令人费解的是，在与 海上霸主 英国的海战中，美军取得了惊人的战绩，其中包括1813年美军取得的伊利湖战役和泰晤士河战役的胜利。美国的私掠船也肆意追捕英国商船，并大获其利。这些战役虽不能打破英国的海上优势，却足以影响英军的士气和自信心，打乱其战略部署。

1814年，美国陆军也在巴尔的摩港大败英军，后又取得普拉斯堡等战役的胜利。

当美英双方都已对战争感到厌倦之时，和谈的大门被打开了。

但谈判之路是艰苦漫长的，直至1814年12月，双方才签订了《根特和约》，以维持战前状况为条件，结束战争。但此时历史对交战双方开了一个玩笑，由于当时通信条件的限制使缔约的消息姗姗来迟，1815年1月双方仍发生了一场新奥尔良战役，美军取得了重大胜利。

当这两个消息传到华盛顿时，麦迪逊欣喜若狂。

在这场战争期间，美国付出了巨大的物质损失，其中伤亡和失踪近一万人。战争使美国的国家安全得到了保障并缓和了国内矛盾。战争彻底结束了美国在经济上对英国的依赖，获得了真正的经济自主权，同时刺激了国内制造业的发展，使美国开始向工业强国迈进。人们把这场战争称作 第二次独立战争 。这场战争还推动了美国的军事理论和军队建设事业的发展，锻炼了一大批优秀的军事指挥人才，其中门罗、安德鲁·杰克逊等五位将军后来分别先后成为共和国总统。

战争的结束也使麦迪逊度过了执政的危机时期，他的总统任期的最后两年是在比较平稳的情况下度过的。由于在战争期间阴谋分裂联邦，联邦党在战后很快就消亡了，党派之争大大缓和。西进运动再掀高潮，促进了经济的繁荣和社会结构的变化。

1815年，麦迪逊出于对国家安全的考虑，建议大大增加拨款数额，以加强海陆常备军的建设，要求征收财产税和保护性关税。此后，海军建设的步伐明显地加快了，对各类商品特别是美国纺织品的保护性关税增加了。

这时期，麦迪逊调整了他的经济政策，以便加快美国的工业化的步伐。1816年，他签署了《第二银行法》，以设立新的国家银行，并通过了关税条例，提高关税率，以保护发展中的民族工商业。他还对国家的交通运输和教育事业给以大力支持，如修建公路、运河，支持筹建公立学校和大学等。几年之内，美国的国力明显增长，经济生活和政治生活的面貌都发生了巨大变化。

但麦迪逊仍坚持有限政府的原则，反对政府权力的过度膨胀。在卸任前夕，他否决了关于用联邦资金来改善国内交通运输的法案，其理论依据便是：必须对宪法予以严格解释，而《联邦宪法》中并没授权联邦政府修筑公路和运河。

麦迪逊遵循了其前任创下的惯例，没有谋求第三次当选总统，指定詹姆斯·门罗作为他的政治继承人，竞选第5任美国总统。选民们对麦迪逊的政绩大力赞扬并大力支持门罗顺利当选。

晚年生活卸任后，麦迪逊回到养育了他的蒙彼利埃，决心全面退出政坛。他一面读书、写信、会友，一面致力于农场的科学化经营。他要建立一座全国第一流的农场，其目的：一是要使晚年生活过得更加充实，二是要填补几年来农场经营不善的亏空，另外要偿还不争气的继子欠下的债务。

与杰斐逊一样，麦迪逊对教育事业十分热心，赞同并参与创建弗吉尼亚大学，出任该校董事会的董事，杰斐逊去世后接任该校校长。与此同时，他还进行研究和写作，整理自己在各个历史阶段所写的论文。

1829年，麦迪逊出席了弗吉尼亚宪法会议，担任联合主席。该会议的使命是修订州宪法。这是麦迪逊卸职后公开参加的唯一一次政治活动，足见其对法制建设事业的高度关注。