得胜之后，康熙帝仍然认为战乱的爆发原来出乎意料，对当年仓促撤藩犹存悔意。昭梿《啸亭杂录》记此事说康熙帝预见吴三桂必反，故先发制之，显然并不可信。但是，这场意外的长期战乱，却也使清朝经受了严峻的考验。年轻的康熙帝亲政不久，即领导了这场艰难的大战，并且终于取得了胜利。这使他在满汉臣僚中的威望大为提高。康熙帝的统治更加巩固了。
五、台湾郑氏的降附 一六七七年冬，郑经退守厦门。次年又连续出兵攻占沿海十余城堡。一六七九年又派部将刘国轩等人分路进军，六月攻占海澄，消灭清军三万余人，并占领长泰、同安、惠安、平和等县。刘国轩领兵围漳州，遣别部围泉州，与清军相持。一六八○年三月，清军聚水师来攻，刘国轩退走厦门。清军攻下厦门，郑经率师退回台湾。次年正月，在台湾病死，年三十九岁。郑经继承父志，奉南明永历年号，是南明将领中坚持抗清的最后一人。郑经死后，后嗣又起纠纷。长子郑克■被侍卫冯锡范等杀死，立次子克塽袭延平王。清朝得郑经死讯，六月间即分派绿旗舟师，规取澎湖、台湾。福建总督姚启圣与内阁学士李光地奏请起用施琅，攻取台湾。施琅原是郑成功的部将，于一六五一年（顺治八年）降清，官至福建水师提督。一六六七年调京师任内大臣。康熙帝对施琅进行了长期的考察，一六八一年十月，再次起用他为福建水师提督，协同进取。一六八二年，户部尚书梁清标疏请缓征台湾。施琅奏称：“臣于水师营中，简选精兵二万余，战船三百艘，已足破灭海寇。请令督抚趣办粮饷给臣军，而独任臣以讨贼”（《圣祖实录》卷一○五）。台湾刘国轩率二万人踞守澎湖，沿岸筑短墙，置腰铳，环二十余里为壁垒。一六八三年六月，施琅率领战船出征，百船分列东西，自督五十六船分八队进兵。经过海上激战，全歼郑氏水师，占领澎湖，刘国轩败走台湾。七月，康熙帝下令招抚台湾军民，如能投诚，既往不咎，“仍从优议叙，加恩安插，务令得所。”（《圣祖实录》卷一一一）台湾掌握兵权的刘国轩“率先”倡议降清，得到冯锡范等人附议，于是遣使议降。郑克■在降表中说：“昔也威未见德，无怪鸟骇于虞机；今者误已知迷，敢后麟游于仁圃。”（江日昇《台湾外记》卷十）八月，施琅统兵入鹿耳门，进驻台湾。郑克■剃发出迎，交出延平王金印。郑克■等往北京朝见，受封为公爵，刘国轩、冯锡范为伯爵，俱隶上三旗。
一六八三年底，康熙帝遣侍郎苏拜等至福建，与督抚议善后事宜。有人主张迁其人，弃其地。施琅上疏反对说：“台湾一地，虽属外岛，实关四省（江、浙、闽、粤）之要害”。“断断乎其不可弃。”倘若外国乘机占据，“沿海诸省，断难晏然无虞”。（施琅《靖海纪事》下卷《恭陈台湾弃留疏》）康熙帝与议政王大臣等反复商议，决定在台湾设府，由福建省管辖。台湾府下设台湾、诸罗、凤山三县，派兵驻守。郑成功父子在台湾经营二十二年，开发农田，开展海外贸易，台湾经济得到发展。此后，台湾府归于清朝统治，直属于福建。
（四）汉人文士的任用与康熙帝南巡 康熙帝除鳌拜后，即锐意改变辅政时期的排汉政策，以消除满汉官员间日益严重的矛盾。但由于仓促撤藩而导致了矛盾的大爆发，形成八年的战乱。康熙帝从吴三桂发动的战乱中得到的经验是：必须争取汉人特别是江南汉人的支持，才能以巩固清朝的统治。战争后期和战争之后，康熙帝多方面招任汉人官员文士。江南士人经由各种途径，大批进入清朝政权，侪于统治集团的行列。
征招博学鸿儒康熙十七年（一六七八年）正月，康熙帝对吴三桂作战取得决定性胜利时，颁发诏书，征招“博学鸿儒”，令在京官员和各省督抚举荐有声望的儒生文士来京。次年（己未年）三月，各地荐举的文士一百四十三人，在体仁殿考试词赋，后世称为“己未词科”。应试前先由康熙帝赐宴，给卷作诗二十韵。取名士彭孙遹、朱彝尊、汤斌、汪琬等五十余人（一等二十人，二等三十人），俱入翰林院。原已有官品者授侍读、侍讲，曾中进士者授编修，生员以上授检讨。被举荐到京没有入试的，也授职放还。考试不完卷者也予入等。取录的五十名中，顺天直隶人六名、山东、河南、陕西各一名，其余均为江南（包括浙江、江西）名士。入翰林院的文士俱受命纂修明史。这次“博学鸿儒”科，显然不同于一般的科举考试，而是旨在招揽南方士人，以消除反抗力量。己未开科正是吴三桂称帝病死的第二年。吴三桂建号周国，放下了兴明的旗帜。康熙帝招揽儒士，纂修明史，以表明继承明朝的正统，江南文士越来越多地投服于清朝。
康熙帝南巡 台湾郑氏降附，战争全部结束之后，一六八四年康熙帝亲自到山东和江南巡视，称为“南巡”。九月，诏谕户部说：“朕此番巡历，原以抚恤编氓，问俗观风。”这所谓“问俗观风”，即了解江南的风土人情，“抚恤编氓”则是此行的政治目的，即安抚南方的汉族人民。康熙帝在九月末出行，十月至济南。孔子后裔衍圣公孔毓圻率子孙迎驾。至泰安州，登泰山，祭东岳庙。康熙帝手书“普照乾坤”四字，在孔子登泰山而小天下处建亭悬额。经宿迁至桃源县。巡视黄河北岸治河工程。再由水路经淮安、高邮、扬州至镇江，登金山、焦山。过常州，无锡至苏州府城。苏州是明代著名的繁华城市。康熙帝对侍臣说：“向闻吴闾繁盛，今观其风土，大略尚虚华，安佚乐，逐末者众，力田者寡。”所谓“逐末”当指工商业的繁盛，为北方所不及。十一月初，康熙帝至江宁府城。遣内阁学士席尔达祭明太祖陵，并亲自往明太祖陵拜奠。诏谕江南、江西总督、江苏巡抚说：“明太祖天资英武，敷政仁明，芟刈群雄，混一区宇，肇造基业，功德并隆”，令地方各官对明陵不时巡察，守陵人用心防护，不准附近旗丁居民践踏。每年举行春秋二祭，“以副朕崇重古帝王陵寝之至意”（《圣祖实录》卷一一七）。康熙帝自江宁回銮，归途在曲阜停留，祭孔子庙，行三跪九叩礼，自制祝文说：“先师德侔元化，圣集大成，开万世之文明，树百王之仪范”（同上书）。又亲书“万世师表”匾额，悬挂于大成殿上。康熙帝祭明太祖陵，以示崇重前朝，旨在消除明遗民的敌对情绪。祭孔子庙，以示对汉文化的尊重，旨在争取汉民众的拥戴。康熙帝巡行沿途需用之物，均由内务府供备，不取民间，不准地方官员借端妄派。褒奖江宁知府于成龙为官廉洁，擢任安徽按察使。斥责漕运总督满人邵甘居官不谨，令至京候旨。康熙帝的这些举动，为缓和满汉之间的矛盾取得了一定的成效。
汉人文士的倚用康熙帝在战乱的年代，锐意任用汉人文士。熊赐履以翰林院掌院学士进为经筵讲官，为康熙帝讲儒学。吴三桂乱起后，一六七五年，超授熊赐履为武英殿大学士兼刑部尚书。次年因票拟错误夺官。一六八四年，康熙帝南巡至江宁召见熊赐履，一六八八年又起用为礼部尚书。顺治时的老儒魏象枢，一六七四年官至户部侍郎，一六七八年授左都御史。博学鸿儒考试一等的汤斌（河南睢州人）授翰林院侍讲，一六八一年任日讲起居注官，转侍郎，次年为《明史》总裁官，一六八四年擢任内阁学士，出任江宁巡抚，在江宁迎接康熙帝南巡。在此前后，康熙帝还先后擢任徐乾学、徐元文、王鸿绪、韩菼翁、叔元、彭孙遹等江南名士入内阁或翰林院。他们都曾在顺冶十八年的“江南奏销案”中被褫革削籍。此时或任内阁学士、或授侍郎、尚书，参预朝政。一六八五年，康熙帝召试翰林院、詹事府（原为太子东宫属官，顺治时裁撤，康熙十四年复置，掌经史文章之事）等文臣，徐乾学考试第一，韩菼第二，受诏褒奖。徐乾学擢任内阁学士（例推巡抚），名振一时。
