第四节农民起义与英国在海上的侵扰 嘉庆帝在位二十四年，继承前代形成的衰朽之局，有心兴革而无力兴革。长期积累的种种社会矛盾，不断爆发为人民群众的武装反抗。嘉庆元年，川、楚、陕等省即爆发了规模浩大的白莲教农民起义。起义以反清复明为号召，参加者多至数十万人。武装斗争遍及三省边界和河南南部地区，延续了九年之久。清王朝为镇压起义，动用兵力十余万人，耗费军费二万万两。东南沿海人民的海上武装斗争，随之兴起，先后历时八年，波及浙江、福建、广东三省。直隶、河南、山东地区的天理会起义，威胁京畿，起义者曾打入皇宫，震动了宫廷。全国各地接连不断的人民起义，此仆彼起。以嘉庆帝为首的统治集团终日皇皇，不能自安。清朝的统治日益动摇。
乾隆帝为求立功耀武，连年在边疆地区和周邻诸国发动战争的局面，到嘉庆帝即位时已经终结。历史的发展，使清王朝转而面临着外国侵略的威胁。向东方寻求殖民利益的英国，不断在中国的东南沿海侵扰，堵截他国的商船。鸦片大量输入，使清朝的白银外流，也为社会经济的发展带来多方面的危害。日益衰弱的清朝面对着日渐强盛的英国的来侵，斗争不可免了。
（一）川陕楚地区的农民起义 一、起义的发动 嘉庆元年（一七九六年）正月，嘉庆帝刚刚宣告即位，湖北枝江、宜都等地即爆发了白莲教徒发动的农民起义。
乾隆帝镇压了王伦领导的农民起义后，白莲教仍在民间秘密流传。陕、楚交界处的南山和川、楚间的巴山，距省城遥远，山区的农民和山民，遭受着地方官吏和地主豪霸的残酷剥夺。乾隆时期，两湖、安徽、江西、四川、河南等地的饥民陆续进入山区，开垦荒地谋生，在山林间，搭棚居住，因而又被称为“棚民”。耕地不足，又在盐井和铁厂、纸厂、煤厂等处充当雇工或背运为生。数年之间，聚集数十万人。棚民遭受多方欺凌，最为艰苦。经过白莲教徒的发动，三省交界的山区，成为起义的爆发点。
乾隆帝退位前，曾对这些省区的白莲教徒严厉镇压。白莲教以其他名义，秘密传布。一七七五年（乾隆四十年），号为混元教的首领河南鹿邑县人樊明德被清朝逮捕处死。弟子刘松被发遣甘肃隆德县。一七八八年（乾隆五十三年），刘松又与弟子刘之协继续传教，改名三阳教，称刘松之子刘四儿为弥勒佛转世，辅助牛八（即“朱”，隐喻明室后裔）。次年，转往湖北襄阳，与号为收元教的教首宋之清联合，仍称三阳教。一七九二年（乾隆五十七年），宋之清与刘之协不合，另立西天大乘教，在川、楚、陕、豫等省区广泛传布，宣传辅佐牛八，反清复明。一七九四年（乾隆五十九年）夏，清朝在陕西兴安府破获西天大乘教，逮捕首领多人。又在四川大宁县，破获收元教。九月，宋之清、齐林等首领在湖北被逮捕。十月，收元教首王应琥也在湖北被捕。刘松及刘四儿等在陕西境内被捕。刘之协脱逃。乾隆帝处死刘松、宋之清、王应琥及各地教首数十人，随即诏谕各地，对白莲教徒严加搜捕。白莲教及改换名义的各教派，是起义农民秘密联络、策划反清的组织，也是贫苦无告的民众互助自卫团体，各地入教者不下数万人。地方官吏乘机以搜捕为名，对入教者严刑逼供，多方勒索，甚至“不论习教不习教，只论给钱不给钱”。习教和不习教的民众都被逼得无路可走。一场“官逼民反”的战争不能不爆发了。
一七九五年（乾隆六十年）冬，三阳教首刘之协与各路教首王聪儿（齐林妻）、姚之富、刘起荣、张汉潮等在襄阳集会，议定以“官逼民反”作号召，分东、中、西三线，于辰年辰月辰日（嘉庆元年三月初十）同时起义，派出传教师到各地组织筹划。
在湖北枝江、宜都、长乐、长阳等地传教的张正谟，于一七九五年十一月间邀同聂杰人、刘盛鸣、黄庭柱、向瑶明等在山洞打造刀枪等物，为辰年辰月辰日起义进行准备，被地方官发现。黄庭柱、刘光先等在长乐、长阳等地被捕，起义不得不提前发动。嘉庆元年（一七九六年）正月十一日，起义者聚集在宜都聂家河聂杰人家，首举义旗，武装占据灌脑湾，发展到一万人，内有白莲教徒二千人。二月，长阳林之华、覃士辉在九州河等地起义，张训龙策动弟子覃佳耀等在风火山起义。两支起义军联合，攻占榔平，发展到一万五六千人。二月十五日，来凤胡正中领导起义，三日内就发展到三四万人，攻下来凤城，占据旗鼓寨。附近教徒及农民群众起而响应。陈得本、刘秀石等聚众千人，由东湖进入当阳县境，得到县役杨起元、熊道成等接应，于二月十七日攻入县城，惩办贪官，擒捕县令黄仁出署，“以钱一串置令左手，银一锭置其右手中，拉杀之。”（石香村居士：《勘靖教匪述编》卷九）王聪儿、姚之富等于襄阳会后，在襄阳附近地区组织起义。二月二十日，姚之富之子姚文学率众围攻房县，另一首领曾世兴攻下保康。二十二日，吴明山攻下竹山，联络王全礼兄弟攻郧阳，约于三月十八日合兵攻白河、洵阳。三月间，聂杰人降清被杀。白莲教主要领导人刘之协、王聪儿、姚之富、刘起荣、樊人杰、张汉潮，张天伦等，率领一万人，在襄阳黄龙垱正式宣告起义反清，随即进攻枣阳、樊城、襄阳等地，发展到四五万人。湖北境内的农民起义军在一七九六年夏，迅速发展壮大。
四川达州白莲教领导人徐天德，与王登廷等于九月十五日起义，响应湖北，旬日间，发展到一万多人；东乡王三槐、冷天禄也聚众万人在丰城起义，响应徐天德；徐天德又派遣弟弟徐天富到太平鼓动黄富才、卿有才起义，占据城口、鞍子坪互为声援。起义军随即攻下东乡县城，控制了周围一百数十里的地区。十二月，巴州罗其清和苟文明等在方山坪起义；通江冉文俦和冉天元等在王家寨起义；太平龙绍周和徐万富等在南津关起义。四川几支起义军，都有一定的联系，并和湖北起义军互相声援，声势益盛。
十一月间，陕西安康冯得仕起义于将军山；翁禄玉、林开泰起义于大小米溪；王可秀、成自智起义于安岭；胡知和、廖明万、李九万起义于汝、洞二河，相继遭到清军镇压而失败。但陕西的白莲教徒和棚民，已然点起燎原的烈火，清军难以扑灭了。
起义爆发后，嘉庆帝命湖广总督毕沅镇压湖北荆州起义，西安将军恒瑞进攻当阳起义，都统永保率兵增援；陕甘总督宜绵镇压陕西起义军；四川地区先后由总督福宁，英善镇压起义。又陆续调遣八旗兵和各省绿旗兵参战。嘉庆二年（一七九七年）正月因领侍卫内大臣额勒登保之奏请，命荆州将军兴肇撤出镇压苗族的清军，带兵四千回襄阳，总兵张廷彦带兵二千赴长阳，都统德楞泰、将军明亮带兵六千赴达州，集中兵力镇压三省起义。
湖北农民起义军面对清兵的强大攻势，据守的城寨相继被攻破，一七九七年初，便改用流动作战方式，向陕西转移。三月初，起义军在王聪儿、姚之富、王廷诏、李全率领下，分兵三路，经过河南向陕西进军。进军途中，湖北、河南等地习教的农民“千百成群，一呼而至”（《剿平三省邪匪方略》卷二十六）。入陕西后，南部山区参加起义的农民有数千人。李全的弟子陈子明说：“三股原只四五千人，自到陕以来，陆续入伙及裹来者，现在两万有余。”（同上，卷三十八）农民起义军行军不整队，不迎战，不走平原，数百人一伙，忽分忽合，忽南忽北，使清兵无可奈何。六月，起义军集结于紫阳，渡过汉水，分路入川，和四川的起义军在东乡会合，商定编组办法和作战方略。起义军的编制是以青、黄、蓝、白等号为记，设掌柜、元帅、先锋、总兵、千总等。四川达州徐天德被当地地主武装乡勇包围，三月初六日坠崖自杀；起义军首领王三槐轻信知县刘清，被诱骗到清军大营，解送北京处死；首领罗其书、冉文俦、覃佳耀等也先后牺牲。
农民起义军在三年的战斗中，已经形成二十万人的大军，活动地区湖北有三十九州县，四川有三十六州县，陕西有三十五州县（厅），河南有二十州县。虽然在一些战役中，遭到清军的镇压而陷于失败，但清朝仍然难以制止农民起义军的继续发展。
二、嘉庆帝的对策 嘉庆帝初即位，即面对波及数省的农民起义风暴，为数十年来所未有。嘉庆帝在四年（一七九九年）正月，传谕川、鄂、陕将军督抚说，乾隆帝在位六十年，从未有数年之久，靡饷至数千万两之多，而尚未蒇功者（指镇压起义）。乾隆帝虽已退位，仍主持军国大事，不能不参予镇压起义。陕西巡抚永保追剿张汉潮兵败，以罪当死。乾隆帝亲自处治，免死降职留用。嘉庆帝在谕中说：“皇考焦劳军务，寝膳靡宁，即大渐之前，犹频问捷报。”（《仁宗实录》卷三十七）乾隆帝于嘉庆四年（一七九九年）正月初二日病死。嘉庆帝随即采取几项重大措施，以图消灭起义。
诛和珅 乾隆帝退位为太上皇后，仍信用和珅为心腹。大臣向太上皇奏事，均须通过和珅。嘉庆帝也不得不对他心存戒备。乾隆帝死后五日，嘉庆帝即将和珅革职拿问。依附和珅的户部尚书福长安（傅恒之子），也被革职监禁。随即命臣下举发和珅罪恶。正月十五日，条列大罪二十款颁谕天下。仪亲王永璇、成亲王永理奉旨审讯，和珅伏罪。嘉庆帝援引康熙帝诛鳌拜之例，命和珅自尽，福长安斩监候，秋后处决。和珅为相二十年，是贪官污吏的总首领。成亲王永瑆奉旨查抄和珅家产。据流传的查抄清单，在和珅家中抄出古玩玉器、珠宝器、金银器等各种珍贵用具三万余件。金、银元宝各一千个，赤金五百八十万两，生沙金二百余万两，元宝银九百四十万两，洋钱（银圆）五万八千圆。玉器、绸缎、洋货、皮张、瓷器、紫檀器、玻璃器等各有库房贮存。另开设当铺七十五座、银号四十二座、古玩铺十三座。私有田产八千余顷，内外住宅一百八十余间。查抄家产编号登录，共编一百另九号。据正月十七日对其中二十六件（号）的估价，即值银两亿二千余万两，相当国库数年的收入。和珅攫取财富之巨，使朝野为之震惊，也正是王朝上下竞相贪污掠夺的典型写照。和珅只是贪污官员的一个总代表。和珅以下的各级官员，攫取民财、侵吞官款虽不如和珅之巨，但贪污腐败之风，已然上行下效，弥漫全国，迫使广大农民不得不起而反抗。嘉庆帝诛和珅后下谕说：“教匪聚众滋事，皆以官逼民反为词”，“百姓幸际昌期，安土乐业，若非迫于万不得已，焉肯不顾身家，铤而走险！总缘亲民之吏，不能奉宣朝廷德意，多方婪索，竭其脂膏，因而激变至此。然州县之所以剥削小民者，不尽自肥己橐，大半趋奉上司。而督抚大吏之所以勒索属员者，不尽安心贪黩，无非交结和珅。是层层剥削，皆为和珅一人。而无穷之苦累，则我百姓当之。言念即此，能不痛心？现在大憝已去，纲纪肃清，下情无不上达。各省官吏自当大法小廉，湔除积习，民间无所扰累，亦可各遂其生。”（《仁宗实录》卷三十八）嘉庆帝不能不承认各级官吏“多方婪索”，但又把层层剥削归罪于和珅一人，企图以此来缓和人民的反抗，说：“庶被胁之人，闻知贪墨屏退，吏尽循良，自必幡然来归。”（同上，卷四十九）但诛和珅后，大小官员既不能“湔除积习”，减少扰累，“吏尽循良”也只是一句空话，人民反抗的浪潮仍然汹涌澎湃地向前发展。
用团练乾隆时，满洲八旗兵已经日益腐惰。吏治的腐败，也不能不直接影响到八旗官兵。嘉庆帝在乾隆帝死后，即传谕军机大臣，指责带兵大臣及将领等“全不以军务为事，惟思玩兵养寇，藉以冒功升赏，寡廉鲜耻，营私肥橐。”（《仁宗实录》卷三十七）并说，在京的谙达（教皇子骑射者）、侍卫、章京等，遇有军务，无不营求前往。平日穷乏的人，自军营回来，便突然致富，请假回家购置田产。嘉庆帝进而指出：“试思肥橐之资皆婪索地方而得，而地方官吏又必取之百姓。小民脂膏有几，岂能供无厌之求？”“是原有之贼未平，转驱民以益其党。”（同上）嘉庆帝的诏书，大体上指出了八旗官兵临阵贪婪腐败的实状。军官的贪婪必然导致军兵的虚弱。经略大臣勒保奏称满洲健锐营、火器营兵丁俱“技艺平常，不耐劳苦”。嘉庆帝传谕说，这次两营的二千名兵丁，并非选充，而是以名帖求该管大臣出派。只想往返途中向地方驿站勒索钱文，坐食军饷。还没有启程，就已是居心卑鄙，临到阵前还能指望他们听命效力么！嘉庆帝严令该管大臣加强操练，以复满洲旧习。谕中还说：“今满洲兵丁，不但远逊当年，且不及绿营，以致人皆不愿带领。”（《仁宗实录》卷四十七）
清初建立的绿营，由汉人兵丁组成，用以镇压汉族人民的反抗。清军入关后，满洲八旗兵丁即因有优越地位而逐渐失去战斗能力。绿营兵一度成为数量多于八旗，战斗力也优于八旗的一支劲旅。但到乾隆末年，绿营兵也逐渐趋于腐化。勒索送礼、尅扣军粮、借端摊派等等陋习，被视为常事。将官贪贿享乐，兵丁疏于训练。嘉庆帝在一七九九年（嘉庆四年）正月的上谕中说：“近闻各省营务，如提、镇大员，一味养尊处优，全不习劳”，“所谓训练操防，全属有名无实。”在另一上谕中并举出乾隆时随驾南巡，亲见杭州绿营兵丁骑射：“射箭，箭虚发；驰马，人堕地。当时以为笑谈。”（《仁宗实录》卷三十七、三十八）同年五月又说，绿营兵丁“或在外兼习手艺，训练生疏，营伍废弛，所关非细。”（同上，卷四十四）绿营兵日益削弱了作战能力，也已不再是清王朝镇压农民起义的得力工具了。
面对着白莲教农民起义军的进军，嘉庆帝逐渐倚用汉人地主武装，配合官军镇压起义。一七九八年（嘉庆三年），四川招募武装乡勇达三十七万人，湖北也有三十六万六千余人。清军都统德楞泰、副都统明亮率领主力军在湖北襄阳镇压王聪儿、姚之富起义军，当地乡勇配合作战。王、姚军在郧西三岔河被知县孔继檊率领的乡勇堵截。起义军战败，王聪儿、姚之富投崖自杀。清军获得少有的胜利。湖北随州地主武装筑寨自保，也曾阻遏了襄阳起义军的进军。一七九九年（嘉庆四年）初，嘉庆帝遂命勒保会同各督抚，晓谕州县居民“扼要团练”，与官军配合作战。嘉庆帝又因黑龙江等地调遣一兵的费用，可以招募几十个乡勇，正式诏令以乡勇替代。各路官军在各地招募乡勇随军作战，临阵命乡勇居前，绿营兵在后，满洲兵在最后。乡勇有伤亡，不在军额之内，可以匿而不报，甚至也可以败为胜，谎报战功。有的官军则招募他乡游民充役，号为乡勇，实为散勇。针对这些流弊，嘉庆帝又下诏说：“至乡勇原为保护乡里而设，若仅募他乡游民，无田庐家室之恋，既去其乡，安望其勇？……何如省此养疲兵、募散勇之资，以团练本地之乡勇。”“总之，他省未练之新兵，不如本地之乡勇，而本省隔属招募之乡勇，又不如本乡守堡之团勇。自后各县练勇，各守堡寨，不许调往军营，致村庄反遭荼毒。其乡勇固守卡寨，以堵为剿。”（《圣武记》卷九）川北一带的地主武装团练，筑堡寨抗御起义军取得成效。嘉庆帝命陕西、湖北等地依仿实行。
