腓二听说西西里遇袭，赶着回家，登陆时，他一展开王旗，现场就有人当场吓死，因为大家都相信腓二已经死了，冷不丁看着这么一个旗帜出现，不是诈尸就是还魂啊。不过，等西西里人反应过来，皇帝没死，他们马上就跟腓二站在一起，将教皇和他的杂牌军赶回了罗马。

如果换了腓二的爷爷巴巴罗萨的脾气，教皇趁他不在偷袭，他不杀进罗马才怪呢！可腓二仗着雄壮的兵威赶走了教皇军，并没有乘胜进攻教皇国。格里高利九世在罗马想了几天，宣布恢复腓二的教籍。老爷子也没办法啊，罚他打他不管用啊，干脆和解呗。

承诺的东征任务完成了，腓特烈二世继续对对西西里这一亩二分地下功夫，他东征之前，就在西西里启动了大型改革，颁布了一部伟大的法典，还建立了那不勒斯大学——欧洲第一所国立大学。

这轮励精图治的改革带来丰硕成果：建立了强大的中央集权国家，有点专制独裁，让君主制在西西里率先凌驾于教皇与教会之上，比西欧诸国提前100多年，这个时期西西里王国政权在欧洲历史发展中，具有极明显的前卫性和先进性，有历史学家称之为为“早熟政府”。

腓二在意大利政策上铁腕独裁，可他对德意志的政策就正好相反，他对德国老乡很客气，而且愿意让那些本来就尾大不掉的诸侯自治，在他任内，诸侯在自己的地盘上，独立审判、独立收税、独立铸币，还可随意增加城防设施！德意志的诸侯很知道好歹，老大这么客气，他在位的时候，不跟他添乱找茬，还配合他意大利的行动。

腓二是达到自己的目的了，可是德意志的国王是他儿子亨利啊，太上皇把各路诸侯养得这么剽悍，亨利怎么控制他们呢？于是在如何治理德意志的问题上，父子发生了矛盾，应该说，斯陶芬家族再次发生了父子争端。不过这一场父子斗，双方级别差得太远，腓二听说儿子叛乱（他自己是国王，怎么算叛乱呢？算他是淘气吧！），连兵马都没带，只带他的宫廷仪仗，散着步进入德国，亨利一党摄于太上皇那豪华的仪仗，当场便土崩瓦解了。亨利被囚禁，6年后，在一次转运看押中，坠落山谷而死。死个儿子不怕，腓二有的是儿子，不仅有以前生的，他还不断生出新的来。

就在审判儿子那一年，腓二又结婚了！他没重婚，耶路撒冷公主又挂了，这又是个克妻的。这次，腓二娶的是英王的妹妹。