康熙帝自幼习汉文化，战争期间仍不断研读儒家经书，命内阁、翰林院文臣充日讲官。康熙帝也自己讲解朱熹注，与讲官议论。一六七七年，他自著《日讲四书讲义序》，说“万世道统之传，即万世治统之所系也，”“道统在是，治统亦在是”。显然，康熙帝研习儒学，目的在于了解汉人的统治方法，充任日讲官的文臣也参与议论政事。皇宫乾清门右阶下设南书房，选择文臣入值，日侍皇帝左右。翰林院侍读学士、江南桐城人张英受命入值，赐第西安门内。文臣得居禁城之内，为前此所未有。大臣明珠举荐浙江钱塘文士高士奇为詹事府录事，迁内阁中书，也赐居西安门内入值。入值南书房的文臣不仅为康熙帝日讲经书，议论诗文，而且备康熙帝顾问，代拟密谕。康熙十七年闰三月，奉召入值的翰林院掌院学士陈廷敬（山西泽州人）记他的见闻说：“张君敦复（张英字），一日之中恒在上前，暂退辄复宣召。或当食吐哺，疾趋宫门。漏下十许刻乃归。日夜无暇晷矣。窃计敦复立朝之日多，家食之日少。”（《午亭文集》卷三八）张英、高士奇实际上成为康熙帝倚信的左右手，参预政议。徐乾学擢任内阁学士，也入值南书房，为康熙帝所倚用。吴三桂乱后，汉人武将反清遭到失败，汉人文臣却在此时进入了统治集团的核心。康熙帝利用传统的儒术去征服汉族的臣民，汉族的封建文化也在征服满族的康熙帝。
（一）四大臣辅政 索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四大臣，都不是满族宗室亲王。他们受命辅政，佐皇帝执掌国政，这在清太祖、太宗的旧制中也是没有过的。辅政大臣索尼，赫舍里氏，满洲正黄旗。苏克萨哈，纳喇氏，满洲正白旗。遏必隆，钮祜禄氏，鳌拜，瓜尔佳氏，两人俱隶满洲镶黄旗。上三旗的四大臣在顺治帝亲政后，已相继擢任议政大臣，或兼领侍卫内大臣（统率侍卫亲军，翊卫扈从），控制了议政王大臣会议。顺治帝死后，索尼等向满洲诸王贝勒说：“今主上遗诏，命我四人辅佐冲主。从来国家政务，惟宗室协理。索尼等皆异姓臣子，何能综理。今宜与诸王贝勒等共任之。”诸王回答说：“诏旨甚明，谁敢干预。四大臣其勿让。”顺治帝死后，四大臣由控制议政会议进而掌握了朝政。
四大臣中，索尼年最长，位最尊。一六六五年（康熙四年），索尼孙女被立为皇后，索尼一家成为显赫的贵戚。鳌拜恃有战功，结党擅权，遏必隆依附鳌拜。苏克萨哈原为多尔衮旧属，在政治上无一定的主张，且与索尼、鳌拜不和。索尼与鳌拜成为主要的决策者。自顺治十八年（一六六一年）至康熙六年（一六六七年）辅政时期，四大臣在仰法太祖、太宗的名义下，恢复了若干旧制。
一、恢复旧制 革除十三衙门顺治时设十三衙门，“遗诏”已列为一罪。一六六一年二月，四大臣辅政后即首先宣布革去十三衙门，“凡事皆遵太祖太宗时定制行，内官俱永不用。”（《圣祖实录》卷一）但实际上内廷仍用阉官，由内务府统领。
废内阁复三院一六六一年六月，废除内阁和翰林院，恢复太宗时旧制，仍设内三院。各设满汉大学士和满洲学士、汉军学士、汉学士。下诏说：“朕兹于一切政务，欲率循祖制，咸遵旧章。”内秘书院巴哈纳（满）、金之俊、胡世安为大学士，内国史院额色赫（满）、成克巩、卫周祚为大学士，内弘文院蒋赫德、李霨为大学士。汉大学士六员，以后有缺不再推补。定制为三员，即三院各一员。顺治时的汉军大学士范文程，已在一六五四年（顺治十一年）乞休，一六六六年（康熙五年）病死。洪承畴在康熙即位后乞致仕，一六六五年病死。
重定满汉官品级满汉官员品级，太宗时满官高于汉官。顺治时满汉划一。四大臣辅政时，恢复太宗时旧制，满大学士为正一品，汉大学士为正二品。满尚书正一品，汉尚书正二品。以下各级的满官品级均高于汉官。但汉军官员即辽东编入汉军旗的官员与“汉人”官员，一体升转，不再区别。
更换圈地 圈地是在汉族地区推行满族计丁授田制的措施。一六五三年（顺治十年）已诏令永行停止。多尔衮执政时，将镶黄旗应得之地拨与正白旗。一六六六年鳌拜提出镶黄旗圈地在右翼之末，不合八旗次序，当与正白旗的蓟州、遵化、迁安诸州县地交换，正白旗地不足者，另外圈占民地补足。鳌拜之议传出后，有关地区农民恐换耕地，多抛荒不耕，惊惶奔诉。鳌拜称旨：将镶黄旗涿州壮丁迁至顺义等县。正白旗通州以东大路北边地拨给镶黄旗。差员将正白旗满洲地，投充人地，皇庄地等丈量，秋收后酌议分拨。大学士兼户部尚书苏纳海（满洲正白旗人）、直隶总督朱昌祚、巡抚王登联等奉命经理。苏纳海上疏称地土分拨已久，且以前已有不再圈地的圣旨，请将鳌拜之议驳回。朱昌祚上疏清停圈换。王登联也密奏“旗地待换，民地待圈，皆抛弃不耕，”亟请停止。鳌拜大怒，将苏纳海及朱昌祚、王登联等处死。准户部拟议，镶黄旗迁出壮丁四万零六百名，拨地二十万三千晌，由蓟州、遵化、迁安三处正白旗地及民地、投充汉人地等拨给，不足者由延庆州民地拨补。正白旗迁出壮丁二万二千三百六十一名，拨地十一万一千八百零五晌，由玉田、丰润二县民地、汉人投充地、开垦地及永平等处汉人投充地中拨给。不足者由永平、滦州、乐亭、开平民地拨给。（《八旗通志》卷六十二）事实上正白旗与镶黄旗迁出的壮丁，并不是换到对方的田地，而是各自圈占了民地。所谓“圈换”，其实是在京畿地区恢复推行圈地制。继续占夺汉民土地。八旗人民也因迁移新地，弃业流离，造成极大的纷扰。鳌拜一举杀三大臣，康熙帝无法制止，鳌拜权势薰灼，不可一世了。
二、对农民军和抗清义军的镇压 夔东十三家的败灭四大臣辅政，继续镇压抗清的农民军。一六六三年（康熙二年）消灭了李自成军的余部李来亨、郝摇旗等领导的夔东十三家农民军。
李自成军余部在一六五○年，由高一功及李锦义子李来亨率领到达巴东的西山，与原在这里的郝摇旗、刘体纯部会师。郝摇旗、刘体纯等在西山与在郧西抗清的王光兴、王光昌等南明军联合，称为夔东十三家军。郝摇旗、刘体纯等据守荆巴大江以北，王光兴等据守大江以南，姚（一作摇）天动、黄龙领导的农民起义军与谭文、谭诣、谭宏领导的抗清队伍据守夔叙一带。十三家军公推刘体纯、王光兴总领军务。高一功在途中战死，李来亨率师来会，据守巴东的茅麓山，建立帅府。他们招徕流亡人民，开荒种地，训练部队，奉明东安王朱宗蒗为主，号召“勤王灭虏（清朝）”，给清朝以很大的威胁。一六五二年十一月，洪承畴奏报朝廷，“湖广南有孙可望抗拒，北有郝摇旗、一只虎（李锦诨号，这里指的是李来亨）屯聚。”一六五九年，清军大举进攻贵州、云南，刘体纯、李来亨、谭文等十六营。溯江而上，围攻重庆，震动整个四川，牵制了南进的清军。由于谭诣、谭宏杀害谭文降清，破坏了十三家军的作战计划。
一六六三年初，清廷调集陕西、湖北、四川省兵力，进攻夔东十三家军。陕西总督白如梅、提督王一正，进攻房竹一带，遭到郝摇旗的阻击；四川总督李国英进攻昌宁一带，遭到刘体纯、袁宗第的阻击；湖广总督张长庚、提督董学礼由彝陵进攻西山，遭到李来亨的阻击。秋季，战争逐渐集中在湖广郧襄西山一带。清军由楚、蜀两路夹攻，李来亨等退守山寨，清军无法前进。李来亨命战士剃发，夹杂在商贩中，混入清军兵营。李来亨从山寨出兵攻击，清军迎战，大营中忽立大旗，呼号起火，清兵溃败。张长庚的楚军退守彝陵，李国英的蜀军也被郝摇旗打退。八月，清廷任命穆里玛为靖西将军、图海为定西将军，又调西安将军傅喀禅，率领八旗兵围攻西山。十月，李来亨、郝摇旗等向四川巫山发动进攻，川督李国英乞兵增援。十二月二十三日，清军集中八旗主力攻击天池寨，与十三家军决战。刘体纯战败自杀，郝摇旗、袁宗第在黄草坪被俘牺牲，明东安王被擒。李来亨军三万人陷入敌人包围，在缺粮断水的情况下，坚持斗争。穆里玛、图海指挥八旗兵和三省绿营兵进攻茅麓山，攻破山寨。李来亨全家举火自焚，壮烈牺牲。自李自成退出北京以来，大顺农民军坚持抗清斗争近二十年。李来亨、郝摇旗失败牺牲，农民军被最后消灭了。
南明的覆亡 顺治一朝已经基本上消灭南明旗帜下的各地抗清义军。康熙帝即位时，只有遁居缅甸的南明永历帝（桂王）和金门岛上的鲁王两支残余势力。
南明永历帝逃往缅甸后，云南永昌的李定国、白文选军仍奉永历年号，曾多次出兵入缅。顺治帝死后，李定国、白文选连兵入缅，迎永历帝，与缅兵大战，不能进。这时，吴三桂称王云贵，与缅甸盟誓，许在边地贸易。一六六一年九月，吴三桂派兵入缅，追击永历帝。白文选降清。十二月，吴三桂驻兵缅境。缅甸献出永历帝。康熙元年（一六六二年）正月，吴三桂向清廷报捷。四月，在昆明将永历帝及皇子皇孙等处死。李定国闻讯，愤恨呕血而死。
