这时期的张仲景，开始了自己的学医之路。他的老师张伯祖，是个非常称职的老师，不但教他医术，更常年带他在外行医。张仲景本人也勤于学习，医术进步很快，当时张仲景的一个同乡就断定张仲景的身上没有官宦之气，外加他才思敏捷，思虑周密，只要静下心来研究医术，他会成为一个伟大的医生。事实也照着他的预想进行，20出头的时候，张仲景就青出于蓝而胜于蓝了，张伯祖开始让他独自行医，在病人的评价里，他这时候的医术，已经追上了他的恩师。

但是被认为不适合做官的张仲景，在他学医的关键时期，却不得不暂时放下学医去做官了，原因，还是来自张仲景家庭的压力。张家世代为官，张仲景的几个兄弟死于疾病，张仲景的父亲，希望张仲景能入朝为官。在父亲的反复教训下，张仲景为了“孝道”，最后屈从于家族的压力，东汉灵帝在位的时候，张仲景参加了“孝廉”考试。东汉的举孝廉制度，被举孝廉的人都有官做，但需要参加考试来考核能力。张仲景的考试成绩不差，因此成了长沙太守。可张仲景却把太守一职，做成了一个医生，他到长沙之后，除了忙碌公务之外，其他时间就是研究医术和看病。那时候的长沙，属于“烟瘴之地”，即疾病多发的地区，当地经济落后，瘟疫横行。张仲景到长沙后，就接连赶上当地的瘟疫，作为太守，张仲景主动配药，并且在衙门门口熬好药汤，义务分发给老百姓。到了后来，他干脆在当地的衙门里坐堂，每月的初一和十五两天，当地的百姓都可以到衙门求医，这种行医方法，也让他有了个绰号：坐堂医生。

张仲景医术的精进，就是在他任职长沙期间，除了因为长年行医的经验外，他还认识了许多当地的名医，对能够帮助自己的名医，他都虚心求教。比如当地著名的神医“王神仙”，在治疗毒疮上有建树，他就不顾路途遥远，跑到其居住的襄阳去求教。进入公元3世纪后，北方的内战越演越烈，张仲景的官当不成了，他开始撰写自己医学生涯里最重要的著作——《伤寒杂病论》。这是他经过几十年行医，总结出的治疗伤寒疾病的办法，在整个中国中医历史中，这是第一部真正找到攻克伤寒疾病方法的书。

这套书的写作地点，是岭南地区，辞官以后的张仲景，长期生活在这里。中原的战火当时并没有波及到岭南，这也让他有了比较稳定的写作环境。后来，他又完成了《辩伤寒》十卷。他一生著作甚多，但对后世影响最大的，是他对伤寒疾病的研究，连后来挣扎在黑死病中的欧洲也受益匪浅。欧洲最早的治疗黑死病的方法，就是通过到过中国的阿拉伯人，翻译过来的《伤寒杂病论》一书。欧洲学者李约瑟曾赞叹说：“他是一个拯救了欧洲命运的人。”

张仲景在其撰著的《伤寒杂病论》中，首创辨证论治临床诊疗体系，这是中医学的一次伟大的划时代变革，对后世医学的发展起到了巨大的推动作用，可以毫无疑问地说，张仲景是传统中医学的奠基人。

当代医家以及史学家在论及张仲景对祖国医学这一重大贡献时，总是强调这是医学发展的必然，给人以水到渠成之感，有意无意地忽视了时代背景和张仲景的个人因素。

论及张仲景写出《伤寒杂病论》的时代因素，原因很简单，每个人都不能脱离时代而孤立存在，正所谓时代孕育伟人。张仲景所处的时代对其创作既有有利的方面，又有不利的方面。

首先，春秋战国至秦汉中医学发展很快，中医名家辈出，战国时的扁鹊(秦越人)，西汉时的仓公(淳于意)，与张仲景同时代的华佗，都可谓是“妙手回春”之士。众多的名医为中医学积累了大量的实践经验，《黄帝内经》的问世，也标志着中医学理论体系初具规模。与此同时，中医的诊断方法、治疗手段、药物种类都在不断地完善和发展。这一切都为张仲景创作《伤寒杂病论》打下了坚实的医学基础。

其次，由于张仲景的士人身份，东汉儒学的发展与士人的特征也是对其影响较大的因素。西汉儒学以今文经学为主，其治经的主旨是阐发经书中的“微言大义”，到了东汉，古文经学逐渐抬头，强调考据、训诂，讲究严格的推理过程。这种学术流派的变化为学术研究从随意向严谨过渡提供了条件，而这种严谨求实的治学态度是自然科学研究所必需的。东汉的儒士与西汉的儒士相比也发生了很大的变化。西汉儒士重学问、轻品德，追求功名利禄，东汉的儒士崇尚节义，忠君爱民，这直接影响了士人的政治表现。张仲景在《伤寒论·自序》中所言“感往昔之沦丧，伤横天之莫救”，正是这种社会责任感的集中体现。