蒋介石的谈话许多地方使周恩来难以接受，特别是在关于实行组织合作的原则及边区政府组成等问题上，周恩来均表示了不同意见。关于军队指挥与人事问题，周恩来更是与蒋介石“争论很久”，他无论如何难以理解蒋介石何以上次明确表示三师以上可以设立总的指挥部，他只派人联络，这次不仅不同意设立总的指挥部，而且还坚持要边区及各地红军的领袖统统离开部队。但争来争去，蒋介石最后只让步到可在三师之上设一政治训练处代行指挥之权。对此，周恩来十分不满，接连与宋子文、宋美龄及张冲“往返磋商”，请代为转达意见，“仍不能解决”。蒋介石并托宋子文转告周：“（一）共党目标不要太大，易引起外间恐惧；（二）共党要首先取得全国信用；（三）共党不要使蒋太为难，以便将来发展。”蒋介石在日记中的考虑是，成立国民革命同盟会，两党各派代表五人。

对于这次庐山谈判，中共中央总的来说还是肯定的。这时中共首先看重的是国民党的合作诚意，在中共中央看来，蒋介石在庐山的谈话是表现了某种合作的愿望的。其次，中共中央更为注重的是保持自身组织上的独立性问题，争取实现边区和红军自办，这对共产党是最重要的。因此，其他问题在中共中央看来主要只是形式问题，是应当争取但并非不可做某些妥协的。故周恩来回到延安后，即致电张冲表示：“归来转达蒋先生领导合作诚意，党中同志极感兴奋，目前正在磋商一切具体办法并起草宣言，一俟拟就即当首途南来。”

中共中央这时态度上之积极，可以从他们迅速表示接受蒋介石关于成立国民革命同盟会的提议，并很快拟就组织原则草案上报共产国际一事清楚地看出来。在不得不承认国民党事实上的领导地位，并依照国民党政府的要求进行改编改制的情况下，保持自身组织的独立性在中共中央看来是关键之关键。而涉及到中共及边区生死存亡的军队指挥权问题，尤其是如此。因此，在设立自己的总指挥部问题上，中共中央仍旧难以退让。周恩来回延后为此再三致电张冲及蒋介石，称：虽然各项重要原则问题已经接近于解决，“惟总的指挥机关及主持人选，此间同志均认为非有此实无法进行改编，尤以朱同志去留影响极大”，故“请予改变处置”，以“渡此难关”。周同日有致牯岭蒋委员长侍从室钱主任转蒋夫人顺密蒋先生电，内中此段文字为：“唯三师以上之指挥机关及主持人选，党中同志佥认如有此实无法进行，尤以朱同志去留影响极大，务请鉴察此间实情，改变处置为至幸。”

但是，蒋介石也深知此一问题之重要。尽管他这时未必打算乘机夺取中共军队，考虑到一劳永逸地消除来自共产党的威胁和平息党内各种反对容共的意见，蒋这时也一味坚持能不给中共名义上的指挥权。在这种情况下，张冲、顾祝同等自然也只有诺诺而已，绝不会代周进言。张冲几度来电表示，既然蒋坚持己见，周也曾再三与宋美龄、宋子文磋商交涉而无结果，目前似不亦力争，不如争取改日再见蒋介石时再行商谈。顾祝同这时也复电周恩来，转达蒋介石的意见说，蒋“以环境关系及现时事实上之困难”，对此实难让步，还望“转告贵方诸同人体念委座处境之苦”，不必斤斤计较于此“区区小枝节”。