第三节边疆地区的统治与经营 康熙帝在汉族地区确立了封建秩序，又相继在边疆各民族地区建立起统治，扩展了清朝的领域。
东北地区是满族兴起的故地。康熙帝在这里遇到了新的敌人俄国侵略者。经过坚决的斗争，胜利地把他们击退。康熙帝以中国的名义与俄国订立了《尼布楚条约》，确立了东北边疆。随后订立制度，加强了东北地区的军事政治统治，并在这一地区进行经济开发。黑龙江和松花江流域，陆续出现了许多新的城市，工商业呈现前所未有的发展。
漠南蒙古诸部在清初已经降附。漠北喀尔喀蒙古与清朝建立了朝贡关系。漠西厄鲁特蒙古四部占据天山南北，并且控制了西藏地区。占据伊犁河流域的准噶尔部成为厄鲁特蒙古中最强大的一部，与清朝为敌。康熙帝经过长期的战争，击败准噶尔部。漠北喀尔喀蒙古归于清朝直接统治，建立起盟旗制度。经过与准噶尔部的反复斗争，清朝驱逐了准噶尔在西藏的势力，册封六世达赖喇嘛（后称七世）和五世班禅额尔德尼，并在西藏建立起噶伦制度。
康熙帝经过近四十年的边疆战争，取得重大胜利，确立了对蒙古、西藏地区的统治。
（一）东北的经营与反击沙俄的战争 一、清初的东北地区 清初的东北地区，即山海关外，北越外兴安岭，东至于海包括库页岛在内的广大地区，是满族兴起的故地。山林之中和江河之畔还居住着从事畜牧或渔猎的若干部落，他们同属于通古斯语系。明代经营辽东各地，汉族农民陆续迁往辽沈地区屯驻开垦。嘉靖时，垦地三百六十八万亩，有居民三十八万余人。努尔哈赤和皇太极时，又把大批的汉人掳掠到辽东。一六四四年，多尔衮与顺治帝先后率众入关。满洲八旗将士家口和役使的奴仆，约有数十万人自盛京迁至北京及其周围地区。
清朝的旧都盛京，由正黄旗内大臣何洛会任留守盛京总管，在熊岳，锦州，兴京等十五城，分兵驻守。驻守盛京的八旗兵，每旗设协领一员，满人章京四员，蒙古、汉军各一员，佐领共四十八员。其他十四处也设章京二至四员，共有佐领三十五员。一六四六年（顺治三年），盛京内大臣改为昂邦章京。
顺治初年，清军在各地作战，盛京及其他各城留驻的八旗兵，不断被调遣到山海关内各地，补充军力。明清之际，辽沈地区几经战乱，关内移住的汉民多相继逃回。满人大批入关后，原来被俘的汉人也大量逃亡。一六五三年，牡丹江上游的重镇宁古塔，设昂邦章京（原为驻防章京），以加强对黑龙江和乌苏里江流域的统治。同时，又颁布“辽东招民垦殖条例”，奖励汉人农民去辽东开垦，但并未能收到成效。一六六一年，奉天府尹张尚贤在奏疏中陈述当地的情形说：辽河以东只有奉天、辽阳、海城三处人民凑集。河东和河西所谓“腹里”的广阔地区，竟是“荒城废堡，败瓦颓垣，沃野千里，有土无人”（《圣祖实录》卷二）。
开原以外兴安岭以南，东至库页岛地区，主要是人数不多的各少数民族，分散在山林江河之间。黑龙江中上游石勒喀河到精奇里江口一带，两岸住有索伦、达斡尔（打呼儿）、鄂伦春等族，清朝统称他们为索伦部。松花江下游乌苏里江两岸住有赫哲族。黑龙江下游两岸和库页岛上，有费雅喀人、奇勒尔人和库页人，滨海有恰克拉人。这些少数民族多从事狩猎。只有达斡尔人经营农业和饲养家畜，在东北诸族中，经济、文化水准最高。清朝入关以前，索伦部设置牛录章京统领。其他各族则依据原有氏族部落组织，以氏族长为姓长（哈喇达），部落长为乡长（噶珊达）。索伦、达斡尔族的部分居民，曾被编入满洲八旗。
二、俄国的入侵与清朝的反击 蒙古贵族在十三世纪时建立的钦察汗国（又称金帐汗国），在十五世纪时已陷于分裂。一四八○年，钦察汗国被莫斯科公国的依万三世领兵击败，随后又被克里木汗国摧毁。一五四七年莫斯科的依万四世建立俄罗斯国家，自称沙皇（源于罗马帝号恺撒）。一五五四年，征服伏尔加河流域诸汗国并侵入克里木岛。依万四世的继承者沙皇费多尔时，将西伯利亚汗国侵并。封建农奴制的俄国，为谋求商业资本的积累，日益向外掠夺。一六一三年，罗曼诺夫家族的米海依尔被选任沙皇。俄国贵族在对波兰作战的同时，继续向东方侵掠。一六四三年，俄国驻雅库次克的督军派出被称为哥萨克（流散的各族人）的骑兵一百三十二名，越过外兴安岭，侵入黑龙江流域，并在精奇里江达斡尔人住区肆行掳掠。达斡尔居民在莫尔迪奇村奋起抵抗。哥萨克兵败走，沿黑龙江两岸掳掠，继续遭到各族人民的反击。一六四六年（顺治三年）入侵的哥萨克兵只剩下五十人逃回，俄国由此得知清朝在黑龙江流域防务空虚，继续派遣更多的哥萨克兵进行侵略。由哈巴罗夫和斯捷潘诺夫统带的两批哥萨克兵，相继侵入黑龙江流域，在一六五○年冬攻占了黑龙江北达斡尔人的城堡雅克萨，以此为据点扩大侵略。一六五二年，俄国雅库次克官员公然向清朝提出侵占黑龙江土地的无理要求。这时，清军主力集中在江南作战，连年分兵北上抗击。在乌扎拉、呼玛尔、尚坚乌黑和松花江口，不断击败哥萨克侵略军。一六五八年，俄国侵略军首领斯捷潘诺夫在松花江上被清军击毙。一六六○年，清军基本肃清了入侵的俄国哥萨克军。次年，康熙帝即位，四大臣辅政，将盛京昂邦章京改设为镇守辽东等处将军（康熙四年，改为镇守奉天等处将军，后称盛京将军）。宁古塔昂邦章京改设镇守宁古塔等处将军（后改称吉林将军）。又将黑龙江中上游以北的索伦、达斡尔人南迁到嫩江之滨，黑龙江、乌苏里江和松花江下游的一些居民，迁移到牡丹江和松花江上游，以求安全。俄国侵略军向贝加尔湖以东出兵，侵占了蒙古茂明安部的牧地尼布楚，并在一六六五年再次侵占了雅克萨城，继续窜犯黑龙江流域。
新满洲的编组康熙帝亲政，即面临着抗击俄国侵略，收复雅克萨城的任务。一六七一年，他东巡盛京祭祖后，在吉林附近召见宁古塔将军巴海，告谕巴海对边疆各族要“广布教化”，对罗刹（俄罗斯）“尤当加意防御，操练士马，整备器械，毋堕狡计。”（《圣祖实录》卷三十七）随后，即将边地各族，进行军事编组，以加强边防。
居住在松花江、乌苏里江和黑龙江流域的部分赫哲族和分布在滨海浑春河一带的库雅拉人，按满洲军事制度编组军兵，设置佐领，号为“新满洲”（伊彻满洲）。一六七三年，康熙帝在北京召见新满洲佐领四十人，优加升赏。一六七六年，宁古塔将军移驻吉林，宁古塔设副都统。新满洲军兵编组后，有四十佐领驻防吉林和宁古塔，三十一佐领移驻盛京、锦州、广宁、义州四城，另有八佐领调驻北京。新满洲各族人原来多从事渔猎。编组后依满洲制度授田，从事农耕，以便就地训练和驻防。
布特哈八旗 黑龙江中上游的索伦、达斡尔、鄂伦春等族，原已按满洲制度编为索伦部统辖。由于俄国入侵，居民被迫迁至嫩江。一六六五年，又依旗制设索伦佐领二十九员。一六六七年，从事农耕的达斡尔人，另编为十一佐领。一六六九年，定索伦总管为三品官，副总管为四品官。从事狩猎的索伦诸部被称为“布特哈（打牲）八旗”，每年向清朝贡纳貂皮。雅克萨城被俄军侵占后，原属该城的达斡尔部，也编入布特哈八旗。一六七一年八月，索伦副都统及属下参领、佐领、骁骑校等各级军兵统领共一百四十余人到北京朝见。此后，加强整饬训练。一六七四年时，布特哈八旗兵已有五千五百二十四名，成为一支重要的军事力量。
一六八一年，三藩反清战争基本结束。次年四月，康熙帝再次东巡，至乌喇（吉林）泛舟松花江，考察形势。九月，又派副都统郎谈、彭春到达斡尔、索伦地方，侦察被俄国侵占的雅克萨城防地形和水陆交通。康熙二十二年（一六八三年）正月，郎谈、彭春回京后奏称：发兵三千，即可收复雅克萨。康熙帝以为，应先在黑龙江“建城永戍”，加强边防。副都统萨布素率领乌喇宁古塔官兵一千人，到瑷珲筑城驻防。后又增调五百人加强驻军，达斡尔兵士近五百人到瑷珲附近的额苏里屯田。十月，康熙帝任命萨布素为“镇守瑷珲等处将军”（即黑龙江将军），统辖松花江以西、外兴安岭以南的黑龙江中上游地区。这样，东北地区便由黑龙江、宁古塔、奉天三名将军分兵驻防，完成了军事部署。为保证军需供应的畅通，又在瑷珲与吉林一千三百四十里之间，设立驿站十九处，由汉族流人充当站丁。又派户部尚书伊桑阿，到乌喇督造战舰，修治盛京与辽河、松花江、黑龙江的水上运输，以便向瑷珲运送粮草军械。理藩院与户部官员，到索伦与蒙古地区，“督理农务”，征调粮食、马匹和牛羊，作支援战争的准备。
收复雅克萨 康熙帝在加紧整饬边防的同时，一六八三年九月，谕理藩院晓谕俄国，“倘执迷不悟，留我边疆，彼时必致天讨，难免诛罚”（《圣祖实录》卷一一二）。一六八五年春，康熙帝见边防渐固，决计出兵反击俄国侵略者，收复雅克萨城。任命彭春为统帅，调京营八旗兵约六百人，福建藤牌兵四百二十人，连同瑷珲驻防的二千人，对俄作战。布特哈八旗与蒙古族人民，侦察敌情，安设驿站，供应军需。五月二十二日，清军分水陆两路进攻雅克萨，以战舰封锁江面，使用大炮攻城。城中俄军不敌，首领托尔布津出城乞降，誓不再来雅克萨侵扰。康熙帝命释放俄军俘虏六百余人回国。清军焚毁雅克萨城堡，撤回瑷珲整休。俄军退后，盘踞在尼布楚的统领伊万，又派遣托尔布津领兵返回雅克萨，筑城设防。一六八六年二月，清兵二千人，在萨布素、郎谈的率领下，再次进攻雅克萨。七月，清军四面挖壕筑垒，围困敌军。九月攻城，托尔布津被炮火击毙。八百多名俄军败死，最后只剩下六十六人。这时，俄国派出使臣到北京，要求解雅克萨之围，进行边界谈判。清军主动撤离雅克萨，双方开始谈判的准备。
中俄《尼布楚条约》的签订一六八五年末，俄国任命御前大臣、将军费·阿·戈洛文为全权大臣，组成谈判使团。俄国沙皇秘密训令使团：“两国应以黑龙江为界，否则就以左岸支流比斯拉特河（即牛满河）或结雅河（即精奇里江）为界，再其次以雅克萨为界。但俄国在黑龙江及其支流有通商的权利”。妄图通过谈判，侵占清朝边地。一六八八年五月，康熙帝命领侍卫内大臣索额图等组成对俄谈判使团。康熙帝谕令索额图等：“尼布潮（楚）、雅克萨、黑龙江上下，及通此江之一河一溪，皆我所属之地，不可少弃之于鄂罗斯”，照此“画定疆界，准其通使贸易。”（《圣祖实录》卷一三五）六月，使团行至克鲁伦河附近，遭到蒙古准噶尔部的阻击，退回北京。后经两国重新协商，于康熙二十八年七月八日（一六八九年八月二十二日），在尼布楚正式开始谈判。
在尼布楚谈判中，中俄使团展开了激烈的争辩。戈洛文反诬清朝挑起战争，提出“两国以黑龙江至海为界”的无理要求。索额图当即严加驳斥，指出俄国侵略了中国的领土，中国才被迫自卫反击，并严正声明：“鄂嫩、尼布潮（楚）系我国所属毛明安诸部落旧址，雅克萨系我国虞人阿尔巴西等故居”，后为俄国所窃据（《圣祖实录》卷一三五）。俄国应归还侵占中国的领土。索额图遵照康熙帝的密谕，坚持必须收复雅克萨，但“如彼使者恳求尼布潮，即可以额尔古纳河为界。”清朝企图作出重大的领土让步，以换取边疆的稳定。戈洛文喜出望外，进而坚持以结雅河为界，拒绝交回雅克萨，致使谈判陷入僵局。清朝使团担任翻译的随员传教士张诚（法国人）、徐日升（葡萄牙人）等，在会下往返协商，从中斡旋。两位传教士得知康熙帝可能同意俄国人每年去北京贸易，受清使团的委托，去俄国使团的营帐交涉。俄国使团认为“去北京进行自由贸易，是期待已久的最大利益。因此他们可以接受皇帝（康熙帝）提议的分界线。”（《耶稣会士中国书简集》日译本第一集）当晚，传教士带回了条约的俄文本。在此之前，俄国曾经三次派遣使团去北京，寻求通商途径，未获结果。这次意外地如愿以偿。经过十六天的谈判交涉，七月二十四日（公历九月七日），中俄《尼布楚条约》正式签字，树立界碑。签约条文主要内容如下：一、以流入黑龙江之绰尔纳河（即乌伦穆河）附近之格尔必齐河为两国之界，此河发源处石大兴安岭以至于海，亦为两国之界。岭南一带土地及流入黑龙江大小诸川，应归中国管辖；岭北一带土地及川流，应归俄国管辖。
一、流入黑龙江之额尔古纳河亦为两国之界，河以南诸地尽属中国，河以北诸地尽属俄国。南岸之墨里勒克河口诸房舍，迁移北岸。
一、俄国在雅克萨城所建城障，应尽行除毁，俄民之居此者，应悉带其物用，尽数迁入俄境。
一、两国猎户人等，不得擅越已定边界。若有一、二人擅自越界者，立即械系，遣送各官吏，审知案情，当即以法处罚。若十数人，相聚或持械捕猎，或杀人抢掠，并须报闻两国皇帝，依罪处以死刑。既不以少数人民犯禁而备战，更不以是而至流血。
一、此约订立以前所有一切事情，永作罢论。自两国永好已定之日起，嗣后有逃亡者，各不收纳，并应械系遣还。
一、现在俄民之在中国或华民之在俄国者，悉听如旧。
一、自和约已定之日起，凡两国人民持有护照者，俱得过界来往，并许其贸易互市。
一、和好已定，两国永敦睦谊，自来边境一切争执永予废除，倘各严守约章，争端无自而起。
《尼布楚条约》是清朝与外国缔结的第一个正式条约。清朝收回了被俄国侵占的部分领土，阻止了俄国对黑龙江流域的侵略。俄国由此合法占有中国的尼布楚地区。《尼布楚条约》签订后，继续划定了两国中段边界。一六九三年，俄国派遣义杰斯出使中国，谈判贸易问题。清朝准许俄国商队每隔三年来北京一次，每次不得超过二百人，免税贸易八十天。俄国政府的商队，由此得以向中国倾销西伯利亚的皮毛，并采购茶叶、缎布等运回本国，获利很大。
三、东北地区的经营 清朝在订立《尼布楚条约》后的三十年间，加强了对东北边境地区的军事、政治统治和经济开发。
