张之洞是继曾国藩、左宗棠之后的晚清洋务派重臣。在督战中法战争时，起用冯子材取得“镇南关大捷”，声名鹊起。他为政务实，讲求致用，对于儒学纲常具有坚强的信念，幕府里始终聚集着不少旧式保守文人学者。像最早明确攻驳康有为“今文经学”和较系统抵斥西方基督教的朱一新，反对戊戌维新的顽固遗老梁鼎芬，号称旧学问第一、民初孔教会和复辟派的头面人物沈曾植以及罗振玉、梁敦彦等等。辜即是在这样一个氛围中待了20年，直到1905年经张之洞推荐就任黄浦江治局督办时才离开这个“圈子”。

辜鸿铭刚开始对于洋务运动并不反对。他订阅上百种世界各国报刊，借资浏览，遇到外国有什么新发明或者新鲜事，都会解释给张之洞听，以帮助他决策，而张之洞每次“辄危坐安乐椅中倾听不倦”。文史学家王森然在《辜鸿铭先生评传》中说：“所有湖北新政策画，一切事宜，胥由（辜）先生建议，梁（鼎芬）从旁赞助，文襄立予施行，故当时湖北气象灿然一新，为各省冠，先生之力也。”

他协助张之洞创办名闻全球的汉阳铁厂和兵工厂等洋务，为湖北新政立下汗马功劳。张之洞曾说：“辜先生经纶满腹，的确是杰出之才。”

甲午战败，列强进一步瓜分中国。以康有为为首的士子学人呼吁变法图存，认为只引进技术而不改变旧体制是不能救国的。面对突如其来的维新思潮，辜鸿铭对于中国文化的保护意识骤然强烈，开始“独静谧，言必则古昔，称先王，或为谐语以讽世”。当张之洞让他筹办一个译介西学西政的报纸时，他断然拒绝，说：“虽上谕来，我亦不译。”

事后，他专门拟就《上湖广总督张书》，文中大讲儒教尊王之旨、义利之辨、忠恕之道，备陈西学西政之失，认为“以欧美的学说，变更中国的政制，这是乱中国有余，救中国不足”。

1898年初，严复翻译的《天演论》出版。随后，张之洞抛出《劝学篇》，提出“二元论”办法，即作为个体，中国人必须坚持并严格地按照儒家原则办事；而作为一个民族国家，却必须抛弃儒家原则，采取现代欧洲新学的理想。但康、梁却直接提出中国必须由专制政体改造成君主立宪政体，辜鸿铭因此对康有为极端鄙视，认为他是亡国妖孽。

1898年9月，慈禧发动政变，变法失败。辜鸿铭英译《论语》出版。从戊戌变法以后，他就没有停止过对康有为的攻讦，他认为，“康梁一出，几欲使我中国数千年来声明文物扫地净尽。”1913年，康有为、陈焕章成立孔教会，在国内影响比较大，辜鸿铭的好朋友梁鼎芬、旧同事沈曾植都是主要会员。孔教会政治上反对共和、主张复辟，思想上鼓吹孔教为国教，与辜鸿铭的思想颇为近似，但辜却拒不参加，还大骂“陈焕章应读做陈混仗”，又骂以圣人自居的康有为没有资格拜孔子。并作顺口溜：“监生拜孔子，孔子吓一跳；孔会拜孔子，孔子要上吊。”可见他对康有为这个“乱国肇事者”的痛恨。

1901年，《辛丑和约》签订，列强对于中国的瓜分达到顶点，加上国内义和团起义，使得清王朝四面楚歌。辜鸿铭开始为慈禧太后辩护，他将义和团运动以来，陆陆续续在《日本邮报》等报刊上发表的英文系列政论结集成《尊王篇——一个中国人对义和团运动和欧洲文明的看法》出版，他认为当前西方列强侵略中国的本质问题在于，西方人尤其是英国人看不起中国人。之所以看不起中国人，是因为西方人大多不懂得什么是真正的文明，所以不能了解胜于西方基督教文明的儒家道德文明。

1909年，辜鸿铭心目中的中国最后一位“论道儒臣”张之洞病逝，他非常伤心。早在两年前（1907年左右），辜最后一次见到张时，张曾向他表示过对中国未来的绝望。辜在为纪念张而作的《中国牛津运动故事》中哀伤地写道：“现在战局还未明了，我们的头却死了！”之后的一段时间，辜对于反对西方文明、固守传统文化斗争的前景非常忧虑。“我们艰苦奋斗了三十年，可现在我们的事业几乎失败了。我们中有些人背叛了我们的事业，许多人投降了，所有的人被分散到四面八方。”“我现在孤独一人……不得不彷徨徘徊。”