具体来说，陶、傅失和，是外在政治大环境逼压的结果，但和中研院本身的发展前景，也脱离不了关系。这个故事，得从蒋介石委员长开始讲起。

1942年8月，蒋介石委员长为了处理新疆事变，赴西北各省视察，并且提出了“西南是抗战根据地，西北是建国的根据地”的主张，自此，议论中国西北地区的开发问题，又是甚嚣尘上。1943年2月，罗家伦奉命担任西北建设考察团团长，即是蒋委员长个人意志的反映。当时的中研院代理院长朱家骅，本来就是关心重视中国“边疆”问题的人，在此之前，他便曾鼓动科学工作者“到西北去开辟一个科学的新天地”（《西北建设问题与科学化运动》，1941年10月12日）；同时还身兼国民党组织部部长的朱家骅，亦在国民党组织部成立了边疆语文编译委员会，自兼主任委员，请史学名家顾颉刚任副主任委员（后来，顾颉刚转请韩儒林任之，细节不详述），凡此均可想见朱家骅对于“边疆”事务的热心。此刻，出于自己本身的关怀，又有蒋介石的一席言，加上时任行政院政务处长的蒋廷黻的鼓吹，朱家骅显然不愿让中研院在这波逐“西北”之浪的队伍里缺席，于是，社科所便成为这波意欲让学术和现实结合在一起的行动的先锋部队，用陶孟和自己的话来说，“当此之时，有可服务国家之处，当决然担任”。

然而，在战争期间要让社科所扮演好这个“服务国家”的角色，又得与“最高当局”的个人意志相配合，其实并没有那么简单，涉及相关事务实在繁杂困难之至。首先，既然蒋介石委员长喊出了“西北是建国的根据地”，陶孟和就拟了计划，打算把社科所搬到兰州去，专就经济及文化接触两项进行研究，请蒋廷黻转给蒋委员长，提供他们所需要的一切。蒋介石同意了，却批示要社科所迁到兰州“以西”的地方去。“上有政策，下有对策”，蒋廷黻告诉陶孟和，“无以介公批了迁兰州以西而失望。若干工作仍可在兰州做，止是牌子推于兰州以西云云”。实际上，在李庄的社科所，根本不打算搬，“名义上是迁，实际上是添”，此后，社科所应当又多兰州一个据点了。不料，“天威难测”，“最高当局”最后指示，所谓兰州“以西”的地方，居然是酒泉。这下子麻烦就来了，据傅斯年提供给朱家骅的意见：

……此事大可发愁，酒泉严格说仅一油栈，如何设社会所？其中既无经济可以研究，亦无文化接触可以研究（研究文化接触最好在西宁），社会所如在西北设分所，必以兰州为宜，酒泉切切不可，此点若不改，后患无穷。若名称上在酒泉挂社会所之牌，必为空洞。以介公之热心西北，夏、秋未必不去，一看其为空洞，非真迁也，恐本院整个蒙不良之影响……本院似不当把社会所实际上放在李庄，分店在兰（按：兰州），牌子却挂在酒泉，而谓不在兰州也……

只是，最初傅斯年虽不以社科所此举为然，却因此事并“不关史语所，亦未注意也”，所以还对陶孟和直接“引当时报上一名词云‘阳奉阴违，贻误要公’，以为笑谑”。不料，等到社科所因之而要广聘人才之际，傅斯年顿觉苗头不对，开始忧心社科所和史语所的工作范围恐将有重复之病矣。原来，他早与陶孟和有“君子之约”，主要内容是“近一百年史，即鸦片战争起，由社会所办，其设备亦由社会所”，因此，史语所的全汉升“昔有志治近代一问题”，就被他阻止了。现在，陶孟和想聘用的李安宅、费孝通与韩儒林等人的工作主题或范围，正是史语所原来成员各有专精者。如此一来，傅斯年以为“恐有大规模之重复在后，未便再颟顸下去”，便与陶孟和开始交涉。遗憾的是，双方沟通不良，终至以函件相征伐，在纸上“兵戎相见”。