建城设防 清朝在瑷珲筑城设防之后，一六八六年又在墨尔根建城，驻扎索伦、达斡尔旗兵十五佐领。尼布楚订约后，一六九一年修筑齐齐哈尔城，驻兵十六佐领。在宜卧齐地方（今尼尔基）设立布特哈总管衙门，统领各族兵民。康熙末年增编到一百零八个佐领。
宁古塔将军的辖区，一六九二年修筑伯都讷城，设付都统驻防。当地的锡伯族和卦尔察族人编旗为兵，设协领六名统带训练。一七一四年在三姓（依兰）筑城，设协领统辖，赫哲人编组为四佐领驻防。在珲春建城，将库尔喀族人编为三佐领驻防。
旗丁与旗地清朝对东北各族推行满洲八旗制度，据一六七八年（康熙十七年）的统计，吉林、宁古塔编旗的新满洲，共有三千二百五十三丁，一万一千一百八十人，分驻在盛京、锦州、广宁、义州四城，由三十一名佐领统带，披甲种地，顶补当差。一六八二年，巴尔虎蒙古编为十佐领，共五千余户，一千余丁，分驻盛京、开原等八城。一六九九年，裁撤八城驻防旗丁的老弱，另由伯都讷调遣锡伯壮丁二千名顶补。盛京附近地区，先后迁来各族旗丁六千五百余丁，连同家属约有二万余人。此外，原来调驻北京的旗丁也陆续迁回盛京。对于盛京周围的各族旗丁，清朝实行满洲八旗的授田制。据一六七九年（康熙十八年）户部官员在东北丈量，东起抚顺，西至宁远，南自盖平，北至开原的耕地共计三千二百九十万四千九百三十亩，其中二千七百六十二万二千二百八十亩定为“旗地”。满蒙等各族的旗丁，每丁给地五晌（三十亩）。其余作为“民地”，由汉人耕作。定为旗地的田地上，还设立皇室粮庄三百零五所，其中二百二十一所设在河西，直属京师内务府。其余八十四所，属盛京内务府。盛京户部另设官庄一百二十七所。
黑龙江将军辖区，自一六八四年（康熙二十三年）在瑷珲筑城屯田。瑷珲、墨尔根、齐齐哈尔等城和布特哈八旗相继建立官庄六十一所，公田十一处。编旗的官兵则在附近授田垦殖。
宁古塔将军辖区，在吉林、宁古塔、伯都讷等城和打牲乌拉，设立官庄七十四所。
东北各地的皇庄和官庄，役使大批的汉族农民进行生产。这些汉人的来源是：（一）流人。顺治十一年到康熙七年间，盛京刑部统计，从刑部和督捕衙门流徙到尚阳堡的罪犯即有三千五百一十五名，连同家属共五千九百一十四人。三藩战争后，三藩的部属大批被流放到盛京充当庄田壮丁或到黑龙江充当驿站站丁。还有大批“从宽免死”的罪犯，流放到东北边地为奴。近人估计，顺康雍百年间，东三省之流人，近十万人。（二）买卖。档案记录，一六六九年（康熙八年），盛京正黄旗下的一名庄头，即购买男女人丁十八名之多（《盛京内务府档·京来档》康熙八年七月十二日）。一七一二年，明确规定准许关外各处旗人来京买人，由驻地将军发给部印文。可见入关购买汉人已很普遍。（三）籍没。官员犯罪，家属籍没为奴，被流徙到东北边地。（四）投充。明末以来陆续去东北垦荒的汉人，被迫投身旗下，编入庄田。以上这些来源不同的汉人，身份是壮丁或奴仆。流放的罪犯自带铁索，打死勿问。
民户与民地 旗地以外的民地，系由汉族农民开垦。他们被称为民户，是自耕的农民。
明清之际，民户大量逃移。一六五三年（顺治十年）颁布“辽东招民开垦条例”，鼓励山海关内各地汉族农民去东北地区开垦。设辽阳府，辖辽阳、海城两县，以统治汉族农民。一六五七年，辽阳府改为奉天府。据一六六一年（顺治十八年）的统计，奉天府尹管辖下的民户共计五千五百五十七丁，耕地六十万九百三十三亩。应招出关开垦的农民，尚不及关内一县之数。康熙初年，战事暂停，去东北开垦的汉族农民大量增加。一六六六年，增设为两府九县（州）。奉天府辖辽阳州与承德（沈阳）、铁岭、盖平、开原、海城等县。新设锦州府，辖宁远州与广宁县、锦县。一六六八年，康熙帝又停止实行“辽东招民开垦条例”，汉人出关须办理起票记档等手续，以为限制。但直隶、山东、河南等地的农民，仍然大批流入关外。一六八五年时，两府各州县所辖民户，共计两万六千二百二十七丁，耕种田地增至三百十一万一千七百五十九亩，较一六六一年增长了五倍多。
民地的汉族民户，直接向官府交税，与旗地的壮丁、奴仆地位不同。民地与旗地存在着不同的经济关系，也实行不同的政治制度。旗地仍实行满洲的八旗制度，民地则实行府县制的统治。
边地诸族 松花江、黑龙江下游、乌苏里江两岸以及库页岛上的赫哲、费雅喀、鄂伦春、奇勒尔、库雅喇、恰克拉、库耶等族未编旗的居民，在原来的氏族组织的基础上，由姓长、乡长统领，归宁古塔副都统统辖。清廷规定，每户每年要进贡貂皮一张。一六七六年，编定黑龙江下游及乌苏里江两岸贡貂者共一千二百零九户。以后，又陆续增加了七百零一户。一六九○年，库页岛上的库耶人首领，曾与奇勒尔、费雅喀、鄂伦春等族一道到北京贡纳貂皮（《圣祖实录》卷一四九）。清廷以“宗女”嫁给边地诸族首领以为羁靡。嫁去的“宗女”，不少是民女。各族人民称之为“皇姑”，满语称为“萨尔罕锥”。
边地诸族人贡貂，清廷例有回赐，称为“赏乌绫”（财布）。赏赐分为五等，一等赐萨尔罕锥，二等赐姓长，三等赐乡长，四等赐子弟（姓长、乡长之子弟，又称穿袍人），五等赐白人，即各族平民。赏赐物主要是各种服装穿戴和日用品。据说，清朝得一张貂皮，须费银十两。旨在“羁靡诸部，固我边陲”。
城市与商业东北地区人口的增长与耕地的扩大，促使城市商业日渐发展。一六六八年停止招民开垦，但并不限制商人去关外贸易。直隶、山西等地汉族的皮毛商、山东回民的贩牛商等各地商人大批到东北地区往来货贩。一六七六年盛京城市税收银二千一百三十两，其中主要是商税。一六八○年增长到三千两。锦州府城建立的初年，税银只有六百七十余两，到一七○八年时，增至一千六百余两，以后又陆续增加到一千九百余两。宁古塔城顺治时城中尚无汉人。康熙末年已有居民三、四百家，商贾三十六家，主要是经营布帛杂货和饮食业。随着商业的发展，明代作为边防军镇的城市，逐渐形成为贸易中心。城市中饮食业与典当业也随之兴起。康熙末年，盛京城中有酒肆上千家，当铺约有三十家，锦州城内有当铺十九家。其他中小城市中，当铺、酒肆和烧锅（酿酒业）等也很发达。边地渔猎民族用貂皮等到城市交易。赫哲族每年到宁古塔贩卖貂皮，换取布匹、粮食、铁锅、食盐等生活用品。宁古塔的商人又把貂皮送到北京贩卖。在边地城镇中，汉族商人还向满洲官兵赊卖货物，从而在当地取得一定的势力。
东北商业中，人参的收购是一项特殊的交易。人参是东北地区特产的名贵药材，采参获利甚大。清初即已划定区域，将一百一十处参山分配给八旗各牛录，分别采掘。吉林打牲总管衙门所收人参专供皇室需用。一六八四年时，乌苏里江之富钦河、讷恩图河上游山中，发现新的产参区。这时，乌喇、宁古塔一带人参采挖已尽，八旗旗丁得清朝允准不再分山，俱到乌苏里江附近山中采参。满洲旗丁视采参为特权。大批汉人流民也到乌苏里江附近山中私自采参，不能禁止。山东、山西的流民，每年三、四月去产参地偷采，至九、十月间返回。一六九四年，黑龙江将军萨布素奏报说：每年去吉林、宁古塔等偷采人参者，不下三、四万人。一七○九年，实行“参票法”，仿照颁发盐引的办法，每年发参票两万张，作为采参的凭证。一万张发给满洲兵丁，一万张发给商人承包，由内务府抽收参课（税）。商人承包采参，获得大利。一七一四年，皇商王修德等即承参票八千张。每票交官参税课二两五钱，银十两。但向“刨夫”（采参人）征收的人参，每票多至二十余两（每两价银二十两）。汉人私自入山偷采的人参也多由官员或商人购去。争购人参成为一项获利巨大的商业经营。
辽沈地区自顺治至康熙，先后九十余年不断开发，据一七二四年统计，已垦地一千二百四十万亩，有城市十五座。吉林、黑龙江地区新建城市八座。这些城市既是军兵驻防之所，又是商业贸易中心。满汉及边地各族开展着物品的交换，活跃着经济生活，与明代辽东的景象大不相同了。
（二）厄鲁特诸部的兴起和清朝对蒙古的统治 清朝建国前，皇太极已经臣服了漠南蒙古诸部。漠北和林故地至阿尔泰山的喀尔喀蒙古三大汗，曾在一六三八年（崇德三年）遣使向清朝进贡，此后成为定制。漠西蒙古四部，是瓦剌的后裔，清人称为四卫拉特，在西北地区游牧。杜尔伯特部在额尔齐斯河流域。土尔扈特部在雅尔（塔尔巴哈台）地区。和硕特部在今乌鲁木齐地区。准噶尔部在伊犁河流域。卫拉特四部又统称为厄鲁特。顺治时，清军集中兵力南下作战，厄鲁特蒙古诸部在西部地区得到发展。康熙时，清军与准噶尔部进行了长期的战争，进而统治了蒙古诸部。
一、蒙古和硕特的兴起和对藏族的控制 和硕特部在漠西四部中是较为强盛的一部，与准噶尔部为邻，一六三七年（崇德二年）分道东迁。顾实汗（固始汗）图鲁拜琥率部迁至青海地区游牧。顾实汗弟巴噶斯率部迁徙到河套地区。顾实汗在一六三七年即遣使去盛京，向清朝进贡。顺治帝即位后，又遣使祝贺。顺治帝诏命顾实汗统辖诸厄鲁特。
明代蒙古和藏族地区关系密切。蒙古俺答汗曾请求明朝派遣藏族喇嘛去蒙古传布佛教，并在一五七八年（明万历六年）请宗喀巴弟子根敦主巴的第三世呼毕勒汗锁南嘉错去到青海。俺答汗赐给锁南嘉错以大批礼物，并封赠“达赖喇嘛”称号。“达赖”蒙古语意为海洋，是崇高的象征。按照转世的制度，锁南嘉错被称为三世达赖。追称前世根敦主巴为一世达赖，根敦嘉错为二世达赖。三世达赖也赠给俺答汗以“转十金法轮咱克喇瓦第·彻辰·汗”的崇高宗教称号，并通过俺答汗向明廷贡纳方物，请求敕封。明神宗赐给僧衣、采缎、食茶等物，授予大觉禅师称号。三世达赖又自青海去鄂尔多斯蒙古地区传教。一五八八年（万历十六年），明朝加封三世达赖为大国师。次年，三世达赖病死。转世的四世达赖是生在青城（呼和浩特）的蒙古俺答汗的长孙、法名云丹嘉错。蒙古与藏族的关系更加密切了。
这时，藏族的喇嘛教仍存在不同的教派。被称为红教的传统旧派（红帽派）与宗喀巴创立的黄教格鲁派相互敌视。达赖喇嘛是格鲁派的领袖，住在拉萨的哲蚌寺。后藏地区只有日喀则的扎什伦布寺，由宗喀巴的另一弟子克主结转世的喇嘛主持，此外都还为红教所控制。四世达赖曾应邀到扎什伦布寺巡视。此后，扎什伦布寺的转世喇嘛只保持宗教上的领袖地位，而政治事务统属于前藏的达赖。但后藏地区的执政者第悉（摄政）对前藏也有政治权力。《蒙古源流》等书沿用蒙古人的习惯称谓，称他为“藏巴汗”，即“藏人的汗”。事实上，藏族中从来并没有过“汗”的称号。这时的“藏巴汗”是彭错南杰，他与红教派相结合以反对黄教。四世达赖要把他的势力扩展到后藏，不能不和红教及藏巴汗发生冲突。一六一一年（明万历三十九年），四世达赖喇嘛回到拉萨哲蚌寺。彭错南杰也到了拉萨，谋求和解，但遭到黄教僧俗的抵制。四世达赖被迫逃到桑耶躲避纠纷。藏巴汗的势力却在发展，并吞了前藏的大部分地区。万历四十四年（一六一六年）十二月，四世达赖云丹嘉错病死。
转世的五世达赖罗桑嘉错，于一六一七年出生在帕木竹巴系的贵旅家庭。这时帕木竹巴在政治上已与后藏分离，宗教上仍奉红教。但罗桑嘉错出生的穷结家族却同情于黄教格鲁派。五世达赖是由这时主持扎布伦寺的罗桑却吉坚赞喇嘛寻认的。这时后藏的彭错南杰已死，子噶玛丹均继为藏巴汗，对转世的达赖予以抵制，对他与蒙古的关系深怀疑虑。一六二一年（清天命六年），蒙古军入藏，受到噶玛丹均的抵抗。噶玛丹均军万余人战败。罗桑却吉坚赞等出面向蒙古军请和，噶玛丹均军免遭屠戮。一六三一年（天聪五年），藏巴汗噶玛丹均又联合帕木竹巴等旧派贵族反对黄教，五世达赖被迫逃离拉萨。
一六三五年（天聪九年）秋，察哈尔蒙古却图部王子阿尔斯兰领兵来到拉萨。他支持红教的藏巴汗反对黄教。但出于掳掠的目的，他又去攻打藏巴汗，攻下日喀则和江孜，四出焚掠。阿尔斯兰因被告发而被他的父王下令杀死。顾实汗与准噶尔部的巴图鲁浑台吉联合消灭了蒙古却图部。顾实汗来到拉萨，五世达赖赠给他“持教法王”的宗教称号。顾实汗也对达赖属下的官员给予封号。顾实汗返回和硕特部后，一六三八年（崇德三年）曾遣使邀请五世达赖，但未能成行。藏巴汗对黄教的敌视，促使五世达赖和黄教格鲁派僧俗更加依靠蒙古的支持，并请求顾实汗出兵援助。一六四○年，顾实汗为了解除黄教在东部的威胁，出兵攻打康（喀木）区信奉本教的必里王。次年，征服康区六“岗”，必里王被杀。蒙古兵驻西藏中部，击败藏巴汗噶玛丹均的军兵。战争继续了七个月之后，一六四一年底，擒杀藏巴汗。次年，攻下了后藏首府日喀则。
在战争进行中，达赖喇嘛、藏巴汗和红教喇嘛噶玛巴曾分别上书清帝皇太极。携带信件的使者在一六四二年（崇德七年）十月到达盛京，住留八月，返回西藏。这时，藏巴汗已被处死。顾实汗授五世达赖罗桑嘉错以十三万户，扶立他为全藏的领袖，同时任命一名第巴（藏语，地方执政者）参予执政。一六四五年（顺治二年），又加给住持札什伦布寺的罗桑却吉坚赞以班禅的称号（四世班禅），分治后藏。班禅是“班第达·禅布”的省称，意为大圣者。
顺治帝即位后，即遣使往迎五世达赖。一六四六年（顺治三年），达赖遣使祝贺顺治帝即位。一六五二年十一月，五世达赖到达北京，朝见顺治帝。次年二月离京返藏，顺治帝赐给金印，加封号为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。达赖喇嘛得到清朝的封赠，统治全藏和各地喇嘛教。他在政治上受到蒙古和硕特部顾实汗的控制，但又可通过教权控驭蒙古诸部。一六五三年，顺治帝诏封顾实汗为“遵文行义敏慧顾实汗”，赐金册、印。次年，顾实汗返回拉萨，在哲蚌寺病死。
