对桓温来说，这次北伐还是为他挣来了荣耀，毕竟东晋军队在战斗中，把敌人打得溃败，可以说大涨了志气，也给了所有一心收复山河的仁人志士以信心。桓温回来后，因为战功，他的地位也进一步提升。

在北伐前秦失败两年后，桓温再次青锋出鞘，这次他打了一个大胜仗，利用北方战乱的机会，击败羌族政权姚祥的军队，一举收复原来东晋的故都洛阳。这一场胜利，对于东晋政权来说是一针强心剂。东晋国都的沦陷，一直是奇耻大辱，虽然这次是借了敌人内耗的机会偷袭成功，但是东晋的国都毕竟光复了。此战获胜之后，桓温提出一个建议，得罪了整个东晋士族集团。他要求东晋迁都洛阳，这个建议一石激起千层浪，就东晋皇帝本身来说，自然不愿意迁都，建康的政局已经稳定，他早就满足于偏安的局面了。北伐只不过是一个政治口号，谁知桓温要来真的，这还了得。东晋的世家大族们更不愿意迁移，他们对于东晋的价值，就在于成为东晋王朝的后盾，如果迁都的话，他们的利用价值也就不存在了。于是，反对的声音纷至沓来，众口一词的指责桓温，打了大胜仗的桓温，一下子从民族英雄变成了士族的罪人。这一次，呕心沥血的桓温沉默了。

后人在说起这段事情的时候，很少有同情桓温的，即使明白他这么做的目的是为了国家，却还是指责他“邀功贪战”。这主要因为桓温得罪的，不是一个皇帝，也不是哪个奸臣，而是整个在东晋南迁后获得好处的既得利益集团，也包括他自己的家族。后人总在指责桓温利用北伐提高自己的地位，但是观桓温在整个过程中的所为，两次北伐后，他大多把功劳让给了各类士族，并且待人非常谦虚，从来不居功自傲，可以说低调到了极点。特别是第1次北伐的时候，明明是后方的世家大族们耽误事，他却不敢有太多抱怨。第2次北伐，桓温收复洛阳，对着洛阳的废墟，想起当年八王之乱葬送了西晋大好河山，桓温不禁悲从心来，说“有大牛重千斤啖刍豆十倍于常牛负重致远曾不若一羸牸” 。意思是把当时把持政权的王衍等世家大族，比做“千斤大牛”，这也成为中国的一个传统成语，用来形容草包。

这段时期，也是东晋王朝士族阶层的逆淘汰期，当时东晋的士族们，早期虽然与桓温意见相左，但毕竟还有许多一心为国的名士。随着时间的推移，东晋士族阶层日益“草包化”，因为士族的官位是世袭的，上一代士族去世后，下一代锦衣玉食里成长起来的士族，自然少了前辈的进取精神。而且这时候东晋“清谈”流行，士族们崇尚坐而论道，夸夸其谈，很少重视实际学问，整个士族阶层素质的退化，让桓温的北伐梦想越来越难。

在第2次北伐遭到举国反对后，桓温整整沉寂了13年，到了公元369年，桓温再次发动了北伐战争，这时候的他已经年近花甲，到了人生的晚期。这次出兵的规模，是桓温历次出征里最大的，一共动用了5万大军，他从安徽当涂出兵，意图攻打盘踞中原的鲜卑族前燕政权。这次行军的路上，桓温路过了金城，这是30年前他担任琅琊内史的地方，早年，他曾经在当地栽种柳树，安抚难民，而今，那时候他种下的小树苗，此时已经成为参天大树。亲历时光无情的桓温，面对此景潸然泪下，喃喃说道“树犹如此，人何以堪”。

桓温是不会任北伐的梦想随时光蹉跎的，他发动进攻，东晋军渡过淮河，进入中原境内。这时候老天爷也和他作对，本来桓温想用水师运载粮食，用来解决先前几次出现的粮草供应不足的问题，但是此时北方连续数月干旱，运粮船队根本到达不了前线。艰难困苦下，桓温横下一条心，发动了对前燕的猛攻，东晋军队如猛虎下山，一举击溃前燕的边防部队，杀到了山东金乡。前燕的都城邺城，已经在桓温的眼皮底下了，和早期进军关中一样，此时节节胜利却弹尽粮绝的桓温，也同样有两个选择，一是见好就收，班师回朝，这样可以作为一次北伐胜利，巩固他在东晋的地位。如果桓温仅仅为了个人利益的话，深知战场形势的他，会这么做的。他的部下希超也确实劝说他这么做，但是他拒绝了，他已经过了沽名钓誉的年龄，他要的，是收复中原的梦想。这样他就剩下另一个选择，用最快的速度进攻邺城。这时候前燕新败，正是摇摇欲坠的时候，如果决死一搏，很可能会取得胜的，但是就像当年进军关中一样，这次桓温又犹豫了，毕竟这又是一次风险很大的抉择，结果桓温选择了持重。他先是在金乡原地屯兵，观望局势，等待后援粮草到来。就在这个时候，前燕集结了5万大军，由名将慕容垂统帅猛攻过来。慕容垂是出了名的狡猾人物，他不和桓温交锋，反而绕道河南，断掉了桓温的退路，然后在桓温撤退的路上发动进攻，将师老兵疲的桓温打得大败。这是桓温在历次战争中遭到的第一次惨败，比他每一次北伐都惨，前几次毕竟把部队带了回来，这一次却全军覆没，他一生的荣耀、战功，因为这次失败，几乎全赔光了。