1661年３月，郑成功经澎湖顺利登陆台湾，一路所向披靡。清政府急了眼，立刻变本加厉，颁布更为彻底也更为残暴的"迁界令"。朝廷先是派人察看东南沿海地势，画出迁界图纸，随即吩咐两位满清王爷监督地方官府按图作业。头一次"迁界"，从山东至广东，所有沿海各处居民一律内迁50里，所有沿海船只悉数烧毁，片板不许留存。凡溪、河桩栅，货物不许越界，布置兵丁"时刻瞭望，违者死无赦"。1662年，即改元康熙以后，盘踞台湾的荷兰总督签了投降书，郑成功全面收复台湾，"聚岛欢庆"。消息传来，清廷气急败坏，再次颁布"迁界令"，勒逼从广东饶平、澄海、揭阳、潮阳、惠来至廉江、合浦、钦州24州县居民再内迁50里，除澳门外的附近海岛洲港，皆封港毁船，禁止居住。圣旨还谕令将界外地区房屋全部拆毁，田地不准耕种，渔民不准出海捕鱼，出界者立斩不赦。紧接着又下令东起饶平大城千户所上里尾，西迄钦州防城沿边筑墩台、树桩栅，派重兵防守。而迁界时限仅有３天，必须"尽夷其地，空其人"，不愿迁走的居民无分男女老幼一律砍掉脑袋。南粤大地顷刻亡者载道，哀鸿遍野，一片凄风苦雨。据粗略估算，仅粤东八郡死亡人数便达数十万。屈大均在《 广东新语 》中沉痛地写道："自有粤东以来，生灵之祸，莫惨于此。"

就这么着，康熙还嫌"迁"得不彻底。1664年５月，朝廷又称"时以迁民窃出鱼盐、恐其仍通海舶"，下令再次内迁30里。原本不在迁界之内的广东顺德、番禺、南海及海阳居民，又上演了一轮家破人亡、妻离子散的拆迁悲剧。如此一迁、再迁、三迁，才把沿海无人区的界线基本定下来，最远距离有达二三百里者。那时也搞暴力拆迁，大小官员手持"迁界令"，先定下"迁界"的两端，用绳索拉直，作为铁定的界线。一些居民的房屋不幸建在界线上，划界从中间穿过，便被强行拆掉在界内的一半房屋，剩下半边能否住人，官家一概不管。有的还在界线上掘一深沟，以分内外，稍有跨越深沟、"走出界外者"，便是死罪。清廷派来的巡海使者到新会勘界，更以潮水涌至的河面定为划界的标准，竟然"逼城为界"，使得靠近城郭的肥沃田土全部抛荒。今日繁荣兴旺的广东新会环城、礼乐、江门郊区，那时也列入迁徙范围，一派"万户萧疏鬼唱歌"的惨状。

几次迁界，涉及广东28个州县，深入到田庐连片、农工商业发达地区，被迁士民数百万，抛荒田地共531万亩有余。迁徙之民被迫离开故土的时候，扶老携幼，流离载道，行乞街市，饿死病死，不计其数。江门水南诗人黄居石写有《 蓰村行 》和《 哀江门 》，描述当时迁界的惨状。其中有这样洒满血泪的句子："新朝防海不防边，威令雷行刻不延......惊看村前一旗立，迫于王令催徙急。携妻负子出门行，旷野相对啜其泣。孰无坟墓孰无居，故土一旦成丘圩。此身播迁不自保，安望他乡复聚庐。"

福建直接与台湾隔海对峙，执行"迁界"令自然首当其冲。福建官府起初以插旗为界，随即建立木栅、篱笆为界，后来划界的标准越来越高，要求也越来越严格。或是挖掘深沟堑壕，或是用泥土高筑隔离墙，再后来索性征发民夫大兴土木，将泥土筑成的隔离墙改筑为具有法律效应的界墙。同时，沿着界墙按一定距离设立寨和墩，五里一墩，十里一寨，建一寨需3000多两银子，建墩的花费约为建寨的一半。这笔银子朝廷不给，逼着当地百姓自掏腰包，"拷掠鞭?，死于奔命者不知凡几"。寨、墩建成后，墩由5名兵丁把守，寨由6名兵丁把守，禁止百姓越界去海边，凡违规越界者"杀无赦"。该省靠近广东的东山县，迁界时百姓故土难离，牵衣顿足不肯挪步，官军便大开杀戒，当场被屠戮的居民近3万人。《 台湾郑氏始末 》一书这样记载，康熙三年（ 1664年 ）三月初六，清军大队兵船入东山，"尽驱沿海居民入内地，筑墙为界，纵军士大肆淫掠，杀人山积，海水殷然"。《 台湾外志 》形容："东山岛上一时人民失业，号泣之声载道，乡井流离颠沛之惨非常，背夫弃子，失父离妻，老稚填于沟壑，骸骨白于荒野。"康熙十九年宣布复界以后，东山百姓返回家园的幸存者十仅二三。