清初建国，以八旗兵为主，绿营为辅，对汉人地主武装限制极严。嘉庆帝因镇压白莲教起义的需要，倡导汉人地主实行团练，武装自卫，是一项因时制宜的新措施。这一措施的实行，在以后的历史上，产生了深远的影响。
三、起义的失败 清军出剿嘉庆四年（一七九九年）正月，嘉庆帝命勒保为经略大臣驻军四川，各路军兵受其节制。明亮、额勒登保实授副都统，为参赞大臣。起义军徐天德、冷天禄、王光祖、张天伦、李全、樊人杰等率领主力军进攻湖北；川北杨开甲、王廷诏在三月中远征甘肃巩昌、宕昌，五月间又回军四川。起义军不断获得补充，各自独立作战。清军顾此失彼，几至束手无策。会理四川军饷的福宁奏称：“据川东北各府州县禀报，多者万余，少者数千，其不知逆首姓名者，尚不知凡几。新起之贼，实多于剿除之数。地方之伤残更甚，黎庶之疾苦更深。贼愈剿而愈炽，饷徒糜而罔益。”（《圣武记》卷九）嘉庆帝将勒保逮问治罪，先后任命明亮、额勒登保为经略大臣，工部尚书那彦成、副都统德楞泰为参赞大臣。十月，湖北、陕西各路起义军又集中四川，十二月离川北去，留冉天元在大竹整顿队伍。嘉庆五年（一八○○年）正月十五日，冉天元率领三四千人，在定远石板沱渡过嘉陵江，进攻西充、蓬溪等县，起义军迅速发展到万人。二月南攻南部、盐亭、射洪，北攻梓潼、江油，在马蹄岗与清军决战。起义军三路会合，多至三万人。德楞泰身陷重围，激战三昼夜，无法逃脱。守备罗思举率领乡勇四千助清军作战，德楞泰据险自守，冉天元登山督战，受伤被俘。徐万富、张子聪等遂统率起义军在太河镇抢渡潼河，南攻遂宁、安岳、乐至等县，北攻中江。四月，回军川东。
陕西起义军在张汉潮率领下，一七九九年（嘉庆四年）初活动在南山地区，几次远征甘肃。九月，张汉潮在五郎与清军明亮部作战，败死。明亮与勒保弟永保互相攻讦，嘉庆帝命将二人逮捕入京，那彦成代明亮领兵。起义军冉学胜在甘肃继续作战，依恃老林，配合行动，那彦成军被困数月，无法前进。十二月，嘉庆帝下诏斥责那彦成，命即领兵赴陕守御。又赦明亮，命以领队大臣去湖北镇压起义。一八○○年春，那彦成与德楞泰、额勒登保兵分三路，堵截起义军北上的去路。那彦成在文县与起义军高天升、马学礼部作战。高、马部败入四川。那彦成领兵回陕。嘉庆帝斥责那彦成“剿贼不尽”。闰四月，那彦成被召晋京奏对，嘉庆帝将那彦成革职，降为翰林院侍读学士。
三阳教首刘之协在湖北起义军战败后，逃往河南。一八○○年（嘉庆五年）六月，在河南峡县与李岳、孙继元、王哲等千余人再度起义，树立大旗称天王刘之协。清布政使马慧裕乘起义军初起，发兵镇压。起义军战败，刘之协欲逃往湖北，途经叶县时，被清兵逮捕。
七月，嘉庆帝命将刘之协押送京师处死，并由此展开对起义军招抚的宣传。嘉庆帝指刘之协为“教匪首逆”，传谕各路带兵将领及陕、甘、川、楚等省督抚，“将刘之协擒获一事广为宣播”，说“教匪本属良民”，已被镇压的白莲教诸首领也都是“听从刘之协倡教而起”，“被裹胁之人”，“如能翻然悔悟，不但免诛，并当妥为安置”。“实系同教”之人，如果“弃械归诚”，“亦必贷其一死”（《仁宗实录》卷七十一）。随后，嘉庆帝又自著《邪教说》，对信教与“叛逆”加以区别，说：“苟能安静奉法，即烧香治病原有恻怛之心，在朝政之所不禁。若藉此聚众弄兵，渐成叛逆之大案，则王法之所不容。”又说：“夫官军所诛者，叛逆也。未习教而抗拒者，杀无赦。习教而在家持诵者，原无罪也。”“白莲教与叛逆不同之理既明，则五年以来所办理者，一叛逆大案也，非欲除邪教也。”至于以白莲教“聚众敛钱”者，则应由地方官员“实心训导，宣扬正学”（《三省边防备览·策略续》）。白莲教起义原由官府查禁白莲教徒而起。嘉庆帝在擒获刘之协后，自撰此文发布，意在对白莲教起义军分化招抚，以求速胜。但从另一方面说，这又等于事实上解除了教禁，承认信奉“邪教”为合法，民间宗教的秘密结社也由此得以公开活动。开放教禁，是嘉庆帝为镇压白莲教起义而采取的又一项新措施。如果说，前此采取的倚用团练的新措施，加强了清王朝和汉族地主镇压农民起义的力量，开放教禁则为此后农民反抗活动的组织和发动，提供了可以利用的条件。这两项措施的实行，在以后的长时期里从不同方面影响了阶级斗争的发展和历史的运动。
起义的失败一八○○年以来，起义军面对着清朝的重兵围剿，日益陷于困境，但起义军仍然是分散各地，流动作战，缺少统一的指挥，使清朝易于各个击破。流动作战，原来便于夺取地主富豪的粮食，扩大起义农民的队伍，但自清朝倚用团练乡勇以来，各地豪强倚险结寨或挖濠筑堡，起义军到来时，在寨堡中聚集农民贮藏粮米，坚壁清野。义军驻营时，团练乡勇又可乘势出击。《三省边防备览·策略》卷说：“无人可裹，无粮可掠，贼势自衰矣。”一八○○年秋季以后，起义军在全局上日益陷于被动的地位，在有胜有败的作战过程中，逐渐走向失败。
起义军高天升、马学礼部进入四川后，曾攻下龙安，转战川西，后又北上甘肃，一八○○年六月间，至秦州，与起义军冉学胜、张士龙等部在秦州会合，有众二万人。追击起义军的清额勒登保军杨遇春部，与右翼总兵率领的吉林、黑龙江兵的长麟部也在秦州会合。起义军在甘肃徽县夜袭长麟军，获得胜利，清军前四川将军官成败死。七月，高、马部转向东南，攻打略阳、沔县、西乡。清固原提督王文雄败死。冉、张等部自阶州折回，被杨遇春军击败，损失三千余人。八月，转赴沔县。高、马部欲南渡汉水，遭到乡勇的截击。高部转入小巴山。马部与教首徐天德等至安康，遭到清军邀击。十月间，额勒登保向清廷奏报当时起义军的形势是，曾芝秀、徐天德、樊人杰等部已先后被逼入川境，冉学胜、张士龙、龙绍周等在川、陕边界，王廷诏、高、马部在陕、楚边界。额勒登保率大军入四川，各部起义军则先后转入湖北。王廷诏与马学礼部自安康渡汉水，遇额勒登保追击，损失惨重。樊人杰及冉学胜部也相继在途中败于清军。
一八○一年（嘉庆六年）初，嘉庆帝下诏，明指白莲教起义首领徐天德、王廷诏为“起事首犯”，高天升及弟天得、马学礼是屡戕清军大员的“元恶大憝”，擒获者给赏升官。樊人杰、冉学胜、龙绍周、苟文明等首领许降免死，缉获者也给予赏银。嘉庆帝指列起义首领姓氏，以激励将士集中作战目标，并进一步分化起义军。德楞泰驰军汉北，分兵追击高天升部，至山阳。高天升兵败，战死。
高天得、马学礼与王廷诏被额勒登保军追击，转而北上甘肃，与杨遇春军遇，折回四川。又被寨堡团练堵截，再折回两河口入陕。王廷诏在川、陕边界■子沟被杨遇春军俘掳，押送京师。高天得、马学礼领兵出斜谷，至大宁二郎坝龙洞溪遇杨军伏兵，也被清军擒获。嘉庆帝晋额勒登保二等子爵，杨遇春世袭骑都尉。
起义军冉学胜部乘清长麟军南下，在川、陕边界之留坝，大败清军杨奎猷部，擒斩清总兵、副都统以下将士数百人，获得粮米牲畜，由秦州渡渭水。四月，额勒登保亲率大军追击，冉部渡汉南，入巴山，五月，与曾芝秀、张天伦等部会合，有兵五、六千人。额勒登保调杨遇春军来战。张天伦军遭清军突击，大部牺牲。曾芝秀、冉学胜部分兵败逃。
转战在湖北的徐天德部，五月间曾与苟文明、樊人杰等及曾芝秀部会合东进，遭地方团练堵击，不得不再分兵转战。徐天德率部入陕西，在西乡两河口渡河时，被德楞泰军追及，舟船翻沉，溺死。龙绍周、苟文明部转至陕西平利。曾芝秀等部在洵阳、竹山，冉学胜部向白土关转移。各路起义军都被压制于川、陕、楚边界。
清廷继续利用团练乡勇，加筑寨堡，以制止起义军流动作战。湖北提督长麟上奏说：“湖北边界与川、陕犬牙相错二千七百余里，出川、陕即入楚，出楚即入川、陕，层峦迭嶂，四路可通”，“但当并力守我有粮有民之区，逼贼归入无食无人之地，党孤食尽，自然窜出，以逸兵待困贼，不难一举扑灭。”（《圣武记》卷十）他建策推广郧西、竹山一带的“筑堡团乡之法”，使“层层俱有堡寨坚守”。秦陇以西，兴工筑堡。陕西境内西安、同州、凤翔三府及汉南平利、安康、紫阳一带邻近四川地区，各邑遍设寨堡，自百余至数百，以阻止起义军入陕。六月间，清经略大臣额勒登保与参赞大臣德楞泰在平利集议，察知边界起义军不过二万四千余人。清兵八万，分三路围剿三省边界。额勒登保自东北出兵，德楞泰与提督七十五（人名）由西南进攻，勒保一路居中。七月，勒保军在川北之南江击败起义军冉学胜部，冉学胜被擒处死。八月，德楞泰军追击大宁山中的龙绍周、苟文明部起义军。龙绍周转至平利，被清军追及，战死。苟文明部在大宁被七十五军战败，损失过半。十月，额勒登保部杨芳、杨遇春军分东西两路围攻川北起义军，起义军冉天璜部与李彬部分南北两路转移，在川北之东乡和陕南之西乡，先后被杨芳、杨遇春军击败。
额勒登保奏报，清军连续获胜，各路起义军总计只余一万余人。嘉庆帝以胜利在望，晋封额勒登保三等伯，德楞泰复一等子爵。诏谕二人通盘筹画，“所有官兵应撤应留之处，统俟额勒登保、德楞泰酌办”（《仁宗实录》卷八十八）。
十一月，额勒登保与德楞泰移军川北，勒保赴川东。起义军苟文明部有众二千余，乘七十五就饷太平厅，抢渡嘉陵江，奔赴甘肃阶州。额勒登保命杨遇春助七十五出击。苟文明部折返东南，至广元，发展到三千余人。十二月，转至开县、大宁之老林，与李彬余部会合。嘉庆七年（一八○二年）正月，在开县被德楞泰军战败，复归老林。嘉庆帝得报，大怒。将七十五革职，留营自赎；额勒登保免去伯爵，降为一等男。苟文明部西行，与宋应伏部数百名起义军会合，战败清副将韩自昌军。嘉庆帝又诏命德楞泰以参赞为成都将军，专攻川、楚；额勒登保以经略为西安将军，专剿陕西。二月，南山中之起义军刘永受部被清杨遇春军战败，在华阳与苟文明、宋应伏会合，越秦岭北上。四月，嘉庆帝切责额勒登保，革职留任，限令在六月间剿灭起义军，又谕令悬重赏购募起义首领。额勒登保请宽限一月。七月间，苟文明部分三路散居老林。清军以百、十人编为小队，深入林中搜捕，苟文明被杀。嘉庆帝诏复额勒登保三等伯爵，移军湖北。
湖北境内，一八○二年初起义军首领樊人杰、戴仕杰聚集曾芝秀等部，仍有数千人，转战于楚、陕边界。德楞泰率清军追击，五月间，战于房县、竹谿界之官渡河。起义军战败，在白铁峡陷入峡谷。时值大雨，起义军五百余人宁死不降，樊人杰、曾芝秀等率众投河自尽。戴仕杰部得以转移。九月，额勒登保至竹谿，与德楞泰等会议，分兵追剿。十月，德楞泰部与起义军战于兴山，戴仕杰战死。清军继续搜捕川、楚边界山林中的起义军余部。南山苟文明余部在苟朝九率领下，避过杨芳的追军，转赴宁羌，与先来宁羌的宋应伏部会合，有众二百余，转至汉南。
十二月，额勒登保、德楞泰会同川、陕、楚总督驰奏“三省荡平”。嘉庆帝随即传谕说：“兹幸三省余匪，一律殄除，耆定大功，飞章奏捷。从此海宇敉宁，昇平永庆。”（《仁宗实录》卷一○六）将士论功行赏。额勒登保晋一等侯，世袭，授御前大臣加太子太保衔，赏用紫缰。德楞泰晋一等候，加太子太保衔，赏用紫缰。勒保、明亮、杨遇春等，以次封赏。
起义的延续 嘉庆帝在宣谕祝捷的同时，命额勒登保、德楞泰等不必来京，继续领兵追捕山林边界的起义军余部。额勒登保领兵扼川北，德楞泰扼川东，勒保居中往来，堵截南路，分兵清剿。
白莲教起义军遭到惨重失败后，各地余部或数百人或数十人，拒不投降，坚持抗清。起义的余波仍然不时形成轩然大波。一八○二年间，起义首领李彬、张天伦等也相继战死。苟朝九与宋应伏合兵后，成为起义军的中坚。苟朝九率部攻入通江，宋应伏部与活动在南江的姚馨佐（姚之富之子）部联合。巴东一带，则有刘学礼部联合他部活动，有众六、七百人。额勒登保领兵去通江进剿苟朝九部，命左翼长、甘肃提督穆克登布去南江。姚部起义军冯天保等数十人埋伏林中，阻击清兵，穆克登布率兵勇一千五百余人入林，中矛身死。穆克登布在军中与杨遇春齐名，分任左右翼长，长期随从额勒登保作战，是清军的著名将领。穆克登布死，震动了清廷。三月，额勒登保部罗声皋追击苟朝九部。四月，苟部兵分两路，一路走太平，另一路北行入陕，遭到额勒登保邀击，溃败。额勒登保移军太平。川东一带，德楞泰于闰二月间战败刘学礼部。刘学礼余部二百人，逃往竹山，被清军追及，溃败。六月，德楞泰与勒保会师开县，分兵二十路在老林内排搜，起义军被擒斩二百余人。七月，额勒登保与德楞泰、勒保会奏“三省肃清，官兵凯旋”。嘉庆帝诏德楞泰进京，留额勒登保继续搜捕。
清廷为镇压白莲教起义，倚用团练乡勇。四川一省应募乡勇曾多达三十余万。后经裁汰，至嘉庆七年（一八○二年）时，川、陕、楚本地乡勇共计约二万人，外地流民编为随征乡勇者又有一万七千余人。清廷镇压白莲教起义后，额勒登保建策编入清官军。但清军额数粮饷有限，一八○三年（嘉庆八年），清廷先将各营随征乡勇遣散，各人缴出刀矛武器给银五钱，另给银二两回籍。被遣散的乡勇为清廷死战多年，战后无家可归，愤怨不平，或流居山林间，与起义军余部结合，抗清图存。一八○三年八月间，陕西被遣散的乡勇一百六十人入洋县山中，投奔起义军苟文润部。九月，杨遇春率领的清军自洋县入山，苟文润部转赴汉南，至西乡，与巴山老林中的起义军余部会合，又有通江遣散的乡勇五百人加入起义军队伍，斩清副将朱槐。原来被清廷用以镇压起义的乡勇转而起义抗清，起义军的队伍又不断扩大了。
