袁世凯像一个杀手，1912年他宴请国民党一位参加过武昌起义的将领，后来就把他谋杀了。

孙中山立即赶到北京，要求袁对此进行解释，为了使孙息怒，袁大总统任命孙中山为中国铁路总监。这是一个吃力不讨好的职务，因为铁道根本没有建设资金。

袁世凯资金匮乏。清廷的国库所剩无几，地方军阀横征暴敛，政府的税收难以实现。袁世凯向外国银行贷款，他以盐税担保，谈判“善后大借款”，总额为2500万英镑。1913年4月27日，贷款协定终于签订，但是，不久又出了一个小问题。宪法规定条约审批权在议会，虽然议员们已明确表示准备通过贷款协定，但袁世凯把议员们完全忘记了，于是，他指示他的总理与两名部长在贷款协定上签了字。外国银行实际上只支付了2100万英镑，袁世凯立即支付25万供清廷用，6万供总统与内阁支出。

国民党仍是袁世凯的眼中钉。在1912年至1913年的大选中，国民党议员赢得了参众两院大多数席位。

1912年10月，孙中山离开北京，袁世凯立即颁令禁止国民党秘密结社活动。孙中山本可以继续留在国内指导革命的航程，但这年冬天他去了日本，考察铁路系统。

孙中山任命年轻有为的宋教仁任国民党执行委员会主席。1913年3月21日，宋在乘上海至北京的火车时被人枪击腹部而死，年仅31岁。袁世凯的刺客又开杀戒了。

面对如此暴行，孙中山再也不能容忍了。不久，他通电声讨袁世凯：“你背叛了国家，我必须像反对清王朝那样反对你。”

1913年5月5日，国民党在议会中以多数票通过决议，认为“善后大借款”属非法。7月10日，诸省国民党将领响应孙中山的号召，发动武装起义，史称“第二次革命”。但它没有第一次革命组织严密。不到两个月，袁世凯的军队就打败了国民党的进攻。

10月6日袁世凯正式就任大总统。11月4日，他下令把所有国民党议员驱逐出议会。1914年1月10日，他解散了国民党。袁世凯复辟帝制的计划已快告成。1913年10月，袁世凯政府已获得世界列强的多数承认。次年5月1日，经过修改的临时宪法给袁世凯以巨大的统治权。

1915年8月，他公开进行复辟帝制的活动，皇帝的龙座似乎唾手可得，由他一手操纵的全国大会推选他为皇帝。

但是，上帝并不想把统治权交给这个背信弃义的独裁者。袁世凯很快出人意料地倒台了，而倒袁运动始于东京。

袁世凯解散国民党后，孙中山重新组织力量，又建立了秘密组织，他创立了中华革命党临时总部，设在日本。

1914年8月23日，日本向德国宣战。不久，日本人破坏了中国的中立。1915年1月19日，日本向中国秘密提出了臭名昭著的“二十一条”。直到5月8日，袁世凯才迟迟接受日本的最后通牒。日本人接受了德国人在山东的特权；日本人在满洲的租借期延长到99年；日本公司享有在华商业与工业利益。这是又一个不平等条约。

“善后大借款”已花光了。袁世凯政府已日薄西山。在一片声讨与屈辱中，他不得不延迟复辟帝制的计划。

然而，1915年12月25日云南都督蔡锷在日本人资助下，宣布云南独立，讨伐复辟帝制的人。其他诸省先后响应，陕西、四川、湖南也相继宣布独立。孙中山回到上海，发表讨袁演说。

1916年6月6日，辱恨交加，重病缠身的袁世凯离开了人间。

在他死前三周，他企图再以暗杀阻挡革命的潮流——他派人刺杀了孙中山最优秀的追随者、蒋介石的革命导师陈其美，但这次暗杀也没能挽救他的命运，却给他的历史记上了可耻的一笔。