五月中旬，信长为保证美浓的安全，仅带数人从京都火速赶回岐阜城，在千草山中，一枚铁炮子弹“嗖”一声飞来，正好打中信长衣服的下摆。袭击者是杉谷善住坊，他是一位著名的忍者，喜欢玩《太阁立志传》的人一定会记得这个穿灰衣服拿根铁炮光着头的忍者。他号称能射落飞鸟（以当时洋枪的射程和精度来说，射下飞鸟确实难度很高，不排除吹牛的可能），偏偏这一次失手了，没一枪打死信长。代价是，两年后他被信长抓住，信长将他埋在地里并让过路人用锯子锯他脖子，锯了几天才惨死。

金崎撤退和遇刺事件使信长对浅井和朝仓恨意深种。他把金崎撤退视为一生中最大的耻辱。在回到岐阜城后，信长立刻决定，再度出军，讨伐浅井和朝仓。

元龟元年（1570）六月，信长动员约一万五千人，同时德川家康带领约五千名“打仗一根筋”的三河猛士前来会合，由于近江坂田郡的堀秀村被信长手下的羽柴秀吉说降，所以，织田德川联军顺利通过近江边境的长比和菅安尾两个砦进入近江，没有遇见大的抵抗。二十一日，织田军屯兵虎御前山，对浅井发起试探性的进攻，放火烧了小谷城下的町，试图引诱浅井出战。浅井长政估算了敌我实力，决定暂时坚守，同时向越前朝仓家求助。

信长在试探未果后，了解到浅井的意图，于是决定改变策略。近江有两大要地：小谷城和佐和山城，横山城位于这两大要地之间，如果拿下横山城，就可以切断小谷和佐和山之间的联系。织田军于二十二日撤离虎御前山，转向包围横山城。浅井长政做了一次小规模的攻击，目标是织田军的殿后部队。信长留下了佐佐成政、梁田广正和中条家忠三人率铁炮和弓兵殿后，在织田军铁炮的射击下，浅井的追击没有获得战果，仅仅是象征性地“夺回”了被织田军放弃的虎御前山。次日，织田军完全转移到横山城下。二十四日，以朝仓景健为首的朝仓援军约八千人也赶到战场，浅井长政出阵。浅井军也大约为八千人左右，可以说双方的实力差不多。问题的关键在于，织田军应该如何去部署战略意图。

信长最初的想法是攻击横山城，但在横山城没有拿下的前提下，浅井和朝仓联军于二十六日已经到达战场，部署在草野川以北的大依山。在这种情况下应该将分散包围的军队集合起来，准备攻击援军，但信长作出的战略部署十分奇怪：信长把本阵布置在横山城以北、川以南的一个叫龙鼻的地方。这个地方并不安全，一般人都把本阵也就是总指挥部放在最安全的地方，而龙鼻正好位于朝仓-浅井联军和横山城之间，一旦遭到夹击很可能被连窝端。但这个地方地势高视野好，能够看到整个战场形势。同时，信长将所有军队排开，分散布置在横山城下，一旦遭到攻击，互相救援可能会来不及。这样的布阵让朝仓和浅井也看不懂，不知道是信长太过于轻敌还是纯粹下了一个引诱决战的诱饵。

经过商量后，朝仓和浅井决定即使信长的布阵是一个诱饵，他们也要吃吃看。于是，朝仓和浅井于二十七日凌晨进行佯动，翻下大依山麓，做出移动的姿态，信长在得知敌人的动向后，做出了一个错误的判断，认为敌人可能撤退，于是放心继续加强攻打横山城。次日，在得知信长判断错误后，朝仓-浅井军突然迂回南下，朝仓和浅井分别从三田村和野村方向发动突袭。