十月，嘉庆帝诏额勒登保还朝，再命德楞泰出都。苟文润等活跃于川、陕边界山林中。十一月，德楞泰领兵入山剿捕，以乡勇为清军前队。两军交战，前队乡勇与起义军中的乡勇在阵前按兵不动，互诉委屈。清军自副将以下数十名军官，被起义军杀死。德楞泰派遣清军中的乡勇军官魏中才去起义军营劝降，被苟文润处死。
一八○四年（嘉庆九年）二月，嘉庆帝复命额勒登保带钦差大臣关防出都，查阅陕、楚等省军营，扫荡川、陕边界大山老林，“搜捕净尽，永靖闾阎”（《仁宗实录》卷一二六），并处理裁撤兵勇等事。当时的形势是，起义军余部“具悉官军号令及老林径路，忽陕忽川，忽聚忽散，屡被围，复乘雾溜崖突窜，有中数矢犹力战者。”清军“分军遇之则不利，大队趋之则兔脱，仅余二三百贼而三省不得解严”（《圣武记》卷十）。兵士在山林中展转作战，备极艰苦，且已从战八年，师老兵疲，人无斗志，都想解役归乡。四月，额勒登保由兴安渡江督师，裁汰疲病兵勇，又下令：“凡士卒擒一贼者，即优遣回籍”（同上），分兵五路，人自为战。苟文润率部出山林，自大宁入四川，又有清军遣散兵勇二百人参加起义军。五月，嘉庆帝得报，下诏切责额勒登保、德楞泰等，说“所叙连日分兵探剿情节，不过杀贼一名”。“贼匪除二百三四十人外，又新掳百姓一、二百人，贼数竟添至一倍”。“此等败残零匪，不但不能歼除，又复展转奔逃，致增裹胁，均由伊等办理延误所致”。斥责额勒登保“今自与德楞泰会合以来，又阅月余，老师靡饷，一筹莫展”（《仁宗实录》卷一二九）。额勒登保、德楞泰降戴单眼花翎（原戴双眼花翎），并革去原赏用紫缰。德楞泰并由一等侯降为二等侯，“以示薄惩”。这时，川北大雨，军不能进，额勒登保、德楞泰均卧病不起。六月，起义军于夜间偷袭清营后逃脱。额勒登保冒雨扶病入山，马匹陷入泥中，跌死，被众官兵扯引下山。嘉庆帝指责额勒登保、德楞泰等，不知天时地利，不得人和，传旨严行申斥。
德楞泰等于上年冬招降起义乡勇失败，即悬重赏购捕苟文润。一八○四年（嘉庆九年）夏，苟文润部在川、陕边界之凤凰寨被德楞泰军击败，亡失一百六十余人。余部二百人转赴平利受阻，折回化龙山。八月，起义军中之乡勇赵洪周叛斩苟文润降清受赏，余众散去。同月，苟朝九也在南郑被当地寨堡兵勇擒斩。九月，额勒登保奉诏班师回京，德楞泰回任成都将军。嘉庆帝诏令新任陕甘总督那彦成于边界山林“留心防范”，对山中潜伏的白莲教徒众，勿再搜查滋事，“日久自可潜消”（《仁宗实录》卷一三四）。
波及川、楚、陕、甘、豫五省的白莲教农民起义，自一七九六年初发动至一八○四年秋败灭，前后延续了九年之久。起义军民被杀数十万。清廷出动官兵十余万，各地乡勇先后不下数十万。消耗军费银二万万两。嘉庆帝自即位以来，即全力镇压起义，于朝政无多兴革。起义震动了全国，给予清朝统治以沉重的打击，也鼓舞了被压迫的各地农民。川、楚、陕等地白莲教起义失败后，其他地区的农民起义又随之兴起。
（二）英国在海疆的侵扰与鸦片的输入 一、英国在海疆的侵扰 乾隆时期，英国已不断在海外殖民，向东方扩展势力。护送货船的英国兵船，经常在中国东南沿海侵扰，截掠他国船只。一七四二年（乾隆七年），英舰在澳门劫夺西班牙商船一只，并带入省河。清两广总督派东莞知县印光任前往质问，英舰被迫将二百九十九名俘虏释放。一七四四年（乾隆九年），又有英舰四艘在广东洋面截捕法国商船。一七八一年（乾隆四十六年），英舰在黄埔擅捕荷兰船只。广东巡抚李湖曾警告说：“倘仍冥顽不灵，不守天朝规矩，此后敢有一天在我天朝地方犯我法度，扰我客商，骚动一草一木，不论公班、港脚夷船，本部院总要按照大皇帝功令，连大班人等同本犯一并严拿，分别从重究治，不稍宽贷。”（《达衷集》一三三页）
嘉庆帝即位后，一七九九年（嘉庆四年）有英舰三艘从印度驶来，闯入中国境内，在穿鼻附近停泊。两广总督谕令，在半月之内移往潭仔洋面湾泊，并提出停止与英国贸易的严正警告。一八○二年（嘉庆七年），英国兵船开到零丁洋，准备进驻澳门。早在明嘉靖时，即有葡萄牙商人获准在澳门居住，明官府向他们征收租税，审理他们的案件。一六五一年（顺治八年），清廷派兵驻守澳门。一七四四年（乾隆九年），增设广州府海防同知（即澳门同知）驻前山寨，香山县丞移驻澳门统治。一八○二年，清朝接到住在澳门的葡萄牙人的报告，随即饬谕英舰不准登陆。一八○八年（嘉庆十三年），英国又以防备法国侵占澳门为由，由海军少将度路利（Drury）率军三百人，于七月二十一日到达澳门洋面，八月初二日径行登岸，占据澳门炮台三处。两广总督吴熊光派员晓谕撤出，并于十六日下令封舱，停止贸易。九月初一、二日，度路利带兵船三只，驶进虎门，停泊黄埔地方。二十天后，他又率领官兵五十余名，水手二百余人，到省城外十三行停留，求见总督。这时，英船陆续开到，连前共十三只；陆续登岸英人，连前共七百六十名。十月，吴熊光檄调督扰提镇各标官兵二千六百名，派令参将张绍绪等率领，札黄埔、澳门，并派员向英军宣示嘉庆帝谕旨，警告英军：“若再有延挨，不遵法度，则不但目前停止开舱，一面即当封禁进澳水路，绝尔粮食，并当调集大兵，前来围捕，尔等后悔无及。”（《仁宗实录》卷二○一）度路利见清廷调集水师，准备作战，遂于十月二十五、六日率兵退出虎门，十一月初二、三日退出澳门。英兵退后，吴熊光宣布开舱，恢复正常贸易。
嘉庆帝采取果断的态度，斥退英国兵船，随即查究此事，下谕斥责两广总督吴熊光说：“前此吴熊光在两广总督任内，英吉利国商船带兵入澳，占据东望洋、娘妈阁、加斯兰三处炮台，虽向系西洋商人防守所设，但究在中国地面，即与闯入内境无异。”吴熊光迟至月余始行具奏，既未亲往查办，度路利求见，又只派员晓谕，并未当面斥逐。“虽开舱在夷兵既退之后，而许其开舱，究在夷兵未退之先。是奏报既属迟延，办理又形畏葸。”（《清代外交史料》嘉庆朝二、三）将吴熊光革职拿问，充军伊犁。巡抚孙玉庭革职。
一八一四年（嘉庆十九年）四月，英国“脱里斯”号兵船在老万山群岛附近劫夺美国商船一只，五月又追逐一只美国商船，赶到黄埔截留。清廷为此向英属东印度公司提出强烈抗议，并准备停止英国商人贸易。东印度公司请求英王遣使来中国交涉。一八一五年，英国派出以阿美士德（WilliamPittLordAmherst）为首的使团出使中国，商谈解决纠纷，并再次带来马戛尔尼所提出过的各项要求，向清廷交涉。
阿美士德使团于一八一六年七月二十八日（嘉庆二十一年闰六月初六日）到达天津口外。清廷派长芦盐政广惠、工部尚书苏楞额接待，又派理藩院尚书和世泰、总管内务府大臣穆克登额前往通州迎候。进京途中双方讨论，清方要求英使觐见皇帝行三跪九叩礼，并令演习跪叩如式，方能进京；英使坚持不肯。和世泰等谎报：“谕以天朝礼节，该贡使等肃恭诚敬，具见顺从”，于七月初六日（八月二十八日）带领进京。次日清晨，嘉庆帝在圆明园正大光明殿接见使臣，阿美士德借口国书和制服未到，拒绝晋见行礼。和世泰等诡称正使患病，不能行动。嘉庆帝召见副使，又说副使也称病不至。嘉庆帝察觉真实情况，立即命英使回国，并将和世泰等人革职议处。阿美士德一行由清朝官员伴送，从通州沿运河至瓜州，溯江西上至南昌，沿赣江至大庾，过梅岭至广州，于一八一七年初离广州回国。嘉庆帝随即传谕直隶、山东、江苏、浙江、福建、广东各督抚，饬知沿海各地官员：“各将水师炮械，勤加训练，并留心察探。此后如有英吉利国夷船驶近海口，即行驱逐，并不许寄椗停泊，亦不准其一人上岸。倘该夷船不遵约束，竟有抢掠情事，即痛加剿杀，或用炮击，不可稍存姑息。”（《清代外交史料》六·五）嘉庆帝对于英国兵船在沿海的侵扰，坚决制止，是完全必要的。但由于礼仪上的纠葛而斥退阿美士德使团，则使清王朝失去了一次与英国商谈正常贸易的时机。
二、鸦片的输入 早在明朝万历年间，荷兰、葡萄牙商人即曾把少量鸦片作为药材贩运到中国。鸦片是从罂粟中提炼出的含有刺激性和麻醉性的毒品，清人或称为阿芙蓉。提炼的烟膏又称烟土或大烟。抽吸后即不易戒绝。清朝初年，英国在和清朝的贸易中，从中国购买大批丝、茶、瓷器等商品，造成贸易逆差，每年需要支付大量白银。雍正时，英国开始经营鸦片交易。一七二七年（雍正五年），向中国输入鸦片二百箱（每箱重一百三十余磅），中国吸鸦片者逐渐增加。广州等地出现了供吸食鸦片的烟馆。一七二九年（雍正七年），雍正帝曾下谕严厉禁烟，“兴贩鸦片者，照收买违禁货物例，枷号一月，发近边充军；私开烟馆引诱良家子弟者，照邪教惑众律，拟绞监候”（李圭：《鸦片事略》卷上）；失察的地方文武官员及海关人员，也都要严加议处。但此后吸鸦片者并未敛迹，英国鸦片商人通过向清朝官员行贿，鸦片作为药材纳税后，仍然不断输入中国，有加无已。乾隆时期，英国的东印度公司控制了孟加拉等鸦片产地，从而取得向中国贩卖鸦片的垄断，经由私商，大量贩运鸦片，牟取暴利。鸦片的售价，高出成本数倍。
嘉庆帝即位后，英国东印度公司每年向中国输入的鸦片，已经多达四千箱左右。各地吸食鸦片者也日渐增多，成为流毒全国的一大祸害。一八○○年（嘉庆五年），清廷再次禁止鸦片输入，停征鸦片税，并规定外国商船来广东，必须由广东行商具结担保不夹带鸦片，才准驶入黄埔。英国商船遂将鸦片由广州内河移到澳门，加以伪装，分船装运。再行贿行商具保，买通当地官员，走私运入黄埔。行商明知运入鸦片，受贿后继续具保。当地商贩代英商销烟，按箱收取佣金。官员和行商因走私鸦片而收取的贿赂，每年多达十万元左右。英人格林堡记载说：“贪污风气已经达到如此程度，以致运送鸦片的走私船常常就是那些负责缉私职务的官船。同样，每年由广州到北京装着呈献皇帝贡品的贡船，也成了运送鸦片到北方各省的一个得力工具。”（格林堡：《鸦片战争前中英通商史》页100—102）中国官员和行商、商贩因走私鸦片而获得巨额贿赂和佣金，不惜千方百计输入鸦片。英国商人和东印度公司因贩运鸦片而获得高额利润，英印政府每年由此取得大量税收，不遗余力地向中国输入鸦片。嘉庆帝禁烟的诏令不能不成为一纸空文。
嘉庆帝在位二十五年间，每年输入的鸦片始终在四千箱左右，并未因清廷的禁令而有所减少。鸦片不仅在广东、福建等地贩卖，而且逐渐行销于内地各省，直到京城。一八一○年（嘉庆十五年）三月，嘉庆帝在一个诏书中说：“鸦片烟性最酷烈，食此者能骤长精神，恣其所欲，久之遂戕贼躯命，大为风俗人心之害。”“近闻购食者颇多，奸商牟利贩卖，接踵而来。……仍著步军统领、五城御史于各门禁严密查访，一有缉获，即当按律惩治，并将其烟物毁弃。”（《仁宗实录》卷二二七）鸦片大量输入，吸食者日众，官吏、将士以至满洲贵族因吸食鸦片而更加昏怠腐败。清王朝的对外贸易也由出超渐变为入超，白银内流变为外流。鸦片贸易也使正常的商业的发展受到重大的影响。英国政府和商人由经营鸦片而获得巨大利益。清王朝的社会经济却面临着日益严重的威胁。
（三）浙闽粤沿海人民的斗争与豫鲁直三省的农民起义 嘉庆帝面对乾隆时期所形成的吏冶腐败、军兵虚溃、社会矛盾加剧的局面，曾经企图在诛和珅后，有所兴革，但事实上积重难返的局势并不能有所扭转。一七九九年，翰林院编修洪亮吉上书，大致说出了当时的情势。他说，“今天子求治之心急矣，天下望治之心孔迫矣”，但“机局未转”，言路似通而未通，吏治欲肃而未肃。一是处事太缓，二是集思广益之法未备，三是进贤退不肖尚在游移。他指出，“官场以摸棱为晓事，以软弱为良图，以钻营为取进之阶，以苟且为服官之计。”朝内诸臣，事本不多，还说多一事不如少一事。在外督抚，“贤者斤斤自守，不肖者亟亟营私”。“国计民生，非所计也，救目前而已。官方吏治，非所急也，保本任而已。虑久远者，以为过忧；事兴革者，以为生事。”赏罚不明，风俗日下，贪欺害政，比比皆是。（《卷葹阁文甲集》卷一）洪亮吉上书成亲王永瑆，奏呈嘉庆帝。嘉庆帝大怒，交廷臣会审，当以“大不敬”罪处斩，从宽免死，革职遣戍伊犁。洪亮吉上书得罪，说明嘉庆帝虽然求治心急，却无意集思广益，励精图治。官府与民众的阶级矛盾日益尖锐了。
延续九年的川、楚、陕白莲教起义后，东南沿海随即爆发了蔡牵领导的武装斗争。此后又爆发了林清、李文成领导的农民起义，摇撼着清朝的统治。
一、蔡牵等领导的海上斗争 浙江、福建、广东沿海地区无地或少地的农民，多依海谋生，或作水手，或捕鱼虾，乘船在海上往来。他们不堪官府的敲索压迫，往往结为帮伙自卫互助。清廷把他们和劫掠海上的盗匪不加区别，统称为“海盗”或“洋盗”。两广总督百龄向嘉庆帝奏称：“洋盗本系内地民人，不过因糊口缺乏，无计谋生，遂相率下洋，往来掠食。伊等愚蠢无知，但知趁此营生，不知干犯王法。岁月既久，愈聚愈多，甚至不服擒拿，冒死抗拒。”（《仁宗实录》卷二二七）百龄的陈述，大体反映了历来所谓洋盗的实状。清廷的擒拿，迫使他们冒死抗拒，自乾隆时，即已形成自己的帮伙武装。
东南沿海的帮伙有水澳、凤尾等帮。各帮又相互联合。广东沿海以自称海南王的走私商人朱濆为首。浙江、福建海域以弹棉花出身的福建同安县贫民蔡牵为首。各有船数十艘。蔡牵得渔民船户拥戴，势力日渐扩展。一八○二年（嘉庆七年）五月，曾率部攻下厦门海口大担、小担等岛的清军炮台。清军原来雇商船剿捕渔船，不能与敌。浙江巡抚阮元捐资，命定海总兵李长庚在福建造大船三十艘，名为“霆船”，配铸大炮四百余尊。李长庚擢任浙江水师提督，统领兵船。
蔡牵雄踞闽海，有船五十余艘。嘉庆八年（一八○三年）正月，驶入定海登岸，至普陀山进香。李长庚率部来袭。蔡牵败走福建海面，向闽浙总督玉德伪降。玉德纳降，命浙师停止追击。蔡牵乘势扬帆遁去。
