中华人民共和国成立后，人民政府接管了北京大学。1951年6月，著名学者马寅初被任命为新中国第一任北大校长。

学者谢泳认为：马寅初是新政权建立后首任北大校长。他是中国国立大学校长中最后一位在政府和校长之间显示了自由精神的知识分子。

1952年，全国高校进行院系调整，清华大学、燕京大学的文、理科部分师资并入北京大学，北京大学工学院机、电、土、建4系合并到清华大学，化工系合并到天津大学；农学院、医学院、地质系、政法专业等脱离北京大学，或组建成新的高等院校，或并入其他相关院校。北大自北京城内迁入燕园。

此后，北京大学成为一所以文理基础教学和研究为主的综合性大学，为国家培养了大批人才。据不完全统计，北大校友和教师迄今有近600位两院院士，中国人文社科界有影响的人士也相当多地出自北大，并且产生了一批重大研究成果。

改革开放以来，北京大学进入了一个前所未有的大发展、大建设的新时期，并成为国家“211工程”“985工程”重点建设的两所大学之一。

2000年4月3日，北京大学与原北京医科大学合并，组建新的北京大学。原北京医科大学的前身是国立北京医学专科学校，创建于1912年10月26日。20世纪三四十年代，学校一度更名为北平大学医学院，并于1946年7月并入北京大学。1952年在全国高校院系调整中，北京大学医学院脱离北京大学，独立为北京医学院，后改名北京医科大学。1985年，北京大学成为国家首批“211工程”重点支持的医科大学。

近年来，北京大学大力推进教学改革，按照“加强基础，淡化专业，因材施教，分流培养”的方针，修订了教学计划，加强了基础教学，充实、更新了教学内容，注重培养学生的创新能力和创造精神。在教学管理上，实行学分制，提高选修课比例，鼓励学生跨专业选课、修读辅修专业或第二学士学位，提前修满学分的学生可以提前毕业，并推荐品学兼优的应届毕业生免试攻读硕士、博士学位。

蔡元培校长

蔡元培，中国民主革命家、教育家、科学家，中国知识界的卓越前驱。清光绪进士，翰林院编修。光绪二十四年（1898）弃官南下，投身于推翻清朝封建统治的旧民主主义革命。

蔡元培校长

蔡元培回到浙江家乡，曾任绍兴中西学堂监督、上海南洋公学特班总教习等职。1902年，同章太炎等人在上海发起创立中国教育会，任会长；并创办爱国学社、爱国女学，宣传民主革命思想。1904年与陶成章等组织光复会，翌年加入同盟会。1907年赴德国留学，入莱比锡大学研究心理学、美学、哲学等。

1911年辛亥革命后，蔡元培回国。1912年1月任南京临时政府教育总长，发表《对于教育方针之意见》，反对清末钦定教育宗旨，认为“‘忠君’与共和政体不合，‘尊孔’与信仰自由相违”。主张教育应从造成现世幸福出发，而以达到“实体世界”（即观念世界）为最终目的。并认为国民教育、实利教育与公民道德教育是造成现世幸福的教育，“世界观教育”是追求实体世界的教育，美感教育则为达到实体世界之手段。并起草《大学令》，确立“学”与“术”的分离，以“教授高深学问，养成硕学宏材，以应国家需要”为大学教育宗旨。他的这些教育观点，后来成为民国政府制定教育方针的依据。任职期间，曾提出修改学制、小学男女同校、废除读经等改革措施。同年7月，因不满袁世凯专制统治，退出内阁。1913年赴法国考察教育，1915年与吴玉章等倡办留法勤工俭学会。

1917年，蔡元培，任北京大学校长，提倡学术研究与学术民主，主张对新旧思想“兼容并包”，实行民主管理与教授治校，并提出许多措施整顿校风，使经过改造的北大成为新文化运动的中心，也使北大不断地发展成为中国文理综合的第一学府。此后10年，北大达到发展的最顶峰。五四运动期间，他积极支持学生的爱国行动，多方营救北京各大专学校被捕学生。五四运动后被迫辞职，赴欧美考察教育。1920年初在北京创办中法大学。

1927年，蔡元培任国民党政府大学院院长，后改任中央研究院院长。1931年“九一八事变”后，主张抗日，与宋庆龄、杨杏佛等组织中国民权保障同盟，任副主席。1940年3月5日在香港病逝。中共中央和毛泽东发了唁电，称他为“学界泰斗，人世楷模”。

1917年1月，蔡元培出任北京大学校长，他“循思想自由原则、取兼容并包之义”，使得北大思想解放，学术繁荣。1月9日在就任北大校长的演说上，他对学生提出三点要求：一曰抱定宗旨，二曰砥砺德行，三曰敬爱师长，将“抱定宗旨”置于首位，即“培养人格”。

1918年，蔡元培更明确地指出：“大学为纯粹研究学问之机关，不可视为养成资格之所，亦不可视为贩卖知识之所。学者当有研究学问之兴趣，尤当养成学问家之人格。”他强烈反对工具论的观点，声称：“教育是帮助被教育的人，给他能发展自己的能力，完成他的人格，于人类文化上能尽一分子的责任；不是把被教育的人，造成一种特别的器具，给抱有他种目的的人去应用的。”

1920年2月，蔡元培下令允许王兰、奚浈、查晓园等3位女生入北大文科旁听，当年秋季起即正式招收女生，开我国公立大学招收女生之先例。

陈独秀、李大钊、朱家骅、胡适、刘半农、钱玄同、傅斯年、罗家伦、周作人、沈尹默、刘文典、徐悲鸿、马裕藻、马寅初、李四光、翁文灏、丁文江、李石曾、周鲠生、陶孟和、陈垣等一批重要历史人物，都曾在此时期被蔡元培邀请到北大任教。鲁迅也在此兼任讲师。再加上先后来到北大的辜鸿铭、黄侃、刘师培、梁漱溟、马叙伦、顾颉刚、钱穆等，一时大师云集，北大因而成为开风气之先的“新文化运动”中心和多种社会思潮的策源地。

北大也是中国共产主义思想的重要发源地和中国共产党早期活动的重要基地。北大教授“南陈北李”相约分别在南方和北方筹建中国共产党，陈独秀当选为第一届中共中央总书记。曾任北大图书馆管理员的毛泽东，自1935年至1976年逝世，长期作为中共中央实际的领袖人物。

据曾在北京大学就读的朱偰回忆：

在蔡元培到北大以前，代理校长是胡仁源。胡本是前清进士，后来到英国去留学，在推尔蒙大学毕业，专门学工业。1913年担任北京大学预科学长，后来又担任工科学长、代理校长。他所聘请的一些教授，大多是前清遗老，和封建士大夫阶级的一些所谓名流。在教授中间，有拖着辫子的保皇党辜鸿铭，也有封建文人如黄侃、刘师培、姚仲实、陈石遗等。在学生中间，也大多是着长袍马褂、捧着水烟袋的遗少，上也者在报章上写写文章，捧捧女伶；下也者则打打麻将，逛逛八大胡同。学术研究的风气异常缺乏。