北朝的实际控制者足利尊氏在被光明天皇正式任命为“征夷大将军”后重启武家政治，在京都建立了足利幕府。幕府建立不久，为了整顿武家制度，改革朝政，足利尊氏颁布了武家法典《建武式目》。《建武式目》提出“居安思危”的观点，认为首要之责是“早休万人愁”，“政在安民”。在这一思想的指导下，《建武式目》提出要禁止奢侈，力行节俭，不得受贿行贿；选用贤能之人担任地方官，并要求豪强不得兼并私宅，以减少破产流浪者；委任效忠足利氏的有功、有才干的将领为各地守护。

1339年8月16日，53岁的后醍醐天皇因病去世。相传他临死前，一手握着《法华经》，一手抚剑，还立下遗诏：“纵领玉骨已埋南山，魂魄亦当常望北阙。”因此，后醍醐天皇的陵墓也与一般的朝南座北的传统葬式不一样，而是朝北坐南埋葬。后醍醐天皇死后没多久，追随他的几个南朝著名武将也相继战死，南朝似乎“气数已尽”，但是由于足利尊氏与其弟足利直义的内杠，南朝又残喘了50多年。

足利尊氏在起兵讨伐镰仓幕府之初，足利直义就一直辅佐足利尊氏，足利尊氏也视足利直义为左膀右臂，对他极为器重。足利幕府建立后，足利尊氏的家臣高师直担任重要职位，深得尊氏信任，备受恩宠，然后职权越高，骄奢越重，手下部将很是不满，足利直义对此也深为愤恨，决心除掉高师直。

1349年，足利直义与高师直的斗争发展到了白热化阶段，高师直要求足利尊氏革除足利直义的一切职务。足利尊氏答应了高师直的要求，撤掉了其弟全部职务。此后，高师直更为骄恣，而足利尊氏与足利直义之间的关系也因此日趋紧张。

1350年，足利尊氏与足利直义兵戎相见，足利直义投奔南朝，并于次年大败足利尊氏统领的北朝军队。尊氏派人求和，足利直义杀死高师直，随后足利尊氏与足利直义携手言和。第二年，足利尊氏与其子一同归顺了南朝。但是兄弟俩的和睦局面并没有维系多久，不久，足利尊氏又与足利直义产生了冲突，1352年2月，足利尊氏毒死了自己的弟弟。足利直义虽死，但他养子足利直冬率领着斯波高经、桃井直常、石堂义房、山名时氏等旧足利直义派依然与足利尊氏作战，先后数次占领过京都。

1358年4月30日，足利尊氏病故，时年54岁，埋在京都的衣笠山下的等侍寺内。足利尊氏死后，其子足利义诠继任将军，在执事斯波义将的辅佐下，足利义诠稳固了幕府统治，并逐步压制住了南朝势力。

1368年，年仅10岁的足利义满继任第三代幕府将军，由管领细川赖之任辅佐。足利义满成年亲政后，显示出卓越的统治与领导能力，先后平定了土岐赖康、山名氏清等地方守护的叛乱，幕府统治得以进一步巩固。同时，经过几次大的征伐，南朝的势力彻底衰退。1392年，足利义满对南朝提出统一的呼吁，并顺利实现南北朝合体，成功地结束长达60年的分割状态。由此，足利义满在全国范围确立起幕府将军的绝对统治权，成为室町幕府最盛期的缔造者。