顾实汗之子达延汗等在一六五九年从青海到拉萨，不久即离去。顾实汗任命的第巴已死。五世达赖独专藏政，后藏贵族又发动叛乱。同年十二月，达延汗返回西藏，镇压了叛乱。并在次年七月，任命青海的济善驻藏参予执政。一六六八年（康熙七年），达延汗死，子达赖汗继位。一六七一年三月，在拉萨举行了即位庆典。一六七九年五世达赖自行委任桑结嘉错为第巴执政。一六八二年九月，五世达赖病死。第巴桑结嘉错掌管藏政，长期隐瞒五世达赖的死讯，仍以达赖的名义进行活动。这时，北方的蒙古准噶尔部在噶尔丹汗统治下，正在向外扩张。
二、准噶尔部兴起与喀尔喀蒙古降清 清朝建国前后，蒙古诸部的形势是：一六三五年林丹汗败死，内蒙古诸部均归于清朝统治。外蒙古喀尔喀诸部向清朝进九白之贡，与厄鲁特诸部同被称为“朝贡之国”。和硕特部在青海地区兴起，南下控制了西藏。准噶尔部随后又在伊犁地区兴起，据有天山南北，并北上向外蒙古诸部扩张。土尔扈特部向西发展，与俄国贸易，并在一六三九年进入里海东岸，统治了当地的土库曼人。杜尔伯特部依附于准噶尔部，也有部分部民随土尔扈特部西迁。
喀尔喀蒙古与厄鲁特蒙古诸部，面临着俄国侵略势力的威胁。蒙古各部之间也存在种种矛盾。一六三四年，准噶尔部的首领哈喇忽喇去世。第二子呼图霍庆接受达赖喇嘛加给的称号巴图尔浑台吉，成为准噶尔的执政者。准噶尔部与和硕特部曾发生冲突，但当和硕特部迁移青海后，两部即告和解。一六四○年九月，厄鲁特和喀尔喀部领主曾在塔尔巴哈台（今塔城）会盟，制定《卫拉特法典》，以协调各部之间的关系。次年，巴图尔浑台吉派兵参加顾实汗去西藏的军队。和硕特部的鄂齐尔图（顾实汗兄拜巴噶斯汗之子）娶巴图尔浑台吉之女为妻，两部结成姻亲。达赖喇嘛加给鄂齐尔图以车臣汗的称号。巴图尔浑台吉娶土尔扈特部女为妻，从而和土尔扈特部也建立起良好的关系。当俄国的使臣邀约准噶尔部共同攻打土尔扈特部时，遭到巴图尔浑台吉的严词拒绝。巴图尔浑台吉一再抵制了俄国的侵略企图，并在一六四七年与俄国中断了联系。
大约在顺治十年（一六五三年）左右，巴图尔浑台吉死。有子十二人，各有自己的臣民，相互间展开了争夺政权和领地的斗争。第五子僧格在和硕特部鄂齐尔图的支持下，在顺治末年，才正式成为准噶尔部的执政者（那颜）。一六六六年（康熙五年），僧格曾遣使向清朝进贡。此后，康熙六年、八年，连续遣使纳贡，并接受清朝的赏赐（《圣祖实录》卷二十四、三十一）。在此期间，俄国不断遣使臣前来招诱，被僧格拒绝。一六六七年，僧格曾率领四千余人组成的军兵，抗击了入侵的俄国侵略军。但是，准噶尔贵族内部的争斗并未停息。一六七○年，僧格被异母兄策臣（巴图尔浑台吉长子）及卓特巴巴图尔（巴图尔浑台吉次子）杀害。巴图尔浑台吉第六子僧格的胞弟噶尔丹，自幼即去西藏，随达赖喇嘛修习佛法，曾被授予呼图克图（活佛）的尊号。僧格被杀时，他二十六岁，在达赖喇嘛和第巴桑结嘉错等支持下返回准噶尔部，击杀策臣，卓特巴逃往青海。噶尔丹扶立僧格的次子索诺木阿拉布坦执政。索诺木还是不满五岁的幼儿。政权全归噶尔丹掌握。噶尔丹娶和硕特部鄂齐尔图女为妻，以取得和硕特部的支持。
噶尔丹在巩固了他的统治后，兼并了他的叔父楚琥儿乌巴什的领地，并在一六七七年杀害了和硕特部的鄂齐尔图车臣汗。噶尔丹遣使到北京，向清朝奉表入贡，呈献缴获的弓矢等物，以求得到清朝对他袭杀车臣汗的认可，被康熙帝拒绝。次年，噶尔丹进占天山南路地区，统治了当地的维吾尔族（回部），并侵扰青海。这时，噶尔丹已在天山南北地区，拥有二十万户，六十万人众，形成一大势力。噶尔丹自立为汗，并随即得到五世达赖的认可。一六七九年，第巴桑结嘉错以五世达赖名义，加号噶尔丹为“博硕克图汗”。噶尔丹由此更得以向信奉喇嘛教的蒙古诸部扩展其势力。一六八二年，五世达赖死后，第巴桑结秘不发丧。噶尔丹继续得到第巴桑结的支持。
噶尔丹自立为汗，占据天山南北后，进而向蒙古喀尔喀诸部扩展其势力。喀尔喀蒙古诸部早已向清朝称臣纳贡。但不象漠南蒙古四十九旗那样编入旗制，由清朝直接统治。喀尔喀三大汗各有自己的领地，相互争夺。一六六二年，扎萨克贵族罗布藏谋杀扎萨克图汗旺舒克，争夺汗位。旺舒克兄绰墨尔根自立为汗，部众多逃依左翼士谢图汗察珲多尔济。康熙帝下诏废绰墨尔根，另立旺舒克弟成衮为汗。康熙二十三年（一六八四年）正月，扎萨克图汗成衮两次上疏康熙帝报闻。康熙帝遣使敕谕达赖喇嘛：“喀尔喀扎萨克图汗屡次疏言右翼子弟人民离散，奔入左翼，索之未还”。“朕与尔俱当遣使往谕，将扎萨克图汗离散人民给还，俾两翼永归于好。”（《圣祖实录》卷一一四）西藏第巴以达赖名义派出的使者，在这年冬季行抵青城时病死。次年，再遣噶尔亶西勒图前往。康熙帝派遣理藩院尚书阿喇尼去喀尔喀调解。成衮病死，子沙喇承袭扎萨克图汗位。一六八六年八月，阿喇尼与噶尔亶西勒图召集喀尔喀两翼扎萨克图汗与土谢图汗在呼伦贝尔地区会盟，宣读康熙帝谕旨，令其和好。两汗遵旨盟誓，“两翼互相侵占之台吉人民，令各归本主”（《圣祖实录》卷一二七）。康熙二十六年（一六八七年）正月，土谢图汗与车臣汗等上疏康熙帝说，“圣主弘恩无计酬报”，“请上尊号”。康熙帝不允，说：“自兹以后，无相侵扰”，“更胜于上朕尊号”。车臣汗死，康熙帝敕谕土谢图汗和达赖喇嘛，立车臣汗长子为汗。康熙帝对喀尔喀蒙古力行安辑，曾取得一定的成效。
喀尔喀蒙古两翼的矛盾，使噶尔丹得以利用。喇嘛教传入喀尔喀蒙古诸部后，宗喀巴第三弟子转世的活佛哲布尊丹巴驻在外蒙古，统领教务，仍尊达赖为喇嘛教最高领袖。在两翼中，哲布尊丹巴支持土谢图汗。噶尔丹指责哲布尊丹巴不尊礼达赖喇嘛派往蒙古的使者西勒图，借以攻击土谢图汗。一六八七年八月，土谢图汗向康熙帝奏报，噶尔丹将兴兵来攻。康熙帝敕谕土谢图汗和噶尔丹“息争修好”，劝阻兴兵，并告达赖喇嘛调解（《圣祖实录》卷一三一）。噶尔丹不听，领兵三万余，招诱扎萨克图汗等携众叛去。土谢图汗领兵追击，扎萨克图汗沙喇被俘，死。噶尔丹又遣弟多尔济扎卜领兵至喀尔喀掳掠人畜，被土谢图汗子噶尔旦台吉追及，杀死。一六八八年秋，噶尔丹亲自领兵自杭爱山后攻掠喀尔喀左右翼，土谢图汗子噶尔旦台吉战败。哲布尊丹巴遣使向清朝告急。哲布尊丹巴等自克鲁伦河败逃至苏尼特地带，接近清朝边防。七月，康熙帝派遣侍读海三代等去哲布尊丹巴处侦探，途遇噶尔丹使者，带回噶尔丹的奏疏，请求清朝对败逃的哲布尊丹巴和土谢图汗“或拒而不纳，或擒以付之”（《圣祖实录》卷一三六）。康熙帝遣侍卫阿南达往谕噶尔丹罢兵议和。又命安亲王岳乐领兵去苏尼特汛界驻防。噶尔丹分兵三路，东进的一路至呼伦贝尔地带。康熙帝命科尔沁诸王及盛京都统出兵备御。康熙帝亲自出巡塞外，察看内蒙古地区形势。
八月间，阿南达回报，七月二十七日行至克鲁伦河以北喀喇乌苏地带，探知噶尔丹曾告知达赖喇嘛使臣说：“若与土谢图汗和，则吾弟多尔济扎卜之命，其谁偿之！”“我尽力征讨五、六年，必灭喀尔喀，必擒泽卜尊丹巴（即哲布尊丹巴）。”（《圣祖实录》卷一三六）八月初，土谢图汗与噶尔丹在鄂尔浑诺尔之地相遇，激战三日。土谢图汗战败，逃依哲布尊丹巴。康熙帝驻乌里雅苏台地带，诏谕领侍卫内大臣佟国维、内大臣明珠、理藩院尚书阿喇尼等调遣八旗兵丁驻扎张家口外，漠南蒙古各旗兵驻边防守，归化城两旗兵丁驻扎城内。九月初，再遣京师八旗及大同、宣府等地军兵前往边境。
九月间，土谢图汗与弟西地西里巴图尔率领左右两翼台吉和部众至汛地卡伦乞降。哲布尊丹巴也率部众乞降。沿边一带蒙古诸台吉均随从内附。康熙帝命议政王大臣集议。议奏：“厄鲁特、喀尔喀向来归化，职贡有年。今交恶相攻，喀尔喀国破。土谢图汗泽卜尊丹巴胡土克图等诚心请降，应受而养之，俾其得所。”（《圣祖实录》卷一三七）康熙帝命阿喇尼面见哲布尊丹巴和土谢图汗，宣布谕旨。土谢图汗等将从降台吉名字及部落人口数目开送。计户二千，人口二万。续到者另行开送。清朝对来降者给以赈济，后来者又有二万人。
噶尔丹见清朝大兵出动，土谢图汗等降清，随即遣使向清廷进贡，并请照常贸易。康熙帝命岳乐等撤回军兵。十月，阿南达等往见噶尔丹。噶尔丹自称“我并无自外于中华皇帝、达赖喇嘛礼法之意”，但又指责土谢图汗与哲布尊丹巴，擒杀扎萨克图汗及弟多尔济扎卜，不可容。康熙帝诏谕土谢图汗及哲布尊丹巴与噶尔丹会盟，“自致其过”，“永议和好”。土谢图汗、哲布尊丹巴不听，上疏自陈。康熙二十八年（一六八九年）正月，康熙帝又遣使宣谕噶尔丹及达赖喇嘛，谴责土谢图汗“违旨兴兵”，要噶尔丹永息兵戎。三月，又命阿喇尼持敕书往见噶尔丹，劝其休战。十月，阿喇尼回奏，已于八月间面见噶尔丹密谈。噶尔丹称，“我身安乐之策，孰者为善，伏祈圣上指示，愿得遵行。但泽卜尊丹巴、土谢图汗等首乱，无故起兵，……前此再三陈奏，为此两人耳”（《圣祖实录》卷一四二）。噶尔丹西行游牧，阿喇尼返回陈奏，康熙帝不再遣使。降清的土谢图汗、哲布尊丹巴以下诸台吉部众，俱照漠南四十九旗制编为旗队。任授扎萨克（执政官），“指示法禁，如四十九旗例施行”（《圣祖实录》卷一四二）。车臣汗伊尔登于一六八八年病死。康熙帝命其子吴默赫袭爵。车臣汗所属诸台吉也增授扎萨克汗，收集离散之众，编为旗队。
三、乌兰布通之战与噶尔丹汗的败死 乌兰布通之战喀尔喀部落降附于清朝，是对噶尔丹的一大打击。但噶尔丹汗并不甘于失败，西行到科布多，建立营帐，企图依靠俄国沙皇的支持，再次向土谢图汗进攻。准噶尔部与俄国毗邻，早已有贸易往来，相互通使。一六八八年初，当噶尔丹侵入喀尔喀时，俄国派出与清朝谈判的代表戈洛文曾经派兵向喀尔喀蒙古发动进攻，遭到蒙古部众的抗击，被迫撤退。一六八九年俄国与清朝签订《尼布楚条约》后，已不再有能力发动侵略战争。但噶尔丹仍对俄国存在幻想。遣使向俄求援。一六九○年春，又派遣达尔罕宰桑到伊尔库茨克会见戈洛文，要求他出兵支援准噶尔进攻土谢图汗。戈洛文含糊其词地答应俄军将配合行动，并派遣基比列夫随同去噶尔丹处商谈。戈洛文的许诺其实是一个骗局，旨在推动蒙古各部自相残杀，借以从中渔利，攫取情报。
噶尔丹汗听信戈洛文的许诺，六月间进军乌尔浑河，以追击土谢图汗为名，越过清朝呼伦贝尔边防地界。康熙帝命科尔沁、巴林、翁牛特及乌珠穆沁等旗蒙古兵赴阿喇尼处防备。噶尔丹向乌珠穆沁使者声称：“我攻我仇喀尔喀耳，不敢犯中华界”。噶尔丹军入乌珠穆沁剽掠。阿喇尼统率的蒙古军在乌尔浑河地方夜袭噶尔丹营，准噶尔军自山上绕出，阿喇尼军大败。基比利夫坐观战事，回俄国报告。康熙帝交部议阿喇尼等“违命速战，以致失利”，革去议政，降四级调用。遣使谕噶尔丹，“尚书阿喇尼等不请旨而击汝，非本朝意也”。噶尔丹深入乌珠穆沁地。七月，康熙帝亲征。命裕亲王福全为抚远大将军，皇子胤禔为副，出古北口。恭亲王常宁为安北大将军，出喜峰口。八月初一日，清军在乌兰布通地方与噶尔丹军交战。噶尔丹将一万头骆驼捆扎卧地，背上搭箱垛，盖湿毡，列阵于山下依林阻军隔河列阵，火器在前，遥攻中坚，突破“驼城”，骑兵、步兵冲锋陷阵，大败噶尔丹军。噶尔丹经过四天的激战，损失了大量的人员和辎重，战败逃走。遣使持书至军前，声称：“今倘蒙皇上惠好，自此不敢犯喀尔喀”。康熙帝遣侍郎额尔贺图随同伊拉古克三喇嘛持敕书往谕，不得再侵掠喀尔喀人畜，清军不行追杀。十月，噶尔丹又具疏谢罪，声称“惟当领遵谕旨，奉行不违而已”。
当噶尔丹东侵时，其侄策旺阿拉布坦占据伊犁河流域，掳掠准噶尔部人畜西去。噶尔丹兵败后，逃至科布多一带。饥困乏食。十二月，上疏“请恩赐白金，以育众庶”。康熙帝特赐白金千两。
乌兰布通之战是一个转折。在此以前，噶尔丹虽然力图扩张，但对清朝亟表“恭顺”，以求得到清朝的支持。乌兰布通之战，噶尔丹误信俄国的愚弄，闯入清界，被清军战败。此后，清朝虽然仍图安辑，但视噶尔丹为狡黠不可信，在边地加强战备。噶尔丹拒不降清，败灭不可免了。
多伦盟会 乌兰布通之战前后，土谢图汗等属下部众，先后有十数万人降清。噶尔丹败北后，一六九一年四月，康熙帝亲自北上巡察，长子胤禔、三予胤祉随行。五月初，在多伦诺尔召集漠南四十九旗与喀尔喀七旗蒙古诸首领集会，以调协蒙古诸部之间的关系，确立清朝的统治制度。会前谕令土谢图汗、哲布尊丹巴等具疏请罪，在会上赦免。扎萨克图汗沙喇已死，令其子策妄扎卜承袭汗位。车臣汗也应召与会。会上定议，清朝对喀尔喀蒙古照漠南四十九旗例建立制度。喀尔喀七旗分编为三十四旗。三大汗仍保留汗的称号。属下各旗不再沿用蒙古的济农、诺颜诸名号，统依清制由清朝封授亲王、郡王、贝勒、贝子等爵位，旗下设参领、佐领等职。三十四旗均遵行清朝的法令。五月初四日，康熙帝在多伦检阅军兵，颁赏喀尔喀三十四旗。初六日启程返京。四十九旗王、贝勒等贵族在路左，喀尔喀诸王、贝勒等在路右跪送。喀尔喀蒙古从此完全处于清朝的统治之下。
康熙帝应蒙古贵族之请，在多伦敕建汇宗寺，成为喇嘛教的宗教中心和政治集会的场所。此后，康熙帝经常到此巡察，喀尔喀诸部也来此“述职”。
多伦盟会之后，噶尔丹在蒙古人中更为孤立了。
