653年，孝德天皇派出了120人的赴唐使团前往唐朝。在这艘船上，有著名的学问僧道昭。道昭来到中国，拜玄奘法师为师，学习佛教的经、律、论，后成为日本的一代高僧。次年，孝德天皇又派去遣唐使经朝鲜半岛到长安朝贡。这次使团的副使依然由第一次遣唐使副使惠日担任，在中日文化交流史上，惠日是一位很有贡献的人物。

659年9月15日，齐明天皇派出的遣唐使团中由正使率领的船队在海上遭遇暴风，漂到中国南海的一个岛上。这次暴风夺去了大部分人的生命，只有5个人偷了岛上渔民的渔船到了中国的括州（今浙江温州一带）。而由副使率领的船队于9月22日顺利抵达中国，并于10月15日乘坐驿站的车辆驶往京城长安。途中得知唐高宗正在洛阳，便掉转方向来到洛阳向唐高宗朝贡。与这位副使同来的还有北海道一男一女两个阿依努人。阿依努人向唐高宗敬献了一张白鹿皮、三张弓、八十枝箭。

早期遣唐使到中国的航海路线主要是沿朝鲜半岛的西岸北行，再沿辽东半岛东南岸南行，跨过渤海湾后在山东半岛的登州登陆，再由陆路前往长安。这条航线大部分是沿海岸航行，比较安全。公元670年到760年这近百年间改由从九州岛南下，沿种子岛、屋久岛、奄美诸岛，然后向西北横跨东海，最后在扬州登陆。这条航线主要航行于渺茫无边的东海上，危险性较大。从760年以后到停止派遣遣唐使前，航行路线改由九州西边的五岛列岛西南横渡东海，在明州（今宁波）登陆，然后转由大运河北上。

遣唐使团的规模初期只有一二百人，到了中后期，人员增至500余人，最多一次曾达到651人。遣唐使团除了大使、副使等官员外，还有各类随从，而且每次都会带有若干名留学生和学问僧，这些人大多是日本通晓经史、才干出众的第一流人才。尤其是留学生和学问僧，均为国内的优秀人物。遣唐使团抵达唐境后，地方官员马上安排他们的食宿，然后上奏朝廷，而后派专差护送使团正、副使进长安，由内侍引导面见皇帝，呈上贡物，唐皇下诏嘉奖，给使臣授爵赏赐。

260多年的遣唐使活动，推动了日本社会制度的革新，也深刻影响了日本人的文化与生活。遣唐使归国后，参与枢要，仿行唐制，如《大宝法令》就是以唐律令为规范制定的。还仿效唐朝教育制度，开设各类学校教授汉学，培养人才。818年，嵯峨天皇根据遣唐使菅啻原清公的建议，下诏改革礼仪，命“男女衣服皆依唐制”，连历法、节令也积极仿效中国。

公元895年，菅原道真向宇多天皇呈上《请令诸公卿议定遣唐使进止状》，请求停止派遣遣唐使团。宇多天皇采纳了他的建议。

日本终止派遣遣唐使，这其中的原因除了遣唐使耗费巨大，唐朝政局动荡不安以外，经过近300年对唐文化的吸收与消化，日本已经基本上完成了自身的改革，对大唐文化学习的需求已不像最初那样迫切。在摆脱了来自中国的文化影响后，日本逐渐形成了具有日本本土特色的国风文化。