鲁王原曾上表永历帝，得张煌言等拥戴。郑成功在顺治十八年（一六六一年）十二月去台湾，一六六二年五月在台湾病死。子郑经继承王位。张煌言曾企图联络郑经，再奉鲁王监国，未能实现。张煌言孤军困守临门，曾三次向寄居金门的鲁王上书。临门与金门的海上通路被清军截断，一六六二年九月，鲁王死在金门。次年十月，清靖南王耿继茂等领兵攻打厦门，邀荷兰夹板船邀击。郑经军败走，清军攻占厦门及金门岛。郑氏失厦门，兵力集中到台湾和澎湖岛上。张煌言孤军求进，一六六四年三月，与东蚶岛上的旧部阮春雷联合，结集战舰百余艘，停驻三都岛。清军来袭，损失惨重。张煌言率残部至舟山岛。六月，张煌言被迫解散队伍，逃往海上的悬嶴岛。七月，被清军察知，擒捕张煌言，押解至宁波，又转往杭州。解船行至钱塘江畔，一僧人向船中投掷纸条，上写：“此行莫作黄冠想，静听文山（文天祥）正气歌。”张煌言含笑赋诗作答，说：“生比鸿毛犹负国，死留碧血欲支天。”张煌言到杭州，严词拒绝清军的劝降。在狱中壁上写《采薇吟》一首，说：“予生则中华兮，死则大明；寸丹为重兮，七尺为轻。”在杭州被杀。
南明两王覆灭，李定国、张煌言相继败死，广大江南地区已全部入于清朝的统治。只有台湾郑氏还在继续抗清。
三、对江南地主士大夫的控制 四大臣辅政，对顺治朝新占领的江南地区的地主文人，继续实行严厉的控制，制造了一系列事件。
斩郑芝龙 郑芝龙降清后，子郑成功继续在福建抗清。一六五九年，郑成功领兵直抵长江，攻下镇江，进至南京城下。沿途汉人士民纷纷来附或持酒犒师。郑成功败退后，清朝追究迎附郑军的官民，处死、流徙达千余人，被称为“通海案”（清朝指郑成功为“海逆”）。一六六一年十月，辅政大臣斩郑芝龙及子世恩、世荫，依谋叛律，族诛郑氏二百余人。郑芝龙已降清十余年，与郑成功抗清并无干系。斩郑芝龙实际上是对汉人降官的一个威慑。
奏销案 一六六一年顺治帝死后，四大臣即谕吏部，责成各级官员，督催钱粮。“今后经管钱粮各官，不论大小，凡有拖欠参罚，俱一体停其升转，”“如限内拖欠钱粮不完，或应革职，或应降级处分。”（《圣祖实录》卷一）三月，制定直隶各省巡抚以下州县以上征催钱粮未完分数处分例。又谕户部：“近观直隶各省钱粮逋欠甚多，征比难完，率由绅衿藐法，抗粮不纳。地方官瞻徇情面，不尽法征比。嗣后著该督抚责令通府州县各官立行禁饬，严加稽察。如仍前抗粮，从重治罪。地方官不行察报，该督抚严察，一并题参重处。”（《圣祖实录》卷二）六月，江宁巡抚朱国治疏奏苏、松、常、镇四府抗欠钱粮文武绅士一万三千五百余人，衙役二百五十四名。刑部议现任官降二级调用，衿士褫革，衙役照赃治罪。褫革的绅士均交本处枷责鞭打。逮捕其中三千人械送刑部议处。次年五月始放还。江南地主拖欠钱粮，左右官府，自晚明以来已成惯例。这次严加处治，逼完钱粮。从江苏开始，安徽、浙江等地相继褫革缙绅。江南地主官员遭到沉重打击。一时名士如吴伟业、徐乾学、徐元文、翁叔元、韩爌等都被降调或革籍（学籍）。
明史案 一六六三年明史案起，江南的官员文士再次遭到镇压。这年，被罢免的原归安知县吴之荣，向满洲将军松魁告发：湖州富户庄廷■购得明朱国桢所著明史稿本，续补天启、崇祯两朝事，由庄廷■署名刊刻。其中对满洲多有斥责。松魁移交江苏巡抚朱昌祚（汉军镶白旗人）查处，庄廷■以重贿得免。删去指斥满洲语重刊。吴之荣又以原刊本上告。刑部查处此事。庄廷■已死，斩弟庄廷钺。礼部侍郎李令皙曾为明史作序，也被处死，四子均斩首。朱昌祚委罪于学官，得免（后在直隶总督任内被鳌拜处死，见前）。归安、乌程学官均处斩。由此牵连到湖州太守，以及参事办案、校刊及“购逆书”之人，被处死者七十余人，发边地充军者数百人。晚明以来，江南文士集会结社，议论朝政，成为风气。明清之际，鼓吹民族思想，抗清复明。清朝辅政大臣以明史案兴起大狱，旨在压制江南汉人的反满思想，控制文士的舆论，用意是显然的。
削弱吴三桂 吴三桂自顺治初年降清，引清兵入关。多尔衮许他“封以故土，晋为藩王”。多尔衮进驻北京，命吴三桂领兵南下，册封平西王，不曾进京参政。吴三桂连年领兵镇压李自成军及云贵南明军，一直效忠于清朝。总督军务的大学士洪承畴至云南视师，上疏请如元、明故事，以王公坐镇。吴三桂成为明沐英一样的镇守云南的藩王。一六六一年康熙帝即位后，吴三桂擒斩永历帝及皇子。次年，进封为亲王，兼领贵州。一六六三年二月，敕云贵两省总督、巡抚听从节制（敕书撰入“听王节制”语。见《圣祖实录》卷八）。两省官员均由吴三桂承制任免，号为“西选”。此后，吴三桂又出兵镇压贵州彝族安坤等的反清起义。一六六五年擒安坤。一六六七年五月，吴三桂请辞总管两省事务。辅政大臣乘机命吏部议复，称旨“应将该藩所管各项事务，照各省例，责令该督抚管理”，大小文官亦照各省例，由吏部题授（《圣祖实录》卷二十二）。这实际上是解除了吴三桂统管云贵两省的事权，只做领兵将军。所谓“藩王”的权力被削弱了。
（二）康熙帝亲政 四大臣辅政，恢复旧制，贬抑汉官，使得顺治时期一度缓和了的各种矛盾重又激化起来。一六六七年五月，吏部议复削夺吴三桂政柄的次日，即六月朔日，内弘文院侍读熊赐履遵旨条奏四事给康熙皇帝。一是“政事纷更而法制未定”。指责“急功喜事之人又从而意为更变。但知趋目前尺寸之利以便其私，而不知无穷之患，已潜滋暗伏于其中”，请求将国家制度详慎会议，勒成会典，颁示天下。二是“职业堕废而士气日靡”。指责“近见各衙门大小臣工，大率缄默依阿，绝少实心任事之人。甚至托老成慎重之名，以济尸位素餐之计。树议者谓之疏狂，任事者目为躁竞”，请求“申饬满汉诸臣，虔衷酌理，实意任事。是则曰是，非则曰非。汉官勿以阿附满官为工”。三是“学校废弛而文教日衰”。指出“学校为贤才之薮，教化之基，而学术事功之根底也。今者庠序之教，缺焉不讲。师道不立，经训不明”。请求“隆重师儒，兴起学校”。“非六经语孟之书不读，非濂洛关闽之学（宋代理学）不讲”。四是“风俗僭侈而礼制日废”。指出“今日风俗奢侈凌越，不可殚述。一裘而费中人之产，一宴而靡终岁之需”，“此饥之本、寒之源，而盗贼狱讼凶荒所由起也”，请求“皇上躬行节俭为天下先。自王公以及士庶，凡宫室车马衣服仆从，一切器用之属，俱立定经制，限以成数，颁示天下。”（《圣祖实录》卷二十二）熊赐履疏上，鳌拜大怒，以为是对他的指责，要对熊赐履从重治罪，赖康熙帝回护得免。
四大臣辅政时，索尼年老，鳌拜权势日盛。鳌拜弟穆里玛受命为靖西将军，镇压李来亨军有功，超授一等阿思哈尼哈番（世袭二品爵号），握有兵权。鳌拜兄弟与秘书院大学士班布尔善（太祖曾孙）、吏部尚书阿思哈、侍郎泰必图、兵部尚书噶褚哈、工部尚书济世、内秘书院学士吴格塞及鳌拜的子侄等结为一党，把持朝政。一六六七年，康熙帝已十四岁。三月间，索尼上疏请帝亲政。太皇太后不允。康熙帝留疏不发。六月，索尼病死。七月，康熙帝得太皇太后允准，宣诏亲政。清朝政局又开始了新的局面。
一、康熙帝亲政 康熙帝亲政，鳌拜等仍同辅政。索尼死后，班行章奏多出自鳌拜。康熙与鳌拜集团的冲突不可免了。
鳌拜杀苏克萨哈辅政大臣中，原属多尔衮正白旗的苏克萨哈素与鳌拜不和。一六六六年更换圈地之议更使两人的矛盾发展为公开的冲突。一六六七年七月，康熙帝亲政后，鳌拜继续专权。苏克萨哈即上疏请辞辅政，守先帝陵寝。康熙帝命议政王贝勒大臣会议具奏。和硕康亲王杰书与诸王大臣查处此案。鳌拜与班布尔善等诬谄苏克萨哈请辞即是“不愿归政”，列构二十四条罪状，以大逆论处。苏克萨哈与长子内大臣查克旦均应凌迟处死，余子六人、孙一人、侄二人皆处斩立决。家产籍没，妻孥并交内务府。旗人前锋统领白尔赫图、侍卫额尔德也处斩立决。此案上奏后，康熙帝知鳌拜怀怨构罪，不允所请。鳌拜强奏累日，迫使康熙帝同意改处苏克萨哈绞刑，其余如议。鳌拜除去他的政敌苏克萨哈后，权势更盛。康熙帝更加难以控制了。
