在“南学会”的示范、带动下，湖南各地各种学会如同雨后春笋般冒出来，除了“南学会”的分会，还有舆地学会、算术学会、公法学会、化学会等等。很多年后，史家张朋园在《湖南现代化的早期进展》中评价湖南新政运动：“在政治方面提倡参与，以群策群力来发挥团结一致的力量；在经济方面，力主开发富源，以提高人民生活，增强社会实力；在社会方面，提倡教育，发展人民知识，主张自由平等，期望人民皆能为国家效力。”

以开民智为宗旨的时务学堂受到光绪帝的关注，他曾夜读时务学堂章程，并特批以湖南部分盐税资助经费。1897年8月28日，第一次招生考试，录取学生40人，参加过那场考试的章士钊、杨树达等人回忆，陈宝箴亲自“监临收卷”，陈三立亲自“校阅文卷”。当年，黄遵宪向陈宝箴建议请康有为担任长沙时务学堂总教习，陈三立主张请梁启超，他说自己读过梁的文章，“其论说似胜于其师，不如舍康而聘梁”。最后请了梁。在写给汪康年的信中，陈三立说自己第一次读到《时务报》，“心气舒豁，顿为之喜”，认为“必能渐开风气”，此前他听说梁启超“乃旷代奇才，今窥一斑，益为神往矣”。事实证明，梁启超到时务学堂讲学，对湖南影响很深。无论是选学生还是请先生，都显示了陈三立不寻常的见识。1922年，他和梁启超在南京重逢，谈及蔡锷，他告诉梁，当年蔡锷来考时务学堂时只有十四岁，文章不通，已经被排除在录取名单外，是他看蔡锷年少特别录取的，后来果然有大成。这只是其中的一个例子。

在推行新政的过程中，阻力一直存在，1898年春天，左都御史、长沙人徐树铭在保守派的怂恿下，上疏弹劾陈宝箴、江标、徐仁铸等，要求责令撤换梁启超，另外请人主持时务学堂。6月22日，杨深秀上折（康有为代草）请褒扬陈宝箴，当天光绪称许陈“锐意整顿”。到7月29日，杨深秀再次上折（康有为代草）《请奖陈宝箴折》，同日光绪帝的上谕要求陈“务必坚持定见，实力举行，慎勿为浮言所动”，实际是督促陈不要有所退缩。

同年6月18日，陈宝箴保荐了“名位未显，而志行可称，才识殊众”的17人，其中包括杨锐、刘光弟、陈宝琛等，刘光弟与他素不相识，杨锐则是张之洞的门生。陈宝箴想不到，正是这次举荐将为他们父子带来灾难。当戊戌政变的消息传来，他并没有意识到自己处境的危险，还致电荣禄，希望能“息党祸，维元气”。9月24日，张荫桓、徐致靖、杨深秀及谭嗣同、杨锐等“军机四卿”被革职拿办，28日“戊戌六君子”被杀。接着，张荫桓被发配新疆。御史黄桂鎏先后两次上折弹劾远在湖南的陈宝箴。10月6日上谕下达：“湖南巡抚陈宝箴，以封疆大吏滥保匪人，实属有负委任，陈宝箴着即行革职永不叙用。伊子吏部主事陈三立，招引奸邪，着一并革职。”同时被革职永不叙用的还有江标、熊希龄。据说这已是荣禄、王文韶在慈禧太后面前苦求的结果，否则他也有发配新疆的可能。

在移交完湖南巡抚印信后，陈宝箴一家踏上了返乡之路，父子“一生政治抱负，遂尽于此”。陈三立忧国之念虽未泯灭，从此“不再与闻政事”。当年陈寅恪只有9岁。1965年与1966年，离陈寅恪生命的终点已近，他写下《寒柳堂记梦未定稿》，对祖父和父亲亲历的维新事业和悲剧命运有过冷静的记述。湖南新政的实绩确是陈氏父子齐心协力造成，梁启超说陈宝箴在湖南的治绩“多其（指陈三立）所赞画”。他们父子被罢黜后，有人以为陈宝箴为儿子所误，王闿运叹息“江西人好听儿子说话”，并从宋、明历史中找出依据，说王安石变法时，遇事都由儿子主持，严嵩当国，也唯儿子世藩之言是从。这不过是江西人的惯例，不值得奇怪。对陈氏父子的谣言从没有停止过，陈三立主持矿务，一位朋友谋职被拒，心怀怨望，在陈家落难后，写匿名信嘲讽：“翩翩浊世佳公子，不学平原学太原。”陈夫人俞明诗看了，微笑说：“此二句却佳。”陈三立被誉为“晚清四公子”之一，与谭嗣同齐名。戊戌变法失败对陈家的打击之沉重是外人难以体会的，陈三立再也未能恢复元气。但是，有了湖南新政的那一幕，他就将永远站立在历史中。