皇太极指挥清军，只用一天时间，就掘出从锦州西面往南直通大海的三条壕沟。他这一着很厉害，用壕沟把明军围困起来，切断明军松、杏之间的通道，使明军联系中断，甚至割薪取水都不能出来。

开始，清军挖壕沟，洪承畴并不知道。当他们发现被围困时，诸将都不愿再战，明军的粮食只能供给三天，军心动摇起来。洪承畴接连写了十多份奏疏，高起潜因怕洪承畴有功，不给传递，使奏疏不能上达。在这种情况下，明军和清军展开激战。八月二十一日，洪承畴率明军向清军进攻，想突破清军镶红旗营地。清军由皇太极亲自督阵，奋勇阻击，明军未能突围，大部分退入松山城内，只有几千人突围出去，逃往杏山。皇太极预料明军缺粮将突围，对部下说：“今夜敌兵必遁。”令诸将准备截路斩杀。洪承畴在这紧急关头，召开军事会议，商量对策。洪承畴认为：

敌兵新旧递为攻守，我兵既出，亦利速战，当各敕厉本部力斗，予身执桴鼓以从事，解围在此一举。

但是，诸将担心口粮供应不上，都不愿再战，商议着要回宁远就食。一直主张速战的张若麒，也吓得改变了主意，在这天傍晚，他写书给洪承畴道：

我兵连胜，今日再鼓，亦不为难，但松山之粮不足三日，且敌不但困锦，又复困松山。各帅既有回宁远支粮再战之议，似属可允。

由于他不同洪承畴很好配合，军心更加涣散，诸将有的主张明日再战，有的主张今夕战，多数的主张回宁远。洪承畴说：

往时诸君俱矢报效，今正其会。虽粮尽被围，宜明告吏卒：守亦死，不战亦死，若战或可幸万一，不肖决意孤注，明日望诸君悉力。

明军处于被清军围困之中，按洪承畴的意见应乘清军围城未固，速战解围，只要各部选出勇兵，猛力与清军奋战，或许可以成功。洪承畴当即布置兵力，准备突围。本来主帅以哀而动人的语气来激励士兵，往往能收到意想不到的效果。但是，明朝政治腐败，各军矛盾，畏敌如虎，洪承畴指挥不动。《清太宗实录》上记述道：

明国诸将，见上亲率大兵，环松山而营，大惧。一时文武各官，欲战则力以不支，欲守松山则粮以匮竭，遂合谋议遁。

这虽是清方的记载，但实际情况也确是如此。总兵王朴胆怯，率先于当晚初更时逃跑。其他各将见王朴逃遁，也竞相逃走。黑暗里，马步兵自相蹂践，弓甲遍野。有的明军正在突围，看到前方有火光，以为是清军拦截，不敢前进，又退了回来，正遇上清军伏击，明军大溃。他们“且战且闯，各兵散乱”，“黑夜溃乱，少半伤亡”。第二天，“明兵自杏山，南至塔山，赴海死者甚众。所弃马匹甲胄，以数万计。海中浮尸飘荡，多如鹰鹜。”首先逃跑的几支明军几乎全军覆没。吴三桂、王朴、白广恩、唐通、马科等和六镇残兵，先后溃入杏山。杏山在锦州西南，明朝时置杏山驿，有城池。张若麒乘船从海上逃至宁远。只剩下总兵曹变蛟、王廷臣和辽东巡抚邱民仰，没有逃跑，他们撤入松山城决心同洪承畴共守松山。为了保存一部分明军实力，在此之前，洪承畴决定留三分之一人马守松山城，其余三分之二由吴三桂、曹变蛟、白广恩等六位总兵率部突围，企图沿海岸线南逃。但突围的明军遭到清军的拦截，数万人被赶入海滩，又正遇海水涨潮，逃脱者仅二百多人。