昭莫多之战 多伦盟会后，六月间康熙帝遣使告谕达赖喇嘛，喀尔喀已内属编旗，扎萨克图汗属下人等在达赖喇嘛处者应归还原主。并在谕中指责达赖的使臣济隆在噶尔丹营中，对噶尔丹的攻掠不加劝阻。告谕达赖喇嘛，噶尔丹再稍犯喀尔喀降人，“朕必发大兵，分路前进，务期剿灭之”（《圣祖实录》卷一五二）。一六九三年，噶尔丹上疏自陈，又请驱逐哲布尊丹巴、土谢图汗两人。五月，康熙帝下谕斥责，并劝其来降。噶尔丹拒不降清，图谋再举。八月，康熙帝又北上巡视，至乌里雅苏台。从哈密俘虏中得知噶尔丹部众牛羊已尽，在乌郎坞耕种。一六九四年六月，噶尔丹与策旺阿拉布坦攻战，康熙帝敕令加强宁夏边防。
噶尔丹经过几年的恢复，又在策划侵掠喀尔喀。清朝探得消息。一六九四年六月，谕领侍卫内大臣等：“若果噶尔丹来近土喇，扰害喀尔喀，我军有可乘之机，将军等相度而行。倘我师未至之先，彼已过而前进，则从后袭之。”（《圣祖实录》卷一六四）康熙帝命费扬古统率军兵，作好战争准备，并令边地诸将密切注视噶尔丹的动向。
康熙三十四年（一六九五年）正月，噶尔丹遣使至北京朝贡，仍上疏清除土谢图汗和哲布尊丹巴。康熙帝遣回贡使，不令进边，下诏斥责。七月，费扬古奏报：“噶尔丹进兵至塔米儿地方。”康熙帝调集各地军兵，待噶尔丹前来，一举消灭。九月，清军得报，噶尔丹兵劫掠喀尔喀之后，退往土喇河西去。十月，康熙帝谕令西安、宁夏满汉兵从西路进军。十一月，费扬古报，噶尔丹驻军于土喇河西巴颜乌兰之地，宜分军进剿。康熙帝命大军进剿噶尔丹。部署大兵分为三路，东路由萨布素将军率领盛京、宁古塔和黑龙江兵，沿克鲁伦河进兵。西路兵统归费扬古指挥，自归化城进兵。中路由京城及宣化府绿旗兵组成，暂不发兵。一六九六年二月，康熙帝自科尔沁亲王处得到密报，噶尔丹仍在巴颜乌兰，以为机不可失。亲自率中路兵出征，经科图进军巴颜乌兰。命西路归化城和陕西、宁夏兵同时进发，于四月下旬在土喇河与中路军会集。
康熙帝进军途中，得费扬古报西路军迟延到边。康熙帝恐噶尔丹逃窜，不待西路军至，亲率中路军进兵。五月，抵克鲁伦河畔，噶尔丹已领兵逃匿。康熙帝追击三日，不及。命轻骑搜索巴颜乌兰附近地带。五月十二日，自拖诺山回师。
费扬古等统领的西路兵与孙思克等陕西、宁夏绿旗兵，于五月十三日到达土喇河畔昭莫多附近。清军沿途疲弊，在昭莫多扎营。以逸待劳，诱敌来战。噶尔丹军被诱出战，清军诱敌深入，在昭莫多展开激战。噶尔丹军大败，死两千余人，降清和被俘者三千余人。噶尔丹妻也在作战中战死。噶尔丹率数十骑败逃，一蹶不振了。
噶尔丹败后，部众或散或降。康熙帝实行招抚，以孤立噶尔丹。十月间，康熙帝亲至归化城，传谕噶尔丹部众来降。留大臣一人，在归化城受降安置。噶尔丹西逃至哈密一带。康熙三十六年（一六九七年）正月，哈密额贝杜拉伯克在巴尔库尔地方擒获噶尔丹之子，解送清副都统阿南达军前。二月，康熙帝启程去宁夏，再度亲征。谕议政大臣：“噶尔丹穷迫已极，宜乘此际速行剿灭，断不可缓。朕今亲临宁夏，相度机宜。……克成大事，正在此举。”（《圣祖实录》卷一八○）青海蒙古诸部遣使来降。三月初，康熙帝抵宁夏，察知噶尔丹在萨克萨特呼里克，遂遣使招降，并将进兵之事告谕策旺阿拉布坦。大将军费扬古奉诏发兵。噶尔丹逃至阿察阿穆塔台地方，于闰三月十三日病死（一说自尽）。属下三百户，送噶尔丹尸体降清。
四、对蒙古诸部的统治 康熙帝击败噶尔丹后，只有策旺阿拉布坦统领的准噶尔部众继续在伊犁河流域活动。其余蒙古各部大都归于清朝直接统治之下。清朝在漠南、漠北和漠西相继建立起对蒙古诸部的统治制度。
漠南蒙古 漠南蒙古早在清太宗皇太极时，即已降附。清朝随即分旗，分佐领，封扎萨克。漠南二十四部编为四十九旗，改变了蒙古贵族与各旗间原有的隶属关系。各旗设扎萨克一人执政，统由清朝皇帝封授蒙古王公贵族充任。世袭者也须经清帝敕准。各旗扎萨克管理旗地、编查户口、整饬军备、审理案件，并定期向清朝进贡，觐见皇帝。扎萨克有过，清朝可以撤免。各旗之下分设佐领，每佐领有壮丁一百五十名。统治制度基本上是推行满洲八旗制度（与金国时期降附的八旗蒙古不同）。
邻近的几个旗（原属一部或数部）每隔三年由扎萨克会盟一次，推一人为盟长，由清帝任命。盟长主持盟会，商议军政事务，平时指挥各旗扎萨克。各盟由理藩院管辖，并受所在地区的将军、都统节制。四十九旗组成六盟：哲里木盟、卓索图盟、昭乌达盟、锡林郭勒盟、乌兰察布盟、伊克昭盟。他们分别由盛京将军、黑龙江将军、吉林将军、热河都统、察哈尔都统和绥远城将军节制。六盟四十九旗统称为内扎萨克蒙古。察哈尔八旗和归化城土默特两旗，分别由察哈尔都统和绥远将军直接统辖。不参加四十九旗盟会的察哈尔八旗原为林丹汗的部属，一六三五年（天聪九年）林丹汗子额哲降清，受封为亲王，部众编旗，在义州地区住牧。一六七五年（康熙十四年）二月，布尔尼（额哲侄，袭王爵）起兵反清。清朝任命信郡王鄂扎为抚远大将军前往镇压，察哈尔八旗部众被迁移到宣化、大同边外，由察哈尔都统统辖，不设扎萨克，官员也不得世袭。归化城土默特两旗，原为俺答汗后裔的部属。附清后，又反。一六三六年被清朝分编为旗，后归绥远城将军统辖。察哈尔八旗和归化城土默特两旗也称为内属蒙古，清朝对它的统治比内扎萨克蒙古更为严密。
漠北蒙古 漠北喀尔喀蒙古在多伦会盟后，已确定统治制度。依漠南之制，将原属土谢图汗、扎萨克图汗和车臣汗的蒙古部众分编为三十四旗，分别统属于三汗，不另设盟。噶尔丹败亡后，三汗部众返回漠北故地。康熙帝加封在战乱中有功的蒙古台吉为扎萨克，编为五十五旗。漠北各旗与漠南各旗并立，被称为外扎萨克蒙古。
漠西诸部 和硕特部鄂尔齐图汗被噶尔丹袭杀后，部众溃散。顾实汗之孙和罗理率庐帐万余，避居大草滩，得清朝允准，在甘州东北阿拉克山游牧。噶尔丹败亡后，和罗理请求清朝依照扎萨克蒙古体制设旗，分编佐领，不设盟。
青海地区的和硕特部八台吉在噶尔丹败后，谒见康熙帝。康熙帝封达什巴图（顾实汗子）为和硕亲王。其余台吉也分别封授贝勒、贝子和公爵，但未设立旗制。
原来遭受噶尔丹侵扰的哈密维吾尔人，清朝称为“回部”。一六九七年，哈密额贝杜拉伯克，俘献噶尔丹之子降清。清朝封他为扎萨克，编旗统治，如内扎萨克蒙古制度。
（三）西藏地区统治的建立 一六八二年五世达赖死后，第巴桑结嘉错匿丧不报，并以达赖的名义支持噶尔丹。康熙帝与噶尔丹作战中，从俘虏处得知五世达赖已死，桑结专政。一六九六年八月，敕谕第巴桑结说：“尔第巴原系达赖喇嘛下司事之人，……今观尔阳则奉宗喀巴之教，阴则与噶尔丹朋比”，“先是尔以久故之达赖诈称尚存，遣济隆胡土克图至噶尔丹所，乌兰布通之役为噶尔丹诵经，且择战日。且噶尔丹败，又以讲和为词，贻误我军，使噶尔丹得以远遁”。敕令第巴桑结：（一）奏明达赖喇嘛已故始末，尊奉班禅主持喇嘛教，应召来京；（二）执济隆胡土克图；（三）押解青海博硕克图济农所娶噶尔丹之女进京。康熙帝的敕谕最后说，“如有一项不遵，即发大兵问罪”（《圣祖实录》卷一七五）。次年三月，第巴上疏请罪，奏陈达赖死事，遵旨定议班禅来京。又陈请缓解济隆和噶尔丹之女。清廷议复，仍令押解来京，宥第巴罪。
五世达赖去世已有十五年之久。在此期间，第巴桑结曾私自认定一六八三年出生的仁青仓央嘉错为达赖转世，立为六世达赖。清廷不予承认，称之为假达赖。蒙古和硕特部顾实汗之孙达赖汗，在噶尔丹败后，曾上疏清朝庆贺。不久死去。次子拉藏汗袭位。第巴桑结图谋毒害拉藏汗未逞。拉藏汗被逐出西藏。一七○六年，拉藏汗领兵数百名返回拉萨，杀第巴桑结，将假达赖事陈奏清廷。康熙帝命护军统领席柱、学士舒兰为使，往封拉藏汗为“诩法恭顺汗”，并命将假达赖押解来京。十二月，青海西宁喇嘛商南多尔济奏报：假达赖行至西宁口外病死。次年，拉藏汗另立阿旺伊喜嘉错为转世的达赖喇嘛，青海蒙古诸台吉不予承认，彼此争论。康熙帝遣内阁学士拉都浑赴西藏看验。拉都浑回奏青海众台吉等与拉藏汗不睦，西藏事务不便令拉藏汗独理，应遣官一员，前往西藏协同拉藏汗办理事务。一七○九年二月，康熙帝遣侍郎赫寿前往办理西藏事务，加强了对西藏的统治。次年，赫寿擢任漕运总督，离藏。
准噶尔部的策旺阿拉布坦，在噶尔丹败后，仍在伊犁河流域活动，拒不降清，势力达到乌鲁木齐和吐鲁番地区，不断向清朝统治的哈密地区窜扰。清兵在巴尔库尔和阿尔泰等处严密防守，也不时西进袭击。一七一五年，吏部尚书富宁安奉命至甘州，总领军事。次年十月，康熙遣护理西安将军额伦特领西安兵驻西宁，听富宁安调遣，以防策旺阿拉布坦侵扰青海。十二月，巴尔库尔将军祁里德上疏，请派巴尔库尔之兵明年攻取吐鲁番。一七一七年三月，富宁安授靖逆将军，祁里德为协理将军驻巴尔库尔。出兵八千五百名，分为三队，不断袭击吐鲁番。当准噶尔部在吐鲁番迎战清军时，策旺阿拉布坦已另派一支军兵由弟策零敦多布率领，经阿里克路侵入了西藏。清廷全力注视吐鲁番，八月才从俘虏处得知策零敦多布自去年十一月即向西藏进军的情报。康熙帝全出意外，仍以为“今此兵或征取拉藏收取西边地方，或帮助拉藏侵犯青海，俱未可定”。依然继续加强青海的兵备。富宁安统率的三路军袭击吐鲁番之后撤回。十月间，青海和硕特蒙古台吉罗布藏丹津奏报：策零敦多布领兵三千来西藏，欲灭拉藏汗，拉藏汗整兵迎敌，已交战数次。康熙帝仍不以为意，认为“策零敦多布等之兵，疲弊已极，除阵亡病死外，未必满二千，又安能取得拉藏城地”，只命防备策零敦多布败后恣掠。康熙帝对臣下说：“今策旺阿拉布坦本属小丑，不足为虑”。“今因其移兵到藏，道路甚远，又无接应，自去年十月起行，今年七月方到”，“兵亦不用多，二百余人便可破之矣”（《圣祖实录》卷二七五）。与康熙帝的估计相反，策零敦多布在八月间统兵六千，与拉藏汗接战。十月末攻下拉萨布达拉宫，拉藏汗于十一月初一日被杀，子苏尔扎被俘（《圣祖实录》卷二七八）。一七一八年二月，清廷才接到拉藏汗去年十月间请求救兵的奏疏。康熙帝不明形势，轻敌致误，准噶尔部轻取拉萨，清廷震动了。
拉藏汗原来扶立的阿旺伊喜嘉错，不被承认。康熙五十二年（一七一三年）正月，康熙帝谕理藩院“班禅胡土克图为人安静，熟谙经典，勤修贡职，初终不倦，甚属可嘉”（《圣祖实录》卷二百五十三），依照封达赖喇嘛之例，封班禅为班禅额尔德尼（额尔德尼，满语珍宝，尊称），给以印册，以稳定西藏局势。西藏护法喇嘛则认定康熙四十七年（一七○八年）出生在里塘的罗布藏格桑嘉错为达赖转世，被奉为呼必尔罕，一七一七年，被青海诸台吉迎至西宁宗喀巴庙。策零敦多布据拉萨后，囚禁阿旺伊喜嘉错，并招诱里塘营官喇嘛。清廷急速调兵里塘，声言保护呼必尔罕之本乡。
一七一八年六月，驻西宁的西安将军额伦特与侍卫色楞分道进兵。七月，至齐诺郭勒，与策零敦多布军交战。额伦特至喀喇乌苏力战，九月，失败阵亡。清朝失将军，损失是严重的。康熙帝从轻敌疏误中取得经验，在西宁和四川分别调集重兵，从容布署，又分路侦察准噶尔部情势。一七一九年六月，四川都统法喇令副将岳钟琪带领绿旗兵占领里塘，处斩抗拒的第巴，进而进兵巴塘。巴塘第巴受抚投降，法喇领兵在巴塘驻扎，作进军的准备。八月，清廷得知蒙藏僧众均奉格桑嘉错为达赖转世，正式封授格桑嘉错为达赖喇嘛，定于明年派遣大臣率领大兵护送达赖进藏登座。十二月，康熙帝亲自定议，两路大兵进藏。阿尔泰、巴尔库尔两路之兵会合，袭击吐鲁番、乌鲁木齐，以使策旺阿拉布坦首尾不能相顾。明年二月，大兵随达赖进藏。康熙帝告谕议政大臣和军前召至大臣等说：“朕意如此，事关重大，不可急迫，从容周详定议为是。”大臣等议奏：进藏之兵增至一万二千名护送达赖，派大臣一员为将军统理。六月下旬，分兵袭击吐鲁番和乌鲁木齐。康熙五十九年（一七二○年）正月，康熙帝再次下诏说：“策旺阿拉布坦之人霸占藏地，以我兵远隔，不能往救。”“今满汉大臣咸谓不必进兵。朕意此时不进兵安藏，贼寇无所忌惮。或煽惑诸番部，将作何处置耶？故特谕尔等，安藏大兵，决宜前进。”（《圣祖实录》卷二八七）皇子胤禔为抚远大将军驻在青海木鲁乌苏，督办军务。宗室延信（康熙帝侄）为平逆将军送达赖进藏，自青海出兵。四川总督年羹尧请任护军统领噶尔弼为定西将军，领云南、四川两处兵马进藏。康熙帝敕封达赖为“弘光觉众第六世达赖喇嘛”，派满汉官兵及青海诸台吉之兵护送。四十九旗扎萨克和喀尔喀蒙古也令遣使会送。清军协同蒙古诸部护送六世达赖进藏，在宗教上和政治上都取得主动地位，在军事上也作了周密的部署，虽然路途险阻，胜利在望了。
清军进兵，以青海为主力。策零敦多布自领准噶尔兵迎击青海延信军，分兵二千六百人阻击南路噶尔弼军。噶尔弼军八月初自拉里前进，沿途招降各地的喇嘛和第巴，聚集皮船渡河。八月二十三日起兵，攻取拉萨，封闭达赖仓库，扎营固守，处决策零敦多布授为总管之喇嘛五人。策零敦多布与延信军遇，三战皆败，逃往伊犁。九月初八日，延信自达木启程，送达赖进藏。九月十五日，十五岁的六世达赖至布达拉宫坐床登座。囚禁的阿旺伊喜嘉错被解回京师。清军顺利地获得全胜。
清兵留兵四千驻拉萨。延信在一七二一年四月回京，命噶尔弼驻藏。噶尔弼称病罢。九月，策旺诺尔布为定西将军驻藏，以额驸阿宝、都统武格参军事。清廷废除第巴执政的旧制，参用拉藏汗时设噶伦（政务官员）的制度，封赏西藏有功贵族四人以爵位，俱为噶伦执政。阿里第巴康济鼐封贝子，管理卫藏和阿里地方政务。空布第巴阿尔布巴亦封贝子，协助康济鼐总领西藏事务。第巴隆布奈封辅国公，管理前藏政务。颇罗鼐授扎萨克一等台吉，管理后藏政务。四噶伦中，康济鼐为第一噶伦。康熙帝建立起对西藏的统治，亲制平定西藏碑文，在拉萨立石。