康熙帝除鳖拜鳌拜以镶黄旗瓜尔佳氏而掌握朝政，得到了钮祜禄氏遏必隆的依附。这不仅使康熙帝难以实际亲政，而且也对整个爱新觉罗氏皇族构成了威胁。在满洲八旗的上三旗中，鳌拜、遏必隆仅能控制镶黄旗，与原属多尔衮的正白旗和皇室的正黄旗日益处在矛盾之中。鳌拜恢复旧制，贬抑汉官，当然更遭到汉人官员的反对。康熙帝亲政后，熊赐履于一六六八年迁秘书院侍读学士。再次上疏说：“朝政积习未祛，国计隐忧可虑”，请康熙帝接见儒臣，讲论“道术是非之辩，政事得失之由”。（《圣祖实录》卷二十七）鳌拜传旨诘问回奏，拟以“妄行冒奏”罪降二级调用。康熙帝命免予议处。熊赐履的奏疏反映汉族地主官员期待清朝实行儒学以维护封建统治的愿望，与鳌拜等的恢复旧制形成尖锐的对立。
鳌拜专权，威胁到皇族和皇帝，原来支持辅政四大臣的太皇太后转而支持康熙皇帝向鳌拜夺回政权。索尼第二子索额图（康熙皇后叔父）原领侍卫。康熙亲政后，一六六八年授任吏部侍郎。次年，自请解任，在皇帝左右效力，仍为一等侍卫，助康熙帝除鳌拜。一六六九年五月，康熙帝在鳌拜入见时，命侍卫将鳌拜逮捕，交议政王审问。亲王杰书等勘问鳌拜三十条罪状，议将鳌拜立斩，亲子兄弟斩首，妻及孙为奴，家产籍没。遏必隆依附鳌拜有罪状十二，议革职立绞。班布尔善附和鳌拜，结党行私，有罪状二十一，议革职立斩。康熙帝诏谕，念鳌拜“累朝效力年久”，“朕不忍加诛，姑从宽免死”，革职拘禁。鳌拜后死于狱中。遏必隆削职免罪。鳌拜一党的班布尔善、穆里玛、阿思哈、泰必图、噶褚哈、济世、吴格塞及鳌拜侄塞本特、纳莫均处死。康熙帝在太皇太后支持下，顺利地消除鳌拜党人，一举夺回了政权。所以，他后来说：“设无祖母太皇太后，断不能致有今日成立”（《圣祖实录》卷一三二）。
康熙帝统治的建立康熙帝从朝廷中清除鳌拜一党后，建立起新的统治。索额图是逮捕鳌拜的主要功臣。康熙帝任他为内国史院大学士兼佐领，佐理军政。又擢任熊赐履为国史院学士。康熙帝经常与他讨论治国之道，他建言：“臣观今日大势”，“根本之计在内地不在边疆，在朝廷不在四方”。“然求治甚急，将纷更丛脞，为弊滋甚，所讲欲速不达也。”（康熙《起居注》十一、十二年）熊赐履参预谋议，对康熙帝的影响是显然的。康熙亲政后，曾命弘文院学士明珠（满洲正黄旗人，纳喇氏）查阅淮扬河工。鳌拜败后，任明珠为刑部尚书，改都察院左都御史，充经筵讲官。四大臣辅政时，辽东汉人老臣范文程、洪承畴、宁完我等相继去世。鳌拜败后，康熙帝继续任用各部汉官，没有作太多的变动。一六七○年，因遏必隆无重大罪过，也恢复公爵，宿卫内廷。康熙夺回政柄，较快地建立了他的统治。
二、康熙帝的诸措施 康熙帝生母佟佳氏原为汉军旗人。康熙帝生于北京，自幼学习汉文化，于辽东满洲旧俗并非亲历，与那些出身奴隶主的老一辈满洲贵族，经历全然不同。自清太祖建国至康熙帝亲政已经过了半个世纪，辅佐康熙帝的满汉大臣，也多是清朝建国后才参预政事。康熙帝除鳌拜后，在索额图、熊赐履等人辅佐下，适应满汉官员的要求，采取了一系列新措施。
昭雪诸臣 康熙帝除鳌拜后，首先为遭到鳌拜迫害致死的诸王大臣平反昭雪，恢复爵位。一六六九年六月，诏谕吏部、兵部：“苏克萨哈虽系有罪，罪止本身，不至诛灭子孙后嗣，此皆鳌拜等与苏克萨哈不和，挟仇灭其子孙后嗣”，“白尔黑图等并无罪犯，因系族人，连坐诛戮”，命给还苏克萨哈、白尔黑图原官（《圣祖实录》卷三十）。两部查明此案内革职的文武官员，也复原官。七月，诏复大学士苏纳海、总督朱昌祚、巡抚王登联等原官，给予谥号。诸人之子承荫入国子监读书。
停止圈地 一六六九年六月间，康熙帝谕户部说：“满汉军民，原无异视，务俾各得其所，乃惬朕心。比年以来，复将民间房地圈给旗下，以致民生失业，衣食无资，流离困苦，深为可悯。自后圈占民间房地，永行停止。其今年所已圈者，悉令给还民间。”（《圣祖实录》卷三十）无地旗人，拔给古北等口外空地耕种。
恢复内阁 顺治时实行的内阁制，四大臣辅政时曾经废除，复行太宗时的内三院制。一六七○年八月，康熙帝又改革内三院制、恢复内阁和翰林院，均按顺治十五年旧制。内阁中和、保和、文华三殿设大学士。九月，以图海、巴泰为中和殿大学士兼吏部尚书，索额图、李霨为保和殿大学士兼户部尚书，杜立德、魏裔介为保和殿大学士兼礼部尚书，对喀纳为文华殿大学士兼工部尚书。熊赐履为翰林院掌院学士兼礼部侍郎。
图海，满洲正黄旗人，马佳氏。顺治时官至弘文院大学士，议政大臣。康熙帝即位，为满洲正黄旗都统，受命为定西将军镇压李来亨部。康熙亲政，复为弘文院大学士，是满洲贵族中较有声望的大臣。汉人李霨，直隶高阳人，顺治三年进士，一六五八年为秘书院大学士。四大臣辅政时，为弘文院大学士，对四大臣辅政有所匡正。杜立德，直隶宝坻人，顺治时历任工、兵、刑等部侍郎，一六五九年为刑部尚书。康熙即位，调户部、吏部。鳌拜败后，为国史院大学士。魏裔介，直隶柏乡人，顺治三年进士，官至左都御史。四大臣辅政时，进吏部尚书，拜秘书院大学士，居中调和异同，有所匡正，与熊赐履同为汉人中较有影响的大臣。对喀纳，满洲正黄旗人，钮祜禄氏。顺治时，官至刑部侍郎。四大臣辅政期间，任刑部尚书。一六六八年，授任国史院大学士。
划一满汉官员品级四大臣辅政时，改变顺治时制度，汉官品级低于满官，以实行抑汉方针。一六七○年三月，康熙帝又依顺治十五年定制，将满汉大学士、尚书至各部员外郎的品级划一，实际上是提高了汉官的地位。
颁布圣谕 康熙帝亲政后，即讲读《周易》、《尚书》等儒家经典，研习道学。一六七○年十月，诏谕礼部，“朕惟至治之世，不以法令为亟，而以教化为先”，“今欲法古帝王，尚德缓刑，化民成俗”，举出十六件大事，令文武官员督率实行。（一）敦孝弟以重人伦；（二）笃宗族以昭雍睦；（三）和乡党以息争讼；（四）重农桑以足民食；（五）尚节俭以惜财用；（六）隆学校以端士习；（七）黜异端以崇正学（道学）；（八）讲法律以儆愚顽；（九）明礼让以厚风俗；（十）务本业以定民志；（十一）训子弟以禁非为；（十二）息诬告以全良善；（十三）诫窝逃以免株连；（十四）完钱粮以省催科；（十五）联保甲以弭盗贼；（十六）解仇忿以重身命。礼部题奏，称为“圣谕十六条”，“通行晓谕八旗并直隶各省府州县乡村人等，切实遵行”。（《圣祖实录》卷三十四）这所谓“圣谕十六条”似不免空泛，但都是针对当时混乱的社会秩序，有所为而发。贯穿于十六条的中心思想则是维护汉族封建制的儒家学说，主要是程朱道学。十六条的颁布，无异宣布了康熙帝的执政纲领。后来雍正帝加以发挥解释，成为“圣谕广训”，对清朝一代政治有深远的影响。
回乡祭祖 康熙帝生长汉地，不习满族旧俗，也从未到过故乡辽东。他确定了继承汉族封建制的施政纲领后，还必须尊重满族的传统，以获得满族故老的支持。
一六七一年九月，康熙帝以国家一统，祭告太祖太宗为名，回盛京祭祖。沿途接纳蒙古亲王朝见。至盛京城外，祭太祖太宗陵。巡视盛京内外城地，年老及鳏寡孤独者都赏赐银两。祭祀之后，召见盛京将军及现任解任文武大小官员赐宴。八十以上老人至帝前赐饮。又召见披甲被伤老病退甲闲散四百余人，各赐银两。另发银二万两赏给宁古塔兵丁。康熙帝又谕户、刑等部侍郎，说“奉天系祖宗发祥重地。奉天府、宁古塔等处，除十恶死罪不赦外，凡已结未结死罪，俱著减等。其军流徒杖等俱着宽释。自山海关至奉天府所属地方，康熙十年、十一年分，正项钱粮俱著豁免。”（《圣祖实录》卷三十六）康熙帝通过回乡祭祖，成功地争取到辽东地区未迁入关的满族故老的拥戴。十月，启程回京，临行前又谕宁古塔将军，对赫哲、费雅喀（飞牙喀）族“广布教化”。
