最早记载约翰库克的是哈世本滋?博斯沃斯（HusbandsBosworth）村里的万圣教堂（AllSaintschurch）的名册，这个村庄就在莱斯特的南边。1608年9月18日，约翰在万圣教堂接受洗礼，由此可以推算他在那前几天就出生了。他来自一个贫困的农民家庭，有着健康的家族基因，父亲艾萨克那年25岁，后来在74岁时去世。艾萨克的父亲亚伯拉罕（Abraham Cooke）有12个儿子，1620年去世，终年也是74岁。当时有三分之一的幼儿都在5岁之前夭折，如果约翰可以安然度过婴幼儿时期，按照莎士比亚——当时正为伦敦剧院撰写他最后的剧本——的预言，他就有希望活到80岁。约翰的家人都是虔诚信教的农民，在离伯比奇（Burbage）小镇20英里的郊外土地上，分配到零星的几块土地。哈世本滋村以它的农夫（husbandmen）命名，农夫们以自己微薄的收入支撑整个家庭。对艾萨克和伊丽莎白（ElizabethCooke）来说，最重要的是小约翰能过一种节制的、虔诚信教的生活，他们相信只要有了这种能力，在耶稣基督重回大地时，他就会被选中，进入天堂。

身为清教徒的艾萨克和伊丽莎白，把第一个孩子约翰的洗礼当作大事。为此他们特地从自己位于伯比奇附近的农场赶到伊丽莎白家族的简朴的教堂里。伯比奇教区的教长是一位家世显赫并遵从主教（bishop）的英国国教徒（Anglican）。这里的牧师喜欢施与“不纯洁”的仪式，比如在受洗礼的婴儿头上移动十字标记。像这样小小的举止是英格兰教堂的主教们和清教徒主要的争议点。主教们对礼仪和记号坚持己见，而清教徒则希望“纯洁”教会，认为这些仪式和记号是争吵的焦点，使英国圣公会（ChurchofEngland）内部出现裂痕。像库克家族这样的清教徒在中部和东部地区分布比较稠密。当地的很多牧师都喜欢简洁的礼拜仪式，这是詹姆斯国王和他的主教们所无法容忍的。　　

1603年，伊丽莎白女王（ElizabethI）去世，死后无嗣，她的远亲苏格兰国王詹姆斯六世（JamesVI）继承英格兰王位，称詹姆斯一世（JamesI）。英格兰的清教徒中存在一种乐观情绪，以为这个来自严谨的加尔文宗苏格兰教会（CalvinistKirk）的人能因两种教派礼拜仪式的相似而同情地对待清教徒。这种乐观情绪很快就遭到打击：詹姆斯在大主教（archbishop）和主教的支持下，宣扬“君权神授”，厉行专制。他的身边围绕着一群阿谀奉承的顾问大臣。在他统治初期，英国国教的权威要严格训练牧师，牧师不得拒绝实行已经批准通过的礼拜仪式，也不得在讲道坛里谈论政治。詹姆斯一世被称为“基督世界里最聪明的傻瓜”：他受过高等教育，行事谨慎，他清楚地知道清教徒在教堂里反对主教，于是喊出口号“没有主教，就没有国王”。