但此时的中大不是北大，戴季陶、朱家骅等人，已经成了国民党的要人、官场上的重量级人物，自然不吃鲁迅那一套。朱家骅由最初的防御转为战略进攻，他以强硬的姿态反击道：“这里是‘党校’，凡在这里做事的人，都应服从党的决定。”【3】自此，鲁迅及其背后的支持者，与以朱家骅为代表的校方当局，围绕政治是非问题或明或暗地较起劲来，直至闹得不可收拾。

此时的傅斯年与鲁迅虽无师生之情、朋友之谊，但傅在北大办《新潮》时，曾得到过鲁迅的支持，并有过书信往来。当时傅以北大学生兼《新潮》主编的身份写信于鲁，征求意见并请其指教。向来对青年人较爱护的鲁迅回信说了几句客气话，顺便提了几条小建议，内有“《新潮》里的《雪夜》、《这也是一个人》、《是爱情还是苦痛》（起首有点小毛病）都是好的。上海的小说家梦里也没想到过。这样下去，创作很有点希望”【4】云云。傅把双方通信在《新潮》刊出，借此抬高《新潮》的身价与威望。同年，鲁迅在给许寿裳的信中说到了《新潮》，认为“颇强人意”，所刊文章“以傅斯年作为上，罗家伦作亦不弱，皆学生”。【5】正是为了这段旧故，鲁、傅之间开始时尚能面和心不和地相互忍让与和平共处，但随着顾颉刚的到来，二人的矛盾终于引爆，炸开的裂痕再也没有弥合。

傅斯年来中大后，顾氏在厦门大学任教，傅念及同窗之谊，又急于招揽人才，便请顾颉刚来中大任教，其主要任务是“办中国东方语言历史科学研究所，并谓鲁迅在彼为文科进行之障碍”【6】。意在架空鲁迅，扫除障碍。尽管此时的鲁迅对中大校务已成为“一个大傀儡”（鲁迅自喻），但毕竟还是名义上的教务主任，必须与之打个招呼才算不失体统。按傅斯年的观点，本来打招呼已算是相当的抬举了，想不到鲁迅一听让顾颉刚来中大，顿时火冒三丈，疾言厉色地道：“鼻来，我就走！”（南按：“鼻”即指顾，相关典故见后）此举令傅斯年深为尴尬与不快。

1911年，傅斯年与顾颉刚同时考入北京大学预科，共住北河沿译学馆旧址工字楼，二人开始相识。这一年傅17岁，顾20岁。1916年，二人均入北大本科，傅入国文门，顾入哲学门。次年秋，二人同住北大西斋丙字十二号宿舍。自此，“静心研究他的哲学和古史，对人非常谦恭”的顾颉刚，开始与“大气磅礴”、“高谈文学革命和新文化运动”【7】的傅斯年成为好友。1917年9月，由美国哥伦比亚大学学成归来、年仅27岁的胡适受蔡元培之聘，出任北京大学哲学门教授，主讲西洋哲学史、英国文学、中国哲学史三门课程。作为放洋七年，又是世界级哲学大师杜威高足的胡适，讲授洋学问自是得心应手，但讲授中国学问却有些不同。按北大传统，中国哲学史这门课，皆由国学深厚的年长者加名教授担任。在胡适登台之前，此门课程由号称“两足书柜”的陈汉章主讲。据说陈氏在台上引经据典，夸夸其谈，天上地下，云山雾罩地大谈伏羲、黄帝、神农、尧、舜、禹等史影里的人物与故事，两年下来，才讲到商朝的“洪范”。胡适接课后，不管以前的课业，重新编写讲义，以一种怀疑的眼光来看待中国远古历史和古代哲学家的遗著。他在《中国哲学史大纲》（卷上）中，采用“截断众流”的方法，摒弃远古“一半神话，一半正史”的记载，在开篇“中国哲学的结胎时代”一章中，用《诗经》作时代的说明材料，抛开三皇五帝、夏、商，直接从西周行将覆灭的最后一个阶段，也就是周宣王之后讲起。如此一改，原来号称五千年历史的中华民族史迹，拦腰被截去了一半，令听讲者大为惊骇，正如时在哲学门就读的顾颉刚所说：“这一改，把我们一般人充满着‘三皇’‘五帝’的脑筋骤然作一个重大的打击，骇得一堂中舌挢而不能下。”【8】遭受了重大打击却仍自视甚高的学生们并没有就此服膺或向胡适屈就，他们认为这是大逆不道的“胡说”，于是有几个激烈分子开始鼓动闹事，琢磨如何把这位“胡说”的年轻教授赶出北大校园，让其回安徽老家找他的那个小脚太太江冬秀去。顾颉刚有些与众不同，“觉得他讲的虽是哲学，不啻讲的史学，更不啻讲的是治史学的方法。他用实验主义的态度讲学问，处处是出我意外，入我意中”--这个话是顾颉刚在几年之后说的，就当时的情形而言，恐怕他还不知所谓的“实验主义”为何物，只是后来胡适暴得大名，评论家们开始评头论足并与胡的洋老师对号入座之时，顾才晓得大洋彼岸有个叫杜威的哲学大师弄了一套号称“实验主义”的学说，于是也跟着谈起了所谓的实验主义。不过，顾颉刚当时对胡适的学说与做法感到新鲜，对其处境产生了同情之心却是实实在在的事实。