但这位作战勇敢的名将，却有不容回避的弱点：性格简单。薛万彻打仗，以勇猛著称，最出色的战术就是进攻、奇袭，但是在谋略方面，却与同时代的名将相去甚远，唐太宗曾评价薛万彻“非大胜，即大败”。这个弱点反映在生活上，就是思考问题简单，做事不考虑后果。唐太宗晚年，薛万彻受到的恩宠达到顶峰，唐太宗将女儿金阳公主下嫁给他，并命他随军征讨高丽。征高丽战争中，薛万彻一路势如破竹，但唐军整体却进展不顺，最后无功而返，立下大功的薛万彻也因此没有得到封赏。心怀不满的薛万彻因此愤愤不平，经常私下里唠叨，结果被人告发。唐太宗临终前，将薛万彻贬低，到了唐高宗李治即位后又将他召回。而他最后的倒霉，却栽在了一个敏感问题上——拥立景阳王谋反。

其实这个谋反大罪，最后定的主犯是长孙无忌，但薛万彻一直与长孙无忌交好，因此也受到了株连，毕竟他手握重兵，是皇帝忌惮的人物，又兼薛万彻性格孤傲，平时得罪人甚多，以至于出了事竟无人为他说情。公元652年，薛万彻以谋反罪被处死，行刑当日，薛万彻很爷们，当场大喊“我大好男儿，理应战死沙场，怎能因谋反被杀”。其慨然壮烈，连杀了一辈子人的刽子手都胆寒，斩首的时候刀砍了3次才砍下薛万彻的头。这位一生里两次“站错队”的名将，最终还是因“站错队”丢了性命。