同时由海道运粮到辽东，又时遭风覆溺。因之决意兴屯，不但边塞，即内地卫所也纷纷开屯耕种。定制边地卫所军以三分守城，七分屯种，内地二分守城，八分屯种。每军受田五十亩为一分，给耕牛农具，教树植，复租赋。初税亩一斗。建文四年（1402）定科则，军田一分正粮十二石，贮屯仓，听本军自支。余粮为本卫所官军俸粮。永乐时东自辽左，北抵宣大，西至甘肃，南至滇、蜀，极于交址，中原则大河南北，在在兴屯（《明史卷七七·食货志·一田制》）。养兵（数）百万，基本上由屯田收入支给（明史卷二五七·王洽传》）。

除军屯外，边上又有商屯。洪武时户部尚书郁新创开中法：

新以边饷不继，定石商开中法。令商输粟塞下，按引支盐，边储以足。”（《明史卷一五○·郁新传》）

商人以远道输粟，费用过大，就自己募人耕种边上闲田，即以所获给军，换取盐引，到盐场取盐贩卖营利，边储以足。

政府经费则户部银专给军旅，不作他用（《明史卷二二○·王遴传》）。户部贮银于太仓库，是为国库。内廷则有内承运库，贮银供宫廷费月，收入以由漕粮改折之金花银百万两为大宗。除给武臣禄十余万两外，尽供御用。边赏首功不属经常预算，亦由内库颁发。国家财政和宫廷费用分开（《明史卷七九·食货志三·仓储》）。军饷又概由屯田和开中支给。所以明初几次大规模的对外战争，如永乐、宣德时代之六次打蒙古，三次打安南，七次下西洋，虽然费用浩繁，国库还能应付。可是军屯和商屯两种制度，不久便日趋废弛，国库也不能维待其独立性，为内廷所侵用。卫军坏而募兵增，政府既须补助卫军饷糈，又加上兵的饷银，国家经费，入不敷出，只好探取饮鸩止渴的办法，以出为入，发生加派增税捐纳种种弊政，农民于缴纳额定的赋税以外，又加上一层军兵费的新负担。

军屯之坏，在宣德初年范济即已上书指出。他说：

洪武中令军士七分屯田，三分守城，最为善策。比者调度日繁，兴造日广，虚有屯种之名，田多荒芜。兼养马探草伐薪烧炭，杂役旁午，兵力焉得不疲，农业焉得不废。（《明史卷一六四·范济传》）

屯军因杂役而废耕，屯的田又日渐为势豪所占。正统以后，边患日亟，所屯田多弃不能耕。再加上官吏的需索，军士的逃亡，屯军愈困，卫所收入愈少。政府没有办法，只好减轻屯粮，免军田正粮归仓，止征余粮六石。弘治时又继续减削，屯粮愈轻，军饷愈绌。《明史》记：

初永乐时屯田米常溢三之一。常操军十九万，以屯军四万供之。而受供者又得自耕边外，军无月粮，是以边饷恒足。（《明史卷七七·食货志一·田制》）

正统以后政府便须按年补助边费，称为年例。

军屯以势豪侵占，卫军逃亡而破坏，商屯则以改变制度而废弛。《明史·叶淇传》：

弘治四年为户部尚书。变开中之制，令淮商以银代粟，盐课骤增百余万，悉输之运司，边储由此萧然矣。”（明史卷一八五）

盐商从此可以用银买盐，不必再在边境屯田。盐课收入虽然骤增，可是银归运司，利归商人，边军所需是月粮，边地所缺的是米麦，商屯一空，边饷立绌。明史食贷志说：

弘治中叶淇变法而开中始坏，诸淮商悉撤业归，西北商亦多徙家于淮。边地为墟，米石直银五两，而边储枵然矣。

后来虽然有若干人提议恢复旧制，但因种种阻碍，都失败了。

明代国家财政每年出入之数，在初期岁收田赋本色米，除地方存留千二百万石外（《明史卷二二五·王国光传》），河、淮以南以四百万石供京师，河、淮以北，以八百万石供边，一岁之入，足供一岁之用（《明史卷二一四·马森传》）。到正统时边用不敷，由中央补助岁费，名为年例。正统十二年（1447）给辽东银十万两，宣大银十二万两（毕自严《石隐园藏稿卷六·议覆屯田疏》）。到弘治时内府供应繁多，“光禄岁供增数十倍，诸方织作，务为新巧，斋醮日费钜万，太仓所储不足饷战士，而内府收入，动四、五十万。而宗藩贵戚之求土田，夺盐利者，亦数千万计。土木日兴，科敛不已。传奉冗官之棒薪，内府工匠之饩廪，岁增月积，无有穷期。”（《明史卷一八一·刘健传》）财用日匮。国库被内廷所提用，军饷又日渐不敷，弘治八年尚书马文升以大同边警，至议加南方两税折银（同上《谢迁传》）。正德时诸边年例增至四十三万两（《明史卷二三五·王德完传》），军需杂输，十倍前制（《明史卷一九二·张原传》）。京粮岁入三百五万，而食者乃四百三万（《明史卷二○一·周金传》）嘉靖朝北有蒙古之入寇，南有倭寇之侵轶，军兵之费较前骤增十倍。田赋收入经过一百五十年的休养生息，反比国初为少。嘉靖五年银的岁入止百三十万两，岁出至二百四十万（《明史卷一九四·梁材传》）。光禄库金自嘉靖改元至十五年积至八十万，自二十一年以后，供亿日增，余藏顿尽（《明史卷二一四·刘体乾传》）。嘉靖二十九年俺答入寇，兵饷无出，只好增加田赋，名为加派，征银一百十五万。这时银的岁入是二百万两，岁出诸边费即六百余万，一切取财法行之已尽。接着是东南的倭寇，又于南畿逝闽的田赋加额外提编，江南加至四十万。提编是加派的别名，为倭寇增兵而设，可是倭寇平后这加派就成为正赋（《明史卷七八·食货志二·赋役》）。广东也以军兴加税，到万历初年才恢复常额（《明史卷二五五·李戴传》）。诸边年例增至二百八十万两（《明史卷二○二·孙应奎传》，同书《卷二三五·王德完传》）。隆庆初年马森上书说：

屯田十亏七八，盐法十折四五，民运十逋二三，悉以年例补之。在边则士马不多于昔，在太仓则输入不多于前，而所费数倍。（《明史卷二一四·马森传》）