东北地区是满族兴起的故地。康熙帝在这里遇到了新的敌人俄国侵略者。经过坚决的斗争，胜利地把他们击退。康熙帝以中国的名义与俄国订立了《尼布楚条约》，确立了东北边疆。随后订立制度，加强了东北地区的军事政治统治，并在这一地区进行经济开发。黑龙江和松花江流域，陆续出现了许多新的城市，工商业呈现前所未有的发展。
漠南蒙古诸部在清初已经降附。漠北喀尔喀蒙古与清朝建立了朝贡关系。漠西厄鲁特蒙古四部占据天山南北，并且控制了西藏地区。占据伊犁河流域的准噶尔部成为厄鲁特蒙古中最强大的一部，与清朝为敌。康熙帝经过长期的战争，击败准噶尔部。漠北喀尔喀蒙古归于清朝直接统治，建立起盟旗制度。经过与准噶尔部的反复斗争，清朝驱逐了准噶尔在西藏的势力，册封六世达赖喇嘛（后称七世）和五世班禅额尔德尼，并在西藏建立起噶伦制度。
康熙帝经过近四十年的边疆战争，取得重大胜利，确立了对蒙古、西藏地区的统治。
（一）东北的经营与反击沙俄的战争 一、清初的东北地区 清初的东北地区，即山海关外，北越外兴安岭，东至于海包括库页岛在内的广大地区，是满族兴起的故地。山林之中和江河之畔还居住着从事畜牧或渔猎的若干部落，他们同属于通古斯语系。明代经营辽东各地，汉族农民陆续迁往辽沈地区屯驻开垦。嘉靖时，垦地三百六十八万亩，有居民三十八万余人。努尔哈赤和皇太极时，又把大批的汉人掳掠到辽东。一六四四年，多尔衮与顺治帝先后率众入关。满洲八旗将士家口和役使的奴仆，约有数十万人自盛京迁至北京及其周围地区。
清朝的旧都盛京，由正黄旗内大臣何洛会任留守盛京总管，在熊岳，锦州，兴京等十五城，分兵驻守。驻守盛京的八旗兵，每旗设协领一员，满人章京四员，蒙古、汉军各一员，佐领共四十八员。其他十四处也设章京二至四员，共有佐领三十五员。一六四六年（顺治三年），盛京内大臣改为昂邦章京。
顺治初年，清军在各地作战，盛京及其他各城留驻的八旗兵，不断被调遣到山海关内各地，补充军力。明清之际，辽沈地区几经战乱，关内移住的汉民多相继逃回。满人大批入关后，原来被俘的汉人也大量逃亡。一六五三年，牡丹江上游的重镇宁古塔，设昂邦章京（原为驻防章京），以加强对黑龙江和乌苏里江流域的统治。同时，又颁布“辽东招民垦殖条例”，奖励汉人农民去辽东开垦，但并未能收到成效。一六六一年，奉天府尹张尚贤在奏疏中陈述当地的情形说：辽河以东只有奉天、辽阳、海城三处人民凑集。河东和河西所谓“腹里”的广阔地区，竟是“荒城废堡，败瓦颓垣，沃野千里，有土无人”（《圣祖实录》卷二）。
开原以外兴安岭以南，东至库页岛地区，主要是人数不多的各少数民族，分散在山林江河之间。黑龙江中上游石勒喀河到精奇里江口一带，两岸住有索伦、达斡尔（打呼儿）、鄂伦春等族，清朝统称他们为索伦部。松花江下游乌苏里江两岸住有赫哲族。黑龙江下游两岸和库页岛上，有费雅喀人、奇勒尔人和库页人，滨海有恰克拉人。这些少数民族多从事狩猎。只有达斡尔人经营农业和饲养家畜，在东北诸族中，经济、文化水准最高。清朝入关以前，索伦部设置牛录章京统领。其他各族则依据原有氏族部落组织，以氏族长为姓长（哈喇达），部落长为乡长（噶珊达）。索伦、达斡尔族的部分居民，曾被编入满洲八旗。
二、俄国的入侵与清朝的反击 蒙古贵族在十三世纪时建立的钦察汗国（又称金帐汗国），在十五世纪时已陷于分裂。一四八○年，钦察汗国被莫斯科公国的依万三世领兵击败，随后又被克里木汗国摧毁。一五四七年莫斯科的依万四世建立俄罗斯国家，自称沙皇（源于罗马帝号恺撒）。一五五四年，征服伏尔加河流域诸汗国并侵入克里木岛。依万四世的继承者沙皇费多尔时，将西伯利亚汗国侵并。封建农奴制的俄国，为谋求商业资本的积累，日益向外掠夺。一六一三年，罗曼诺夫家族的米海依尔被选任沙皇。俄国贵族在对波兰作战的同时，继续向东方侵掠。一六四三年，俄国驻雅库次克的督军派出被称为哥萨克（流散的各族人）的骑兵一百三十二名，越过外兴安岭，侵入黑龙江流域，并在精奇里江达斡尔人住区肆行掳掠。达斡尔居民在莫尔迪奇村奋起抵抗。哥萨克兵败走，沿黑龙江两岸掳掠，继续遭到各族人民的反击。一六四六年（顺治三年）入侵的哥萨克兵只剩下五十人逃回，俄国由此得知清朝在黑龙江流域防务空虚，继续派遣更多的哥萨克兵进行侵略。由哈巴罗夫和斯捷潘诺夫统带的两批哥萨克兵，相继侵入黑龙江流域，在一六五○年冬攻占了黑龙江北达斡尔人的城堡雅克萨，以此为据点扩大侵略。一六五二年，俄国雅库次克官员公然向清朝提出侵占黑龙江土地的无理要求。这时，清军主力集中在江南作战，连年分兵北上抗击。在乌扎拉、呼玛尔、尚坚乌黑和松花江口，不断击败哥萨克侵略军。一六五八年，俄国侵略军首领斯捷潘诺夫在松花江上被清军击毙。一六六○年，清军基本肃清了入侵的俄国哥萨克军。次年，康熙帝即位，四大臣辅政，将盛京昂邦章京改设为镇守辽东等处将军（康熙四年，改为镇守奉天等处将军，后称盛京将军）。宁古塔昂邦章京改设镇守宁古塔等处将军（后改称吉林将军）。又将黑龙江中上游以北的索伦、达斡尔人南迁到嫩江之滨，黑龙江、乌苏里江和松花江下游的一些居民，迁移到牡丹江和松花江上游，以求安全。俄国侵略军向贝加尔湖以东出兵，侵占了蒙古茂明安部的牧地尼布楚，并在一六六五年再次侵占了雅克萨城，继续窜犯黑龙江流域。
新满洲的编组康熙帝亲政，即面临着抗击俄国侵略，收复雅克萨城的任务。一六七一年，他东巡盛京祭祖后，在吉林附近召见宁古塔将军巴海，告谕巴海对边疆各族要“广布教化”，对罗刹（俄罗斯）“尤当加意防御，操练士马，整备器械，毋堕狡计。”（《圣祖实录》卷三十七）随后，即将边地各族，进行军事编组，以加强边防。
居住在松花江、乌苏里江和黑龙江流域的部分赫哲族和分布在滨海浑春河一带的库雅拉人，按满洲军事制度编组军兵，设置佐领，号为“新满洲”（伊彻满洲）。一六七三年，康熙帝在北京召见新满洲佐领四十人，优加升赏。一六七六年，宁古塔将军移驻吉林，宁古塔设副都统。新满洲军兵编组后，有四十佐领驻防吉林和宁古塔，三十一佐领移驻盛京、锦州、广宁、义州四城，另有八佐领调驻北京。新满洲各族人原来多从事渔猎。编组后依满洲制度授田，从事农耕，以便就地训练和驻防。
布特哈八旗 黑龙江中上游的索伦、达斡尔、鄂伦春等族，原已按满洲制度编为索伦部统辖。由于俄国入侵，居民被迫迁至嫩江。一六六五年，又依旗制设索伦佐领二十九员。一六六七年，从事农耕的达斡尔人，另编为十一佐领。一六六九年，定索伦总管为三品官，副总管为四品官。从事狩猎的索伦诸部被称为“布特哈（打牲）八旗”，每年向清朝贡纳貂皮。雅克萨城被俄军侵占后，原属该城的达斡尔部，也编入布特哈八旗。一六七一年八月，索伦副都统及属下参领、佐领、骁骑校等各级军兵统领共一百四十余人到北京朝见。此后，加强整饬训练。一六七四年时，布特哈八旗兵已有五千五百二十四名，成为一支重要的军事力量。
一六八一年，三藩反清战争基本结束。次年四月，康熙帝再次东巡，至乌喇（吉林）泛舟松花江，考察形势。九月，又派副都统郎谈、彭春到达斡尔、索伦地方，侦察被俄国侵占的雅克萨城防地形和水陆交通。康熙二十二年（一六八三年）正月，郎谈、彭春回京后奏称：发兵三千，即可收复雅克萨。康熙帝以为，应先在黑龙江“建城永戍”，加强边防。副都统萨布素率领乌喇宁古塔官兵一千人，到瑷珲筑城驻防。后又增调五百人加强驻军，达斡尔兵士近五百人到瑷珲附近的额苏里屯田。十月，康熙帝任命萨布素为“镇守瑷珲等处将军”（即黑龙江将军），统辖松花江以西、外兴安岭以南的黑龙江中上游地区。这样，东北地区便由黑龙江、宁古塔、奉天三名将军分兵驻防，完成了军事部署。为保证军需供应的畅通，又在瑷珲与吉林一千三百四十里之间，设立驿站十九处，由汉族流人充当站丁。又派户部尚书伊桑阿，到乌喇督造战舰，修治盛京与辽河、松花江、黑龙江的水上运输，以便向瑷珲运送粮草军械。理藩院与户部官员，到索伦与蒙古地区，“督理农务”，征调粮食、马匹和牛羊，作支援战争的准备。
收复雅克萨 康熙帝在加紧整饬边防的同时，一六八三年九月，谕理藩院晓谕俄国，“倘执迷不悟，留我边疆，彼时必致天讨，难免诛罚”（《圣祖实录》卷一一二）。一六八五年春，康熙帝见边防渐固，决计出兵反击俄国侵略者，收复雅克萨城。任命彭春为统帅，调京营八旗兵约六百人，福建藤牌兵四百二十人，连同瑷珲驻防的二千人，对俄作战。布特哈八旗与蒙古族人民，侦察敌情，安设驿站，供应军需。五月二十二日，清军分水陆两路进攻雅克萨，以战舰封锁江面，使用大炮攻城。城中俄军不敌，首领托尔布津出城乞降，誓不再来雅克萨侵扰。康熙帝命释放俄军俘虏六百余人回国。清军焚毁雅克萨城堡，撤回瑷珲整休。俄军退后，盘踞在尼布楚的统领伊万，又派遣托尔布津领兵返回雅克萨，筑城设防。一六八六年二月，清兵二千人，在萨布素、郎谈的率领下，再次进攻雅克萨。七月，清军四面挖壕筑垒，围困敌军。九月攻城，托尔布津被炮火击毙。八百多名俄军败死，最后只剩下六十六人。这时，俄国派出使臣到北京，要求解雅克萨之围，进行边界谈判。清军主动撤离雅克萨，双方开始谈判的准备。
中俄《尼布楚条约》的签订一六八五年末，俄国任命御前大臣、将军费·阿·戈洛文为全权大臣，组成谈判使团。俄国沙皇秘密训令使团：“两国应以黑龙江为界，否则就以左岸支流比斯拉特河（即牛满河）或结雅河（即精奇里江）为界，再其次以雅克萨为界。但俄国在黑龙江及其支流有通商的权利”。妄图通过谈判，侵占清朝边地。一六八八年五月，康熙帝命领侍卫内大臣索额图等组成对俄谈判使团。康熙帝谕令索额图等：“尼布潮（楚）、雅克萨、黑龙江上下，及通此江之一河一溪，皆我所属之地，不可少弃之于鄂罗斯”，照此“画定疆界，准其通使贸易。”（《圣祖实录》卷一三五）六月，使团行至克鲁伦河附近，遭到蒙古准噶尔部的阻击，退回北京。后经两国重新协商，于康熙二十八年七月八日（一六八九年八月二十二日），在尼布楚正式开始谈判。
在尼布楚谈判中，中俄使团展开了激烈的争辩。戈洛文反诬清朝挑起战争，提出“两国以黑龙江至海为界”的无理要求。索额图当即严加驳斥，指出俄国侵略了中国的领土，中国才被迫自卫反击，并严正声明：“鄂嫩、尼布潮（楚）系我国所属毛明安诸部落旧址，雅克萨系我国虞人阿尔巴西等故居”，后为俄国所窃据（《圣祖实录》卷一三五）。俄国应归还侵占中国的领土。索额图遵照康熙帝的密谕，坚持必须收复雅克萨，但“如彼使者恳求尼布潮，即可以额尔古纳河为界。”清朝企图作出重大的领土让步，以换取边疆的稳定。戈洛文喜出望外，进而坚持以结雅河为界，拒绝交回雅克萨，致使谈判陷入僵局。清朝使团担任翻译的随员传教士张诚（法国人）、徐日升（葡萄牙人）等，在会下往返协商，从中斡旋。两位传教士得知康熙帝可能同意俄国人每年去北京贸易，受清使团的委托，去俄国使团的营帐交涉。俄国使团认为“去北京进行自由贸易，是期待已久的最大利益。因此他们可以接受皇帝（康熙帝）提议的分界线。”（《耶稣会士中国书简集》日译本第一集）当晚，传教士带回了条约的俄文本。在此之前，俄国曾经三次派遣使团去北京，寻求通商途径，未获结果。这次意外地如愿以偿。经过十六天的谈判交涉，七月二十四日（公历九月七日），中俄《尼布楚条约》正式签字，树立界碑。签约条文主要内容如下：一、以流入黑龙江之绰尔纳河（即乌伦穆河）附近之格尔必齐河为两国之界，此河发源处石大兴安岭以至于海，亦为两国之界。岭南一带土地及流入黑龙江大小诸川，应归中国管辖；岭北一带土地及川流，应归俄国管辖。
一、流入黑龙江之额尔古纳河亦为两国之界，河以南诸地尽属中国，河以北诸地尽属俄国。南岸之墨里勒克河口诸房舍，迁移北岸。
一、俄国在雅克萨城所建城障，应尽行除毁，俄民之居此者，应悉带其物用，尽数迁入俄境。
一、两国猎户人等，不得擅越已定边界。若有一、二人擅自越界者，立即械系，遣送各官吏，审知案情，当即以法处罚。若十数人，相聚或持械捕猎，或杀人抢掠，并须报闻两国皇帝，依罪处以死刑。既不以少数人民犯禁而备战，更不以是而至流血。
一、此约订立以前所有一切事情，永作罢论。自两国永好已定之日起，嗣后有逃亡者，各不收纳，并应械系遣还。
一、现在俄民之在中国或华民之在俄国者，悉听如旧。
一、自和约已定之日起，凡两国人民持有护照者，俱得过界来往，并许其贸易互市。
一、和好已定，两国永敦睦谊，自来边境一切争执永予废除，倘各严守约章，争端无自而起。
《尼布楚条约》是清朝与外国缔结的第一个正式条约。清朝收回了被俄国侵占的部分领土，阻止了俄国对黑龙江流域的侵略。俄国由此合法占有中国的尼布楚地区。《尼布楚条约》签订后，继续划定了两国中段边界。一六九三年，俄国派遣义杰斯出使中国，谈判贸易问题。清朝准许俄国商队每隔三年来北京一次，每次不得超过二百人，免税贸易八十天。俄国政府的商队，由此得以向中国倾销西伯利亚的皮毛，并采购茶叶、缎布等运回本国，获利很大。
三、东北地区的经营 清朝在订立《尼布楚条约》后的三十年间，加强了对东北边境地区的军事、政治统治和经济开发。
建城设防 清朝在瑷珲筑城设防之后，一六八六年又在墨尔根建城，驻扎索伦、达斡尔旗兵十五佐领。尼布楚订约后，一六九一年修筑齐齐哈尔城，驻兵十六佐领。在宜卧齐地方（今尼尔基）设立布特哈总管衙门，统领各族兵民。康熙末年增编到一百零八个佐领。