蔡牵原居陆上，得岸上商民支持。用重金托闽商购造较清军霆船更为高大的战船，闽商载货出海，送船接济，伪报被动。蔡牵得大船，声势又振。一八○四年（嘉庆九年）夏，驶近台湾，夺取台湾粮米数千石，接济朱濆领导的广东海上武装，联合战船八十余只，进入福建海面，清官兵不能抵御。八月，进入浙江海面，结连战船百艘为一阵，声势浩大。李长庚率兵船直贯其中，分割蔡牵、朱濆战阵，命令镇兵对付朱濆，亲自带兵追击蔡牵，遇风雨退回。蔡牵责备朱濆没有配合作战，朱泼遂脱离蔡牵而去。一八○五年（嘉庆十年）十月，蔡牵率船百艘攻台湾，得台湾起义军民的支持，二十三日攻克凤山县，沉舟塞鹿耳门，阻止清军登岸。联合台湾起义民众万余人，围攻府城，自称镇海王。建立年号，树起反清旗帜，有众二万余人。嘉庆帝得报蔡牵称王台湾，特命广州将军赛冲阿佩钦差大臣关防，赴闽剿办，节制诸军。
嘉庆十一年（一八○六年）正月，李长庚率兵三千增援台湾，派小船封锁南北二汕。蔡牵围攻府城不克，又在南汕战败，兵船被焚，退守北汕。二月初七日，大风，鹿耳门沉舟被风浪漂起。蔡牵率兵船夺门而去，退出台湾。李长庚部仅有三千余人，不得闽师援助，不敢追击。嘉庆帝诏责闽督玉德，降职示惩。随后又将玉德革职，调湖南巡抚阿林保接代。
蔡牵率领的反清兵船得到沿岸居民的广泛支持。嘉庆帝在斥责玉德的诏书中指出：“洋匪帮船所用水米，自必藉各口岸私行接济”。“至火药一项，必非洋匪所能自行配造”。“官贮火药较少，而盗匪转多有积存，若非内地奸民私运接济，即系营汛弁兵牟利营私，暗中售卖。可见沿海一带，非特视诘奸为具文，竟以通盗济匪为常事。”（《仁宗实录》卷一六一）蔡牵自鹿耳门退出后，迅速在沿岸得到补济。五月间，李长庚奏报说：“蔡逆此次在鹿耳门窜出时，篷索破烂，火药缺乏，一回内地，在水澳、大金装篷燂洗。现在盗船无一非系新篷，火药无不充足。”（同上）蔡牵率领的队伍，不仅有沿岸商民和弁兵不断接济水米火药，而且还有不少官兵暗中传送消息，官船的动静，事先便可得知。闽商代造的大船，高过清军艇船五、六尺。嘉庆帝也已察知“蔡逆贼船较大，驾驶便捷。官兵乘船低小，每致落后。即追及时，仰攻亦不能制胜。”（同上）英国和葡萄牙停驻澳门的兵船，要求出师助剿，被广东官员拒绝。
阿林保到任后，见势难取胜，与李长庚密商，斩一假蔡牵首级报功了事。李长庚不从。阿林保即上密疏，弹劾李长庚逗留不进。嘉庆帝命浙江巡抚清安泰察访。清安泰奏称李长庚熟悉海岛形势，倾其家资造船，奋勇作战，“实水师诸将之冠”。嘉庆帝怒责阿林保“忌功掣时”，将追剿蔡牵事责成李长庚一人专办。赛冲阿调任福州将军。八月间，李长庚曾追击蔡牵于渔山，身受重伤，清军伤一百四十人。十月，在广东海域，击灭蔡牵侄蔡天来的兵船。
一八○七年（嘉庆十二年）春，李长庚军在广东海上之大星屿与蔡牵军作战，蔡牵败走。清军奉旨加造大船，并严防沿岸兵民与海上的联系。夏、秋间，蔡牵率领的反清兵船远流海外，无大战事。嘉庆帝命赛冲阿还任广州将军本官。冬十一月，李长庚在福建海上之浮鹰岛败蔡牵军。十二月，与福建水师提督张见升追击蔡牵至黑水外洋。蔡牵统领大兵船三艘被李长庚追及。李长庚以火攻船挂蔡船后艄，企图登船生擒邀功。蔡牵般尾猛发一炮，李长庚中炮身死。张见升仓皇退走，清军大乱。蔡牵亦率部远去。李长庚战死，清廷震动。嘉庆帝说：“览奏，为之心摇手战，震悼之至。”（《仁宗实录》卷一九一）追封李长庚伯爵，在原籍同安县建祠祭祀，命李长庚部将王得禄、邱良功继续领兵追剿。次年，王得禄调任福建提督，邱良功为浙江提督。
清军失主帅，损失惨重。蔡牵军也多次战败受损。由于与岸上兵民的联系被割断，补济困难。一八○八年（嘉庆十三年），蔡牵军在安南海面休整后，返回广东海域，得到朱濆部的接济。蔡、朱再度联合，进入浙江沿海，与海上张阿治部的反清船队联络。复任浙江巡抚的阮元（前以丁忧离任，由清安泰代）用计离间朱、蔡。朱濆再度离去，率部去福建，至东涌外洋。金门总兵许松年奉命追击，至长山尾。朱濆率兵船四十余艘，与清军激战，中炮死。张阿治率众五百人，献炮八十余尊降清。
蔡牵率部自浙江驶入福建沿海。一八○九年（嘉庆十四年），各帮反清兵船均活动于福建海域。七月，嘉庆帝调阿林保为两江总督，擢任陕西巡抚方维甸为闽浙总督。八月，蔡牵率部再入浙海。福建提督王得禄与浙江提督邱良功联合，在定海县属渔山岛乘顺风攻蔡牵。蔡牵率兵船驶向东南，至绿水洋。次日，浙、闽清军围攻蔡牵。浙船在蔡船之东，并船激战。邱良功中枪矛负伤。闽船继续在浙船之东阻截。蔡牵兵船三十余艘，被清浙、闽诸船从中隔断，不能相救。炮弹用尽，以刀矛拼斗。王得禄受伤，冲击蔡牵兵船，兼用火攻。蔡牵兵败被围，沉船自杀。朱濆弟朱渥率众三千余人向福建清军投降，交出船四十二艘、炮八百余门。次年，蔡牵余部一千三百余人也在福建海上降清。浙、闽、粤三省的海上反清斗争，遭到失败。
海上船民的武装反清斗争，自蔡牵发动，先后延续九年，波及三省。在白莲教起义失败后，又一次震撼了清朝。
二、林清、李文成领导的天理会起义 川、陕、楚白莲教起义和浙、闽、粤海上斗争失败后，紧接着，又在直隶、河南、山东地区爆发了天理会起义。起义者直接攻打了首都的皇宫。
天理会又名白阳教龙华会，是白莲教遭到禁止后形成的一个支派。天理会的秘密组织以乾、坎、艮、震、巽、离、坤、兑八卦为号，因而又称八卦教。坎卦教首林清原籍浙江绍兴，出生于京畿大兴县黄村宋家庄。青年时期，在北京药店学徒，以后当过商店伙计、衙门书吏。后在苏州做粮道的长随。失业后，为粮船拉纤，返回通州，在北京开店卖鸟为生。一八○六年（嘉庆十一年）加入天理会，被推举掌管直隶坎卦组织，自称是弥勒佛转世。河南震卦教首李文成，滑县谢家庄人，木匠出身，人称“李四木匠”。其师梁健忠，与李文成争做卦首。一八一一年（嘉庆十六年），自春至冬，林清三次去滑县扶立李文成，宣称李文成是原震卦王教主转世。梁健忠交出经卷底簿及钱粮号簿，不再争位。此后，河南震卦教徒日增。山东定陶人张廷举为首的乾卦、山西岳阳人邱玉为首的坤卦、山东武城人程百岳、张景文分领的巽卦、离卦、河南虞城人郭泗湖统领的艮卦、山西岳阳人侯国龙统领的兑卦等组织，都隶属于震卦，李文成成为八卦教的教首。署名兰簃外史（盛大士）所撰《靖逆记》说：“震为七卦之首，取帝出震宫之意，习教者共听约束。文成兼长九宫，统管八卦，众至数万。”李文成统管教众，扶立他的林清在教内拥有崇高的地位。李文成向他跪拜，尊称为“当家的”。
一八一二年（嘉庆十七年）春，林清至滑县与各卦首领集会，密谋起义。十一月及次年正月，李文成与接管离卦的河南滑县人冯克善先后到黄村宋家庄，会见林清，商议起义的组织和计划。林、李二人共掌教事，林清称天皇，李文成称人皇，冯克善称地皇。林清曾于一八○八年（嘉庆十三年）在保定结识滑县革职库书牛亮臣，并经牛的联系，得与李文成、冯克善相识。林、李商定，以牛亮臣为起义军的丞相。以次各卦首领，各有分职。起义沿用民间熟知的反清复明口号，新创的王朝称为“大明天顺”。起义者以小白旗为标志，定于西之年戍之月寅之日午之时即嘉庆十八年九月十五日午时举事，林清攻直隶保定，李文成攻河南彰德，冯克善攻山东德州。
一八一三年（嘉庆十八年）七月，林清去滑县与李文成会商，修订起义计划。九月十五日，趁嘉庆帝去热河驻夏，由林清指挥京城教徒攻打皇宫，李文成选派精兵一千名化装进京协助。同日，李文成在滑县率众起义响应。
八月，林清回到黄村宋家庄，组成陈爽、刘呈祥、陈文奎、刘永泰等率领的一百四十人攻打皇宫的小队。随后进京与皇宫中的天理会教徒太监刘得财等六人会商，联络正蓝旗豫亲王府的包衣陈爽、祝现，正黄旗汉军独石口都司曹纶及其子曹福昌，宗室子弟海康、庆遥等八旗会众，参加起义，分头接应。
李文成、牛亮臣也在滑县大坯山东坡，打造军器，树起“大明天顺李真主”大旗。被老岸司巡检刘斌侦知，报告滑县知县强克捷，李文成被捕受刑，足胫被夹断。九月七日，牛亮臣、于克敬、刘成章等率领三千人，攻占滑县县城，杀死强克捷（一说潜逃，后在封丘自杀）、刘斌等官吏，救出李文成，提前宣布武装起义。直隶长垣、东明，山东曹县、定陶等地天理会教徒和农民群众纷起响应，十日攻下定陶，十一日攻下曹县。河南、直隶、山东三省交界地带，起义军东西相联，声势浩大。直隶总督温承惠、河南巡抚高杞、山东巡抚同兴等派兵加强设防，不敢出战。起义军因而也无法按计划北上，支援京城。
九月十四日，林清仍按原计划攻打皇宫，命小队潜入京城，分散于饭铺、酒楼等处。十五日，或头裹白布，身藏小刀；或扮作卖柿子的小贩，在柿筐中藏刀，分东西两路进入内城。东队由陈爽、刘呈祥带队，太监刘得财、刘金领入东华门；西路由陈文奎、刘永泰带队，太监张泰、高广福领入西华门。太监王福禄、阎进喜等专为内应。东队接近东华门，被护军察觉，闭门拒守，起义军小队进入宫门者只有五、六人。西队七十多人进入西华门后，击毙护军，冲入尚衣监水颖馆，攻打隆宗门，被清护卫军击败，向南撤退，在宫城树起“大明天顺”、“顺天保明”的白旗。皇次子绵宁、总管太监常永贵指挥侍卫、太监进行镇压，仪亲王永璇、成亲王永璇、庄亲王绵课等率领健锐营、火器营官兵千余人从神武门进宫。起义军小队激战一昼夜，至十六日午，战死三十余人，被俘四十余人，攻打皇宫的战斗遭到失败。
林清坐镇黄村宋家庄，等候滑县援军。十五日夜，在东华门被阻不能进宫的小队十余人返回黄村报告。十六日，不得消息。十七日晨，县衙差官伪装起义军，来迎林清入京。林清中计被捕。十九日，嘉庆帝自热河返回北京，处死林清及响应起义的太监。命陕甘总督那彦成为钦差大臣，与提督杨遇春、副都统富僧德、总兵杨芳等领兵去河南，镇压起义。又派兵分赴直隶开州及山东曹县，镇压当地的起义军。
李文成占领滑县后，树立“大明天顺李真主”大旗，以牛亮臣为军师，宋元成为大元帅，以县北道口镇为军事据点，北攻浚县。九月二十二日和二十六日，起义军两度大举攻城，清兵增援三千人，起义军两次战败，损失惨重。李文成得知清廷派大兵来攻，命浚县退兵，集结于道口以待。又命曹县起义军三千人由徐安国率领向道口结集。九月二十七日，清军进攻定陶，起义军在髣山战败，退入曹县扈家集。十月初四日，清军来攻，定陶、曹县起义军战败，全部覆灭。十月初，清杨遇春军与直隶总督温承惠军合攻道口，遭到起义军袭击，大败而退。那彦成至河南卫辉府，部署重兵，围困道口。起义军面临大敌，处境艰难了。
面对严峻的形势，李文成与牛亮臣、宋元成等集议，命曹县来此的徐安国率二千人突围渡河去太行山，与山西起义会众联系，作转移的准备。徐安国遭到清军堵截，不能渡河。十月二十七日，清军万余名分七路围攻道口。道口起义军也有万余人之众，两军激战，互有胜负。清军以大炮轰击，攻入镇上，纵火烧镇，起义军大败。徐安国率众数百人，败归滑县。道口重镇，陷于清军。
十月末，李文成与牛亮臣、宋元成、徐安国等计议，牛、宋、徐等留滑县坚守，由驻守滑县东北桃源镇的兑卦首领刘国明护送李文成向太行山转移，扩充兵力，再反攻清军，救援滑县。由于清重兵在滑县以西，李文成东走直隶南部的开州、东明、长垣，再向西南绕道赴辉县，去太行。当时直隶南部的形势是，开州、东明、长垣一带都有天理会起义军活动，十月初以来，清军曾先后三次进攻。起义军坚持抵抗，并曾于十月二十三日在开州获得胜利。李文成、刘国明率领军士一千名，顺利经过直隶南部，西行至辉县。沿途扩充队伍，至四千余人，驻于辉县西北山中，在司寨扎营。
十一月中，那彦成得报，命杨芳领兵追击李文成。司寨依山背河，易守难攻。清军计诱义军出寨，设伏兵围攻，义军损失二千余人。十一月二十日，清军大举攻寨。自晨至午，司寨被攻破，起义军退据民房抵抗，枪炮齐发，清军死伤甚众。杨芳又用火攻，在寨内纵火。刘国明跃出碉楼，击杀清兵数人，战死。杨芳向李文成喊话诱降。楼内大呼“李文成在此，欲杀即杀，断不肯降！”（《靖逆记》卷三）李文成与战友数十人，自焚而死。
这时，直隶南部开州以南的各地起义军也相继遭到清军的镇压而失败。起义军的主力据守滑县，仍有众二万余人，由牛亮臣、宋元成等统领。在杨芳部攻陷司寨的同时，那彦成于十一月十九日调集重兵，发起对滑县的围攻。清军约两万人分路攻打滑县四城的城门，都不能攻下。清军挖掘地道，也被起义军发现捣毁。起义军坚守滑县的战斗，持续二十日。清军久攻不下，架云梯登城，被起义军击退。十二月十日，清军暗中在城墙角下埋置炸药，炸开西南城墙，乘势攻入县城，展开巷战。义军奋勇抗击，伤亡惨重。次日，清军又施火攻的故技，纵火焚烧城内房舍。起义军被困。李文成妻张氏挥刀杀敌，在家中自缢殉难。突围军士约四、五千人，遭清军阻截，战死。二千余人被俘。宋元成战死。牛亮臣、徐安国等被俘不屈，被押送京城处死。起义军将领及军士数千人遭到清军的残酷屠杀，壮烈地结束了战斗。
林清、李文成领导的天理会起义，前后持续了三个月。起义发动时，即揭出推翻清朝重建新朝的目标，建立“大明天顺”旗号。起义者联合满汉人民，深入皇宫，更为前此起义所罕见，极大地震动了清朝。以滑县为中心的三省边界的起义军，邻近京畿，给予清王朝以严重的威胁。嘉庆帝调动数万重兵镇压了起义，随即命刑部酌议传习白阳等教分别治罪条例，搜查各地教徒。白阳、白莲、八卦等教，传徒为首者处以绞刑。奉教的“愚民”，“许以自赎”，由地方官“详为化导”（《仁宗实录》卷二八一）。
此仆彼起的各地农民起义，不断冲击着腐朽的清王朝。清朝的统治日益动摇了。
