王导立下了如此大功劳，成为司马睿政权的支柱力量。公元318年4月，长安被匈奴攻破，晋愍帝遇害。王导赶紧劝说司马睿继承帝位。东晋王朝很快在建康（建邺改名）建立了，司马睿就是晋元帝。司马睿和王导的“王马搭档”也就升级为了司马睿当皇帝，王导当丞相的政治结构。司马睿登基之日，感慨万分，对王导的辅助和拥立之功深深感激。他竟然在庄严肃穆、百官队列的时候，拍拍龙椅的空处，招呼王导“升御床共坐”。当皇帝哪能是排排坐分果果的事情，王导连忙推辞。司马睿招呼他三四次，言辞恳切，王导不得不搬出“天无二日，国无二主”的大道理说服司马睿。这句话的潜台词的是，王导可以成为和司马睿一样的太阳和国主，只是他不愿意做。

民间则形象地形容为：“王与马，共天下。”这句俗语恰如其分地表现了当时王家的权势。东晋初期，司马睿完全信任王导，叫他“仲父”，把他比作自己的“萧何”。王导也经常劝谏司马睿克己勤俭，优待南方，与人为善。司马睿和王导在草创期上演了一场君臣相敬相爱的佳话。琅琊王家也达到了权势的高峰，除了王导担任丞相，王敦控制着长江中游，兵强马壮；四分之三的朝野官员是王家人的或者与王家相关的人。另外，王家在南朝时期出了八位皇后。说王家和司马家族共享天下，并不过分。事实上，随着皇权在乱世中不断削弱，政治世家的势力不断高涨，皇帝只好仰仗大家族的支持才能坐稳龙椅。“王与马”的案例并非特例。

当局势稍微稳定后，皇帝就开始琢磨如何稳固皇权了。司马睿坐稳了龙椅后就对“王与马，共天下”的传言产生了酸酸的感觉。首当其冲的问题是如何把那些不可一世的世族大家的力量给打压下去。具体到琅琊王家，性格张扬又手握重兵的王敦就成了“出头鸟”。司马睿开始暗中限制、削弱王家的势力。他提升重用王府旧人刘隗和刁协。刘刁两人对尊马抑王一事不遗余力，不断出头打压王家势力。王导被疏远了。王导为人务实，面对皇权的打压采取了谦抑自守对策，退居家中静观时局变化。司马睿一时也找不到理由，也不想进一步动把王导怎么样。可王导忍得了，脾气不太好的堂兄弟王敦就忍不了。他放荡不羁，性情外露，对王家受到打压愤慨难平，并把怒气表现了出来。鉴于王敦控制着长江中游各州的政权和军队，司马睿派刘刁二人出任地方刺史，企图钳制王敦的势力。这一下，王敦干脆造反了，招呼兄长王含等人带上大军，顺江而下，冲向建康找司马睿等人算账。

王敦给全族人捅了大娄子，刘隗和刁协抓住把柄，劝司马睿诛杀王导和王家的所有成员。王导认定王家还不具备推翻东晋当皇帝的实力，必须依靠东晋政权，才能保持权势。所以，王导赶紧带上王邃、王彬、王侃等在朝廷任职的王氏宗族二十多人每天跪到宫门外候罪。对于司马睿来说，王敦造反提供的不是将琅琊王家连根铲除的良机，而是一次威胁政权的考验。他同样没有离开王家支持自己坐稳龙椅的实力，司马睿和王家的命运是一荣俱荣一损俱损的。赦免王导等人是最现实的选择。说来，皇帝也不好当啊，要考虑到统治根基问题，考虑到各方面的力量平衡问题，考虑不当就连皇帝也做不了了。明白了这一点，也就明白了为什么连皇帝也奈何不了那些显赫的世家大族们了。