宁古塔将军的辖区，一六九二年修筑伯都讷城，设付都统驻防。当地的锡伯族和卦尔察族人编旗为兵，设协领六名统带训练。一七一四年在三姓（依兰）筑城，设协领统辖，赫哲人编组为四佐领驻防。在珲春建城，将库尔喀族人编为三佐领驻防。
旗丁与旗地清朝对东北各族推行满洲八旗制度，据一六七八年（康熙十七年）的统计，吉林、宁古塔编旗的新满洲，共有三千二百五十三丁，一万一千一百八十人，分驻在盛京、锦州、广宁、义州四城，由三十一名佐领统带，披甲种地，顶补当差。一六八二年，巴尔虎蒙古编为十佐领，共五千余户，一千余丁，分驻盛京、开原等八城。一六九九年，裁撤八城驻防旗丁的老弱，另由伯都讷调遣锡伯壮丁二千名顶补。盛京附近地区，先后迁来各族旗丁六千五百余丁，连同家属约有二万余人。此外，原来调驻北京的旗丁也陆续迁回盛京。对于盛京周围的各族旗丁，清朝实行满洲八旗的授田制。据一六七九年（康熙十八年）户部官员在东北丈量，东起抚顺，西至宁远，南自盖平，北至开原的耕地共计三千二百九十万四千九百三十亩，其中二千七百六十二万二千二百八十亩定为“旗地”。满蒙等各族的旗丁，每丁给地五晌（三十亩）。其余作为“民地”，由汉人耕作。定为旗地的田地上，还设立皇室粮庄三百零五所，其中二百二十一所设在河西，直属京师内务府。其余八十四所，属盛京内务府。盛京户部另设官庄一百二十七所。
黑龙江将军辖区，自一六八四年（康熙二十三年）在瑷珲筑城屯田。瑷珲、墨尔根、齐齐哈尔等城和布特哈八旗相继建立官庄六十一所，公田十一处。编旗的官兵则在附近授田垦殖。
宁古塔将军辖区，在吉林、宁古塔、伯都讷等城和打牲乌拉，设立官庄七十四所。
东北各地的皇庄和官庄，役使大批的汉族农民进行生产。这些汉人的来源是：（一）流人。顺治十一年到康熙七年间，盛京刑部统计，从刑部和督捕衙门流徙到尚阳堡的罪犯即有三千五百一十五名，连同家属共五千九百一十四人。三藩战争后，三藩的部属大批被流放到盛京充当庄田壮丁或到黑龙江充当驿站站丁。还有大批“从宽免死”的罪犯，流放到东北边地为奴。近人估计，顺康雍百年间，东三省之流人，近十万人。（二）买卖。档案记录，一六六九年（康熙八年），盛京正黄旗下的一名庄头，即购买男女人丁十八名之多（《盛京内务府档·京来档》康熙八年七月十二日）。一七一二年，明确规定准许关外各处旗人来京买人，由驻地将军发给部印文。可见入关购买汉人已很普遍。（三）籍没。官员犯罪，家属籍没为奴，被流徙到东北边地。（四）投充。明末以来陆续去东北垦荒的汉人，被迫投身旗下，编入庄田。以上这些来源不同的汉人，身份是壮丁或奴仆。流放的罪犯自带铁索，打死勿问。
民户与民地 旗地以外的民地，系由汉族农民开垦。他们被称为民户，是自耕的农民。
明清之际，民户大量逃移。一六五三年（顺治十年）颁布“辽东招民开垦条例”，鼓励山海关内各地汉族农民去东北地区开垦。设辽阳府，辖辽阳、海城两县，以统治汉族农民。一六五七年，辽阳府改为奉天府。据一六六一年（顺治十八年）的统计，奉天府尹管辖下的民户共计五千五百五十七丁，耕地六十万九百三十三亩。应招出关开垦的农民，尚不及关内一县之数。康熙初年，战事暂停，去东北开垦的汉族农民大量增加。一六六六年，增设为两府九县（州）。奉天府辖辽阳州与承德（沈阳）、铁岭、盖平、开原、海城等县。新设锦州府，辖宁远州与广宁县、锦县。一六六八年，康熙帝又停止实行“辽东招民开垦条例”，汉人出关须办理起票记档等手续，以为限制。但直隶、山东、河南等地的农民，仍然大批流入关外。一六八五年时，两府各州县所辖民户，共计两万六千二百二十七丁，耕种田地增至三百十一万一千七百五十九亩，较一六六一年增长了五倍多。
民地的汉族民户，直接向官府交税，与旗地的壮丁、奴仆地位不同。民地与旗地存在着不同的经济关系，也实行不同的政治制度。旗地仍实行满洲的八旗制度，民地则实行府县制的统治。
边地诸族 松花江、黑龙江下游、乌苏里江两岸以及库页岛上的赫哲、费雅喀、鄂伦春、奇勒尔、库雅喇、恰克拉、库耶等族未编旗的居民，在原来的氏族组织的基础上，由姓长、乡长统领，归宁古塔副都统统辖。清廷规定，每户每年要进贡貂皮一张。一六七六年，编定黑龙江下游及乌苏里江两岸贡貂者共一千二百零九户。以后，又陆续增加了七百零一户。一六九○年，库页岛上的库耶人首领，曾与奇勒尔、费雅喀、鄂伦春等族一道到北京贡纳貂皮（《圣祖实录》卷一四九）。清廷以“宗女”嫁给边地诸族首领以为羁靡。嫁去的“宗女”，不少是民女。各族人民称之为“皇姑”，满语称为“萨尔罕锥”。
边地诸族人贡貂，清廷例有回赐，称为“赏乌绫”（财布）。赏赐分为五等，一等赐萨尔罕锥，二等赐姓长，三等赐乡长，四等赐子弟（姓长、乡长之子弟，又称穿袍人），五等赐白人，即各族平民。赏赐物主要是各种服装穿戴和日用品。据说，清朝得一张貂皮，须费银十两。旨在“羁靡诸部，固我边陲”。
城市与商业东北地区人口的增长与耕地的扩大，促使城市商业日渐发展。一六六八年停止招民开垦，但并不限制商人去关外贸易。直隶、山西等地汉族的皮毛商、山东回民的贩牛商等各地商人大批到东北地区往来货贩。一六七六年盛京城市税收银二千一百三十两，其中主要是商税。一六八○年增长到三千两。锦州府城建立的初年，税银只有六百七十余两，到一七○八年时，增至一千六百余两，以后又陆续增加到一千九百余两。宁古塔城顺治时城中尚无汉人。康熙末年已有居民三、四百家，商贾三十六家，主要是经营布帛杂货和饮食业。随着商业的发展，明代作为边防军镇的城市，逐渐形成为贸易中心。城市中饮食业与典当业也随之兴起。康熙末年，盛京城中有酒肆上千家，当铺约有三十家，锦州城内有当铺十九家。其他中小城市中，当铺、酒肆和烧锅（酿酒业）等也很发达。边地渔猎民族用貂皮等到城市交易。赫哲族每年到宁古塔贩卖貂皮，换取布匹、粮食、铁锅、食盐等生活用品。宁古塔的商人又把貂皮送到北京贩卖。在边地城镇中，汉族商人还向满洲官兵赊卖货物，从而在当地取得一定的势力。
东北商业中，人参的收购是一项特殊的交易。人参是东北地区特产的名贵药材，采参获利甚大。清初即已划定区域，将一百一十处参山分配给八旗各牛录，分别采掘。吉林打牲总管衙门所收人参专供皇室需用。一六八四年时，乌苏里江之富钦河、讷恩图河上游山中，发现新的产参区。这时，乌喇、宁古塔一带人参采挖已尽，八旗旗丁得清朝允准不再分山，俱到乌苏里江附近山中采参。满洲旗丁视采参为特权。大批汉人流民也到乌苏里江附近山中私自采参，不能禁止。山东、山西的流民，每年三、四月去产参地偷采，至九、十月间返回。一六九四年，黑龙江将军萨布素奏报说：每年去吉林、宁古塔等偷采人参者，不下三、四万人。一七○九年，实行“参票法”，仿照颁发盐引的办法，每年发参票两万张，作为采参的凭证。一万张发给满洲兵丁，一万张发给商人承包，由内务府抽收参课（税）。商人承包采参，获得大利。一七一四年，皇商王修德等即承参票八千张。每票交官参税课二两五钱，银十两。但向“刨夫”（采参人）征收的人参，每票多至二十余两（每两价银二十两）。汉人私自入山偷采的人参也多由官员或商人购去。争购人参成为一项获利巨大的商业经营。
辽沈地区自顺治至康熙，先后九十余年不断开发，据一七二四年统计，已垦地一千二百四十万亩，有城市十五座。吉林、黑龙江地区新建城市八座。这些城市既是军兵驻防之所，又是商业贸易中心。满汉及边地各族开展着物品的交换，活跃着经济生活，与明代辽东的景象大不相同了。
（二）厄鲁特诸部的兴起和清朝对蒙古的统治 清朝建国前，皇太极已经臣服了漠南蒙古诸部。漠北和林故地至阿尔泰山的喀尔喀蒙古三大汗，曾在一六三八年（崇德三年）遣使向清朝进贡，此后成为定制。漠西蒙古四部，是瓦剌的后裔，清人称为四卫拉特，在西北地区游牧。杜尔伯特部在额尔齐斯河流域。土尔扈特部在雅尔（塔尔巴哈台）地区。和硕特部在今乌鲁木齐地区。准噶尔部在伊犁河流域。卫拉特四部又统称为厄鲁特。顺治时，清军集中兵力南下作战，厄鲁特蒙古诸部在西部地区得到发展。康熙时，清军与准噶尔部进行了长期的战争，进而统治了蒙古诸部。
一、蒙古和硕特的兴起和对藏族的控制 和硕特部在漠西四部中是较为强盛的一部，与准噶尔部为邻，一六三七年（崇德二年）分道东迁。顾实汗（固始汗）图鲁拜琥率部迁至青海地区游牧。顾实汗弟巴噶斯率部迁徙到河套地区。顾实汗在一六三七年即遣使去盛京，向清朝进贡。顺治帝即位后，又遣使祝贺。顺治帝诏命顾实汗统辖诸厄鲁特。
明代蒙古和藏族地区关系密切。蒙古俺答汗曾请求明朝派遣藏族喇嘛去蒙古传布佛教，并在一五七八年（明万历六年）请宗喀巴弟子根敦主巴的第三世呼毕勒汗锁南嘉错去到青海。俺答汗赐给锁南嘉错以大批礼物，并封赠“达赖喇嘛”称号。“达赖”蒙古语意为海洋，是崇高的象征。按照转世的制度，锁南嘉错被称为三世达赖。追称前世根敦主巴为一世达赖，根敦嘉错为二世达赖。三世达赖也赠给俺答汗以“转十金法轮咱克喇瓦第·彻辰·汗”的崇高宗教称号，并通过俺答汗向明廷贡纳方物，请求敕封。明神宗赐给僧衣、采缎、食茶等物，授予大觉禅师称号。三世达赖又自青海去鄂尔多斯蒙古地区传教。一五八八年（万历十六年），明朝加封三世达赖为大国师。次年，三世达赖病死。转世的四世达赖是生在青城（呼和浩特）的蒙古俺答汗的长孙、法名云丹嘉错。蒙古与藏族的关系更加密切了。
这时，藏族的喇嘛教仍存在不同的教派。被称为红教的传统旧派（红帽派）与宗喀巴创立的黄教格鲁派相互敌视。达赖喇嘛是格鲁派的领袖，住在拉萨的哲蚌寺。后藏地区只有日喀则的扎什伦布寺，由宗喀巴的另一弟子克主结转世的喇嘛主持，此外都还为红教所控制。四世达赖曾应邀到扎什伦布寺巡视。此后，扎什伦布寺的转世喇嘛只保持宗教上的领袖地位，而政治事务统属于前藏的达赖。但后藏地区的执政者第悉（摄政）对前藏也有政治权力。《蒙古源流》等书沿用蒙古人的习惯称谓，称他为“藏巴汗”，即“藏人的汗”。事实上，藏族中从来并没有过“汗”的称号。这时的“藏巴汗”是彭错南杰，他与红教派相结合以反对黄教。四世达赖要把他的势力扩展到后藏，不能不和红教及藏巴汗发生冲突。一六一一年（明万历三十九年），四世达赖喇嘛回到拉萨哲蚌寺。彭错南杰也到了拉萨，谋求和解，但遭到黄教僧俗的抵制。四世达赖被迫逃到桑耶躲避纠纷。藏巴汗的势力却在发展，并吞了前藏的大部分地区。万历四十四年（一六一六年）十二月，四世达赖云丹嘉错病死。
转世的五世达赖罗桑嘉错，于一六一七年出生在帕木竹巴系的贵旅家庭。这时帕木竹巴在政治上已与后藏分离，宗教上仍奉红教。但罗桑嘉错出生的穷结家族却同情于黄教格鲁派。五世达赖是由这时主持扎布伦寺的罗桑却吉坚赞喇嘛寻认的。这时后藏的彭错南杰已死，子噶玛丹均继为藏巴汗，对转世的达赖予以抵制，对他与蒙古的关系深怀疑虑。一六二一年（清天命六年），蒙古军入藏，受到噶玛丹均的抵抗。噶玛丹均军万余人战败。罗桑却吉坚赞等出面向蒙古军请和，噶玛丹均军免遭屠戮。一六三一年（天聪五年），藏巴汗噶玛丹均又联合帕木竹巴等旧派贵族反对黄教，五世达赖被迫逃离拉萨。
一六三五年（天聪九年）秋，察哈尔蒙古却图部王子阿尔斯兰领兵来到拉萨。他支持红教的藏巴汗反对黄教。但出于掳掠的目的，他又去攻打藏巴汗，攻下日喀则和江孜，四出焚掠。阿尔斯兰因被告发而被他的父王下令杀死。顾实汗与准噶尔部的巴图鲁浑台吉联合消灭了蒙古却图部。顾实汗来到拉萨，五世达赖赠给他“持教法王”的宗教称号。顾实汗也对达赖属下的官员给予封号。顾实汗返回和硕特部后，一六三八年（崇德三年）曾遣使邀请五世达赖，但未能成行。藏巴汗对黄教的敌视，促使五世达赖和黄教格鲁派僧俗更加依靠蒙古的支持，并请求顾实汗出兵援助。一六四○年，顾实汗为了解除黄教在东部的威胁，出兵攻打康（喀木）区信奉本教的必里王。次年，征服康区六“岗”，必里王被杀。蒙古兵驻西藏中部，击败藏巴汗噶玛丹均的军兵。战争继续了七个月之后，一六四一年底，擒杀藏巴汗。次年，攻下了后藏首府日喀则。
在战争进行中，达赖喇嘛、藏巴汗和红教喇嘛噶玛巴曾分别上书清帝皇太极。携带信件的使者在一六四二年（崇德七年）十月到达盛京，住留八月，返回西藏。这时，藏巴汗已被处死。顾实汗授五世达赖罗桑嘉错以十三万户，扶立他为全藏的领袖，同时任命一名第巴（藏语，地方执政者）参予执政。一六四五年（顺治二年），又加给住持札什伦布寺的罗桑却吉坚赞以班禅的称号（四世班禅），分治后藏。班禅是“班第达·禅布”的省称，意为大圣者。
顺治帝即位后，即遣使往迎五世达赖。一六四六年（顺治三年），达赖遣使祝贺顺治帝即位。一六五二年十一月，五世达赖到达北京，朝见顺治帝。次年二月离京返藏，顺治帝赐给金印，加封号为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。达赖喇嘛得到清朝的封赠，统治全藏和各地喇嘛教。他在政治上受到蒙古和硕特部顾实汗的控制，但又可通过教权控驭蒙古诸部。一六五三年，顺治帝诏封顾实汗为“遵文行义敏慧顾实汗”，赐金册、印。次年，顾实汗返回拉萨，在哲蚌寺病死。
