毛泽东极少用如此严厉的口吻批评一位战区将领。严厉的批评中既反映出他对东北战局的焦虑，也反映出他对林彪寄予着极大期待，他期待着东北野战军为全国战局的转变发挥重要作用。

接到毛泽东起草的这封电报后，林彪、罗荣桓、刘亚楼感到了问题的严重。第二天，他们致电中央军委，委婉地解释了毛泽东批评他们的有关问题，并再一次强调：“由北满运粮到热河路途遥远需要铁路，但铁路要八月有日（二十五日）才可能修到阜新，因此，预定部队在八月底开始南下。现则突因异乎往年的大雨情况，故部队原定的出动时间遂无十分把握做到。目前仍尽力争取早日出动，只要雨势不继续上涨能逐渐下降，则仍可能做到按时出动。”

为了适应南下作战的需要，中共东北局请求将东北军区和东北野战军机关分开。八月十四日，中央军委任命林彪任东北军区司令员、政治委员兼东北野战军司令员，罗荣桓任东北军区第一副政治委员兼东北野战军政治委员，刘亚楼任东北军区第一参谋长兼东北野战军参谋长，谭政任东北军区兼东北野战军政治部主任。可以看出，中央军委赋予了林彪在东北战区指挥作战的绝对权力。

林彪终于下定了南下作战的决心。

九月三日，林彪、罗荣桓、刘亚楼致电中央军委，报告了他们拟定的南下作战部署：“我军拟以靠近北宁线（北平至沈阳）的各部，突然包围北宁线各城，然后待北面主力陆续到达后，进行逐一歼灭敌人，而以北线主力控制于沈阳以西及西南地区，监视沈阳敌人，并准备歼灭由沈阳向锦州增援之敌或歼灭由长春突围南下之敌。对长春之敌，以现有围城兵力，继续包围敌人，并准备乘敌突围时歼灭该敌。”——林彪南下作战的目标，重点在锦州至沈阳之间，强调的是准备歼灭从沈阳出动增援或从长春南下突围的敌人，锦州依旧不是作战的主要方向——林彪还是没有下定集中主力攻击锦州以彻底关闭东北“大门”的决心。

五日，毛泽东在回电中同意了东北野战军的作战部署，但还是着重提醒道：“在你们未攻锦州以前，长、沈敌人在你们强大兵力威胁之下，是否敢于有所行动，还不敢断定，恐怕要在你们打锦州时，才不得不出动。”电报发出仅仅一天之后，毛泽东再次致电林彪、罗荣桓、刘亚楼，要求他们“重新考虑作战计划”——这是解放战争史上一封具有重大意义的电报：

……你们同意我们五日电所提意见，甚好甚慰。我们准备五年左右［从一九四六年七月算起］根本上打倒国民党，这是具有可能性的……你们如果能在九、十两月或再多一点时间内歼灭锦州至唐山一线之敌，并攻克锦州、榆关、唐山诸点，就可以达到歼敌十八个旅左右之目的。为了歼灭这些敌人，你们现在就应准备使用主力于该线，而置长春、沈阳两敌于不顾，并准备在打锦州时歼灭可能由长、沈援锦之敌。因为锦、榆、唐三点及其附近之敌相互孤立，攻歼取胜比较确实可靠，攻锦打援亦较有希望……如果在你们进行锦、榆、唐战役［第一个大战役］期间，沈、长之敌倾巢援锦［因为你们主力不是位于新民而是位于锦州附近，卫立煌才敢于来援］，则你们便可以不离开锦、榆、唐线连续大举歼灭援敌，争取将卫立煌全军就地歼灭。这是最理想的情况。于此，你们应当注意：（一）确立攻占锦、榆、唐三点并全部控制该线的决心。（二）确立打你们前所未有的大歼灭战的决心，即在卫立煌全军来援的时候敢于同他作战。（三）为适应上述两项决心，重新考虑作战计划并筹办全军军需［粮食、弹药、新兵等］和处理俘虏事宜……

置长春和沈阳守敌于不顾，确立攻击并控制锦州的决心，确立打前所未有的大歼灭战的决心，最终“将卫立煌全军就地歼灭”——辽沈战役的总体作战原则由此确定。

九月初，东北军区部队和东北野战军部队开始了前所未有的大规模移动。夜晚，火车一列接一列地向南开进，白天空车返回，太阳落山之后继续运载部队和物资南下。东北军区副政治委员兼后勤部长李富春负责运输，军工部长何长工负责调运军火，铁路总局局长吕正操负责调度车辆，野战军后勤部副部长李聚奎负责物资供应。他们不但要在最短的时间内和最秘密的情况下将主力部队送往前线，而且还要从哈尔滨、齐齐哈尔等城市将大量的粮食、弹药和物资运往前线。火车是做了严密伪装的，在接近前线的地区，部队下车开始步行。与大军随行前进的，是支援东北野战军作战的民工，这支声势浩大的支前队伍赶运着从火车上卸下来的物资：七千多万斤粮食、一万一千多吨油料、一千多万发子弹、十五万枚手榴弹、二十万发炮弹、五万斤炸药、上百万套棉衣、棉帽和棉鞋以及大量的医疗和通讯器材。