佛教全面衰微

13世纪，蒙古兴起，到了公元1271年，建立元朝。元朝是我国少数民族建立的第一个全国性庞大政权。由于蒙古铁骑能征善战，不断扩大我国版图，领域横跨欧亚大陆，这一时期的佛教也带上了民族多样性的色彩。元世祖忽必烈在全国实行宗教信仰多样化的政策。其中特别重视佛教的发展，元朝中央在南方采纳扶持汉传佛教的策略，在北方采取护持藏传佛教进一步传播发展的方针。

成吉思汗次子察合台在新疆建立”察合台汗国“。统治前期，对各种宗教一视同仁，不强制推行任何宗教。后来，秃黑鲁帖木儿即汗位，接受了伊斯兰教，成为新疆地区第一位信奉伊斯兰教的蒙古可汗。随后，他在汗国全境强制推行伊斯兰教，其属下从宗王、贵族到农牧民，约有十六万人加入了伊斯兰教。伊斯兰教的传播达到第二次高潮，西域佛教进入衰微期。

在秃黑鲁帖木儿汗的支持下，额西丁和卓带领传教组织进入库车，强迫当地佛教徒改变信仰，还拆毁佛教寺院，推倒佛像，焚烧佛教经典，千年的佛教文明被付之一炬。继于阗之后，新疆的又一个佛教中心在血与火的清洗中湮灭了。

明洪武十六年（公元1383年），秃黑鲁帖木儿汗之子黑的儿火者继承察合台汗位，继续推行伊斯兰化政策，并对尚未皈依的高昌回鹘王国发动战争，占领高昌都城哈喇和卓（今吐鲁番以东）。从此，佛教在高昌回鹘也一蹶不振，日渐衰微。15世纪中叶，佛教也从高昌退出了历史舞台。到15世纪末，佛教曾经于此鼎盛的高昌回鹘全面伊斯兰化。

16世纪，伊斯兰教向东推行到哈密地区。至此，伊斯兰教自传入以来，经过六个世纪的传播和发展，终于在整个新疆全面取代了已有上千年历史的佛教，开始占据西域社会信仰的主导地位，从而结束了西域历史上佛教与伊斯兰教长期对峙的局面。

从文化角度来说，伊斯兰教能够在西域成功地被推广，并取代佛教的统治地位，主要原因在于其教义和伊斯兰生活方式比较符合游牧民族特点。察合台治下蒙古人信仰伊斯兰教后，与维吾尔人（回鹘人的后裔）通婚并逐渐走向定居，并与当地维吾尔人逐渐融合。

从10世纪开始的伊斯兰教东传，无论是在维吾尔族的历史上，还是在西域的历史上及整个伊斯兰教的历史上，都产生了深远影响。一方面，阿拉伯文化和波斯文化通过伊斯兰教的传播不断传入西域，为西域各个国家固有的文化增添了新的内容和光彩，同时，伊斯兰教的传播客观上促进了西域民族的大融合；另一方面，因为传播伊斯兰教所引发的战争，使西域人民的生产、生活遭受极大破坏，而且由于种种原因，历史悠久、长期居于主导地位的佛教文化和艺术，遭到了毁灭性打击和破坏，特别是维吾尔族（回鹘民族的后代）的绘画、泥塑、雕刻等造型艺术出现了一个长达数百年的空白。