尤卡坦的玛雅人被征服的那些年中，260天制的历法依然被遵循着。圣芳济会的传教士坐船顺着溪流而下，带着天主教判决仪式和法庭的命令来到这里。对于不知道“唯一神圣信仰”（One Holy Faith）的异教徒，他们怀着深深的偏见。迭戈?迪?兰达主教（Bishop Diego de Landa）就是这些早期福音主义者之一，他不遗余力地试图使这些异教徒转变信仰。他的目的是遏制魔鬼崇拜，结果却毁灭了本土天才。

1562年迪?兰达在玛尼（Mani）的尤卡坦玛雅村庄焚书即是这种极端狂热的行为。成百上千的玛雅书籍成堆成堆地被付之一炬。今天，已为人知的只有四本书幸存下来：《德雷斯顿》（Dresden）、《马德里》（Madrid）、《巴黎》（Paris）和《格罗列尔》（Grolier codices）。尤卡坦本地历法也同样遭到了破坏。这样的行为对于基督教徒来说并不稀奇。公元391年，罗马皇帝西奥多修斯（Theodosius）也同样下令将“异教”寺庙摧毁，包括亚历山大艺术博物馆和收藏了亚历山大图书馆大部分书籍的萨拉皮雍（Serapeum）神庙。由于缺乏古玛雅人知道什么和信仰什么的直接证据，偏见和误解不断加深。直到今天，玛雅人不懂科学这样根深蒂固的偏见在西方宗教界和科学界都依然广泛存在，这阻碍了对于玛雅文化本身的全面评估。

有人认为迪?兰达也部分地弥补了玛雅文明，因为他记录和保存了玛雅历的日期和象形文字。强烈的好奇心一度战胜了他的厌恶，他从不同知情人口中收集了很多信息，试图解释玛雅历的日名（day-signs），他认为这些日名是玛雅字母体系的拼音字母。尽管迪?兰达远没有成功，但他的《尤卡坦风物志》（Relaci　n de las Cosas de Yucat　n）保存了玛雅文字和语言的一些重要方面。300年后，法国学者布赫布尔发现并出版了此书。依靠这本至关重要的书，早期的玛雅学者得以开始重构曾经失去的知识，如玛雅历的循环方式，神秘的象形文字体系等。

16世纪，一场神学争论在圣芳济会中风行——玛雅人有灵魂吗？为什么我们努力把基督教信仰传递给没有灵魂、令人憎恶无比的异教徒？动物可以进入天堂吗？这些是16世纪中期典型的争论，表现了盛行的观点和官方教会政策的形成过程。今天，尽管土著人可以拥有精神信仰，人们对他们的偏见还是根深蒂固。