按照孙中山的想法，只有立即挥戈北伐，彻底粉碎北洋势力，将革命进行到底，才能真正建立一个民主自由、繁荣富强的新国家。然而南方民国政府却在无形之中，形成了一股强大的主和势力，迫使孙中山放弃北伐，将总统职权让给袁世凯，以换取清廷的逊位。这一点，是孙中山回国时始料不及的。

自己手中没有可供指挥的军队，再看看老战友黄兴，他也缺乏统一指挥的威望。从各地北上的军队中，有战斗力的部队是有的，但很少。至于各省都督的军队，黄兴压根是指望不上，他和湖北、浙江两省军界的关系很有点紧张，更是无法指挥。在这样一种情况下，孙中山孤掌难鸣，处处被掣肘，处境之难，可想而知。

武昌起义之后的“革命派”，也是一个复杂纷纭的团体，当中既有激进的革命党人，也有由改良派或者清廷遗老摇身一变的；还鱼龙混杂了诸多泥沙俱下的势力。现在，各省大权基本上都已落进了立宪派官绅大员的手中，如湖北都督黎元洪，江苏都督程德全，浙江都督汤寿潜，上海议长张謇等。这些年高望重的名流巨绅，对革命党人中的年轻后辈怀着一种轻慢的心态，表面上赞扬他们推翻专制的功绩，实际上并不买这些黄口小儿的账。孙中山提名要让宋教仁任内务总长，就是因为宋年纪轻、资历浅，遭到他们的反对而被迫取消。

另有不少人在为临时政府的前途担忧。许多省的藩库空空如也，不但军饷，就连军政府工作人员的薪水都发不出。有些省的代表之所以投孙中山的票，是因为听说他与外国政府关系良好，能获得外国承认并借得巨款而归——后来又发现不是这么回事。那些满怀希望的人不免心生埋怨。因此，孙中山的命令往往出不了南京城。

就在孙中山赴南京的前夕，据宫崎寅藏回忆，有一件值得品味的事。这一天的黄昏，宫崎寅藏走进孙中山的寓所。孙中山部下的人，大都到了南京筹备成立临时政府的事。夕阳西下，平时闹闹嚷嚷的大院显得冷冷清清，人去楼空。

“你能给我借上500万元吗？我明天要到南京就任大总统了，但却身无分文。”

“我又不是魔术师，一个晚上去哪里弄这么多钱？”

“明天没有钱也关系不大。但你如果不保证在一周之内给我借到500万元，我当了总统也只好夹起皮包走路。”

话刚说完，孙中山不由得深深叹气。这个总统真的是很不好当，他两手空空，到南京就任时，还是沪军都督陈其美给了他区区1000元银元。独立各省各自为政，何况自顾不暇，更不可能向名义上的中央政府上交财政收入。此时孙中山又不便从列强手中收回关税。没有钱，日子没法过。

南京临时政府从成立那一天开始，便面临着严重的财政危机。清政府所课征的种种苛捐杂税业已宣布废除；海关及部分常关、盐厘的税收被列强把持，拒绝交付临时政府；各地的国税和其他税收被省军政府截留，不上缴中央政府。军需紧急，而款项没有着落，各处缺乏军饷的电报接踵而至，孙中山、黄兴等人在南京临时政府的日子简直就是度日如年。

由于财政困难，南京附近的民军普遍拖饷缺饷，每天来陆军部要钱的少则十几起，多则几十起，黄兴这个陆军总长当得可谓焦头烂额，每日疲于应付。

孙中山又开始四处借贷。但在武昌起义爆发后，列强为了保护其在华利益达成共识：在希望加速结束敌对冲突的情况下，任何强国均不得批准其本国国民向双方的任何一方提供贷款。为了解决财政困难，孙中山等人也想了很多办法，如发行军需公债、发动南洋侨民捐款、向外国银行借款等，但筹集的经费杯水车薪，到手即尽。