黎元洪就职后，拟进攻汉口清军。鄂军都督府设在谘议局，其组织分为：秘书处，杨玉如为秘书长；参谋部，部长杨开甲；军令部，部长杜锡钧；军务部，部长孙武。战时总司令部参谋长是李书城。

在都督府中，军务部的权力最大，首脑是三武：孙武、张振武、蒋翊武。他们是起义的领导人物，很受人尊敬，但实际上他们对黎元洪和黄兴还称得上唯命是从。光复之后，战事展开，蒋翊武被牵制。武汉三镇光复，举黎元洪为都督，黎元洪任命蒋翊武为军事顾问，拟出兵武胜关，阻遏清军南下。正犹豫间，清军已直抵汉口，蒋翊武决定马上迎战，否则无以生。遂受命为防御使，又有人跳出反对，改以张景良为总指挥，以牵制之。凡蒋翊武的计策，他都予以推翻，于是导致指挥丢分，难以抵御冯国璋部队。

早先摄政王要给光绪帝报仇，待他掌权之后，立将袁世凯开缺，而对亲贵委以重任。载洵负责海军，载涛为军谘府大臣，荫昌任陆军大臣，载泽为度支大臣，瑞澂为两湖总督，他和载泽互为姻亲。清朝亲贵，贿赂公行，乃真实之写照。载洵掌海军，到英国购置战舰，货未见到，先谈回扣，声名狼藉，贻羞中外。

这是清廷自取灭亡之道，也造成武昌首义的有利条件。当时清朝军界又出现分化，即旧军出身之军官和北洋将领的互相轻视和抵触，对于瑞澂的因应之策，当时外部左侍郎曹汝霖认为很有失着之处，即已搜得起义参加者的花名册，牵涉新军士官很多。这些军官害怕株连或秋后算账，于是一不做，二不休，干脆纷纷跃起响应。

南来镇压的荫昌，带着副手姜桂题，兵力为毅军二十营。荫昌本是在德国留学专修军事，他娶了德国的太太，德语娴熟，但对军事不感兴趣，更未经实战。而新军在滦州秋操，载涛正忙着，荫昌还不大敢惹他。载涛年少气盛，傲慢成性，就是庆亲王也让他三分。所以荫昌只得和姜桂题南下，姜氏带的兵，也缺乏新式训练。这班家伙各自为政，出发至刘家店，兵车阻塞，乱成一团，经京汉铁路局长率领一批精干人员前来疏通调度，才勉强通行。到了接近湖北的地方，才发现武器多不能投入战斗，有携炮身而忘炮弹的，有炮弹不合炮膛的，有炮身炮弹相合而基座又不合的，这样已经迁延一月有余。

清军在湖北的原有驻军多溃散，于是清廷湖北当局临时加封委爵，以打烂账方式收拾溃兵，近一营之数即为营长，得一团之数即派为团长，拼凑起来有将近两个师的部队。这时清廷首先派遣陆军大臣荫昌率近畿两镇援鄂，不料此公行动迟缓，起义军恰好利用此机会编练部队。荫昌司令部设于火车，车前后各置一车头，胜则挥师前进，败则开足马力后退，行动堪称灵便，而其用兵的虚怯，由此可见。

荫昌无心恋战，清廷将其调回，起用袁世凯为湖广总督，节制援鄂各军。袁世凯派冯国璋率生力军前来镇压。

冯国璋对武昌起义的镇压，并不全是对清廷的尽忠，而是北洋集团别有怀抱。1911年的秋间，清廷于直隶永平府举行秋操，冯国璋任东路军指挥。秋操进行中，武昌起义发生，辛亥革命军占领武汉三镇。清政府派陆军大臣荫昌率领第一军南下镇压革命，派冯国璋组织第二军南下赴援。但冯国璋等北洋诸将领不愿听从荫昌指挥，进军迟缓，冯率军至河南彰德时，便只身看望袁世凯，袁氏授意他“慢慢行，等等看”六字秘诀。清廷迫不得已，起用袁世凯总揽军权。冯国璋儿子冯家迈回忆道：袁世凯奏请冯国璋接替荫昌任第一军军统，并对冯说：“非筹备周妥，计出万全，断难督师进攻。”

袁世凯重新出山后，督师南下，命冯国璋攻打汉口、汉阳。冯国璋第一军协统李纯、王占元、陈光远都是其心腹。