编修典制 康熙帝制定施政方针后，还必须修订各项具体的法令制度，才能付诸实行。一六七○年五月，采纳江南道御史张所志的建策，开始编修《会典》，以确定各项制度。令各部院衙门将太祖、太宗、世祖时定例及现行事宜查明送内院纂修。一六七三年六月，禁止八旗包衣佐领下奴隶随主殉葬，进一步削弱了八旗奴隶制的残余。
康熙帝在除鳌拜后的三、四年间，采取多种措施，使得辅政时期激化了的各种矛盾得到一些缓和。当康熙帝还没有来得及进一步订立制度时，一六七三年爆发了吴三桂为首的“三藩”反清战争，迫使清朝不得不以全力来对付这场声势浩大的战乱。
（三）“三藩”反清的失败与台湾郑氏的降附 一六七三年十一月，镇守云南的平西王吴三桂拥兵反清，贵州、四川、广东、广西、福建、陕西、甘肃等地的汉人将官相继起兵响应，连续攻入湖南、江西、浙江等省，形成延续八年之久的规模浩大的反清战争。据守台湾的郑经也在福建沿海各地继续与清兵激战。亲政不久的康熙帝，面临着严重的威胁。
一、“撤藩”与战乱的发动 一六四四年，吴三桂引清兵入关，受封为平西王。一六四九年，孔有德、耿仲明、尚可喜等分别领兵南下作战，加封王号。孔有德驻守广西，封定南王，一六五二年死于桂林。子孔廷训袭封，被李定国部俘获处死。耿仲明领兵入广东，封靖南王，子继茂、孙精忠袭封王号，一六六○年移驻福建。尚可喜驻守广东，为平南王。这些辽东降将加封王号，不同于一般的汉人将领，成为镇守一方的军阀，子孙世袭王爵。他们率领的军队，也不同于一般的汉人军兵，而成为藩王的私属。虽然不隶属于满洲八旗，但按照汉军八旗的规定编制，可与汉军旗一样地圈占土地给与士兵。顺治帝与多尔衮以封王的办法，利用汉族降将去镇压抗清的农民军和南明军，取得了很大的成功。他们作战得胜即可占据一方，因而尽力为清朝去消灭敌人。但康熙帝即位，除台湾以外的南明军已被消灭后，这些军阀与清朝的矛盾便逐渐尖锐了。
军阀中权势最大、兵力最强的藩王，是一六六二年以来镇守云南的吴三桂。四大臣辅政实行排汉政策，免去吴三桂节制云贵督抚的事权，并拟裁减云南绿旗兵（吴三桂招降的汉兵）五分之二。吴三桂的行政权被削夺，兵权也将被削弱，他和清朝的矛盾日益加深。
一六七三年三月，镇守广东的平南王尚可喜奏请返回辽东养老，以子尚之信承袭王爵驻粤。康熙帝命吏部议复：“查藩王现存，子无移袭之例，应无庸议。”议政王大臣等议奏称：“今粤省已经底定，既议迁移，似应将该藩家属兵丁，均行议迁。惟广东左右两营绿旗官兵，仍留该省。”这实际上是撤销了尚氏的藩封，迁返辽东。清廷撤藩令下，吴三桂与耿精忠两藩王不能不上疏请撤。七月间，吴三桂上疏说，身在崖疆已十六年，“今闻平南王尚可喜有陈请之疏，已蒙恩鉴，准撤全藩。仰恃鸿慈，冒干天听，请撤安插”。耿精忠也上疏说：“近见平南王尚可喜乞归一疏，已奉谕旨。伏念臣部下官兵，南征二十余年，仰恳皇仁，撤回安插”。吴耿两王上疏，显然是迫于形势，仍望清廷予以慰留。康熙帝交议政王大臣等会议：称“福建今已底定”，“靖南王既请自福建迁移，应将王本身并标下十五佐领官兵家口，均行迁移”。但对吴三桂的请撤，诸王大臣议论不同，拟两议上奏。一议主张撤云南藩，吴三桂及所属官兵迁移至山海关外。一议主张仍令吴三桂镇守云南。大臣中以索额图、图海为首，多主后议。明珠及刑部尚书莫洛、户部尚书米思翰等主前议。康熙帝因吴三桂“所奏情词恳切”，决定准予撤藩，迁移关外，谕户部对所需房屋田地等项预为料理。派遣礼部侍郎折尔肯、翰林院学士傅达礼持诏书前往云南，召吴三桂北上。
顺治时南下作战的满洲诸王贵族，在战事平定后相继北返，本是常理。但对吴三桂来说，康熙帝的仓促决定则是剥夺了他在云南的王权，撤销了藩封。吴三桂接到诏书，完全出乎意外，决定起兵反清。部下诸人议论不同。吴三桂的亲信刘茂遐以为，“明亡未久，人心思旧”，如果扶立明室后裔东征，老臣宿将必将愿为前驱。方光琛以为，吴三桂若起兵反清拥明，以前出关向清乞师，还可以自解，擒杀明永历帝便无法解释。刘、方两人各自说出了事情的一面。吴三桂起兵反清，将会得到降清明将的响应。但以拥明为号召，便与吴三桂一贯的行径格格不入，难以自圆。吴三桂降清以来，始终效忠于清朝，与南明为敌，直到擒杀南明桂王父子，从无拥明反清的打算，而只满足于世守云南，割据称藩。撤藩事起，吴三桂仓促起兵，显然只是由于权力受到削弱，但仍然不能不以拥明为借口。十一月二十一日，吴三桂杀死云南巡抚朱国治，发布檄文，诡称拥戴传说中的明宗室朱三太子，兴明讨清。自称“原镇守山海关总兵官、今奉旨总统天下水陆大师、兴明讨虏（清）大将军。”檄文说：他引清兵入关，是因为看到李自成进京，崇祯帝自杀，“不得已歃血订盟，许虏（清）封藩，暂借夷兵十万，身为前驱，斩将入关。”后见清朝建都北京，“方知拒虎进狼之非，莫挽抱薪救火之误”。“以故避居穷壤养晦待时，选将练兵，密图恢复”。吴三桂的这些辩解，自是违背事实的遁词，是没有多少说服力的。但是，他在檄中指责清廷，“道义之儒悉处下僚，斗筲之辈咸居显职。君昏臣暗，吏酷官贪”，声称将在甲寅年（一六七四年）正月元旦推奉朱三太子称帝，建年号周启，并已移会耿精忠和郑经，调兵三百六十万，直捣燕山（《华夷变态》卷二）。这些措施在当时的汉人官员将领中，仍然很足以鼓动人心。
吴三桂的反讯传到京师，康熙帝和朝中大臣也是完全出乎意外，难于举措。索额图以为吴三桂之反，是撤藩而引起，主张将建议撤藩的大臣处死。康熙帝不准此议，但急命停止广东、福建两王的“撤藩”令，以防止战乱的蔓延。定南王孔有德之子被李定国处死后，孔有德婿孙延龄曾请求继承王爵，清廷不准。吴三桂乱起，康熙帝即命孙延龄为抚蛮大将军，统率定南王藩下四部。康熙帝发布诏书，谴责吴三桂“早年穷蹙来归，晋封王爵”，“反复乱常，不忠、不孝、不义、不仁，为一时之叛首，实万世之罪魁”。吴三桂之子吴应熊原留京师为额驸，实际上是作为质子。康熙帝立即处死吴应熊及子世霖，以表示对吴三桂反乱的坚决镇压。
清朝得报，吴三桂起兵后，将向湖南进发。康熙帝立即派都统巴尔布率满兵三千由荆州往常德，都统珠满领兵三千由武昌往岳州。随后任命郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，统率八旗兵赴荆州阻击吴三桂部。命西安将军瓦尔喀率骑兵赴四川，武英殿大学士兼兵部尚书莫洛驻扎西安，经略陕西军事。吴三桂仓促起兵，清朝仓促应战。一场大战在双方都缺乏准备的情况下展开了。
二、反清战争的发展 吴三桂起兵后，即传檄各地，与汉族军将相联络。各地区的汉族将官，多是明朝旧臣，他们降清后，和清朝之间依然存在着严重的矛盾。四大臣辅政时期，鳌拜等排抑汉官打击文士的措施，必然要引起武官的不安，矛盾的激化并不限于藩王。吴三桂的发难，成为一个导火线。各地汉人官员将领，纷纷起兵响应。吴三桂的割据之战迅速发展成为大规模的反清战争。
贵州四川起兵一六七三年十一月吴三桂在云南起兵后，贵州提督李本深首先响应。巡抚曹吉申、总兵王永清降附。次年正月，四川巡抚罗森、提督郑蛟麟、总兵吴之茂、谭宏等响应吴三桂，起兵反清。西南云贵川三省不战而统于吴三桂的麾下。
进兵湖南江西——吴三桂控制西南后，即以主力进攻湖南。一六七四年二月，吴三桂派遣部下杨应宝进攻常德，原广东提督杨遇明在城内作内应，一举攻下常德。吴三桂婿夏国相进攻澧州，清守城官兵起兵响应。都统吴应麒进攻岳州，清守城参将李国栋迎降。清长沙巡抚卢震弃城逃走，副将黄正卿、参将陈武衡开长沙城迎吴三桂军。湖南长沙、常德、澧州、岳州全为吴三桂军占有。清湖北襄阳总兵杨来嘉也在襄阳起兵响应。清军统帅勒尔锦领兵到荆州，不敢渡江作战，坐失湖南。吴三桂亲到常德督战，由长沙进兵，攻取江西三十余城。