顾实汗之子达延汗等在一六五九年从青海到拉萨，不久即离去。顾实汗任命的第巴已死。五世达赖独专藏政，后藏贵族又发动叛乱。同年十二月，达延汗返回西藏，镇压了叛乱。并在次年七月，任命青海的济善驻藏参予执政。一六六八年（康熙七年），达延汗死，子达赖汗继位。一六七一年三月，在拉萨举行了即位庆典。一六七九年五世达赖自行委任桑结嘉错为第巴执政。一六八二年九月，五世达赖病死。第巴桑结嘉错掌管藏政，长期隐瞒五世达赖的死讯，仍以达赖的名义进行活动。这时，北方的蒙古准噶尔部在噶尔丹汗统治下，正在向外扩张。
二、准噶尔部兴起与喀尔喀蒙古降清 清朝建国前后，蒙古诸部的形势是：一六三五年林丹汗败死，内蒙古诸部均归于清朝统治。外蒙古喀尔喀诸部向清朝进九白之贡，与厄鲁特诸部同被称为“朝贡之国”。和硕特部在青海地区兴起，南下控制了西藏。准噶尔部随后又在伊犁地区兴起，据有天山南北，并北上向外蒙古诸部扩张。土尔扈特部向西发展，与俄国贸易，并在一六三九年进入里海东岸，统治了当地的土库曼人。杜尔伯特部依附于准噶尔部，也有部分部民随土尔扈特部西迁。
喀尔喀蒙古与厄鲁特蒙古诸部，面临着俄国侵略势力的威胁。蒙古各部之间也存在种种矛盾。一六三四年，准噶尔部的首领哈喇忽喇去世。第二子呼图霍庆接受达赖喇嘛加给的称号巴图尔浑台吉，成为准噶尔的执政者。准噶尔部与和硕特部曾发生冲突，但当和硕特部迁移青海后，两部即告和解。一六四○年九月，厄鲁特和喀尔喀部领主曾在塔尔巴哈台（今塔城）会盟，制定《卫拉特法典》，以协调各部之间的关系。次年，巴图尔浑台吉派兵参加顾实汗去西藏的军队。和硕特部的鄂齐尔图（顾实汗兄拜巴噶斯汗之子）娶巴图尔浑台吉之女为妻，两部结成姻亲。达赖喇嘛加给鄂齐尔图以车臣汗的称号。巴图尔浑台吉娶土尔扈特部女为妻，从而和土尔扈特部也建立起良好的关系。当俄国的使臣邀约准噶尔部共同攻打土尔扈特部时，遭到巴图尔浑台吉的严词拒绝。巴图尔浑台吉一再抵制了俄国的侵略企图，并在一六四七年与俄国中断了联系。
大约在顺治十年（一六五三年）左右，巴图尔浑台吉死。有子十二人，各有自己的臣民，相互间展开了争夺政权和领地的斗争。第五子僧格在和硕特部鄂齐尔图的支持下，在顺治末年，才正式成为准噶尔部的执政者（那颜）。一六六六年（康熙五年），僧格曾遣使向清朝进贡。此后，康熙六年、八年，连续遣使纳贡，并接受清朝的赏赐（《圣祖实录》卷二十四、三十一）。在此期间，俄国不断遣使臣前来招诱，被僧格拒绝。一六六七年，僧格曾率领四千余人组成的军兵，抗击了入侵的俄国侵略军。但是，准噶尔贵族内部的争斗并未停息。一六七○年，僧格被异母兄策臣（巴图尔浑台吉长子）及卓特巴巴图尔（巴图尔浑台吉次子）杀害。巴图尔浑台吉第六子僧格的胞弟噶尔丹，自幼即去西藏，随达赖喇嘛修习佛法，曾被授予呼图克图（活佛）的尊号。僧格被杀时，他二十六岁，在达赖喇嘛和第巴桑结嘉错等支持下返回准噶尔部，击杀策臣，卓特巴逃往青海。噶尔丹扶立僧格的次子索诺木阿拉布坦执政。索诺木还是不满五岁的幼儿。政权全归噶尔丹掌握。噶尔丹娶和硕特部鄂齐尔图女为妻，以取得和硕特部的支持。
噶尔丹在巩固了他的统治后，兼并了他的叔父楚琥儿乌巴什的领地，并在一六七七年杀害了和硕特部的鄂齐尔图车臣汗。噶尔丹遣使到北京，向清朝奉表入贡，呈献缴获的弓矢等物，以求得到清朝对他袭杀车臣汗的认可，被康熙帝拒绝。次年，噶尔丹进占天山南路地区，统治了当地的维吾尔族（回部），并侵扰青海。这时，噶尔丹已在天山南北地区，拥有二十万户，六十万人众，形成一大势力。噶尔丹自立为汗，并随即得到五世达赖的认可。一六七九年，第巴桑结嘉错以五世达赖名义，加号噶尔丹为“博硕克图汗”。噶尔丹由此更得以向信奉喇嘛教的蒙古诸部扩展其势力。一六八二年，五世达赖死后，第巴桑结秘不发丧。噶尔丹继续得到第巴桑结的支持。
噶尔丹自立为汗，占据天山南北后，进而向蒙古喀尔喀诸部扩展其势力。喀尔喀蒙古诸部早已向清朝称臣纳贡。但不象漠南蒙古四十九旗那样编入旗制，由清朝直接统治。喀尔喀三大汗各有自己的领地，相互争夺。一六六二年，扎萨克贵族罗布藏谋杀扎萨克图汗旺舒克，争夺汗位。旺舒克兄绰墨尔根自立为汗，部众多逃依左翼士谢图汗察珲多尔济。康熙帝下诏废绰墨尔根，另立旺舒克弟成衮为汗。康熙二十三年（一六八四年）正月，扎萨克图汗成衮两次上疏康熙帝报闻。康熙帝遣使敕谕达赖喇嘛：“喀尔喀扎萨克图汗屡次疏言右翼子弟人民离散，奔入左翼，索之未还”。“朕与尔俱当遣使往谕，将扎萨克图汗离散人民给还，俾两翼永归于好。”（《圣祖实录》卷一一四）西藏第巴以达赖名义派出的使者，在这年冬季行抵青城时病死。次年，再遣噶尔亶西勒图前往。康熙帝派遣理藩院尚书阿喇尼去喀尔喀调解。成衮病死，子沙喇承袭扎萨克图汗位。一六八六年八月，阿喇尼与噶尔亶西勒图召集喀尔喀两翼扎萨克图汗与土谢图汗在呼伦贝尔地区会盟，宣读康熙帝谕旨，令其和好。两汗遵旨盟誓，“两翼互相侵占之台吉人民，令各归本主”（《圣祖实录》卷一二七）。康熙二十六年（一六八七年）正月，土谢图汗与车臣汗等上疏康熙帝说，“圣主弘恩无计酬报”，“请上尊号”。康熙帝不允，说：“自兹以后，无相侵扰”，“更胜于上朕尊号”。车臣汗死，康熙帝敕谕土谢图汗和达赖喇嘛，立车臣汗长子为汗。康熙帝对喀尔喀蒙古力行安辑，曾取得一定的成效。
喀尔喀蒙古两翼的矛盾，使噶尔丹得以利用。喇嘛教传入喀尔喀蒙古诸部后，宗喀巴第三弟子转世的活佛哲布尊丹巴驻在外蒙古，统领教务，仍尊达赖为喇嘛教最高领袖。在两翼中，哲布尊丹巴支持土谢图汗。噶尔丹指责哲布尊丹巴不尊礼达赖喇嘛派往蒙古的使者西勒图，借以攻击土谢图汗。一六八七年八月，土谢图汗向康熙帝奏报，噶尔丹将兴兵来攻。康熙帝敕谕土谢图汗和噶尔丹“息争修好”，劝阻兴兵，并告达赖喇嘛调解（《圣祖实录》卷一三一）。噶尔丹不听，领兵三万余，招诱扎萨克图汗等携众叛去。土谢图汗领兵追击，扎萨克图汗沙喇被俘，死。噶尔丹又遣弟多尔济扎卜领兵至喀尔喀掳掠人畜，被土谢图汗子噶尔旦台吉追及，杀死。一六八八年秋，噶尔丹亲自领兵自杭爱山后攻掠喀尔喀左右翼，土谢图汗子噶尔旦台吉战败。哲布尊丹巴遣使向清朝告急。哲布尊丹巴等自克鲁伦河败逃至苏尼特地带，接近清朝边防。七月，康熙帝派遣侍读海三代等去哲布尊丹巴处侦探，途遇噶尔丹使者，带回噶尔丹的奏疏，请求清朝对败逃的哲布尊丹巴和土谢图汗“或拒而不纳，或擒以付之”（《圣祖实录》卷一三六）。康熙帝遣侍卫阿南达往谕噶尔丹罢兵议和。又命安亲王岳乐领兵去苏尼特汛界驻防。噶尔丹分兵三路，东进的一路至呼伦贝尔地带。康熙帝命科尔沁诸王及盛京都统出兵备御。康熙帝亲自出巡塞外，察看内蒙古地区形势。
八月间，阿南达回报，七月二十七日行至克鲁伦河以北喀喇乌苏地带，探知噶尔丹曾告知达赖喇嘛使臣说：“若与土谢图汗和，则吾弟多尔济扎卜之命，其谁偿之！”“我尽力征讨五、六年，必灭喀尔喀，必擒泽卜尊丹巴（即哲布尊丹巴）。”（《圣祖实录》卷一三六）八月初，土谢图汗与噶尔丹在鄂尔浑诺尔之地相遇，激战三日。土谢图汗战败，逃依哲布尊丹巴。康熙帝驻乌里雅苏台地带，诏谕领侍卫内大臣佟国维、内大臣明珠、理藩院尚书阿喇尼等调遣八旗兵丁驻扎张家口外，漠南蒙古各旗兵驻边防守，归化城两旗兵丁驻扎城内。九月初，再遣京师八旗及大同、宣府等地军兵前往边境。
九月间，土谢图汗与弟西地西里巴图尔率领左右两翼台吉和部众至汛地卡伦乞降。哲布尊丹巴也率部众乞降。沿边一带蒙古诸台吉均随从内附。康熙帝命议政王大臣集议。议奏：“厄鲁特、喀尔喀向来归化，职贡有年。今交恶相攻，喀尔喀国破。土谢图汗泽卜尊丹巴胡土克图等诚心请降，应受而养之，俾其得所。”（《圣祖实录》卷一三七）康熙帝命阿喇尼面见哲布尊丹巴和土谢图汗，宣布谕旨。土谢图汗等将从降台吉名字及部落人口数目开送。计户二千，人口二万。续到者另行开送。清朝对来降者给以赈济，后来者又有二万人。
噶尔丹见清朝大兵出动，土谢图汗等降清，随即遣使向清廷进贡，并请照常贸易。康熙帝命岳乐等撤回军兵。十月，阿南达等往见噶尔丹。噶尔丹自称“我并无自外于中华皇帝、达赖喇嘛礼法之意”，但又指责土谢图汗与哲布尊丹巴，擒杀扎萨克图汗及弟多尔济扎卜，不可容。康熙帝诏谕土谢图汗及哲布尊丹巴与噶尔丹会盟，“自致其过”，“永议和好”。土谢图汗、哲布尊丹巴不听，上疏自陈。康熙二十八年（一六八九年）正月，康熙帝又遣使宣谕噶尔丹及达赖喇嘛，谴责土谢图汗“违旨兴兵”，要噶尔丹永息兵戎。三月，又命阿喇尼持敕书往见噶尔丹，劝其休战。十月，阿喇尼回奏，已于八月间面见噶尔丹密谈。噶尔丹称，“我身安乐之策，孰者为善，伏祈圣上指示，愿得遵行。但泽卜尊丹巴、土谢图汗等首乱，无故起兵，……前此再三陈奏，为此两人耳”（《圣祖实录》卷一四二）。噶尔丹西行游牧，阿喇尼返回陈奏，康熙帝不再遣使。降清的土谢图汗、哲布尊丹巴以下诸台吉部众，俱照漠南四十九旗制编为旗队。任授扎萨克（执政官），“指示法禁，如四十九旗例施行”（《圣祖实录》卷一四二）。车臣汗伊尔登于一六八八年病死。康熙帝命其子吴默赫袭爵。车臣汗所属诸台吉也增授扎萨克汗，收集离散之众，编为旗队。
三、乌兰布通之战与噶尔丹汗的败死 乌兰布通之战喀尔喀部落降附于清朝，是对噶尔丹的一大打击。但噶尔丹汗并不甘于失败，西行到科布多，建立营帐，企图依靠俄国沙皇的支持，再次向土谢图汗进攻。准噶尔部与俄国毗邻，早已有贸易往来，相互通使。一六八八年初，当噶尔丹侵入喀尔喀时，俄国派出与清朝谈判的代表戈洛文曾经派兵向喀尔喀蒙古发动进攻，遭到蒙古部众的抗击，被迫撤退。一六八九年俄国与清朝签订《尼布楚条约》后，已不再有能力发动侵略战争。但噶尔丹仍对俄国存在幻想。遣使向俄求援。一六九○年春，又派遣达尔罕宰桑到伊尔库茨克会见戈洛文，要求他出兵支援准噶尔进攻土谢图汗。戈洛文含糊其词地答应俄军将配合行动，并派遣基比列夫随同去噶尔丹处商谈。戈洛文的许诺其实是一个骗局，旨在推动蒙古各部自相残杀，借以从中渔利，攫取情报。
噶尔丹汗听信戈洛文的许诺，六月间进军乌尔浑河，以追击土谢图汗为名，越过清朝呼伦贝尔边防地界。康熙帝命科尔沁、巴林、翁牛特及乌珠穆沁等旗蒙古兵赴阿喇尼处防备。噶尔丹向乌珠穆沁使者声称：“我攻我仇喀尔喀耳，不敢犯中华界”。噶尔丹军入乌珠穆沁剽掠。阿喇尼统率的蒙古军在乌尔浑河地方夜袭噶尔丹营，准噶尔军自山上绕出，阿喇尼军大败。基比利夫坐观战事，回俄国报告。康熙帝交部议阿喇尼等“违命速战，以致失利”，革去议政，降四级调用。遣使谕噶尔丹，“尚书阿喇尼等不请旨而击汝，非本朝意也”。噶尔丹深入乌珠穆沁地。七月，康熙帝亲征。命裕亲王福全为抚远大将军，皇子胤禔为副，出古北口。恭亲王常宁为安北大将军，出喜峰口。八月初一日，清军在乌兰布通地方与噶尔丹军交战。噶尔丹将一万头骆驼捆扎卧地，背上搭箱垛，盖湿毡，列阵于山下依林阻军隔河列阵，火器在前，遥攻中坚，突破“驼城”，骑兵、步兵冲锋陷阵，大败噶尔丹军。噶尔丹经过四天的激战，损失了大量的人员和辎重，战败逃走。遣使持书至军前，声称：“今倘蒙皇上惠好，自此不敢犯喀尔喀”。康熙帝遣侍郎额尔贺图随同伊拉古克三喇嘛持敕书往谕，不得再侵掠喀尔喀人畜，清军不行追杀。十月，噶尔丹又具疏谢罪，声称“惟当领遵谕旨，奉行不违而已”。
当噶尔丹东侵时，其侄策旺阿拉布坦占据伊犁河流域，掳掠准噶尔部人畜西去。噶尔丹兵败后，逃至科布多一带。饥困乏食。十二月，上疏“请恩赐白金，以育众庶”。康熙帝特赐白金千两。
乌兰布通之战是一个转折。在此以前，噶尔丹虽然力图扩张，但对清朝亟表“恭顺”，以求得到清朝的支持。乌兰布通之战，噶尔丹误信俄国的愚弄，闯入清界，被清军战败。此后，清朝虽然仍图安辑，但视噶尔丹为狡黠不可信，在边地加强战备。噶尔丹拒不降清，败灭不可免了。
多伦盟会 乌兰布通之战前后，土谢图汗等属下部众，先后有十数万人降清。噶尔丹败北后，一六九一年四月，康熙帝亲自北上巡察，长子胤禔、三予胤祉随行。五月初，在多伦诺尔召集漠南四十九旗与喀尔喀七旗蒙古诸首领集会，以调协蒙古诸部之间的关系，确立清朝的统治制度。会前谕令土谢图汗、哲布尊丹巴等具疏请罪，在会上赦免。扎萨克图汗沙喇已死，令其子策妄扎卜承袭汗位。车臣汗也应召与会。会上定议，清朝对喀尔喀蒙古照漠南四十九旗例建立制度。喀尔喀七旗分编为三十四旗。三大汗仍保留汗的称号。属下各旗不再沿用蒙古的济农、诺颜诸名号，统依清制由清朝封授亲王、郡王、贝勒、贝子等爵位，旗下设参领、佐领等职。三十四旗均遵行清朝的法令。五月初四日，康熙帝在多伦检阅军兵，颁赏喀尔喀三十四旗。初六日启程返京。四十九旗王、贝勒等贵族在路左，喀尔喀诸王、贝勒等在路右跪送。喀尔喀蒙古从此完全处于清朝的统治之下。
康熙帝应蒙古贵族之请，在多伦敕建汇宗寺，成为喇嘛教的宗教中心和政治集会的场所。此后，康熙帝经常到此巡察，喀尔喀诸部也来此“述职”。
多伦盟会之后，噶尔丹在蒙古人中更为孤立了。
昭莫多之战 多伦盟会后，六月间康熙帝遣使告谕达赖喇嘛，喀尔喀已内属编旗，扎萨克图汗属下人等在达赖喇嘛处者应归还原主。并在谕中指责达赖的使臣济隆在噶尔丹营中，对噶尔丹的攻掠不加劝阻。告谕达赖喇嘛，噶尔丹再稍犯喀尔喀降人，“朕必发大兵，分路前进，务期剿灭之”（《圣祖实录》卷一五二）。一六九三年，噶尔丹上疏自陈，又请驱逐哲布尊丹巴、土谢图汗两人。五月，康熙帝下谕斥责，并劝其来降。噶尔丹拒不降清，图谋再举。八月，康熙帝又北上巡视，至乌里雅苏台。从哈密俘虏中得知噶尔丹部众牛羊已尽，在乌郎坞耕种。一六九四年六月，噶尔丹与策旺阿拉布坦攻战，康熙帝敕令加强宁夏边防。
