清王朝统治的强烈震荡在清朝，各族人民的起义从乾隆中叶开始已经陆续不断地发生，如乾隆三十九年（1774年）有山东王伦的起义，乾隆四十六年（1781年）及四十八年（1783年）先后有甘肃苏四十三和田五领导的回族、撒拉族人民的起义，乾隆五十一年（1786年）有台湾林爽文的起义，但这些起义都很快地被镇压了。

　　在这以后，到乾隆六十年（1795年），则爆发了规模较大的波及湖南、贵州、四川三省的苗民起义。这次起义发生，是由于苗族地区在“改土归流”之后，汉族官僚地主及商人即所谓“客民”，不断侵占苗族人民的土地，将“苗地”化为“民地”。如湖南永绥厅（今花垣县）“环城外寸地皆苗，不数十年，尽占为民地”。又由于清朝所派官吏对苗族人民“盗行鱼肉，以致苗民不堪”。因此，乾隆六十年正月，贵州松桃苗民石柳邓被迫首先发动起义，湖南永绥苗民石三保及乾城苗民吴八月也相继起而响应。起义的苗民领袖提出了“逐客民，复故地”的口号，得到苗族人民的普遍支持。这次起义继续了12年之久，直到嘉庆十一年（1806年），才在清兵的镇压下失败。

　　在苗民起义的同时，湖北又发生白莲教起义。白莲教是民间的秘密结社组织，农民经常假借它号召起义。白莲教的教义，长期以来宣传弥勒佛降生，人民可以得救。这时又提出“教中人先纳税若干，将来按税授田”。农民向往得到土地，因而纷纷入教。

　　这次农民发难，以“官逼民反”为号召。嘉庆元年（1796年），湖北襄阳姚之富和女英雄王聪儿等举起起义大旗，即以襄阳为中心，不到两月，便有众数万人。同时，四川达州徐天德和王三槐、冷天禄等也相继而起。第二年，嘉庆二年（1797年），湖北的起义军由姚之富、王聪儿率领分路进攻河南，又由河南发展到陕西。嘉庆三年（1798年），王聪儿率众指向西安，作战失利转移湖北，在郧西被地主武装乡勇所扼，清军围攻，王聪儿、姚之富一同牺牲。此后四川的徐天德、王三槐、罗其清、冉文俦等仍继续斗争。清军利用乡勇罗思举及号称清官的四川知县刘清，施展狡猾的手段瓦解农民军，罗思举假冒王三槐的旗号骗杀农民军，刘清更诳骗王三槐至清营，结果王三槐被擒。这次起义到嘉庆九年（1804年）被镇压下去，首尾历时9年，席卷湖北、四川、河南、陕西、甘肃5省，消耗清朝军费1亿之多，给予清朝以极大打击。

　　嘉庆十八年（1813年），又爆发了天理教起义。天理教是白莲教的一个支派，又名八卦教。当时信徒很多，遍布河北、河南、山东、山西等省。河南滑县李文成和北京林清是主要教首，他们宣传入教者先输纳“种福钱”，又称“根基钱”，事成之后，“凡输百钱者，得地一项”。农民渴望土地，因此纷纷入教。李文成和林清预定嘉庆十八年九月十五日同时发动起义，但因李文成行动暴露，被滑县知县逮捕入狱，群众遂提前举义，救出李文成，占据滑县城，号召四方。而林清则按期行事，在京南黄村组织武装，以200人潜入城内，在入教太监的导引下，分由东西华门攻进清宫，与清兵战于隆宗门外，但因寡不敌众，攻打清宫失败，最后林清在黄村被捕牺牲。李文成在滑县声势很大，旗帜上大书“大明天顺李真主”七字。后来清兵包围了滑县，李文成出走辉县山中。结果被清军追逼自焚而死。最后滑县被攻破，李文成妻张氏决不逃避，挥刀巷战，击杀数十人，阖门自缢。

　　这次天理教起义，特别是林清攻打清宫的行动，使清廷大为震惊，嘉庆皇帝哀叹说：“从来未有事，竟出大清朝”。

　　上述农民起义虽然都失败了，却大大消耗和削弱了清朝的实力，给了清朝沉重的打击。