福州耿精忠起兵 吴三桂起兵反清，康熙帝急令追回对靖南王耿精忠的撤藩令，然而为时已晚，反势已成。一六七四年三月，耿精忠响应吴三桂起兵，在福州自称总统兵马大元帅，分兵进攻浙江和江西。东路由总兵曾养性率领攻打浙江的温州、台州。西路由总兵白显忠率领，攻入江西的广信、建昌、饶州。另一路由都统马九玉领兵出仙霞关，进攻金华和衢州。
广西孙延龄起兵——康熙帝安抚孙延龄，封为抚蛮将军，命他统领原属定南王的官兵，固守粤西。一六七四年二月，孙延龄自称安远大将军，起兵反清。吴三桂封他为临江王。清柳州提督马雄也起兵响应。广西全省都脱离了清朝的统治。
台湾郑经进军一六六二年郑成功死后，子郑经继承王位，据台湾，继续抗清。清朝几次遣使招降，郑经提出如琉球、朝鲜事例，清廷不允。吴三桂起兵移书郑经，协同进军。耿精忠也请郑经出兵援助，许以漳、泉二府。一六七四年四月初一日，郑经以南明桂王年号，称永历二十八年，发布檄文。内称：“令者，虏乱日甚，行事乖方，积恶已稔，天夺其魂，以致吴王倡义于滇南，耿王反正于闽中，平南、定南各怀观望，秦蜀楚越莫不骚动，人望恢复之心，家思执箠之遂”，说他将领兵百万，楼船数千，“征帆北指，则燕齐可捣，辽海可跨。旋麾南向，则吴越可掇，闽粤可联”。“所愿与同志之士，敦念故主之恩，上雪国家之仇，下救民生之祸。”（《华夷变态》卷二）郑经留长子克■守台湾，与诸将冯锡范等领兵渡海，入思明州（原中左所），取同安，进取泉州。耿精忠失约，不肯交出泉州，双方冲突，耿部守将溃去。郑经军入泉州。耿精忠部攻潮州，清潮州总兵刘进忠降郑经。郑经在思明州整顿军兵，确定税制，建成抗清的据点。
陕西王辅臣反清——陕西提督王辅臣原为吴三桂藩下总兵官。吴三桂起兵后致书联络，王辅臣将吴三桂的书札呈送清廷，因而取得信任。一六七四年八月，王辅臣率兵两千随从清大学士、兵部尚书莫洛自陕西向四川进军。十二月，途经宁羌，王辅臣袭杀莫洛，附吴三桂，领兵北走平凉。吴三桂封王辅臣为平远大将军，北攻陕甘。一六七五年二月，王辅臣攻占兰州。陕甘府州将官起兵响应。固原、秦州、巩昌、定边、靖边、临洮、庆阳、绥德、延安、花马池等地都为王辅臣所占有。
自一六七三年十一月吴三桂发难以来的一年多时间里，西北起自陕甘、东南至于台湾、福建到处燃起了反清的烈火。只有广东的尚可喜，在清朝停止撤藩后，上书效忠清朝，康熙帝晋封他为亲王，以保住广东。北方驻怀庆的河南、河北总兵蔡禄和江西南瑞总兵杨富准备起兵，被清朝发觉处死。一六七五年春季的形势是：反清的地区发展到云南、贵州、四川、广西、台湾的全部，福建、陕西、甘肃、湖南的大部，湖北、江西、浙江的一部，战争波及十一省，清朝失去了对大部分汉族地区的控制。与顺治时南下作战的情形不同，清朝在这场战争中从开始即处在被动的地位，面临的威胁是严重的。
三、清军的反攻 “撤藩”之议导致如此规模巨大的战乱，自是出于康熙帝意外，战争的发展如此迅猛，也是吴三桂始料所不及。面对各省汉将纷纷起兵的形势，吴三桂停留于封授虚衔，而没有能够及时组织协同作战，指挥全局。各地将官长期处于各自起兵各自为战的局面。人们向吴三桂建议迅速渡江北上直取金陵，扼守江淮，同时出兵四川，占据关中，与清朝争夺中原。吴三桂年高而望轻，自知不易得到广泛的拥戴，缺乏必胜的信心。他不肯轻易渡江远离云贵，仍然企望割据一方，裂土称王。吴三桂的犹豫不前，使清军获得了反攻的时机。
一六七四年夏，康熙帝派出满族诸王，领大兵南下，倾全力镇压战乱。多罗贝勒尚善为安远靖寇大将军攻岳州，安亲王岳乐为定远平寇大将军攻江西，简亲王喇布为扬威大将军镇守江南，多罗贝勒洞鄂为定西大将军，与莫洛合兵由陕攻川。康亲王杰书为奉命大将军、贝子傅喇塔为宁海将军，由浙江攻打福建。又命尚可喜节制广东官兵，攻打广西。一六七五年，清军制定的战略是，以主要兵力由江西袁州攻取长沙，占领湖南以控扼广西。由于王辅臣在陕甘起兵，迫使清朝不得不改变计划，在陕甘和江西、福建开辟两个战场，与王辅臣部、耿精忠部展开激战。
陕甘战场——一六七五年四、五月间，清军洞鄂部在甘肃与王辅臣部交战，王部在临洮、洮州、河州连续败阵。闰五月，清军夺回花马池和秦州，包围兰州。六月，王辅臣连续失绥德、兰州、巩昌、延安、定边诸城，被清军截断了与四川联络的通道。七月，王辅臣被围于平凉。九月，王部攻打固原，获胜。一六七六年二月，清廷又任命大学士图海为抚远大将军，指挥洞鄂部等陕西军马进攻。五月，败王辅臣于平凉城北，用大炮攻城。洞鄂进军陕甘时，清朝一面争取甘肃提督张勇协同作战，加封张勇为靖逆侯。一面又派出使臣向王辅臣招降。康熙帝在诏谕中甚至说王辅臣杀莫洛，是由于莫洛“心怀私隙”，“朕之知人未明”，“咎在朕躬，于尔何罪”。清军围攻平凉，再次颁布诏书，赦免城内官兵。六月，王辅臣开城降清。清廷赦王辅臣罪，复原官，加太子太保，随图海驻军汉中。陕西地区的反清战争失败了。
浙赣闽战场——清军杰书与岳乐两路分别向浙江和江西进军，直取福建，向耿精忠军展开攻击。清军仍然是“剿抚并用”，在进军途中招降。一六七五年四月，岳乐在江西招抚官兵五万多人。五月，败耿军于长兴，占领建昌。闰五月，耿精忠部反击，攻取饶州，被清军夺回。六月，江西清军夺取石峡，被耿精忠部击败。清军署副都统雅僰战死。七月，岳乐军占领江西浮梁、乐平、宜黄、崇仁等县，招降官兵六万余人。八月，浙江战场上，傅喇塔军攻占黄岩，耿精忠部将曾养性败逃。十月，清军进取温州，攻占太平、乐清等县。
一六七五年初，耿精忠与郑经互相通使，协同对清作战。十一月，郑经出兵攻陷漳州，斩清澄海公黄芳度，又取兴化、汀州。十二月郑经水军进攻温州，清水师提督常进功等自定海关出海抵御。一六七六年三月，杰书遣傅喇塔等进军温州。耿精忠部将曾养性等率兵来战，被清军击败。
六月，耿精忠部耿继善弃建昌。八月，杰书遣都统赖塔等攻衢州，耿部马九玉败逃。九月，清杰书部傅喇塔、李之芳等追击马九玉，入仙霞关。耿部金应虎降。十月，杰书抵延平。耿精忠穷蹙，遣子耿显祚去清军请降。杰书军进驻福州。耿精忠开城迎降。清军命他随军攻打郑经。曾养性也在温州降清。
十一月，郑经遣部将许辉进攻福州，在乌龙江设营。清军渡江激战，郑经部败走，清军进取兴、泉、汀、漳四州。一六七七年二月，郑经军战败，弃漳州返厦门。福建又为清军占领。
广西战场——孙延龄据广西起兵，与孔有德旧将驻守南宁的线国安不和。线国安病死，孙延龄自称安远王。清廷派官招抚。一六七六年冬，孙延龄部将原庆阳知府傅弘烈劝孙延龄降清。孙妻孔四贞（孔有德女）也向孙延龄劝降。孙延龄遣傅弘烈去江西迎清兵。吴三桂侦知，派从孙吴世琮领兵进攻桂林，杀孙延龄，吴世琮留部将李廷栋守桂林。孙延龄部下刘彦明等杀李廷栋，与线国安子线成仁等降清。孔四贞到北京投降。驻守柳州的马雄，降清后不久，再度起兵攻南康，败走。马雄病死，子马承荫降清。
广东战场——广东藩王尚可喜效忠清朝，得保王封，请以次子尚之孝承袭王爵，长子尚之信不服，父子间由此不和。一六七六年春，吴三桂部自湖南出兵，攻打广东肇庆。尚之信乘机幽禁尚可喜，举兵附吴三桂反清。清总督金光祖、巡抚佟养钜等随尚之信反。吴三桂授尚之信招讨大将军，辅德亲王。清军在福建、广西获胜。十二月，尚之信又遣使向移驻南昌的清简亲王喇布行营请降。清朝命他立功自效。号为“三藩”之一的尚之信，只是由于争夺王位，在吴三桂发动的反清战争已转入低潮时才铤而走险。几个月后便又向清朝投降，在整个战争中处于无足轻重的地位。