噶尔丹经过几年的恢复，又在策划侵掠喀尔喀。清朝探得消息。一六九四年六月，谕领侍卫内大臣等：“若果噶尔丹来近土喇，扰害喀尔喀，我军有可乘之机，将军等相度而行。倘我师未至之先，彼已过而前进，则从后袭之。”（《圣祖实录》卷一六四）康熙帝命费扬古统率军兵，作好战争准备，并令边地诸将密切注视噶尔丹的动向。
康熙三十四年（一六九五年）正月，噶尔丹遣使至北京朝贡，仍上疏清除土谢图汗和哲布尊丹巴。康熙帝遣回贡使，不令进边，下诏斥责。七月，费扬古奏报：“噶尔丹进兵至塔米儿地方。”康熙帝调集各地军兵，待噶尔丹前来，一举消灭。九月，清军得报，噶尔丹兵劫掠喀尔喀之后，退往土喇河西去。十月，康熙帝谕令西安、宁夏满汉兵从西路进军。十一月，费扬古报，噶尔丹驻军于土喇河西巴颜乌兰之地，宜分军进剿。康熙帝命大军进剿噶尔丹。部署大兵分为三路，东路由萨布素将军率领盛京、宁古塔和黑龙江兵，沿克鲁伦河进兵。西路兵统归费扬古指挥，自归化城进兵。中路由京城及宣化府绿旗兵组成，暂不发兵。一六九六年二月，康熙帝自科尔沁亲王处得到密报，噶尔丹仍在巴颜乌兰，以为机不可失。亲自率中路兵出征，经科图进军巴颜乌兰。命西路归化城和陕西、宁夏兵同时进发，于四月下旬在土喇河与中路军会集。
康熙帝进军途中，得费扬古报西路军迟延到边。康熙帝恐噶尔丹逃窜，不待西路军至，亲率中路军进兵。五月，抵克鲁伦河畔，噶尔丹已领兵逃匿。康熙帝追击三日，不及。命轻骑搜索巴颜乌兰附近地带。五月十二日，自拖诺山回师。
费扬古等统领的西路兵与孙思克等陕西、宁夏绿旗兵，于五月十三日到达土喇河畔昭莫多附近。清军沿途疲弊，在昭莫多扎营。以逸待劳，诱敌来战。噶尔丹军被诱出战，清军诱敌深入，在昭莫多展开激战。噶尔丹军大败，死两千余人，降清和被俘者三千余人。噶尔丹妻也在作战中战死。噶尔丹率数十骑败逃，一蹶不振了。
噶尔丹败后，部众或散或降。康熙帝实行招抚，以孤立噶尔丹。十月间，康熙帝亲至归化城，传谕噶尔丹部众来降。留大臣一人，在归化城受降安置。噶尔丹西逃至哈密一带。康熙三十六年（一六九七年）正月，哈密额贝杜拉伯克在巴尔库尔地方擒获噶尔丹之子，解送清副都统阿南达军前。二月，康熙帝启程去宁夏，再度亲征。谕议政大臣：“噶尔丹穷迫已极，宜乘此际速行剿灭，断不可缓。朕今亲临宁夏，相度机宜。……克成大事，正在此举。”（《圣祖实录》卷一八○）青海蒙古诸部遣使来降。三月初，康熙帝抵宁夏，察知噶尔丹在萨克萨特呼里克，遂遣使招降，并将进兵之事告谕策旺阿拉布坦。大将军费扬古奉诏发兵。噶尔丹逃至阿察阿穆塔台地方，于闰三月十三日病死（一说自尽）。属下三百户，送噶尔丹尸体降清。
四、对蒙古诸部的统治 康熙帝击败噶尔丹后，只有策旺阿拉布坦统领的准噶尔部众继续在伊犁河流域活动。其余蒙古各部大都归于清朝直接统治之下。清朝在漠南、漠北和漠西相继建立起对蒙古诸部的统治制度。
漠南蒙古 漠南蒙古早在清太宗皇太极时，即已降附。清朝随即分旗，分佐领，封扎萨克。漠南二十四部编为四十九旗，改变了蒙古贵族与各旗间原有的隶属关系。各旗设扎萨克一人执政，统由清朝皇帝封授蒙古王公贵族充任。世袭者也须经清帝敕准。各旗扎萨克管理旗地、编查户口、整饬军备、审理案件，并定期向清朝进贡，觐见皇帝。扎萨克有过，清朝可以撤免。各旗之下分设佐领，每佐领有壮丁一百五十名。统治制度基本上是推行满洲八旗制度（与金国时期降附的八旗蒙古不同）。
邻近的几个旗（原属一部或数部）每隔三年由扎萨克会盟一次，推一人为盟长，由清帝任命。盟长主持盟会，商议军政事务，平时指挥各旗扎萨克。各盟由理藩院管辖，并受所在地区的将军、都统节制。四十九旗组成六盟：哲里木盟、卓索图盟、昭乌达盟、锡林郭勒盟、乌兰察布盟、伊克昭盟。他们分别由盛京将军、黑龙江将军、吉林将军、热河都统、察哈尔都统和绥远城将军节制。六盟四十九旗统称为内扎萨克蒙古。察哈尔八旗和归化城土默特两旗，分别由察哈尔都统和绥远将军直接统辖。不参加四十九旗盟会的察哈尔八旗原为林丹汗的部属，一六三五年（天聪九年）林丹汗子额哲降清，受封为亲王，部众编旗，在义州地区住牧。一六七五年（康熙十四年）二月，布尔尼（额哲侄，袭王爵）起兵反清。清朝任命信郡王鄂扎为抚远大将军前往镇压，察哈尔八旗部众被迁移到宣化、大同边外，由察哈尔都统统辖，不设扎萨克，官员也不得世袭。归化城土默特两旗，原为俺答汗后裔的部属。附清后，又反。一六三六年被清朝分编为旗，后归绥远城将军统辖。察哈尔八旗和归化城土默特两旗也称为内属蒙古，清朝对它的统治比内扎萨克蒙古更为严密。
漠北蒙古 漠北喀尔喀蒙古在多伦会盟后，已确定统治制度。依漠南之制，将原属土谢图汗、扎萨克图汗和车臣汗的蒙古部众分编为三十四旗，分别统属于三汗，不另设盟。噶尔丹败亡后，三汗部众返回漠北故地。康熙帝加封在战乱中有功的蒙古台吉为扎萨克，编为五十五旗。漠北各旗与漠南各旗并立，被称为外扎萨克蒙古。
漠西诸部 和硕特部鄂尔齐图汗被噶尔丹袭杀后，部众溃散。顾实汗之孙和罗理率庐帐万余，避居大草滩，得清朝允准，在甘州东北阿拉克山游牧。噶尔丹败亡后，和罗理请求清朝依照扎萨克蒙古体制设旗，分编佐领，不设盟。
青海地区的和硕特部八台吉在噶尔丹败后，谒见康熙帝。康熙帝封达什巴图（顾实汗子）为和硕亲王。其余台吉也分别封授贝勒、贝子和公爵，但未设立旗制。
原来遭受噶尔丹侵扰的哈密维吾尔人，清朝称为“回部”。一六九七年，哈密额贝杜拉伯克，俘献噶尔丹之子降清。清朝封他为扎萨克，编旗统治，如内扎萨克蒙古制度。
（三）西藏地区统治的建立 一六八二年五世达赖死后，第巴桑结嘉错匿丧不报，并以达赖的名义支持噶尔丹。康熙帝与噶尔丹作战中，从俘虏处得知五世达赖已死，桑结专政。一六九六年八月，敕谕第巴桑结说：“尔第巴原系达赖喇嘛下司事之人，……今观尔阳则奉宗喀巴之教，阴则与噶尔丹朋比”，“先是尔以久故之达赖诈称尚存，遣济隆胡土克图至噶尔丹所，乌兰布通之役为噶尔丹诵经，且择战日。且噶尔丹败，又以讲和为词，贻误我军，使噶尔丹得以远遁”。敕令第巴桑结：（一）奏明达赖喇嘛已故始末，尊奉班禅主持喇嘛教，应召来京；（二）执济隆胡土克图；（三）押解青海博硕克图济农所娶噶尔丹之女进京。康熙帝的敕谕最后说，“如有一项不遵，即发大兵问罪”（《圣祖实录》卷一七五）。次年三月，第巴上疏请罪，奏陈达赖死事，遵旨定议班禅来京。又陈请缓解济隆和噶尔丹之女。清廷议复，仍令押解来京，宥第巴罪。
五世达赖去世已有十五年之久。在此期间，第巴桑结曾私自认定一六八三年出生的仁青仓央嘉错为达赖转世，立为六世达赖。清廷不予承认，称之为假达赖。蒙古和硕特部顾实汗之孙达赖汗，在噶尔丹败后，曾上疏清朝庆贺。不久死去。次子拉藏汗袭位。第巴桑结图谋毒害拉藏汗未逞。拉藏汗被逐出西藏。一七○六年，拉藏汗领兵数百名返回拉萨，杀第巴桑结，将假达赖事陈奏清廷。康熙帝命护军统领席柱、学士舒兰为使，往封拉藏汗为“诩法恭顺汗”，并命将假达赖押解来京。十二月，青海西宁喇嘛商南多尔济奏报：假达赖行至西宁口外病死。次年，拉藏汗另立阿旺伊喜嘉错为转世的达赖喇嘛，青海蒙古诸台吉不予承认，彼此争论。康熙帝遣内阁学士拉都浑赴西藏看验。拉都浑回奏青海众台吉等与拉藏汗不睦，西藏事务不便令拉藏汗独理，应遣官一员，前往西藏协同拉藏汗办理事务。一七○九年二月，康熙帝遣侍郎赫寿前往办理西藏事务，加强了对西藏的统治。次年，赫寿擢任漕运总督，离藏。
准噶尔部的策旺阿拉布坦，在噶尔丹败后，仍在伊犁河流域活动，拒不降清，势力达到乌鲁木齐和吐鲁番地区，不断向清朝统治的哈密地区窜扰。清兵在巴尔库尔和阿尔泰等处严密防守，也不时西进袭击。一七一五年，吏部尚书富宁安奉命至甘州，总领军事。次年十月，康熙遣护理西安将军额伦特领西安兵驻西宁，听富宁安调遣，以防策旺阿拉布坦侵扰青海。十二月，巴尔库尔将军祁里德上疏，请派巴尔库尔之兵明年攻取吐鲁番。一七一七年三月，富宁安授靖逆将军，祁里德为协理将军驻巴尔库尔。出兵八千五百名，分为三队，不断袭击吐鲁番。当准噶尔部在吐鲁番迎战清军时，策旺阿拉布坦已另派一支军兵由弟策零敦多布率领，经阿里克路侵入了西藏。清廷全力注视吐鲁番，八月才从俘虏处得知策零敦多布自去年十一月即向西藏进军的情报。康熙帝全出意外，仍以为“今此兵或征取拉藏收取西边地方，或帮助拉藏侵犯青海，俱未可定”。依然继续加强青海的兵备。富宁安统率的三路军袭击吐鲁番之后撤回。十月间，青海和硕特蒙古台吉罗布藏丹津奏报：策零敦多布领兵三千来西藏，欲灭拉藏汗，拉藏汗整兵迎敌，已交战数次。康熙帝仍不以为意，认为“策零敦多布等之兵，疲弊已极，除阵亡病死外，未必满二千，又安能取得拉藏城地”，只命防备策零敦多布败后恣掠。康熙帝对臣下说：“今策旺阿拉布坦本属小丑，不足为虑”。“今因其移兵到藏，道路甚远，又无接应，自去年十月起行，今年七月方到”，“兵亦不用多，二百余人便可破之矣”（《圣祖实录》卷二七五）。与康熙帝的估计相反，策零敦多布在八月间统兵六千，与拉藏汗接战。十月末攻下拉萨布达拉宫，拉藏汗于十一月初一日被杀，子苏尔扎被俘（《圣祖实录》卷二七八）。一七一八年二月，清廷才接到拉藏汗去年十月间请求救兵的奏疏。康熙帝不明形势，轻敌致误，准噶尔部轻取拉萨，清廷震动了。
拉藏汗原来扶立的阿旺伊喜嘉错，不被承认。康熙五十二年（一七一三年）正月，康熙帝谕理藩院“班禅胡土克图为人安静，熟谙经典，勤修贡职，初终不倦，甚属可嘉”（《圣祖实录》卷二百五十三），依照封达赖喇嘛之例，封班禅为班禅额尔德尼（额尔德尼，满语珍宝，尊称），给以印册，以稳定西藏局势。西藏护法喇嘛则认定康熙四十七年（一七○八年）出生在里塘的罗布藏格桑嘉错为达赖转世，被奉为呼必尔罕，一七一七年，被青海诸台吉迎至西宁宗喀巴庙。策零敦多布据拉萨后，囚禁阿旺伊喜嘉错，并招诱里塘营官喇嘛。清廷急速调兵里塘，声言保护呼必尔罕之本乡。
一七一八年六月，驻西宁的西安将军额伦特与侍卫色楞分道进兵。七月，至齐诺郭勒，与策零敦多布军交战。额伦特至喀喇乌苏力战，九月，失败阵亡。清朝失将军，损失是严重的。康熙帝从轻敌疏误中取得经验，在西宁和四川分别调集重兵，从容布署，又分路侦察准噶尔部情势。一七一九年六月，四川都统法喇令副将岳钟琪带领绿旗兵占领里塘，处斩抗拒的第巴，进而进兵巴塘。巴塘第巴受抚投降，法喇领兵在巴塘驻扎，作进军的准备。八月，清廷得知蒙藏僧众均奉格桑嘉错为达赖转世，正式封授格桑嘉错为达赖喇嘛，定于明年派遣大臣率领大兵护送达赖进藏登座。十二月，康熙帝亲自定议，两路大兵进藏。阿尔泰、巴尔库尔两路之兵会合，袭击吐鲁番、乌鲁木齐，以使策旺阿拉布坦首尾不能相顾。明年二月，大兵随达赖进藏。康熙帝告谕议政大臣和军前召至大臣等说：“朕意如此，事关重大，不可急迫，从容周详定议为是。”大臣等议奏：进藏之兵增至一万二千名护送达赖，派大臣一员为将军统理。六月下旬，分兵袭击吐鲁番和乌鲁木齐。康熙五十九年（一七二○年）正月，康熙帝再次下诏说：“策旺阿拉布坦之人霸占藏地，以我兵远隔，不能往救。”“今满汉大臣咸谓不必进兵。朕意此时不进兵安藏，贼寇无所忌惮。或煽惑诸番部，将作何处置耶？故特谕尔等，安藏大兵，决宜前进。”（《圣祖实录》卷二八七）皇子胤禔为抚远大将军驻在青海木鲁乌苏，督办军务。宗室延信（康熙帝侄）为平逆将军送达赖进藏，自青海出兵。四川总督年羹尧请任护军统领噶尔弼为定西将军，领云南、四川两处兵马进藏。康熙帝敕封达赖为“弘光觉众第六世达赖喇嘛”，派满汉官兵及青海诸台吉之兵护送。四十九旗扎萨克和喀尔喀蒙古也令遣使会送。清军协同蒙古诸部护送六世达赖进藏，在宗教上和政治上都取得主动地位，在军事上也作了周密的部署，虽然路途险阻，胜利在望了。
清军进兵，以青海为主力。策零敦多布自领准噶尔兵迎击青海延信军，分兵二千六百人阻击南路噶尔弼军。噶尔弼军八月初自拉里前进，沿途招降各地的喇嘛和第巴，聚集皮船渡河。八月二十三日起兵，攻取拉萨，封闭达赖仓库，扎营固守，处决策零敦多布授为总管之喇嘛五人。策零敦多布与延信军遇，三战皆败，逃往伊犁。九月初八日，延信自达木启程，送达赖进藏。九月十五日，十五岁的六世达赖至布达拉宫坐床登座。囚禁的阿旺伊喜嘉错被解回京师。清军顺利地获得全胜。
清兵留兵四千驻拉萨。延信在一七二一年四月回京，命噶尔弼驻藏。噶尔弼称病罢。九月，策旺诺尔布为定西将军驻藏，以额驸阿宝、都统武格参军事。清廷废除第巴执政的旧制，参用拉藏汗时设噶伦（政务官员）的制度，封赏西藏有功贵族四人以爵位，俱为噶伦执政。阿里第巴康济鼐封贝子，管理卫藏和阿里地方政务。空布第巴阿尔布巴亦封贝子，协助康济鼐总领西藏事务。第巴隆布奈封辅国公，管理前藏政务。颇罗鼐授扎萨克一等台吉，管理后藏政务。四噶伦中，康济鼐为第一噶伦。康熙帝建立起对西藏的统治，亲制平定西藏碑文，在拉萨立石。
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