约翰库克比克伦威尔晚出生近十年，相较而言来自比较低级的阶层：他的父母都是农民，为生计奔波劳碌。从1619年全国人口普查中可以看出，约翰还有两个弟弟——分别叫詹姆斯（JamesCooke）和威廉（WilliamCooke）——和两个小妹妹。时年35岁的艾萨克还在努力争取土地和40英镑的年收入使自己成为“乡绅”。他没有能力让大儿子约翰?库克在剑桥接受大学教育。但在牛津，因为西南部富有的新教徒（Protestant）尼古拉斯?沃德汉（NicholasWadham）的捐赠，一所专门为贫困生而设的学院刚刚成立。约翰?库克是合法婚生子，家庭无法提供他每年8英镑的生活费，正好符合“贫困生”的入学要求。他很感激沃德汉先生能够接受他，要知道14岁可是入学年龄的下限。库克所在班级被称为平民班。膳宿费和学杂费等开支由学校承担，他勤俭节约，尽可能地照顾自己。学校的记录显示，库克第一年居住在牧师出租屋下面的一个小房间里，1624年离开学校的时候，他的保证金被如数退回，由此可以看出他的良好品行。在学校里，库克必须参加每天两次的礼拜，分别在早上5点和晚上8点。此外，他还应该表现得心无杂念，对所有可能的诱惑视若无睹。（为了减少诱惑，学院里所有的侍从都是男的。唯一的例外是洗衣房的女工，年老和清誉是她们的入职要求。）在学院里，他们学习修辞学、逻辑和哲学，还有希腊语和拉丁文，神学仍然贯穿于整个教学过程。一切都是为了让学生们将来过上美好的生活，哪怕在死后，这生活也可以神圣地延续下去。　　

在沃德汉，库克的同学有罗伯特?布莱克（RobertBlake）——后来成为克伦威尔的海军上将，将荷兰、西班牙和法国的舰队击败。还有尼古拉斯拉维（NicholasLove），他成为一位律师和下院议员，后来也是审判国王的法官之一。沃尔特?罗利的儿子卡鲁?罗利（CarewRalegh）也是库克的同学，国王把他当成他父亲的化身并为此感到恐惧，把他驱逐出了宫廷。卡鲁和库克是朋友，库克于是能读到罗利先生的禁书——《世界历史》（HistoryoftheWorld）。这本书强调国王的欺骗和镇压必将遭到天遣。库克后来给予这本著作很高的评价，认为它是“适用自然和真理这两个指引原则的范本”。通过学校老师们的追述——西班牙的无敌舰队被罗利领导的军队打得落花流水，而国王却不惜代价地与其交好——这些孩子开始逐渐意识到，处于这样的昏庸国王治下的伟大英国人民正处在水深火热之中。