一六七六年冬到次年春，整个战争形势发生了急剧的转变。王辅臣、耿精忠、孙延龄相继降清，郑经败走。吴三桂日益孤立了。
四、反清战争的失败 吴三桂攻占湖南后，主力军一直在湖南镇守。一六七五年清军来攻，两方互有胜负。岳乐军屡攻长沙、萍乡，均不能下。湖南吴三桂军仍是善战的劲旅。一六七六年春，吴三桂兵入广东，尚之信起兵响应。吴三桂另派部将韩大任攻下吉安。清岳乐军攻下萍乡，再攻长沙。吴三桂婿胡国柱紧守长沙。吴三桂自松滋移驻岳麓山声援。韩大任夺回萍乡，截断清军后路。康熙帝命喇布自江西出兵援岳乐军，进至吉安，战败。陕甘王辅臣降清后，康熙帝调遣攻打陕西的穆占军南下荆州，专力攻打湖南。一六七七年初，穆占与岳乐军夹攻长沙。长沙尚未攻下，韩大任先在吉安逃走。吴三桂自岳麓山移驻衡州，出兵广西，杀孙延龄，企图打开通路，由于孔四贞等降清受到阻遏。一六七八年初，岳乐军攻下平江、湘阴，在湘潭招降吴三桂水师将军林兴珠，命为建义将军。清穆占军连续攻下永兴、郴州、桂阳等十三城。喇布军进击韩大任，至宁都，韩大任败走，向福建清军投降。吴三桂部将马宝、胡国柱等攻打永兴，清军都统宜理布、护军统领哈克山败死。穆占领兵坚守。
这年，吴三桂已是六十七岁，起兵反清作战已有六年。战争形势逆转，部下劝他称帝封臣，以鼓舞士气。三月一日，吴三桂在湖南衡州建号周国，自称周帝，建年号昭武，以衡州为定天府。部下诸将分封为国公、郡公、侯、伯。在云、贵、川和湖南举行乡试，考选士人。吴三桂此举，反而抛弃了“兴明”的旗帜，在军事不利的情况下，在政治上也更加陷于孤立。明朝旧臣不再有人起来响应。吴三桂称帝不久，即卧病不起。八月，病死在衡州。吴三桂孙吴世璠（吴应熊子）自云南来奔丧，行至贵阳继位称帝，改年号洪化。到衡州迎柩回云南。吴世璠称帝，更无政治威望，败亡已不可免。但凭借吴氏在西南多年蓄积的兵力，仍与清朝坚持争战了三年之久。
清军在东南战场均获胜，又得吴三桂死讯，以为是反攻的大好时机。康熙帝急令各路军马分道出击，展开大规模的进攻。
湖南方面——湖南清军喇布部进军衡州，贝勒察尼授安远靖寇大将军，领兵猛攻岳州，配合水师乌船百艘，沙船四百三十八艘。根据林兴珠的建议：半泊君山，截常德粮道；半泊扁山、香炉峡、布袋口诸处，并沿九贵山驻扎绿营，断长沙、衡州的接应。清军几次出击，败吴军吴应麒部，派人招抚吴应麒部下官兵。吴军总兵陈华、李超降清。康熙十八年（一六七九年）正月，清军乘势攻克岳州，吴军陈珀等投降。荆州清军大举进攻澧州、常德、长沙。吴三桂的守城官兵，纷纷弃城逃走。清军占领长沙，肃清湖南，吴军退守贵阳。
广西方面——傅弘烈迎接清军进广东后，声称“广西全省便可一面当之”。清朝任命他为抚蛮将军、广西巡抚，募兵作战。他先后收复浔州、梧州等地，屡立战功。准备进军云贵，请求清朝派兵支援。清朝将军莽依图等畏缩不前，退兵梧州、德庆，傅弘烈孤军据守梧州。康熙十八年（一六七九年）正月，清廷命令莽依图与尚之信率军水陆并进，配合傅弘烈，大败吴世琮部，攻克桂林、南宁、收复广西。次年二月，马承荫（马雄子）又在柳州反，诱杀傅弘烈。六月，马承荫降清，被解送京师处死。
四川方面——一六七九年五月，宁夏提督赵良栋愿独当一面，进军四川。清朝也认为：当前各路敌人败退，据守险要，无需专恃骑兵，可用绿旗步兵之力。十月，康熙帝命赵良栋与甘肃提督张勇、平凉提督王进宝等进军四川，说：“自古汉人叛变，亦惟以汉兵剿平，彼时岂有满兵助战哉。”（《平定三逆方略》卷四十七）十一月，王进宝攻占汉中，十二月攻克保宁，吴军大将王屏藩自杀。清军乘胜占领顺庆，赵良栋收复略阳、成都，吴军将军以下官员百余人投降，又在建昌大败胡国柱。图海取兴安，湖广提督徐治都在巫山败杨来嘉，攻占夔州、重庆。清朝夺回四川。
云贵方面——云贵是吴三桂军的基地。清军夺取湖南、四川，即对云贵发动总攻。命贝子彰泰代替安亲王岳乐为定远平寇大将军，统率军队进攻云贵，总督蔡毓荣为绥远将军，率领绿旗兵从沅州出发，作为先头部队；王进宝留守四川，赵良栋为勇略将军兼云贵总督，从四川进军；赉塔为平南将军，从广西进军。康熙帝颁诏招抚吴军将领胡国柱、马宝、郭壮图、夏国相、吴应麒等人说：“尔等本系吴三桂藩下之人，曾受世职”，若即归顺，既往不究，“不特保全家口，亦可建立功名”。（《圣祖实录》卷八十五）
一六八○年十月，湖南清军先后攻克镇远、平越、贵阳，吴世璠、吴应麒等退军守云南。次年初，清军攻永宁州，吴世璠派兵二万出击，在北盘江西的江西坡列象阵，与清军决战，大败而归。广西清军从田州进攻西隆州、安笼所，在黄草坝与吴世璠军决战，冲破象阵，攻克曲靖，与湖南清军在嵩明会师。二月，清军进攻云南省城昆明，从归化寺到碧鸡关连营数十里。吴世璠派兵袭沪、叙，但不能牵制清军，扭转战局。云南各地文武官员，先后投降清朝，吴世璠在昆明困守孤城。九月，赵良栋带兵从四川赶到昆明，主张大举攻城，迅速结束战争。他说：“我等大兵，连营四布，不就近速战，迨至日久，米粮不继。满兵无妨，绿旗兵何以存立耶？”赵良栋带领标兵，夺取得胜桥。彰泰进军围城，在归化寺大败吴军。守城将领线域策划逮捕吴世璠降清，吴世璠、郭壮图自杀，十二月十九日线域开城投降。吴三桂发动的反清战争彻底失败了。
清军进军广西时，多次调令尚之信出兵参战，尚之信不听调遣。巡抚金儁与都统王国栋等上疏劾尚之信“犹有异志”，密谋杀之信。康熙帝下诏逮捕尚之信审讯。一六八○年七月间被处死。耿精忠降清后，部下参领徐鸿弼告耿精忠尚蓄逆谋。杰书请斩耿精忠。康熙帝以为，各地军兵正在受抚投降，不宜骤诛精忠，宜令自请来京师，以便妥贴处置。一六八○年，耿精忠到京师入觐，康熙帝令法司拘捕审讯。一六八一年吴世璠败后，次年，将耿精忠及部将曾养性等并处死。
自一六七三年吴三桂起兵以来，战争先后延续了八年之久，波及十几个省区，清朝丧失莫洛以下将领多人，调动的绿旗兵即有四十万众。各地区连年战乱，民不聊生。清朝遭受的打击是沉重的。战争的发展，基于明朝旧将与清朝的矛盾。但战争的发难者吴三桂并无任何政治威望。他的仓促起兵只是由于藩王地位不保，意在割据称王，也并无远大的计划。各地将官分散作战，既缺乏清朝那样的严密的军事政治组织，又缺乏胜任的领导者，失败是不可免的。但是，清朝赢得这场战争，也并非轻而易举。康熙帝并不讳言这场战争的艰难，说“劳师动众，兵民困苦已极。若以为摧枯拉朽，容易成功，则辞过其实。”（《清圣祖实录》卷九十九）战争过后，康熙帝命行告祭礼，与民更始。群臣请上尊号，以彰皇帝功德。康熙帝不允，说当初朕决意撤藩，以致吴三桂背叛。现在幸得歼灭。倘再延数年，朕决意迁撤之举，将何以自解？又说：“不图吴三桂背恩反叛，天下骚动，伪檄一传，四方响应。八年之间，兵民交困”，“议事之人，至今尚多，试问当日曾有言吴三桂必反者否？”（《圣祖实录》卷九十九）清朝平乱得胜之后，康熙帝仍然认为战乱的爆发原来出乎意料，对当年仓促撤藩犹存悔意。昭梿《啸亭杂录》记此事说康熙帝预见吴三桂必反，故先发制之，显然并不可信。但是，这场意外的长期战乱，却也使清朝经受了严峻的考验。年轻的康熙帝亲政不久，即领导了这场艰难的大战，并且终于取得了胜利。这使他在满汉臣僚中的威望大为提高。康熙帝的统治更加巩固了。