（四）嘉庆帝病死 当林清起义军在一八一三年（嘉庆十八年）九月攻入皇宫养心殿附近时，嘉庆帝第二子、三十一岁的旻宁曾击毙起义兵士二人。嘉庆帝得报大喜，称赞他“忠孝兼备”，加封为智亲王。嘉庆帝晚年，面对重重矛盾，难于有所作为。一八二○年（嘉庆二十五年）七月，去木兰狩猎，旻宁随行，驻于热河避暑山庄。一日，嘉庆帝登山骑射，突然发病。次日，立旻宁为皇太子，随即病死，年六十一岁。旻宁（宣宗）奉梓宫回京，即皇帝位。改明年年号为道光。
乾隆帝为求立功耀武，连年在边疆地区和周邻诸国发动战争的局面，到嘉庆帝即位时已经终结。历史的发展，使清王朝转而面临着外国侵略的威胁。向东方寻求殖民利益的英国，不断在中国的东南沿海侵扰，堵截他国的商船。鸦片大量输入，使清朝的白银外流，也为社会经济的发展带来多方面的危害。日益衰弱的清朝面对着日渐强盛的英国的来侵，斗争不可免了。
（一）川陕楚地区的农民起义 一、起义的发动 嘉庆元年（一七九六年）正月，嘉庆帝刚刚宣告即位，湖北枝江、宜都等地即爆发了白莲教徒发动的农民起义。
乾隆帝镇压了王伦领导的农民起义后，白莲教仍在民间秘密流传。陕、楚交界处的南山和川、楚间的巴山，距省城遥远，山区的农民和山民，遭受着地方官吏和地主豪霸的残酷剥夺。乾隆时期，两湖、安徽、江西、四川、河南等地的饥民陆续进入山区，开垦荒地谋生，在山林间，搭棚居住，因而又被称为“棚民”。耕地不足，又在盐井和铁厂、纸厂、煤厂等处充当雇工或背运为生。数年之间，聚集数十万人。棚民遭受多方欺凌，最为艰苦。经过白莲教徒的发动，三省交界的山区，成为起义的爆发点。
乾隆帝退位前，曾对这些省区的白莲教徒严厉镇压。白莲教以其他名义，秘密传布。一七七五年（乾隆四十年），号为混元教的首领河南鹿邑县人樊明德被清朝逮捕处死。弟子刘松被发遣甘肃隆德县。一七八八年（乾隆五十三年），刘松又与弟子刘之协继续传教，改名三阳教，称刘松之子刘四儿为弥勒佛转世，辅助牛八（即“朱”，隐喻明室后裔）。次年，转往湖北襄阳，与号为收元教的教首宋之清联合，仍称三阳教。一七九二年（乾隆五十七年），宋之清与刘之协不合，另立西天大乘教，在川、楚、陕、豫等省区广泛传布，宣传辅佐牛八，反清复明。一七九四年（乾隆五十九年）夏，清朝在陕西兴安府破获西天大乘教，逮捕首领多人。又在四川大宁县，破获收元教。九月，宋之清、齐林等首领在湖北被逮捕。十月，收元教首王应琥也在湖北被捕。刘松及刘四儿等在陕西境内被捕。刘之协脱逃。乾隆帝处死刘松、宋之清、王应琥及各地教首数十人，随即诏谕各地，对白莲教徒严加搜捕。白莲教及改换名义的各教派，是起义农民秘密联络、策划反清的组织，也是贫苦无告的民众互助自卫团体，各地入教者不下数万人。地方官吏乘机以搜捕为名，对入教者严刑逼供，多方勒索，甚至“不论习教不习教，只论给钱不给钱”。习教和不习教的民众都被逼得无路可走。一场“官逼民反”的战争不能不爆发了。
一七九五年（乾隆六十年）冬，三阳教首刘之协与各路教首王聪儿（齐林妻）、姚之富、刘起荣、张汉潮等在襄阳集会，议定以“官逼民反”作号召，分东、中、西三线，于辰年辰月辰日（嘉庆元年三月初十）同时起义，派出传教师到各地组织筹划。
在湖北枝江、宜都、长乐、长阳等地传教的张正谟，于一七九五年十一月间邀同聂杰人、刘盛鸣、黄庭柱、向瑶明等在山洞打造刀枪等物，为辰年辰月辰日起义进行准备，被地方官发现。黄庭柱、刘光先等在长乐、长阳等地被捕，起义不得不提前发动。嘉庆元年（一七九六年）正月十一日，起义者聚集在宜都聂家河聂杰人家，首举义旗，武装占据灌脑湾，发展到一万人，内有白莲教徒二千人。二月，长阳林之华、覃士辉在九州河等地起义，张训龙策动弟子覃佳耀等在风火山起义。两支起义军联合，攻占榔平，发展到一万五六千人。二月十五日，来凤胡正中领导起义，三日内就发展到三四万人，攻下来凤城，占据旗鼓寨。附近教徒及农民群众起而响应。陈得本、刘秀石等聚众千人，由东湖进入当阳县境，得到县役杨起元、熊道成等接应，于二月十七日攻入县城，惩办贪官，擒捕县令黄仁出署，“以钱一串置令左手，银一锭置其右手中，拉杀之。”（石香村居士：《勘靖教匪述编》卷九）王聪儿、姚之富等于襄阳会后，在襄阳附近地区组织起义。二月二十日，姚之富之子姚文学率众围攻房县，另一首领曾世兴攻下保康。二十二日，吴明山攻下竹山，联络王全礼兄弟攻郧阳，约于三月十八日合兵攻白河、洵阳。三月间，聂杰人降清被杀。白莲教主要领导人刘之协、王聪儿、姚之富、刘起荣、樊人杰、张汉潮，张天伦等，率领一万人，在襄阳黄龙垱正式宣告起义反清，随即进攻枣阳、樊城、襄阳等地，发展到四五万人。湖北境内的农民起义军在一七九六年夏，迅速发展壮大。
四川达州白莲教领导人徐天德，与王登廷等于九月十五日起义，响应湖北，旬日间，发展到一万多人；东乡王三槐、冷天禄也聚众万人在丰城起义，响应徐天德；徐天德又派遣弟弟徐天富到太平鼓动黄富才、卿有才起义，占据城口、鞍子坪互为声援。起义军随即攻下东乡县城，控制了周围一百数十里的地区。十二月，巴州罗其清和苟文明等在方山坪起义；通江冉文俦和冉天元等在王家寨起义；太平龙绍周和徐万富等在南津关起义。四川几支起义军，都有一定的联系，并和湖北起义军互相声援，声势益盛。
十一月间，陕西安康冯得仕起义于将军山；翁禄玉、林开泰起义于大小米溪；王可秀、成自智起义于安岭；胡知和、廖明万、李九万起义于汝、洞二河，相继遭到清军镇压而失败。但陕西的白莲教徒和棚民，已然点起燎原的烈火，清军难以扑灭了。
起义爆发后，嘉庆帝命湖广总督毕沅镇压湖北荆州起义，西安将军恒瑞进攻当阳起义，都统永保率兵增援；陕甘总督宜绵镇压陕西起义军；四川地区先后由总督福宁，英善镇压起义。又陆续调遣八旗兵和各省绿旗兵参战。嘉庆二年（一七九七年）正月因领侍卫内大臣额勒登保之奏请，命荆州将军兴肇撤出镇压苗族的清军，带兵四千回襄阳，总兵张廷彦带兵二千赴长阳，都统德楞泰、将军明亮带兵六千赴达州，集中兵力镇压三省起义。
湖北农民起义军面对清兵的强大攻势，据守的城寨相继被攻破，一七九七年初，便改用流动作战方式，向陕西转移。三月初，起义军在王聪儿、姚之富、王廷诏、李全率领下，分兵三路，经过河南向陕西进军。进军途中，湖北、河南等地习教的农民“千百成群，一呼而至”（《剿平三省邪匪方略》卷二十六）。入陕西后，南部山区参加起义的农民有数千人。李全的弟子陈子明说：“三股原只四五千人，自到陕以来，陆续入伙及裹来者，现在两万有余。”（同上，卷三十八）农民起义军行军不整队，不迎战，不走平原，数百人一伙，忽分忽合，忽南忽北，使清兵无可奈何。六月，起义军集结于紫阳，渡过汉水，分路入川，和四川的起义军在东乡会合，商定编组办法和作战方略。起义军的编制是以青、黄、蓝、白等号为记，设掌柜、元帅、先锋、总兵、千总等。四川达州徐天德被当地地主武装乡勇包围，三月初六日坠崖自杀；起义军首领王三槐轻信知县刘清，被诱骗到清军大营，解送北京处死；首领罗其书、冉文俦、覃佳耀等也先后牺牲。
农民起义军在三年的战斗中，已经形成二十万人的大军，活动地区湖北有三十九州县，四川有三十六州县，陕西有三十五州县（厅），河南有二十州县。虽然在一些战役中，遭到清军的镇压而陷于失败，但清朝仍然难以制止农民起义军的继续发展。
二、嘉庆帝的对策 嘉庆帝初即位，即面对波及数省的农民起义风暴，为数十年来所未有。嘉庆帝在四年（一七九九年）正月，传谕川、鄂、陕将军督抚说，乾隆帝在位六十年，从未有数年之久，靡饷至数千万两之多，而尚未蒇功者（指镇压起义）。乾隆帝虽已退位，仍主持军国大事，不能不参予镇压起义。陕西巡抚永保追剿张汉潮兵败，以罪当死。乾隆帝亲自处治，免死降职留用。嘉庆帝在谕中说：“皇考焦劳军务，寝膳靡宁，即大渐之前，犹频问捷报。”（《仁宗实录》卷三十七）乾隆帝于嘉庆四年（一七九九年）正月初二日病死。嘉庆帝随即采取几项重大措施，以图消灭起义。
诛和珅 乾隆帝退位为太上皇后，仍信用和珅为心腹。大臣向太上皇奏事，均须通过和珅。嘉庆帝也不得不对他心存戒备。乾隆帝死后五日，嘉庆帝即将和珅革职拿问。依附和珅的户部尚书福长安（傅恒之子），也被革职监禁。随即命臣下举发和珅罪恶。正月十五日，条列大罪二十款颁谕天下。仪亲王永璇、成亲王永理奉旨审讯，和珅伏罪。嘉庆帝援引康熙帝诛鳌拜之例，命和珅自尽，福长安斩监候，秋后处决。和珅为相二十年，是贪官污吏的总首领。成亲王永瑆奉旨查抄和珅家产。据流传的查抄清单，在和珅家中抄出古玩玉器、珠宝器、金银器等各种珍贵用具三万余件。金、银元宝各一千个，赤金五百八十万两，生沙金二百余万两，元宝银九百四十万两，洋钱（银圆）五万八千圆。玉器、绸缎、洋货、皮张、瓷器、紫檀器、玻璃器等各有库房贮存。另开设当铺七十五座、银号四十二座、古玩铺十三座。私有田产八千余顷，内外住宅一百八十余间。查抄家产编号登录，共编一百另九号。据正月十七日对其中二十六件（号）的估价，即值银两亿二千余万两，相当国库数年的收入。和珅攫取财富之巨，使朝野为之震惊，也正是王朝上下竞相贪污掠夺的典型写照。和珅只是贪污官员的一个总代表。和珅以下的各级官员，攫取民财、侵吞官款虽不如和珅之巨，但贪污腐败之风，已然上行下效，弥漫全国，迫使广大农民不得不起而反抗。嘉庆帝诛和珅后下谕说：“教匪聚众滋事，皆以官逼民反为词”，“百姓幸际昌期，安土乐业，若非迫于万不得已，焉肯不顾身家，铤而走险！总缘亲民之吏，不能奉宣朝廷德意，多方婪索，竭其脂膏，因而激变至此。然州县之所以剥削小民者，不尽自肥己橐，大半趋奉上司。而督抚大吏之所以勒索属员者，不尽安心贪黩，无非交结和珅。是层层剥削，皆为和珅一人。而无穷之苦累，则我百姓当之。言念即此，能不痛心？现在大憝已去，纲纪肃清，下情无不上达。各省官吏自当大法小廉，湔除积习，民间无所扰累，亦可各遂其生。”（《仁宗实录》卷三十八）嘉庆帝不能不承认各级官吏“多方婪索”，但又把层层剥削归罪于和珅一人，企图以此来缓和人民的反抗，说：“庶被胁之人，闻知贪墨屏退，吏尽循良，自必幡然来归。”（同上，卷四十九）但诛和珅后，大小官员既不能“湔除积习”，减少扰累，“吏尽循良”也只是一句空话，人民反抗的浪潮仍然汹涌澎湃地向前发展。
用团练乾隆时，满洲八旗兵已经日益腐惰。吏治的腐败，也不能不直接影响到八旗官兵。嘉庆帝在乾隆帝死后，即传谕军机大臣，指责带兵大臣及将领等“全不以军务为事，惟思玩兵养寇，藉以冒功升赏，寡廉鲜耻，营私肥橐。”（《仁宗实录》卷三十七）并说，在京的谙达（教皇子骑射者）、侍卫、章京等，遇有军务，无不营求前往。平日穷乏的人，自军营回来，便突然致富，请假回家购置田产。嘉庆帝进而指出：“试思肥橐之资皆婪索地方而得，而地方官吏又必取之百姓。小民脂膏有几，岂能供无厌之求？”“是原有之贼未平，转驱民以益其党。”（同上）嘉庆帝的诏书，大体上指出了八旗官兵临阵贪婪腐败的实状。军官的贪婪必然导致军兵的虚弱。经略大臣勒保奏称满洲健锐营、火器营兵丁俱“技艺平常，不耐劳苦”。嘉庆帝传谕说，这次两营的二千名兵丁，并非选充，而是以名帖求该管大臣出派。只想往返途中向地方驿站勒索钱文，坐食军饷。还没有启程，就已是居心卑鄙，临到阵前还能指望他们听命效力么！嘉庆帝严令该管大臣加强操练，以复满洲旧习。谕中还说：“今满洲兵丁，不但远逊当年，且不及绿营，以致人皆不愿带领。”（《仁宗实录》卷四十七）
清初建立的绿营，由汉人兵丁组成，用以镇压汉族人民的反抗。清军入关后，满洲八旗兵丁即因有优越地位而逐渐失去战斗能力。绿营兵一度成为数量多于八旗，战斗力也优于八旗的一支劲旅。但到乾隆末年，绿营兵也逐渐趋于腐化。勒索送礼、尅扣军粮、借端摊派等等陋习，被视为常事。将官贪贿享乐，兵丁疏于训练。嘉庆帝在一七九九年（嘉庆四年）正月的上谕中说：“近闻各省营务，如提、镇大员，一味养尊处优，全不习劳”，“所谓训练操防，全属有名无实。”在另一上谕中并举出乾隆时随驾南巡，亲见杭州绿营兵丁骑射：“射箭，箭虚发；驰马，人堕地。当时以为笑谈。”（《仁宗实录》卷三十七、三十八）同年五月又说，绿营兵丁“或在外兼习手艺，训练生疏，营伍废弛，所关非细。”（同上，卷四十四）绿营兵日益削弱了作战能力，也已不再是清王朝镇压农民起义的得力工具了。
面对着白莲教农民起义军的进军，嘉庆帝逐渐倚用汉人地主武装，配合官军镇压起义。一七九八年（嘉庆三年），四川招募武装乡勇达三十七万人，湖北也有三十六万六千余人。清军都统德楞泰、副都统明亮率领主力军在湖北襄阳镇压王聪儿、姚之富起义军，当地乡勇配合作战。王、姚军在郧西三岔河被知县孔继檊率领的乡勇堵截。起义军战败，王聪儿、姚之富投崖自杀。清军获得少有的胜利。湖北随州地主武装筑寨自保，也曾阻遏了襄阳起义军的进军。一七九九年（嘉庆四年）初，嘉庆帝遂命勒保会同各督抚，晓谕州县居民“扼要团练”，与官军配合作战。嘉庆帝又因黑龙江等地调遣一兵的费用，可以招募几十个乡勇，正式诏令以乡勇替代。各路官军在各地招募乡勇随军作战，临阵命乡勇居前，绿营兵在后，满洲兵在最后。乡勇有伤亡，不在军额之内，可以匿而不报，甚至也可以败为胜，谎报战功。有的官军则招募他乡游民充役，号为乡勇，实为散勇。针对这些流弊，嘉庆帝又下诏说：“至乡勇原为保护乡里而设，若仅募他乡游民，无田庐家室之恋，既去其乡，安望其勇？……何如省此养疲兵、募散勇之资，以团练本地之乡勇。”“总之，他省未练之新兵，不如本地之乡勇，而本省隔属招募之乡勇，又不如本乡守堡之团勇。自后各县练勇，各守堡寨，不许调往军营，致村庄反遭荼毒。其乡勇固守卡寨，以堵为剿。”（《圣武记》卷九）川北一带的地主武装团练，筑堡寨抗御起义军取得成效。嘉庆帝命陕西、湖北等地依仿实行。
