皖南事变是国共之间的矛盾冲突达到白热化的集中表现，它的酝酿和爆发，标志着国共两党关系已经走到不可收拾的地步。实际上，即使皖南新四军不走错路线，国共两党之间的这场冲突也未必就不会发生。十分明显，这个时候在国民党内军事高层和许多地方军事将领，早就已经无法忍受共产党的不断壮大和扩张了。各战区以及军令部的“剿灭”计划已经是一送再送，反而是蒋介石头脑比较冷静些，一压?压。直到最后压不住了，也只批准了一个《剿灭黄河以南匪军作战计划》，而未批准其他一并送到蒋办公桌上的、更大范围的军事行动计划。军令部同时上报的还有《华北作战计划》和胡宗南所报的《陕北作战计划》等。但即使是蒋，在三令五申，并且几度限期又延期之后，也不能不在1941年1月6日以“朱叶各部尚未恪遵命令向黄河以北移动”为由，命令黄河以南各国民党部队以武力“强制执行”，“迫其就范”。《蒋中正致李长官电》，1941年1月6日，《皖南事变资料选》，同前引，第121页。此令一下，冲突自难避免。

蒋介石必欲以强力扬威立腕的心态，在皖南新四军主力被歼灭表现得更加明显。1月17日，经过再三讨论和磋商，蒋最终下决心以新四军“违反军纪，不遵调遣，且袭击前方抗战各部队，实行叛变”为由，宣布撤销新四军番号，将新四军军长叶挺交军法审判。《国民政府军事委员会发言人谈话》，1941年1月17日，《中央日报》，1941年1月18日。这一举动，无疑进一步给已濒临破裂的国共关系又撕了个口子。

国民党方面态度如此，共产党方面的态度也不难想象。还在皖南事变前，中共中央已经开始对蒋介石国民党极端不信任了，但对蒋介石的国内?策，在思想上还多少存在一些幻想。虽然不断有国民党准备“剿共”的消息传出，中共领导人也多次做过最坏的打算，其整个估计反反复复多次。尤其是共产国际对毛泽东做准备破裂的态度持反对态度。因此，中共中央最后还是相信国民党绝不敢破裂，原因就是，他们相信：“只要蒋介石未与日本妥协，大举剿共是不可能的。”但越是相信国民党不敢打，一旦发生皖南事变这样的惨剧，对毛泽东等人的刺激也就越强烈。

刚得知皖南事变的消息，毛泽东就强硬地发出指示称：“我全国政治上、军事上立即准备大举反攻”，“如皖南部队?蒋介石消灭，我应坚决彻底干净全部消灭韩德勤、沈鸿烈，彻底解决苏中问题”。仅仅是因为苏联方面不赞成，自己军事上又缺少准备，注意到军事反攻暂时“均无胜利把握，亦无大利可图”，毛泽东才转而强调：“我们在政治上取猛烈攻势，而在军事上暂时还只能取守势，唯须作攻势的积极准备，以备在四个月或六个月后能够有力地转入攻势”，“打到甘川去”。