五、台湾郑氏的降附 一六七七年冬，郑经退守厦门。次年又连续出兵攻占沿海十余城堡。一六七九年又派部将刘国轩等人分路进军，六月攻占海澄，消灭清军三万余人，并占领长泰、同安、惠安、平和等县。刘国轩领兵围漳州，遣别部围泉州，与清军相持。一六八○年三月，清军聚水师来攻，刘国轩退走厦门。清军攻下厦门，郑经率师退回台湾。次年正月，在台湾病死，年三十九岁。郑经继承父志，奉南明永历年号，是南明将领中坚持抗清的最后一人。郑经死后，后嗣又起纠纷。长子郑克■被侍卫冯锡范等杀死，立次子克塽袭延平王。清朝得郑经死讯，六月间即分派绿旗舟师，规取澎湖、台湾。福建总督姚启圣与内阁学士李光地奏请起用施琅，攻取台湾。施琅原是郑成功的部将，于一六五一年（顺治八年）降清，官至福建水师提督。一六六七年调京师任内大臣。康熙帝对施琅进行了长期的考察，一六八一年十月，再次起用他为福建水师提督，协同进取。一六八二年，户部尚书梁清标疏请缓征台湾。施琅奏称：“臣于水师营中，简选精兵二万余，战船三百艘，已足破灭海寇。请令督抚趣办粮饷给臣军，而独任臣以讨贼”（《圣祖实录》卷一○五）。台湾刘国轩率二万人踞守澎湖，沿岸筑短墙，置腰铳，环二十余里为壁垒。一六八三年六月，施琅率领战船出征，百船分列东西，自督五十六船分八队进兵。经过海上激战，全歼郑氏水师，占领澎湖，刘国轩败走台湾。七月，康熙帝下令招抚台湾军民，如能投诚，既往不咎，“仍从优议叙，加恩安插，务令得所。”（《圣祖实录》卷一一一）台湾掌握兵权的刘国轩“率先”倡议降清，得到冯锡范等人附议，于是遣使议降。郑克■在降表中说：“昔也威未见德，无怪鸟骇于虞机；今者误已知迷，敢后麟游于仁圃。”（江日昇《台湾外记》卷十）八月，施琅统兵入鹿耳门，进驻台湾。郑克■剃发出迎，交出延平王金印。郑克■等往北京朝见，受封为公爵，刘国轩、冯锡范为伯爵，俱隶上三旗。
一六八三年底，康熙帝遣侍郎苏拜等至福建，与督抚议善后事宜。有人主张迁其人，弃其地。施琅上疏反对说：“台湾一地，虽属外岛，实关四省（江、浙、闽、粤）之要害”。“断断乎其不可弃。”倘若外国乘机占据，“沿海诸省，断难晏然无虞”。（施琅《靖海纪事》下卷《恭陈台湾弃留疏》）康熙帝与议政王大臣等反复商议，决定在台湾设府，由福建省管辖。台湾府下设台湾、诸罗、凤山三县，派兵驻守。郑成功父子在台湾经营二十二年，开发农田，开展海外贸易，台湾经济得到发展。此后，台湾府归于清朝统治，直属于福建。
（四）汉人文士的任用与康熙帝南巡 康熙帝除鳌拜后，即锐意改变辅政时期的排汉政策，以消除满汉官员间日益严重的矛盾。但由于仓促撤藩而导致了矛盾的大爆发，形成八年的战乱。康熙帝从吴三桂发动的战乱中得到的经验是：必须争取汉人特别是江南汉人的支持，才能以巩固清朝的统治。战争后期和战争之后，康熙帝多方面招任汉人官员文士。江南士人经由各种途径，大批进入清朝政权，侪于统治集团的行列。
征招博学鸿儒康熙十七年（一六七八年）正月，康熙帝对吴三桂作战取得决定性胜利时，颁发诏书，征招“博学鸿儒”，令在京官员和各省督抚举荐有声望的儒生文士来京。次年（己未年）三月，各地荐举的文士一百四十三人，在体仁殿考试词赋，后世称为“己未词科”。应试前先由康熙帝赐宴，给卷作诗二十韵。取名士彭孙遹、朱彝尊、汤斌、汪琬等五十余人（一等二十人，二等三十人），俱入翰林院。原已有官品者授侍读、侍讲，曾中进士者授编修，生员以上授检讨。被举荐到京没有入试的，也授职放还。考试不完卷者也予入等。取录的五十名中，顺天直隶人六名、山东、河南、陕西各一名，其余均为江南（包括浙江、江西）名士。入翰林院的文士俱受命纂修明史。这次“博学鸿儒”科，显然不同于一般的科举考试，而是旨在招揽南方士人，以消除反抗力量。己未开科正是吴三桂称帝病死的第二年。吴三桂建号周国，放下了兴明的旗帜。康熙帝招揽儒士，纂修明史，以表明继承明朝的正统，江南文士越来越多地投服于清朝。
康熙帝南巡 台湾郑氏降附，战争全部结束之后，一六八四年康熙帝亲自到山东和江南巡视，称为“南巡”。九月，诏谕户部说：“朕此番巡历，原以抚恤编氓，问俗观风。”这所谓“问俗观风”，即了解江南的风土人情，“抚恤编氓”则是此行的政治目的，即安抚南方的汉族人民。康熙帝在九月末出行，十月至济南。孔子后裔衍圣公孔毓圻率子孙迎驾。至泰安州，登泰山，祭东岳庙。康熙帝手书“普照乾坤”四字，在孔子登泰山而小天下处建亭悬额。经宿迁至桃源县。巡视黄河北岸治河工程。再由水路经淮安、高邮、扬州至镇江，登金山、焦山。过常州，无锡至苏州府城。苏州是明代著名的繁华城市。康熙帝对侍臣说：“向闻吴闾繁盛，今观其风土，大略尚虚华，安佚乐，逐末者众，力田者寡。”所谓“逐末”当指工商业的繁盛，为北方所不及。十一月初，康熙帝至江宁府城。遣内阁学士席尔达祭明太祖陵，并亲自往明太祖陵拜奠。诏谕江南、江西总督、江苏巡抚说：“明太祖天资英武，敷政仁明，芟刈群雄，混一区宇，肇造基业，功德并隆”，令地方各官对明陵不时巡察，守陵人用心防护，不准附近旗丁居民践踏。每年举行春秋二祭，“以副朕崇重古帝王陵寝之至意”（《圣祖实录》卷一一七）。康熙帝自江宁回銮，归途在曲阜停留，祭孔子庙，行三跪九叩礼，自制祝文说：“先师德侔元化，圣集大成，开万世之文明，树百王之仪范”（同上书）。又亲书“万世师表”匾额，悬挂于大成殿上。康熙帝祭明太祖陵，以示崇重前朝，旨在消除明遗民的敌对情绪。祭孔子庙，以示对汉文化的尊重，旨在争取汉民众的拥戴。康熙帝巡行沿途需用之物，均由内务府供备，不取民间，不准地方官员借端妄派。褒奖江宁知府于成龙为官廉洁，擢任安徽按察使。斥责漕运总督满人邵甘居官不谨，令至京候旨。康熙帝的这些举动，为缓和满汉之间的矛盾取得了一定的成效。
汉人文士的倚用康熙帝在战乱的年代，锐意任用汉人文士。熊赐履以翰林院掌院学士进为经筵讲官，为康熙帝讲儒学。吴三桂乱起后，一六七五年，超授熊赐履为武英殿大学士兼刑部尚书。次年因票拟错误夺官。一六八四年，康熙帝南巡至江宁召见熊赐履，一六八八年又起用为礼部尚书。顺治时的老儒魏象枢，一六七四年官至户部侍郎，一六七八年授左都御史。博学鸿儒考试一等的汤斌（河南睢州人）授翰林院侍讲，一六八一年任日讲起居注官，转侍郎，次年为《明史》总裁官，一六八四年擢任内阁学士，出任江宁巡抚，在江宁迎接康熙帝南巡。在此前后，康熙帝还先后擢任徐乾学、徐元文、王鸿绪、韩菼翁、叔元、彭孙遹等江南名士入内阁或翰林院。他们都曾在顺冶十八年的“江南奏销案”中被褫革削籍。此时或任内阁学士、或授侍郎、尚书，参预朝政。一六八五年，康熙帝召试翰林院、詹事府（原为太子东宫属官，顺治时裁撤，康熙十四年复置，掌经史文章之事）等文臣，徐乾学考试第一，韩菼第二，受诏褒奖。徐乾学擢任内阁学士（例推巡抚），名振一时。
康熙帝自幼习汉文化，战争期间仍不断研读儒家经书，命内阁、翰林院文臣充日讲官。康熙帝也自己讲解朱熹注，与讲官议论。一六七七年，他自著《日讲四书讲义序》，说“万世道统之传，即万世治统之所系也，”“道统在是，治统亦在是”。显然，康熙帝研习儒学，目的在于了解汉人的统治方法，充任日讲官的文臣也参与议论政事。皇宫乾清门右阶下设南书房，选择文臣入值，日侍皇帝左右。翰林院侍读学士、江南桐城人张英受命入值，赐第西安门内。文臣得居禁城之内，为前此所未有。大臣明珠举荐浙江钱塘文士高士奇为詹事府录事，迁内阁中书，也赐居西安门内入值。入值南书房的文臣不仅为康熙帝日讲经书，议论诗文，而且备康熙帝顾问，代拟密谕。康熙十七年闰三月，奉召入值的翰林院掌院学士陈廷敬（山西泽州人）记他的见闻说：“张君敦复（张英字），一日之中恒在上前，暂退辄复宣召。或当食吐哺，疾趋宫门。漏下十许刻乃归。日夜无暇晷矣。窃计敦复立朝之日多，家食之日少。”（《午亭文集》卷三八）张英、高士奇实际上成为康熙帝倚信的左右手，参预政议。徐乾学擢任内阁学士，也入值南书房，为康熙帝所倚用。吴三桂乱后，汉人武将反清遭到失败，汉人文臣却在此时进入了统治集团的核心。康熙帝利用传统的儒术去征服汉族的臣民，汉族的封建文化也在征服满族的康熙帝。
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