1926年1月19日，在校长曹云祥主持下，清华学校校务会议举行临时会议讨论研究院事务。张彭春和赵元任，李济主张研究院只任专门研究，不容纳普通国学。赵元任同时主张“研究院为大学院，先办国学，久后乃设科学”等等。吴宓在梁启超的支持下，异议力争，王国维初无意见，后亦附张，校务会议最终否定了吴宓意见。研究院同学会代表全体师生为此发表了《宣言》，以“破坏研究院”等语句，对张彭春等给予指责，同时指责吴宓保护研究院不力，在全校师生中引起震动。在双方的挤压下，心情焦虑的吴宓被迫表示提出辞职。这个时候，吴、张两个派系的矛盾已发展到不可调和的余地，其情势不是鱼死就是网破，绝无缓和并肩共事之可能。

吴在表示辞职的同时，张彭春的所作所为也引起了校长曹云祥的警觉与吴派盟友和研究院学生的强烈不满，借此机会，吴派联盟决定实施绝地反击，一举将张彭春斩于马下。在斗士王祖廉、庄泽宣、徐然三位资深教授的公开操纵、指挥下，清华学校爆发了要求张彭春去职的学潮。在一片人喊马叫的吵闹、混乱声中，不知如何是好的曹云祥听从了身边谋士与号称世外高人的指点，突然改变拥张的态度，决定令张即刻离校，越快越好。曹氏这一急转直下的姿态，令张彭春如同吃了一记闷棍，顿觉晕头转向，天旋地转，完全失去了回应和反击能力，只好甘拜下风，强忍怨恨，打起铺盖含泪向他的同派人物胡适、赵元任等话别，出走天津，回到他老兄经营多年的南开大学，以图东山再起。

张彭春在决战中滚鞍落马，令吴宓大大地舒了一口气，他在日记中写道：“此次张氏去职离校，如竟成事实，则实为权臣威加于主者之普通下场。各方反对虽烈，然已司空见惯，久已无足重轻。此次去张，纯由校长自决。而校长之为此，必自有不得已之原因，或缘大权旁落，恐驾驭为难；或张竟有图谋去校长而代之之举动，为所觉察，故而出此。诸人之谗言，以及宴会表示，不过适凑其机，校长亦乐于俯从而利用之耳。”（《吴宓日记》第三册，142页）

就吴宓的性情言，在学术教育界中，算不上一个热衷于派系争斗的人，只是被偶然卷入了这个圈子，所谓人在江湖，身不由已。但吴毕竟不是个糊涂人，得胜之际，也心生惴惴，自起反思。1926年1月27日，吴在日记中写道：“念宓初无与人为仇之意，惟此次倒张运动，竟以研究院事件及宓之辞职，用为导火线，作为张氏大罪状之一，则宓所不及料，亦无术洗清者也。平心而论，张君仲述实有胜过诸人之处，允称清华办事惟一人才。……宓之卷入与张氏为敌之党，实亦不得不然者也。中立而不倚，强哉矫。宓庸碌，愧无能。直至此时，则更不能完全置身事外，而不与敌张氏者敷衍。语云，在山泉水清，出山泉水浊。盖若出身任事，卷入政治，则局势复杂，不能完全独立自主。其结果，不得不负结党之名，亦不得不为违心之事”。（《吴宓日记》，第三册。）此可谓吴氏一段切身体会领悟的惨痛经验，要独立不倚地做人行事，在这个世俗社会和利益纠葛的纷繁人群中，只能是可望不可即的乌托邦。此时的吴宓不但无法从这群乱的纠葛中抽身，且事态的发展已非他能预料，他虽有悯人之心，而人不我悯，不久即轮到了他的大尴尬、大狼狈。

1926年2月4日，张彭春离校的当天，在胡适派与张的铁杆心腹合力鼓动、组织下，清华部分师生集会游行，强烈要求学校当局挽留张氏，并对校长曹云祥是否包藏私心大加指斥、攻伐。至次日，集会的师生强迫校方命所谓“反张元凶”王祖廉、庄泽宣、徐然三教授立即辞职，否则此事将继续闹将下去，不达目的决不罢休。被列为“陪凶”的吴宓，此时正居于城内，得到心腹报告后，顿感大事不妙，“遂决久住京中，以避内潮焉”。（《吴宓日记》，第三册。）

2月21日，清华学生贺麟、张荫麟、陈铨向吴宓报告，言昨晚学生评议会又议决驱逐曹校长。3月6日，清华校务委员会在研究《清华学校组织大纲》时，国学研究院原办学宗旨中有几条被改变或裁撤。是日吴宓记道：“惟念去年三月六日，研究院中，英文章程，方在大学筹备会中通过，而今年此日，复在委员会之《组织》大纲中取消之。由我作成，复由我手破坏。我乃如杀身自焚之蝉儿。因为顾大局，希望全校改良，协助钱(端升)、子孟(宪承)诸君，并愿以身作则之故，乃自在委员会中，将研究院主任之职位取消。如此高尚之心情，谁复谅解？”（《吴宓日记》，第三册。）同意裁撤研究院的办学宗旨，是校方向张彭春一派的妥协，而研究院的学生又因此质问吴宓：身为研究院主任，为何不为研究院争利益云云。

3月9日和10日，研究院学生出面约吴宓在教室谈话，双方不欢而散。11日，研究院学生会派吴其昌和杜钢百作为代表向吴宓递交要求其辞职的“哀的美敦书。”吴进退不得，乃以“研究院之性质及发展方向，已与宓所持之国学研究院之说完全反背”为由，向校长提出辞职请求，并另抄一份，送交研究院学生会。曹云祥正为张彭春辞职出走之事被部分师生搞得心烦意乱，见吴自动送上门来，正好借此机会给吴一刀，以平息张派的愤怒。于是，曹云祥不但立即批准了吴的请求，还把吴调离研究院，安排到大学部外文系任教授，研究院事务由曹本人“兼理”。在中国现代学术史和教育史上留有光荣一面的清华国学研究院，是吴宓生前身后久被人赞誉的辉煌，但最后还是被迫辞职。从吴留下的日记可知本人此时的心境，同时也显出即便如学术重镇之堂堂清华学校乃至象牙之塔国学研究院，亦并非理想的圣洁之地。此时的吴宓，就是在这种矛盾与相互倾轧的处境中搞得心憔神悴，最终如他在日记中所言“如杀身自焚之蝉儿”“以自己的手结束了自己的事业”。

张彭春辞职离校后，改由梅贻琦任教务长，未久，又“兼理研究院事务”。自此，梅贻琦在清华崭露头角，终得大用，而吴宓的身影从清华国学研究院消失了。