谭氏在戊戌政变前后的所作所为，特别是人头落地前歇斯底里的狂呼大叫，令后世研究者大感迷惑，并为此争论不休。许多年后，陈寅恪在成都燕京大学任教期间，曾对他的学生石泉谈到早年家住湖南巡抚衙门时与谭嗣同的一些交往，多少道出了一点玄机。陈谓谭嗣同幼年丧母，受继母虐待，常常跑到陈家去哭。谭后来热情奔放，易于激动甚至偏激的性格，恐与早年家庭环境有关。按陈寅恪的说法加以推断，谭氏在脑袋掉地之前歇斯底里的狂喊怪叫，当源于此。另据陈寅恪透露，“六君子”被斩于菜市口，只不过是以慈禧为首的后党与光绪的帝党矛盾总爆发的一个极端结果，其实就在戊戌政变前，慈禧的后党已是杀机四伏，危及光绪帝的党徒了。当年珍妃入宫前的老师文廷式（芸阁），乃有名的江西才子，榜眼出身，与陈家有同乡之谊，且过从甚密。在甲午前后政局动荡中，是一位上蹿下跳的活跃人物，堪称帝党中的一员干将。但随着珍妃受慈禧老佛爷的打击而失势，作为党羽的文氏亦被革职回籍。戊戌政变的前夜，慈禧的后党采取了一个“斩足”行动，对帝党中枢外围党徒先行密旨拿问。文廷式通过密布京城的好友与徒子徒孙得到消息，知大祸来临，连夜从家乡逃出，流窜至湖南长沙巡抚衙门躲避。陈宝箴深知事关重大，稍有不慎即招来砍头灭门之罪，但念及旧情故谊，还是收留了文氏。三天后，由陈宝箴秘密安排，并赠三百两白银于文氏，送其潜往日本避难。文氏直到庚子年义和团事起后方返故土，此时朝廷已无力顾及他是有罪还是无罪，是帝党还是后党之徒，他算是躲过了一劫。【31】

文廷式侥幸活了下来，但当年搭救他的陈抚台却命归黄泉了。

随着中国近代史上著名的“百日维新”大幕的降落和杨锐、谭嗣同辈人头落地，陈氏家族的政治生命也走到了尽头。戊戌政变之后，因杨锐、刘光第、谭嗣同辈乃陈宝箴所荐，加之湖南为新政改革急先锋，宇内闻名，慈禧老佛爷盛怒中于八月二十一日下达诏谕：“湖南巡抚陈宝箴，以封疆大吏，滥保匪人，实属有负委任。陈宝箴着即行革职，永不叙用。伊子吏部主事陈三立，招引奸邪，着一并革职。”【32】

悲愤交加的陈宝箴于无可奈何中卸去顶戴花翎，黯然走出长沙城那高大威严的巡抚衙门，携家带口返回江西南昌隐居。其时妻子黄夫人早于一年前病逝，停灵于长沙，宝箴扶柩就道抵达南昌，葬夫人于南昌府城西四十里西山之下，于墓旁筑建居室，名曰崝庐。其宅前后各三楹，杂屋若干楹，楼上有游廊，可与墓地相望，环屋养鹤，澹荡游吟山水间。光绪二十六年六月二十日，陈宝箴忽以微疾神秘去世，享年70岁。

关于陈宝箴之死因，坊间流传多种版本，按其子陈三立编《巡抚先府君行状》言，乃以“微疾”卒，正史多采用此说。另有一说称为慈禧老佛爷赐死。如近人宗九奇在《陈宝箴之死的真相》一文中云，近人戴明震先父远传翁（字普之）《文录》手稿记载：“光绪二十六年（庚子）六月二十六日，先严千总公（名闳炯）率兵弁从巡抚松寿驰往西山‘崝庐’宣太后密旨，赐陈宝箴自尽。宝箴北面匍匐受诏，即自缢。巡抚令取其喉骨，奏报太后。”【33】此文刊出后，著述此类题材者多有引用，并添油加醋予以铺排，遂使“赐死”之说流传于世。据史家王子舟考证，宗氏所引记载的真实性有待确证，但陈宝箴去世后，陈三立常往来于南昌、南京之间，春秋总回西山扫墓，每有诗篇，皆烦冤茹憾，呼天泣血，父墓成其歌哭之地。以此“推诸迹象，赐死之说似不谬”。【34】

陈宝箴有子女各二人，长子陈三立，即陈寅恪生父，次子陈三畏，早卒。