北平的司令部对此很重视，果真派了人去搜查。结果，他们在协和医学院心脏骨骼研究室的壁橱里发现几个箱子，里面有身体骨架和头盖骨，除了头盖骨是模型以外，其他全是真人标本，但不是远古人，而是现代人的，令北平宪兵司令部很是生气。生气归生气，这是重要线索，司令部还是嘉奖了秦皇岛的官兵一番，从而更加确认了那五颗找到的头盖骨是真货。秦皇岛的中佐宫崎给几位信得过的手下分派了转送头盖骨的任务，并给他们各自交代了一番，各组人马就上路了，五颗头骨会顺利送到日本吗？

此后，几个侦探和士兵各自带着头盖骨，却没有了下落，神秘失踪了。然而，日本人从未在公开场合承认他们在秦皇岛找到头盖骨，更不会承认他们携带头盖骨失踪了，从而成为一段历史悬案，也就有了后来中国对头盖骨的苦苦寻找。

这里有一个事实说明日本当时的官员的狡诈。当初，作为新生代研究室副主任的裴文中先生，是不主张转移“北京人”头盖骨的。当中美高层官员双方达成一致后，裴文中也认同了转移美国的方案。头盖骨出去几天后，也就是头盖骨在秦皇岛被掠几天后，作为“北京人”的发现者和转移事件的重要知情人，裴文中先生得知头盖骨神秘失踪后也写有一份详细报告，内容如下：

十二月中旬（1941年12月――著者），日本在协和医学院占领负责人田冈大尉，约裴氏小酌，并说明保险柜中所存全系石膏模型，追问标本保存地点。三十一年（即1942年――著者）八月下旬，长谷部言人及高井东二复来平组织周口店调查所，继续开掘，迫裴氏参加，并追问标本下落。裴氏以迄未经手为答。长谷部等在平居留约月余，以无结果返日。同时，北平日文报纸及‘朝日’、‘大阪新闻’均发表新闻一则，即长谷部言人‘发见’协和铁柜所存标本全系模型，依合同所载，该项标本不得携出国外，有美人不顾信义，全部窃去之语。

这里有几点可看出：

一、几颗头盖骨在日军士兵携带过程中丢失，或者还一直没送到日本文部省。所以他们假装从未拿到头盖骨，派田岗大尉来追问头盖骨标本保存地址，以造成他们没找到的假象。随后1942年又派长谷部言人等人来北平追问头盖骨下落，进一步来掩盖真象。

二、借助日方舆论，说头盖骨是美国人窃去，以转嫁责任。

后来日军士兵并未把五颗头盖骨全部安全送到本土，而是在路上出了诸多险情。就像美国海军陆战队员护送她们从北平到秦皇岛一样，也是一路颠簸，险象丛生，还有日军士兵为此丧命。

头盖骨神秘失踪，日本也没敢说他们在路上丢了头盖骨，如果承认这一点，就等于说他们12月7日晚掠走头盖骨，干脆一不做二不休，说自己从未见过头盖骨，这样日方就不用背上强盗骂名和为后来的丢失负责任。但是，不管谁丢了头盖骨，总得找回来，这是中国的国宝，也是全人类共同的财富。

钟振兴每每想到此，他就痛恨日本军国主义者，他们连掠夺头盖骨的事实都不承认，更不会承认丢失头盖骨的主要责任。历史是一面明镜，尘封的事实总有一天要见天日的。幸好，有几位日本老兵的自传和书信涉及了上面头盖骨丢失的详细情节，这样几颗头盖骨若干年后才得以重现。