清初建国，以八旗兵为主，绿营为辅，对汉人地主武装限制极严。嘉庆帝因镇压白莲教起义的需要，倡导汉人地主实行团练，武装自卫，是一项因时制宜的新措施。这一措施的实行，在以后的历史上，产生了深远的影响。
三、起义的失败 清军出剿嘉庆四年（一七九九年）正月，嘉庆帝命勒保为经略大臣驻军四川，各路军兵受其节制。明亮、额勒登保实授副都统，为参赞大臣。起义军徐天德、冷天禄、王光祖、张天伦、李全、樊人杰等率领主力军进攻湖北；川北杨开甲、王廷诏在三月中远征甘肃巩昌、宕昌，五月间又回军四川。起义军不断获得补充，各自独立作战。清军顾此失彼，几至束手无策。会理四川军饷的福宁奏称：“据川东北各府州县禀报，多者万余，少者数千，其不知逆首姓名者，尚不知凡几。新起之贼，实多于剿除之数。地方之伤残更甚，黎庶之疾苦更深。贼愈剿而愈炽，饷徒糜而罔益。”（《圣武记》卷九）嘉庆帝将勒保逮问治罪，先后任命明亮、额勒登保为经略大臣，工部尚书那彦成、副都统德楞泰为参赞大臣。十月，湖北、陕西各路起义军又集中四川，十二月离川北去，留冉天元在大竹整顿队伍。嘉庆五年（一八○○年）正月十五日，冉天元率领三四千人，在定远石板沱渡过嘉陵江，进攻西充、蓬溪等县，起义军迅速发展到万人。二月南攻南部、盐亭、射洪，北攻梓潼、江油，在马蹄岗与清军决战。起义军三路会合，多至三万人。德楞泰身陷重围，激战三昼夜，无法逃脱。守备罗思举率领乡勇四千助清军作战，德楞泰据险自守，冉天元登山督战，受伤被俘。徐万富、张子聪等遂统率起义军在太河镇抢渡潼河，南攻遂宁、安岳、乐至等县，北攻中江。四月，回军川东。
陕西起义军在张汉潮率领下，一七九九年（嘉庆四年）初活动在南山地区，几次远征甘肃。九月，张汉潮在五郎与清军明亮部作战，败死。明亮与勒保弟永保互相攻讦，嘉庆帝命将二人逮捕入京，那彦成代明亮领兵。起义军冉学胜在甘肃继续作战，依恃老林，配合行动，那彦成军被困数月，无法前进。十二月，嘉庆帝下诏斥责那彦成，命即领兵赴陕守御。又赦明亮，命以领队大臣去湖北镇压起义。一八○○年春，那彦成与德楞泰、额勒登保兵分三路，堵截起义军北上的去路。那彦成在文县与起义军高天升、马学礼部作战。高、马部败入四川。那彦成领兵回陕。嘉庆帝斥责那彦成“剿贼不尽”。闰四月，那彦成被召晋京奏对，嘉庆帝将那彦成革职，降为翰林院侍读学士。
三阳教首刘之协在湖北起义军战败后，逃往河南。一八○○年（嘉庆五年）六月，在河南峡县与李岳、孙继元、王哲等千余人再度起义，树立大旗称天王刘之协。清布政使马慧裕乘起义军初起，发兵镇压。起义军战败，刘之协欲逃往湖北，途经叶县时，被清兵逮捕。
七月，嘉庆帝命将刘之协押送京师处死，并由此展开对起义军招抚的宣传。嘉庆帝指刘之协为“教匪首逆”，传谕各路带兵将领及陕、甘、川、楚等省督抚，“将刘之协擒获一事广为宣播”，说“教匪本属良民”，已被镇压的白莲教诸首领也都是“听从刘之协倡教而起”，“被裹胁之人”，“如能翻然悔悟，不但免诛，并当妥为安置”。“实系同教”之人，如果“弃械归诚”，“亦必贷其一死”（《仁宗实录》卷七十一）。随后，嘉庆帝又自著《邪教说》，对信教与“叛逆”加以区别，说：“苟能安静奉法，即烧香治病原有恻怛之心，在朝政之所不禁。若藉此聚众弄兵，渐成叛逆之大案，则王法之所不容。”又说：“夫官军所诛者，叛逆也。未习教而抗拒者，杀无赦。习教而在家持诵者，原无罪也。”“白莲教与叛逆不同之理既明，则五年以来所办理者，一叛逆大案也，非欲除邪教也。”至于以白莲教“聚众敛钱”者，则应由地方官员“实心训导，宣扬正学”（《三省边防备览·策略续》）。白莲教起义原由官府查禁白莲教徒而起。嘉庆帝在擒获刘之协后，自撰此文发布，意在对白莲教起义军分化招抚，以求速胜。但从另一方面说，这又等于事实上解除了教禁，承认信奉“邪教”为合法，民间宗教的秘密结社也由此得以公开活动。开放教禁，是嘉庆帝为镇压白莲教起义而采取的又一项新措施。如果说，前此采取的倚用团练的新措施，加强了清王朝和汉族地主镇压农民起义的力量，开放教禁则为此后农民反抗活动的组织和发动，提供了可以利用的条件。这两项措施的实行，在以后的长时期里从不同方面影响了阶级斗争的发展和历史的运动。
起义的失败一八○○年以来，起义军面对着清朝的重兵围剿，日益陷于困境，但起义军仍然是分散各地，流动作战，缺少统一的指挥，使清朝易于各个击破。流动作战，原来便于夺取地主富豪的粮食，扩大起义农民的队伍，但自清朝倚用团练乡勇以来，各地豪强倚险结寨或挖濠筑堡，起义军到来时，在寨堡中聚集农民贮藏粮米，坚壁清野。义军驻营时，团练乡勇又可乘势出击。《三省边防备览·策略》卷说：“无人可裹，无粮可掠，贼势自衰矣。”一八○○年秋季以后，起义军在全局上日益陷于被动的地位，在有胜有败的作战过程中，逐渐走向失败。
起义军高天升、马学礼部进入四川后，曾攻下龙安，转战川西，后又北上甘肃，一八○○年六月间，至秦州，与起义军冉学胜、张士龙等部在秦州会合，有众二万人。追击起义军的清额勒登保军杨遇春部，与右翼总兵率领的吉林、黑龙江兵的长麟部也在秦州会合。起义军在甘肃徽县夜袭长麟军，获得胜利，清军前四川将军官成败死。七月，高、马部转向东南，攻打略阳、沔县、西乡。清固原提督王文雄败死。冉、张等部自阶州折回，被杨遇春军击败，损失三千余人。八月，转赴沔县。高、马部欲南渡汉水，遭到乡勇的截击。高部转入小巴山。马部与教首徐天德等至安康，遭到清军邀击。十月间，额勒登保向清廷奏报当时起义军的形势是，曾芝秀、徐天德、樊人杰等部已先后被逼入川境，冉学胜、张士龙、龙绍周等在川、陕边界，王廷诏、高、马部在陕、楚边界。额勒登保率大军入四川，各部起义军则先后转入湖北。王廷诏与马学礼部自安康渡汉水，遇额勒登保追击，损失惨重。樊人杰及冉学胜部也相继在途中败于清军。
一八○一年（嘉庆六年）初，嘉庆帝下诏，明指白莲教起义首领徐天德、王廷诏为“起事首犯”，高天升及弟天得、马学礼是屡戕清军大员的“元恶大憝”，擒获者给赏升官。樊人杰、冉学胜、龙绍周、苟文明等首领许降免死，缉获者也给予赏银。嘉庆帝指列起义首领姓氏，以激励将士集中作战目标，并进一步分化起义军。德楞泰驰军汉北，分兵追击高天升部，至山阳。高天升兵败，战死。
高天得、马学礼与王廷诏被额勒登保军追击，转而北上甘肃，与杨遇春军遇，折回四川。又被寨堡团练堵截，再折回两河口入陕。王廷诏在川、陕边界■子沟被杨遇春军俘掳，押送京师。高天得、马学礼领兵出斜谷，至大宁二郎坝龙洞溪遇杨军伏兵，也被清军擒获。嘉庆帝晋额勒登保二等子爵，杨遇春世袭骑都尉。
起义军冉学胜部乘清长麟军南下，在川、陕边界之留坝，大败清军杨奎猷部，擒斩清总兵、副都统以下将士数百人，获得粮米牲畜，由秦州渡渭水。四月，额勒登保亲率大军追击，冉部渡汉南，入巴山，五月，与曾芝秀、张天伦等部会合，有兵五、六千人。额勒登保调杨遇春军来战。张天伦军遭清军突击，大部牺牲。曾芝秀、冉学胜部分兵败逃。
转战在湖北的徐天德部，五月间曾与苟文明、樊人杰等及曾芝秀部会合东进，遭地方团练堵击，不得不再分兵转战。徐天德率部入陕西，在西乡两河口渡河时，被德楞泰军追及，舟船翻沉，溺死。龙绍周、苟文明部转至陕西平利。曾芝秀等部在洵阳、竹山，冉学胜部向白土关转移。各路起义军都被压制于川、陕、楚边界。
清廷继续利用团练乡勇，加筑寨堡，以制止起义军流动作战。湖北提督长麟上奏说：“湖北边界与川、陕犬牙相错二千七百余里，出川、陕即入楚，出楚即入川、陕，层峦迭嶂，四路可通”，“但当并力守我有粮有民之区，逼贼归入无食无人之地，党孤食尽，自然窜出，以逸兵待困贼，不难一举扑灭。”（《圣武记》卷十）他建策推广郧西、竹山一带的“筑堡团乡之法”，使“层层俱有堡寨坚守”。秦陇以西，兴工筑堡。陕西境内西安、同州、凤翔三府及汉南平利、安康、紫阳一带邻近四川地区，各邑遍设寨堡，自百余至数百，以阻止起义军入陕。六月间，清经略大臣额勒登保与参赞大臣德楞泰在平利集议，察知边界起义军不过二万四千余人。清兵八万，分三路围剿三省边界。额勒登保自东北出兵，德楞泰与提督七十五（人名）由西南进攻，勒保一路居中。七月，勒保军在川北之南江击败起义军冉学胜部，冉学胜被擒处死。八月，德楞泰军追击大宁山中的龙绍周、苟文明部起义军。龙绍周转至平利，被清军追及，战死。苟文明部在大宁被七十五军战败，损失过半。十月，额勒登保部杨芳、杨遇春军分东西两路围攻川北起义军，起义军冉天璜部与李彬部分南北两路转移，在川北之东乡和陕南之西乡，先后被杨芳、杨遇春军击败。
额勒登保奏报，清军连续获胜，各路起义军总计只余一万余人。嘉庆帝以胜利在望，晋封额勒登保三等伯，德楞泰复一等子爵。诏谕二人通盘筹画，“所有官兵应撤应留之处，统俟额勒登保、德楞泰酌办”（《仁宗实录》卷八十八）。
十一月，额勒登保与德楞泰移军川北，勒保赴川东。起义军苟文明部有众二千余，乘七十五就饷太平厅，抢渡嘉陵江，奔赴甘肃阶州。额勒登保命杨遇春助七十五出击。苟文明部折返东南，至广元，发展到三千余人。十二月，转至开县、大宁之老林，与李彬余部会合。嘉庆七年（一八○二年）正月，在开县被德楞泰军战败，复归老林。嘉庆帝得报，大怒。将七十五革职，留营自赎；额勒登保免去伯爵，降为一等男。苟文明部西行，与宋应伏部数百名起义军会合，战败清副将韩自昌军。嘉庆帝又诏命德楞泰以参赞为成都将军，专攻川、楚；额勒登保以经略为西安将军，专剿陕西。二月，南山中之起义军刘永受部被清杨遇春军战败，在华阳与苟文明、宋应伏会合，越秦岭北上。四月，嘉庆帝切责额勒登保，革职留任，限令在六月间剿灭起义军，又谕令悬重赏购募起义首领。额勒登保请宽限一月。七月间，苟文明部分三路散居老林。清军以百、十人编为小队，深入林中搜捕，苟文明被杀。嘉庆帝诏复额勒登保三等伯爵，移军湖北。
湖北境内，一八○二年初起义军首领樊人杰、戴仕杰聚集曾芝秀等部，仍有数千人，转战于楚、陕边界。德楞泰率清军追击，五月间，战于房县、竹谿界之官渡河。起义军战败，在白铁峡陷入峡谷。时值大雨，起义军五百余人宁死不降，樊人杰、曾芝秀等率众投河自尽。戴仕杰部得以转移。九月，额勒登保至竹谿，与德楞泰等会议，分兵追剿。十月，德楞泰部与起义军战于兴山，戴仕杰战死。清军继续搜捕川、楚边界山林中的起义军余部。南山苟文明余部在苟朝九率领下，避过杨芳的追军，转赴宁羌，与先来宁羌的宋应伏部会合，有众二百余，转至汉南。
十二月，额勒登保、德楞泰会同川、陕、楚总督驰奏“三省荡平”。嘉庆帝随即传谕说：“兹幸三省余匪，一律殄除，耆定大功，飞章奏捷。从此海宇敉宁，昇平永庆。”（《仁宗实录》卷一○六）将士论功行赏。额勒登保晋一等侯，世袭，授御前大臣加太子太保衔，赏用紫缰。德楞泰晋一等候，加太子太保衔，赏用紫缰。勒保、明亮、杨遇春等，以次封赏。
起义的延续 嘉庆帝在宣谕祝捷的同时，命额勒登保、德楞泰等不必来京，继续领兵追捕山林边界的起义军余部。额勒登保领兵扼川北，德楞泰扼川东，勒保居中往来，堵截南路，分兵清剿。
白莲教起义军遭到惨重失败后，各地余部或数百人或数十人，拒不投降，坚持抗清。起义的余波仍然不时形成轩然大波。一八○二年间，起义首领李彬、张天伦等也相继战死。苟朝九与宋应伏合兵后，成为起义军的中坚。苟朝九率部攻入通江，宋应伏部与活动在南江的姚馨佐（姚之富之子）部联合。巴东一带，则有刘学礼部联合他部活动，有众六、七百人。额勒登保领兵去通江进剿苟朝九部，命左翼长、甘肃提督穆克登布去南江。姚部起义军冯天保等数十人埋伏林中，阻击清兵，穆克登布率兵勇一千五百余人入林，中矛身死。穆克登布在军中与杨遇春齐名，分任左右翼长，长期随从额勒登保作战，是清军的著名将领。穆克登布死，震动了清廷。三月，额勒登保部罗声皋追击苟朝九部。四月，苟部兵分两路，一路走太平，另一路北行入陕，遭到额勒登保邀击，溃败。额勒登保移军太平。川东一带，德楞泰于闰二月间战败刘学礼部。刘学礼余部二百人，逃往竹山，被清军追及，溃败。六月，德楞泰与勒保会师开县，分兵二十路在老林内排搜，起义军被擒斩二百余人。七月，额勒登保与德楞泰、勒保会奏“三省肃清，官兵凯旋”。嘉庆帝诏德楞泰进京，留额勒登保继续搜捕。
清廷为镇压白莲教起义，倚用团练乡勇。四川一省应募乡勇曾多达三十余万。后经裁汰，至嘉庆七年（一八○二年）时，川、陕、楚本地乡勇共计约二万人，外地流民编为随征乡勇者又有一万七千余人。清廷镇压白莲教起义后，额勒登保建策编入清官军。但清军额数粮饷有限，一八○三年（嘉庆八年），清廷先将各营随征乡勇遣散，各人缴出刀矛武器给银五钱，另给银二两回籍。被遣散的乡勇为清廷死战多年，战后无家可归，愤怨不平，或流居山林间，与起义军余部结合，抗清图存。一八○三年八月间，陕西被遣散的乡勇一百六十人入洋县山中，投奔起义军苟文润部。九月，杨遇春率领的清军自洋县入山，苟文润部转赴汉南，至西乡，与巴山老林中的起义军余部会合，又有通江遣散的乡勇五百人加入起义军队伍，斩清副将朱槐。原来被清廷用以镇压起义的乡勇转而起义抗清，起义军的队伍又不断扩大了。
十月，嘉庆帝诏额勒登保还朝，再命德楞泰出都。苟文润等活跃于川、陕边界山林中。十一月，德楞泰领兵入山剿捕，以乡勇为清军前队。两军交战，前队乡勇与起义军中的乡勇在阵前按兵不动，互诉委屈。清军自副将以下数十名军官，被起义军杀死。德楞泰派遣清军中的乡勇军官魏中才去起义军营劝降，被苟文润处死。
一八○四年（嘉庆九年）二月，嘉庆帝复命额勒登保带钦差大臣关防出都，查阅陕、楚等省军营，扫荡川、陕边界大山老林，“搜捕净尽，永靖闾阎”（《仁宗实录》卷一二六），并处理裁撤兵勇等事。当时的形势是，起义军余部“具悉官军号令及老林径路，忽陕忽川，忽聚忽散，屡被围，复乘雾溜崖突窜，有中数矢犹力战者。”清军“分军遇之则不利，大队趋之则兔脱，仅余二三百贼而三省不得解严”（《圣武记》卷十）。兵士在山林中展转作战，备极艰苦，且已从战八年，师老兵疲，人无斗志，都想解役归乡。四月，额勒登保由兴安渡江督师，裁汰疲病兵勇，又下令：“凡士卒擒一贼者，即优遣回籍”（同上），分兵五路，人自为战。苟文润率部出山林，自大宁入四川，又有清军遣散兵勇二百人参加起义军。五月，嘉庆帝得报，下诏切责额勒登保、德楞泰等，说“所叙连日分兵探剿情节，不过杀贼一名”。“贼匪除二百三四十人外，又新掳百姓一、二百人，贼数竟添至一倍”。“此等败残零匪，不但不能歼除，又复展转奔逃，致增裹胁，均由伊等办理延误所致”。斥责额勒登保“今自与德楞泰会合以来，又阅月余，老师靡饷，一筹莫展”（《仁宗实录》卷一二九）。额勒登保、德楞泰降戴单眼花翎（原戴双眼花翎），并革去原赏用紫缰。德楞泰并由一等侯降为二等侯，“以示薄惩”。这时，川北大雨，军不能进，额勒登保、德楞泰均卧病不起。六月，起义军于夜间偷袭清营后逃脱。额勒登保冒雨扶病入山，马匹陷入泥中，跌死，被众官兵扯引下山。嘉庆帝指责额勒登保、德楞泰等，不知天时地利，不得人和，传旨严行申斥。
德楞泰等于上年冬招降起义乡勇失败，即悬重赏购捕苟文润。一八○四年（嘉庆九年）夏，苟文润部在川、陕边界之凤凰寨被德楞泰军击败，亡失一百六十余人。余部二百人转赴平利受阻，折回化龙山。八月，起义军中之乡勇赵洪周叛斩苟文润降清受赏，余众散去。同月，苟朝九也在南郑被当地寨堡兵勇擒斩。九月，额勒登保奉诏班师回京，德楞泰回任成都将军。嘉庆帝诏令新任陕甘总督那彦成于边界山林“留心防范”，对山中潜伏的白莲教徒众，勿再搜查滋事，“日久自可潜消”（《仁宗实录》卷一三四）。
波及川、楚、陕、甘、豫五省的白莲教农民起义，自一七九六年初发动至一八○四年秋败灭，前后延续了九年之久。起义军民被杀数十万。清廷出动官兵十余万，各地乡勇先后不下数十万。消耗军费银二万万两。嘉庆帝自即位以来，即全力镇压起义，于朝政无多兴革。起义震动了全国，给予清朝统治以沉重的打击，也鼓舞了被压迫的各地农民。川、楚、陕等地白莲教起义失败后，其他地区的农民起义又随之兴起。
（二）英国在海疆的侵扰与鸦片的输入 一、英国在海疆的侵扰 乾隆时期，英国已不断在海外殖民，向东方扩展势力。护送货船的英国兵船，经常在中国东南沿海侵扰，截掠他国船只。一七四二年（乾隆七年），英舰在澳门劫夺西班牙商船一只，并带入省河。清两广总督派东莞知县印光任前往质问，英舰被迫将二百九十九名俘虏释放。一七四四年（乾隆九年），又有英舰四艘在广东洋面截捕法国商船。一七八一年（乾隆四十六年），英舰在黄埔擅捕荷兰船只。广东巡抚李湖曾警告说：“倘仍冥顽不灵，不守天朝规矩，此后敢有一天在我天朝地方犯我法度，扰我客商，骚动一草一木，不论公班、港脚夷船，本部院总要按照大皇帝功令，连大班人等同本犯一并严拿，分别从重究治，不稍宽贷。”（《达衷集》一三三页）
嘉庆帝即位后，一七九九年（嘉庆四年）有英舰三艘从印度驶来，闯入中国境内，在穿鼻附近停泊。两广总督谕令，在半月之内移往潭仔洋面湾泊，并提出停止与英国贸易的严正警告。一八○二年（嘉庆七年），英国兵船开到零丁洋，准备进驻澳门。早在明嘉靖时，即有葡萄牙商人获准在澳门居住，明官府向他们征收租税，审理他们的案件。一六五一年（顺治八年），清廷派兵驻守澳门。一七四四年（乾隆九年），增设广州府海防同知（即澳门同知）驻前山寨，香山县丞移驻澳门统治。一八○二年，清朝接到住在澳门的葡萄牙人的报告，随即饬谕英舰不准登陆。一八○八年（嘉庆十三年），英国又以防备法国侵占澳门为由，由海军少将度路利（Drury）率军三百人，于七月二十一日到达澳门洋面，八月初二日径行登岸，占据澳门炮台三处。两广总督吴熊光派员晓谕撤出，并于十六日下令封舱，停止贸易。九月初一、二日，度路利带兵船三只，驶进虎门，停泊黄埔地方。二十天后，他又率领官兵五十余名，水手二百余人，到省城外十三行停留，求见总督。这时，英船陆续开到，连前共十三只；陆续登岸英人，连前共七百六十名。十月，吴熊光檄调督扰提镇各标官兵二千六百名，派令参将张绍绪等率领，札黄埔、澳门，并派员向英军宣示嘉庆帝谕旨，警告英军：“若再有延挨，不遵法度，则不但目前停止开舱，一面即当封禁进澳水路，绝尔粮食，并当调集大兵，前来围捕，尔等后悔无及。”（《仁宗实录》卷二○一）度路利见清廷调集水师，准备作战，遂于十月二十五、六日率兵退出虎门，十一月初二、三日退出澳门。英兵退后，吴熊光宣布开舱，恢复正常贸易。
嘉庆帝采取果断的态度，斥退英国兵船，随即查究此事，下谕斥责两广总督吴熊光说：“前此吴熊光在两广总督任内，英吉利国商船带兵入澳，占据东望洋、娘妈阁、加斯兰三处炮台，虽向系西洋商人防守所设，但究在中国地面，即与闯入内境无异。”吴熊光迟至月余始行具奏，既未亲往查办，度路利求见，又只派员晓谕，并未当面斥逐。“虽开舱在夷兵既退之后，而许其开舱，究在夷兵未退之先。是奏报既属迟延，办理又形畏葸。”（《清代外交史料》嘉庆朝二、三）将吴熊光革职拿问，充军伊犁。巡抚孙玉庭革职。
一八一四年（嘉庆十九年）四月，英国“脱里斯”号兵船在老万山群岛附近劫夺美国商船一只，五月又追逐一只美国商船，赶到黄埔截留。清廷为此向英属东印度公司提出强烈抗议，并准备停止英国商人贸易。东印度公司请求英王遣使来中国交涉。一八一五年，英国派出以阿美士德（WilliamPittLordAmherst）为首的使团出使中国，商谈解决纠纷，并再次带来马戛尔尼所提出过的各项要求，向清廷交涉。
阿美士德使团于一八一六年七月二十八日（嘉庆二十一年闰六月初六日）到达天津口外。清廷派长芦盐政广惠、工部尚书苏楞额接待，又派理藩院尚书和世泰、总管内务府大臣穆克登额前往通州迎候。进京途中双方讨论，清方要求英使觐见皇帝行三跪九叩礼，并令演习跪叩如式，方能进京；英使坚持不肯。和世泰等谎报：“谕以天朝礼节，该贡使等肃恭诚敬，具见顺从”，于七月初六日（八月二十八日）带领进京。次日清晨，嘉庆帝在圆明园正大光明殿接见使臣，阿美士德借口国书和制服未到，拒绝晋见行礼。和世泰等诡称正使患病，不能行动。嘉庆帝召见副使，又说副使也称病不至。嘉庆帝察觉真实情况，立即命英使回国，并将和世泰等人革职议处。阿美士德一行由清朝官员伴送，从通州沿运河至瓜州，溯江西上至南昌，沿赣江至大庾，过梅岭至广州，于一八一七年初离广州回国。嘉庆帝随即传谕直隶、山东、江苏、浙江、福建、广东各督抚，饬知沿海各地官员：“各将水师炮械，勤加训练，并留心察探。此后如有英吉利国夷船驶近海口，即行驱逐，并不许寄椗停泊，亦不准其一人上岸。倘该夷船不遵约束，竟有抢掠情事，即痛加剿杀，或用炮击，不可稍存姑息。”（《清代外交史料》六·五）嘉庆帝对于英国兵船在沿海的侵扰，坚决制止，是完全必要的。但由于礼仪上的纠葛而斥退阿美士德使团，则使清王朝失去了一次与英国商谈正常贸易的时机。
二、鸦片的输入 早在明朝万历年间，荷兰、葡萄牙商人即曾把少量鸦片作为药材贩运到中国。鸦片是从罂粟中提炼出的含有刺激性和麻醉性的毒品，清人或称为阿芙蓉。提炼的烟膏又称烟土或大烟。抽吸后即不易戒绝。清朝初年，英国在和清朝的贸易中，从中国购买大批丝、茶、瓷器等商品，造成贸易逆差，每年需要支付大量白银。雍正时，英国开始经营鸦片交易。一七二七年（雍正五年），向中国输入鸦片二百箱（每箱重一百三十余磅），中国吸鸦片者逐渐增加。广州等地出现了供吸食鸦片的烟馆。一七二九年（雍正七年），雍正帝曾下谕严厉禁烟，“兴贩鸦片者，照收买违禁货物例，枷号一月，发近边充军；私开烟馆引诱良家子弟者，照邪教惑众律，拟绞监候”（李圭：《鸦片事略》卷上）；失察的地方文武官员及海关人员，也都要严加议处。但此后吸鸦片者并未敛迹，英国鸦片商人通过向清朝官员行贿，鸦片作为药材纳税后，仍然不断输入中国，有加无已。乾隆时期，英国的东印度公司控制了孟加拉等鸦片产地，从而取得向中国贩卖鸦片的垄断，经由私商，大量贩运鸦片，牟取暴利。鸦片的售价，高出成本数倍。
嘉庆帝即位后，英国东印度公司每年向中国输入的鸦片，已经多达四千箱左右。各地吸食鸦片者也日渐增多，成为流毒全国的一大祸害。一八○○年（嘉庆五年），清廷再次禁止鸦片输入，停征鸦片税，并规定外国商船来广东，必须由广东行商具结担保不夹带鸦片，才准驶入黄埔。英国商船遂将鸦片由广州内河移到澳门，加以伪装，分船装运。再行贿行商具保，买通当地官员，走私运入黄埔。行商明知运入鸦片，受贿后继续具保。当地商贩代英商销烟，按箱收取佣金。官员和行商因走私鸦片而收取的贿赂，每年多达十万元左右。英人格林堡记载说：“贪污风气已经达到如此程度，以致运送鸦片的走私船常常就是那些负责缉私职务的官船。同样，每年由广州到北京装着呈献皇帝贡品的贡船，也成了运送鸦片到北方各省的一个得力工具。”（格林堡：《鸦片战争前中英通商史》页100—102）中国官员和行商、商贩因走私鸦片而获得巨额贿赂和佣金，不惜千方百计输入鸦片。英国商人和东印度公司因贩运鸦片而获得高额利润，英印政府每年由此取得大量税收，不遗余力地向中国输入鸦片。嘉庆帝禁烟的诏令不能不成为一纸空文。
嘉庆帝在位二十五年间，每年输入的鸦片始终在四千箱左右，并未因清廷的禁令而有所减少。鸦片不仅在广东、福建等地贩卖，而且逐渐行销于内地各省，直到京城。一八一○年（嘉庆十五年）三月，嘉庆帝在一个诏书中说：“鸦片烟性最酷烈，食此者能骤长精神，恣其所欲，久之遂戕贼躯命，大为风俗人心之害。”“近闻购食者颇多，奸商牟利贩卖，接踵而来。……仍著步军统领、五城御史于各门禁严密查访，一有缉获，即当按律惩治，并将其烟物毁弃。”（《仁宗实录》卷二二七）鸦片大量输入，吸食者日众，官吏、将士以至满洲贵族因吸食鸦片而更加昏怠腐败。清王朝的对外贸易也由出超渐变为入超，白银内流变为外流。鸦片贸易也使正常的商业的发展受到重大的影响。英国政府和商人由经营鸦片而获得巨大利益。清王朝的社会经济却面临着日益严重的威胁。
（三）浙闽粤沿海人民的斗争与豫鲁直三省的农民起义 嘉庆帝面对乾隆时期所形成的吏冶腐败、军兵虚溃、社会矛盾加剧的局面，曾经企图在诛和珅后，有所兴革，但事实上积重难返的局势并不能有所扭转。一七九九年，翰林院编修洪亮吉上书，大致说出了当时的情势。他说，“今天子求治之心急矣，天下望治之心孔迫矣”，但“机局未转”，言路似通而未通，吏治欲肃而未肃。一是处事太缓，二是集思广益之法未备，三是进贤退不肖尚在游移。他指出，“官场以摸棱为晓事，以软弱为良图，以钻营为取进之阶，以苟且为服官之计。”朝内诸臣，事本不多，还说多一事不如少一事。在外督抚，“贤者斤斤自守，不肖者亟亟营私”。“国计民生，非所计也，救目前而已。官方吏治，非所急也，保本任而已。虑久远者，以为过忧；事兴革者，以为生事。”赏罚不明，风俗日下，贪欺害政，比比皆是。（《卷葹阁文甲集》卷一）洪亮吉上书成亲王永瑆，奏呈嘉庆帝。嘉庆帝大怒，交廷臣会审，当以“大不敬”罪处斩，从宽免死，革职遣戍伊犁。洪亮吉上书得罪，说明嘉庆帝虽然求治心急，却无意集思广益，励精图治。官府与民众的阶级矛盾日益尖锐了。
延续九年的川、楚、陕白莲教起义后，东南沿海随即爆发了蔡牵领导的武装斗争。此后又爆发了林清、李文成领导的农民起义，摇撼着清朝的统治。
一、蔡牵等领导的海上斗争 浙江、福建、广东沿海地区无地或少地的农民，多依海谋生，或作水手，或捕鱼虾，乘船在海上往来。他们不堪官府的敲索压迫，往往结为帮伙自卫互助。清廷把他们和劫掠海上的盗匪不加区别，统称为“海盗”或“洋盗”。两广总督百龄向嘉庆帝奏称：“洋盗本系内地民人，不过因糊口缺乏，无计谋生，遂相率下洋，往来掠食。伊等愚蠢无知，但知趁此营生，不知干犯王法。岁月既久，愈聚愈多，甚至不服擒拿，冒死抗拒。”（《仁宗实录》卷二二七）百龄的陈述，大体反映了历来所谓洋盗的实状。清廷的擒拿，迫使他们冒死抗拒，自乾隆时，即已形成自己的帮伙武装。
东南沿海的帮伙有水澳、凤尾等帮。各帮又相互联合。广东沿海以自称海南王的走私商人朱濆为首。浙江、福建海域以弹棉花出身的福建同安县贫民蔡牵为首。各有船数十艘。蔡牵得渔民船户拥戴，势力日渐扩展。一八○二年（嘉庆七年）五月，曾率部攻下厦门海口大担、小担等岛的清军炮台。清军原来雇商船剿捕渔船，不能与敌。浙江巡抚阮元捐资，命定海总兵李长庚在福建造大船三十艘，名为“霆船”，配铸大炮四百余尊。李长庚擢任浙江水师提督，统领兵船。
蔡牵雄踞闽海，有船五十余艘。嘉庆八年（一八○三年）正月，驶入定海登岸，至普陀山进香。李长庚率部来袭。蔡牵败走福建海面，向闽浙总督玉德伪降。玉德纳降，命浙师停止追击。蔡牵乘势扬帆遁去。
蔡牵原居陆上，得岸上商民支持。用重金托闽商购造较清军霆船更为高大的战船，闽商载货出海，送船接济，伪报被动。蔡牵得大船，声势又振。一八○四年（嘉庆九年）夏，驶近台湾，夺取台湾粮米数千石，接济朱濆领导的广东海上武装，联合战船八十余只，进入福建海面，清官兵不能抵御。八月，进入浙江海面，结连战船百艘为一阵，声势浩大。李长庚率兵船直贯其中，分割蔡牵、朱濆战阵，命令镇兵对付朱濆，亲自带兵追击蔡牵，遇风雨退回。蔡牵责备朱濆没有配合作战，朱泼遂脱离蔡牵而去。一八○五年（嘉庆十年）十月，蔡牵率船百艘攻台湾，得台湾起义军民的支持，二十三日攻克凤山县，沉舟塞鹿耳门，阻止清军登岸。联合台湾起义民众万余人，围攻府城，自称镇海王。建立年号，树起反清旗帜，有众二万余人。嘉庆帝得报蔡牵称王台湾，特命广州将军赛冲阿佩钦差大臣关防，赴闽剿办，节制诸军。
嘉庆十一年（一八○六年）正月，李长庚率兵三千增援台湾，派小船封锁南北二汕。蔡牵围攻府城不克，又在南汕战败，兵船被焚，退守北汕。二月初七日，大风，鹿耳门沉舟被风浪漂起。蔡牵率兵船夺门而去，退出台湾。李长庚部仅有三千余人，不得闽师援助，不敢追击。嘉庆帝诏责闽督玉德，降职示惩。随后又将玉德革职，调湖南巡抚阿林保接代。
蔡牵率领的反清兵船得到沿岸居民的广泛支持。嘉庆帝在斥责玉德的诏书中指出：“洋匪帮船所用水米，自必藉各口岸私行接济”。“至火药一项，必非洋匪所能自行配造”。“官贮火药较少，而盗匪转多有积存，若非内地奸民私运接济，即系营汛弁兵牟利营私，暗中售卖。可见沿海一带，非特视诘奸为具文，竟以通盗济匪为常事。”（《仁宗实录》卷一六一）蔡牵自鹿耳门退出后，迅速在沿岸得到补济。五月间，李长庚奏报说：“蔡逆此次在鹿耳门窜出时，篷索破烂，火药缺乏，一回内地，在水澳、大金装篷燂洗。现在盗船无一非系新篷，火药无不充足。”（同上）蔡牵率领的队伍，不仅有沿岸商民和弁兵不断接济水米火药，而且还有不少官兵暗中传送消息，官船的动静，事先便可得知。闽商代造的大船，高过清军艇船五、六尺。嘉庆帝也已察知“蔡逆贼船较大，驾驶便捷。官兵乘船低小，每致落后。即追及时，仰攻亦不能制胜。”（同上）英国和葡萄牙停驻澳门的兵船，要求出师助剿，被广东官员拒绝。
阿林保到任后，见势难取胜，与李长庚密商，斩一假蔡牵首级报功了事。李长庚不从。阿林保即上密疏，弹劾李长庚逗留不进。嘉庆帝命浙江巡抚清安泰察访。清安泰奏称李长庚熟悉海岛形势，倾其家资造船，奋勇作战，“实水师诸将之冠”。嘉庆帝怒责阿林保“忌功掣时”，将追剿蔡牵事责成李长庚一人专办。赛冲阿调任福州将军。八月间，李长庚曾追击蔡牵于渔山，身受重伤，清军伤一百四十人。十月，在广东海域，击灭蔡牵侄蔡天来的兵船。
一八○七年（嘉庆十二年）春，李长庚军在广东海上之大星屿与蔡牵军作战，蔡牵败走。清军奉旨加造大船，并严防沿岸兵民与海上的联系。夏、秋间，蔡牵率领的反清兵船远流海外，无大战事。嘉庆帝命赛冲阿还任广州将军本官。冬十一月，李长庚在福建海上之浮鹰岛败蔡牵军。十二月，与福建水师提督张见升追击蔡牵至黑水外洋。蔡牵统领大兵船三艘被李长庚追及。李长庚以火攻船挂蔡船后艄，企图登船生擒邀功。蔡牵般尾猛发一炮，李长庚中炮身死。张见升仓皇退走，清军大乱。蔡牵亦率部远去。李长庚战死，清廷震动。嘉庆帝说：“览奏，为之心摇手战，震悼之至。”（《仁宗实录》卷一九一）追封李长庚伯爵，在原籍同安县建祠祭祀，命李长庚部将王得禄、邱良功继续领兵追剿。次年，王得禄调任福建提督，邱良功为浙江提督。
清军失主帅，损失惨重。蔡牵军也多次战败受损。由于与岸上兵民的联系被割断，补济困难。一八○八年（嘉庆十三年），蔡牵军在安南海面休整后，返回广东海域，得到朱濆部的接济。蔡、朱再度联合，进入浙江沿海，与海上张阿治部的反清船队联络。复任浙江巡抚的阮元（前以丁忧离任，由清安泰代）用计离间朱、蔡。朱濆再度离去，率部去福建，至东涌外洋。金门总兵许松年奉命追击，至长山尾。朱濆率兵船四十余艘，与清军激战，中炮死。张阿治率众五百人，献炮八十余尊降清。
蔡牵率部自浙江驶入福建沿海。一八○九年（嘉庆十四年），各帮反清兵船均活动于福建海域。七月，嘉庆帝调阿林保为两江总督，擢任陕西巡抚方维甸为闽浙总督。八月，蔡牵率部再入浙海。福建提督王得禄与浙江提督邱良功联合，在定海县属渔山岛乘顺风攻蔡牵。蔡牵率兵船驶向东南，至绿水洋。次日，浙、闽清军围攻蔡牵。浙船在蔡船之东，并船激战。邱良功中枪矛负伤。闽船继续在浙船之东阻截。蔡牵兵船三十余艘，被清浙、闽诸船从中隔断，不能相救。炮弹用尽，以刀矛拼斗。王得禄受伤，冲击蔡牵兵船，兼用火攻。蔡牵兵败被围，沉船自杀。朱濆弟朱渥率众三千余人向福建清军投降，交出船四十二艘、炮八百余门。次年，蔡牵余部一千三百余人也在福建海上降清。浙、闽、粤三省的海上反清斗争，遭到失败。
海上船民的武装反清斗争，自蔡牵发动，先后延续九年，波及三省。在白莲教起义失败后，又一次震撼了清朝。
二、林清、李文成领导的天理会起义 川、陕、楚白莲教起义和浙、闽、粤海上斗争失败后，紧接着，又在直隶、河南、山东地区爆发了天理会起义。起义者直接攻打了首都的皇宫。
天理会又名白阳教龙华会，是白莲教遭到禁止后形成的一个支派。天理会的秘密组织以乾、坎、艮、震、巽、离、坤、兑八卦为号，因而又称八卦教。坎卦教首林清原籍浙江绍兴，出生于京畿大兴县黄村宋家庄。青年时期，在北京药店学徒，以后当过商店伙计、衙门书吏。后在苏州做粮道的长随。失业后，为粮船拉纤，返回通州，在北京开店卖鸟为生。一八○六年（嘉庆十一年）加入天理会，被推举掌管直隶坎卦组织，自称是弥勒佛转世。河南震卦教首李文成，滑县谢家庄人，木匠出身，人称“李四木匠”。其师梁健忠，与李文成争做卦首。一八一一年（嘉庆十六年），自春至冬，林清三次去滑县扶立李文成，宣称李文成是原震卦王教主转世。梁健忠交出经卷底簿及钱粮号簿，不再争位。此后，河南震卦教徒日增。山东定陶人张廷举为首的乾卦、山西岳阳人邱玉为首的坤卦、山东武城人程百岳、张景文分领的巽卦、离卦、河南虞城人郭泗湖统领的艮卦、山西岳阳人侯国龙统领的兑卦等组织，都隶属于震卦，李文成成为八卦教的教首。署名兰簃外史（盛大士）所撰《靖逆记》说：“震为七卦之首，取帝出震宫之意，习教者共听约束。文成兼长九宫，统管八卦，众至数万。”李文成统管教众，扶立他的林清在教内拥有崇高的地位。李文成向他跪拜，尊称为“当家的”。
一八一二年（嘉庆十七年）春，林清至滑县与各卦首领集会，密谋起义。十一月及次年正月，李文成与接管离卦的河南滑县人冯克善先后到黄村宋家庄，会见林清，商议起义的组织和计划。林、李二人共掌教事，林清称天皇，李文成称人皇，冯克善称地皇。林清曾于一八○八年（嘉庆十三年）在保定结识滑县革职库书牛亮臣，并经牛的联系，得与李文成、冯克善相识。林、李商定，以牛亮臣为起义军的丞相。以次各卦首领，各有分职。起义沿用民间熟知的反清复明口号，新创的王朝称为“大明天顺”。起义者以小白旗为标志，定于西之年戍之月寅之日午之时即嘉庆十八年九月十五日午时举事，林清攻直隶保定，李文成攻河南彰德，冯克善攻山东德州。
一八一三年（嘉庆十八年）七月，林清去滑县与李文成会商，修订起义计划。九月十五日，趁嘉庆帝去热河驻夏，由林清指挥京城教徒攻打皇宫，李文成选派精兵一千名化装进京协助。同日，李文成在滑县率众起义响应。
八月，林清回到黄村宋家庄，组成陈爽、刘呈祥、陈文奎、刘永泰等率领的一百四十人攻打皇宫的小队。随后进京与皇宫中的天理会教徒太监刘得财等六人会商，联络正蓝旗豫亲王府的包衣陈爽、祝现，正黄旗汉军独石口都司曹纶及其子曹福昌，宗室子弟海康、庆遥等八旗会众，参加起义，分头接应。
李文成、牛亮臣也在滑县大坯山东坡，打造军器，树起“大明天顺李真主”大旗。被老岸司巡检刘斌侦知，报告滑县知县强克捷，李文成被捕受刑，足胫被夹断。九月七日，牛亮臣、于克敬、刘成章等率领三千人，攻占滑县县城，杀死强克捷（一说潜逃，后在封丘自杀）、刘斌等官吏，救出李文成，提前宣布武装起义。直隶长垣、东明，山东曹县、定陶等地天理会教徒和农民群众纷起响应，十日攻下定陶，十一日攻下曹县。河南、直隶、山东三省交界地带，起义军东西相联，声势浩大。直隶总督温承惠、河南巡抚高杞、山东巡抚同兴等派兵加强设防，不敢出战。起义军因而也无法按计划北上，支援京城。
九月十四日，林清仍按原计划攻打皇宫，命小队潜入京城，分散于饭铺、酒楼等处。十五日，或头裹白布，身藏小刀；或扮作卖柿子的小贩，在柿筐中藏刀，分东西两路进入内城。东队由陈爽、刘呈祥带队，太监刘得财、刘金领入东华门；西路由陈文奎、刘永泰带队，太监张泰、高广福领入西华门。太监王福禄、阎进喜等专为内应。东队接近东华门，被护军察觉，闭门拒守，起义军小队进入宫门者只有五、六人。西队七十多人进入西华门后，击毙护军，冲入尚衣监水颖馆，攻打隆宗门，被清护卫军击败，向南撤退，在宫城树起“大明天顺”、“顺天保明”的白旗。皇次子绵宁、总管太监常永贵指挥侍卫、太监进行镇压，仪亲王永璇、成亲王永璇、庄亲王绵课等率领健锐营、火器营官兵千余人从神武门进宫。起义军小队激战一昼夜，至十六日午，战死三十余人，被俘四十余人，攻打皇宫的战斗遭到失败。
林清坐镇黄村宋家庄，等候滑县援军。十五日夜，在东华门被阻不能进宫的小队十余人返回黄村报告。十六日，不得消息。十七日晨，县衙差官伪装起义军，来迎林清入京。林清中计被捕。十九日，嘉庆帝自热河返回北京，处死林清及响应起义的太监。命陕甘总督那彦成为钦差大臣，与提督杨遇春、副都统富僧德、总兵杨芳等领兵去河南，镇压起义。又派兵分赴直隶开州及山东曹县，镇压当地的起义军。
李文成占领滑县后，树立“大明天顺李真主”大旗，以牛亮臣为军师，宋元成为大元帅，以县北道口镇为军事据点，北攻浚县。九月二十二日和二十六日，起义军两度大举攻城，清兵增援三千人，起义军两次战败，损失惨重。李文成得知清廷派大兵来攻，命浚县退兵，集结于道口以待。又命曹县起义军三千人由徐安国率领向道口结集。九月二十七日，清军进攻定陶，起义军在髣山战败，退入曹县扈家集。十月初四日，清军来攻，定陶、曹县起义军战败，全部覆灭。十月初，清杨遇春军与直隶总督温承惠军合攻道口，遭到起义军袭击，大败而退。那彦成至河南卫辉府，部署重兵，围困道口。起义军面临大敌，处境艰难了。
面对严峻的形势，李文成与牛亮臣、宋元成等集议，命曹县来此的徐安国率二千人突围渡河去太行山，与山西起义会众联系，作转移的准备。徐安国遭到清军堵截，不能渡河。十月二十七日，清军万余名分七路围攻道口。道口起义军也有万余人之众，两军激战，互有胜负。清军以大炮轰击，攻入镇上，纵火烧镇，起义军大败。徐安国率众数百人，败归滑县。道口重镇，陷于清军。
十月末，李文成与牛亮臣、宋元成、徐安国等计议，牛、宋、徐等留滑县坚守，由驻守滑县东北桃源镇的兑卦首领刘国明护送李文成向太行山转移，扩充兵力，再反攻清军，救援滑县。由于清重兵在滑县以西，李文成东走直隶南部的开州、东明、长垣，再向西南绕道赴辉县，去太行。当时直隶南部的形势是，开州、东明、长垣一带都有天理会起义军活动，十月初以来，清军曾先后三次进攻。起义军坚持抵抗，并曾于十月二十三日在开州获得胜利。李文成、刘国明率领军士一千名，顺利经过直隶南部，西行至辉县。沿途扩充队伍，至四千余人，驻于辉县西北山中，在司寨扎营。
十一月中，那彦成得报，命杨芳领兵追击李文成。司寨依山背河，易守难攻。清军计诱义军出寨，设伏兵围攻，义军损失二千余人。十一月二十日，清军大举攻寨。自晨至午，司寨被攻破，起义军退据民房抵抗，枪炮齐发，清军死伤甚众。杨芳又用火攻，在寨内纵火。刘国明跃出碉楼，击杀清兵数人，战死。杨芳向李文成喊话诱降。楼内大呼“李文成在此，欲杀即杀，断不肯降！”（《靖逆记》卷三）李文成与战友数十人，自焚而死。
这时，直隶南部开州以南的各地起义军也相继遭到清军的镇压而失败。起义军的主力据守滑县，仍有众二万余人，由牛亮臣、宋元成等统领。在杨芳部攻陷司寨的同时，那彦成于十一月十九日调集重兵，发起对滑县的围攻。清军约两万人分路攻打滑县四城的城门，都不能攻下。清军挖掘地道，也被起义军发现捣毁。起义军坚守滑县的战斗，持续二十日。清军久攻不下，架云梯登城，被起义军击退。十二月十日，清军暗中在城墙角下埋置炸药，炸开西南城墙，乘势攻入县城，展开巷战。义军奋勇抗击，伤亡惨重。次日，清军又施火攻的故技，纵火焚烧城内房舍。起义军被困。李文成妻张氏挥刀杀敌，在家中自缢殉难。突围军士约四、五千人，遭清军阻截，战死。二千余人被俘。宋元成战死。牛亮臣、徐安国等被俘不屈，被押送京城处死。起义军将领及军士数千人遭到清军的残酷屠杀，壮烈地结束了战斗。
林清、李文成领导的天理会起义，前后持续了三个月。起义发动时，即揭出推翻清朝重建新朝的目标，建立“大明天顺”旗号。起义者联合满汉人民，深入皇宫，更为前此起义所罕见，极大地震动了清朝。以滑县为中心的三省边界的起义军，邻近京畿，给予清王朝以严重的威胁。嘉庆帝调动数万重兵镇压了起义，随即命刑部酌议传习白阳等教分别治罪条例，搜查各地教徒。白阳、白莲、八卦等教，传徒为首者处以绞刑。奉教的“愚民”，“许以自赎”，由地方官“详为化导”（《仁宗实录》卷二八一）。
此仆彼起的各地农民起义，不断冲击着腐朽的清王朝。清朝的统治日益动摇了。
（四）嘉庆帝病死 当林清起义军在一八一三年（嘉庆十八年）九月攻入皇宫养心殿附近时，嘉庆帝第二子、三十一岁的旻宁曾击毙起义兵士二人。嘉庆帝得报大喜，称赞他“忠孝兼备”，加封为智亲王。嘉庆帝晚年，面对重重矛盾，难于有所作为。一八二○年（嘉庆二十五年）七月，去木兰狩猎，旻宁随行，驻于热河避暑山庄。一日，嘉庆帝登山骑射，突然发病。次日，立旻宁为皇太子，随即病死，年六十一岁。旻宁（宣宗）奉梓宫回京，即皇帝位。改明年年号为道光。
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